4AB5A

Regulatory domain structure of nmb2055 (metr) a lysr family regulator from n. meningitidis
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
216
structure length
216
Chain Sequence
GEAGELRIAVECHTCFDWLMPAMGEFRPMWPQVELDIVSGFQADPVGLLLQHRADLAIVSEAEKQNGISFQPLFAYEMVGICAPDHPLAAKNVWTAEDFIGETLITYPVPDEMLDLPKKILIPKNINPPRRHSELTIAIIQLVASRRGIAALPYWTVMPYLEKGYVVHRQITADGLQSKLYAAIRTEDTDKSYLNNFCQIIRERGFADLPGLSELE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structure of the Regulatory Domain of the Lysr Family Regulator Nmb2055 (Metr-Like Protein) from Neisseria Meningitidis
pubmed doi rcsb
molecule keywords TRANSCRIPTIONAL REGULATOR, LYSR FAMILY
molecule tags Transcription
source organism Neisseria meningitidis serogroup b
total genus 51
structure length 216
sequence length 216
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-12-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03466 LysR_substrate LysR substrate binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4ab5A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4ab5A02
3V89B 3O6GA 3IO6A 1IIWA 3U92A 4KCCA 4LZ7A 3G3JA 3C35A 2DOJA 3OO9A 1B40A 2I58A 3Q26A 1XOCA 3B7DA 3EPEA 2OK2A 1QUKA 5DEXA 2REGA 3H03A 1MQHA 3MAMA 2XXWA 4C1UA 1FQCA 2H5YA 4ISUA 3HN0A 3M3KA 4YB6A 5HPQA 4HS7A 3OXNA 3Q29A 2UVIA 3PMXA 3LUYA 4RK2A 2V25A 2Q89A 4F2QA 4QSDA 2O1LA 4O3AA 4F3PA 1DMBA 3K1PA 4LA9A 3I3VA 5FHOA 3EHTA 1FTJA 2IA4A 3RN8A 4FATA 1MY4A 3SEUA 4JWXA 2F36A 1B0HA 3D4GA 3FASA 1B4ZA 4OEVA 2DS9A 3U8QA 2A5TA 3LBSA 1B7ZA 3GXAA 4WKMA 3UORA 1H45A 2F78A 4NE4A 3O9PA 1JNFA 3UK4A 1YPNA 2XHDA 4E0WA 1CE2A 3VVEA 4YICA 1A54A 1MY3A 4WEPA 3IOWA 1LAHE 1MPBA 3BKIB 4RNSA 4PQJA 3HPIA 1PC3A 4GVOA 4DIGA 3EQ1A 4G68C 2I3VA 4OYVA 3PGFA 3TEPA 3KSXA 4G68A 1MXYA 3IOUA 1US5A 1B3EA 2RC8A 2PVUA 4GQOA 1QULA 1HSEA 4NF4B 4MFIA 3S2VA 1Q1KA 1A99A 4H67A 1RYXA 4PFTA 1LFHA 1OVBA 2Y7KA 4KQPA 3GBAA 5EHMA 3TODA 5K2YA 1FW0A 4EXKA 4XKPA 4ESWA 3IX1A 1FQFA 3IB0A 1JETA 5L9SA 3Q25A 4U1ZA 4OWDA 1P1QA 3G7WA 3QYTA 4YB5A 4WXJA 3M3LA 4G2ZA 1B46A 3N6TA 1USYH 3VLUA 2RC7A 4TLLB 2OJTA 1LFGA 3IORA 3E13X 2DWIA 1FQDA 2GHBA 4DXCA 4EQBA 4KD5A 3DP8A 5FTIA 4F22A 4H8JA 1TFAA 5KZTA 5I58B 1GTKA 5L9MA 4X48A 5CMMA 1Y3NA 3MZ9A 2PMSA 1MDP1 3FD3A 3JYRA 4N6PA 1PBQA 1PB7A 3K1MA 5AA2A 3IAZA 4QFLA 3O29A 3FXUA 4YB7A 1IITA 3TUSA 1MRPA 1QUJA 3PPPA 3C34A 3LC8A 4FORA 2VD2A 3CFZA 5AA4B 4ZEFA 3PUVE 2Z22A 3CSGA 5I84A 3FV2A 4OENA 1Y3PA 1UTHB 4LVQA 4QFPA 1WDNA 2YPNA 1LFIA 1SI0A 2HXWA 2ZNSA 1UTBB 1SYHA 3U72A 4NWCA 2XXHA 3MP8A 4GXSB 3K6XA 4IO6A 1M5FA 1P1OA 4NWDA 3MW0A 5ISUA 2QRYA 2UVHA 1PB9A 1OLAA 4AQ4A 5H8QB 2G93A 2ONRA 4RPNA 4Q30B 4NF6A 5CC2A 4ZS9A 2NXOA 5I57A 4KHZE 4Q0CA 5KDTB 2DE4A 2UYFA 1GR2A 2DVCA 2O7IA 4R6KA 4U4XA 3N94A 1P99A 3TZAA 3H6TA 5FHMA 1B5HA 2V84A 3CVGA 4U1OA 2R6GE 3CFXA 3EHUA 4OESA 3RUMA 3PMWA 4XIGQ 3U94A 2XXYA 1AOVA 4YKIA 1UIVA 1MQDA 4ELPA 1Y1MA 4FE8A 4JXIA 1LAGE 2OLBA 3A3UA 2WKYA 1O7TA 3C4MA 5AA2D 1LCFA 1Q35A 3JZJA 4ONYA 3B6QA 5ICQA 3TDJA 4U22A 2V3UA 3O6HA 4F1UA 4Z7EA 3TTKA 2HZLA 5AA1A 4GOTA 5KCJB 1XVYA 2Q8JA 4PE5B 3R6UA 4E0XA 1M5DA 5H8HB 3TFLA 4RYAA 1OLCA 1MXZA 1A55A 4POWA 4KR5A 3KGCA 2ZYMA 4N13A 2HEUA 4XKQA 4EF2A 3MQ9A 3MWBA 4Q8RA 1MY2A 3V83A 2D5WA 1IXCA 3HCQA 4RJZA 2QS4A 1OQHA 3TTLA 3IL1B 1BLFA 4XTCQ 3PD9A 4BDQA 1SVXB 3KOTA 5I56B 4IO7A 3FATA 4OETA 1FTLA 3FJMA 5CMKA 3QK6A 4XXUA 3P7IA 1B5JA 1HSJA 3OO8A 1ZIUA 3VDFA 3CIJA 4NTLA 1LB9A 2E1SA 4IY5A 1YTVA 3Q27A 2P1SA 4IGRA 2F6PA 1B51A 4UA8A 3HHGA 3CR9A 2AYSA 2OWSA 2XX8A 4RXLA 1ANFA 1ZKBA 3IB2A 3SEWA 2DXRA 3S9NC 4R2FA 1DPEA 2DWAA 4R74A 2Z8EA 5I2NA 2G29A 5A5XB 4X1BA 1VFDA 3FVKA 3G3GA 1IXIA 3TAJA 2DXYA 3KJ7A 1SYIA 4QFNA 3PV0E 4QSCA 4JSOA 4IGTA 1VSOA 3KN8A 1B58A 1FQAA 4ZDMA 3H4ZA 1N76A 2Q9TA 4QHQA 3LSLA 1D9VA 5FHNA 4PETA 2DSFA 2PX1A 1MDQA 1HSLA 2DWJA 3C31A 3FIRA 5JK4A 1FTKA 5IAIA 3EF7A 4IO3A 4JDFA 4OERA 4EUOA 2O51A 4ZEKA 2O1MA 3I6VA 1SW2A 1VR5A 2M8CA 3N26A 2OBGA 2VP1A 1SW1A 2PBWA 5H8NB 1DTZA 2ESNA 5CM6A 4LATA 3N5LA 3VLVA 4FJPA 5DVFA 4ESXA 5I59B 1ZMGA 3ZSFA 3C32A 3USDA 5F1QA 4OMBA 1LGBC 3FV1A 2PT1A 3KN3A 1ZLQA 4RPOA 4R73A 4JWYA 2XXVA 1P1UA 1NNTA 2HZKA 3TTNA 3DP6A 4U2RA 4MH5A 1POY1 1QVSA 1FTOA 3Q28A 4R6YA 4IB2A 1I6AA 2I6EA 5DEXB 2QS1A 1D3KA 1SD3A 3ILUB 4FECA 1M5BA 1MH4A 4R9FA 3RGYA 2Y7PA 3N6UA 1BP5A 5H8FA 2P2AA 2XXTA 4RK9A 3PU5A 2X7PA 2Z23A 4F3GA 1LSTA 3UIFA 4G77A 2Y7IA 4YMBA 3KZGA 4ZEDA 1H43A 1JEVA 1ZU0A 3MJNA 3VVDA 3IO4A 5L8DA 1FQBA 3EHSA 3TMGA 3HO7A 4GWOA 1I69A 4OZ9A 4K3FA 4FAJA 3O66A 3K00A 2A5TB 2RC9A 1QKAA 2I0CA 3CFLA 4NF8A 3ONMA 3S4UA 5J1DA 4ZZAA 2ZNUA 5I2KB 1R9LA 1NKXA 2Y7RA 5BUUA 3OENA 3RT6B 3PPOA 2FA7A 1LAXA 2F35A 3THIA 1D9YA 4G8NA 4RY1A 3S9MC 2THIA 4G68B 2QMXA 1B6HA 2AL5A 3RY3A 2UVJA 3ILTB 1P1NA 2B3FA 4LQ2A 1QJMA 4QF9A 2XXXA 4H8IA 2DVZA 2I0BA 2XD2A 3M8UA 4N07A 4OFLA 4P11A 1D4NA 3G3KA 4BDLA 5CMCA 4LP2B 3MVYA 2NOOA 1OIBA 4QFOA 3G3HA 1LCTA 4EXLA 1B4HA 1MY1A 4GD5A 2H98A 3FJ7A 5HBCA 3PUZE 1B3GA 3KJTA 3C9HA 5CRYA 1NL5A 1A8EA 4QRZA 3KEIA 1NNKA 2FYIA 1TT1A 2OZZA 2F97A 4KCDA 2AL4A 4MLVA 4FIMA 1ZBMA 2HAVA 1I6BA 2UVGA 1S9TA 5DT6A 4JBZA 2I4CA 3OD7A 4JB7A 1Y4TA 5L9OA 3TTRA 5TPAA 1JW1A 2ALUA 2Y84A 1MPDA 4I1DA 4DE8A 2B3BA 2UYEA 4U23A 2NWJA 3K4UA 2I49A 1WVJA 3WAFA 4H1XA 4KFQA 3R7XA 1O63A 5CBRA 3MP6A 1T0KA 1N84A 4G8MA 2DQVA 5IKBA 3KOSA 4PP0A 2A5SA 1N7XA 4LZ8A 1N7WA 3DLNA 5EHSA 3TCFA 1BTJA 1POTA 4NF5A 1VFEA 1Z7NE 1JQFA 2REJA 1YAEA 4HTGA 3QAXA 1URGA 1F9BA 4UACA 4YKJA 3G3FA 2AIXA 1B52A 4OFJA 4C0RA 3MUQA 4GFRA 2D3IA 1URDA 3O2AA 1BIYA 1Y4CA 1MXXA 2I4BA 2X7QA 3O6IA 3BFUA 2ANJA 4H0WA 5H8HA 3IOVA 4TOZA 4MF3A 1PBPA 2Q88A 2HQ0A 2RKMA 1PEBA 4NF6B 1A40A 1O64A 4BDOA 2ZYKA 3SEYA 4F1VA 5I57B 3RTWB 4F29A 3SEVA 3QXMA 1R6ZA 2R71A 3H6UA 4FEBA 2DWHA 1MQJA 3W9VA 3LR1A 4DZ1A 1EZPA 3H06B 2XXIA 3VXBA 4EQ7A 1H3DA 1US4A 3MVXA 5CBSA 1N3WA 3O28A 4THIA 3IK6B 1MXVA 4F2OA 4ND9A 1Y20A 3KSJA 1EZ9A 4Q5TA 1N0TA 4WEDA 2D21A 4DLDA 3FZVA 2ABHA 1XT8A 3U1OA 3TCHA 3K0VA 3IOTA 4F19A 3SDFA 2VD3A 1ZJLA 4AB6A 2XX7A 4ECFA 3A09A 4OQOA 1ELJA 4BDMA 1FTMA 4RA1A 5TP9A 3TQLA 3SESA 3FXQA 5A5XA 5JTYA 3VVFA 3RTFB 3K1NA 1B7UA 3T96B 3MVWA 3VE1B 4F3BA 1B3HA 2DP8A 3F11A 2YJPA 5CI5A 1NH7A 3VFJA 4PFUA 4LZ5A 1MPCA 1OQGA 4AB5A 4JWOA 3OEKA 1IEJA 1IXHA 1MG1A 4I9DA 1B3FA 4LQ5A 4PFWA 2ZYNA 1B9JA 4GL0A 3E3KA 5ITPA 4ZE9A 1SI1A 1NNFA 2CMOA 3H6WA 5DYHA 4YAHX 1IUDA 1GVCA 3T9UA 2YLNA 2RCBA 2DE2A 3LSXA 3DELB 4HCWA 3UGWA 1ATGA 1DPPA 3PD8A 5DVIA 4Z0IA 2O6AA 3K01A 3OOAA 4X1DA 4G8HA 3K02A 1I6QA 4F3SA 3K6VA 3L6HA 3T9XB 2GHAA 1YCJA 1KWHA 3RPWA 5ELVA 3LSWA 2QS3A 1DTGA 3WAEA 2RINA 4PFYA 5I59A 5I2NB 2IEEA 4M1VA 3KN7A 3PPRA 3E4RA 1AH5A 5DVJA 3TQWA 4GRKA 1PB8A 2DE3A 4P0GA 1P1WA 4MBPA 4IO4A 2ONSA 3IJOB 3W9WA 1QUIA 1LAFE 3DM0A 1JW4A 1OVTA 2XD3A 2F34A 2F7BA 3B6WA 4DXBA 1MXWA 1MY0A 4F39A 4O3CA 2OWTA 3FVOA 1WODA 5AA3A 1MM6A 1TWYA 1MH3A 4L17A 2H9BA 1LBBA 1B5IA 1LB8A 3BBRA 1Y1ZA 2LAOA 3K2DA 2XXRA 4EQ9A 3IR1A 2XXQA 4R75A 3PPQA 4GLIA 1MQGA 1URSA 1FCKA 1GV8A 2NVUB 4NF4A 2F5XA 3MVZA 2UXAA 3G3IA 5M2VA 4BDRA 2F7AA 4ELRA 1TFDA 2ZYOA 5B7DA 4JSDA 4FEDA 2RCAA 5I2KA 4OEUA 2V3TA 4YU0A 3QIMA 3HHFA 3PPNA 2XXUA 3GZGA 5ITOA 1S7YA 4IO2A 4BDNA 3M3FA 4MLQA 3CRBA 4LONB 4DXUA 2ZMBA 4EF1A 1B05A 3T9HB 4QSEA 1EU8A 2RF1A 5CMBA 4HW8A 3U93A 3TYHA 3AXFA 3OELA 5ICTA 5H8FB 4KYDA 2Q2AA 2H4IA 1MXUA 3T22A 2OCUA 1MQIA 2F8DA 4R2BA 3RQTA 5I58A 3FGSA 1AIVA 1AMFA 4OVJA 1Y3QA 3CG3A 4KI0E 4EDPA 2V3QA 3K6WA 2QSXA 2VGQA 2VHAA 1GGGA 4NF8B 3OEMA 3DP4A 4OHNA 1XC1A 3A3CA 3OMBA 5B70A 5F7VA 1B7HA 1DOTA 1NH8A 5AA4A 2ZXTA 3FVGA 4POXA 1XVXA 3MPKA 1UTHA 2W7YA 3VXCA 2I48A 2BJJX 4TLMB 3MP1A 3S9EA 2O84X 3S9LC 1TXFA 4OFOA 1AL3A 1QKBA 1UTBA 4OXVA 3RLFE 3IJXB 1M5CA 1NNPA 3OSQA 2HCAA 2E0SA 1SQYA 5JEIA 4YKKA 3MPLA 3H3GA 2PT2A 2QJEA 2QPQA 2Y7WA 3FJGA 2Z8FA 1B32A 5H8QA 3TTMA 4XKRA 3T9VA 4I62A 5K2XA 1IXGA 3EN3A 3CI8A 3MZBA 3GLBA 3TCGA 3V8XB 4U4SA 1JEUA 3QSLA 1NMUA 1DSNA 5AA2B 1M5EA 5KDTA 1NFTA 3IB1A 3D4CA 2F6GA 3VLWA 3UA8A 4IY6A 5TU0A 1SW4A 4R6HA 3PUXE 2H99A 3H6VA 3OSRA 3GBBA 4R72A 3TKDA 4OTEA 2O68A 4KYSA 1BKAA 4ZEIA 1LBCA 4X9TA 1Y9UA 4DCXA 4ELOA 1QW0A 5TPAB 5HM4B 4I8CA 5EYFA 3MZ1A 2P0SA 1J1NA 3UN6A 3SETA 4R9GA 2F7CA 1II5A 5DTBA 1OMPA 3OO7A 3V5AA 3UP9A 4YMAA 4KYEA 5KCJA 1N3XA 2ONKE 3HSTA 3H7MA 3KG2A 1JVYA 4F31B 1VE4A 4TQUQ 2GRVA 3I5OA 1B3LA 1H44A 4GL8A 2PYYA 4QFKA 4LUBA 4NF5B 3TPAA 3FXRA 2FNCA 1PDAA 5FTHA 2HFBA 3K6UA 3MBPA 1RYOA 1L5TA 3RNNA 2VOZA 1MM7A 3CSBA 3LSFB 3ECRA 4M4GA 4YZZA 4ZEBA 2ZNTA 4H65A 2Q2CA 5I56A 2NUVA 3VV5A 2O7UA 2Z8DA 4NEDA 1R1NA 1UQWA 1A7LA 2XXPA 1A8FA 5LOMA 1B1XA 4HCYA 4H6DA 4F18A 5H8SA 1IQ7A 3SERA 2CZLA 1JW5A 3ZS6A 3BFTA 1XS5A 3L6GA 1B2HA 3OO6A 3JV9A 1EZOA 1S50A 1SBPA 4U21A 2R9JA 1XHYA 4XKNA 3PUYE 1EH3A 2V93A 4YKPA 4IO5A 1SW5A 3FUZA 2HAUA 1SDXA 2DYXA 4ELQA 3ODBA 3R26A 1UIUA 5BWJA 4GF8A 2H25A 3ZKLA 3CG1A 3PUWE 1IZ1A 1USYE 3T93B 2QS2A 3PMVA 4C1TA 3MC2A 3SEXA 1LLSA 2KLFA 1FQEA 4DCYA 3B6TA 3SKPA 4O3BA 1MS7A 4H5GA 3C33A 2B65A 4DDDA 3T66A 1R9QA 3KBRA 4ZZEA 2XX9A 2GFEA 2I3WA 5TP9B 1H76A 1RKMA 3HV1A 4BLAA 4F1YA 4NMYA 5JTYB 2O69A 5AE4A 4ZE8A 2QL3A 3QUJA 1N04A 1ZTYA 3O97A 2QMWA 5H8NA 4GIZA 1B1HA 4KPTA 4GXAA 3QUFA 4G4PA 3ZKKA 4P0IA 1Z7ME 2GH9A 3RT8A 3E9XA 3C36A 4ZECA 3W15C 1CB6A 3KFMA 3FVNA 1B0LA 3TELA 2X26A 4H5FA 1JVXA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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