3VVDA

Crystal structure of ttc0807 complexed with ornithine
Total Genus 89
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
89
sequence length
241
structure length
241
Chain Sequence
GGSEFQVRSFEEIKRSGEIRIGTEGAFPPFNYFDERNQLTGFEVDLGNAIAERLGLKPRWIAQSFDTLLIQLNQGRFDFVIASHGITEERARAVDFTNPHYCTGGVIVSRKGGPRTAKDLQGKVVGVQVGTTYMEAAQKIPGIKEVRTYQRDPDALQDLLAGRIDTWITDRFVAKEAIKERKLENTLQVGELVFQERVAMAVAKGNKSLLDALNRALAELMQDGTYARISQKWFGEDVRCKA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Two ATP-Binding Cassette Transporters Involved in (S)-2-Aminoethyl-Cysteine Uptake in Thermus thermophilus
pubmed doi rcsb
molecule tags Transport protein
source organism Thermus thermophilus
molecule keywords Amino acid ABC transporter, binding protein
total genus 89
structure length 241
sequence length 241
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-07-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00497 SBP_bac_3 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3vvdA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3vvdA02
1IZ1A 1QUJA 3PPQA 4ND9A 3FXQA 4GL0A 2RC8A 3SDFA 1QVSA 4R75A 3KJTA 3TTKA 4G2ZA 3CFLA 4FATA 3RTFB 3BFUA 4GRKA 1O63A 2DSFA 3RQTA 3GBAA 4YKJA 1NH7A 3H3GA 3CFZA 4F1UA 3IR1A 3K6XA 3Q28A 3SESA 3MP1A 4WKMA 4XKRA 1MXZA 4L17A 1MY3A 3K2DA 1LFIA 4O3CA 4GFRA 3IL1B 1D4NA 3PUWE 3QIMA 3EPEA 2VGQA 3IK6B 2I0CA 3IJXB 4G68C 2M8CA 1IXIA 1NNTA 3C9HA 3FVKA 2ZNSA 4OMBA 1UTBA 4ELPA 3MVZA 3IB2A 2V93A 2DWIA 2XXIA 2HQ0A 4F2OA 5DVJA 3DELB 4NWDA 5FTHA 1MXYA 2YJPA 1N3XA 3ECRA 3L6GA 1IXHA 1SI0A 3TCGA 3T9XB 5B70A 5CC2A 3MJNA 1EZPA 3S9MC 4H65A 3RN8A 1UIUA 1HSJA 1MQHA 1SW2A 3JYRA 4YB6A 4OXVA 4G8HA 4G4PA 4TOZA 4DXCA 4LUBA 2NUVA 4R73A 4DXUA 2Q2CA 4OFJA 5H8QB 1NMUA 5ICTA 2Z23A 4FIMA 4QFLA 3TELA 3I5OA 3IAZA 1P1UA 5CMKA 4KCCA 2F36A 1YPNA 2Y7WA 4TLMB 2QJEA 1ZBMA 4IO3A 4QFNA 1Y3PA 1USYH 2UYEA 3TTLA 1OVTA 2O1LA 3B6WA 3K00A 4YZZA 1USYE 5TU0A 1GTKA 4JXIA 1UQWA 3F11A 2FA7A 1Z7NE 1VR5A 1P99A 1JEUA 2DWAA 1CB6A 3OEMA 3EHUA 3S2VA 4BDOA 4KYEA 4G68B 1IXCA 2PMSA 3E9XA 3PD8A 2QL3A 1N0TA 4I62A 1ZJLA 3Q25A 1OLCA 1B1XA 3EHTA 1R9QA 1WDNA 5DYHA 3H06B 1MS7A 3DM0A 3U8QA 5KDTB 3OOAA 4ESWA 4C0RA 5JEIA 3TDJA 3QSLA 2XXXA 4PFUA 4I1DA 1JQFA 3C35A 2Y7RA 4PFWA 3K6UA 1B32A 2QMXA 1MXWA 3FXRA 3TKDA 4GF8A 2QS2A 2V3UA 4MF3A 1Z7ME 2XXYA 1N3WA 2R71A 4N6PA 3C36A 3FV2A 3H7MA 5H8QA 4F3GA 3T66A 1BIYA 3P7IA 3OENA 5I57B 4IO4A 2Q9TA 3H6TA 1AIVA 2IA4A 1B05A 1URGA 4ZEIA 3VLWA 2H98A 3OXNA 4XKPA 4KCDA 3V83A 4AB6A 2ZMBA 3OELA 4RK2A 1ZLQA 4PQJA 1Y4TA 3T96B 4QSCA 1NFTA 2ZYNA 2PT2A 1M5EA 2DVZA 4OEVA 1VFEA 5DVIA 3T9UA 2I49A 1MQIA 5CMMA 5B7DA 1Y4CA 4RK9A 2O1MA 3K1NA 4IO2A 4YKKA 2I3WA 1JVYA 2XHDA 2X7PA 5I84A 3PPOA 1SYIA 4GOTA 1XC1A 4G8NA 4KR5A 4GVOA 1ZMGA 3TUSA 2O6AA 4HS7A 2X7QA 4R2BA 2V3TA 4IB2A 5IAIA 1M5DA 1N76A 1GGGA 3EQ1A 1LGBC 4Q0CA 2HZKA 4ZEFA 5K2XA 2WKYA 1POTA 4NTLA 1MXXA 1XVYA 3PUVE 2NWJA 3O66A 3ZKKA 4F18A 4DZ1A 4DE8A 2F7CA 3HO7A 2OCUA 3N26A 4XKNA 3A09A 1H3DA 2I4CA 1JEVA 2R6GE 1DOTA 2HZLA 3R26A 4KYDA 1YAEA 4FAJA 3TQLA 5FHNA 3PU5A 1XHYA 3LC8A 4ZZEA 3A3UA 2ZYOA 2F35A 1XOCA 3VE1B 1MXUA 4F29A 5DTBA 5K2YA 1LB9A 3BKIB 3MAMA 4MLVA 3EN3A 3CRBA 2Z8EA 1LBBA 4EXLA 3RT8A 4H1XA 1PBQA 4QHQA 5L8DA 1I6BA 1B1HA 3B7DA 2OZZA 5I2KA 1TFDA 3FD3A 3CFXA 2IEEA 3LSLA 2P1SA 1MRPA 4POWA 3RPWA 1FTLA 3E4RA 4F22A 2OK2A 3M3FA 4GWOA 3JZJA 1GVCA 4NF6B 2AL4A 2AIXA 1IIWA 3FVGA 3ONMA 3KEIA 3MUQA 3KN7A 4GXSB 4ONYA 1VSOA 1LAGE 2DP8A 1I6QA 1JETA 4O3BA 3C33A 3T9HB 4AB5A 4JBZA 2XXVA 3H6UA 4NF4B 2REJA 4R6HA 3TZAA 5I56A 3SEUA 5JTYB 5H8FA 3OSRA 4MBPA 2NXOA 4QF9A 5AA1A 2V25A 2OBGA 3K1PA 4LONB 2F6GA 2Y84A 4ZECA 2DWJA 1MXVA 4Q8RA 2QS4A 2XX9A 1QKAA 1TFAA 5A5XB 4KQPA 3OO7A 3PPPA 3C4MA 4LQ5A 4OFOA 1FTMA 4ISUA 3OSQA 2E0SA 3QXMA 3C34A 4R2FA 3TFLA 3FVOA 2YPNA 1EZ9A 2UXAA 4Z0IA 2Z8FA 4X48A 2HFBA 3OMBA 2VOZA 3UN6A 4EQBA 1MY0A 4KD5A 2GFEA 4LA9A 4Q30B 1RKMA 2RC7A 5H8HB 3I3VA 2B3BA 4RXLA 3N94A 2XXHA 2DOJA 3IO6A 4ESXA 4QSDA 2AYSA 1OVBA 4OERA 2NOOA 4ZEBA 3W9WA 3VVDA 2XXPA 3V8XB 3N6TA 1LAHE 3SKPA 1N84A 4E0XA 3FXUA 3RNNA 2F78A 5I2NB 1SVXB 4F2QA 4NF4A 3LSWA 3ZS6A 1RYXA 4IGTA 4LATA 4QFPA 2QS1A 4JWYA 1F9BA 1VE4A 1FTKA 3E3KA 4WEDA 1B4ZA 2A5TA 1MM7A 3B6QA 3S9EA 3PGFA 4OZ9A 3MC2A 1BLFA 4PETA 3C32A 3QUFA 2Q8JA 3UORA 1M5FA 4DLDA 4X9TA 3VLUA 3GXAA 1B46A 2G93A 3KZGA 1MDQA 3MZ9A 5KCJB 4RYAA 3FJMA 2UYFA 1IITA 5CMCA 1KWHA 5CMBA 1YCJA 3UP9A 3IOTA 1A54A 1O64A 3QUJA 4U1OA 2OWSA 3IOWA 2ZNUA 2FYIA 1PEBA 3MVXA 4ZS9A 1PB9A 5HPQA 5H8HA 3CG1A 1Y3QA 3IOUA 4R6YA 4TLLB 3KSJA 4M4GA 4F39A 3K0VA 4OQOA 1B6HA 4YB5A 1D9VA 2D3IA 2OWTA 1QJMA 1ATGA 3SEYA 4DCYA 4KFQA 3H4ZA 4FECA 1B0LA 1FQFA 4I9DA 2Q89A 1LB8A 3PUXE 5FTIA 4H0WA 1B40A 3VVEA 4NMYA 2ZYKA 4ZEKA 4Q5TA 3FUZA 4RJZA 3LSXA 1FCKA 1QKBA 2I58A 3O6GA 3U92A 1A8FA 3M3KA 4N13A 3RY3A 3PUZE 4H67A 1A40A 1LCFA 4JB7A 1H45A 3G3GA 1EU8A 2ZYMA 1LLSA 1Y1MA 3PV0E 4H8JA 4YKPA 1FQBA 1DSNA 1UTHB 3CVGA 4RA1A 1B3GA 2UVHA 4H5GA 3IB1A 4U22A 1Y20A 4GXAA 4MH5A 3FJGA 3GLBA 3UGWA 1ZTYA 1GR2A 3ZSFA 1N7XA 4RPOA 3RLFE 1Q35A 4H5FA 1D9YA 3ILTB 2Y7PA 1NKXA 4Z7EA 2B3FA 3TCHA 2DVCA 4EF1A 1YTVA 5BUUA 1IQ7A 2DE4A 3EHSA 2BJJX 3PPRA 1US4A 1N7WA 4JSDA 2VP1A 3VV5A 3TAJA 4RPNA 3CG3A 4POXA 1EH3A 3PUYE 1B5IA 3R7XA 4QRZA 3KJ7A 4DDDA 2XXRA 2VD3A 1FW0A 2R9JA 4F3BA 2I3VA 4XTCQ 3HPIA 4KPTA 1LFHA 3T93B 4FEDA 3K1MA 2XX8A 4BDQA 4UACA 5DVFA 1DPPA 3FIRA 1LAFE 3IOVA 2O68A 1LFGA 1JVXA 4DCXA 3TTNA 2RF1A 4G68A 3MBPA 1VFDA 1B9JA 3HHGA 4OWDA 3IORA 1NNPA 1DMBA 1LAXA 4BDRA 2P0SA 3K02A 2H99A 1B4HA 1JW5A 4C1UA 4DIGA 3D4GA 5KDTA 1HSEA 1MH3A 3W9VA 3KOSA 2G29A 1MG1A 1MQGA 3BBRA 3TYHA 4YKIA 4QFOA 4PFYA 5AA2B 3W15C 3BFTA 4F1VA 3DP4A 1I69A 5J1DA 1FQCA 3H03A 1JW1A 2Z8DA 4OEUA 2PBWA 1URSA 5HBCA 5IKBA 3TPAA 5I58B 4ZZAA 3DLNA 3THIA 4JDFA 3FZVA 4EUOA 5LOMA 2ZXTA 3UA8A 1TWYA 3S9LC 1MDP1 3FGSA 3T9VA 5I57A 2W7YA 5H8NB 1MY1A 1MPDA 2ANJA 4O3AA 1Q1KA 3MZ1A 4G77A 2RCAA 3S4UA 4GQOA 3IX1A 3O2AA 4U21A 2B65A 3FV1A 4R6KA 3PMWA 2Q88A 3DP6A 1OLAA 2HEUA 5CBRA 4WXJA 2ONRA 1QULA 3LSFB 3WAEA 4F3SA 4NF5B 3N5LA 4YB7A 2VHAA 4EQ9A 4OHNA 2V84A 5ICQA 4IO5A 5CRYA 2HAUA 5F1QA 3KFMA 3MWBA 5AA4B 2PVUA 2THIA 4BDMA 3ZKLA 3FVNA 4THIA 3LBSA 3SEVA 3TQWA 3JV9A 4P11A 2QRYA 2PYYA 4P0GA 1LSTA 1JNFA 4DXBA 3G3KA 1Y9UA 4ELQA 4U23A 4BLAA 5KZTA 5AA2A 3TEPA 4JWXA 3Q27A 3Q29A 4PE5B 5FHMA 1SI1A 4BDLA 3CSBA 3LUYA 3OO8A 1NNFA 5I58A 1UTBB 1B0HA 2XXTA 5EHMA 3KOTA 1SQYA 1TXFA 3C31A 3LR1A 2D5WA 1GV8A 4C1TA 1M5CA 4U4XA 2GHBA 4JWOA 1SW5A 4ZEDA 1BKAA 2RKMA 2QPQA 1BTJA 1FQAA 2RCBA 5ITPA 3OEKA 1B5JA 3H6WA 3PMXA 1S7YA 1B7UA 3O28A 4OTEA 1T0KA 3O6IA 1ANFA 1AMFA 3OD7A 5BWJA 2RINA 4XKQA 4EF2A 3I6VA 4ZE8A 4BDNA 1DPEA 2F7AA 2P2AA 1PB8A 4LZ5A 4I8CA 4E0WA 2DXRA 4GL8A 3KN3A 5AA4A 3OO6A 4NF6A 2DQVA 2RC9A 1AL3A 3CR9A 2O69A 2HXWA 3O29A 3VXCA 1R1NA 2H4IA 1CE2A 4R74A 2XXWA 2DXYA 5JTYA 1MQJA 2DE2A 3HV1A 1NL5A 1QUKA 1PC3A 2I0BA 2Z22A 4QSEA 1EZOA 1DTZA 3MPKA 1Y3NA 4IGRA 5CBSA 5A5XA 2UVGA 1WODA 3MW0A 2Q2AA 2LAOA 3GBBA 3CI8A 1B3EA 4HCYA 2F6PA 2E1SA 1NNKA 1B3LA 2QMWA 4N07A 2F7BA 4JSOA 3O97A 3G3IA 4LVQA 3O9PA 1B7HA 3MP8A 1P1QA 3U93A 4LQ2A 4F1YA 4MLQA 1M5BA 1H76A 4GD5A 4F3PA 1OQHA 1POY1 2UVIA 1QUIA 5TPAB 4ELRA 1SD3A 2HAVA 4PP0A 2F34A 1OQGA 4FE8A 4NWCA 4IY5A 4FORA 1P1OA 2FNCA 1R9LA 4X1DA 1US5A 1WVJA 3TCFA 5I59B 3DP8A 4NF8B 1P1WA 3K4UA 2XD3A 1B3HA 5I2NA 4ZDMA 3V5AA 3PD9A 2OLBA 4RNSA 4X1BA 4F19A 3MP6A 1H44A 4EDPA 3MZBA 2QS3A 3K01A 5AA3A 1OMPA 3S9NC 3SERA 5ISUA 5JK4A 3MPLA 4OENA 4YU0A 1DTGA 4IY6A 1BP5A 2CMOA 1B52A 2F5XA 2I6EA 3SEWA 4H6DA 1S9TA 4NEDA 4XIGQ 5L9MA 5EHSA 4LZ7A 3HCQA 2Y7KA 1MQDA 3PPNA 3USDA 2V3QA 3G3FA 5KCJA 2X26A 3VVFA 1A55A 3HN0A 4U4SA 2I48A 1MY4A 4EQ7A 4LP2B 1IUDA 3R6UA 3WAFA 3AXFA 3H6VA 4R72A 1UIVA 3U72A 3K6VA 1MH4A 4LZ8A 2H5YA 2O7UA 3HHFA 1QW0A 4M1VA 5TPAA 3TODA 3RGYA 3ILUB 1PDAA 1FTOA 3TTMA 3RTWB 1NH8A 4YMAA 2F97A 1ELJA 3M3LA 2AL5A 1B2HA 4FJPA 2DS9A 4ZE9A 3IB0A 1MY2A 4OVJA 4AQ4A 4GIZA 4G8MA 4H8IA 4ELOA 5I59A 1IXGA 1URDA 3KN8A 3IO4A 2REGA 5I2KB 3FASA 4NF8A 2XXUA 3HSTA 3V89B 3IJOB 3MVYA 1A7LA 3Q26A 2XX7A 4U1ZA 1S50A 3VXBA 5TP9B 4XXUA 5L9SA 1A8EA 4KYSA 2I4BA 2XXQA 3QK6A 2YLNA 1P1NA 5AE4A 5HM4B 2DE3A 1UTHA 2Y7IA 2PT1A 3UIFA 4FEBA 3VDFA 3VLVA 3TTRA 5DT6A 2UVJA 3G3JA 5M2VA 1I6AA 4OETA 1MM6A 5I56B 3SEXA 5H8FB 4HW8A 1B58A 3CSGA 5L9OA 1SBPA 4RY1A 4QFKA 3TMGA 4YMBA 2HCAA 4IO6A 5DEXB 4PFTA 4MFIA 3G7WA 1PBPA 1A99A 1LCTA 1XS5A 4ECFA 3MQ9A 3L6HA 5FHOA 2NVUB 4K3FA 2ONSA 2O51A 3N6UA 3QYTA 2DYXA 3U1OA 2F8DA 1OIBA 1AH5A 1IEJA 4YICA 5F7VA 4HTGA 4KHZE 1N04A 4WEPA 4F31B 3CIJA 5AA2D 2H9BA 3MVWA 1FQEA 2XD2A 4KI0E 2ONKE 5ITOA 1TT1A 2GHAA 3VFJA 1SW1A 1O7TA 2DWHA 5ELVA 1L5TA 1XVXA 1FTJA 1B5HA 4NE4A 1XT8A 3KG2A 1SYHA 3GZGA 4TQUQ 1LBCA 5TP9A 1ZU0A 2ALUA 4GLIA 5H8SA 2GRVA 3RT6B 1ZIUA 1HSLA 2CZLA 5EYFA 3M8UA 5CM6A 1B7ZA 4YAHX 2KLFA 3QAXA 3OO9A 3RUMA 3U94A 1RYOA 1SW4A 2ABHA 1R6ZA 2PX1A 2OJTA 4OFLA 2D21A 1JW4A 4U2RA 1SDXA 1Y1ZA 3T22A 1B3FA 3KGCA 3ODBA 1B51A 1MPBA 3KSXA 3UK4A 1MPCA 4HCWA 1D3KA 3B6TA 3K6WA 5DEXA 1J1NA 4UA8A 1FQDA 4EXKA 2A5TB 2ZNTA 3O6HA 4R9GA 5H8NA 4OYVA 3FATA 3FJ7A 3PMVA 1PB7A 3SETA 4IO7A 2VD2A 2QSXA 3A3CA 4OESA 2O7IA 2A5SA 2ESNA 1AOVA 2H25A 4P0IA 3EF7A 2O84X 1II5A 4R9FA 1H43A 1ZKBA 5CI5A 2GH9A 3KBRA 3D4CA 4NF5A 3G3HA 3E13X
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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