3VLUA

Crystal structure of sphingomonas sp. a1 alginate-binding protein algq1 in complex with saturated trimannuronate
Total Genus 186
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
186
sequence length
490
structure length
490
Chain Sequence
REATWVTEKPLTLKIHMHFRDKWVWDENWPVAREVARLTNVKLVGVANRAATNSQEQFNLMMASGQLPDIVGGDNLKDKFIRYGMEGAFIPLNKLIDQNAPNLKAFFKTHPEVQRAITAPDGNIYYLPYVPDGLVSRGYFIRQDWLDKLHLKTPQTVDELYTVLKAFKEKDPNGNGKADEIPFINRDPEEVFRLVNFWGARSTGSNTWMDFYVENGKIKHPFAEVAFKDGIKHVAQWYKEGLIDPEIFTRKARSREQTFGNNIGGMTHDWFASTALFNDALSKNIPGFKLVPMAPPINSKGQRWEEDARQIPRPDGWAITATNKNPVETIKLFDFYFGPKGRELSNFGVPGLTYDIKNGKPVYKDTVLKAAQPVNNQMYDIGAQIPIGFWQDYEYERQWTNDVALQGIDMYIKNKYVLPQFTGVNLTVEEREIYDKYWPDVKTYMFEMGQSWVMGTKDPEKTWNDYQQQLKNRGFYQVMIVMQKAYDRQY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Recognition of heteropolysaccharide alginate by periplasmic solute-binding proteins of a bacterial ABC transporter
pubmed doi rcsb
molecule tags Sugar binding protein
source organism Sphingomonas sp.
molecule keywords AlgQ1
total genus 186
structure length 490
sequence length 490
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-12-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3vluA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3vluA02
3I6VA 3PD9A 4X9TA 1N04A 2XXWA 2DS9A 1MXYA 1LAHE 2RC8A 4MF3A 2X7QA 1P1UA 1LFHA 5AA3A 3G3HA 2A5SA 1JVYA 1SI1A 3FATA 3CRBA 2Z8DA 3Q26A 5BUUA 4H65A 2I3WA 2XX8A 5CMMA 1B3GA 2RCAA 1Y9UA 4JSDA 4POWA 3GBBA 1ANFA 4BLAA 3MP8A 3PPNA 1FTMA 2ANJA 4OERA 1QUIA 2F7AA 1LCTA 1S7YA 1JW5A 1NMUA 3TELA 3RLFE 4XKRA 4KI0E 3KFMA 4GXAA 3S9EA 3FV2A 1XS5A 4DXUA 4YKIA 1FCKA 3O6HA 4LA9A 2O7UA 3QIMA 4ZEFA 5CI5A 2GH9A 2ABHA 4LATA 4EUOA 3LSFB 3K1MA 4O3AA 2NWJA 3CFZA 2UVJA 4FEDA 1QW0A 1CB6A 4AB6A 4F2QA 3UP9A 3USDA 1UQWA 4DXCA 2ZNUA 4OFJA 4FE8A 3VVEA 1DSNA 4IY5A 3SEYA 2XXPA 3FJ7A 4JXIA 1IZ1A 3GZGA 3IB0A 4ELPA 3T96B 3KJ7A 3BBRA 4YKPA 3WAEA 5I84A 4POXA 2HQ0A 4RNSA 4F3PA 1GGGA 2HCAA 2HAVA 1M5EA 5EHMA 2Y84A 3MZ9A 5CBSA 1PB7A 2I0CA 1SYIA 5ICTA 3QXMA 3CIJA 1BLFA 5DTBA 2OWSA 3K1PA 1US5A 3N6TA 4OVJA 1GR2A 2DWJA 3K6WA 3PUVE 2V3UA 3C9HA 3QUJA 3QAXA 1SW5A 1GTKA 3D4CA 1IXGA 1MY0A 1UTHB 4G8NA 3OD7A 1B32A 3OENA 3OO8A 3PU5A 1MQHA 3PPOA 2ONKE 2FA7A 5TP9B 4IO5A 1OQHA 3M3KA 2REGA 4QSDA 1N7XA 4EXLA 5L9SA 5HPQA 2ZXTA 5CMBA 4OXVA 3HV1A 4R6YA 4U4XA 3S2VA 4JBZA 2H5YA 2F5XA 3IK6B 1R6ZA 1HSEA 1UTHA 3SEVA 3HPIA 4KFQA 1OVBA 3B7DA 4Q8RA 2DVCA 4RK9A 4ZECA 1SW4A 1ZKBA 4L17A 3RUMA 1ELJA 4G2ZA 2Q2CA 4HW8A 3IL1B 1MXXA 2VP1A 1EH3A 3THIA 4UA8A 5CC2A 4EQBA 3CSBA 5H8SA 4M4GA 1B40A 4PFWA 1BIYA 3OSQA 1R9QA 2DQVA 2Z22A 4LZ5A 4GIZA 1B6HA 1ZTYA 1H45A 1NH7A 3FVKA 1B3EA 4X48A 1Y1MA 2F36A 3RTFB 3VXBA 3JV9A 1XVXA 5AA4A 1UIVA 3OMBA 3FD3A 4ESWA 3T66A 1MPDA 2V84A 5A5XA 2RF1A 2ZYOA 4GF8A 1SI0A 5I59A 4QFOA 4KD5A 5AA1A 1H43A 1LBCA 5FHNA 1XVYA 1N0TA 3CSGA 1JQFA 1N84A 1POTA 1MY2A 1SQYA 4P11A 4GLIA 2DWIA 2VHAA 3OEKA 1N7WA 4FEBA 1OIBA 3O6GA 3VE1B 1MY1A 4IGRA 3TCHA 3RQTA 2XXHA 1O7TA 1TXFA 1Y4TA 2XXRA 3UA8A 2DVZA 4TOZA 4GL8A 4M1VA 3U72A 4OFLA 2R9JA 3G3IA 4OENA 1Q35A 2H25A 2F6PA 4I62A 1RKMA 4EF2A 2QS1A 3RTWB 1MQJA 2VD2A 4IB2A 1LAGE 4GRKA 1PBPA 1MRPA 1TT1A 1B3FA 2R6GE 1ZIUA 3SERA 2DWAA 5ICQA 2I49A 2P2AA 4K3FA 4LQ5A 1A8EA 4ELQA 4TQUQ 4GXSB 3MVXA 4GOTA 1R9LA 5I2NB 4NE4A 4R75A 1SW1A 3LUYA 3DM0A 1M5BA 1MQIA 4BDQA 5J1DA 2UVIA 5FTHA 3PPRA 2Q9TA 4DCXA 4I9DA 3L6HA 4LP2B 4MBPA 1FQCA 3FV1A 1H76A 2P1SA 2DXYA 2G93A 3EHSA 5B7DA 3H06B 4PFYA 1B0HA 5IKBA 4FECA 3T9VA 2DYXA 3DP6A 3FJMA 3FVOA 5ISUA 2VGQA 2RKMA 5I2NA 3K02A 1TFDA 3N6UA 1MXWA 1LLSA 4GQOA 1DPPA 4UACA 4QFPA 3FZVA 2YPNA 4G68B 3DLNA 3PUZE 2XX7A 4ZEBA 5B70A 2YJPA 4ZZAA 2PYYA 2I6EA 1LBBA 4U1OA 2O84X 3OSRA 1B9JA 1URDA 1CE2A 2HZLA 3QUFA 4I1DA 3U93A 4Z7EA 3KOTA 4JWYA 3IOTA 3MVZA 5HM4B 3B6WA 2FNCA 3HHFA 2ZYKA 3RT6B 4G68A 3VXCA 1A7LA 1IEJA 3TZAA 2VOZA 3IB1A 1Y3PA 3OXNA 3DP8A 1MDP1 1EZOA 4THIA 1TWYA 4KCDA 1B5JA 1OVTA 2QPQA 3IB2A 4IO3A 3H6WA 1B51A 3C36A 3ZS6A 2F78A 4DCYA 3MVYA 3UN6A 1I6QA 3PD8A 4F3SA 1YPNA 3LSWA 1TFAA 2BJJX 2F7CA 2XXXA 3H3GA 1AH5A 4F18A 1EZPA 3LR1A 2OWTA 4RXLA 4R9GA 4H0WA 3C32A 4OEVA 4JWXA 2DSFA 2RC7A 1Y3QA 3C31A 1D3KA 3U94A 3K1NA 1MPBA 3C35A 4NWDA 1O64A 1XC1A 4R6KA 5BWJA 2Y7RA 5KDTB 1B7UA 1UIUA 4ONYA 1VE4A 3P7IA 2GRVA 3RNNA 2QS2A 4H67A 4U1ZA 2IA4A 1XOCA 1MM7A 4ZE9A 3LSXA 3V8XB 3S4UA 4H5GA 3H7MA 3TKDA 4I8CA 1Q1KA 3VVDA 1ZU0A 3HN0A 5AA2D 4XKNA 3G7WA 4RY1A 1VFEA 5KDTA 4PETA 4MLVA 5DT6A 2F6GA 3OELA 5AA2B 3EPEA 4R73A 1GV8A 3U8QA 4LONB 1DTZA 1B0LA 3TUSA 1B58A 5JK4A 1B4HA 4FJPA 1P1OA 3G3KA 3FXRA 3C34A 3F11A 1MQDA 2V3QA 3VLWA 1MXUA 2XHDA 3BFUA 3IO4A 1YCJA 4YAHX 1R1NA 3RN8A 3TTNA 4IGTA 2FYIA 4AB5A 1JEUA 1US4A 4ZS9A 1HSLA 4JDFA 1A54A 3V5AA 4HTGA 4ZDMA 3K6VA 1PB9A 4NEDA 2IEEA 4Q5TA 4R6HA 1B4ZA 5I56B 1QULA 1I6BA 3CVGA 2G29A 1FTJA 5AA2A 3KZGA 2H9BA 5JTYB 1B5HA 3BFTA 2UYEA 2LAOA 2ONRA 3V83A 1FQDA 1NL5A 3KBRA 3MP6A 2I48A 1RYXA 3PUWE 3IO6A 2D5WA 3K01A 2I58A 4GD5A 1Z7NE 1VR5A 1Y4CA 4TLLB 2X26A 4ELRA 3R26A 3RT8A 4IY6A 2Q2AA 4XXUA 3D4GA 3I5OA 5TPAB 5I56A 1FQEA 4R9FA 4YMBA 1FTLA 3T9HB 2NXOA 1P99A 3PV0E 5F1QA 1QVSA 3EHTA 1M5FA 3KG2A 3H6UA 4QFKA 1T0KA 3L6GA 1A40A 4U2RA 1D4NA 2AL5A 3FXUA 4GFRA 5LOMA 1FW0A 4H8JA 3QSLA 1PC3A 5TP9A 2REJA 1LAXA 4YZZA 4F1YA 3OOAA 3VV5A 4BDOA 2GHAA 3OO6A 4OZ9A 4O3CA 3KN7A 3SKPA 1S9TA 4PFUA 3MVWA 3MZ1A 4U22A 4E0WA 4EQ7A 1MS7A 4O3BA 3TMGA 3GLBA 3T9UA 4EDPA 1DMBA 4GL0A 4QF9A 3KSXA 3OO7A 4DIGA 1OLCA 4P0GA 5L9OA 2Y7KA 5H8QB 2QMWA 5K2XA 4JWOA 1XHYA 3TFLA 1AL3A 1NNPA 2AYSA 2HFBA 3H6VA 4F3GA 3IX1A 1P1QA 4KYDA 1JVXA 2ZNTA 3Q29A 4ISUA 1WVJA 4G77A 4RPNA 3MJNA 3OEMA 3W15C 3SEXA 2UXAA 5HBCA 4ND9A 2DWHA 4BDNA 4NMYA 3K4UA 2UYFA 1JW4A 4LUBA 1Z7ME 3WAFA 1IXIA 3Q27A 4LVQA 3U1OA 4TLMB 4NF5B 1AIVA 5H8QA 1BP5A 5KZTA 4ZEDA 4C1UA 4NF6B 4F2OA 4F3BA 2XD3A 4AQ4A 2QJEA 3TCGA 3VLUA 3UK4A 3LC8A 1A55A 4R74A 3A3UA 3G3JA 4ZE8A 3R6UA 4KHZE 2F34A 1NNTA 1MXZA 3JZJA 1NH8A 1YTVA 1WDNA 1B1HA 2D3IA 3FASA 3MWBA 2DOJA 4Z0IA 1IUDA 2PMSA 1Y20A 3IOWA 4H8IA 1B3HA 2XXUA 4QRZA 2F97A 4KR5A 1FQAA 2OJTA 4HCYA 2XXYA 4NF6A 1LCFA 2ZYMA 2A5TB 4YB5A 3O29A 3TAJA 4DE8A 4BDRA 4XIGQ 1MQGA 1LFGA 5EYFA 1IXHA 3CI8A 3G3GA 1B7ZA 2I3VA 4KPTA 2V3TA 1B7HA 2F8DA 1ZMGA 3Q28A 4ECFA 2Q89A 5CMKA 1NFTA 4PE5B 3VDFA 3MAMA 4DDDA 1OMPA 3K00A 3MZBA 4PP0A 4FAJA 3TPAA 2HZKA 1MPCA 3W9VA 3TTKA 4OYVA 5FHMA 5DVJA 4BDLA 4QFNA 3K6XA 2A5TA 4F39A 2NOOA 5L8DA 3EN3A 2Y7PA 2XXIA 3E13X 3SESA 4X1BA 5ELVA 1UTBB 2QMXA 4FORA 4N07A 4HCWA 3KEIA 3IOVA 4X1DA 3E9XA 2Z23A 3KN8A 1QUJA 3FGSA 3TYHA 3VVFA 3PMVA 3Q25A 3E4RA 2Z8FA 2B3FA 4YU0A 3S9LC 4YB7A 3CG3A 1MM6A 1H3DA 2OLBA 3IR1A 3K0VA 4BDMA 3M3LA 1N76A 4JB7A 3TQWA 3TQLA 1LGBC 2QS4A 4N13A 1MG1A 2OZZA 4IO2A 1DPEA 4G68C 3SEUA 1UTBA 4IO6A 1DTGA 1F9BA 3FJGA 4G8HA 1P1WA 5ITOA 2XXQA 3GBAA 4U4SA 3T9XB 1PEBA 1B46A 5M2VA 1QUKA 3C33A 4ZEIA 1PDAA 3TTMA 5TU0A 3ILUB 4RJZA 4F31B 2I4CA 1BKAA 1LFIA 4F29A 5DYHA 1II5A 5FHOA 3EHUA 2RCBA 1B3LA 1PB8A 4N6PA 3B6TA 4OESA 5JEIA 1WODA 3N5LA 4DZ1A 4XKPA 3PGFA 3A09A 2V25A 1M5CA 2ZYNA 2O51A 4PFTA 2ZMBA 2XXVA 3QK6A 3PPPA 3UORA 1SVXB 1IITA 3KJTA 2D21A 3O66A 1H44A 4OTEA 1URGA 4NF4B 4GVOA 1IXCA 3FUZA 5DEXB 2M8CA 2I4BA 2QRYA 2ZNSA 4IO7A 3O6IA 4LZ8A 5CM6A 4OHNA 3MW0A 1JW1A 4P0IA 2NUVA 4NF8B 2QS3A 4QSEA 1D9YA 4WEDA 5KCJB 1USYH 5I58B 3DELB 1L5TA 1USYE 5CBRA 4JSOA 4ZEKA 3N94A 3VLVA 1RYOA 2H98A 4NF4A 2R71A 2Z8EA 1IQ7A 3K2DA 2O1LA 2DE3A 1MH4A 4R2BA 1ATGA 5DEXA 4ESXA 2RINA 3UIFA 3TDJA 5CRYA 4F22A 2HAUA 3W9WA 3AXFA 3FVGA 3TTRA 1A99A 4KYSA 1NKXA 4NF8A 4G4PA 5KCJA 4RA1A 1VFDA 5I58A 3PPQA 4WKMA 3IJXB 1ZLQA 3EQ1A 2O68A 4RPOA 1POY1 2O1MA 4IO4A 1YAEA 3CFXA 4KCCA 2Y7IA 4OQOA 1I6AA 3CG1A 3HHGA 2O6AA 3U92A 3OO9A 1MY4A 4HS7A 2XD2A 4YMAA 3H6TA 2B65A 4WEPA 1P1NA 3CFLA 2PT2A 1IIWA 1LAFE 2Q88A 1URSA 2O69A 4MH5A 3MBPA 2NVUB 1SDXA 3R7XA 3ILTB 4C1TA 5I2KB 3MQ9A 3KSJA 3PUYE 1LSTA 3ZKKA 5DVIA 4XTCQ 2F35A 3TEPA 4OEUA 5JTYA 4Q30B 1O63A 1QKBA 1N3XA 2HXWA 1FQBA 4OMBA 2W7YA 1AMFA 1B5IA 1D9VA 3O9PA 1A8FA 3JYRA 3H03A 3PMWA 3MC2A 2E0SA 3C4MA 4U23A 1J1NA 3E3KA 3ECRA 5AA4B 3FVNA 4MFIA 3RY3A 2O7IA 2WKYA 5I2KA 4R72A 5TPAA 5K2YA 5H8FB 2V93A 3N26A 3TTLA 4YB6A 2CMOA 5CMCA 5A5XB 3O2AA 4RK2A 1MY3A 3TODA 1M5DA 1Y3NA 3I3VA 2PX1A 5I59B 3IAZA 5H8NB 2GHBA 3O28A 4QSCA 4EF1A 1JEVA 1Y1ZA 1QJMA 2YLNA 5I57B 2THIA 4OWDA 1MDQA 3BKIB 3SETA 1OQGA 4F19A 3M8UA 1B1XA 4OFOA 5IAIA 1OLAA 2OBGA 3HSTA 4EXKA 4G8MA 3M3FA 1ZJLA 2ALUA 3FXQA 5H8FA 2AL4A 2OK2A 4QFLA 2DE4A 1FTOA 1B52A 4YKJA 2AIXA 3IORA 4LZ7A 3IOUA 4RYAA 4PQJA 2QL3A 1N3WA 5H8NA 2PT1A 4XKQA 4DXBA 1KWHA 3B6QA 2DP8A 4FIMA 1JETA 5I57A 2Q8JA 3TCFA 3T22A 2P0SA 2E1SA 3GXAA 4MLQA 3DP4A 4KQPA 3ONMA 1EZ9A 4E0XA 2RC9A 2ESNA 3EF7A 1FTKA 3A3CA 5L9MA 4H6DA 1NNFA 4ZZEA 2GFEA 1VSOA 1EU8A 3ODBA 3PMXA 4NF5A 4ELOA 3MPKA 2OCUA 1SYHA 2KLFA 5H8HB 3ZKLA 1FQFA 3FIRA 3SDFA 2PVUA 3S9MC 2CZLA 3HCQA 1PBQA 2HEUA 4NWCA 1I69A 2H99A 4WXJA 1XT8A 3S9NC 3KN3A 1MH3A 4OETA 5DVFA 1B2HA 4YICA 4FATA 3K6UA 3PUXE 3QYTA 2UVGA 3RPWA 3RGYA 4QHQA 3HO7A 3LBSA 5H8HA 2F7BA 3MP1A 4C0RA 4H5FA 2Y7WA 5FTIA 1S50A 1SW2A 1NNKA 2XX9A 2VD3A 2X7PA 3ZSFA 3IJOB 5AE4A 3MUQA 3O97A 1LB8A 4LQ2A 1ZBMA 1B05A 3CR9A 1SBPA 4U21A 2DE2A 3V89B 2PBWA 4KYEA 4F1VA 3MPLA 1SD3A 4F1UA 2QSXA 5ITPA 2B3BA 4NTLA 3SEWA 3KOSA 1MXVA 1GVCA 3VFJA 5EHSA 2UVHA 4EQ9A 2DXRA 4GWOA 3H4ZA 1AOVA 1BTJA 1DOTA 1HSJA 3LSLA 5F7VA 1QKAA 3KGCA 2I0BA 1LB9A 3G3FA 4YKKA 3UGWA 4R2FA 2ONSA 3T93B 1JNFA 4Q0CA 2XXTA 2H4IA 4DLDA 4H1XA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3I6VA 3PD9A 5ET8A 4XEQA 5LTCA 4X9TA 1FPIA 1N04A 2XXWA 2DS9A 1MXYA 1LAHE 2RC8A 4MF3A 1NV3A 2X7QA 1P1UA 1LFHA 5AA3A 3G3HA 2A5SA 1JVYA 1IMBA 1SI1A 3FATA 1LBYA 3CRBA 2Z8DA 3Q26A 5BUUA 4H65A 2I3WA 2XX8A 5CMMA 4PF8A 1B3GA 1Q9DA 4PBHA 2RCAA 1Y9UA 4JSDA 4POWA 3GBBA 1ANFA 4BLAA 3MP8A 3PPNA 1FTMA 2ANJA 4NQ8A 4OERA 1RDYA 1QUIA 2F7AA 1LCTA 1S7YA 1JW5A 1NMUA 3TELA 3RLFE 2V4CA 1XI6A 4XKRA 2WBBA 4KI0E 3KFMA 4GXAA 3S9EA 3FV2A 1XS5A 4DXUA 4YKIA 1FCKA 3O6HA 4LA9A 2O7UA 4UABA 3QIMA 4ZEFA 5CI5A 3BIHA 2GH9A 2ABHA 2GQ1A 4LATA 4EUOA 3LSFB 3NOHA 3K1MA 4O3AA 2NWJA 3CFZA 2UVJA 4FEDA 1QW0A 1CB6A 4AB6A 4F2QA 3UP9A 3USDA 1UQWA 4DXCA 2ZNUA 4OFJA 4FE8A 3VVEA 1DSNA 4IY5A 3SEYA 2XA5A 2FIXA 2XXPA 3FJ7A 3U65A 4JXIA 1IZ1A 3GZGA 3IB0A 4ELPA 3T96B 4FBPA 3KJ7A 3BBRA 4YKPA 3WAEA 1YXIA 5I84A 4POXA 4PGNA 4NGUA 2HQ0A 4RNSA 4F3PA 1GGGA 1NV7A 4GBWA 2HCAA 2HAVA 1M5EA 5EHMA 5J16A 2Y84A 4MAGA 4KXPA 5I7IA 3MZ9A 5CBSA 1PB7A 2I0CA 1SYIA 5ICTA 3QXMA 3CIJA 1BLFA 5DTBA 2OWSA 3K1PA 1US5A 3N6TA 4OVJA 1GR2A 2DWJA 3K6WA 4O7IA 3PUVE 2V3UA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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