3WAFA

X-ray structure of apo-ttfbpa, a ferric ion-binding protein from thermus thermophilus hb8
Total Genus 107
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
107
sequence length
309
structure length
309
Chain Sequence
PTLTIYSGRGQSLVEPLVKQFEAETGIRVQVRYSTDAQILAALQEEGSRSPADLFWANTAGALGQASAKGLLRPLGETLLEKPIAFVPASRTWVPVTVRLRVLAYNPDRIKAEELPESLLDLPRFAREKGLVGRVGWTPTYSSFQDMVAGMIALYGEEKTREWLLAMKALAPKAYPSNPAMLDAIRAGEVDLGSTNHYYVVRFRRAGYRLGMHHFRDGDAGNLALVTGAGLLKTSKNLAAATRFLTYLLSPQAQQYFVGNIGEYPLVKGVALDPNLLPLEEALAKSPKLDLEKLPLDRALRLLRETGVL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title A novel mode of ferric ion coordination by the periplasmic ferric ion-binding subunit FbpA of an ABC-type iron transporter from Thermus thermophilus HB8.
pubmed doi rcsb
molecule tags Metal binding protein
source organism Thermus thermophilus
molecule keywords Iron ABC transporter, periplasmic iron-binding protein
total genus 107
structure length 309
sequence length 309
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-05-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13416 SBP_bac_8 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3wafA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3wafA02
4OTEA 2O7UA 1IXIA 4F31B 3T9VA 3MPKA 1USYH 4H8IA 2QRYA 4IO6A 4JB7A 5FHMA 1UIVA 4IY6A 1SDXA 3PPNA 2ZYKA 3OXNA 3DELB 4GRKA 5DEXA 3RLFE 5AA2D 1M5CA 1R1NA 2LAOA 3TQLA 3E4RA 4JWYA 4R75A 1D4NA 1P1NA 4GIZA 1R9QA 3K01A 3KOTA 3FIRA 1MXZA 4XKNA 1P1QA 4R72A 4PFWA 5LOMA 2Y84A 3QYTA 3Q26A 3FXRA 4YB7A 3O6IA 3QUFA 4Q5TA 4FATA 3M3FA 4PFYA 1MDP1 4YB5A 2UVGA 3PD8A 5H8NA 4IB2A 3LUYA 2ZXTA 4ZS9A 4U4SA 5DYHA 3V8XB 1Z7ME 4U4XA 1ZMGA 2ONSA 3HPIA 1B05A 2DVCA 2HCAA 3N94A 2I0BA 4G68B 5DEXB 1SW1A 3VFJA 3DM0A 2XD3A 3GLBA 5I57A 1QUJA 5HBCA 3RGYA 2XHDA 3ZS6A 2PBWA 3MJNA 3MWBA 4MLVA 3PUZE 1POTA 2DWAA 1A99A 1LFHA 3WAEA 2OCUA 3ZKLA 2XXHA 1QW0A 3IR1A 4DXBA 2O7IA 4U22A 3U92A 5FHNA 4HCYA 4JSOA 3G3KA 4BDNA 2CZLA 5I57B 1PB8A 3V5AA 4YKJA 2VHAA 2NWJA 4BDOA 3V89B 2G93A 4MH5A 1PEBA 4R9FA 5L9SA 3CFLA 2ZYNA 4R2BA 1JETA 1TT1A 3A09A 4MFIA 3VLUA 1B5IA 3IOUA 4TOZA 3S9EA 3D4GA 3W15C 3QUJA 1B3HA 2RKMA 4OERA 3IJOB 3F11A 1MQHA 3CVGA 3MVWA 1LAHE 4R6KA 1NNKA 1NNPA 3IAZA 3MQ9A 5CC2A 3CI8A 1P1UA 1USYE 3O28A 2B3FA 3K1MA 1TXFA 5EHSA 1AH5A 1MQGA 3FV1A 3TCFA 1SI0A 3FASA 3MP8A 2O68A 3C35A 3C9HA 3FJ7A 1LAFE 5B70A 5I59A 2DE3A 2RF1A 3KGCA 4JWOA 1QUIA 3K2DA 1HSLA 2RC8A 3DP6A 2DE4A 3HV1A 3IK6B 1ZBMA 4G77A 1BTJA 4IO5A 4LONB 4IO3A 3T9HB 2F5XA 3THIA 4QFOA 3K1PA 4RPOA 5B7DA 2AL5A 4EXKA 4AB6A 3KN7A 3R6UA 2Q88A 3IORA 2Q2AA 5H8QB 2THIA 5AA1A 4NF4A 3VLVA 1OMPA 5BWJA 1PDAA 1BIYA 2B3BA 4KPTA 1DOTA 3Q29A 4FE8A 4RPNA 2VD3A 5CBSA 1VFDA 1A8EA 5I58A 4LZ5A 4N6PA 3GBAA 4FECA 3OELA 4ZECA 2FNCA 1YCJA 3BFUA 2KLFA 3M3KA 5KCJA 1OVBA 3JZJA 3RY3A 3K4UA 3RPWA 5CRYA 4H67A 1NH7A 2VOZA 4U21A 1RYXA 4QSEA 3IX1A 4QFLA 1B7ZA 4ZEDA 4EF1A 3U72A 2OLBA 4QFPA 1N0TA 2BJJX 3CSGA 5L9MA 5IAIA 4I9DA 1JVXA 4MF3A 4R2FA 5KDTB 4R73A 2Z22A 1SW4A 1DPPA 1B40A 4YZZA 3V83A 5KCJB 4G8MA 4H6DA 1EZOA 3OO8A 1M5DA 3O29A 1FTKA 1JQFA 3Q27A 2DQVA 2UXAA 2IEEA 2I58A 3H7MA 1LBCA 2UYEA 3HN0A 3JV9A 4F39A 2Y7IA 4OVJA 1MQJA 1S50A 2D5WA 3BKIB 1B0HA 2R71A 4GXAA 5F7VA 4ISUA 2XX7A 1US5A 4GOTA 1ELJA 2DWIA 4HW8A 1Y4CA 4I1DA 1O64A 1B32A 1MXYA 4GVOA 5I2KB 1YAEA 5CM6A 4IGTA 4AB5A 4FAJA 1JNFA 5KZTA 4F1UA 2QS1A 5BUUA 3GZGA 4KHZE 1A40A 4F18A 2HEUA 2X26A 3AXFA 2O84X 1SVXB 5K2XA 3TTKA 3CFXA 4H65A 5TP9B 5AA4B 2ANJA 4MLQA 1J1NA 4X1DA 3S9MC 1Y3NA 2H4IA 3KBRA 3PU5A 1VR5A 3T22A 3TDJA 1IXCA 4O3AA 2YLNA 2F36A 3H06B 1OQHA 3E9XA 1Y3QA 3MVXA 3MZBA 4M4GA 1CE2A 3FD3A 1Y4TA 1N7XA 1IIWA 3EHTA 5CMMA 3U1OA 3EN3A 5I56B 1WDNA 5IKBA 4HS7A 5FTHA 3RNNA 1SYIA 1D9VA 5TPAB 1P99A 3FVNA 1S7YA 2RCAA 1LCFA 1MY0A 3P7IA 1B0LA 2DXYA 4JWXA 2P0SA 4QHQA 3SEYA 3TZAA 2UVJA 1A7LA 2E0SA 2F35A 3MP6A 3SETA 4LQ5A 4OHNA 3PD9A 3EHSA 3ECRA 1N7WA 3C34A 2QS4A 3T9UA 4NEDA 2I3WA 4R6YA 1H43A 3MZ1A 3USDA 3K6UA 2ZNUA 3TTRA 4RXLA 3QIMA 2UVHA 2XXYA 3IO6A 4ESWA 3OO7A 1OLAA 1Y1MA 3RN8A 4H1XA 2XXIA 4WEDA 2ABHA 4U23A 4G68A 1ZLQA 1MPDA 1ZJLA 3G3GA 4DLDA 4NE4A 2DXRA 4YKKA 1A8FA 3BBRA 4QFNA 4F1YA 3VXCA 4XIGQ 5JK4A 3T93B 2HQ0A 4O3BA 2PT2A 1P1OA 1URSA 1N84A 2O6AA 3R26A 3IB1A 1Y9UA 3FJGA 2O69A 4ZDMA 4OEVA 4YAHX 2HAUA 2XXTA 5CMBA 3M8UA 1BLFA 3SEVA 5L9OA 4EQ7A 1I6QA 2Y7PA 1FTJA 2YJPA 1ANFA 3OMBA 4IO4A 3I3VA 4LA9A 5CMCA 5EHMA 4ELQA 4F3PA 1B1HA 3GXAA 1LAXA 1MY2A 1MQDA 3H3GA 4OWDA 3FXQA 3RUMA 2ZYMA 2F8DA 2XXRA 2X7PA 5CMKA 1NL5A 2R6GE 4OYVA 2QS3A 1FQDA 1DTZA 4BDLA 4P11A 1UTBB 2VGQA 4QRZA 2OWTA 5M2VA 3KFMA 2OK2A 2P1SA 1QKBA 1OIBA 3IOTA 1LB9A 2DP8A 5ITOA 2Q2CA 4UA8A 3D4CA 4ND9A 4EXLA 4NF6B 3MPLA 1MS7A 4F3BA 4P0IA 4QSCA 5AA2B 2QJEA 4ELPA 3FZVA 1PB7A 3OO6A 3U93A 4RA1A 1I69A 3FVOA 1Z7NE 4Z0IA 4R6HA 2QMWA 2HZLA 4L17A 4THIA 4YU0A 2Z8DA 4NWCA 2Q9TA 3C36A 2H9BA 4XKQA 3PPQA 4FEBA 5AA3A 3BFTA 3B6QA 3CR9A 1EH3A 5ELVA 3C4MA 3I6VA 3KOSA 4NF5B 5FHOA 1MG1A 3IJXB 1MY3A 1L5TA 1PC3A 5H8HA 3LC8A 3MBPA 3VXBA 1FQAA 3MW0A 4KYEA 1AOVA 3TFLA 3LR1A 4M1VA 1MDQA 1HSEA 4FIMA 5H8QA 4OQOA 3FGSA 1XC1A 3TMGA 1II5A 2UYFA 3LSWA 4O3CA 1GGGA 4RNSA 3UN6A 5H8SA 1BKAA 1DPEA 4ZEIA 3CG1A 4OFLA 3HSTA 3TEPA 1LCTA 3FATA 4H5GA 1IUDA 1DMBA 1NFTA 2I6EA 4XTCQ 5H8HB 3O66A 4LATA 1VFEA 1PBPA 2HZKA 4YKIA 2D21A 2H25A 2E1SA 4H8JA 1LGBC 1MH3A 3MUQA 2RC9A 1NMUA 4EDPA 4X9TA 3TTNA 3OOAA 4PQJA 4JXIA 3G7WA 4H0WA 5KDTA 2F7AA 4P0GA 1B7UA 4ZE9A 3MC2A 4GL8A 1TWYA 4DIGA 3B6WA 1GR2A 3O6HA 2I49A 1B51A 1N76A 4F29A 4PP0A 4WXJA 5DT6A 1MM6A 3H4ZA 3O9PA 1B3FA 1H3DA 3S9LC 4KYDA 4QFKA 4POXA 2F6PA 1OQGA 4JSDA 3KZGA 2DWJA 2YPNA 4LP2B 1B3LA 2RINA 5JTYB 4DCYA 4RYAA 1MM7A 3O97A 3Q28A 3G3JA 1MPCA 4ECFA 3SDFA 5I2KA 1CB6A 1XOCA 3A3CA 2O1MA 2GFEA 3K6WA 1H44A 1HSJA 3FJMA 1B7HA 1I6BA 3TCHA 1JW1A 1MY4A 4F3SA 2GRVA 3UORA 1M5BA 4GXSB 4EF2A 4GWOA 1IXHA 5TP9A 1R6ZA 1D9YA 4F2QA 5AA4A 3R7XA 2F6GA 5DVJA 4H5FA 1MXUA 4MBPA 1DSNA 5TU0A 4KI0E 1MXVA 4XKRA 3TKDA 4ELOA 3PMVA 3PMXA 3IO4A 4F1VA 4X1BA 1XS5A 4YB6A 1JW5A 4C0RA 1FTMA 1N04A 3SERA 1QJMA 2ZYOA 3FXUA 1TFDA 1RYOA 1NNFA 3TUSA 4OESA 4DXCA 4YKPA 5I56A 1O7TA 1B5HA 3G3HA 2AIXA 1QULA 1MPBA 5TPAA 3PPOA 1MXXA 4DDDA 2IA4A 3KN8A 2NUVA 4GD5A 3UIFA 3C32A 1URDA 5A5XB 2REJA 3SESA 2O51A 2Y7RA 1P1WA 4OXVA 4I62A 4IGRA 1ZU0A 3VE1B 4RK2A 3SEWA 4NTLA 1B6HA 4N13A 3GBBA 3PPPA 3K6XA 4OMBA 3TELA 4BDMA 4R9GA 3PUYE 3SEUA 3H6WA 2VD2A 5HM4B 3S4UA 5HPQA 2UVIA 3H6TA 4TLLB 2ALUA 2DOJA 4F19A 1SBPA 4OETA 2PVUA 2AYSA 1LBBA 2RC7A 1AIVA 2F7CA 3PUVE 4LQ2A 4DZ1A 1H76A 3CFZA 3MAMA 1TFAA 2HXWA 1RKMA 1MH4A 2OBGA 4ZZAA 2Z8FA 4HTGA 3Q25A 3QAXA 2I4BA 3G3IA 4POWA 3TTLA 4BDQA 3LSXA 2F7BA 4OZ9A 3PUWE 3PV0E 3W9WA 3DP4A 4YMAA 1A54A 1JVYA 3VVDA 4BLAA 5DVIA 1XVYA 3VVFA 1VSOA 2G29A 1QVSA 3DLNA 4QF9A 4WEPA 3LBSA 2Z23A 4KCCA 1MQIA 1I6AA 2Y7KA 1A55A 2A5TB 4TLMB 2D3IA 3SEXA 1WVJA 1AMFA 1B1XA 3EHUA 4NMYA 3VLWA 3RT8A 1Q35A 1ZKBA 1NNTA 1URGA 4NF8B 1PBQA 2XXVA 4TQUQ 1ZTYA 3G3FA 3OO9A 1B46A 1FTLA 3TPAA 1YTVA 3T9XB 3UGWA 1UTBA 1MXWA 3ODBA 3K6VA 3IOVA 1M5EA 3IB2A 3K02A 5H8FA 3CIJA 3S2VA 2O1LA 1NH8A 2A5SA 2DWHA 5FTIA 4KYSA 1LAGE 3OEMA 2F34A 1N3XA 5DVFA 4NF6A 2NOOA 2XXPA 2QMXA 2ONRA 1EU8A 2GH9A 5AA2A 2I48A 4FORA 4ONYA 2Z8EA 3KSJA 3KJ7A 5F1QA 5CI5A 5J1DA 3EQ1A 2V3TA 4GL0A 4U2RA 1FQEA 5H8NB 4AQ4A 3HO7A 4PE5B 5H8FB 4OFJA 3KSXA 5I2NA 1Y3PA 2PX1A 2RCBA 4NF5A 4OENA 1KWHA 5DTBA 3EF7A 4G4PA 4IY5A 2OWSA 1R9LA 4Q0CA 2X7QA 4LZ7A 2Q8JA 3ZSFA 1SQYA 2DSFA 4F3GA 3C31A 3K0VA 1VE4A 4KQPA 1POY1 2NVUB 3WAFA 3E13X 3TAJA 3U8QA 1WODA 1OVTA 4R74A 3TYHA 4KD5A 2OJTA 1EZ9A 4RY1A 1Y20A 3W9VA 3O2AA 3TODA 2ESNA 2PMSA 4G68C 4G2ZA 1SYHA 5I2NB 3L6HA 2DE2A 4ZEBA 4ZE8A 2QS2A 2REGA 1T0KA 4KFQA 2XX9A 4ELRA 5AE4A 3PMWA 1LB8A 4C1TA 3RTFB 1UIUA 3S9NC 1QUKA 2F78A 2GHAA 2Y7WA 2HAVA 3VV5A 3ILUB 3N6TA 4U1ZA 3CSBA 4IO2A 4RJZA 4ESXA 1SW2A 3U94A 4F22A 1FQFA 3H6VA 4XXUA 2Q89A 3KG2A 1NKXA 1B4HA 3B6TA 3K00A 3PPRA 4I8CA 1B52A 2V93A 4F2OA 3OSRA 1GTKA 1US4A 1XT8A 2I0CA 1B3GA 3H6UA 4YMBA 1ZIUA 2QPQA 2ZMBA 3CG3A 1LLSA 5ICQA 4DCXA 3OENA 4HCWA 1N3WA 2M8CA 4XKPA 2DS9A 3MVYA 3TCGA 2I4CA 3QK6A 5I59B 4EQBA 3VDFA 2HFBA 3N5LA 3MVZA 5JTYA 4FJPA 1F9BA 3UK4A 4OFOA 3RT6B 1FQBA 4DE8A 4WKMA 5EYFA 2H98A 4BDRA 5I84A 3PGFA 1AL3A 4ZEFA 2V3UA 1Y1ZA 1H45A 1XHYA 2H5YA 1GV8A 3TTMA 2F97A 4ZEKA 2W7YA 2V3QA 3M3LA 3N26A 3KEIA 3T96B 4NF4B 2P2AA 1B5JA 4LVQA 1SW5A 4LUBA 1M5FA 1LFIA 2QL3A 1LFGA 3MP1A 3ONMA 2XXQA 3L6GA 1DTGA 2NXOA 3IOWA 3ZKKA 4Q30B 5I58B 4GFRA 1FTOA 4NWDA 4GF8A 3FVGA 4GQOA 1JEVA 2ONKE 3TQWA 1JEUA 4Z7EA 3OD7A 2FA7A 3KJTA 2XD2A 4N07A 1D3KA 2XXWA 1QKAA 4FEDA 2DYXA 1SD3A 2OZZA 3LSLA 4IO7A 4QSDA 3I5OA 1Q1KA 5ISUA 3B7DA 1IEJA 4LZ8A 3T66A 2ZNTA 2V25A 4DXUA 2R9JA 4C1UA 3DP8A 1YPNA 5A5XA 4X48A 3MZ9A 2DVZA 1S9TA 3FUZA 2PT1A 2AL4A 5L8DA 1UQWA 3ILTB 4EQ9A 1B3EA 1FW0A 3A3UA 3IB0A 5K2YA 1JW4A 3PUXE 4PETA 4PFUA 4KCDA 3IL1B 2ZNSA 4E0XA 4E0WA 1IZ1A 1IITA 1UTHA 1MY1A 3EPEA 4U1OA 2I3VA 1XVXA 4G8HA 3K1NA 2V84A 2XXUA 4YICA 1FQCA 2H99A 4G8NA 3LSFB 4K3FA 1B58A 1GVCA 4JDFA 2VP1A 3OSQA 5CBRA 3FVKA 4KR5A 3FV2A 3O6GA 3E3KA 1B9JA 3HHFA 3HHGA 4JBZA 1ATGA 2WKYA 3H03A 1B2HA 4RK9A 2GHBA 1IQ7A 1LSTA 4OEUA 1UTHB 4GLIA 2B65A 3KN3A 3N6UA 4PFTA 3RQTA 1FCKA 3RTWB 2CMOA 3SKPA 1OLCA 1IXGA 4Q8RA 2PYYA 1PB9A 3OEKA 1BP5A 1MRPA 2XX8A 4EUOA 3QSLA 3UA8A 1O63A 2FYIA 2QSXA 2A5TA 5JEIA 5ICTA 3C33A 5ITPA 3HCQA 1EZPA 2XXXA 4ZZEA 3QXMA 1B4ZA 3UP9A 1SI1A 4NF8A 3CRBA 3VVEA 3JYRA 4UACA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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