3W9VA

Crystal structure of refolded ding protein
Total Genus 117
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
117
sequence length
376
structure length
376
Chain Sequence
DINGGGATLPQKLYLTPDVLTAGFAPYIGVGSGKGKIAFLENKYNQFGTDTTKNVHWAGSDSKLTATELATYAADKEPGWGKLIQVPSVATSVAIPFRKAGANAVDLSVKELCGVFSGRIADWSGITGAGRSGPIQVVYRAESSGTTELFTRFLNAKCTTEPGTFAVTTTFANSYSLGLTPLAGAVAATGSDGVMAALNDTTVAEGRITYMSPDFAAPTLAGLDDATKVARVGKGVVNGVAVEGKSPAAANVSAAISVVPLPAAADRGNPDVWVPVFGATTGGGVVAYPDSGYPILGFTNLIFSQCYANATQTGQVRDFFTKHYGTSANNDAAIEANAFVPLPSNWKAAVRASFLTASNALSIGNTNVCNGKGRPQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure analysis, overexpression and refolding behaviour of a DING protein with single mutation.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transport protein
source organism Unidentified prokaryotic organism
molecule keywords Phosphate-binding protein
total genus 117
structure length 376
sequence length 376
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-04-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF12849 PBP_like_2 PBP superfamily domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3w9vA02
3.40.190.260 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 3w9vA01
5L8DA 3THIA 4RPOA 1XVXA 3MZ9A 4XXUA 5DT6A 4PETA 1VE4A 2ESNA 1SVXB 3G3KA 4P0IA 3S9EA 1MY4A 3HPIA 1MM7A 3TKDA 2XXTA 2DOJA 1Y3PA 1A54A 3K0VA 1MDQA 3H3GA 3IX1A 1R6ZA 4BDMA 2XXPA 4I9DA 4LONB 3FATA 4IB2A 5A5XB 1BTJA 1ANFA 2ZXTA 1OQHA 5FTHA 4OMBA 4JB7A 1BIYA 2IEEA 3VVDA 3S9NC 2GRVA 2V93A 4ZEDA 1B46A 1OLAA 1US5A 3TODA 3GLBA 4U23A 2R71A 2XXXA 1OVTA 3HHGA 1SW2A 3PUYE 1LCTA 3G7WA 4G68C 1ZLQA 5JTYA 1DSNA 4LQ2A 3GBAA 1JNFA 4IY5A 4TLMB 1MXVA 3ZSFA 4H67A 3IO6A 1PB8A 1QVSA 5DVFA 4DCYA 2QMXA 5TU0A 3QK6A 1RKMA 4LA9A 3EN3A 3MP8A 3PMWA 1JVYA 4R6KA 3FIRA 2THIA 4G8HA 3LSXA 1MXZA 2XX8A 1URDA 1EZPA 1A99A 4IGRA 5DYHA 3BBRA 4P0GA 1B4ZA 1I6QA 2O1LA 2UXAA 5CMKA 4N13A 5I56A 4JDFA 1LCFA 4X9TA 4ECFA 3S9LC 2Y7IA 2E1SA 1Y1ZA 4MBPA 4LZ8A 1NNPA 3H03A 3FZVA 3K6UA 2HZKA 3QUFA 1QKBA 5A5XA 2DWHA 4F1YA 1J1NA 3KN7A 4PQJA 4EF2A 3MVZA 2O68A 3K01A 2KLFA 1B7HA 1IXGA 1LSTA 3LSFB 5ICQA 3P7IA 3PPOA 1JEUA 2P0SA 3KFMA 3FV1A 4NF6A 2HZLA 3MWBA 2UYFA 4YKJA 4F3BA 4YKKA 2XXVA 4QRZA 3U94A 3FJGA 3M3KA 5AA4A 4H5GA 4F1UA 4FATA 3B6TA 3TTKA 1N04A 1DPEA 2UVGA 4RA1A 1AIVA 1GVCA 3PUWE 1B3LA 1MM6A 3V5AA 3VFJA 1VFDA 2M8CA 4ELPA 2YPNA 2ONKE 3MVYA 1Y3NA 3IK6B 4OVJA 2B65A 1CE2A 2HQ0A 2DXRA 5AA1A 1N84A 1SD3A 3TDJA 1VR5A 1VFEA 3PV0E 1B3HA 4GXAA 3MW0A 1IEJA 5KDTA 4XKPA 5H8FA 1B3EA 3DM0A 3EF7A 4ND9A 2NOOA 2OBGA 3IB2A 1URGA 3MC2A 3N6TA 1Z7ME 3PD8A 1FTMA 5F7VA 4THIA 3PPRA 2ANJA 2RKMA 4ELQA 2Q8JA 1M5FA 3PU5A 4MFIA 3L6GA 2O1MA 1MH4A 4X48A 2RC7A 5B70A 1Y20A 5HM4B 3IOVA 3OEKA 5M2VA 1AL3A 2V84A 2UYEA 2X26A 2I4BA 4MH5A 1B58A 2GHBA 3VE1B 2VGQA 4TQUQ 4PFUA 3BFUA 2PVUA 2UVHA 2YLNA 3RT8A 2RCBA 5H8SA 2DWIA 4KCDA 3HSTA 4IO3A 5ITPA 4OWDA 2ZNSA 3H7MA 2VP1A 2XXQA 3DP4A 5ISUA 1FQDA 1MQGA 3K1PA 4ONYA 1KWHA 2O51A 4WKMA 3SEWA 3JYRA 3N5LA 3DP8A 4N6PA 1H44A 3I3VA 2AL5A 2Y84A 4OFLA 1JW4A 4JSOA 2NWJA 5HPQA 3JZJA 4H5FA 3K02A 4U1OA 5CBSA 3CG1A 5H8HA 1SI0A 2V3QA 1TXFA 4ZEKA 4YMAA 2PYYA 1A7LA 2XXWA 4U1ZA 1A8EA 1SBPA 2F8DA 4YU0A 3VLUA 1ZTYA 5I2NA 3ILUB 1GTKA 1N7XA 1T0KA 3O28A 4XIGQ 4WXJA 2H99A 3M3FA 3IO4A 1SW4A 3E9XA 4AB5A 1Y4CA 2QS4A 3K6XA 1POTA 4JXIA 5I2KA 3QSLA 3TFLA 2NVUB 3OENA 4OQOA 3IB1A 1XVYA 3UN6A 4R74A 1FQFA 1N3WA 1XHYA 3HN0A 1HSLA 4NEDA 2PMSA 4G68A 3T93B 2DWJA 4RJZA 1LFGA 3TEPA 2ONSA 2ZYOA 2R9JA 4GLIA 5H8QB 1QULA 3SEUA 2DQVA 1SW5A 2H9BA 2V25A 3FVOA 5KCJB 5AA2A 3PPNA 3B6WA 1B52A 1WVJA 3FXQA 4GD5A 4LQ5A 5F1QA 3W9VA 5BWJA 1P1NA 1L5TA 3LSWA 4Z0IA 1ZJLA 3ODBA 2O7IA 4ELRA 1N7WA 1IITA 2Y7PA 1B0LA 3W9WA 4UA8A 3PPQA 2ZYNA 5JTYB 5I59B 1OMPA 3K4UA 2QS1A 4EXKA 4KYSA 1TT1A 2ALUA 3TTRA 1YAEA 4ESXA 4KI0E 1IIWA 4OFJA 1NNFA 4IO2A 2DS9A 2B3BA 3QAXA 2I6EA 1S50A 3FVGA 5AA2D 3CSGA 1B32A 4EF1A 2QMWA 1YCJA 1D4NA 5I56B 2REJA 4DXUA 2F6PA 5H8QA 4U4XA 3O29A 4KQPA 3MBPA 3OSRA 4YKPA 1MQIA 5KCJA 1MG1A 3KN3A 4H8JA 1Y1MA 3A3UA 1LBBA 2V3UA 4C1TA 1IQ7A 3CIJA 3VXCA 3O6GA 3TCFA 4F3GA 3K2DA 2DVZA 4NF6B 4EXLA 4QSEA 4R72A 2HAVA 1JEVA 4IO4A 2QSXA 1B3FA 3H6TA 3TZAA 1AH5A 3IOTA 4ZE9A 3LR1A 3SERA 1N0TA 4OEUA 1MQDA 5AA4B 2G93A 5I59A 3HO7A 3E3KA 5B7DA 4ZE8A 3R26A 4H65A 3GZGA 1DPPA 1I6AA 5KZTA 1MY1A 1O64A 1GR2A 4PFYA 2Z8FA 4F31B 3UA8A 3FJMA 1IXCA 2H4IA 4BDQA 3C33A 4IO6A 4KR5A 3G3GA 4GF8A 4OFOA 1QUKA 3FXUA 4BLAA 1XT8A 4MF3A 4U22A 2WKYA 2X7QA 5CMMA 3UIFA 2HEUA 4RPNA 1QUIA 2DE2A 2CZLA 5KDTB 3KJTA 5H8FB 1MXWA 3S4UA 3DLNA 4RK2A 1Q1KA 1IZ1A 4GIZA 3FUZA 3F11A 3LBSA 3H06B 3B6QA 1FQEA 1BP5A 3IOUA 5ELVA 5K2XA 1MY0A 4WEDA 1MDP1 4JWOA 3KBRA 1R1NA 1VSOA 1H43A 2O84X 2P2AA 1P1WA 1UTHB 4R6HA 3DELB 1MRPA 2F35A 1AMFA 1USYH 2UVIA 4F19A 4E0WA 3FD3A 2LAOA 2IA4A 1H76A 2VD3A 2F97A 4HCWA 4X1BA 4BDNA 2I3WA 5BUUA 3RT6B 2OK2A 2O6AA 1MXYA 3S9MC 2DYXA 1DTZA 5CRYA 2AL4A 3FGSA 1LFHA 2DXYA 3Q28A 1A8FA 3U8QA 5K2YA 3O97A 3RUMA 3MJNA 2PX1A 2QJEA 2D3IA 4H8IA 4F3SA 5FTIA 1Y3QA 3LC8A 1NNTA 1BLFA 5TPAB 1ZU0A 2BJJX 3I6VA 3PGFA 2FA7A 4IY6A 3OOAA 2ZYMA 3K6WA 3H6VA 2DP8A 4L17A 3W15C 4DZ1A 5EHSA 4G8NA 1ZKBA 3S2VA 4YB5A 2GFEA 3RGYA 4JWXA 2Q2AA 4LVQA 3OELA 2RCAA 1PB7A 4R73A 4BDRA 4YAHX 2F7CA 4HTGA 1A40A 1PC3A 4R6YA 2UVJA 3OEMA 1UTHA 1ZMGA 5H8HB 5CBRA 1O63A 3O6HA 4NF8B 4RNSA 1WDNA 3LSLA 1HSEA 2VHAA 3IB0A 3EHTA 4FEBA 3U1OA 3C36A 3SEYA 5I2NB 4C1UA 3M3LA 3D4GA 4BDLA 1P1OA 3T9XB 4Q5TA 1FTLA 4KPTA 3PUZE 4OENA 5I2KB 4OEVA 2Q89A 4M1VA 3PMXA 4NTLA 4ZEFA 1S9TA 3ZKLA 5FHNA 3O2AA 3RTFB 3PUXE 5TPAA 4C0RA 2F7BA 4U4SA 4YZZA 4G68B 3PD9A 3IJOB 4ZEIA 3FVKA 1FQCA 4XKRA 4LZ7A 2F7AA 1EU8A 2XD3A 3K1NA 4DLDA 4P11A 3MZ1A 3D4CA 1LB9A 1WODA 1RYOA 4G2ZA 4UACA 5AA2B 1FTKA 1EH3A 1I6BA 3KN8A 1DMBA 4GL0A 1A55A 3T9HB 3WAEA 4ELOA 3FASA 1SDXA 4QFPA 3HCQA 3RN8A 3CG3A 1NH7A 4NWDA 3KG2A 5FHOA 1OQGA 2QS3A 3UORA 4NF8A 4Z7EA 3EHUA 3PPPA 3UGWA 2Y7WA 2Q88A 3EQ1A 3JV9A 2OZZA 3V8XB 2G29A 3AXFA 3T66A 3C35A 4O3CA 3GXAA 4G8MA 1GV8A 4NF5A 3KOSA 1JW1A 2XD2A 4GVOA 2HXWA 3HHFA 1IXHA 1PBPA 2DSFA 3CFZA 5JK4A 3EHSA 4IGTA 5H8NA 2H98A 4GWOA 1M5DA 4R2BA 3O9PA 4PP0A 4Q8RA 3OXNA 1UIUA 4JWYA 4KCCA 2I0CA 1D9VA 4BDOA 1TFAA 3R7XA 3E13X 3IORA 1YPNA 4FEDA 5TP9B 3CSBA 4PE5B 3RLFE 3OO6A 2Y7KA 3TELA 3TPAA 1OLCA 1POY1 4F1VA 1P1QA 3KJ7A 3T96B 5LOMA 4R9GA 3K1MA 3KEIA 3WAFA 1O7TA 1XS5A 4Q0CA 1MXUA 1FTJA 4KHZE 2DE4A 5I57B 2H5YA 4ESWA 5AE4A 1US4A 3OO7A 2RC9A 4EDPA 3U92A 1ELJA 1TFDA 4PFTA 4F18A 4G4PA 2XXHA 1SYHA 3TMGA 3MVWA 2I58A 3TQWA 1UTBA 2XX9A 1LAHE 4OTEA 1B1XA 3A09A 3MAMA 3TQLA 4OETA 2ZYKA 4EQBA 1SI1A 1NFTA 3H4ZA 1B5JA 3OSQA 2D5WA 3C4MA 4AB6A 2VOZA 4QSDA 4GFRA 3G3IA 3TCHA 3SESA 5TP9A 4DDDA 5CM6A 1EZ9A 2OJTA 4ZS9A 3VDFA 1N3XA 3T22A 4F2OA 4I62A 1NMUA 3MUQA 3OO9A 5DVIA 5ICTA 4WEPA 3RPWA 2I49A 4RYAA 3T9UA 3L6HA 4LUBA 1JQFA 2CMOA 2Q9TA 2F6GA 3FV2A 1M5EA 3CR9A 1MPCA 4PFWA 3MQ9A 4XTCQ 2OWSA 1OIBA 2I0BA 3PUVE 5I57A 4NWCA 1LAFE 2HAUA 2A5TB 3KGCA 1QW0A 2YJPA 2F36A 3O66A 2O69A 3SEXA 3Q29A 4MLQA 1SQYA 3V83A 3OMBA 3O6IA 3H6UA 1I69A 1MPDA 3K00A 1FTOA 4M4GA 3SEVA 4OERA 4KYEA 2NXOA 3I5OA 4ZECA 1N76A 4KD5A 3C9HA 2OWTA 1B5HA 3RY3A 4YKIA 1FCKA 2PT2A 3KSXA 4F2QA 4IO7A 4X1DA 1B7UA 3BFTA 4GL8A 3OO8A 4K3FA 1HSJA 3RQTA 1M5BA 3Q25A 2Q2CA 4H0WA 1TWYA 3UP9A 2H25A 2P1SA 4LP2B 4GQOA 4O3AA 4R9FA 4U21A 2XHDA 4ISUA 2FNCA 5JEIA 1D3KA 3RNNA 2PBWA 1S7YA 1IUDA 1LFIA 3U72A 1USYE 2B3FA 4QHQA 1P1UA 4TOZA 3CI8A 2RF1A 1P99A 1B51A 3V89B 1UQWA 4E0XA 2VD2A 5IKBA 1B5IA 2O7UA 4NE4A 4FIMA 2A5TA 1D9YA 3A3CA 4NMYA 2ZNTA 3R6UA 3G3HA 3H6WA 2OCUA 1SYIA 1AOVA 1B05A 4POXA 5DEXB 3TTNA 4QFLA 2ONRA 4NF4B 1H45A 1SW1A 4QFKA 1LGBC 4FECA 1PDAA 4QF9A 1QJMA 1QKAA 5AA3A 2I48A 1B9JA 2ZNUA 3DP6A 4HS7A 4ZEBA 1B6HA 2Z22A 3RTWB 3N94A 2GH9A 3B7DA 4GXSB 2HFBA 1MH3A 1NNKA 5CC2A 1LAGE 3USDA 3C31A 3GBBA 4LATA 4MLVA 2ABHA 1B3GA 1ZBMA 2NUVA 3TYHA 3C32A 2QRYA 2Z23A 5DVJA 1DTGA 4FE8A 5IAIA 4OZ9A 3TTMA 5ITOA 3IL1B 3VV5A 2V3TA 4TLLB 4R75A 1RYXA 4KFQA 3E4RA 3SETA 5DTBA 3EPEA 1IXIA 3ONMA 2XX7A 1B0HA 1URSA 4OYVA 1MXXA 4QFOA 4OXVA 5CMBA 3TAJA 1R9LA 2I4CA 3CRBA 5DEXA 3T9VA 3VXBA 4DXBA 1ZIUA 4NF4A 1MQHA 1FQAA 3N26A 3SDFA 5J1DA 2XXRA 1H3DA 2F34A 3IAZA 4XKQA 1JW5A 4NF5B 3KOTA 1XOCA 1LBCA 1NL5A 1LLSA 5EYFA 3C34A 3Q27A 1NH8A 1B2HA 5H8NB 2XXUA 5L9MA 3TCGA 1NKXA 3QYTA 4FAJA 4JSDA 3PMVA 1QUJA 3UK4A 5HBCA 1OVBA 4Q30B 2XXIA 2A5SA 4POWA 1MQJA 1LB8A 3VVEA 4FORA 1R9QA 1MY3A 3QXMA 4YICA 4O3BA 5EHMA 4H6DA 2F78A 2GHAA 4YB7A 2OLBA 3VVFA 3FXRA 4ZZAA 3QIMA 4RY1A 5CI5A 2Y7RA 4ZDMA 2Z8EA 1FW0A 1M5CA 3ZS6A 4I8CA 3QUJA 2QS2A 2QPQA 3OD7A 2DVCA 1PB9A 4U2RA 3CVGA 2I3VA 2F5XA 2W7YA 4OHNA 3TTLA 1PEBA 4EQ9A 2AYSA 4GOTA 2REGA 1FQBA 2XXYA 5I58B 3KSJA 3Q26A 4H1XA 1UTBB 2DWAA 4EUOA 4F22A 2R6GE 4DXCA 1B1HA 3N6UA 4DCXA 2E0SA 1MS7A 4YMBA 4HW8A 4AQ4A 3FVNA 4F39A 1MY2A 3CFLA 5CMCA 2X7PA 4LZ5A 3ILTB 1ATGA 4DE8A 3IJXB 4I1DA 1XC1A 4QSCA 3SKPA 4GRKA 3U93A 2D21A 4XKNA 4F3PA 4ZZEA 4EQ7A 4G77A 3IOWA 2RINA 1F9BA 1PBQA 4QFNA 3BKIB 4JBZA 4OESA 4IO5A 1BKAA 3MVXA 1CB6A 1Y9UA 3G3FA 1YTVA 3KZGA 1Z7NE 4KYDA 3TUSA 2RC8A 3ZKKA 3MZBA 2AIXA 1MPBA 2FYIA 2DE3A 4HCYA 1B4HA 2PT1A 3HV1A 1UIVA 3G3JA 2QL3A 3K6VA 5I84A 4F29A 1B40A 1GGGA 1II5A 5L9SA 3MP6A 1LAXA 3ECRA 1JVXA 4R2FA 2HCAA 3CFXA 5I58A 3LUYA 4RK9A 3M8UA 3FJ7A 1DOTA 4FJPA 4YB6A 3VLVA 3MPKA 2Z8DA 5FHMA 4DIGA 3MPLA 1Q35A 3MP1A 1B7ZA 4RXLA 1JETA 1EZOA 3IR1A 4N07A 3VLWA 1Y4TA 5L9OA 2ZMBA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5L8DA 3THIA 4RPOA 1XVXA 3MZ9A 4XXUA 5DT6A 4PETA 1VE4A 2ESNA 4X8RA 1SVXB 3G3KA 4P0IA 3S9EA 1MY4A 3HPIA 1MM7A 3TKDA 2XXTA 2DOJA 1Y3PA 1A54A 3K0VA 1MDQA 3H3GA 4NN3A 3IX1A 1R6ZA 4BDMA 2XXPA 4I9DA 4LONB 3FATA 4IB2A 3RPLB 5A5XB 1BTJA 1ANFA 2ZXTA 1OQHA 5FTHA 4OMBA 1NV0A 4JB7A 1BIYA 2IEEA 3VVDA 3S9NC 2GRVA 5ET8A 2V93A 4N81A 4ZEDA 1B46A 1OLAA 1US5A 3TODA 3GLBA 4U23A 2R71A 2XXXA 1OVTA 3HHGA 1SW2A 2Q8MA 3PUYE 1LCTA 3G7WA 2XWOA 4G68C 2VPNA 1ZLQA 5JTYA 1DSNA 4PGNA 4LQ2A 3GBAA 1JNFA 4PDDA 5EQ8A 3A29A 1KZ8A 4IY5A 4TLMB 1MXVA 3ZSFA 4H67A 3IO6A 1PB8A 1QVSA 5DVFA 4DCYA 2QMXA 5TU0A 3QK6A 4LN5A 1RKMA 4LA9A 3EN3A 3MP8A 3PMWA 1JVYA 4R6KA 3FIRA 2THIA 4G8HA 3LSXA 1MXZA 2XX8A 1URDA 2WYPA 1EZPA 1A99A 4IGRA 5DYHA 3BBRA 4P0GA 1B4ZA 1I6QA 2O1LA 2UXAA 5CMKA 4N13A 5I56A 2VPOA 4JDFA 1LCFA 4X9TA 4ECFA 3S9LC 1DK4A 2Y7IA 2E1SA 1Y1ZA 4MBPA 4LZ8A 1NNPA 3H03A 4OANA 3FZVA 3K6UA 2HZKA 3QUFA 1QKBA 5A5XA 4GWZA 2DWHA 1IMFA 1RDZA 4F1YA 1J1NA 3KN7A 4PQJA 4EF2A 3MVZA 2O68A 3K01A 3T1BA 2KLFA 1B7HA 1IXGA 1LSTA 3LSFB 5ICQA 3P7IA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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