3WAEA

X-ray structure of fe(iii)-bicarbonates-ttfbpa, a ferric ion-binding protein from thermus thermophilus hb8
Total Genus 112
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
112
sequence length
309
structure length
309
Chain Sequence
PTLTIYSGRGQSLVEPLVKQFEAETGIRVQVRYSTDAQILAALQEEGSRSPADLFWANTAGALGQASAKGLLRPLGETLLEKPIAFVPASRTWVPVTVRLRVLAYNPDRIKAEELPESLLDLPRFAREKGLVGRVGWTPTYSSFQDMVAGMIALYGEEKTREWLLAMKALAPKAYPSNPAMLDAIRAGEVDLGSTNHYYVVRFRRAGYRLGMHHFRDGDAGNLALVTGAGLLKTSKNLAAATRFLTYLLSPQAQQYFVGNIGEYPLVKGVALDPNLLPLEEALAKSPKLDLEKLPLDRALRLLRETGVL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title A novel mode of ferric ion coordination by the periplasmic ferric ion-binding subunit FbpA of an ABC-type iron transporter from Thermus thermophilus HB8.
pubmed doi rcsb
molecule tags Metal binding protein
source organism Thermus thermophilus
molecule keywords IRON ABC TRANSPORTER, PERIPLASMIC IRON-BINDING PROTEIN
total genus 112
structure length 309
sequence length 309
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-05-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13416 SBP_bac_8 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3waeA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3waeA02
3MW0A 3E13X 3I3VA 2DS9A 4ZECA 5DEXB 4YB5A 4ZS9A 1ZU0A 4THIA 4DCYA 4OXVA 3CIJA 3PD8A 4LZ7A 3IX1A 1LAHE 1FQDA 1Y20A 2PX1A 3PPOA 4ND9A 3RGYA 4FATA 2H9BA 2I3VA 4QSDA 4RPOA 4GQOA 3TCHA 4YMAA 4YU0A 3RQTA 3FUZA 4QFOA 5KDTA 3B6TA 4IO7A 4OWDA 2O1LA 4ZEFA 4RNSA 4QFLA 4EUOA 2HZLA 1BP5A 4R2FA 3UGWA 3RUMA 2XXYA 4DZ1A 3H7MA 3OSQA 2XXXA 1B05A 2ZYMA 4FIMA 1B3EA 2PT1A 3UORA 3JYRA 3PD9A 3HO7A 3VXBA 4PETA 3MPLA 3GBAA 2REGA 2B65A 3W9VA 1EH3A 4OETA 3MPKA 5DTBA 5FTIA 5EHSA 3C35A 5IKBA 3QUJA 2QS4A 4POWA 1NFTA 4ZDMA 3VVFA 3TQWA 3S9EA 5M2VA 4R74A 2O51A 4TOZA 2ZNSA 2WKYA 1R9QA 2HXWA 3U93A 5A5XB 5LOMA 4HW8A 4JSDA 1B52A 3EHTA 5IAIA 2V93A 4HCWA 3N6TA 5H8NA 1TFAA 5B7DA 1S7YA 2DVCA 1Q35A 3PUVE 1BIYA 2XXQA 3VV5A 1LCTA 2DSFA 2RCAA 4U21A 4WEDA 3TQLA 4WEPA 3H6TA 4LQ5A 4F18A 1ZTYA 3RPWA 3QXMA 3DELB 4DE8A 1H76A 3KG2A 3IJOB 5ICQA 4H5FA 2ZYNA 1MY4A 4P0GA 5I2KA 1NH7A 1GR2A 2OK2A 1LCFA 5JTYB 3OXNA 4GVOA 1NMUA 4JBZA 3VLVA 3S9LC 2UVHA 3LSFB 2O69A 1M5EA 4FEDA 2W7YA 1JETA 3K6UA 4DIGA 2E0SA 3GXAA 1AL3A 3K02A 3MBPA 3SESA 3LSLA 1B32A 5DVIA 4TQUQ 2ZNTA 4ECFA 1JW4A 3FVOA 4OYVA 4QFKA 4KFQA 4YMBA 4M1VA 5I59A 2XD2A 3K1MA 4IB2A 4RA1A 3OO9A 3EHSA 1AMFA 1I6QA 4YKPA 3ILTB 1IUDA 1WDNA 3EQ1A 1EU8A 4RY1A 3P7IA 3BBRA 3WAEA 1VE4A 1B1HA 4F3SA 1UQWA 3T9XB 3O66A 1BLFA 4U1ZA 4HCYA 2QS2A 1OVTA 3ZKLA 3MP8A 4EF1A 3K01A 3FASA 4OFOA 1IXCA 4F19A 4HTGA 4X48A 1MPCA 2Z8FA 5AA3A 1N84A 1JQFA 5I2KB 4NF5A 2LAOA 2QS3A 3MVWA 4X9TA 4NF8A 4F3GA 3HHGA 4FECA 5F7VA 1UTBA 4KPTA 1HSEA 5I57A 2P1SA 3PPNA 3FV1A 4NE4A 3THIA 2ZNUA 4OZ9A 3HN0A 3OEKA 1JEUA 2DXRA 5H8FA 3SEVA 3N26A 1PEBA 1FTKA 5CRYA 2DYXA 3EPEA 3H4ZA 1O64A 1D9YA 2DVZA 1I6BA 3G3GA 1N76A 1Y3QA 1MG1A 3PMWA 5FHMA 1JEVA 3UP9A 4U22A 1MQJA 2I4CA 1LFHA 2QL3A 1S9TA 2OZZA 4EXLA 4C0RA 2NVUB 3IB1A 5I2NA 3CSBA 4L17A 1A40A 3PPQA 3QAXA 2F35A 4ZZEA 2IA4A 2AIXA 1TWYA 1M5BA 4ESWA 1R9LA 2Z23A 3C34A 4GL0A 1JVXA 3IOVA 4F1UA 3O29A 4Q30B 4GXSB 4ZZAA 5B70A 2F97A 3KFMA 3G3JA 3TTRA 5ITOA 3TAJA 1PBPA 1UTHA 5I58A 4Z7EA 3RNNA 4H1XA 3C32A 1KWHA 2KLFA 5CM6A 2QMWA 5AA4A 1IXGA 4NF8B 3IORA 4YB7A 2FNCA 1UTBB 4ELOA 4F1VA 2XXHA 5I57B 4F22A 2OBGA 2XX9A 1Y9UA 2RC8A 1P1WA 2DE4A 1B2HA 3PV0E 2H5YA 3SEYA 2Y7WA 4R73A 1IXHA 4JWOA 4DXUA 3MQ9A 4OFLA 4JSOA 4GL8A 4U23A 4LUBA 2ONRA 1QKBA 2Y7KA 3UK4A 2F8DA 3TZAA 3OOAA 3SKPA 1LGBC 3FXRA 3M3LA 1A8EA 4RYAA 3TKDA 4POXA 4AB5A 1NH8A 1N7WA 3EHUA 3OEMA 5I2NB 2I58A 3FIRA 2YPNA 1POTA 2I6EA 3ZKKA 1GV8A 4NWCA 1A54A 1S50A 2PVUA 2REJA 1FW0A 3MVZA 3MAMA 4KQPA 3Q28A 2H4IA 1SD3A 4ISUA 4KR5A 4F2OA 2VD3A 3C4MA 3V8XB 1Y1MA 3M3KA 1SW5A 1FQBA 1UTHB 2GHBA 3PPPA 3CR9A 1XVXA 3U8QA 4KCCA 1LFGA 2I0BA 1FQAA 1YPNA 1M5CA 3T9HB 4DXBA 3TPAA 1QJMA 3FATA 3IJXB 1II5A 4NF4B 4RK9A 1XHYA 5K2XA 3T93B 2XXTA 1LLSA 5CMCA 5I84A 3DP4A 1MQIA 4RXLA 1PDAA 4YKIA 2E1SA 3TTLA 5CMKA 4RPNA 3VLWA 4KYDA 4KHZE 2XXVA 1OVBA 5A5XA 1QUIA 3SEXA 4GFRA 2A5TA 1PB8A 2RC9A 4JB7A 1SI1A 3KSJA 4EXKA 3AXFA 5DVJA 4IO4A 3VE1B 2R9JA 4GOTA 4R9FA 2VD2A 1QUKA 5CBRA 2X7QA 1MM7A 4F39A 2D21A 5H8HB 1A7LA 3TTMA 2ZXTA 1XVYA 2VP1A 4YAHX 3LUYA 3GBBA 4X1DA 1IXIA 4KCDA 4H65A 2AYSA 3JV9A 2PT2A 3TUSA 5JTYA 3O28A 4QFPA 3IO6A 3KN3A 1NKXA 1D4NA 2HFBA 3RTWB 1QULA 1LB9A 5AA1A 1NNFA 4IY6A 5FTHA 1OQHA 1B1XA 3B6WA 2OLBA 4PFUA 4P0IA 3PMVA 4U2RA 4DDDA 4KI0E 1B5JA 4X1BA 3IAZA 1FCKA 1B58A 1N04A 1Q1KA 2F7CA 5JK4A 2G93A 4OMBA 4PFTA 1B9JA 1QW0A 5L9SA 1SVXB 1H44A 4XKPA 4LZ5A 1GVCA 1ZIUA 3K6WA 4YKKA 4E0XA 4BDRA 2Z8DA 4YZZA 1DSNA 3H6VA 3KEIA 2DE2A 1TXFA 2A5TB 4PFWA 2FA7A 2RINA 2O7UA 3N94A 1USYH 4ZEKA 3ILUB 1JNFA 4XKNA 5CMMA 1LAXA 1SQYA 3ZSFA 4AB6A 4I9DA 2F6GA 3PUZE 2Q8JA 2GFEA 1FQCA 1SW4A 3K00A 3MP1A 1MY0A 4TLLB 3ZS6A 1LB8A 2Q89A 2ANJA 4H8IA 2V84A 2Z22A 3H6UA 3R6UA 3DLNA 1ZLQA 2P2AA 2XX7A 3CG3A 1JW1A 1DTZA 4BDOA 4FE8A 4G4PA 1MS7A 5EYFA 5BWJA 1FQFA 1A99A 4OEUA 4PE5B 1URGA 4IY5A 4K3FA 4LVQA 1IEJA 1B3HA 3CI8A 3BFTA 3KBRA 3SETA 2HQ0A 3S4UA 1SBPA 1NNKA 3K1NA 3V5AA 2RCBA 4ZEBA 4UACA 1ZKBA 1RYOA 4FJPA 3O2AA 4IO3A 1OQGA 2R6GE 3VVEA 3T96B 1AOVA 4WXJA 3A09A 1B4HA 1TFDA 2DWHA 2ZMBA 2O6AA 4JDFA 3VXCA 3Q25A 3PMXA 4PFYA 3BKIB 4QSEA 4UA8A 3RT8A 2PMSA 1JVYA 2UXAA 5L9MA 2UYEA 3PPRA 2F36A 3USDA 2ONKE 4C1UA 1MY3A 3CFXA 3O6GA 5AA2D 4M4GA 3KN8A 1A55A 4RJZA 4ONYA 2HZKA 5CC2A 3S9MC 2Q9TA 4LQ2A 3FXQA 3MP6A 4E0WA 2UVGA 3IOTA 2YLNA 3IB2A 3FD3A 1MDP1 2HAVA 3M3FA 4I8CA 3FV2A 3RY3A 1B3GA 3KZGA 1XOCA 5KZTA 4IO2A 3MVXA 4LATA 3PGFA 1B0HA 4H5GA 2I48A 5HBCA 3Q27A 2DXYA 3I5OA 4DLDA 2ESNA 1DTGA 4G8HA 3CRBA 1Y4TA 1NL5A 3HHFA 4OVJA 5H8QA 3IOUA 3KJ7A 4ESXA 5DVFA 3PUYE 1OMPA 1VR5A 2H25A 1LAGE 3T22A 3S2VA 4EDPA 5F1QA 4BDQA 4MFIA 4DXCA 1I69A 2F78A 4OQOA 1SYIA 2P0SA 4LA9A 3O6HA 2Q2AA 2ABHA 2QS1A 1R1NA 2NXOA 3L6GA 4EQBA 1IITA 4H67A 3S9NC 2H98A 2I3WA 4NWDA 2QPQA 2B3FA 3IK6B 4G68C 2THIA 1SDXA 4NF4A 2XD3A 3MUQA 4I1DA 2X7PA 3FGSA 1L5TA 2F7AA 2VOZA 3G3IA 3B7DA 4BDLA 3C31A 3FXUA 4ELPA 1B5IA 4NMYA 2Y7PA 3K6VA 3T9UA 1LBBA 1OLCA 3OENA 5AA2B 4N13A 1AIVA 3DP6A 1FTOA 1US4A 1LBCA 1URDA 1Z7NE 5H8QB 3H03A 3MZ1A 4O3AA 4KD5A 1B6HA 3CVGA 4LONB 5H8HA 1MRPA 3IR1A 3RT6B 4PP0A 1MXYA 3K2DA 3E3KA 4DCXA 5AE4A 2RC7A 1D9VA 3OD7A 4G77A 1MXZA 4XIGQ 4N6PA 2O68A 4XKRA 1MM6A 2QMXA 1A8FA 4KYSA 2F7BA 4GXAA 2DQVA 3FVNA 1EZPA 2Q2CA 4MLQA 3G7WA 2CZLA 3LSXA 4HS7A 3A3CA 3U94A 4FAJA 1MQHA 1B51A 3FZVA 4O3BA 1URSA 2XXIA 1PC3A 3IL1B 1ELJA 3O6IA 3CSGA 3LC8A 3TEPA 4GWOA 3SEUA 3U1OA 5TU0A 2Y7RA 2F6PA 2O84X 1WVJA 2B3BA 3TMGA 4EQ7A 3C36A 3U72A 1P1OA 1MY1A 4NTLA 1B40A 5EHMA 4F31B 2XHDA 1VSOA 4QSCA 4Q0CA 3W9WA 4TLMB 4OTEA 4C1TA 4IGTA 1RKMA 2ONSA 2VGQA 1Y1ZA 1CE2A 4NEDA 3OO8A 2D5WA 1MDQA 5HM4B 4ELRA 3PUWE 1SW1A 2Y84A 4GIZA 4H8JA 1DMBA 1JW5A 4KYEA 2QJEA 2UVIA 1T0KA 4N07A 4NF6B 1MXWA 2IEEA 1B3FA 2XX8A 4G68B 2ALUA 2CMOA 4GD5A 1HSJA 1R6ZA 1LFIA 3MZ9A 4JWYA 5ELVA 5KCJA 1MPDA 1O7TA 3N5LA 3C33A 3I6VA 1B4ZA 3ONMA 3DM0A 1O63A 3FJ7A 2DOJA 3R7XA 1UIVA 1SYHA 1MPBA 3RLFE 2F34A 1XC1A 3DP8A 1CB6A 1AH5A 1QKAA 1POY1 3JZJA 1B5HA 2OCUA 3KSXA 3R26A 2DE3A 1DPEA 2DWJA 1WODA 5K2YA 1FTJA 1MY2A 2FYIA 2XXPA 1ATGA 4AQ4A 1XS5A 3KGCA 2I0CA 3T66A 2I4BA 1GGGA 2V3TA 5KDTB 1LAFE 2GHAA 4XTCQ 1MQGA 2V3UA 3TYHA 1B0LA 4G8NA 1VFDA 3TDJA 3K1PA 3D4CA 2RKMA 3L6HA 3HSTA 1PB7A 4R72A 2NUVA 3LR1A 1YCJA 5CMBA 3OO7A 3K6XA 1MXUA 2HEUA 4H6DA 3IO4A 3MZBA 3TTNA 1DPPA 4U1OA 1MH3A 5CI5A 1N7XA 5I56A 3ODBA 4R6HA 1UIUA 5KCJB 2D3IA 1MXVA 3OELA 2Q88A 2DWIA 1IIWA 2GRVA 3VDFA 2X26A 3MWBA 3FJGA 5BUUA 3W15C 1B46A 3QYTA 4Z0IA 4O3CA 4FORA 3Q26A 3MVYA 3IB0A 1P99A 4QRZA 3EF7A 3KJTA 1DOTA 3FJMA 3H3GA 2NWJA 3MC2A 1PBQA 1RYXA 4G8MA 3WAFA 5TP9A 2HCAA 4BLAA 3E4RA 1YTVA 4R9GA 2GH9A 4IGRA 4LP2B 5H8NB 1FQEA 1YAEA 1N3WA 3VLUA 3SERA 4BDNA 4Q8RA 3TFLA 1H43A 1BKAA 4F29A 3K0VA 4JXIA 3QIMA 3TCFA 1EZOA 2DP8A 3CG1A 4QF9A 2UVJA 1P1QA 2ZYOA 4EQ9A 4YKJA 5ITPA 1HSLA 4GRKA 1IZ1A 1F9BA 1QVSA 2V3QA 2Y7IA 1J1NA 5DT6A 4WKMA 3N6UA 3UN6A 5I56B 1VFEA 5FHOA 2F5XA 3H6WA 4ELQA 5H8SA 4U4SA 5HPQA 4MF3A 4YICA 4R75A 3SEWA 1FTLA 3H06B 5L9OA 1M5FA 1P1NA 1B7HA 4FEBA 2PYYA 4QFNA 2I49A 3OMBA 4ZE9A 5ICTA 3CFLA 2HAUA 4OFJA 4YB6A 3MJNA 1GTKA 5AA2A 3ECRA 2AL5A 1B3LA 1D3KA 3HPIA 1ZMGA 2Z8EA 4H0WA 5I59B 4G2ZA 5TP9B 5ISUA 4F3BA 1MQDA 4BDMA 2V25A 3B6QA 3F11A 3TELA 3QUFA 4LZ8A 1H45A 3G3KA 1SI0A 4MLVA 1B7UA 2XXWA 2OWTA 4XXUA 5DYHA 3UA8A 2O1MA 2AL4A 3RTFB 4OENA 3VVDA 4F1YA 1FTMA 3PUXE 3O97A 5L8DA 5TPAA 3KOTA 4MBPA 3IOWA 4IO6A 2BJJX 3HCQA 4XKQA 2ZYKA 2NOOA 2RF1A 2QRYA 4ZE8A 1Y3NA 3QSLA 3OSRA 4NF5B 4ZEDA 2H99A 3TTKA 2QSXA 3OO6A 4JWXA 4MH5A 4R6KA 1Z7ME 2UYFA 1PB9A 3A3UA 3VFJA 4F3PA 1USYE 4PQJA 5H8FB 5DEXA 2OJTA 3KOSA 4I62A 4OHNA 4R6YA 3EN3A 1EZ9A 4U4XA 1Y3PA 3O9PA 5CBSA 1B7ZA 2O7IA 2M8CA 1H3DA 5JEIA 3LBSA 1ZJLA 3QK6A 3BFUA 3FVKA 1N0TA 1TT1A 3TODA 3UIFA 1I6AA 2G29A 4OESA 3PU5A 3TCGA 1N3XA 1M5DA 2R71A 3C9HA 3G3FA 3K4UA 1OLAA 1NNPA 1QUJA 2XXUA 1MH4A 3GZGA 1IQ7A 4OEVA 1OIBA 3FVGA 1US5A 4NF6A 3V89B 3V83A 1ZBMA 4OERA 4G68A 3LSWA 3RN8A 5TPAB 2A5SA 3Q29A 3HV1A 1SW2A 4GF8A 3M8UA 2DWAA 4EF2A 4GLIA 2OWSA 4P11A 3G3HA 5I58B 3SDFA 4F2QA 1NNTA 1MXXA 3CFZA 2VHAA 4Q5TA 3T9VA 3U92A 1LSTA 3KN7A 2YJPA 4R2BA 2XXRA 5J1DA 5AA4B 5FHNA 1P1UA 1ANFA 4QHQA 1Y4CA 3D4GA 1XT8A 4ZEIA 3GLBA 1BTJA 4RK2A 4IO5A 3E9XA 2PBWA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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