4AQ4A

Substrate bound sn-glycerol-3-phosphate binding periplasmic protein ugpb from escherichia coli
Total Genus 169
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
169
sequence length
418
structure length
418
Chain Sequence
GSHMVTTIPFWHSMEGELGKEVDSLAQRFNAENPDYKIVPTYKGNYEQNLSAGIAAFRTGNAPAILQVYEVGTATMMASKAIKPVYDVFKEAGIQFDESQFVPTVSGYYSDSKTGHLLSQPFNSSTPVLYYNKDAFKKAGLDPEQPPKTWQDLADYAAKLKASGMKCGYASGWQGWIQLENFSAWNGLPFASKNNGFDGTDAVLEFNKPEQVKHIAMLEEMNKKGDFSYVGRKDESTEKFYNGDCAMTTASSGSLANIREYAKFNYGVGMMPYDADAKDAPQNAIIGGASLWVMQGKDKETYTGVAKFLDFLAKPENAAEWHQKTGYLPITKAAYDLTREQGFYEKNPGADTATRQMLNKPPLPFTKGLRLGNMPQIRVIVDEELESVWTGKKTPQQALDTAVERGNQLLRRFEKSTK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Determinants of Substrate Specificity and Biochemical Properties of the Sn-Glycerol-3-Phosphate ATP Binding Cassette Transporter (Ugpb-Aec(2) ) of Escherichia Coli.
pubmed doi rcsb
molecule keywords SN-GLYCEROL-3-PHOSPHATE-BINDING PERIPLASMIC PROTEIN UGPB
molecule tags Diester-binding protein
source organism Escherichia coli
total genus 169
structure length 418
sequence length 418
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-04-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4aq4A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4aq4A02
3C9HA 2XXYA 2XXUA 2OZZA 3TTKA 3VLUA 4ZEDA 2DE4A 5ICTA 3F11A 2NUVA 3VFJA 4Z7EA 3G3KA 2ZNTA 3OO9A 3RT6B 2O51A 5JTYA 1Y4CA 4F39A 3C31A 3IX1A 2RC7A 3LC8A 1DOTA 2X26A 1O63A 1Y4TA 5ITPA 4U1OA 3SEXA 3GBAA 1FCKA 2ZXTA 1ZU0A 3TZAA 1OQGA 1NL5A 2VOZA 3CRBA 3K1MA 4QHQA 3SERA 3DELB 3U94A 1NNPA 2REGA 3TPAA 3TTLA 4F3SA 5BWJA 4PFTA 3OO7A 1FW0A 1B5IA 1OLAA 5H8FB 1JETA 2I4BA 2LAOA 2XXWA 4OWDA 2QS1A 1I6AA 3EN3A 2Y7WA 5KDTB 1B3FA 4BDQA 4GLIA 2HQ0A 4OESA 4PQJA 4R2FA 4GOTA 4RPOA 1UQWA 2UVIA 2GHBA 5JEIA 1UTBA 4H1XA 1XHYA 4DXUA 1MS7A 3TMGA 1ATGA 3RY3A 2V3UA 2PMSA 4K3FA 1MQGA 2OBGA 3IL1B 1H43A 3O6GA 4LZ8A 1B3GA 4NF8B 5CRYA 1RYOA 3A09A 4QFLA 1P99A 1WVJA 3ZS6A 1LB8A 1GTKA 3FXRA 5KCJB 2O84X 3UP9A 3FXQA 5JK4A 2RC8A 2XD2A 1B32A 4LQ5A 5I59B 3K1PA 3JV9A 5H8QA 1QUJA 3T96B 2E1SA 3MP8A 4JWXA 1WDNA 1MXZA 3MC2A 1SYHA 4AB5A 2ZNSA 3R26A 2I48A 3THIA 1DTZA 3MVYA 4WXJA 2IA4A 2XXVA 3KSXA 1MY4A 1N7WA 3PUWE 2UYEA 3W15C 3KSJA 4GXAA 4EF1A 4THIA 1FQEA 1OLCA 5CC2A 1F9BA 4FEDA 4PE5B 4EXLA 2XD3A 3RT8A 3KBRA 4BDMA 2THIA 5I2KB 4AB6A 3RLFE 4NMYA 5K2XA 4YKIA 4Z0IA 4GF8A 1B52A 2Q2AA 3DLNA 3FV2A 1BKAA 3FVKA 4H65A 2DP8A 2R6GE 3MZBA 1LFGA 4RK2A 3MZ9A 3IOWA 4XKNA 1SVXB 2QS3A 1TWYA 3SDFA 1HSLA 1A54A 3GLBA 1PB8A 3MP1A 3KEIA 2DVCA 4RNSA 3T9HB 4IGRA 2XX9A 2XXQA 4Q5TA 1MY0A 2HFBA 2Z8FA 4OFJA 2HAVA 4OENA 1XS5A 3ECRA 3O66A 2QMXA 1A8FA 4MFIA 3LSFB 3TTNA 4F3GA 5HM4B 1Y9UA 1QUKA 4I8CA 4RY1A 2PX1A 3EHTA 2RCBA 3PUXE 4XXUA 3RTWB 1MH4A 3HSTA 2XX7A 1URDA 1JW1A 4FJPA 1ELJA 3RPWA 2H5YA 3MPKA 3D4CA 1A55A 2E0SA 4QFKA 4GXSB 3L6HA 2GHAA 2ZYMA 5H8FA 3C36A 2RC9A 2DE3A 4G8NA 3N94A 3TUSA 5KDTA 2AL5A 5EHSA 3N6UA 1LLSA 4QFOA 2QPQA 3CSBA 2NVUB 4RXLA 2I58A 1B4HA 1NNTA 5L8DA 3R7XA 4OZ9A 1MQDA 3MBPA 1JVYA 1S7YA 5AA2A 3MVWA 2Y7PA 3MWBA 5CMKA 1GVCA 3FZVA 4H5GA 1H3DA 4NF6B 3GZGA 4NF8A 2NWJA 3CR9A 1S50A 3CFLA 4IO6A 5KCJA 1A7LA 1XC1A 2M8CA 4U1ZA 3V83A 5I59A 5DEXB 3EF7A 3QK6A 5I56B 3KN3A 3IOVA 4I62A 2F8DA 1PB9A 4MLVA 1SW4A 1MPBA 3U93A 4E0WA 1US5A 3W9WA 3PUYE 4YU0A 3V8XB 2GRVA 1IQ7A 2F7BA 5M2VA 2FNCA 3ILUB 4XKPA 4HS7A 1QULA 4KHZE 3VE1B 3RGYA 1OIBA 1XOCA 2GFEA 3O97A 1LB9A 3E13X 3ZSFA 2ZYKA 4LQ2A 4ZS9A 1OMPA 4HW8A 5L9SA 4OEVA 5FHMA 4JWOA 1AL3A 3FATA 5TP9A 3K6UA 3IJXB 2F6GA 1ZTYA 2DE2A 4U2RA 3TCGA 1OVBA 3T9XB 1L5TA 1B1HA 2QRYA 5EHMA 3EHUA 4LP2B 3LSWA 4YKJA 5FHNA 1DPPA 1B2HA 2Z23A 4NWDA 2ABHA 4H67A 3G3FA 4ISUA 3PPPA 4BDNA 1FQFA 3FV1A 3ODBA 1M5BA 3OSQA 3MQ9A 5CMMA 1I6BA 2O6AA 2B3FA 1JW4A 3K0VA 5F1QA 3C35A 1BIYA 2VP1A 3CVGA 1MPDA 1I6QA 1P1OA 4OQOA 5A5XB 4GFRA 2V3QA 4OFLA 3A3UA 1EZPA 4GQOA 4KQPA 4YKKA 4DCXA 4OETA 4GVOA 4LA9A 2OCUA 1Y3QA 1SW5A 3N26A 4IO2A 1PBQA 5I57B 4HCYA 4H0WA 3SESA 4G8MA 2A5TB 1UTHB 1N7XA 3KG2A 4QF9A 3U92A 3BKIB 1FQDA 3VV5A 2I6EA 4R9FA 3I5OA 2IEEA 4IY5A 4ONYA 1MM7A 1ZLQA 3IAZA 1PEBA 2B3BA 4ZEBA 3E3KA 1MDP1 3PUVE 4ELPA 3FXUA 1M5CA 3K01A 4KCCA 4NF5B 4UACA 2HZKA 2ONRA 4JSOA 1QVSA 3IO4A 1P1QA 3C4MA 3C33A 4XTCQ 3JYRA 1MXWA 4HCWA 5AE4A 2H98A 2B65A 3TEPA 3H6WA 1B5HA 1N0TA 1SI0A 1LGBC 1EU8A 3PU5A 1LSTA 2D21A 2QMWA 2PT1A 3UORA 1B1XA 1MQHA 3P7IA 4ZEIA 3K00A 1TFAA 3C34A 2XXHA 1H45A 3M3FA 4MF3A 1SD3A 4GRKA 4NF6A 3MZ1A 1B0HA 1MXYA 5DYHA 4DXBA 4IO3A 2KLFA 1IUDA 4N07A 4OVJA 3T9VA 3T22A 2V3TA 1TXFA 4ZE8A 1B05A 5I56A 1IIWA 4ZEFA 2R9JA 2I4CA 1N84A 2G29A 2AL4A 4YB5A 4IY6A 3RQTA 3OO6A 3UA8A 2CZLA 4EXKA 5CM6A 4Q0CA 2DXRA 3SEYA 4GL8A 5DT6A 5FTIA 4IO4A 4F31B 3OD7A 4R6HA 2PT2A 1UIUA 1PB7A 1DMBA 3OSRA 2RF1A 1MXVA 3TELA 4ELQA 1LAHE 5H8NB 1B7UA 3KJTA 3FVNA 3VDFA 1CB6A 2HAUA 1XVYA 5H8SA 2F6PA 3TCFA 4U21A 4P0IA 4NEDA 2Y7RA 4PFYA 4WEDA 2I3VA 5ITOA 1YTVA 3MVZA 4PP0A 2R71A 2I0BA 3IB1A 4C1UA 2ALUA 1OVTA 3B6WA 1PDAA 3FIRA 4POXA 3GBBA 3G3HA 2RKMA 3OXNA 2DWIA 1QJMA 1TFDA 3PD8A 2F78A 3TODA 2AIXA 2YJPA 5IAIA 3S9NC 1MRPA 4YB7A 3CG1A 3IOUA 5A5XA 4EDPA 1QUIA 1GGGA 3DM0A 1DPEA 4U23A 1NFTA 3K4UA 3RUMA 3TDJA 4IO5A 1MH3A 3K6VA 2Z8DA 3IORA 2ONSA 2O1LA 1MY3A 2A5TA 1AOVA 2OLBA 1P1UA 3E4RA 4OFOA 1PBPA 3R6UA 1B40A 4F29A 4TOZA 3OEKA 1B3LA 4XKRA 3EPEA 2UYFA 1N04A 2Q8JA 1VR5A 4F1YA 2GH9A 2Z22A 2F35A 3TTRA 5I58B 3B6QA 3PD9A 3LBSA 4L17A 5J1DA 3SEVA 3FASA 4I9DA 4R74A 4NF5A 1N3XA 2Y7IA 3PMVA 4LATA 1ANFA 1B0LA 1NKXA 4YZZA 5TPAB 2DWHA 5TU0A 4OMBA 4G4PA 5DVFA 3H7MA 1ZJLA 5IKBA 3T66A 3CG3A 4BDLA 4OHNA 3FJMA 2ZMBA 4EQBA 3S9EA 5AA2D 1A40A 3EHSA 4ZEKA 2X7QA 1FTMA 3HV1A 2D3IA 2NXOA 3I3VA 1DTGA 3PPOA 5DVJA 3HO7A 1FTKA 2Q88A 1IXIA 3PPRA 3BBRA 4EQ9A 1YAEA 3MW0A 3KOSA 3KJ7A 1MY1A 3G7WA 5I2NB 1N3WA 3QAXA 4R9GA 3KZGA 4X1DA 4XKQA 1II5A 3VVFA 4ZECA 2WKYA 4E0XA 2XXIA 1O64A 1IZ1A 1LAXA 4C0RA 3CIJA 4ESXA 1SI1A 1VSOA 1XVXA 3SEWA 3W9VA 3TQWA 1JVXA 4OYVA 3L6GA 3OOAA 4LUBA 4NTLA 4JXIA 1POTA 2UXAA 3PMWA 1EH3A 1FQBA 4NWCA 1MY2A 5EYFA 3LUYA 4G68B 3CFZA 4ECFA 2BJJX 3EQ1A 1UTBB 1Z7NE 3H6UA 1P1NA 3OO8A 4TQUQ 4G8HA 3K6XA 2DS9A 3HPIA 2CMOA 2P2AA 1VFEA 5LOMA 4KI0E 2VGQA 3S9LC 4Q30B 1Y3NA 2D5WA 5H8NA 3G3JA 4RPNA 1SW1A 3H3GA 4OXVA 3V5AA 1PC3A 3HCQA 2QSXA 3FJGA 1MXXA 1B3EA 1I69A 1TT1A 1R9LA 3CSGA 4H8IA 1A8EA 3O28A 5H8QB 3S2VA 4EF2A 1JQFA 1AH5A 3IB2A 2UVGA 3LSXA 3PMXA 3Q28A 5I2KA 4YICA 1NH7A 1B6HA 3H06B 5FHOA 5CMBA 1LCTA 1ZIUA 4DXCA 3BFUA 3VVDA 1CE2A 1AIVA 4BDOA 3LR1A 3KN8A 2F34A 1JEUA 4FEBA 2QJEA 4R6KA 3VLWA 2VD3A 2ZYOA 1Y3PA 1VE4A 2XXTA 1H44A 4O3AA 4AQ4A 4X48A 3TQLA 2F97A 4RJZA 2Y84A 3O2AA 5DTBA 5L9MA 3O6IA 2PBWA 2H9BA 4NF4B 1LBCA 4MH5A 1EZ9A 3I6VA 1B51A 2P0SA 5I58A 3QXMA 2ESNA 3KGCA 2FYIA 4G68C 3C32A 3K6WA 4DIGA 2ZYNA 3VLVA 4ELRA 3IK6B 2F7AA 3MVXA 5CBRA 4G77A 3FVGA 4U4SA 1R1NA 3FVOA 5DVIA 4U4XA 1LAFE 2A5SA 2UVHA 2Z8EA 4N13A 4KYSA 3FD3A 2H25A 1D9VA 2XXXA 1NMUA 3MAMA 1B5JA 1URSA 2V84A 3B6TA 1M5FA 1DSNA 3K2DA 3E9XA 4R6YA 3D4GA 1VFDA 1SBPA 3T93B 4F3PA 2Q9TA 4FE8A 5I2NA 4G2ZA 3TFLA 4EUOA 2PYYA 2F5XA 3BFTA 4Q8RA 3Q27A 1MM6A 1MQJA 4I1DA 1Y1ZA 5L9OA 4GWOA 4DLDA 1FQAA 2YLNA 3DP6A 2XXPA 2OJTA 4N6PA 4QRZA 4R2BA 5AA4B 2F36A 3U72A 3Q29A 2I0CA 1D9YA 3MJNA 4G68A 4H5FA 1NH8A 2Q89A 4RA1A 4ELOA 3N6TA 1O7TA 4F2QA 5DEXA 1WODA 4KR5A 4GD5A 1RYXA 1B46A 3UGWA 2XHDA 3DP4A 2O1MA 3MUQA 1M5EA 3M3KA 1AMFA 4ESWA 4XIGQ 5CI5A 3K1NA 1USYH 2AYSA 1H76A 5AA2B 2DWAA 4P0GA 1QW0A 3QUJA 3IO6A 2F7CA 3HN0A 4DCYA 3U8QA 3WAEA 1Z7ME 1S9TA 3M3LA 3H4ZA 3G3GA 5CBSA 3IOTA 3PGFA 3MP6A 3Q25A 3ILTB 3S4UA 3JZJA 4X1BA 1EZOA 1NNKA 3FUZA 1BLFA 4IB2A 3O29A 1LCFA 3S9MC 2DWJA 1HSJA 2VD2A 4F3BA 1B3HA 1M5DA 4JBZA 3RNNA 1SQYA 3FJ7A 3G3IA 4LZ7A 4QSDA 1YCJA 2O7UA 3UIFA 4DDDA 4EQ7A 3TYHA 4HTGA 1N76A 1XT8A 3USDA 2ONKE 2DOJA 1BP5A 1HSEA 4RK9A 1MQIA 2PVUA 1J1NA 4FATA 2HZLA 2O68A 5TP9B 1LFIA 3K02A 3MPLA 1OQHA 2OWTA 2DQVA 3O6HA 3UK4A 3LSLA 4NF4A 3OENA 2DYXA 1JEVA 5I57A 4BDRA 1B58A 1USYE 1ZKBA 2HCAA 3SETA 1UTHA 3T9UA 4O3BA 2QL3A 4LZ5A 1T0KA 1NNFA 2O69A 5B7DA 1UIVA 4F1VA 3OELA 4O3CA 4KPTA 1POY1 5ELVA 5H8HB 4ZDMA 4ZZAA 1IXGA 2V93A 1MPCA 2RCAA 3UN6A 3TAJA 1URGA 4NE4A 1ZBMA 4MBPA 2HEUA 3AXFA 3VXBA 3Q26A 5HPQA 1QKBA 4OEUA 1FTOA 2I49A 2P1SA 3VXCA 2DSFA 5JTYB 1Y1MA 3IB0A 5HBCA 1SDXA 4F2OA 4TLMB 1QKAA 1LBBA 3SKPA 1B4ZA 4IGTA 2W7YA 4KFQA 3TCHA 5ISUA 5AA1A 5ICQA 3U1OA 3M8UA 3ONMA 1R9QA 4QFPA 4YB6A 1IITA 4FORA 2OWSA 3QYTA 4ND9A 3WAFA 4F19A 3QIMA 3KN7A 4F22A 5F7VA 4PFUA 4KYDA 4POWA 5CMCA 5FTHA 4TLLB 5AA4A 3TKDA 4LONB 1Q1KA 4PFWA 4JB7A 4IO7A 1GV8A 5AA3A 1B7ZA 3RTFB 2Q2CA 2H99A 2QS2A 4FAJA 2G93A 5B70A 4F1UA 2Y7KA 4DE8A 5KZTA 4C1TA 1FTLA 3QUFA 4R75A 1MG1A 1Y20A 3OEMA 4R73A 2QS4A 2ANJA 4WKMA 2OK2A 1B9JA 1BTJA 1YPNA 1IEJA 2H4IA 3PV0E 2XXRA 3O9PA 4QFNA 1R6ZA 4JDFA 1FTJA 2V25A 1KWHA 3H6TA 2NOOA 3IJOB 4QSEA 2DXYA 1FQCA 4RYAA 4GIZA 2REJA 1IXCA 1SYIA 1D3KA 3IR1A 3VVEA 3QSLA 4KCDA 1B7HA 2FA7A 2YPNA 4FIMA 3HHGA 3PPQA 3CFXA 4GL0A 4WEPA 5I84A 5K2YA 3ZKKA 4X9TA 2I3WA 4KD5A 4R72A 4BLAA 4JSDA 2UVJA 4YKPA 3B7DA 3HHFA 2XX8A 4QSCA 4DZ1A 1IXHA 1GR2A 1ZMGA 3H6VA 4ZZEA 1SW2A 4M1VA 1D4NA 3PUZE 2VHAA 2ZNUA 4H8JA 3N5LA 3KOTA 4U22A 1MXUA 1A99A 5BUUA 4PETA 4YAHX 3A3CA 2DVZA 4M4GA 3RN8A 4FECA 2RINA 4H6DA 4MLQA 4JWYA 3GXAA 1RKMA 1US4A 1MDQA 4LVQA 3FGSA 1Q35A 3V89B 4YMBA 3KFMA 3OMBA 2HXWA 1JNFA 3TTMA 4OTEA 4ZE9A 4F18A 5H8HA 3PPNA 4OERA 4YMAA 3DP8A 4P11A 3SEUA 4KYEA 1LAGE 3CI8A 3H03A 1JW5A 1LFHA 1P1WA 2X7PA 4UA8A 3ZKLA 2O7IA 5TPAA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3C9HA 1LBWA 2XXYA 2XXUA 2OZZA 3TTKA 3VLUA 4PDHA 4ZEDA 2DE4A 5ICTA 3F11A 2NUVA 3VFJA 4Z7EA 3G3KA 2ZNTA 3OO9A 3RT6B 2O51A 2XWVA 5JTYA 1FBEA 1Y4CA 4F39A 3C31A 1FPJA 3IX1A 2RC7A 3LC8A 1DOTA 2X26A 1O63A 1Y4TA 5ITPA 5EYGA 4U1OA 3SEXA 4N81A 4IR8A 3GBAA 4H45A 1IMBA 1FCKA 2ZXTA 1ZU0A 4OVTA 3TZAA 1OQGA 1NL5A 2VOZA 3CRBA 3K1MA 4QHQA 3SERA 3DELB 4JVCA 3U94A 1NNPA 4N91A 2REGA 3TPAA 3TTLA 4F3SA 5BWJA 4PFTA 3OO7A 1NUYA 1FW0A 1B5IA 1OLAA 5H8FB 1JETA 2I4BA 2LAOA 2XXWA 4OWDA 2QS1A 4MNPA 1I6AA 3EN3A 2Y7WA 5KDTB 1B3FA 4BDQA 4GLIA 2HQ0A 4OESA 3FBPA 4PQJA 4R2FA 4GOTA 4RPOA 1UQWA 2UVIA 2QVRA 2GHBA 5JEIA 4O8MA 1UTBA 4H1XA 1XHYA 4DXUA 1MS7A 3TMGA 1ATGA 3RY3A 2V3UA 2PMSA 4K3FA 1MQGA 2OBGA 3IL1B 1H43A 3O6GA 5ET5A 4LZ8A 1B3GA 2V4CA 4N8GA 4NF8B 5CRYA 1RYOA 3A09A 4QFLA 1P99A 2L5VA 1EYIA 4PBHA 1WVJA 3ZS6A 1LB8A 1GTKA 3FXRA 5KCJB 2O84X 3UP9A 3FXQA 5JK4A 2RC8A 2XD2A 1B32A 4LQ5A 5IZZA 5I59B 3K1PA 4P47A 4NN3A 3JV9A 5H8QA 1QUJA 3T96B 2E1SA 3MP8A 4JWXA 1WDNA 1MXZA 3MC2A 3KC0A 1SYHA 1LBVA 4AB5A 5IZ3B 2ZNSA 3R26A 2I48A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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