3VLVA

Crystal structure of sphingomonas sp. a1 alginate-binding ptotein algq1 in complex with unsaturated triguluronate
Total Genus 183
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
183
sequence length
490
structure length
489
Chain Sequence
REATWVTEKPLTLKIHMHFRDKWVWDENWPVAREVARLTNVKLVGVANRAATNSQEQFNLMMASGQLPDIVGGDNLKDKFIRYGMEGAFIPLNKLIDQNAPNLKAFFKTHPEVQRAITAPDGNIYYLPYVPDGLVSRGYFIRQDWLDKLHLKTPQTVDELYTVLKAFKEKDPNGNGKADEIPFINRDPEEVFRLVNFWGARSTGSNTWMDFYVENGKIKHPFAEVAFKDGIKHVAQWYKEGLIDPEIFTRKARSREQTFGNNIGGMTHDWFASTALFNDALSKNIPGFKLVPMAPPINSKGQRWEEDARQIPRPDGWAITATNKNPVETIKLFDFYFGPKGRELSNFGVPGLTYDIKNGKPVYKDTVLKAAQPVNNQMYDIGAQIPIGFWQDYEYEQWTNDVALQGIDMYIKNKYVLPQFTGVNLTVEEREIYDKYWPDVKTYMFEMGQSWVMGTKDPEKTWNDYQQQLKNRGFYQVMIVMQKAYDRQY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Recognition of heteropolysaccharide alginate by periplasmic solute-binding proteins of a bacterial ABC transporter
pubmed doi rcsb
molecule tags Sugar binding protein
source organism Sphingomonas sp.
molecule keywords AlgQ1
total genus 183
structure length 489
sequence length 490
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-12-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3vlvA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3vlvA02
3T9XB 5KDTA 2Z22A 2PBWA 5TP9B 1MQGA 5M2VA 3TTKA 3BKIB 4F1VA 1JW1A 4IY6A 4ZS9A 4F2QA 1B0LA 1GV8A 2F6GA 1URDA 5AE4A 1MH4A 4RXLA 2DXYA 4IO6A 1D9YA 1FQCA 1LAFE 2RF1A 5H8SA 1P1UA 2QJEA 4YAHX 2R6GE 1A55A 2OJTA 4K3FA 1B58A 3DM0A 3D4CA 3FD3A 1NNPA 4PQJA 3RT8A 1B3LA 1YTVA 3G7WA 3CSBA 3QAXA 1LCFA 2IA4A 1SI0A 2P2AA 1S9TA 1IITA 3H3GA 3SEYA 3UA8A 4LA9A 2F8DA 4LQ2A 4DXUA 4BDNA 3PPRA 3K0VA 1B52A 1JNFA 1AMFA 5EHSA 2G29A 3CR9A 1UIUA 3EPEA 1B05A 3KBRA 2ZXTA 4KCCA 4F2OA 2YPNA 4KPTA 4NF8B 3N6TA 1OLAA 1AIVA 3QIMA 1JEVA 3LR1A 4G8MA 4M4GA 4G77A 4LQ5A 4OWDA 1I6AA 2ALUA 1SW4A 4ESXA 4YU0A 4E0XA 4JWXA 1MG1A 1XHYA 3N6UA 2PT1A 3T22A 3K6XA 1Z7ME 3C4MA 4H67A 2ZYOA 4HTGA 4P0IA 4ZDMA 1LAHE 2OWSA 1US4A 4IGRA 3U93A 5AA4B 4NE4A 1H44A 1PC3A 3BFUA 5ITOA 2V3TA 4GXSB 4FECA 4NF8A 1D4NA 2Y7RA 1IQ7A 3DELB 1MXUA 4ONYA 3CFLA 3FATA 3SKPA 3KOTA 3QSLA 2D5WA 4ZECA 2XXXA 3IO4A 1UTBB 3KSJA 2HAUA 5CBRA 1ATGA 1MQDA 2R9JA 5I2KB 3KFMA 2QMWA 1B5HA 1MY1A 2PX1A 3FGSA 1XS5A 5H8HB 3OO8A 2QRYA 2DVZA 1A8EA 1B3EA 1A54A 3SDFA 4Q5TA 4R9FA 4PFWA 5ITPA 3IOTA 4MF3A 3D4GA 4GOTA 3M3KA 1UTBA 3U8QA 4JDFA 3RTWB 2XX7A 2ZYNA 3CG3A 4I62A 1HSLA 1MXWA 1SI1A 2UYEA 1P99A 3RTFB 3KJTA 1M5DA 3EHSA 3A3CA 1H45A 4BDOA 5H8HA 3LUYA 4M1VA 3E3KA 5I56B 3LSFB 1Q35A 2OBGA 2UYFA 3VDFA 3KG2A 3OELA 1PDAA 4U22A 1A99A 3HCQA 3MBPA 2VOZA 3O6GA 2OCUA 1B5JA 4GXAA 1XVXA 1IXHA 4BLAA 1Z7NE 1TFDA 1XT8A 1M5CA 1YAEA 4IGTA 3LSWA 3QK6A 2F34A 3OENA 1IEJA 1Y3QA 3Q29A 3ZS6A 3RY3A 3FJMA 4KHZE 2DWJA 1ANFA 1Y4TA 5I56A 2Y7PA 3KN7A 5BUUA 1SQYA 3JV9A 2Y7IA 1MS7A 3MPLA 3H6TA 1AOVA 4RYAA 1SW5A 3T9HB 1WODA 1QKBA 3T93B 2CMOA 2DQVA 5ICQA 4OQOA 2ONRA 2Q9TA 4EF2A 4RPOA 3TKDA 3MP8A 4QFPA 4HW8A 2XXIA 2AYSA 5B70A 4JXIA 3R7XA 1P1QA 4ZE9A 5ISUA 3ONMA 5EHMA 2O1MA 1NL5A 2ANJA 1B4ZA 3ZKLA 1PEBA 2M8CA 1N7XA 3OEKA 4JSDA 2DS9A 4F1YA 5I57B 2NVUB 3VLWA 3SEVA 4NTLA 1UQWA 3HV1A 1LSTA 3HSTA 3VLVA 3DP8A 3T9VA 4NWDA 4TOZA 4XKRA 1B40A 1N76A 3FIRA 2XXUA 2O68A 1MY4A 4GD5A 1QVSA 2CZLA 4U2RA 1MQJA 5CMBA 4HCWA 4IO4A 4YKIA 1D9VA 1POY1 1N3WA 4KFQA 2F78A 2QMXA 3IB1A 4ZEDA 4G8NA 1ZBMA 4ZEIA 2O6AA 3K1PA 3CFZA 1SW1A 5CMCA 5I57A 2O69A 4F3BA 3CVGA 4Z0IA 1PB7A 4G68C 3TMGA 1MDQA 3ODBA 3IOWA 2RCBA 4OERA 3FVOA 3TCGA 3MVXA 1B1HA 1N84A 3R6UA 2VP1A 2GH9A 5KZTA 3ILUB 1N0TA 1LB9A 1LBBA 3HPIA 1SVXB 4O3CA 2Z8FA 2RKMA 4PE5B 2DWAA 4C1UA 2QL3A 1JEUA 4OZ9A 4ZEKA 1PBQA 2X7QA 1MXVA 4Z7EA 4R2BA 3H6UA 3Q25A 1QKAA 4ELPA 3RQTA 1B0HA 3TTLA 1JQFA 2YJPA 2XXQA 3K6WA 3O97A 3SERA 4HCYA 3OEMA 1US5A 3OSRA 3KSXA 3PMVA 5KCJB 4NF4B 1B3FA 2Q2CA 5CI5A 3GXAA 1IXGA 1RYOA 1VFEA 5H8FA 4U1OA 3TCFA 4YB5A 2O7IA 2F7AA 3ECRA 5DVIA 1I69A 2DXRA 1WVJA 4QFKA 3MQ9A 4LONB 4R6HA 5F7VA 4LVQA 3H7MA 4YKJA 3SEXA 4ZE8A 5CMMA 1POTA 1QUJA 2XXHA 4R6KA 3VVDA 1DTGA 1TFAA 3R26A 5KCJA 4NF4A 1M5FA 3BFTA 4PETA 1MM7A 1PBPA 4KYEA 5JTYB 3OO9A 3H03A 4ZEFA 1MY2A 4DCYA 1NNKA 2OLBA 4F31B 1DSNA 1ZLQA 1MXYA 2DWHA 2DE2A 1DPPA 2XXPA 3EQ1A 2Z23A 3Q28A 4KQPA 3O29A 4F3GA 4DZ1A 1MH3A 4LP2B 3M8UA 5JTYA 2UVIA 1N3XA 4ISUA 2Q2AA 1PB8A 1XC1A 5LOMA 3UP9A 1A40A 3S9NC 5FTIA 4XXUA 3TODA 2PT2A 4ZZEA 4EXLA 3G3HA 1MRPA 3O9PA 2Q89A 3ZKKA 3MP6A 4MH5A 2PMSA 4XKQA 5JEIA 3MWBA 1LAXA 1NH8A 4KI0E 3Q27A 4BDRA 4F3SA 1I6QA 2RINA 3H4ZA 3K00A 1P1OA 2I0BA 5TPAA 1S7YA 2VD2A 1IXIA 2HCAA 2D3IA 3PPQA 3PV0E 2I6EA 3IOVA 1FQBA 1JVYA 4GVOA 3W9WA 4BDLA 3VXBA 3TPAA 4FORA 3GZGA 5H8NB 4I8CA 1QUIA 2NXOA 3VVEA 2X7PA 3LBSA 4RK2A 2P1SA 1WDNA 5CMKA 2QSXA 3IO6A 1HSJA 5F1QA 5I58B 1II5A 3VV5A 4DE8A 5ELVA 4Q8RA 1JVXA 1D3KA 4GL0A 4R6YA 3CFXA 3B7DA 4AB6A 4IO2A 4GIZA 3FUZA 5FHMA 3G3IA 4XIGQ 3LC8A 1SDXA 3C36A 1GR2A 1O63A 5AA2A 3CIJA 1SW2A 4OMBA 5H8NA 1JETA 1MQIA 1USYH 2H9BA 5I84A 4JWYA 2F36A 1ZJLA 2Y7WA 3SESA 4C0RA 2RC7A 3N26A 2H25A 2ZMBA 4JB7A 4ND9A 4ELQA 2AIXA 4QFOA 4U21A 5I58A 3VFJA 1FTLA 1B5IA 3IX1A 4F3PA 1DMBA 4OENA 4LUBA 4XTCQ 4ECFA 4PP0A 4F18A 3TEPA 1IIWA 4X1DA 3IOUA 2I4CA 2GFEA 3KGCA 2F6PA 2VGQA 4G8HA 4LZ5A 2REJA 3L6HA 3VLUA 3PPPA 4EDPA 3RNNA 3N5LA 3PGFA 4FEDA 2Q8JA 3OO6A 4QF9A 3KZGA 1MPBA 4OETA 1B46A 3IJXB 4KYDA 4OHNA 5L9OA 5BWJA 2O1LA 3TDJA 4QSDA 1FQDA 4DXCA 2AL5A 5A5XA 2E1SA 4UACA 4GQOA 5DVFA 3E13X 4P11A 2ESNA 2F7BA 4U23A 4RNSA 2P0SA 4RA1A 3RLFE 2GHBA 3OO7A 4H8JA 3RT6B 4RY1A 4BDMA 4G68B 5AA1A 1SYIA 4FAJA 3TZAA 2F5XA 3VXCA 5HBCA 3T9UA 1MY3A 3PPNA 4AQ4A 4DXBA 1QUKA 2XD2A 1OVTA 1T0KA 1NNFA 2B65A 2NUVA 1USYE 2E0SA 4UA8A 4IO5A 1BKAA 1H43A 3W9VA 4YB7A 3JZJA 2F35A 4EQ7A 1FTOA 2VHAA 3FV2A 4G68A 4DLDA 4ELRA 3L6GA 5EYFA 3H6WA 5IKBA 2REGA 3H6VA 5JK4A 4POXA 1MY0A 1M5BA 5L9SA 4LZ7A 2ABHA 2O7UA 2A5SA 2B3FA 3H06B 4JBZA 3N94A 2ZNTA 4IB2A 4R75A 2H5YA 1H3DA 5DVJA 3C34A 1S50A 2A5TA 2Q88A 4R2FA 2OK2A 5L9MA 1B4HA 1DPEA 3FVGA 2Z8EA 1MM6A 3EHUA 1J1NA 1RKMA 2DE4A 3TUSA 1ZTYA 4GRKA 4P0GA 2UVGA 3OOAA 3FXRA 1RYXA 4ESWA 4YMAA 4BDQA 2H99A 3RGYA 3CI8A 2ZYMA 4THIA 1M5EA 3IB2A 5H8FB 3UORA 1TWYA 5AA3A 5DTBA 2XX8A 1Y4CA 3KN8A 5H8QB 2O84X 4F19A 2XX9A 5DEXB 4OEUA 1NNTA 3K02A 4IY5A 2HXWA 1MPDA 3PD8A 1B1XA 4GFRA 4H0WA 4H65A 3PD9A 2I49A 4O3BA 1LB8A 5I2NA 3Q26A 3V8XB 2PYYA 4OEVA 3K6UA 2I3WA 2F7CA 3UGWA 1CE2A 3QYTA 1LBCA 5H8QA 3F11A 4WEDA 4PFTA 2ONSA 2Y7KA 1A7LA 2V93A 3CRBA 2H98A 2I58A 5DEXA 5FHNA 4RK9A 2XD3A 3BBRA 3KN3A 1IXCA 3VE1B 2XXWA 2KLFA 4L17A 3S2VA 4GWOA 1GGGA 1R9QA 2THIA 3K4UA 4XKNA 2G93A 4GLIA 1DTZA 2IEEA 4PFUA 2DP8A 2F97A 1O7TA 4JWOA 2V3UA 1GVCA 5FTHA 4F39A 1EH3A 4KD5A 1URGA 3FZVA 3PPOA 4NF5B 1Y20A 4QHQA 1I6BA 1Y3PA 3IJOB 2DOJA 4R9GA 2HEUA 3G3FA 1Y1ZA 3V83A 1B51A 1B7ZA 1HSEA 1MQHA 3O66A 1OVBA 2DVCA 2BJJX 3U1OA 1ZMGA 5CC2A 3FV1A 3PMWA 2YLNA 3MPKA 1LLSA 1TXFA 1NH7A 1NFTA 3I6VA 2RC8A 3T96B 5DYHA 4NEDA 4NF5A 3OSQA 3K01A 3I5OA 5TPAB 3C31A 4PFYA 3K1MA 4EQBA 2PVUA 3A09A 4FEBA 2NWJA 1AH5A 5TP9A 3AXFA 4OTEA 3EN3A 1SBPA 1ZIUA 4IO7A 3FVNA 3MVYA 4H8IA 4EUOA 1YPNA 2XHDA 3C32A 5K2YA 1DOTA 3O6IA 3PUYE 4OESA 1KWHA 1YCJA 1QULA 1IZ1A 3O28A 5I59B 4IO3A 3IL1B 4KR5A 1QJMA 3KOSA 3ZSFA 4KCDA 4DIGA 5ICTA 3QUFA 4HS7A 1R9LA 4OFOA 2D21A 4RJZA 5AA2B 4U4XA 4MLVA 2I48A 2Y84A 2R71A 4H5FA 5B7DA 4R74A 4JSOA 1TT1A 2XXYA 3UK4A 4F22A 1SD3A 1FQEA 3U94A 4DDDA 1B32A 1CB6A 3LSXA 1FTMA 3CSGA 4WEPA 2V84A 1ELJA 5DT6A 4F29A 5I59A 2UVHA 4QRZA 1OLCA 4XKPA 2FYIA 1B9JA 2V25A 2FA7A 3LSLA 4FATA 4LZ8A 3ILTB 5K2XA 3S9MC 2H4IA 3PUWE 2I3VA 4TLLB 3IK6B 5AA2D 2NOOA 4NMYA 5AA4A 4I1DA 1ZKBA 1P1NA 1QW0A 4H6DA 4E0WA 1IUDA 3V5AA 1MPCA 2UVJA 4R72A 3M3LA 1OQHA 4MFIA 2FNCA 3FJ7A 1B3HA 2UXAA 1O64A 5CM6A 3PU5A 3TTMA 1GTKA 3G3KA 5J1DA 3PUVE 1MDP1 3MC2A 2XXTA 5A5XB 4YKKA 5I2KA 4N6PA 1AL3A 3IR1A 1FTKA 3B6TA 5TU0A 2HZLA 2AL4A 1MXXA 3V89B 3WAFA 2XXVA 2ZNSA 3SEUA 3TQLA 2QPQA 2GHAA 1BP5A 3TTNA 2HZKA 4F1UA 2OZZA 3TYHA 4ZZAA 4EF1A 1URSA 3B6WA 2DSFA 2GRVA 1OQGA 1XOCA 2I0CA 4X48A 2HAVA 1N04A 3HO7A 1B6HA 3GLBA 4EQ9A 5CRYA 3U92A 2RC9A 3UN6A 4ZEBA 3PUZE 3PMXA 1R6ZA 5HPQA 2DWIA 3G3GA 1NMUA 2ZYKA 4Q0CA 1FCKA 3C9HA 5HM4B 3MW0A 3JYRA 1FQAA 3S4UA 1B7HA 2X26A 5L8DA 4N13A 3QUJA 3TFLA 1Q1KA 2V3QA 4FIMA 4OFJA 3T66A 5IAIA 3MZBA 4R73A 4QSCA 3KEIA 1B2HA 3S9LC 1PB9A 1VSOA 3FXUA 4X9TA 1Y1MA 4YZZA 1XVYA 3MAMA 3A3UA 1SYHA 3HHGA 4TQUQ 1FTJA 1A8FA 4OVJA 1UIVA 3MJNA 1FQFA 1LFGA 3I3VA 2W7YA 2ONKE 3FASA 3OD7A 4LATA 4Q30B 2A5TB 3FJGA 3MVZA 2OWTA 4U1ZA 3FVKA 2DYXA 4NF6B 3CG1A 3MZ1A 4QFLA 3HN0A 1UTHB 4POWA 3G3JA 3SETA 1JW4A 3EHTA 3HHFA 3E4RA 3GBBA 2RCAA 3MUQA 1Y9UA 4NWCA 4WKMA 1EU8A 1VR5A 1H76A 1LFHA 3DP4A 3OXNA 4KYSA 4GL8A 3UIFA 1OMPA 3TCHA 4WXJA 4NF6A 2QS1A 3TAJA 4MLQA 4OXVA 1ZU0A 3THIA 1MXZA 2HQ0A 1EZOA 1VE4A 2ZNUA 1P1WA 1UTHA 1LCTA 3W15C 1OIBA 4G4PA 1L5TA 3QXMA 3MP1A 4I9DA 4OFLA 1JW5A 5I2NB 3SEWA 3RN8A 3PUXE 4H5GA 3DLNA 1EZ9A 3WAEA 3E9XA 2I4BA 2QS2A 4YB6A 4TLMB 3K2DA 3P7IA 3USDA 2Z8DA 2O51A 2WKYA 1VFDA 4AB5A 2QS3A 3C35A 1FW0A 3OMBA 4RPNA 1NKXA 3MVWA 2VD3A 1B7UA 4YMBA 4H1XA 3KJ7A 4QSEA 2QS4A 1N7WA 3O6HA 3TTRA 4U4SA 4N07A 5FHOA 3RUMA 3TQWA 1BTJA 3RPWA 2DE3A 3M3FA 1R1NA 1LGBC 5CBSA 2B3BA 2LAOA 4OYVA 3K1NA 4MBPA 3IB0A 3U72A 3IAZA 3FXQA 1LFIA 1B3GA 1EZPA 5KDTB 3K6VA 4YICA 4ELOA 4EXKA 1F9BA 3B6QA 4FE8A 1LAGE 1BIYA 4G2ZA 3DP6A 1BLFA 3TELA 3EF7A 3IORA 4GF8A 4DCXA 3S9EA 4O3AA 3C33A 2HFBA 4QFNA 3GBAA 3VVFA 4X1BA 4C1TA 4FJPA 3MZ9A 2XXRA 3O2AA 4YKPA 1Y3NA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3T9XB 5KDTA 2Z22A 2PBWA 5TP9B 1MQGA 5M2VA 3TTKA 3BKIB 4F1VA 1JW1A 4IY6A 4ZS9A 4F2QA 1B0LA 1GV8A 2F6GA 1URDA 5AE4A 1EYJA 1MH4A 4RXLA 2DXYA 4IO6A 1D9YA 1FQCA 1LAFE 2RF1A 2QVRA 5H8SA 1P1UA 5LDZA 2QJEA 1YYZA 2QVUA 4YAHX 2R6GE 1A55A 2OJTA 2HHMA 1B58A 4K3FA 3DM0A 3CHGA 3D4CA 3FD3A 1NNPA 4PQJA 3RT8A 5EQAA 1B3LA 1YTVA 3G7WA 3CSBA 3QAXA 1LCFA 2IA4A 1SI0A 2P2AA 1S9TA 1IITA 3H3GA 4PFIA 3SEYA 3UA8A 1LBYA 4LA9A 2F8DA 4LQ2A 4DXUA 4BDNA 3PPRA 3K0VA 3FXBA 1B52A 1JNFA 1AMFA 4N8YA 5EHSA 2G29A 3CR9A 1UIUA 3EPEA 1B05A 3KBRA 2ZXTA 4KCCA 4F2OA 2YPNA 4KPTA 4NF8B 5ET7A 3N6TA 1OLAA 1AIVA 3QIMA 1JEVA 3KC1A 3LR1A 4G8MA 4M4GA 4G77A 4LQ5A 4OWDA 1I6AA 2ALUA 1SW4A 4ESXA 4YU0A 4E0XA 4JWXA 1MG1A 1XHYA 3N6UA 2PT1A 3T22A 3K6XA 1Z7ME 3C4MA 1FPIA 4H67A 4P1EA 2ZYOA 2P3VA 4FBPA 4HTGA 4P0IA 4ZDMA 1LAHE 2OWSA 1US4A 4IGRA 3U93A 4PAIA 5AA4B 4NE4A 1H44A 1PC3A 4MX6A 3BFUA 5ITOA 2V3TA 4GXSB 4FECA 2WX9A 4NF8A 1D4NA 2Y7RA 1IQ7A 3DELB 1FPEA 1MXUA 4ONYA 3CFLA 3FATA 3SKPA 3KOTA 3QSLA 2D5WA 2R8TA 4ZECA 2XXXA 3IO4A 1UTBB 2DDKA 3KSJA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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