3WAEA

X-ray structure of fe(iii)-bicarbonates-ttfbpa, a ferric ion-binding protein from thermus thermophilus hb8
Total Genus 112
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
112
sequence length
309
structure length
309
Chain Sequence
PTLTIYSGRGQSLVEPLVKQFEAETGIRVQVRYSTDAQILAALQEEGSRSPADLFWANTAGALGQASAKGLLRPLGETLLEKPIAFVPASRTWVPVTVRLRVLAYNPDRIKAEELPESLLDLPRFAREKGLVGRVGWTPTYSSFQDMVAGMIALYGEEKTREWLLAMKALAPKAYPSNPAMLDAIRAGEVDLGSTNHYYVVRFRRAGYRLGMHHFRDGDAGNLALVTGAGLLKTSKNLAAATRFLTYLLSPQAQQYFVGNIGEYPLVKGVALDPNLLPLEEALAKSPKLDLEKLPLDRALRLLRETGVL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Metal binding protein
molecule keywords IRON ABC TRANSPORTER, PERIPLASMIC IRON-BINDING PROTEIN
publication title A novel mode of ferric ion coordination by the periplasmic ferric ion-binding subunit FbpA of an ABC-type iron transporter from Thermus thermophilus HB8.
pubmed doi rcsb
source organism Thermus thermophilus
total genus 112
structure length 309
sequence length 309
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-05-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13416 SBP_bac_8 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3waeA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3waeA02
1N76A 4MH5A 2HCAA 1D9VA 4TLMB 3U94A 4RPOA 2I4BA 3IOVA 3USDA 2XX9A 5BUUA 3MW0A 2Z23A 1A55A 3I3VA 3RN8A 2DE4A 1AOVA 4ELPA 3FIRA 3KN3A 4GLIA 2ZYKA 3M3LA 1XHYA 2XXIA 4G68C 1B0HA 4QRZA 1Q1KA 4NF4B 4IO3A 4M4GA 4U1OA 1NNKA 2OLBA 1QULA 5KZTA 2GRVA 4IGTA 1N7WA 4JBZA 2O69A 4GWOA 5CI5A 4AQ4A 3FASA 1LCFA 2B3FA 4KPTA 2Y7IA 4KYSA 1TT1A 4I62A 3TTLA 4QSDA 4G8MA 4IGRA 1A54A 4OVJA 3VE1B 1USYE 2REJA 1F9BA 3PUYE 1Y3QA 1NNTA 4ND9A 4JXIA 5TPAB 4EUOA 4P0IA 4R73A 2NUVA 4X48A 4QHQA 4I9DA 4QFKA 2BJJX 4PFTA 3IL1B 4IO6A 4ZEIA 4JSOA 4LVQA 5CRYA 2RCAA 2ZYMA 3FATA 3B7DA 4RJZA 3TELA 3FXUA 1P1OA 1MDQA 2CMOA 2UXAA 2I58A 3T9UA 4YZZA 3ODBA 1S9TA 1QUJA 1TFAA 3SDFA 3CR9A 4FECA 3SKPA 1OQHA 3HN0A 3PD9A 5AA4A 3FXQA 5FTIA 1EZPA 2F34A 2NXOA 5CBSA 3RT8A 4OWDA 5TP9B 4F29A 2R71A 5ITPA 1A7LA 3OO8A 1QKAA 2PMSA 1FQDA 3VLVA 3PUVE 3ZKLA 3VDFA 1MY0A 2GFEA 3GXAA 4OFLA 4FE8A 1B58A 3VLWA 1ZU0A 3G3JA 4DXBA 2V3TA 4R9GA 4OEVA 4MFIA 5FHMA 3K01A 3KJ7A 4EF1A 4HCYA 4BDNA 4X1BA 4XKNA 1HSLA 4F31B 5I2KB 3IX1A 1CE2A 2E0SA 1B40A 3K6WA 5DEXB 1MPCA 4EQ7A 3UORA 1OQGA 1ZTYA 3BFTA 3RNNA 3MVWA 1JQFA 1FQEA 1JEVA 2HQ0A 3O66A 2VP1A 2ZNTA 1MPDA 2XXWA 3MJNA 1S50A 3K6UA 4C1TA 1TWYA 1H45A 3IR1A 4U23A 1OIBA 5DYHA 1UTBA 4KHZE 4FATA 5DTBA 2W7YA 1HSJA 3E13X 2DOJA 5DVFA 3UIFA 3TFLA 3RY3A 1Y1ZA 4BDLA 3MPLA 2Q2AA 3OO6A 5CMBA 3DP6A 1KWHA 4OYVA 5AA2B 5LOMA 3MC2A 4XKPA 3LSXA 2QL3A 4NF6A 2PBWA 3EHUA 3IAZA 3LSFB 3MVZA 4F3BA 3TTKA 2R6GE 1M5FA 3LR1A 2THIA 3K1MA 3DP8A 1YCJA 4DCXA 4YB7A 1IEJA 3S9LC 1MXYA 3OXNA 2M8CA 2DVCA 4QFNA 2QMXA 2R9JA 3MVYA 4ESWA 3KBRA 3CRBA 4G68B 3GZGA 3U93A 3G3KA 4KYDA 5I58B 3VLUA 3BKIB 4GOTA 3V5AA 1AL3A 1I6BA 1ELJA 1M5EA 3QK6A 1BTJA 3C4MA 3E9XA 3SESA 1LBCA 4AB6A 4JSDA 3EHSA 4U22A 1ZKBA 2RF1A 5I2NB 5JTYA 3RT6B 3IOTA 4R75A 3SETA 1MS7A 3S4UA 4NWDA 1US4A 5I57A 2X7QA 4H5GA 1I6QA 4Z7EA 4X9TA 5H8FA 1MXWA 2ZXTA 4WKMA 2XXQA 2F6GA 4GF8A 1O64A 1A40A 5I84A 2FYIA 4GFRA 1GVCA 1MH4A 4GXAA 4BDOA 4PQJA 2Q88A 4MF3A 4DDDA 3N6TA 4LA9A 2XX7A 3UN6A 3KOTA 4L17A 1MXUA 1IUDA 4H8JA 2F78A 1QJMA 4FORA 1B3EA 1RKMA 2HEUA 3VXBA 5F7VA 4ZEFA 4X1DA 3QUJA 2VGQA 2NWJA 5I59A 1R6ZA 2I48A 1IXIA 3IK6B 4ZEKA 4NF8A 4QF9A 4PFYA 4RA1A 5KCJA 3N6UA 4Q0CA 4XTCQ 4POXA 2ANJA 1M5DA 4Z0IA 3PV0E 3TDJA 4ZS9A 3ZSFA 2FA7A 3UP9A 2DYXA 4ZEDA 4OFOA 3BBRA 3TTMA 2QS2A 4N13A 2B65A 4G77A 4F2QA 2V84A 2UYEA 4OMBA 3IB0A 4XXUA 3DM0A 1OVTA 3UGWA 2XD3A 1IQ7A 2O1LA 3E3KA 2Q2CA 2DSFA 4TOZA 3RLFE 5FHNA 2AYSA 2FNCA 2XXUA 3PMXA 3B6WA 3RGYA 4OXVA 4JWYA 1IXHA 1POTA 4LATA 3ZKKA 3K0VA 5H8HB 1L5TA 1XVXA 1MM7A 4BDMA 3H7MA 2OCUA 3IO6A 1ZMGA 4F3GA 1FTLA 3OEMA 1MXXA 3SEWA 4MLQA 1UTHB 3CFXA 4XIGQ 1P1QA 3D4GA 1ZBMA 2I3WA 2OWSA 2QS3A 3ILTB 1A99A 3KEIA 3A09A 3H6VA 3QXMA 3HSTA 2Y84A 3HV1A 4F2OA 3O28A 1J1NA 3CSBA 2O84X 1ANFA 1H43A 1Y1MA 2DWHA 4RYAA 2DQVA 3KN7A 1Z7ME 3CSGA 4IO2A 2PT1A 4DXUA 2H98A 4ECFA 1B1XA 3SEUA 1B9JA 4MBPA 4EQ9A 2F7BA 3PPNA 1FQBA 2V3QA 1OLAA 4OETA 3IOUA 1NH8A 2B3BA 2ABHA 2ZNUA 1M5CA 4PETA 3UK4A 1Z7NE 3OO9A 4WEDA 1MQJA 4YKKA 1JETA 3T66A 5HPQA 3PD8A 2O6AA 2I49A 1WODA 1FQFA 3SERA 4POWA 1MQIA 3Q29A 4OERA 3VVDA 4H0WA 1UTBB 5H8QA 3JZJA 1II5A 4JWOA 3M3KA 3MP8A 3S2VA 1SI0A 2VOZA 1B3HA 1PEBA 3PGFA 1JVXA 4ONYA 4OQOA 3H6UA 4FJPA 3QSLA 2DWIA 3H06B 1SW2A 2A5TA 3KZGA 3PPQA 4OFJA 1MDP1 5CMMA 3SEYA 2RC9A 1URDA 1P1UA 1AIVA 4NF6B 3P7IA 4Q30B 3PPOA 1DOTA 3MAMA 1LFIA 1JNFA 4MLVA 3KSJA 2ONRA 3RQTA 1HSEA 1S7YA 1FTOA 3H6TA 3IOWA 5KDTB 4LQ5A 4NEDA 4UACA 3PUXE 2D21A 1GV8A 2XXPA 5JK4A 3W9VA 4DXCA 1B3LA 1GTKA 2HZLA 3GBBA 3O6GA 5J1DA 1H44A 2IA4A 3EHTA 3SEXA 3H03A 4ELOA 1MXZA 1AH5A 3K1NA 4GVOA 2HXWA 3PPRA 3OD7A 1NKXA 5IAIA 4U1ZA 1BP5A 3T93B 4QSCA 2RINA 5EHMA 4KI0E 4RNSA 5JEIA 1YAEA 3EF7A 1TFDA 1SI1A 3W9WA 4DE8A 3VV5A 3HPIA 4P11A 4R6KA 3ILUB 1BIYA 4U2RA 3K6VA 2KLFA 4FEBA 4NWCA 4EQBA 4NF4A 3IJOB 1MY4A 5H8FB 1FTMA 3U1OA 1Y3PA 3RTWB 5A5XB 1Y3NA 3IB1A 4KFQA 1UIVA 5AA1A 2ZNSA 4R2FA 2GH9A 1LB8A 3PPPA 2RCBA 3JV9A 3N26A 1ZIUA 4E0XA 1XT8A 3TCGA 1VSOA 1OLCA 4YMBA 2Y7WA 2WKYA 3C31A 5H8NA 5BWJA 1JW1A 3WAEA 2QMWA 2HAUA 1MH3A 3ECRA 4OESA 3C35A 1D9YA 1FTKA 2F5XA 4N07A 2G93A 2F8DA 1LLSA 1UIUA 1PB8A 2RC7A 3KG2A 3K2DA 1B5HA 3HHFA 4LUBA 3K02A 4EXLA 2QPQA 2PT2A 4N6PA 4EF2A 4G8HA 2F7CA 3OOAA 4GL0A 2O7UA 1B6HA 2H99A 1FCKA 3T22A 4GQOA 2X26A 3E4RA 1DTGA 2XXYA 4RK9A 3V83A 4F3PA 4ZECA 2P1SA 2Z8EA 4IO7A 2LAOA 3A3UA 4I1DA 5FTHA 3BFUA 1JW4A 1MXVA 1QVSA 1YPNA 4PFUA 5AA2D 2I0BA 3QAXA 1B4HA 5M2VA 5ISUA 4H6DA 3VVEA 1N04A 2O68A 4C1UA 3D4CA 3B6TA 3G3HA 3TODA 1WVJA 5F1QA 4P0GA 1MRPA 3TCHA 1B1HA 1B7ZA 1FQAA 1M5BA 1D3KA 4LONB 4HW8A 2I4CA 4DZ1A 4F22A 4ESXA 2Y7RA 5ELVA 1T0KA 1MY1A 1IIWA 3EN3A 2DWAA 2UVGA 5EHSA 3K00A 1UQWA 4YB6A 1N3XA 3W15C 2DVZA 5CBRA 4GL8A 3G3IA 1ZLQA 4H5FA 1P99A 3EPEA 3K1PA 1EH3A 1YTVA 2OJTA 1TXFA 4KYEA 4F3SA 5I2KA 3TQLA 3S9MC 5CMCA 2REGA 1ATGA 2OK2A 4QFOA 5DEXA 3EQ1A 1GGGA 3FV2A 3Q27A 3QUFA 4DLDA 4ZEBA 1Y9UA 2QS1A 4ZE8A 5L9MA 3RUMA 4BLAA 4H67A 3MUQA 4WXJA 1DTZA 3DELB 1RYOA 1LB9A 4LQ2A 5DT6A 2IEEA 3VVFA 3HO7A 5H8QB 4R9FA 4DCYA 1P1NA 2AL4A 1SQYA 2F36A 3K6XA 4GD5A 4EXKA 4O3BA 1B5JA 1B3FA 4OEUA 1B05A 4H65A 1N84A 3TAJA 3CG3A 5FHOA 3QIMA 3ZS6A 3DP4A 2A5TB 1B32A 3TUSA 3TMGA 1MY2A 3T9HB 2Y7PA 3FVKA 5CMKA 1IZ1A 3MQ9A 3KGCA 1SYHA 5AA4B 3C36A 5AA2A 3T9VA 5CC2A 4F1UA 2XXRA 1DMBA 5ICQA 2V25A 3C33A 4LZ7A 1B0LA 2QSXA 4IY5A 5AA3A 4NF5A 5CM6A 3M8UA 1LBBA 4PFWA 2E1SA 4WEPA 4KCDA 1DPEA 1XOCA 5L9SA 3L6GA 3PU5A 4ELRA 3SEVA 3MPKA 3CIJA 3O29A 2YPNA 3C9HA 4LZ5A 1MG1A 4XKQA 2V93A 4RPNA 1MQDA 3R6UA 2A5SA 4U21A 2ONSA 1R1NA 4R74A 4YB5A 2O51A 4G68A 1P1WA 3KJTA 4G4PA 1SBPA 5I58A 4O3CA 4JWXA 4U4SA 2F35A 3V89B 4U4XA 4OHNA 2DWJA 1O63A 4R72A 3TTNA 2PVUA 5B70A 2V3UA 2XXXA 5I2NA 1PDAA 2QJEA 4KR5A 2UVJA 1IXGA 3OENA 3OELA 4OTEA 1A8FA 5K2YA 3CFLA 5ICTA 2Q9TA 3ONMA 1O7TA 1N3WA 4ZE9A 1NNPA 4H8IA 4ELQA 2Q89A 2GHBA 2VD2A 4YICA 4QFLA 5H8NB 2VD3A 1VE4A 2YJPA 1URSA 4KQPA 1POY1 2DXRA 2F6PA 3IB2A 3C34A 3FZVA 3LUYA 3FGSA 3IO4A 5B7DA 1QUKA 2DE2A 3MP6A 5DVIA 5EYFA 4BDRA 5H8SA 2OZZA 1CB6A 3LC8A 3AXFA 2VHAA 2D5WA 1VFDA 5I56A 1VFEA 2CZLA 2XXHA 1VR5A 4K3FA 1XC1A 3FVNA 1DSNA 2NVUB 1WDNA 3TZAA 4YKJA 3FJGA 3FD3A 2NOOA 4G2ZA 3U72A 1NNFA 2Y7KA 3G7WA 1LAHE 4GRKA 2H4IA 1I69A 1OMPA 3VFJA 2AL5A 1B4ZA 2D3IA 4FIMA 4H1XA 1SDXA 3GLBA 2O1MA 1Y4CA 3LBSA 2GHAA 3V8XB 1LAGE 1MQHA 3OSQA 3THIA 1H76A 4F1VA 3MWBA 2Z8DA 4HCWA 4KCCA 3OO7A 3PMWA 2UVIA 1R9QA 1NH7A 5ITOA 2P2AA 4BDQA 2ESNA 2XX8A 5H8HA 3FJMA 3PUWE 4THIA 1LCTA 3IJXB 3JYRA 2OWTA 4JB7A 2DE3A 1ZJLA 2Q8JA 4ISUA 1IITA 5JTYB 4C0RA 4M1VA 3FJ7A 3TYHA 3QYTA 1QUIA 1UTHA 2XHDA 3H4ZA 4NE4A 1MY3A 3R7XA 5I57B 2UVHA 4R2BA 4TLLB 3O9PA 4IY6A 3N94A 3TEPA 2F7AA 1XS5A 3MBPA 3I5OA 3RPWA 1NL5A 1SVXB 3O2AA 1USYH 4QSEA 1XVYA 1RYXA 4IB2A 3A3CA 4YMAA 2UYFA 2PX1A 3T96B 4UA8A 2X7PA 4R6YA 1JW5A 4Q5TA 1SW4A 1I6AA 3HHGA 1US5A 5HBCA 3LSLA 1A8EA 1JEUA 5TPAA 3IORA 1LFHA 4ZZAA 5I59B 1MM6A 4IO5A 5HM4B 4HTGA 4NF8B 5KCJB 4OENA 2DS9A 1QW0A 4IO4A 3H6WA 4OZ9A 3S9EA 2P0SA 3O97A 3CVGA 2OBGA 4AB5A 1MPBA 2I3VA 1LAXA 5L9OA 3KFMA 1NFTA 4QFPA 1FQCA 5IKBA 3C32A 1B2HA 1AMFA 2AIXA 4KD5A 2F97A 1BKAA 4EDPA 2Z22A 1URGA 4RK2A 1B3GA 3M3FA 4NF5B 4YKPA 2I6EA 4NMYA 3T9XB 1Q35A 3CG1A 1LGBC 4YU0A 2G29A 4LZ8A 5KDTA 2O7IA 1GR2A 1SD3A 3HCQA 3MVXA 3B6QA 4ZDMA 1FTJA 5TP9A 3MZ9A 1OVBA 1Y20A 4I8CA 1IXCA 4DIGA 2QS4A 1B52A 1PB7A 5K2XA 3PUZE 3S9NC 3F11A 4G8NA 1B5IA 3WAFA 3RTFB 2ZMBA 1PB9A 1B51A 2ALUA 4TQUQ 4F1YA 3KN8A 5L8DA 3O6IA 2H25A 2H5YA 3G3FA 4YAHX 3VXCA 4YKIA 1LAFE 2ONKE 3N5LA 1B46A 3TCFA 4XKRA 4RXLA 4O3AA 4ZZEA 3I6VA 3U92A 4R6HA 2Z8FA 2XXVA 2XXTA 1QKBA 3FVOA 4JDFA 5DVJA 3TPAA 5AE4A 1LSTA 3FUZA 1LFGA 3UA8A 1EZ9A 3KOSA 3L6HA 3K4UA 1N7XA 1B7UA 1D4NA 4FAJA 2RC8A 3FV1A 2ZYNA 4Q8RA 3OEKA 3DLNA 4E0WA 2DXYA 2YLNA 3U8QA 1MQGA 2DP8A 5A5XA 1N0TA 1PBQA 1Y4TA 1EU8A 1PC3A 3TTRA 1EZOA 1SW1A 2RKMA 4F18A 3CI8A 3R26A 3OMBA 4FEDA 1R9LA 2I0CA 2PYYA 3TQWA 3MP1A 3MZBA 4GIZA 3KSXA 3GBAA 4LP2B 2HFBA 1SW5A 3Q26A 1BLFA 3H3GA 1FW0A 1NMUA 4PP0A 3PMVA 5TU0A 3Q25A 3FXRA 5I56B 4F19A 2H9BA 3LSWA 2QRYA 4GXSB 1DPPA 3CFZA 3O6HA 1SYIA 2HAVA 2ZYOA 1H3DA 2XD2A 3MZ1A 4F39A 4HS7A 4PE5B 1B7HA 3G3GA 1JVYA 4RY1A 4NTLA 1PBPA 2HZKA 3Q28A 3OSRA 3FVGA 3TKDA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4MNPA 1N76A 4MH5A 2HCAA 3FXBA 1D9VA 1FPLA 1NV2A 4N91A 2V4CA 4DI4B 4TLMB 3U94A 4PCDA 4RPOA 2I4BA 3IOVA 3USDA 2XX9A 5BUUA 3MW0A 2Z23A 1A55A 3I3VA 3RN8A 2DE4A 3A29A 1AOVA 4ELPA 2KR0A 3FIRA 3KN3A 4GLIA 1IMBA 2ZYKA 2CZIA 3M3LA 1XHYA 2XXIA 4G68C 1B0HA 4X8RA 4QRZA 1Q1KA 4NF4B 4IO3A 4M4GA 4U1OA 1NNKA 2OLBA 1QULA 5KZTA 2GRVA 4IGTA 1N7WA 4JBZA 2O69A 4GWOA 5CI5A 4AQ4A 4H45A 3FASA 1LCFA 2B3FA 4KPTA 2Y7IA 4KYSA 1TT1A 4I62A 3TTLA 4QSDA 4QBAA 2Y5KA 4G8MA 4IGRA 1A54A 2PCRA 4OVJA 3VE1B 1USYE 2REJA 1F9BA 3PUYE 1Y3QA 1NNTA 2GQ1A 4ND9A 4JXIA 5TPAB 4EUOA 4P0IA 4R73A 2NUVA 4X48A 4QHQA 4I9DA 4QFKA 2BJJX 4PFTA 3IL1B 4IO6A 4ZEIA 4PAIA 4JSOA 4LVQA 5CRYA 2RCAA 2ZYMA 1FBPA 3FATA 3B7DA 1FBEA 4RJZA 3TELA 3FXUA 1P1OA 5EQ9A 4MIJA 1LBVA 1MDQA 2CMOA 2UXAA 2I58A 3T9UA 4YZZA 3ODBA 1S9TA 1QUJA 2Y5LA 1TFAA 4NF0A 3SDFA 3CR9A 3U65A 4FECA 3SKPA 1OQHA 3HN0A 3PD9A 5AA4A 3FXQA 5FTIA 1EZPA 2F34A 2NXOA 5CBSA 3RT8A 5I7IA 4OWDA 5TP9B 4F29A 2R71A 5ITPA 2HXRA 1A7LA 3OO8A 1QKAA 4N17A 2PMSA 1FQDA 3VLVA 1YYZA 3PUVE 3ZKLA 3VDFA 1MY0A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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