3ZKLA

Structure of the xylo-oligosaccharide specific solute binding protein from bifidobacterium animalis subsp. lactis bl-04 in complex with xylotriose
Total Genus 143
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
143
sequence length
396
structure length
396
Chain Sequence
DDKTITFWHNASAGEGRQYWENLAKSFEEANPGTKVEIQAIQNEDFAGKLQTAMQDPASGPDVFMSLGGAKTKEMIDAGQVMDLTDKISDTVKTDMKTTLSAATFDGKVYGVPVSVEPGGMWYSKDLFKKAGVSDVPATYEELLADAKKLKDSGTDAIALGAKDAWPAAHWYYWLVLRECSPEVYDKSVQDHDFSNACWVNAGKKLQELKDLKVFNDGFLTTTAQQGANSSAGLLANHKAAMELMGAWEPGVLKDLTPDQKPMADLGFFAFPEVAGGEGEPGALMGGVTYFCVNPKASQTSIDFVNYMGEKKNQEDYAKAFSTIPASEPARAVVTDESLKQVIEYLDKAPSMQLWMDTALGTNIGNALNAAVVNMLSGQGSPEDIVKAMQDAAQKG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural Basis for Arabinoxylo-Oligosaccharide Capture by the Probiotic Bifidobacterium Animalis Subsp. Lactis Bl-04
pubmed doi rcsb
molecule tags Transport protein
source organism Bifidobacterium animalis subsp. lactis bl-04
molecule keywords PUTATIVE SUGAR TRANSPORTER SOLUTE-BINDING PROTEIN
total genus 143
structure length 396
sequence length 396
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-01-23
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3zklA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3zklA02
2DVZA 4BLAA 1XVYA 3PPRA 1PB8A 4Z0IA 4KPTA 4O3CA 2D5WA 4U21A 3TKDA 3MP8A 2ZNTA 4OETA 4BDOA 2OK2A 4LQ5A 4U4XA 4POWA 1SBPA 1POTA 4NF5B 1WVJA 1PDAA 3PU5A 3GLBA 2OBGA 4RK2A 1JVYA 3RY3A 1QW0A 4GD5A 5CM6A 4Q0CA 5L8DA 2NXOA 5F1QA 2QL3A 3MAMA 3Q26A 1B5JA 4NF8B 1RYOA 1Y1ZA 4R2BA 4KFQA 5H8QB 1MS7A 3O6GA 3OO6A 3FD3A 2O1MA 1EZ9A 4PQJA 1VE4A 4H0WA 1OVTA 1MXZA 4GOTA 1S9TA 2Z23A 5ITOA 3ZKLA 3K6UA 4ZZAA 2DWIA 4PFUA 4ELOA 1XOCA 4EQ9A 3EPEA 2F5XA 1MY2A 5TPAB 4Q8RA 3KEIA 5TP9B 1QVSA 2DE2A 4F3GA 1IIWA 2Q89A 2O68A 2Q2AA 4OESA 3QAXA 1IUDA 4F22A 3HV1A 4OQOA 3QIMA 1B5IA 1LFHA 1NL5A 3KZGA 3T9HB 5ICQA 3MZBA 1MXXA 3OD7A 2O6AA 5H8HA 5FHNA 4BDLA 4MBPA 3BFUA 2ZXTA 4NE4A 3TTRA 3PPOA 5CMBA 2HFBA 4ESWA 4JWOA 1NH7A 1MXUA 2D3IA 5I58A 1MPBA 3MZ9A 4YZZA 1DOTA 5I56B 2RCAA 3VVEA 3OEMA 1LFGA 1FQAA 3RNNA 1VSOA 4ZEFA 4IO4A 2G93A 3QXMA 1FQEA 1IQ7A 3LSXA 2QRYA 4EQBA 1MQDA 1F9BA 3SEVA 3K4UA 3VV5A 3U94A 2R6GE 4EF1A 2XXXA 3GZGA 3IOTA 1UIUA 4Q5TA 3V5AA 2Y84A 1B1XA 2QJEA 1LBCA 3MPLA 4BDRA 4O3BA 3KSXA 4EQ7A 2UYFA 3FATA 4PETA 2UXAA 2HZLA 1VFDA 2IA4A 3BKIB 3H6VA 1R9QA 4QFKA 2FA7A 2XXPA 3DM0A 4FEDA 4GXSB 4AB6A 3FXUA 1MXWA 3IB2A 5AE4A 2DWHA 3IL1B 1QUJA 4LVQA 3TDJA 3KN8A 3PGFA 4YMAA 4DIGA 1ZIUA 2ABHA 4U1OA 4QFOA 3AXFA 1GGGA 3PMWA 5FTIA 1PB7A 1PBPA 3MVYA 2A5TB 4YKIA 1OLCA 2O7UA 4KYSA 3PPPA 3ECRA 4F19A 3SEYA 3IJXB 2V93A 3CFZA 3TPAA 1USYE 1EZOA 4M1VA 1B3HA 3MP6A 4H6DA 1FTMA 1OLAA 2GH9A 5H8FA 3KOSA 5ICTA 2PVUA 3TELA 1SW4A 2UVJA 4OXVA 1MY3A 1Y3QA 4RY1A 4OYVA 3K2DA 1LBBA 1M5DA 1I69A 4U4SA 4GVOA 1P99A 2F34A 5A5XA 2V3TA 4MLQA 2QMXA 3GBBA 1JEVA 2A5SA 2Q88A 3RTWB 2F7CA 4QFNA 2CMOA 1LLSA 3O9PA 1SI0A 5EYFA 4POXA 1YTVA 5H8SA 1FQBA 4I1DA 1HSEA 4FECA 1JW1A 5JK4A 5H8NA 4G2ZA 3M3LA 2XXTA 1SVXB 5DVFA 1N0TA 4GL8A 1PBQA 1B3EA 1USYH 2NVUB 1Q1KA 3U1OA 3FXQA 4RYAA 1D3KA 1ZMGA 1A54A 2XXIA 4NF4A 3JV9A 2CZLA 5DVJA 1N04A 5I57A 3KOTA 3D4GA 1UTHB 1WODA 3CIJA 4KD5A 4K3FA 1N7XA 3UORA 5I84A 3JYRA 2I58A 3C31A 3VE1B 3N26A 5L9SA 4IGTA 2ZYMA 2PMSA 1AIVA 4YB7A 1B7UA 1S7YA 3MVWA 4XKPA 1JW5A 1US4A 3T22A 3V8XB 1TFAA 3H7MA 1II5A 4DXCA 3DP8A 4U2RA 5AA2D 2O69A 5AA4B 2F78A 2ZYOA 1Z7ME 4XKQA 3LSFB 3FV2A 4PFYA 3A3CA 4ZZEA 3S4UA 2NOOA 1MXVA 4GL0A 4RNSA 1SW5A 4KCCA 2QS2A 1LCTA 3IJOB 1R9LA 2Z8FA 2XD2A 3E4RA 1TT1A 3H6WA 3PD9A 4BDQA 4PE5B 1Y3NA 4U23A 4YKPA 1FTKA 1XT8A 2H4IA 2HZKA 4PFWA 5HM4B 1A8EA 1MRPA 3H06B 4NEDA 1GVCA 2DVCA 1UIVA 1LFIA 3W9WA 2THIA 1J1NA 3H6UA 5IKBA 2Y7PA 4M4GA 5KCJA 4N13A 4JWXA 4DCYA 3CSGA 5DEXA 4ZEIA 5I59B 1QJMA 1GV8A 3TCFA 2XXRA 4NWDA 3PPQA 3C35A 4E0XA 4ESXA 3TAJA 4F2OA 1HSLA 4RK9A 3TZAA 2RINA 4X1BA 1NNPA 3PPNA 4KR5A 2VHAA 1B3GA 3B6WA 2NUVA 1MPCA 3T9UA 2F7BA 4QSCA 1DTGA 1S50A 4AQ4A 2ZMBA 1A40A 3UGWA 1URSA 3VDFA 5JTYA 1B0HA 3DLNA 2P2AA 1MM6A 4FAJA 3R26A 3G3KA 3I5OA 5F7VA 1UQWA 4OTEA 4LQ2A 4DLDA 3M3KA 2X7PA 2OLBA 3RT6B 5ITPA 1I6QA 1LB9A 2G29A 1PEBA 3T9VA 2GRVA 1ZTYA 4ECFA 4KI0E 3T66A 3CVGA 4NF6B 1NNFA 3FV1A 2HQ0A 4AB5A 2HXWA 4QRZA 1B46A 3Q25A 1PC3A 3RLFE 4FORA 3RQTA 1H3DA 1URDA 1B7ZA 2Y7KA 2ONKE 3M3FA 4EF2A 3FUZA 4R6HA 4YB6A 2I0BA 5BUUA 3E3KA 3TEPA 3O97A 4YB5A 3UK4A 4U22A 4ZEDA 4C1UA 5CI5A 1KWHA 4H8JA 3H4ZA 5AA2B 3RUMA 4XKNA 5I56A 4OFOA 2I49A 1XVXA 3U93A 2DQVA 1DSNA 1FQFA 3U72A 2DXYA 1B2HA 1MH4A 1DMBA 3PUWE 3N6TA 2H9BA 3UN6A 1CE2A 5B7DA 5K2YA 3CR9A 3K1NA 2PT2A 3K00A 4IY6A 4RPNA 3SDFA 4ELRA 1M5EA 4IY5A 2W7YA 3HSTA 2V3UA 4F39A 1B6HA 4ND9A 3F11A 4RXLA 3R7XA 5DVIA 4IO6A 4N07A 2I6EA 3FIRA 4LP2B 4F29A 1JETA 4UA8A 3G3IA 3OO9A 3E13X 3SKPA 4G68C 3K6XA 3OSQA 2Q8JA 5H8HB 2RKMA 1IXIA 4RPOA 1FW0A 3I3VA 4LZ7A 3EQ1A 1URGA 1JNFA 4P11A 3VXCA 4TLMB 1DPEA 5I58B 2HAVA 3FJMA 5KDTA 4IO5A 1B1HA 4F1YA 3TCHA 3OMBA 4PP0A 4P0GA 1SW1A 1MY4A 2DE4A 5JEIA 4L17A 2H99A 2BJJX 4H1XA 2XXVA 1AOVA 2REJA 2V84A 4GIZA 5ISUA 4HTGA 3FVKA 1M5BA 1H76A 3B6TA 3TYHA 4Z7EA 2WKYA 4LATA 1O63A 2GHBA 4F1VA 1P1WA 3TCGA 2VD3A 4DXUA 4JWYA 1A99A 1AMFA 1VR5A 5I2NA 3CSBA 1YPNA 4YKKA 4F3PA 3TTLA 1P1OA 3LUYA 3CFXA 2XXUA 3ILTB 1ZU0A 3RGYA 2D21A 1OVBA 5FTHA 1HSJA 3QUFA 3TFLA 1D4NA 4U1ZA 4OFLA 3DP6A 2XD3A 3O28A 2X7QA 1B7HA 2I0CA 4NMYA 3KJTA 1JEUA 3BBRA 4FJPA 4HW8A 3C36A 5DT6A 1UTHA 2Q9TA 1FTJA 2ONSA 2DYXA 5HPQA 3MVXA 2DWAA 4DE8A 3K02A 1D9VA 4TOZA 1GR2A 1M5FA 1XC1A 2I4BA 3N94A 2E0SA 5A5XB 1IXHA 4R72A 1DTZA 4LA9A 4EXLA 5CC2A 2UVGA 3HN0A 3H3GA 1EZPA 2QSXA 4KCDA 5KZTA 2F7AA 4HCYA 2H5YA 4XTCQ 5I2KA 1AL3A 3OOAA 3R6UA 1SYIA 5IAIA 1XHYA 4TQUQ 1LAXA 3VFJA 3O29A 1B05A 4OMBA 3SEUA 3OXNA 4F2QA 3TUSA 3MP1A 5H8NB 4H5FA 3I6VA 1MG1A 4IO2A 3O6IA 2VGQA 1A8FA 4THIA 1O7TA 5AA1A 4QSDA 2XHDA 4DDDA 4OEUA 4F1UA 4OWDA 1BTJA 4LONB 1UTBA 2B3FA 1QUKA 1Y20A 1B0LA 4NF4B 2FNCA 3S9EA 1LB8A 1RYXA 4FE8A 1NKXA 5I57B 2AL4A 3K1PA 1N84A 2OWTA 5L9OA 2YPNA 1QUIA 2X26A 3Q28A 1SQYA 2QS3A 3OELA 4ZE9A 3PMXA 3PD8A 4GXAA 3LSWA 1BIYA 1IZ1A 3W9VA 4QHQA 4G8NA 3GBAA 3IO4A 3K1MA 4R9FA 2RC8A 1I6AA 5CRYA 3VVDA 1O64A 4ISUA 3PMVA 3C9HA 2GHAA 4QSEA 4R75A 1SI1A 3KBRA 3U8QA 4GRKA 3QK6A 1N3XA 5BWJA 1B3FA 3K0VA 3KG2A 3T9XB 2LAOA 3IB1A 2B3BA 4H65A 2QPQA 3TQWA 1A55A 1NH8A 2V25A 2ZNSA 4G68A 2PBWA 1FQDA 1OIBA 3K6VA 5DTBA 3CG3A 1JVXA 3TTMA 1B5HA 2AYSA 1GTKA 1PB9A 2PX1A 2Y7RA 1ZKBA 2R9JA 4NF5A 3B6QA 4OERA 2Y7IA 2QS1A 3KGCA 3OEKA 1TXFA 1IITA 4JSOA 1QKBA 2XXHA 3QYTA 3MVZA 3CFLA 5B70A 2ESNA 4OZ9A 3IK6B 4NF8A 1WDNA 4KHZE 3Q27A 3S9LC 3N5LA 2XXYA 4ZS9A 3DELB 4WKMA 1P1NA 5H8QA 5KCJB 1MXYA 3VLWA 4N6PA 4GF8A 4BDMA 3W15C 3O6HA 2F35A 5DEXB 2M8CA 1JW4A 3WAEA 2I3VA 2HAUA 4ONYA 4TLLB 1A7LA 3Q29A 1CB6A 5TPAA 3MZ1A 5HBCA 1MDP1 5TP9A 3HHGA 3E9XA 3THIA 4QFLA 4YICA 2O7IA 3LSLA 3GXAA 3ODBA 3SETA 4LUBA 1N76A 5AA2A 4OHNA 3MBPA 2AIXA 3TMGA 3G7WA 5M2VA 4OEVA 5TU0A 3TTKA 2VOZA 3UIFA 1AH5A 2I3WA 3LBSA 4MH5A 3FGSA 5JTYB 3M8UA 1ELJA 4H8IA 4IB2A 3EHSA 5CBRA 1BLFA 4ZDMA 4FIMA 2DXRA 2RC9A 4YKJA 3MWBA 4DCXA 4PFTA 1NNKA 1R1NA 4RA1A 3IO6A 4IO3A 3VLUA 3S9NC 3UA8A 1YCJA 2R71A 4KYDA 1TFDA 1EU8A 3LC8A 4DZ1A 3BFTA 3KN3A 3USDA 4ZEBA 2HEUA 2ANJA 3S9MC 3VVFA 1TWYA 3MC2A 4KQPA 4FATA 3CG1A 2HCAA 4XIGQ 2RF1A 3EF7A 3ZS6A 2Z8DA 3TODA 1OQGA 3RPWA 1QULA 4R74A 4R6YA 2ZYKA 4X9TA 2DS9A 4JBZA 3OO7A 1I6BA 2QMWA 4GFRA 4LZ8A 1B51A 3FVNA 2F6PA 1LCFA 2F6GA 4JDFA 2DP8A 2V3QA 4IO7A 2FYIA 1LAFE 5K2XA 3IAZA 3SESA 2UVHA 1SW2A 1SDXA 1H45A 3TQLA 4G8HA 1Q35A 1MQJA 2OWSA 1OMPA 1POY1 5CMKA 1T0KA 1MY1A 2A5TA 4BDNA 3MQ9A 3UP9A 2Q2CA 5FHMA 2YJPA 2VD2A 1ZLQA 4I8CA 1B4ZA 2KLFA 2DE3A 1EH3A 2F97A 2ONRA 4E0WA 4R2FA 3G3HA 5J1DA 4LZ5A 5EHSA 4NWCA 3MW0A 1Z7NE 1MH3A 2QS4A 2O51A 2Z22A 4YU0A 3H6TA 3CI8A 4MFIA 1MQHA 3B7DA 3T93B 2XX9A 3EHTA 4MLVA 1RKMA 2Y7WA 2XXWA 1IXGA 2F36A 4DXBA 2DOJA 3FZVA 4IGRA 5KDTB 3JZJA 3H03A 4G8MA 1B9JA 1IEJA 1LGBC 1M5CA 3O66A 4QF9A 2I4CA 1Y3PA 3PV0E 4ELPA 1P1UA 3CRBA 4YAHX 1ATGA 4Q30B 3HO7A 4F3BA 1R6ZA 3PUXE 4JXIA 3L6HA 1IXCA 3A09A 4ELQA 5AA3A 2OZZA 2YLNA 1NMUA 2VP1A 4P0IA 3HCQA 2PYYA 1FCKA 3ILUB 1SD3A 4C0RA 2H98A 1VFEA 3MJNA 2RC7A 3MUQA 3OO8A 3RT8A 3PUYE 4G4PA 1H44A 1B4HA 5CMCA 3L6GA 3T96B 5H8FB 3IORA 1D9YA 1B3LA 5I2NB 5LOMA 3SERA 3KJ7A 5CBSA 3FVGA 1MQIA 3FVOA 1B32A 1OQHA 3D4CA 2REGA 3OSRA 4GWOA 4F31B 4UACA 2AL5A 2ZYNA 1FTLA 3QSLA 4R6KA 1Y4CA 2I48A 1NFTA 1Y4TA 4XKRA 4I62A 1LAHE 4C1TA 1Y1MA 3IOUA 5EHMA 1US5A 3IOWA 4QFPA 5FHOA 2OCUA 3OENA 1P1QA 1MPDA 3MPKA 2NWJA 3O2AA 4GLIA 2GFEA 2OJTA 4OFJA 2PT1A 3V89B 2UYEA 5AA4A 4WXJA 3WAFA 4EXKA 3FJGA 4JSDA 1XS5A 3ZKKA 4HCWA 3FJ7A 1B52A 4WEPA 3P7IA 1Y9UA 1SYHA 1DPPA 1QKAA 2DWJA 4ZEKA 3U92A 4R73A 1YAEA 4YMBA 3K01A 4X1DA 4EUOA 5CMMA 3K6WA 3RTFB 3VLVA 3IX1A 4KYEA 3RN8A 3S2VA 4NTLA 1N7WA 3SEXA 3TTNA 2P0SA 3KSJA 5I2KB 4F3SA 4H67A 4XXUA 2XX8A 2XXQA 4MF3A 1LAGE 5L9MA 2ALUA 3A3UA 1ANFA 3PUVE 4R9GA 1MQGA 1MDQA 3C4MA 1BKAA 4ZECA 5I59A 4G77A 2F8DA 3SEWA 1UTBB 4F18A 3G3FA 3EHUA 2B65A 3DP4A 3ZSFA 2O1LA 3N6UA 1BP5A 1NNTA 4GQOA 4JB7A 2DSFA 4HS7A 3KN7A 2RCBA 1N3WA 3EN3A 4WEDA 2ZNUA 3C32A 4O3AA 1B40A 1H43A 3FASA 3G3JA 3PUZE 3IR1A 4OENA 1L5TA 2E1SA 1LSTA 2Z8EA 4H5GA 3IB0A 1B58A 2IEEA 3KFMA 3VXBA 3C34A 4RJZA 3G3GA 2O84X 1ZJLA 3FXRA 5DYHA 1JQFA 4FEBA 2H25A 3ONMA 4OVJA 2UVIA 3HHFA 4NF6A 2P1SA 3C33A 1MM7A 3HPIA 4EDPA 1ZBMA 4I9DA 1FTOA 2XX7A 3IOVA 3LR1A 4X48A 4G68B 5ELVA 1MY0A 1FQCA 3V83A 3QUJA 4ZE8A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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