3VLWA

Crystal structure of sphingomonas sp. a1 alginate-binding protein algq1 in complex with mannuronate-guluronate disaccharide
Total Genus 179
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
179
sequence length
489
structure length
489
Chain Sequence
EATWVTEKPLTLKIHMHFRDKWVWDENWPVAREVARLTNVKLVGVANRAATNSQEQFNLMMASGQLPDIVGGDNLKDKFIRYGMEGAFIPLNKLIDQNAPNLKAFFKTHPEVQRAITAPDGNIYYLPYVPDGLVSRGYFIRQDWLDKLHLKTPQTVDELYTVLKAFKEKDPNGNGKADEIPFINRDPEEVFRLVNFWGARSTGSNTWMDFYVENGKIKHPFAEVAFKDGIKHVAQWYKEGLIDPEIFTRKARSREQTFGNNIGGMTHDWFASTALFNDALSKNIPGFKLVPMAPPINSKGQRWEEDARQIPRPDGWAITATNKNPVETIKLFDFYFGPKGRELSNFGVPGLTYDIKNGKPVYKDTVLKAAQPVNNQMYDIGAQIPIGFWQDYEYERQWTNDVALQGIDMYIKNKYVLPQFTGVNLTVEEREIYDKYWPDVKTYMFEMGQSWVMGTKDPEKTWNDYQQQLKNRGFYQVMIVMQKAYDRQY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Recognition of heteropolysaccharide alginate by periplasmic solute-binding proteins of a bacterial ABC transporter
pubmed doi rcsb
molecule tags Sugar binding protein
source organism Sphingomonas sp.
molecule keywords AlgQ1
total genus 179
structure length 489
sequence length 489
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-12-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3vlwA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3vlwA02
2W7YA 4TQUQ 3OO9A 3M3LA 3G3IA 3TCHA 5DEXA 2F36A 3OEKA 4EF2A 4ZE8A 2I4CA 4GIZA 1SVXB 2I6EA 4DE8A 2ZYNA 3RN8A 2XXUA 3IB1A 4GQOA 3VXBA 1H3DA 1JW1A 4YKIA 1B3HA 3OELA 4RJZA 1H44A 4I8CA 2KLFA 4WXJA 3ODBA 5I2KB 1EH3A 3SEUA 3G3KA 4NWCA 4WEPA 4XIGQ 4H1XA 4MBPA 5BUUA 2I49A 4H5FA 1NNKA 1YAEA 3KOSA 3Q25A 4R6HA 2R6GE 4G8MA 2OWTA 3LSFB 1A55A 3TFLA 5TP9B 1SI0A 4QSCA 3I3VA 2F7CA 2XXIA 3SKPA 5BWJA 3N26A 4PP0A 2VD3A 5H8FB 4EF1A 2PX1A 2F6PA 5K2XA 3S2VA 1IXHA 3TZAA 1S7YA 4XKNA 1B32A 4POXA 3TTMA 1OIBA 1MDQA 3VLVA 3RNNA 2ESNA 5TPAB 1US4A 1MPBA 3PUZE 3A3CA 4G8HA 1B9JA 1HSEA 3Q27A 3KEIA 3OSRA 3K0VA 1AMFA 2ZYOA 4RPNA 1A54A 4ZDMA 1B7ZA 3FXUA 4NF5B 3MVXA 2DWHA 3KN7A 3LUYA 3U94A 2NUVA 2AYSA 1P1OA 4ZZEA 1VE4A 3K6UA 1Y4CA 5I2NA 5H8QB 1QUKA 4N07A 1B51A 4ESWA 5AE4A 3K02A 3GZGA 3R6UA 2Y7KA 3CRBA 4GXSB 4HCWA 4QFPA 3W9WA 2HFBA 1LBBA 3DM0A 4KI0E 4OERA 5I57A 3LBSA 5H8NB 1P1NA 3B6TA 2NXOA 3EF7A 3KFMA 2OZZA 3WAEA 2D5WA 3RUMA 1R1NA 3K00A 1MXUA 3B6QA 2O68A 2DYXA 4YB7A 3BFUA 4FEBA 5ITOA 1USYE 1N76A 3TTNA 4F2QA 4R2FA 1AH5A 3G3FA 4EXLA 4BDOA 2H9BA 3DELB 4OQOA 3MC2A 5LOMA 1B2HA 1QKAA 1FQBA 4ZEIA 2GRVA 4BLAA 3EHSA 1LGBC 3U8QA 4U21A 2UXAA 4ZZAA 1SI1A 5DT6A 3SEWA 4R75A 1UIUA 2XXHA 4QHQA 3E3KA 1I6QA 2Z23A 2REGA 3SEXA 2DVCA 5AA4A 4YICA 2ANJA 4PETA 2LAOA 1OVBA 3BBRA 4F3BA 4H8JA 4JBZA 3JYRA 3IL1B 4ZEKA 1LB9A 1N0TA 1RYXA 1A40A 4YMAA 1J1NA 5TU0A 2V3UA 2QRYA 3IJOB 2P2AA 4P11A 2GH9A 1O7TA 4KD5A 4F18A 1GTKA 3RPWA 4MLQA 3E4RA 2XXQA 3HHFA 3A09A 3KSJA 5JEIA 1EZOA 4R74A 3IJXB 3RY3A 4XTCQ 2WKYA 1MY4A 4XKRA 4IO5A 3RTWB 3JV9A 3KOTA 3ONMA 3RLFE 3MAMA 1I69A 5K2YA 3HCQA 2QS4A 3LC8A 1UIVA 1P1WA 1B58A 3BFTA 4DZ1A 4KR5A 2AL5A 2P1SA 4YB6A 3IOTA 2O84X 4ZEDA 5M2VA 3D4GA 3KJTA 2DXRA 4RK9A 5FTIA 3OENA 4FIMA 4MFIA 2V84A 1UTHB 3IOWA 2R71A 3K6WA 3TODA 5B7DA 3MW0A 1JEVA 2FA7A 2REJA 3QUJA 3TTLA 1ELJA 1ZBMA 2OK2A 3MZ1A 4R9GA 4F31B 1Q1KA 4AB6A 2PT2A 3HHGA 4M1VA 3WAFA 3MWBA 4FECA 2A5TB 3F11A 1FTKA 4F1YA 3M3FA 2XX8A 3U1OA 4DLDA 4WKMA 2G93A 3EPEA 3PUYE 2V3TA 2OWSA 1MY3A 2YPNA 1MY1A 3O2AA 3H7MA 3T9UA 3RT8A 2RC9A 3KG2A 4H0WA 1QVSA 2D3IA 1Y3PA 4U1OA 1OLCA 1NNFA 5ELVA 3SERA 3S9MC 2ZYKA 4IGTA 4F3PA 2DE3A 2I3VA 3Q28A 2QMXA 1SW5A 5DVJA 4F22A 3RTFB 1LAHE 4KCCA 2Z22A 3UORA 2H99A 1FW0A 4EXKA 3V83A 2A5SA 4RK2A 1B7HA 1ZU0A 4E0XA 3HO7A 4U2RA 3PUXE 4G68B 5HBCA 2HAUA 3Q29A 5AA3A 1DTGA 4XKQA 4UACA 4BDNA 2AL4A 4R6KA 2HZLA 5B70A 2DOJA 4JWXA 1NL5A 4XKPA 4NF6B 1MPCA 3K6VA 4U4XA 1ATGA 4Q0CA 3K2DA 5ITPA 5HM4B 4YU0A 4DDDA 1MXXA 3VLWA 3IB2A 4NF8B 1TT1A 1GV8A 5JTYB 4NE4A 4HW8A 1PEBA 3DLNA 4DIGA 4FEDA 3JZJA 2RKMA 4JWYA 5I58B 3P7IA 1TFDA 3C9HA 3S9NC 1SD3A 2Q88A 4QSDA 1UTHA 4YKJA 4RYAA 3FV2A 1UTBB 3FATA 5I56B 4F39A 3CSGA 1LBCA 5A5XA 4GWOA 4QFKA 3N5LA 5L8DA 3TPAA 1T0KA 1MXZA 5ICQA 1KWHA 1LFHA 4G4PA 4NEDA 1NMUA 4KYEA 3QK6A 3USDA 5I59B 2O7UA 2O69A 5AA2B 2UYEA 1HSJA 1QUIA 1Z7NE 3M3KA 2QS3A 2BJJX 3PPRA 4X1BA 1A7LA 3DP6A 4OFLA 4OWDA 1M5FA 3SEVA 3T9XB 2QMWA 3VDFA 1BKAA 4TLLB 1JVXA 4ONYA 4H6DA 1GR2A 4HTGA 3UP9A 3UIFA 3PU5A 2GFEA 3THIA 3E13X 4GOTA 1VFDA 2H25A 1H45A 2OBGA 4LONB 1PB7A 1FQCA 2O51A 2E1SA 4RXLA 1B1HA 3U72A 2UVGA 3KGCA 2NOOA 4EDPA 1Y1ZA 2RC7A 3T66A 4KCDA 3IAZA 4R72A 3HSTA 3H06B 2UVHA 3L6HA 3MQ9A 2DE4A 3VFJA 1URSA 4IB2A 3MP6A 1OLAA 1B52A 4LATA 2I58A 1I6BA 5HPQA 1WDNA 3M8UA 4OTEA 3CR9A 3I6VA 1LAGE 2V25A 1N3XA 4NF8A 4GL8A 4GVOA 3VV5A 4NF4B 1LB8A 4Z7EA 3ECRA 3K1NA 1QKBA 4RY1A 3PUVE 1MM7A 5AA1A 1Y3QA 1IXCA 2PYYA 3QAXA 4OVJA 4ZE9A 3TTKA 3B7DA 4IO4A 3AXFA 3C36A 5I56A 1XOCA 4KQPA 2THIA 2OLBA 2HAVA 3W15C 4Z0IA 2ZNSA 1Q35A 5CMBA 4OYVA 2AIXA 4BDLA 2XXRA 4FAJA 2YJPA 1DPPA 1HSLA 1LAXA 3K01A 4IO7A 3TEPA 2I4BA 4C0RA 3UA8A 1H43A 3FVGA 3LSXA 4YMBA 2Q8JA 2QJEA 4ZEFA 1QJMA 4DXUA 5I2KA 3TAJA 1MG1A 3IK6B 3QIMA 2YLNA 2G29A 4GLIA 3R26A 3K1MA 2CMOA 3Q26A 4U23A 1M5BA 3U93A 1EZ9A 2Y7IA 5TP9A 1ZKBA 3MBPA 1QUJA 1GVCA 3IOUA 2ZNTA 1D4NA 4E0WA 3OOAA 1O63A 4YKKA 3LSLA 3TKDA 3VE1B 3UN6A 5H8FA 4THIA 1MH3A 1S9TA 3T9HB 4PFUA 2XX9A 4H8IA 4R9FA 1BLFA 4K3FA 3O97A 3MJNA 2DQVA 3T93B 2H4IA 4F19A 1ZIUA 3OEMA 1OQHA 2V3QA 2ALUA 3OMBA 3EN3A 1B4HA 4OFJA 3T96B 5TPAA 4F1UA 5FHNA 4ZS9A 1DMBA 1XVYA 4F3GA 1ZJLA 1NNTA 4X1DA 4DXBA 3IO6A 3IOVA 4H5GA 1SYIA 2X7PA 1D9YA 3OD7A 1I6AA 1SW4A 3MP8A 4L17A 4OXVA 5ICTA 3H6VA 4NF5A 4LQ2A 4RA1A 1UQWA 4U4SA 1LSTA 2OJTA 3C35A 1WODA 4DCYA 2XD3A 4OEVA 4G77A 3TYHA 1B0HA 5H8QA 1P99A 3N6UA 4XXUA 2O1MA 4C1UA 4R6YA 1PB8A 3MZ9A 3CSBA 1O64A 3VVEA 1D9VA 1FTOA 3CFXA 3EHUA 4P0IA 5CM6A 3CIJA 4ND9A 5H8NA 5J1DA 1MXYA 3FUZA 2HEUA 5KCJB 2OCUA 4JXIA 3T9VA 1NH8A 3KSXA 4IGRA 3FVKA 1LCFA 2ONKE 2RCBA 5CMKA 3OO8A 2Y7PA 5DVIA 2V93A 4U1ZA 2VD2A 3GLBA 4JWOA 1Y1MA 3G3JA 2I0BA 2VHAA 1AL3A 4EQ9A 1B5IA 2DWAA 4RPOA 4I62A 5L9SA 3C34A 5JK4A 1MH4A 3FVOA 3T22A 4GD5A 3ZKKA 5KDTB 4Q5TA 2Y84A 2CZLA 4OFOA 4IO3A 1QW0A 2DVZA 3MVYA 4YB5A 4F29A 2DWJA 3O66A 2DWIA 4OEUA 1CB6A 1Z7ME 3OO6A 2RCAA 2F78A 4FJPA 5I84A 1URGA 3SDFA 4NTLA 4ELQA 2XHDA 1LCTA 4BDRA 3RT6B 2ABHA 3VLUA 3IO4A 2PBWA 2Q9TA 3K1PA 4ELPA 4MH5A 4M4GA 2F8DA 3E9XA 4YAHX 2XXVA 1YPNA 2ZNUA 4IO2A 3H6WA 5IKBA 2HCAA 1TFAA 1SDXA 3ZSFA 1WVJA 3BKIB 3TCFA 3VXCA 2FNCA 1L5TA 3PPPA 3TQWA 2Q2AA 4I1DA 4YKPA 5CBRA 1POTA 3PUWE 4LA9A 1DOTA 1Y9UA 3G3GA 2NWJA 1CE2A 2XXTA 1D3KA 5FHMA 1NKXA 2RINA 3G7WA 1B5HA 3K6XA 4FATA 3C33A 5IAIA 3MVWA 3QYTA 4ZECA 2IA4A 1ZMGA 4QF9A 4ECFA 3FJ7A 2X26A 3KBRA 1POY1 2XX7A 2XXPA 2DP8A 1MPDA 3DP4A 1SQYA 1JQFA 4LP2B 5KCJA 4PFYA 3O28A 5I2NB 1BP5A 3GXAA 5CBSA 1LAFE 5FHOA 4EQ7A 1FCKA 3IR1A 2UVJA 1FQAA 4LQ5A 5CRYA 1ZLQA 1Y3NA 2A5TA 3FJGA 2QL3A 4C1TA 5DYHA 2H98A 2IEEA 4GF8A 4AQ4A 2R9JA 1AOVA 2VGQA 5I57B 4X9TA 1MY0A 1B1XA 3O6HA 1MQGA 1IIWA 1MS7A 1JW5A 1IXGA 3VVFA 3PPNA 3VVDA 4F1VA 1B4ZA 5KDTA 3FXQA 4N13A 3S9LC 1M5EA 1IXIA 2Q89A 3RQTA 3O29A 3QXMA 1A8FA 1R6ZA 1US5A 2I3WA 3IORA 1PBPA 3ILTB 2DXYA 2O7IA 4IY6A 4NWDA 4PQJA 4LUBA 2DE2A 1RKMA 1VFEA 3CG1A 3V5AA 3A3UA 5L9OA 4KYSA 1USYH 1JETA 2DS9A 2GHAA 4FORA 1SW2A 1H76A 1SYHA 2F7AA 3LR1A 4KPTA 1QULA 4LZ7A 4JDFA 2I0CA 2XXYA 4GXAA 1B5JA 4G68A 5EYFA 1MDP1 1XT8A 5AA4B 2M8CA 3PD9A 2H5YA 4G8NA 4U22A 2GHBA 2B3BA 4ZEBA 2D21A 3GBBA 1LLSA 1TWYA 1R9LA 3O9PA 5L9MA 4NF6A 4PE5B 1JVYA 1NNPA 3H03A 3MZBA 1YCJA 3HN0A 2O1LA 5EHMA 1NFTA 2P0SA 4KYDA 4OHNA 5JTYA 1DTZA 3OXNA 3HV1A 1FTMA 3CVGA 4OMBA 2F35A 5I58A 2VOZA 1B6HA 3PMWA 1F9BA 4MLVA 4IO6A 1UTBA 1N84A 4QFOA 4G68C 2B65A 1DSNA 4H67A 1N04A 1VSOA 5ISUA 4ELRA 1PBQA 1N7WA 4OESA 4R73A 4X48A 3EHTA 2F5XA 1IUDA 5H8HB 3TCGA 3FXRA 5DTBA 5I59A 3H6UA 5AA2A 1B0LA 3CFLA 4WEDA 2UYFA 4FE8A 4Q8RA 3UK4A 4ELOA 3PPQA 1GGGA 3PMVA 4BDMA 1OQGA 2F34A 4LZ8A 2HXWA 1MRPA 1FQFA 1B05A 3V8XB 1URDA 2RF1A 1MQDA 4LVQA 4OZ9A 1FQDA 1OVTA 3C31A 1PB9A 3EQ1A 1B3EA 2XXXA 3MPLA 2QSXA 3MUQA 3MVZA 3RGYA 4TOZA 3FD3A 4ESXA 1MM6A 3O6GA 3FV1A 1NH7A 1IEJA 3KN8A 2QPQA 4JSOA 4QRZA 4TLMB 1BIYA 2HQ0A 4OENA 1S50A 3GBAA 1A99A 4R2BA 1LFGA 2F97A 4OETA 3G3HA 4GFRA 4F3SA 3C4MA 2ONRA 2X7QA 3CG3A 1Y4TA 3TUSA 4NMYA 1B7UA 5CMCA 3IB0A 2XD2A 1DPEA 4NF4A 4YZZA 1M5DA 1MQIA 2I48A 4IY5A 3MPKA 4Q30B 5H8SA 1MQJA 4O3BA 3SETA 1B40A 3QSLA 3R7XA 3S9EA 4EUOA 1FQEA 3KZGA 1PDAA 3FGSA 1MY2A 3FASA 1MXVA 1M5CA 3ZS6A 4DCXA 2O6AA 5F1QA 1SW1A 4DXCA 3W9VA 3FVNA 3FIRA 1FTJA 3CI8A 1IZ1A 3KJ7A 5H8HA 4QSEA 4LZ5A 1OMPA 5FTHA 3H3GA 2Z8DA 4GRKA 2F7BA 3SEYA 1XC1A 4BDQA 2ZMBA 2PT1A 1AIVA 1R9QA 5CC2A 1RYOA 5A5XB 2B3FA 3U92A 5DEXB 2ZXTA 3KN3A 3ZKLA 3FZVA 3TMGA 1N7XA 5KZTA 2XXWA 3OSQA 4F2OA 3B6WA 4MF3A 1XS5A 2QS2A 3QUFA 2F6GA 2ONSA 3LSWA 2Z8EA 1IQ7A 3IX1A 4O3AA 3TDJA 5AA2D 4N6PA 3TQLA 1MXWA 3CFZA 3ILUB 3C32A 1B46A 3OO7A 1II5A 1YTVA 5CMMA 2Y7RA 1ZTYA 2FYIA 4QFLA 2UVIA 4GL0A 4H65A 4JSDA 3PGFA 2Y7WA 3DP8A 5CI5A 1Y20A 3HPIA 4HCYA 3TTRA 3UGWA 3L6GA 3I5OA 4UA8A 2Z8FA 4QFNA 4G2ZA 3PMXA 1IITA 5F7VA 1ANFA 4O3CA 1JW4A 4RNSA 1EZPA 1LFIA 3V89B 4P0GA 1B3GA 4AB5A 1SBPA 3PPOA 2Q2CA 1A8EA 3SESA 3MP1A 4PFTA 1EU8A 1MQHA 3PV0E 1JNFA 1B3LA 5EHSA 3H6TA 3H4ZA 1XVXA 4KHZE 4KFQA 1PC3A 4JB7A 1TXFA 2VP1A 1BTJA 5DVFA 3N6TA 3PD8A 2RC8A 2PVUA 2ZYMA 1XHYA 3S4UA 3N94A 1N3WA 2NVUB 1FTLA 1JEUA 2HZKA 3K4UA 2DSFA 3D4CA 3FJMA 1VR5A 4I9DA 1P1UA 3O6IA 2QS1A 4ISUA 2PMSA 1B3FA 4PFWA 4HS7A 4EQBA 3TELA 2E0SA 4POWA 1P1QA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2W7YA 4TQUQ 3OO9A 3E78A 3M3LA 3G3IA 1SPIA 3TCHA 2L5VA 5DEXA 1NI9A 2F36A 4GWWA 3OEKA 4EF2A 4ZE8A 5I3SA 2I4CA 4GIZA 1SVXB 4PBHA 4MEVA 2ZZXA 1FBDA 5F24A 2I6EA 4DE8A 2ZYNA 1NUXA 3RN8A 2XXUA 3IB1A 3KC1A 4GQOA 3VXBA 1H3DA 1JW1A 4YKIA 1B3HA 3OELA 4RJZA 1H44A 4I8CA 3ISPA 2KLFA 1IMCA 4WXJA 3ODBA 5I2KB 1EH3A 3FXBA 3SEUA 4QXDA 3G3KA 4NWCA 4WEPA 4OA4A 4AS4A 4XIGQ 1Q9DA 4H1XA 4MBPA 5BUUA 2I49A 4H5FA 1NNKA 1YAEA 3KOSA 3Q25A 4R6HA 2R6GE 4G8MA 2OWTA 3LSFB 1A55A 3TFLA 5TP9B 1SI0A 4GX4A 4QSCA 3I3VA 2F7CA 2XXIA 3SKPA 2R8TA 5BWJA 3N26A 4PP0A 2VD3A 5H8FB 4EF1A 2PX1A 2F6PA 5K2XA 3S2VA 1IXHA 3TZAA 1S7YA 4XKNA 1B32A 4POXA 4HE0A 2WYPA 4XFEA 3TTMA 1OIBA 1MDQA 3VLVA 3RNNA 2ESNA 5TPAB 1US4A 1MPBA 3PUZE 1RDXA 2PFYA 3A3CA 4G8HA 1B9JA 1HSEA 3Q27A 3KEIA 3OSRA 3K0VA 4NHBA 1AMFA 2FIXA 1IMEA 2ZYOA 4RPNA 1LBWA 1A54A 4N8GA 4ZDMA 1B7ZA 3FXUA 4NF5B 3MVXA 2DWHA 3KN7A 3LUYA 3U94A 2NUVA 2AYSA 1P1OA 4ZZEA 1VE4A 3K6UA 1Y4CA 5I2NA 5H8QB 1QUKA 4N07A 1B51A 4ESWA 5AE4A 3K02A 3GZGA 3R6UA 2Y7KA 3CRBA 4GXSB 4HCWA 4QFPA 3W9WA 1NUZA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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