4BDOA

Crystal structure of the gluk2 k531a-t779g lbd dimer in complex with kainate
Total Genus 77
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
77
sequence length
250
structure length
242
Chain Sequence
RSLIVTTILEEPYVLFKKLYGNDRFEGYCIDLLRELSTILGFTYEIRLVEDGKYGAQDQWNGMVRELIDHKADLAVAPLAITYVREKVIDFSAPFMTLGISILYRKGTPIDSADDLAKQTKIEYGAVEDGATMTFFKKSKISTYDKMWAFMSSRRQSVLVKSNEEGIQRVLTSDYAFLMESTTIEFVTQRNCNLTQIGGLIDSKGYGVGTPMGSPYRDKIGIAILQLQEEGKLHMMKEKWWR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Metal transport
source organism Rattus norvegicus
publication title Correlating Efficacy and Desensitization with Gluk2 Ligand-Binding Domain Movements.
pubmed doi rcsb
molecule keywords GLUTAMATE RECEPTOR, IONOTROPIC KAINATE 2
total genus 77
structure length 242
sequence length 250
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-10-05
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4bdoA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4bdoA02
3K00A 3PGFA 1AMFA 1P99A 1VSOA 3QUFA 4NF6A 3KN3A 1QJMA 3Q29A 1LAFE 4R9FA 1NNPA 1UIUA 2DS9A 1ELJA 1MXXA 1RKMA 1US5A 4WEDA 5TU0A 1FTOA 1R9LA 3C36A 2Z8FA 1I6QA 4XKNA 4C1UA 2ZYKA 1FQDA 3FV2A 4PE5B 2I48A 2Z8DA 4H0WA 4UA8A 1PB8A 4PFWA 1QKBA 1N0TA 2F36A 4I62A 3VVDA 2W7YA 3BFTA 1A8FA 2DE3A 1EZ9A 4QRZA 3MVZA 4JB7A 3ODBA 3O2AA 4U1ZA 1P1QA 3ZKLA 1MY4A 4OTEA 2RCBA 2GFEA 1Y3NA 4JWYA 2DWIA 2O51A 3KJ7A 3AXFA 3TMGA 4F2QA 3FVNA 3H06B 1TFAA 3S9EA 2HEUA 4F39A 2V3QA 3F11A 3T9HB 1N84A 1O64A 3K1MA 2ZYOA 3B7DA 1UTBA 3O6IA 4H8IA 4NF8A 1B3HA 4IY5A 2PT1A 3FV1A 5I84A 2X7PA 3T96B 3VE1B 3MP1A 1MDP1 1WDNA 1Y1MA 4JXIA 3OO9A 1B58A 3D4CA 1QULA 1VFEA 2CZLA 3MZ9A 1UIVA 3N26A 4F29A 3TEPA 3FASA 4GWOA 3JZJA 5JTYA 3M8UA 2V3UA 4PETA 4NF5B 2IEEA 1L5TA 4F3BA 3KSJA 3HN0A 1T0KA 3B6TA 3DP4A 3O9PA 3KOTA 3E3KA 2V84A 3ONMA 2Q2CA 3OSRA 4RNSA 5DYHA 2M8CA 4G68B 2G29A 3OMBA 4C0RA 1Y4CA 5H8FA 3TDJA 5CM6A 4FE8A 3TODA 3LSLA 1BIYA 1SI0A 2DVZA 5HBCA 2ZMBA 2WKYA 3BKIB 1UTHA 3B6WA 3UA8A 4HS7A 1FQAA 3IR1A 2XD3A 1POY1 3MAMA 1M5EA 1XVYA 1LB8A 1ZU0A 4DZ1A 4U21A 1H76A 4QFKA 5I59B 3PUVE 1SVXB 3H4ZA 1IUDA 4LZ7A 3RTFB 1O63A 1SW5A 1Z7NE 4ZEIA 3T93B 4DDDA 4F18A 2XX8A 4OVJA 1ANFA 1GVCA 3VVEA 1POTA 4IO2A 3RLFE 3GXAA 1Q1KA 4HTGA 2DQVA 4TLMB 4JBZA 3ECRA 2B65A 5FHMA 2ESNA 5HM4B 2Q2AA 3TCGA 3ZS6A 2O7IA 2I49A 4GL8A 5ICTA 4KPTA 5F7VA 3RY3A 2VD3A 1YTVA 4IO3A 2Z22A 1MXUA 1B51A 4AQ4A 4BDOA 2O6AA 5CMMA 1S50A 3RQTA 1MY0A 1OMPA 2Y84A 1N3WA 4N13A 3VFJA 3IAZA 5H8QA 5H8HB 4OQOA 3MWBA 1MQDA 3ILTB 4ZECA 1B05A 4GQOA 3A3CA 3MVXA 5AA2D 4G77A 1LCTA 3L6GA 2Z23A 5H8SA 3QYTA 3G3GA 4EUOA 4XKQA 1B1XA 3GBBA 1B46A 1NL5A 1Y4TA 3IOTA 1OIBA 5ICQA 3IL1B 1MXZA 3SEYA 4KFQA 5HPQA 3H6WA 4DXCA 4OMBA 1SDXA 2B3FA 1AOVA 3D4GA 2ZNSA 3C9HA 1A8EA 5B7DA 5DVFA 4UACA 3FJGA 2OLBA 1N7XA 1LBCA 4OENA 2UVJA 4MF3A 1FQCA 4Q5TA 3TELA 1QUIA 1MG1A 4OHNA 5I58B 3V83A 3LSXA 4LUBA 2G93A 4EDPA 1NNKA 1QUKA 2Y7IA 2DE2A 1RYOA 2RC7A 1QW0A 1MXVA 5I57A 2OBGA 4YKKA 2X26A 4H67A 4KI0E 3IK6B 1IQ7A 1SD3A 3UN6A 1AH5A 2GH9A 3K6WA 2QMXA 1MY2A 4GD5A 1VFDA 2Q9TA 5I2KA 4AB5A 3N5LA 5A5XA 2XXIA 3MUQA 4RPOA 5BUUA 5BWJA 4QFNA 3A09A 2NUVA 3N6TA 5TPAA 1XVXA 4NF4B 1H3DA 3LR1A 4L17A 4QF9A 3FVOA 4ZEKA 4RY1A 2DOJA 2VGQA 4F2OA 3VLVA 1OLAA 3MQ9A 4F3SA 5JK4A 1TT1A 4XKPA 4H8JA 2ZNUA 5K2YA 4MLVA 2Z8EA 3CFLA 3GLBA 3MVYA 4QFLA 5EYFA 2NXOA 1IZ1A 1IXHA 3KOSA 3EF7A 1A7LA 3N94A 4P0IA 3IB0A 3RNNA 2F6PA 1MQHA 4R6YA 3VVFA 3Q25A 2YPNA 4JDFA 2RC9A 3UK4A 1PBQA 4DXBA 3PV0E 1B3FA 1Y1ZA 1URDA 1II5A 4ND9A 2ZXTA 3EHSA 5FTIA 2REGA 1H43A 4OFJA 1DPPA 4GRKA 2LAOA 4GVOA 5L8DA 4BDMA 2F97A 1IXCA 1MPBA 1LAGE 1MQJA 1WODA 4P11A 4THIA 4N07A 1H45A 5CMCA 1TWYA 1NH8A 2XXVA 3HSTA 2I3VA 1MDQA 2HCAA 4DE8A 1EH3A 1M5DA 2E0SA 4Q8RA 3KN7A 2Y7PA 3H03A 1B7UA 2F6GA 4LA9A 4H5GA 2ONRA 2OWSA 2P1SA 4MBPA 4XTCQ 3QSLA 1SBPA 3TUSA 1ZIUA 2NOOA 4FECA 4EF1A 2PBWA 5I2NB 1B0HA 1NNFA 3MJNA 4R9GA 4NMYA 1B3EA 4O3CA 3EN3A 1MM6A 1S9TA 3S2VA 2ABHA 5H8NB 2ONKE 3OD7A 4F3PA 1ZJLA 5KDTB 4NF5A 4QSDA 3QUJA 4LZ8A 3E13X 3JV9A 1DTZA 1B4HA 2QSXA 2GRVA 4YICA 5TP9B 1I6BA 4IO5A 4LQ2A 1IIWA 2H99A 2O1MA 1FQFA 4PQJA 3V89B 4OETA 1MY3A 1GGGA 3PMVA 4YB7A 1N7WA 1Y9UA 3MC2A 4JWXA 5AA1A 5I56B 4IO6A 1B7HA 5CMKA 3PPQA 3UGWA 3C33A 4BDRA 3CSGA 2PX1A 3IB1A 3SETA 4OESA 3PPOA 2V93A 4GL0A 4OERA 1PDAA 2CMOA 5DEXB 4KYSA 3U92A 3DELB 4X1DA 2YJPA 1MY1A 2DWHA 3S9MC 1H44A 4YKPA 3EQ1A 4U23A 4F1YA 3HPIA 4DXUA 1A55A 1M5BA 1N3XA 2HZKA 3GBAA 4ECFA 1J1NA 5FHNA 2DE4A 4OXVA 4HCWA 4BDLA 1D9YA 2OWTA 4ISUA 3PUWE 2H25A 1B5JA 2ANJA 1Q35A 5AA4A 3PMXA 2UYFA 4YB6A 1NMUA 5DVJA 2X7QA 4EQ7A 3QK6A 3RN8A 3TTKA 2D5WA 3HO7A 4IGRA 5JEIA 3MVWA 1ZKBA 2VP1A 5H8HA 4HW8A 1NFTA 4H1XA 2RINA 3IJXB 3C34A 5ITPA 1SYHA 3T9UA 3VV5A 2AIXA 3M3LA 5B70A 5IAIA 2DP8A 4Q0CA 1EZPA 3FIRA 3G7WA 2UVIA 3MW0A 4RA1A 2XXRA 5AA3A 4G8NA 2F7BA 3I3VA 4WKMA 3TKDA 4GF8A 3MBPA 4NF8B 3USDA 3VXCA 3K1NA 3TAJA 2QS2A 4G4PA 3V5AA 3HHGA 3PU5A 1ZMGA 4FEBA 3W15C 3MZBA 4R74A 4QSEA 2RC8A 1HSEA 1PBPA 3LSWA 1EZOA 1BLFA 2O7UA 2OZZA 2ZNTA 2XXPA 4IB2A 5I58A 1TXFA 2HAUA 3EHTA 4BLAA 5DTBA 1KWHA 3FD3A 3T66A 3K01A 4F1VA 3SEVA 3FGSA 3H7MA 3TTLA 3ILUB 3B6QA 3CI8A 4G68C 4POXA 1XOCA 3G3HA 2Y7RA 1IXIA 2RCAA 3JYRA 1FTJA 3CFZA 2YLNA 3T9XB 1CE2A 1IEJA 3G3JA 3O29A 5CMBA 4OYVA 2HQ0A 3P7IA 2QS4A 1Y3QA 4RK9A 1P1UA 2ALUA 3U1OA 1LFGA 4G8HA 3WAFA 3E9XA 4H65A 1LGBC 4X48A 3CSBA 3TFLA 3K6VA 2DWJA 4F3GA 2F7AA 4NF4A 1MPCA 3LBSA 3DLNA 1JETA 1URSA 4ELPA 3SKPA 3O6GA 1NH7A 1WVJA 2D21A 3IOVA 4OEVA 4YKJA 2QS3A 3A3UA 2BJJX 1A40A 4IY6A 1FTLA 3VXBA 3RGYA 2R6GE 1LAHE 2QRYA 3PPNA 2XXQA 3Q26A 1B5IA 4WEPA 4P0GA 1P1NA 1JW5A 4G2ZA 3S4UA 1LFIA 2O69A 3TTNA 2HAVA 1XT8A 2AYSA 3C31A 4DCXA 4KD5A 1B9JA 2GHAA 3OO8A 1Z7ME 4LATA 2A5TA 3FATA 1BKAA 4R72A 2FYIA 4FEDA 4H6DA 1P1OA 1USYE 1JW4A 1HSLA 2Q88A 1GR2A 5AA2A 2PVUA 3K0VA 3C35A 4ZEDA 1I6AA 3ZKKA 2FNCA 1D4NA 1PEBA 1CB6A 4MLQA 4GXAA 3C4MA 3V8XB 2AL4A 3CG3A 3OO7A 1MH3A 3U93A 1B1HA 1LFHA 4BDNA 1IITA 4ZE8A 4I1DA 4KYEA 3OXNA 5LOMA 1D3KA 4YMBA 2UVHA 4BDQA 2XX7A 4DIGA 3KSXA 2O84X 2XD2A 4FIMA 4U1OA 1MQIA 3SERA 3U72A 1R1NA 2AL5A 3TZAA 4JSOA 1B52A 4Q30B 3H6VA 5ISUA 4EXKA 1LAXA 5I2NA 1JW1A 5FHOA 4X9TA 4LONB 4YZZA 4EXLA 3FJMA 5KCJB 1A54A 4F31B 5DT6A 4IO7A 3M3FA 4NWDA 4R6KA 4MH5A 3SESA 2DYXA 1B3LA 5CRYA 4LVQA 5H8NA 4RYAA 1SW1A 3FXQA 5KDTA 3T9VA 2QJEA 1LSTA 4RXLA 1LB9A 1JEUA 3U94A 2B3BA 4ZZEA 3G3FA 2DSFA 4ONYA 2REJA 5L9OA 3RT6B 4XXUA 1N04A 1ZBMA 3OO6A 4PP0A 1OVTA 3R6UA 1FTKA 1M5FA 2GHBA 5I2KB 2PYYA 1OVBA 4U22A 1QVSA 4KCDA 2OK2A 3OENA 1FQEA 5TPAB 4KYDA 4KHZE 1B5HA 4FATA 1AL3A 3CIJA 1DOTA 1FCKA 5DEXA 2I6EA 3PPRA 3I6VA 4DLDA 1IXGA 5ITOA 5CI5A 1VR5A 3CG1A 2Q89A 1MXYA 3MPLA 3KGCA 4O3BA 3OEMA 2DXRA 3VLUA 2XXXA 5CC2A 3MP6A 3RUMA 3O6HA 3GZGA 3FXUA 1XHYA 3IO4A 1UQWA 3BFUA 4TOZA 4YAHX 3KBRA 4XKRA 4XIGQ 3TQWA 4I9DA 2UXAA 4I8CA 2HFBA 4N6PA 4G68A 3LSFB 2HZLA 2OCUA 4PFUA 4YB5A 3R26A 1BTJA 1EU8A 1M5CA 1XS5A 3WAEA 4U2RA 3OEKA 4TQUQ 4TLLB 2XXUA 1OQGA 1FTMA 4OFLA 2D3IA 1Y20A 3OELA 4NE4A 5CBRA 3FVKA 1SQYA 5I59A 1MH4A 4E0XA 3M3KA 2P2AA 3UIFA 2I0BA 3PPPA 4R75A 3T22A 3Q28A 3MP8A 4NF6B 1XC1A 1Y3PA 1DMBA 2R9JA 4RK2A 3N6UA 4Z0IA 2ZYNA 3G3IA 1B3GA 4K3FA 1DSNA 4PFTA 4FORA 1YPNA 3E4RA 3CRBA 4IGTA 2P0SA 4FAJA 4R73A 5EHMA 2Y7KA 3QAXA 4G8MA 3IO6A 4U4SA 1DPEA 1I69A 4Z7EA 1B4ZA 3R7XA 4LZ5A 1JQFA 3PMWA 3PD9A 4ZZAA 2F78A 3IOUA 4R2BA 3C32A 3SDFA 3G3KA 1YAEA 3S9LC 3K2DA 4LP2B 5KZTA 1JEVA 4ESWA 4F22A 2I58A 2I4CA 4E0WA 2V25A 3IB2A 3UP9A 5DVIA 2UYEA 2XHDA 2DVCA 1MPDA 3VDFA 3DP6A 1URGA 1USYH 2NWJA 2PMSA 1PC3A 3U8QA 1UTBB 1R9QA 1OLCA 3RT8A 2XXYA 3SEXA 4EQBA 3RTWB 4YU0A 3MPKA 3KJTA 2Y7WA 5L9SA 2QMWA 4GLIA 4M1VA 3ZSFA 3HCQA 4FJPA 4ZDMA 4M4GA 1PB9A 3IOWA 3H6TA 3HV1A 4ZE9A 5JTYB 5K2XA 1SW4A 1AIVA 3BBRA 5FTHA 2I3WA 1RYXA 3FZVA 4OWDA 1JVXA 3SEUA 5AA4B 4RJZA 3FUZA 4DCYA 1N76A 4JSDA 2H98A 1B7ZA 3CR9A 1VE4A 3Q27A 2H5YA 3FVGA 3UORA 2F7CA 1QUJA 5H8FB 1B2HA 3PUZE 4EF2A 1B0LA 2VHAA 4ZS9A 1NKXA 3KZGA 2V3TA 4C1TA 1SI1A 3K02A 1HSJA 2ONSA 1UTHB 2THIA 1A99A 3PUYE 4LQ5A 4MFIA 3KG2A 4R6HA 4NEDA 1B32A 2NVUB 1ZTYA 2O68A 1QKAA 3H6UA 3IORA 1YCJA 2ZYMA 4H5FA 4QFPA 5CBSA 4AB6A 2I4BA 3K1PA 3K4UA 3LC8A 1FW0A 1SW2A 3MZ1A 4ELOA 4POWA 3VLWA 2Q8JA 1BP5A 2F34A 3PUXE 2KLFA 3TPAA 1OQHA 4GOTA 3IX1A 3EHUA 2F5XA 4ELQA 3DM0A 2H9BA 5EHSA 1DTGA 1GTKA 4OFOA 1LBBA 4YMAA 1MXWA 4QHQA 4R2FA 3K6UA 4ZEBA 2DXYA 3LUYA 3TYHA 5KCJA 1MRPA 3CFXA 4RPNA 1S7YA 1LCFA 3H3GA 4KR5A 3W9WA 2XXWA 3RPWA 1GV8A 3EPEA 1P1WA 4WXJA 4JWOA 5H8QB 2XXHA 4GFRA 4ESXA 4NWCA 3OOAA 3L6HA 3TCFA 4EQ9A 2A5SA 2UVGA 4KQPA 1JVYA 3TCHA 3IJOB 4ELRA 4IO4A 1US4A 1FQBA 1TFDA 3K6XA 3KN8A 1LLSA 1B40A 4PFYA 2DWAA 4GXSB 2O1LA 1D9VA 4O3AA 1JNFA 3PD8A 3O66A 3KEIA 3FJ7A 2R71A 4F19A 4OEUA 3HHFA 3TTMA 2QL3A 1SYIA 3QXMA 3TQLA 4QFOA 5ELVA 4X1BA 3DP8A 3W9VA 4HCYA 5M2VA 2I0CA 3KFMA 2OJTA 3I5OA 2HXWA 1MM7A 2F8DA 2IA4A 2XXTA 3SEWA 1PB7A 2XX9A 3QIMA 3TTRA 2A5TB 1F9BA 4YKIA 4GIZA 5TP9A 2E1SA 5AE4A 3S9NC 5I57B 1MS7A 3O28A 4NTLA 2PT2A 5J1DA 3O97A 5L9MA 3OSQA 2VD2A 4KCCA 1MQGA 5AA2B 5IKBA 2RKMA 1R6ZA 1ATGA 4QSCA 2FA7A 2F35A 5A5XB 3CVGA 3THIA 4ZEFA 4F1UA 2RF1A 5I56A 2VOZA 5F1QA 4OZ9A 1O7TA 4U4XA 2QS1A 3FXRA 2QPQA 2H4IA 1NNTA 1B6HA 1ZLQA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3K00A 3PGFA 1AMFA 1P99A 1VSOA 3QUFA 4NF6A 2PCRA 3KN3A 1QJMA 3Q29A 2QFLA 1LAFE 4R9FA 1NNPA 1UIUA 2DS9A 1ELJA 1MXXA 5I5PA 1RKMA 1US5A 4WEDA 5TU0A 1FTOA 1R9LA 3C36A 2Z8FA 1FJ6A 1I6QA 1IMDA 4XKNA 4C1UA 2ZYKA 1FQDA 3FV2A 4PE5B 2I48A 2Z8DA 4H0WA 4UA8A 1PB8A 4N15A 2CZKA 4PFWA 1QKBA 1N0TA 2F36A 5LTCA 4I62A 3VVDA 4MAGA 2W7YA 1NUXA 3BFTA 1A8FA 2DE3A 1EZ9A 4QRZA 3MVZA 4JB7A 4OA4A 3ODBA 3O2AA 4XF5A 4U1ZA 3E78A 1P1QA 3ZKLA 1MY4A 4HXVA 4P8BA 2RCBA 4OTEA 2GFEA 1Y3NA 4JWYA 2DWIA 2O51A 3A29A 3KJ7A 3AXFA 3TMGA 4F2QA 3FVNA 3H06B 1TFAA 3S9EA 2HEUA 4F39A 2FIXA 2V3QA 3F11A 1N84A 3T9HB 1O64A 3K1MA 2ZYOA 3B7DA 1UTBA 3O6IA 3KC1A 4H8IA 4NF8A 1B3HA 4IY5A 2HXRA 2PT1A 3FV1A 5I84A 2X7PA 3T96B 4NAPA 3VE1B 3MP1A 1MDP1 1WDNA 1Y1MA 4JXIA 3OO9A 1B58A 3D4CA 1QULA 1VFEA 2CZLA 1NUZA 3MZ9A 1LEVA 1UIVA 3N26A 2OWZA 4F29A 3TEPA 3FASA 4GWOA 3JZJA 5JTYA 3M8UA 2V3UA 4PETA 4NF5B 2IEEA 1L5TA 4F3BA 4OVPA 3KSJA 4XEQA 3HN0A 1T0KA 3B6TA 3DP4A 3O9PA 3KOTA 3E3KA 2V84A 4NX1A 3ONMA 3T1BA 2Q2CA 3OSRA 4RNSA 5DYHA 2M8CA 4G68B 2G29A 3OMBA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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