4AQ4A

Substrate bound sn-glycerol-3-phosphate binding periplasmic protein ugpb from escherichia coli
Total Genus 169
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
169
sequence length
418
structure length
418
Chain Sequence
GSHMVTTIPFWHSMEGELGKEVDSLAQRFNAENPDYKIVPTYKGNYEQNLSAGIAAFRTGNAPAILQVYEVGTATMMASKAIKPVYDVFKEAGIQFDESQFVPTVSGYYSDSKTGHLLSQPFNSSTPVLYYNKDAFKKAGLDPEQPPKTWQDLADYAAKLKASGMKCGYASGWQGWIQLENFSAWNGLPFASKNNGFDGTDAVLEFNKPEQVKHIAMLEEMNKKGDFSYVGRKDESTEKFYNGDCAMTTASSGSLANIREYAKFNYGVGMMPYDADAKDAPQNAIIGGASLWVMQGKDKETYTGVAKFLDFLAKPENAAEWHQKTGYLPITKAAYDLTREQGFYEKNPGADTATRQMLNKPPLPFTKGLRLGNMPQIRVIVDEELESVWTGKKTPQQALDTAVERGNQLLRRFEKSTK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Determinants of Substrate Specificity and Biochemical Properties of the Sn-Glycerol-3-Phosphate ATP Binding Cassette Transporter (Ugpb-Aec(2) ) of Escherichia Coli.
pubmed doi rcsb
molecule keywords SN-GLYCEROL-3-PHOSPHATE-BINDING PERIPLASMIC PROTEIN UGPB
molecule tags Diester-binding protein
source organism Escherichia coli
total genus 169
structure length 418
sequence length 418
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-04-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4aq4A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4aq4A02
1QULA 5H8FB 3MUQA 3VVEA 4P11A 1ZMGA 2X7PA 1MXYA 4I8CA 1A8FA 4RPOA 3VXCA 4P0IA 3N5LA 4X9TA 4BDLA 3FASA 3HSTA 1FTJA 1VFEA 4JWYA 2F6GA 2GHBA 1B52A 4O3CA 3KOTA 3IORA 1DTGA 2Q2CA 3H6UA 4ZECA 3U93A 1GVCA 1B3GA 1FQAA 2FYIA 4KFQA 3UGWA 1A8EA 2AYSA 5H8QB 4C0RA 4HTGA 4OETA 3VE1B 2DWHA 1PDAA 3GZGA 3IOVA 4Z7EA 4ZZAA 4NF4A 5DTBA 5H8HA 3RT8A 3LSLA 2PX1A 2IA4A 3PD9A 2CMOA 3PMVA 2F5XA 1FQCA 2UVHA 1IXIA 1B5HA 4YAHX 2LAOA 4FEBA 4P0GA 3IR1A 4KYSA 3K6WA 3OSQA 3G3KA 3TUSA 4WEDA 1A7LA 1FTKA 1D9VA 3A09A 1LCFA 3CI8A 3IK6B 2H4IA 3W9VA 2ZMBA 4KR5A 4OFJA 1AH5A 4GD5A 4EF2A 1MPBA 3K6UA 4C1UA 1MDQA 3K4UA 2V25A 3T9VA 1PBPA 2F97A 3HPIA 3I3VA 1OLAA 2HXWA 2Y7KA 3FXQA 3PD8A 4F3PA 4IY5A 1UIVA 3T9UA 1LAHE 5H8NA 4FORA 4U1ZA 1N7XA 2A5TB 2F36A 4PE5B 2UVIA 2Z22A 3H6WA 3TTMA 1SW1A 5CRYA 1YPNA 4ESXA 4LONB 2DVCA 2XX7A 4LATA 3O97A 4F2OA 2GRVA 5EHMA 3ILUB 1MY1A 3RLFE 4OQOA 2D3IA 3ILTB 4U4XA 1QW0A 1H76A 4WKMA 1CB6A 3FUZA 4OESA 4XKPA 3G3FA 1MY3A 4KYDA 1AL3A 3DP8A 5CM6A 2NUVA 2DE2A 2F7CA 1BKAA 4BDRA 5EYFA 2V3QA 4IO6A 4QRZA 2O51A 4MH5A 4AB5A 1MQHA 1B9JA 2ESNA 3OXNA 3TCGA 2V3TA 2XHDA 2ANJA 5I58B 2ZNSA 3QXMA 1RYOA 1LAXA 3O6IA 4RYAA 1MPDA 3K02A 1ZTYA 4NF8B 3QUJA 5ISUA 1OVBA 4XKNA 3RTFB 2DOJA 4G8MA 3Q28A 3LSFB 3TDJA 2ONSA 4N07A 2I6EA 1FTOA 2CZLA 3PUXE 2RINA 5FHOA 4QFNA 3RTWB 2PBWA 4IO3A 3FATA 3TFLA 3ZKKA 3MPKA 4TOZA 4YMAA 5ICTA 1B32A 4H67A 4LQ5A 1ZU0A 2F8DA 2O68A 3T93B 4R9FA 1VE4A 1M5BA 1Z7ME 2B3BA 2PT1A 4PFYA 3HO7A 4XIGQ 1OLCA 1LAFE 2HQ0A 3PGFA 3PPNA 1B6HA 5DT6A 3FJMA 1XVYA 4GQOA 2THIA 4DXUA 2OZZA 2OLBA 2GHAA 2AL4A 2VHAA 1D3KA 2V93A 2QMWA 4LZ5A 1MPCA 4ZE9A 3QAXA 4GWOA 3QK6A 4DDDA 2O84X 1ZLQA 4JSOA 3CFLA 3W9WA 3K1MA 4G77A 3SEUA 3SEWA 3USDA 2REGA 3OD7A 3LBSA 3BBRA 1BTJA 1PB9A 4EQBA 4U21A 3V8XB 1WODA 2I4CA 3F11A 1FQFA 5J1DA 5TPAB 3K00A 1I69A 3WAEA 2O7IA 4F39A 4IGTA 2YPNA 1FQDA 4BDOA 2RC7A 3VV5A 4RK2A 3U1OA 5L9OA 2AL5A 1SI1A 5TP9B 1TFAA 3EF7A 5HBCA 3G3HA 3S9NC 2HAVA 4GRKA 1ATGA 3KFMA 3K1NA 2AIXA 3MC2A 5JK4A 4E0XA 5CBRA 3H06B 3H7MA 3HCQA 1NKXA 3VVFA 1MQDA 3MVYA 3M3KA 3S9EA 3VDFA 5FHMA 1DSNA 1H45A 4OFOA 5I56B 4JSDA 4M1VA 2H25A 5AA3A 4FEDA 3U92A 3HV1A 3KG2A 3ZS6A 5H8HB 2DYXA 3K0VA 5DVFA 4NF5A 3ECRA 1US5A 1TXFA 3MJNA 1NNFA 4H1XA 3UIFA 3VLVA 2Y7WA 5I2NA 4H8IA 1IIWA 3H3GA 3QSLA 2I4BA 2XD2A 5ITOA 2R71A 3FVGA 4KI0E 3TAJA 1LFIA 3C33A 1ZIUA 2I3WA 1JW5A 1NH8A 3GXAA 4UA8A 4GXSB 3LUYA 3TYHA 4H5GA 4YU0A 4G8NA 1LCTA 2XXVA 3EPEA 2I3VA 3SERA 1HSEA 4BDQA 1B0HA 3S4UA 1PB7A 1MM7A 4ELPA 5TU0A 3CG3A 5H8NB 3OSRA 2Z8FA 2Q2AA 3KGCA 1Q1KA 1PC3A 4R6YA 1R9QA 5K2XA 4ZDMA 1POY1 2E1SA 5AA4A 1QVSA 4PETA 3PU5A 3R26A 1EZPA 3I5OA 4JBZA 5DYHA 5I2KA 3KSXA 2YLNA 3MZBA 1SW5A 1LFHA 3CSGA 1AOVA 4DCYA 2OJTA 4LZ7A 1P1QA 3R7XA 3K6XA 2HEUA 5KCJA 4OWDA 4AB6A 1N3XA 4R72A 2GH9A 3MZ1A 4H0WA 3T9XB 4RA1A 1B51A 4FATA 1SVXB 1AIVA 3T22A 4YKJA 4F29A 2G93A 2QS4A 1IQ7A 4WEPA 3V83A 3SEYA 5ELVA 2W7YA 1P1WA 2H98A 4EUOA 3FV1A 2QL3A 2P2AA 4NF6A 3OEMA 4MLQA 2VOZA 4RY1A 4LVQA 5DVJA 1BP5A 2A5SA 1QJMA 1LB9A 5AA2D 5M2VA 4PFUA 4WXJA 3RGYA 2HZKA 3C36A 4ONYA 1MY0A 3D4CA 3L6GA 1B0LA 3G7WA 1B7ZA 3PUWE 4ZEDA 1XS5A 4GFRA 1JW1A 2P1SA 4KCCA 3VFJA 5CMMA 2Q8JA 4Q5TA 3KN8A 3AXFA 2Y84A 3N94A 1QKBA 4POXA 2QSXA 5KDTB 3ONMA 2DWIA 3GBBA 4GL8A 1FW0A 2NXOA 5CC2A 4BDNA 2Y7IA 2F7BA 3PPQA 1FTLA 1Y9UA 3B6QA 5JTYB 4GIZA 2DP8A 1FCKA 3JZJA 1FQBA 4JWXA 1DPEA 4ECFA 3CIJA 4LZ8A 1QUKA 1Y3QA 3EHTA 4F3BA 1M5CA 3S2VA 4OTEA 4G4PA 3TCFA 1J1NA 1Y4TA 4KQPA 1SYIA 1B4ZA 3UK4A 1QUIA 4LUBA 1T0KA 3BFTA 5I59B 1TFDA 1VSOA 2DS9A 3IO6A 1Y3NA 3B6WA 3MP6A 5IKBA 2M8CA 2XX8A 4F1YA 3TODA 3IB2A 1S50A 3MQ9A 5K2YA 1IXHA 2VD3A 1M5EA 3PV0E 1FTMA 3BKIB 1H3DA 5A5XA 5H8FA 2I0CA 3MP8A 4ZEBA 4QSCA 3O66A 1XHYA 4F31B 1GV8A 2DXYA 1YTVA 4OEVA 3GBAA 2QPQA 1BLFA 4O3AA 5EHSA 2PVUA 2WKYA 4HW8A 4UACA 2Q88A 3LR1A 1MDP1 4R74A 3O6HA 1MXZA 1B1HA 5CMBA 3C35A 3K01A 1B7UA 3SEXA 4BLAA 1B40A 3ZSFA 3OEKA 1EZ9A 4L17A 1GTKA 2NWJA 3MVWA 4OMBA 3PPOA 3SETA 2UVJA 2HZLA 4NWCA 2DQVA 4KYEA 1IITA 5FHNA 4ZEFA 5L8DA 2V3UA 1UTBB 3RT6B 1H44A 3S9MC 1N04A 4XTCQ 5H8QA 1GGGA 4R2FA 3DM0A 2OWSA 4YB6A 3FVNA 4OFLA 3PMWA 1P1UA 4H5FA 5AA2B 2H99A 2G29A 1OVTA 3C34A 2F78A 2B3FA 1WVJA 4QFOA 1B3EA 3CFXA 1UIUA 1H43A 5F7VA 2FA7A 1EU8A 2H9BA 3KOSA 1KWHA 4F1UA 1IEJA 3IJXB 4DE8A 1SI0A 1MQJA 3KN7A 5CMCA 2QS2A 1B3FA 2ONRA 1UTHB 1YAEA 3TTRA 4G68C 4KPTA 4N13A 5I57A 1IUDA 3JV9A 1B2HA 1MXVA 4R9GA 2DE3A 5JEIA 5AA4B 2I58A 3VVDA 3CSBA 3CRBA 1MM6A 4DXCA 3Q29A 3JYRA 1POTA 1R6ZA 3GLBA 2A5TA 3E4RA 4EXKA 1B58A 2F35A 3E3KA 4DZ1A 3Q27A 3IOUA 2Z8EA 2VP1A 3SEVA 2NOOA 1Y1MA 5IAIA 2HAUA 4G68A 3QUFA 3TMGA 5L9SA 2RCAA 3KEIA 1P1NA 3KBRA 3PMXA 3EHSA 3MWBA 5AE4A 1M5DA 4HS7A 4FECA 5CI5A 3MP1A 3OO8A 2XXRA 3PPRA 5LOMA 4ELQA 2XXXA 3THIA 3E13X 2H5YA 5ICQA 2QMXA 3KJTA 4QSEA 1MRPA 1JEUA 3N6TA 4PFWA 1XOCA 1SW2A 4RK9A 2FNCA 1MXWA 1QKAA 1RYXA 2UYEA 2P0SA 2X26A 3M8UA 4OENA 1USYE 5I58A 1B05A 4NF4B 1F9BA 4GF8A 3MZ9A 3VXBA 2HCAA 3KN3A 2O69A 4MBPA 1Y20A 4NF8A 2OBGA 3MBPA 3K6VA 3T96B 1XVXA 1OIBA 1P99A 4G8HA 4NWDA 1QUJA 3TQWA 2O1MA 4R6HA 4KD5A 4NEDA 3FJ7A 2F34A 3MPLA 3FZVA 1URSA 5DVIA 4GL0A 1NNKA 2RC9A 4U1OA 4R75A 4I62A 3HN0A 5L9MA 4EDPA 1R9LA 5AA1A 1R1NA 2PMSA 5FTHA 4ZEKA 3K1PA 1OQGA 3CFZA 3W15C 4BDMA 1OQHA 3ODBA 3OELA 5HPQA 4G2ZA 2YJPA 3UP9A 1JQFA 1Y3PA 2D5WA 4AQ4A 2DVZA 1HSJA 4F18A 5H8SA 3IO4A 2XXUA 3S9LC 3M3LA 3CR9A 3PUYE 4OXVA 3RN8A 2ALUA 3ZKLA 1D4NA 1JW4A 3KSJA 1NH7A 1USYH 2O7UA 1NNPA 4M4GA 4O3BA 2DXRA 1DTZA 1SBPA 1I6AA 1SYHA 4Z0IA 1JVXA 4XKQA 3C31A 5A5XB 1A54A 4X1DA 2PYYA 4Q8RA 2XXYA 3O6GA 1DOTA 4OVJA 1PB8A 5TPAA 4LP2B 2XXIA 4MFIA 1ZJLA 1B7HA 3K2DA 4HCWA 4JWOA 4U22A 1S9TA 5HM4B 3HHFA 4QHQA 3H03A 5TP9A 1NNTA 3TTKA 1B4HA 3TELA 1SD3A 3LSWA 3WAFA 4MLVA 1GR2A 2RCBA 3TZAA 4IO7A 1A40A 1LSTA 2NVUB 3P7IA 4ZEIA 1IXCA 4YKPA 3A3CA 4HCYA 3DP4A 1O64A 1US4A 4N6PA 3I6VA 4POWA 4NTLA 5DEXA 2XXWA 2B65A 3TTNA 1JVYA 1NFTA 4DLDA 5I56A 2QRYA 3UN6A 1TWYA 1LB8A 4KCDA 4RPNA 1HSLA 4ZE8A 1URGA 3C9HA 2OK2A 2PT2A 3OENA 4C1TA 3QIMA 1DPPA 2XXHA 4I9DA 1MY2A 1I6BA 1URDA 4XKRA 4EQ7A 1NL5A 4DXBA 1II5A 3C32A 2X7QA 3B6TA 5F1QA 4QFKA 1CE2A 2DE4A 4IY6A 3IB0A 4DCXA 2XXQA 1MS7A 1MQIA 4Q30B 1SDXA 3KJ7A 3D4GA 2IEEA 3Q26A 3IB1A 1VR5A 3MVXA 4QSDA 5I57B 4F19A 3FXUA 2VD2A 3R6UA 3FVOA 4EQ9A 3OO9A 3B7DA 4JXIA 5BWJA 4R2BA 3FD3A 3G3GA 3N6UA 4NMYA 4QF9A 3FXRA 4X48A 1TT1A 3DP6A 1JETA 1NMUA 3U94A 4GVOA 1B1XA 1IZ1A 4G68B 4E0WA 4RXLA 1XC1A 4IO2A 4F1VA 2VGQA 4H6DA 3OOAA 2F6PA 4ELOA 3O9PA 2I0BA 4KHZE 4DIGA 2HFBA 4EF1A 1M5FA 3A3UA 2QS1A 1N76A 4YICA 4YB7A 1N0TA 4F3GA 4NE4A 1MY4A 1D9YA 2Z8DA 1LAGE 1RKMA 4R73A 4PFTA 3M3FA 3U72A 4YKKA 2DSFA 5KZTA 2I49A 3HHGA 4OZ9A 1WDNA 4FJPA 3U8QA 3N26A 3TEPA 4ELRA 4YZZA 4NF5B 2REJA 4TLMB 1FQEA 1B5JA 3O28A 1B3LA 3TQLA 3FVKA 2Y7PA 1PEBA 1MH4A 5I2NB 5ITPA 4OEUA 1LLSA 3QYTA 4FAJA 3EHUA 2R6GE 2ZXTA 1OMPA 2UYFA 3MVZA 3LC8A 3UA8A 1A55A 4U2RA 1Y1ZA 4YB5A 1LGBC 2DWJA 4IO5A 4LQ2A 4ZZEA 2ZYMA 2XXTA 4FE8A 1SQYA 5KDTA 1B5IA 1N3WA 4RJZA 4GLIA 4ND9A 4IGRA 4H65A 3RQTA 5B7DA 4JDFA 1JEVA 1O7TA 5JTYA 2UXAA 3MAMA 2F7AA 2ZNTA 3TPAA 4IB2A 4ESWA 2XD3A 3OO6A 2ABHA 4GXAA 3PUVE 3DELB 2Z23A 2V84A 4LA9A 3KZGA 4PP0A 2RC8A 1Q35A 3RPWA 3FV2A 1I6QA 2KLFA 3H6VA 1EZOA 5I2KB 2E0SA 3RY3A 5I59A 3IX1A 3T9HB 1BIYA 5CMKA 2Q9TA 4OHNA 1N7WA 2RKMA 3RNNA 3V89B 2UVGA 1AMFA 5KCJB 1N84A 1IXGA 5FTIA 4U4SA 3T66A 1SW4A 3FJGA 1B46A 1YCJA 1S7YA 3IJOB 4OERA 2O1LA 3RUMA 3H4ZA 4H8JA 2O6AA 1VFDA 1PBQA 2R9JA 1L5TA 4F3SA 3SKPA 2XX9A 3IOWA 1LBCA 4QFPA 4OYVA 4TLLB 5BUUA 2RF1A 1O63A 2BJJX 3LSXA 4Q0CA 4MF3A 4NF6B 4I1DA 3IL1B 3SDFA 1B3HA 3L6HA 4ISUA 1ZBMA 2ZYKA 2QJEA 3FIRA 4IO4A 5DEXB 2ZYNA 1ANFA 2XXPA 2GFEA 3TKDA 4U23A 3SESA 3CG1A 3TCHA 1UTBA 2OCUA 2ZYOA 4K3FA 4X1BA 1DMBA 4F2QA 4YMBA 3PPPA 2DWAA 4EXLA 1P1OA 4THIA 2I48A 5CBSA 1MQGA 1MXUA 3CVGA 5AA2A 3PUZE 3V5AA 1XT8A 3G3JA 3IAZA 2D21A 3EQ1A 1MH3A 4GOTA 2ONKE 3EN3A 1ELJA 4RNSA 2OWTA 4QFLA 2Y7RA 1JNFA 3DLNA 3IOTA 1EH3A 1LFGA 2QS3A 3OO7A 3E9XA 3Q25A 3G3IA 1Y4CA 3MW0A 4YKIA 4ZS9A 1MG1A 5B70A 3TTLA 1MXXA 2ZNUA 4R6KA 1UQWA 4F22A 5I84A 1UTHA 3OMBA 1A99A 4TQUQ 3BFUA 1Z7NE 3O2AA 3H6TA 3VLWA 1LBBA 4XXUA 3VLUA 2Q89A 3O29A 3FGSA 4FIMA 3C4MA 4JB7A 1ZKBA 4PQJA 3UORA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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