The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
116
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sequence length |
296
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structure length |
278
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Chain Sequence |
SLTDRITAAQHSVTGSAVSKTVCKATTHEIMGPKKKHLDYLIQCTNEMNVNIPQLADSLFERTTNSSWVVVFKSLITTHHLMVYGNERFIQYLASRNTLFNLSNFLDKSGLQGYDMSTFIRRYSRYLNEKAVSYRQVAFDFTKVKRGADGVMRTMNTEKLLKTVPIIQNQMDALLDFNVNSNELTNGVINAAFMLLFKDAIRLFAAYNEGIINLLEKYFDMKKNQCKEGLDIYKKFLTRMTRISEFLKVAEQVGNLQSEVEGVKNIMTQNVERILARG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
publication title |
The molecular basis for the endocytosis of small R-SNAREs by the clathrin adaptor CALM.
pubmed doi rcsb |
molecule tags |
Endocytosis
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source organism |
Rattus norvegicus
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molecule keywords |
PHOSPHATIDYLINOSITOL-BINDING CLATHRIN ASSEMBLY PROTEIN, VESI
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total genus |
116
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structure length |
278
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sequence length |
296
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chains with identical sequence |
B, C
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ec nomenclature | |
pdb deposition date | 2011-08-23 |
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
---|---|---|---|---|---|
Mainly Alpha | Up-down Bundle | Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 | Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 | ||
Mainly Alpha | Alpha Horseshoe | Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat | Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4Q94 A; 4JXT A; 2QY7 A; 1EYH A; 5LOZ A; 4GZC A; 4NAC A; 1SZ9 A; 5J08 A; 3D9L A; 2KM4 A; 3G2V A; 3ONL A; 5CMW A; 1H0A A; 1EDU A; 1HX8 A; 1INZ A; 1JUQ A; 1MHQ A; 1UJJ A; 4Q96 A; 4AVX A; 2L0I A; 2LO6 A; 3ZYK A; 3D9P A; 3D9O A; 3LDZ A; 1DVP A; 1SZA A; 3CLJ A; 3D9K A; 2DCP A; 1X5B A; 5CMY A; 3G2T A; 5LP0 A; 1JWF A; 3ZYQ A; 3RRU A; 1JWG A; 2MOW A; 3G2U A; 1HG2 A; 3D9N A; 2L0T B; 1ELK A; 1HF8 A; 1PY1 A; 2DIW A; 3D9I A; 4FLB A; 3D9J A; 4FU3 A; 4HFG A; 3D9M A; 3ZYM A; 1UJK A; 3ZYL A; 1JPL A; 2BF0 X; 3G2S A; 2V8S E; 1HG5 A; 3G2W A; 3ONK A; 1VDY A; 1LF8 A; 1HFA A; 1XGW A; 4GZD A; #chains in the Genus database with same CATH topology 5M4Y A; 4FC8 A; 5ABH A; 2QY7 A; 4L9I A; 4FI5 A; 4U7I A; 4TRQ A; 3FEY A; 3ASD A; 1BI7 B; 2VQF T; 4K0U A; 1ELR A; 4G8L A; 3ZRH A; 4AIU A; 5CRV A; 4O4L E; 3HKC E; 4AI6 A; 3PVL A; 2I1J A; 2WY2 A; 3IA3 A; 4WND A; 3A7M A; 1OCO E; 5IYZ E; 5KDM C; 3VRA A; 2CHW A; 2V6X A; 2J4D A; 4JI1 T; 4GTQ A; 1UUR A; 1E1H B; 1XMQ T; 4CN4 A; 1TJF A; 4PK6 A; 4EYY R; 2YU1 A; 3CKC A; 4JI5 T; 4HRM B; 3UFG A; 3PEU B; 3VTX A; 4TV8 E; 2L6B A; 3UU8 A; 4YJ3 E; 3ZMV B; 4AM9 A; 2MTQ A; 3H37 A; 2Q9Q C; 3LK2 B; 5L3G B; 4CRW A; 2B1E A; 2H6G A; 5EN5 D; 4FA6 A; 2W61 A; 1BU9 A; 2BG9 E; 4UV8 B; 2KMF A; 4CXW A; 1KT0 A; 2Y48 B; 2JMH A; 3FUE A; 3T5X A; 4PJM A; 2LKH A; 3G06 A; 4OYS A; 3PUJ A; 4DR3 T; 3UT7 A; 2CBI A; 5LG3 A; 1IXV A; 3S7J A; 3NKZ A; 2IIU A; 3L39 A; 3EHM A; 4AP2 A; 1AWC B; 3DJB A; 1IYG A; 5JR9 A; 3I1A A; 4ADZ A; 2K48 A; 2Q7F A; 4PAG A; 3EU9 A; 2JQQ A; 3C98 B; 3MGB A; 2MRI A; 2YIN A; 5JDF A; 3IXE A; 3OTO T; 4B8C B; 2VKO A; 1S94 A; 4CI1 B; 2BZB A; 4NPP A; 2NXP A; 3DSS A; 2CEA A; 4L5G A; 4K03 A; 3HL6 A; 1IBK T; 2DCP A; 2Y69 E; 1S63 A; 4AEZ C; 2XAG B; 1NEN A; 4QKN A; 5EIL A; 4I2W A; 4DV5 T; 1XMO T; 4U0Z A; 2C2L A; 1OCC E; 3TL5 A; 4Y6W A; 2W66 A; 2H6I A; 2A5E A; 5DJQ C; 4UVA B; 5EIB E; 1TNO A; 2EHO A; 1X79 A; 2PFV A; 5AAR A; 4ZHB A; 3NBN B; 3KD7 A; 3UIP C; 1M7K A; 1BI8 B; 3RRC A; 2V8S V; 4IE4 A; 4ZI2 C; 3QWP A; 4ACL A; 4DR2 T; 4PJN A; 1H2V C; 2UUC T; 3ONJ A; 3CPZ A; 1NFI E; 1OED E; 2JLB A; 4K5C A; 1N11 A; 1WYB A; 2C5I T; 4BA9 A; 2LJL A; 3PTR B; 4GK5 E; 4FHJ A; 4E85 A; 1Q2Z A; 5T3R A; 2F8Y A; 4JI4 T; 4DX5 D; 2VSY A; 2XM1 A; 3O1I A; 4MAL A; 4AKG A; 1UG3 A; 2P9P G; 4KYO B; 3E22 E; 4PH4 B; 3EHN A; 4QQI A; 4GU5 A; 5G55 A; 5HKP A; 2XAJ B; 5LMN T; 2XCB A; 5LBQ B; 2GRO B; 3CSF A; 3HI2 A; 4K5B A; 1KZP A; 2YU2 A; 4I9E A; 5D0Q D; 1W0B A; 2XQA A; 3SFD A; 4IYP A; 4WAF A; 3TJP A; 5E0O A; 5HEG A; 2IW5 B; 4GK0 E; 1YYH A; 3ZMZ B; 4ILU A; 1E7V A; 2BKP A; 4YLH A; 4A97 A; 3R9M A; 3SBT B; 3C4X A; 5BV0 A; 1HS6 A; 3ZPJ A; 2AW6 A; 4DV2 T; 4JI0 T; 4UVC B; 1YQ4 A; 3LS8 A; 1XZY A; 2CHX A; 1YMP A; 5JRE A; 1IHB A; 4BER A; 3S2A A; 1AP7 A; 4N3B A; 3MV2 B; 4H9S E; 2YNQ A; 2J9Q A; 2UXX B; 4RVB A; 3TWX A; 3IEG A; 4CN1 A; 2E8I A; 5DQV A; 4AQF A; 1TEZ A; 4X65 T; 3LY9 A; 4G2V A; 2VQE T; 4UUC A; 3PUY F; 3ZHE B; 4B3S T; 3HXD A; 3PZ2 A; 1M62 A; 2NP9 A; 1U2V G; 4NIK A; 3CVP A; 1R8I A; 4OK0 A; 3PEV B; 1DC2 A; 3MKR A; 2RA1 A; 2L0I A; 5HEO A; 4EZJ A; 4GA0 A; 5CEA A; 1SZA A; 4QXC B; 3AVR A; 3E30 A; 2BG9 B; 2UWJ G; 1UX5 A; 3N2K E; 5ABG A; 1LD8 A; 3UTK A; 4U3C A; 3VR9 A; 1N9A A; 3Q15 A; 4ZOL E; 4H7X A; 2W00 A; 2X9X A; 4GB9 A; 4FHK A; 4YXD A; 1O1T A; 4LNU D; 2M6B A; 5FQ7 A; 3F6Q A; 4AKI A; 3P4R A; 5ABE A; 3MKQ A; 3PH0 C; 4B6X A; 3FP3 A; 1NA0 A; 2KWI B; 2IJG X; 3ZGQ A; 3FXD B; 3O48 A; 3CVY A; 4WUY A; 3MX3 A; 3AG4 E; 3HYM B; 3TKL B; 1BPO A; 3CKD A; 2VTB A; 3HA4 A; 1HTJ F; 2LUH A; 3C3R A; 3FHN A; 5ABF A; 4U0S A; 1Z5S C; 2VL0 A; 5E75 A; 2YDS A; 3EIJ A; 3GA8 A; 3B7U X; 3VR8 A; 1MQS A; 4GML A; 4GIW A; 1HX1 B; 3FTW A; 2VSX E; 4AY5 A; 2DYS E; 5FKY A; 3PJA J; 1NA3 A; 3KEA A; 3KS2 A; 3GN5 A; 4L1B A; 3A5X A; 2LOS A; 1Z3X A; 3TWW A; 4O8S A; 1H6O A; 5DAB A; 4ZEY A; 1J5E T; 3PZD A; 5JDM A; 4GAA A; 1X5B A; 2XRY A; 4L7T A; 5KNH D; 3K3N A; 5FNV E; 4EAH A; 3C3Q A; 1U5P A; 3AEA A; 3W9F A; 4I17 A; 2FUL A; 2J49 A; 2LXM A; 1OED B; 4GYS A; 3SWH A; 2YOE A; 5LCW J; 4HVB A; 4AXH A; 3C64 A; 3UX4 A; 4X5T A; 5FWQ A; 2E9X C; 2NR4 A; 4BT8 A; 4ZFH A; 2IQC A; 4F1S A; 4EZK A; 5LP6 E; 4GTT A; 3RKO A; 4EZ4 A; 2LT3 A; 3BU8 A; 4LNG A; 1U4Q A; 1ZP0 A; 4CXY A; 1ELW A; 2R02 A; 2OEV A; 1XNF A; 4ME2 A; 2IOL A; 3D3M A; 4BSX A; 3U66 A; 2FUP A; 2PG8 A; 5FY7 A; 5AQK B; 3FH8 A; 2A72 A; 2IC9 A; 3Q4A B; 4URK A; 3CEQ A; 2A2F X; 5JDQ A; 1QUU A; 2WQH A; 5FQ8 A; 1V9D A; 2Q9Q A; 3IHY A; 3IHV A; 1XWM A; 4HOQ A; 5EYP F; 3FUI A; 2XQ9 A; 4YSY A; 3MA9 A; 3SI5 A; 2UXN B; 4MS6 A; 4FUL A; 4LER A; 2C0L A; 2WXH A; 4TX5 A; 3FUJ A; 4OAU C; 4DRX E; 3DSV A; 2XTL A; 2HYZ A; 4DR7 T; 4F7A A; 4ILG A; 3LFM A; 3J9X 1; 5FYM A; 2XS1 A; 2QA7 A; 5BV1 A; 3I9W A; 2LSV A; 3JQ0 A; 2E5L T; 4ZI2 D; 4XBF B; 2VSO E; 3AS8 A; 5AQF B; 3URZ A; 3MKD A; 4TUU A; 3NRY A; 4TZ4 C; 4X64 T; 1RZ4 A; 4HWC A; 1LF8 A; 4XE0 A; 4DBR A; 5LOZ A; 3HIZ A; 3FUH A; 4ANJ A; 2L9Q A; 1WYC A; 2JQ9 A; 4MFR A; 3T8M A; 2D0U A; 1RW2 A; 3LEW A; 1EPU A; 2FJB A; 2XZE A; 4JEU A; 3OKQ A; 4LF9 T; 3DXM G; 3VKG A; 4MBG A; 4PS7 A; 3AEF A; 3VRB A; 1QNF A; 3PS6 A; 3UU5 A; 4XKB A; 3FUK A; 2GRL A; 3P1U A; 3CQG B; 3L54 A; 1FMW A; 2C0S A; 4BET A; 1JPL A; 3FZF B; 2KXP B; 1WAO 1; 2CWY A; 3FB2 A; 3FZH B; 2Z6E A; 3AU4 A; 5G2N A; 3KV5 A; 3EVY A; 4I1A A; 2KAT A; 5FZS A; 3QWV A; 4IDZ A; 3EHZ A; 2ZU6 B; 3NQP A; 4DX1 A; 4HWI B; 5FL0 A; 3UMV A; 3UUN A; 4GTV A; 4LRZ A; 4C0E A; 1SE7 A; 5AQH B; 3DSW A; 1J1J A; 2X6J A; 2GRR B; 1VCT A; 2X6K A; 2YQ8 A; 4LMJ A; 5AQP B; 1Z0P A; 3QB2 A; 3KVB A; 3UT5 E; 2FJA A; 2X68 A; 3SFE A; 2R5S A; 4ATG A; 1QZ2 A; 5A1L A; 2Y3A A; 4YHH T; 1WR0 A; 4JHR A; 5FL1 A; 4U8Y D; 2P9B A; 4EPZ A; 5IWA T; 3X2Q E; 2J4B A; 4WNF A; 3S7F A; 4LMK A; 2NW8 A; 3FU0 A; 3EDV A; 4GYW A; 1ZB1 A; 3I0O A; 3FFL A; 5B1A E; 3TAX A; 2WQ7 A; 5T4Y A; 2WU2 A; 3F31 A; 2PM7 A; 3CVQ A; 3JUE A; 1BR2 A; 4J8E A; 1HE8 A; 2WB5 A; 2DLR A; 2XGO A; 1XDO A; 3P4P A; 2BKK B; 2RP4 A; 4IL9 A; 5DQW A; 2NC9 A; 4LEU A; 4UQY A; 5JR9 C; 3MV3 B; 3FEX A; 4LF6 T; 4E6H A; 4GZC A; 1UUS A; 1SVX A; 4HOT A; 1FT1 A; 4O1P A; 1HU3 A; 1MX2 A; 3SY2 A; 2X9Y A; 5DBK A; 2WS3 A; 5HAX A; 3FBL A; 4P29 A; 4KBM B; 1MIV A; 3UM0 A; 3L13 A; 2Y6X A; 1J5W A; 4ZS3 A; 3UM2 A; 2KLQ A; 3U78 A; 4JI8 T; 1HNX T; 4C9B B; 1Y01 A; 2JAB A; 4O2A E; 3WI3 A; 2EHO C; 3LK4 2; 5HXS A; 4TXP A; 5FVK A; 3VHL A; 2BKG A; 2W2U A; 3RLF F; 5LCW C; 4MLK A; 3B7B A; 3MZK B; 3TXM A; 2WBL A; 2WCA A; 2XHE B; 1E90 A; 4N3A A; 2I2O A; 4HWF A; 5LP0 A; 2FO7 A; 3MEK A; 4MKT A; 1YW0 A; 1OUV A; 2BVL A; 2M6I A; 2JMK A; 3KBT A; 2WZH A; 5FQ4 A; 3UTM A; 2VK9 A; 5LGU B; 4DV0 T; 5AQG B; 2HPJ A; 5FJY A; 1YKH B; 2VGX A; 1UW4 B; 3G2V A; 1B89 A; 3N9M A; 3ZXP A; 3EDU A; 5G04 J; 2DVW A; 4O6F A; 2XAH B; 2B76 A; 3FZL B; 3E08 A; 3ZYK A; 1OWN A; 2F0Y A; 4GYO A; 3B5M A; 4XKC A; 2Y0B G; 3ZW3 A; 4KMO A; 3ZT6 A; 4AKL A; 5LXT E; 2E9X D; 4EED A; 3B7S A; 1N54 A; 3LPZ A; 4KZ0 A; 5AN8 A; 3ZMS B; 2CHO A; 2E0I A; 3N9O A; 3ZYM A; 1P5Q A; 5L3C B; 4BES A; 5H6R B; 5CCM A; 3N2G E; 2BKN A; 3B13 A; 1D1A A; 1CHU A; 4XI9 A; 2BS2 A; 4HOR A; 2D5U A; 3B57 A; 4J8D A; 2OVB A; 4EOZ B; 4P09 A; 3LK3 B; 3Q9U C; 3VLE A; 2LLY A; 2ZLY A; 4Q96 A; 4F1P A; 5JA4 D; 3LDZ A; 4IRU A; 1MMA A; 4LG6 A; 5AQV B; 2F37 A; 2XQ6 A; 2EIM E; 3CWZ B; 4YY3 T; 2WXO A; 1E8W A; 3TLT A; 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2BG9 A; 5FXZ A; 3LBX A; 3D9L A; 1NL4 A; 3ZT7 A; 1N34 T; 5HS0 A; 2XQ3 A; 1Z3Y A; 2XM2 A; 3ZJ2 A; 3ZVV A; 1YD8 G; 2XQ7 A; 3GYZ A; 4PUC A; 3V79 K; 2CCQ A; 2XQ8 A; 1N0R A; 2ETC A; 2J8S D; 3U3I A; 4HWD A; 4EV6 A; 4YDY A; 1MND A; 1WY6 A; 4HFD A; 4I43 B; 5G05 C; 1Y64 B; 3K9I A; 5BT1 A; 1HZ4 A; 2WAU A; 3CVN A; 4DMV A; 2VVN A; 4DX6 D; 1JNR A; 2CG3 A; 2P9L G; 3O9X A; 2IOS A; 5C1D A; 2DNX A; 5L3B B; 5CB4 E; 4AY6 A; 3UI2 A; 3ISM C; 2V6Y B; 4DR4 T; 2XAF B; 2L8K A; 5AFU L; 4GPM A; 2LM9 A; 2R59 A; 1OY3 D; 2EHO D; 4QWN B; 3FTU A; 3UU4 A; 2V5Q C; 4AV7 A; 1OWP A; 3PUZ F; 3QB5 K; 4WBO A; 3Q7A A; 3Q9D A; 2X6I A; 3FUN A; 1TNU A; 3S7D A; 4FLH A; 2H7O A; 2I59 A; 4I2Z A; 3HXF A; 4YFS A; 4UWK A; 3ZYQ A; 2LRL A; 2LHN A; 3Q5X A; 4IDP A; 1FVH A; 4ZXL A; 1WG0 A; 1WCR A; 3T5V A; 1D1B A; 4GZ5 A; 3KV9 A; 1UCU A; 3PJA A; 5ARF A; 4UI9 K; 1OED A; 2LSJ A; 4G24 A; 2WDR A; 5LMU T; 2GK9 A; 3ZEF A; 4PFO A; 3NWI A; 4KVM A; 4LSZ E; 2OV8 A; 3L6A A; 3UIN C; 1PY1 A; 4G11 A; 2P9K G; 2I1K A; 2X6H A; 2I6H A; 2JIW A; 4OVU A; 2JPF A; 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