3VXBA

Crystal structure of bxle from streptomyces thermoviolaceus opc-520
Total Genus 148
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
148
sequence length
399
structure length
399
Chain Sequence
TITAMVYGDDAVKVQDKAASRFNASAEAKKANAKVKMERIPASDYPAKLRTAMGSPNAPDIFFNWGGGSIKAYKEAGQLVDLTDVIKSDEVLSTGFLPSVVAAGSLDGHEYGIPMRGMQPVLLFYNKSVFAEHKLTPPTTWDQLLDNVAKLKKAGVTPFALGGVEIWPELMWLEYLVDRIGGPQVFDKIRNGDASGWGDPAVLKAAQTVKQLVDEGAFGKGFSSVSYNNGGAPALLAKGKAGMHLMGSWEYSTQLGKFPDFAKKDLGWCAFPSFEGGAGDIRNVVGNPCNYWSVNARTGNKDGAIAFLRDCASEAYTKDLIDNGDVPTTTIAENMLDSSPNPEFAKFQYQLVQKAPNFTLSWDQAVDPDWQQPMLTEINKLFVGKSSPEQFVSALKGLK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal Structure of Xylooligosaccharide-Binding Protein from Streptomyces thermoviolaceus OPC-520: Dramatic Conformational Change with Ligand binding
rcsb
molecule tags Sugar binding protein
source organism Streptomyces thermoviolaceus
molecule keywords Putative sugar-binding lipoprotein
total genus 148
structure length 399
sequence length 399
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-09-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3vxbA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3vxbA02
4MLVA 1I6AA 4PQJA 3CRBA 3RN8A 1JEVA 4F1VA 4QHQA 1HSEA 5L9OA 1Y9UA 1B3GA 5LOMA 5I59B 2NXOA 1R6ZA 1JW1A 4LZ7A 3SEVA 4F3PA 3FXRA 1TXFA 4KYEA 3EHTA 1B3FA 2PT1A 3TCGA 5I2NA 2I4BA 2F35A 4NMYA 2XXXA 3T22A 3U94A 2HFBA 1H45A 3FIRA 3E13X 3TTKA 3H4ZA 3Q26A 1IZ1A 1SW1A 1IXCA 2F97A 1ELJA 1NNFA 1TWYA 4U1OA 3T9XB 5EHMA 3U8QA 1KWHA 2O6AA 1O7TA 4YICA 5CMCA 1B0LA 3GZGA 1LAHE 4WEPA 5HBCA 3EF7A 3FJ7A 4I62A 1SVXB 2X7QA 4QF9A 4F3GA 1MY1A 4KPTA 1MQHA 4GFRA 1Y4TA 2XXYA 4GXAA 3ECRA 4QSDA 1ZJLA 4DZ1A 4QFOA 4O3BA 5I2KA 2ZYKA 4I8CA 3TTRA 4KHZE 1NH8A 3FVOA 5JTYA 5I84A 3TDJA 3U1OA 4KD5A 3K6WA 1NNKA 3IX1A 2KLFA 4FORA 3PPNA 3GLBA 2P2AA 3JZJA 2G29A 4BLAA 1O63A 4LA9A 3MC2A 1LAXA 2XXWA 3RNNA 4H5FA 1JVYA 3VVFA 1FTLA 2AYSA 2F78A 3K1PA 3IB1A 2DS9A 3TUSA 2ALUA 4R74A 3PU5A 4ZEBA 2DYXA 3EQ1A 1M5DA 2ESNA 3JV9A 2REJA 4GL8A 4N13A 3TEPA 4DXCA 1B3EA 1MH3A 3QSLA 5KCJA 5EHSA 4LZ8A 3Q25A 3H3GA 1IEJA 2F8DA 1QULA 4FAJA 3SEYA 1B5JA 4GRKA 3T9UA 1VR5A 2DWAA 2ZNSA 3FUZA 2H4IA 3IJOB 3LSXA 1B3HA 4EQ9A 5CBSA 1MDP1 3TTNA 2UVHA 1SDXA 2QMWA 1N0TA 3FATA 1Z7ME 2OLBA 1B51A 2DE3A 3QAXA 3SEWA 1OQGA 3MVYA 1OQHA 5AA4B 2FYIA 2HAUA 3PPPA 4H8IA 4OWDA 1US4A 1IXHA 3K6XA 5DEXB 5TU0A 3PMWA 2F34A 5I59A 3W9VA 1EZOA 3CR9A 1USYE 4R9FA 3TKDA 1MPBA 2REGA 1QKBA 1Y1ZA 2XXUA 2UVGA 1XVXA 2OBGA 3FXUA 4OEUA 2G93A 3R6UA 5H8QA 3TTMA 1LSTA 2W7YA 4LQ5A 1IQ7A 1I69A 4U4SA 1II5A 4NWCA 3G3FA 4H8JA 2WKYA 1MRPA 3IOUA 2F6PA 3K00A 3KEIA 5EYFA 4JXIA 4FATA 3U72A 4PFUA 1H3DA 1MPDA 1MXVA 1MPCA 3N26A 3H6VA 4IY5A 4ZS9A 2Q89A 1A54A 5H8SA 1CB6A 4ZDMA 4ONYA 1FQBA 4AB5A 2RCAA 3O6IA 1N7WA 4IGRA 1PB9A 4OYVA 1B6HA 4M1VA 1DPPA 4P0GA 2OWSA 3PMVA 4BDLA 2PBWA 3OO8A 1B58A 1QUIA 3MZ1A 5F7VA 1MQGA 4QFNA 2RINA 1LCFA 1Q35A 1YCJA 3QK6A 2H25A 2OCUA 5DVIA 1EZPA 4R6KA 1P1NA 1S7YA 2YLNA 3EN3A 4OFLA 2DXRA 4G68A 4DCYA 2Z8DA 3CFXA 4XIGQ 3TFLA 2DWJA 4YB5A 1GV8A 5AA2D 4IGTA 4H67A 4HTGA 5I56B 2XX8A 2HZKA 4I9DA 5CMBA 1LFHA 4UA8A 1VFDA 1AOVA 1NL5A 3PD9A 4C1UA 3OEKA 4WXJA 1B5IA 3QYTA 3TMGA 5JK4A 4IO5A 3TCHA 3UP9A 2X7PA 1XC1A 3H03A 4DXUA 1D9VA 4QRZA 3G3HA 1SYIA 3UN6A 2HAVA 3V8XB 3BKIB 1P1QA 4EQBA 4FEDA 4GL0A 5FTIA 3MZ9A 3B6TA 2V3QA 1JQFA 3G7WA 3RPWA 4DIGA 1MXUA 3C36A 3TAJA 4NF4A 1LB8A 3LR1A 4KCDA 3C31A 2UYFA 4F31B 3MP6A 5DTBA 1M5BA 3MBPA 4GWOA 1LBCA 3IB2A 2Y84A 5H8HB 5A5XB 4IO3A 3TZAA 4NF6B 4PFYA 5AA4A 2DWHA 2XD3A 2GRVA 2RF1A 4EUOA 3ILUB 2F7BA 5DEXA 4ZEIA 1NFTA 4ZE9A 2P0SA 2ONSA 1JNFA 4U23A 2VP1A 3IK6B 2UXAA 3M3KA 2I0CA 3CIJA 1LLSA 4YB6A 2HZLA 1LGBC 4HCWA 2PX1A 4DCXA 4Z0IA 3N5LA 3E3KA 4U22A 4U21A 4GD5A 1MM7A 4MLQA 1OLAA 4U1ZA 2E0SA 1Y3QA 1PDAA 3IOTA 3K6VA 3IJXB 2H98A 2VHAA 4RA1A 3B6QA 3TTLA 4YKJA 3PPRA 2E1SA 3C35A 3QUJA 2OZZA 3KSJA 4JB7A 4JWYA 1P99A 1XT8A 1TFDA 4EQ7A 2I58A 3Q27A 4RNSA 4JWOA 4ZZEA 1DSNA 1PEBA 3VFJA 5ITOA 1A99A 1URSA 3FJGA 4IY6A 4OMBA 3V83A 5FTHA 3T66A 2F7CA 2ZNTA 4C1TA 2M8CA 3UORA 4DXBA 1AMFA 3S9MC 4Q8RA 1URGA 3LSLA 1JEUA 1OMPA 3HHFA 1N3XA 5AE4A 4Q5TA 1R9LA 1JW4A 5TPAB 3PPOA 3GBBA 2PVUA 2HEUA 3FVGA 4YKPA 5I56A 2Z22A 3KJTA 2H99A 3RUMA 1B32A 4LUBA 3OO9A 4TLLB 2DWIA 2NWJA 4BDMA 3RT6B 1B4HA 4OETA 4F3SA 1B7UA 4R2BA 2V84A 3MAMA 4BDQA 1MQDA 4KYDA 5JEIA 3PD8A 2X26A 3VV5A 5ICTA 3W9WA 3EHSA 3G3GA 1B7ZA 2QS2A 4TLMB 2GH9A 5AA2B 3KBRA 4H5GA 1NNTA 2A5TB 1JVXA 4XTCQ 4OZ9A 4ZEDA 3T9HB 3I5OA 3THIA 1MS7A 1USYH 3MZBA 1EZ9A 4OVJA 3DM0A 3PUWE 4IO4A 2V25A 1SD3A 3TELA 3RY3A 5H8HA 3S9EA 5A5XA 3QXMA 2I4CA 3F11A 3OXNA 4PE5B 2OK2A 4DDDA 4EF1A 4M4GA 2QPQA 3ONMA 4IO6A 3PV0E 3WAFA 4FJPA 1YAEA 3HCQA 1OVTA 3G3KA 4G77A 4RK9A 1EH3A 1FTOA 1A40A 4GF8A 1O64A 1Y3NA 4THIA 2Z8FA 4NWDA 2H5YA 1MY2A 3BFTA 1N84A 3O2AA 1M5FA 1S50A 4IO2A 1BP5A 1QKAA 4JWXA 5F1QA 4RPOA 3SEXA 2D3IA 2Y7PA 1JETA 3KG2A 4FIMA 1RYXA 4FECA 5DVJA 1Q1KA 3O28A 1N76A 2Z23A 3UGWA 3SESA 1LFIA 2QS4A 3IOVA 2V93A 4F19A 4AB6A 5I57B 4NF8B 4TOZA 4R9GA 1Y4CA 1FQAA 4G8MA 3RLFE 2ZXTA 4G68C 4POWA 1RKMA 5TP9B 5KZTA 2Q2CA 2XXRA 4H6DA 3IOWA 1A55A 5CMKA 1LCTA 1Y20A 3M3FA 1UQWA 3MJNA 4R75A 1OIBA 1GR2A 2RKMA 4R2FA 4EF2A 1S9TA 2QMXA 4ESXA 4OEVA 4HW8A 2AL5A 1WODA 4OHNA 4QSCA 2XXVA 4IO7A 3EHUA 1LB9A 3TQLA 3D4CA 2R9JA 5H8FB 3MUQA 3JYRA 4LATA 4X9TA 3KGCA 4NTLA 1PBQA 4JSOA 3RTFB 4OFOA 3V5AA 4XKRA 3S9LC 1Z7NE 3MVWA 2D21A 1ZU0A 3N94A 2NUVA 3C9HA 4BDOA 3T96B 3DP8A 3QUFA 4EXLA 3OENA 5AA2A 3D4GA 4GLIA 3SEUA 2A5TA 2DOJA 5H8NB 1A8FA 4GVOA 1P1WA 1FTMA 3O66A 2FA7A 4ZZAA 1BTJA 3I6VA 3A3UA 1UIUA 3KJ7A 2ZYMA 3CVGA 1YPNA 4YZZA 2F7AA 2B3FA 1MQJA 2XX7A 1N3WA 3H6WA 2V3TA 4RK2A 4KCCA 1CE2A 2BJJX 4ISUA 5B70A 5DYHA 1OLCA 2NOOA 2QJEA 3R26A 5I58B 3H6TA 2ZYOA 1NKXA 1XOCA 3OELA 1VSOA 2PMSA 1VFEA 2XX9A 1DTGA 2HQ0A 1AL3A 2I0BA 3LUYA 1H43A 1BKAA 4YAHX 1MXZA 3PUXE 5CMMA 2DVCA 3C4MA 3KSXA 1MDQA 3TODA 5I2NB 4HS7A 3ZS6A 2XXQA 4ZEKA 4PETA 4GOTA 1T0KA 1Y1MA 1LAGE 1B9JA 1H76A 3W15C 5I57A 5M2VA 4G4PA 4NF8A 3AXFA 1D3KA 5FHMA 2VGQA 2Q88A 4ECFA 3VDFA 4LONB 1J1NA 3A09A 3IORA 3GBAA 2I49A 2RC8A 4MF3A 1FQEA 4GIZA 4OFJA 1PB7A 4Z7EA 1B0HA 4WEDA 4RXLA 3LBSA 5CI5A 4O3CA 5CBRA 2OJTA 1JW5A 1ZIUA 4U2RA 2UVJA 3VXCA 1ATGA 1DOTA 4ESWA 2QS3A 3O6GA 3K0VA 1SYHA 5JTYB 3CFZA 3O6HA 3K6UA 1AIVA 2VD3A 4RJZA 3FV1A 3FXQA 3BBRA 1MY4A 4QFLA 3B7DA 2H9BA 3CFLA 3M8UA 4UACA 3CSGA 2FNCA 3HSTA 4HCYA 1MXYA 2ANJA 1YTVA 2O69A 1ZKBA 3A3CA 4QSEA 3B6WA 2RCBA 3K2DA 2O68A 2Y7RA 1BLFA 3ILTB 3H7MA 4JDFA 3PUYE 3OSQA 5FHNA 1IUDA 3FJMA 3RGYA 4XXUA 1B7HA 1QVSA 2UYEA 1UTBB 3MP8A 4MFIA 1ZTYA 1B40A 1URDA 2RC9A 3IL1B 3K01A 4OESA 3VE1B 4PFWA 1NH7A 2A5SA 3MVZA 1ZLQA 4MH5A 3G3JA 3HO7A 1FQDA 1QJMA 4R6YA 3VVDA 3LSFB 4ND9A 4P11A 2VOZA 1OVBA 4F22A 3N6UA 3KN8A 2ZYNA 3OEMA 3U93A 5I58A 5ITPA 3VVEA 1UTHB 1B46A 3K02A 1MG1A 2GHAA 5B7DA 2QL3A 4F39A 5KDTB 3IO4A 5K2XA 4ELQA 2O7IA 3T9VA 5K2YA 4NEDA 3ODBA 1XHYA 3HN0A 1B1HA 3PUZE 5H8QB 4GQOA 4POXA 4LVQA 1SI1A 3IO6A 4JBZA 4F29A 5HM4B 3KZGA 4R73A 2O84X 3MWBA 3GXAA 1SQYA 3UA8A 3VXBA 2XHDA 3P7IA 3MQ9A 2B3BA 3DLNA 2I48A 5IKBA 5BUUA 3C32A 1MXWA 1IIWA 1QUJA 1MY0A 3MPLA 2OWTA 3TQWA 1ZBMA 4PFTA 3PGFA 4U4XA 2F6GA 4Q30B 3DELB 4I1DA 5L9SA 1P1UA 2ABHA 2Y7WA 3KN3A 4X1BA 4NF6A 4RPNA 4YKKA 5DT6A 2XD2A 3UK4A 3K1NA 1MQIA 1L5TA 4LQ2A 1N04A 2O1MA 4R6HA 1FCKA 2QSXA 3O9PA 4K3FA 3SKPA 4LZ5A 1NMUA 1PBPA 4NF5B 1I6QA 4KI0E 4G68B 1DMBA 2RC7A 3KFMA 1A8EA 3SDFA 1HSLA 1A7LA 1LBBA 2O1LA 2DE4A 1Y3PA 1SW5A 2O7UA 1GTKA 3Q29A 4ELPA 5ISUA 2ZNUA 3WAEA 4DE8A 4ELRA 3N6TA 3VLVA 2GFEA 4BDNA 3O29A 2XXIA 4ZEFA 1B52A 1UTBA 1LAFE 3CG1A 1MM6A 1XS5A 1FW0A 4OTEA 1P1OA 3ZKLA 2IA4A 1B4ZA 4H65A 3RQTA 4F2QA 2I6EA 2PT2A 4X1DA 3RTWB 1WVJA 2HCAA 2AIXA 4NF4B 3C33A 3L6GA 1ZMGA 3USDA 1PC3A 4OERA 1EU8A 1R1NA 4E0XA 4H1XA 4F1YA 4G2ZA 2Q9TA 3G3IA 5CM6A 4PP0A 2GHBA 5TPAA 4YU0A 1PB8A 1NNPA 2ONKE 4OQOA 1UTHA 2R71A 5ELVA 5KDTA 4R72A 3OO7A 1BIYA 3FV2A 5ICQA 1FQCA 4OENA 1HSJA 1POTA 1B5HA 4QFKA 1POY1 3MP1A 4MBPA 1VE4A 2YPNA 5FHOA 2Q2AA 2DXYA 3SETA 4XKPA 4F18A 4E0WA 1QW0A 3IAZA 3SERA 3H6UA 2R6GE 3L6HA 2Y7IA 3TPAA 1UIVA 4KR5A 1I6BA 5J1DA 3OD7A 3I3VA 1MY3A 4GXSB 4X48A 1FTKA 4RYAA 4ZECA 1SW2A 4P0IA 5HPQA 3FVNA 2O51A 2I3WA 2QRYA 4ZE8A 5AA1A 2B65A 4DLDA 1B05A 3UIFA 1D9YA 2HXWA 2DVZA 4H0WA 3QIMA 2DP8A 2DSFA 3MPKA 4YKIA 3PUVE 3E9XA 2D5WA 1TFAA 3FGSA 3OSRA 4RY1A 2CZLA 3TYHA 1B2HA 1GGGA 3M3LA 3KN7A 3K4UA 3DP6A 4L17A 3OMBA 4NF5A 1N7XA 1M5EA 4WKMA 1WDNA 2V3UA 3V89B 1DPEA 3BFUA 4XKQA 1D4NA 4IB2A 3CG3A 1FQFA 1IXGA 3IR1A 4G8HA 5AA3A 3LC8A 4ELOA 1M5CA 1SI0A 2XXPA 4BDRA 3CSBA 2UVIA 1RYOA 3LSWA 3TCFA 4TQUQ 2YJPA 2F5XA 1LFGA 1SW4A 1QUKA 2QS1A 2I3VA 3T93B 1SBPA 2CMOA 4F3BA 3IB0A 1IITA 5L9MA 3FD3A 4C0RA 5TP9A 4N07A 2Q8JA 4YMAA 1ANFA 5L8DA 4YB7A 3PMXA 1IXIA 2NVUB 1MXXA 2DE2A 4KYSA 3FASA 3H06B 5I2KB 4XKNA 3U92A 2DQVA 1MH4A 1R9QA 3KOTA 5DVFA 4Q0CA 1AH5A 4F2OA 4YMBA 4G8NA 3DP4A 3HPIA 3VLWA 2ONRA 5H8FA 1US5A 3ZKKA 2Y7KA 5CC2A 4N6PA 1FTJA 3OO6A 2F36A 5IAIA 4AQ4A 1B1XA 2XXTA 4O3AA 3S2VA 4QFPA 3E4RA 3S4UA 3ZSFA 1GVCA 5CRYA 3HHGA 3C34A 3Q28A 2XXHA 2P1SA 3OOAA 4KFQA 3FVKA 2VD2A 4FE8A 3RT8A 5KCJB 3CI8A 4FEBA 5H8NA 3EPEA 4NE4A 1DTZA 3MVXA 2PYYA 3HV1A 3FZVA 5BWJA 4EDPA 4EXKA 3PPQA 1H44A 3KOSA 3MW0A 2IEEA 2THIA 2Z8EA 1TT1A 2ZMBA 2LAOA 1B3LA 3S9NC 3O97A 4LP2B 4JSDA 1XVYA 4KQPA 3VLUA 3R7XA 2AL4A 1F9BA 4OXVA 3K1MA 4F1UA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4MLVA 1I6AA 1IMBA 4PQJA 3CRBA 3RN8A 1JEVA 2XWIA 4F1VA 4QHQA 1HSEA 1KZ8A 5L9OA 1Y9UA 1B3GA 2WBBA 5LOMA 5I59B 2NXOA 4AS4A 1R6ZA 1JW1A 4N81A 4LZ7A 3SEVA 4IR8A 4F3PA 3FXRA 1TXFA 4KYEA 3EHTA 1B3FA 1RDZA 2PT1A 3TCGA 5I2NA 4GWXA 2I4BA 2F35A 5ET6A 4NMYA 2XXXA 3T22A 3U94A 2XWOA 1NV5A 2HFBA 1H45A 3FIRA 3E13X 3TTKA 3H4ZA 3Q26A 1IZ1A 1SW1A 1NV7A 4P47A 1IXCA 2F97A 1ELJA 1NNFA 1NUZA 1TWYA 4U1OA 3T9XB 5EHMA 3U8QA 1KWHA 2O6AA 1O7TA 4YICA 5CMCA 1B0LA 3GZGA 1LAHE 4WEPA 5HBCA 3EF7A 3FJ7A 4I62A 1SVXB 2X7QA 4QF9A 4F3GA 1MY1A 5ET5A 4O8MA 4KPTA 1MQHA 1IMCA 4GFRA 1Y4TA 2XXYA 4GXAA 3ECRA 4QSDA 1ZJLA 4DZ1A 4QFOA 4O3BA 5I2KA 2ZYKA 4I8CA 3TTRA 5IZ3A 4KHZE 1NH8A 3FVOA 5JTYA 5I84A 3TDJA 3U1OA 2FHYA 4KD5A 3K6WA 1NNKA 4X04A 3IX1A 1FBEA 1EYIA 2KLFA 4FORA 2PCRA 3PPNA 3GLBA 2P2AA 3JZJA 2G29A 4BLAA 1O63A 4LA9A 3MC2A 1LAXA 2XXWA 3RNNA 4H5FA 1JVYA 3VVFA 1FTLA 2AYSA 4PDHA 2F78A 3K1PA 3IB1A 2DS9A 3TUSA 2ALUA 4R74A 3PU5A 4ZEBA 2DYXA 3EQ1A 2QVRA 1M5DA 2ESNA 3JV9A 2REJA 4GL8A 4N13A 3TEPA 4DXCA 1B3EA 1MH3A 1DBZA 3QSLA 5EQ7A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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