4DDDA

Crystal structure of an immunogenic protein from ehrlichia chaffeensis
Total Genus 100
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
100
sequence length
300
structure length
300
Chain Sequence
SLNREYILIGTGSMTGVYYPIGGSICRFIASDYGKDNKIICSISSTTGSVYNLNSIRYSNMDISIVQSDLEYYAYNGLGFYEKMLPMDNLRMLASLHKEYLTIVVKKSSNISVIDDIKGKRVNIGSPGTGVRVAMLKLLGEKGWTKKDFSVMAELKSSEQAQALCDNKIDVMVDVIGHPNASIQEASATCDIKFIPLDDRLIDDLHAKYPYYQKDIISGGLYNDSPDIQTVSVKASLVTTTELSNDLAYKIVKSIATHLRELRSITGALKTLTVQDMAKSSITPMHDGAERYYKEIGAIK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Immune system
source organism Ehrlichia chaffeensis
publication title Crystal structure of an immunogenic protein from ehrlichia chaffeensis
rcsb
molecule keywords Immunogenic protein
total genus 100
structure length 300
sequence length 300
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-01-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF16868 NMT1_3 NMT1-like family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4dddA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4dddA01
4HCWA 2RKMA 3IJXB 3RNNA 1Y20A 4QF9A 3LSWA 5I58B 4GLIA 3P7IA 2NUVA 4ZEIA 5CBSA 1EZ9A 4F1UA 3VFJA 1MXXA 1GTKA 2QMXA 2ZXTA 4G8NA 4XXUA 3H6VA 3TCHA 3TTNA 3MZBA 1TWYA 1M5CA 2ONSA 3Q28A 4KFQA 1Y4CA 4WEPA 3PUYE 4EXKA 2Y7KA 3VVFA 2I3VA 1USYH 4ZS9A 5IAIA 3MBPA 2DE4A 1H44A 1NH8A 1ZLQA 1P1OA 3FZVA 3FXUA 3OO8A 5B7DA 2F8DA 3D4GA 4O3AA 1A7LA 1NFTA 4ELRA 1Y3QA 1Y4TA 1B7UA 1HSLA 4AB6A 4JWOA 1MY4A 2RC9A 3BFTA 3R6UA 3IX1A 4OESA 1I6AA 1QKAA 1R9QA 4ELQA 3TUSA 2DWIA 3ONMA 2NOOA 5AA3A 4ESXA 1IUDA 5TPAA 1US5A 5JEIA 4JSDA 1S9TA 4EXLA 1LCTA 1O63A 2OCUA 4KYDA 3SERA 4RXLA 3VV5A 1LAGE 1H45A 5I59B 2D3IA 5CRYA 3E13X 3MJNA 5H8SA 4H0WA 5KCJB 1FW0A 4DCYA 3VLVA 4MLVA 1WODA 2YLNA 2PBWA 2H4IA 1ZKBA 3E3KA 3G3GA 1YAEA 1MXVA 5M2VA 2I49A 2OLBA 1N76A 4I8CA 2H99A 2I58A 4MFIA 3G3IA 4F3BA 1QUJA 2DYXA 2GFEA 3O2AA 4THIA 5K2YA 2H5YA 3MPKA 4GVOA 2V25A 3PPPA 3QUJA 4GF8A 2DE2A 3PD9A 4G68B 1RYOA 2GHAA 1DPEA 4DXCA 2F7AA 5JTYA 1IQ7A 2A5SA 4AQ4A 2XD3A 3FIRA 2HAVA 1M5DA 4YMAA 3LSFB 3QSLA 4WEDA 3G3KA 3UK4A 5HPQA 3DLNA 3PGFA 2V3UA 5TP9B 1IITA 4YU0A 4BDMA 1MQHA 4F1VA 1DTGA 2XXTA 3JYRA 3MP6A 4PFYA 4K3FA 1A8FA 1POY1 1MRPA 3UP9A 1LBCA 1USYE 4HS7A 3D4CA 4FEDA 4JBZA 4F29A 3Q26A 3C34A 2QPQA 4NF4B 3K1MA 2DXYA 3IJOB 3VE1B 3SETA 4GXSB 4HCYA 1DMBA 2D21A 2OK2A 5ITOA 2B3FA 1MPBA 3PU5A 3K2DA 2V84A 4X1BA 3SEUA 3CI8A 2XXIA 3K6XA 1LSTA 4RYAA 1JVYA 1ZBMA 3HN0A 5F7VA 5AA2D 2GRVA 2LAOA 3QYTA 4Q30B 4TLLB 3W9VA 1UTHA 2I3WA 1AL3A 3FJGA 3M3LA 3V5AA 2O51A 1LB9A 5TU0A 3S4UA 1A54A 5H8NA 3PUXE 4BDLA 3SEVA 4O3CA 2ONRA 4OETA 1MPDA 5DEXA 1JW1A 4LZ8A 1LCFA 3C9HA 2O7UA 2THIA 5I2KA 2BJJX 3K6VA 3H03A 1OVBA 4NE4A 3IAZA 3S9MC 1P99A 2B3BA 2E1SA 5AA2A 2UYEA 4EUOA 2RINA 3H4ZA 1JETA 4H8IA 2D5WA 4BDNA 5A5XA 2A5TB 4KYSA 3FVGA 1B7ZA 1SI0A 3QUFA 2RC7A 1Y3PA 1S7YA 3UORA 3E4RA 5I2NA 3K0VA 1MDP1 3MZ1A 5DVIA 1B3FA 4PETA 4YKJA 4R6HA 2NXOA 2ALUA 4C0RA 4YKIA 2Y7IA 1QJMA 4ZECA 2QL3A 4EF2A 1Q1KA 1CE2A 2XXUA 2REGA 3TTMA 1AOVA 4KQPA 3O6HA 4DDDA 3G3FA 2F6GA 4R2FA 4R6YA 2F36A 5CMMA 2NWJA 3TQWA 2Q9TA 2NVUB 3KN3A 3TELA 3SKPA 3CFZA 4PFWA 3O97A 2XX9A 2HXWA 3AXFA 3PPRA 4ZE9A 2QMWA 4YICA 4IO7A 1MXUA 4JB7A 4NTLA 3B7DA 4GFRA 4MLQA 1UIVA 3TCGA 4WKMA 1PC3A 2X7PA 5I84A 3A09A 2O69A 1MS7A 5ICQA 1ZTYA 2UVHA 4KD5A 1MM6A 4OZ9A 3TCFA 4G2ZA 4LONB 1PEBA 2I0CA 3TAJA 4RJZA 4ZZEA 1M5BA 3FGSA 3H7MA 5EHMA 4XKNA 3MQ9A 2GH9A 3FD3A 2DS9A 1AH5A 1PBQA 3LR1A 3MVYA 4KR5A 3B6TA 1B0HA 3GZGA 2I4BA 3KOTA 5EHSA 4BLAA 2Z23A 3N5LA 3MVZA 4N07A 2RCAA 3QIMA 4QFNA 2CZLA 3KSJA 3C31A 2OWSA 3ZKKA 3GBAA 2GHBA 3ILUB 4GD5A 4KYEA 2ZNSA 1F9BA 1B52A 4FATA 1B58A 1O64A 1JVXA 1IXHA 2ZMBA 3ZS6A 4R6KA 1MDQA 1P1WA 4XKPA 3U93A 3T22A 2AYSA 1TFAA 1OQGA 1JEUA 3H6TA 3V83A 2XX7A 5DYHA 4R72A 2UXAA 4JXIA 5H8FA 2HEUA 2I48A 1TFDA 4OTEA 4U1OA 1B1XA 5I56A 1A8EA 4FJPA 4U4XA 1B3EA 1MY1A 2R71A 1I6BA 3H6UA 4XIGQ 1LFIA 1O7TA 4YB7A 1LGBC 3I3VA 4TLMB 4QRZA 2F97A 3FVNA 3CSBA 2V93A 3RUMA 4GOTA 1N04A 3MUQA 3VLUA 1BP5A 3OENA 3C4MA 3RPWA 4F1YA 5TPAB 3TODA 4P0IA 3DELB 3PV0E 1HSJA 3MC2A 1FCKA 4FORA 4NF6A 1Q35A 4G8MA 3T9VA 4F18A 2FNCA 1XHYA 3U94A 1PB7A 4ZDMA 3OELA 2XXVA 3UN6A 3PMWA 4OXVA 3A3UA 4NF5A 3T9HB 1D4NA 4LZ5A 3I6VA 3TDJA 3IK6B 2QS2A 2XHDA 2VHAA 3HHFA 3ILTB 4U2RA 4H5FA 2Y7WA 4LP2B 4ELOA 4F3PA 3TTRA 3Q27A 3O6GA 4KHZE 2Q8JA 4E0WA 3RY3A 3K4UA 3M3KA 5L8DA 5JTYB 4RPOA 4BDQA 2HZLA 4GWOA 1FTJA 4OVJA 4I9DA 3FJMA 2Z8FA 2Z22A 1QUKA 4NWCA 4MF3A 1IZ1A 1B5HA 1KWHA 1RKMA 5H8HA 2H25A 2PX1A 3OO6A 1ZJLA 5KDTA 3TFLA 4R75A 2FA7A 4DXBA 2Z8EA 3N94A 1VFDA 4IO4A 1POTA 4OEVA 3KJ7A 1VSOA 2QRYA 1FQCA 1B4HA 1UIUA 3O66A 5I57A 3K1PA 2B65A 4F2OA 3RLFE 3G7WA 4FIMA 1B3LA 4OYVA 2DVCA 1B7HA 1AMFA 4G77A 5KZTA 4E0XA 5CMCA 1UTHB 2AL4A 1VR5A 1BIYA 3CIJA 4JWXA 1GR2A 2H98A 4YKPA 5H8NB 5CM6A 3E9XA 3CR9A 4IY6A 2O7IA 2DWHA 2OBGA 4C1UA 4ZEBA 1MM7A 3KN8A 1OLAA 3KZGA 4FECA 2XD2A 1Z7NE 3IR1A 5I2KB 3FXQA 1B4ZA 1LFGA 1MQGA 4PFTA 2RC8A 5AA2B 5AE4A 2XXHA 3BKIB 3H06B 2ONKE 5DT6A 4X9TA 5A5XB 1UTBA 4IY5A 3G3HA 2Q2AA 4F3GA 2ZNUA 1Y1MA 5I2NB 4RNSA 1IXCA 1MXYA 5AA4A 1EZOA 2VD3A 4OWDA 5DVJA 3KN7A 4ISUA 4NMYA 4KI0E 4DCXA 3B6WA 4M4GA 1DPPA 1D9YA 1QVSA 4IGTA 3O29A 3RGYA 1TXFA 1NNKA 1LFHA 5CI5A 4F3SA 3C35A 1B05A 1GVCA 1YPNA 4MH5A 5HM4B 2DE3A 1R1NA 3H3GA 3TPAA 2UVGA 2ABHA 5CMBA 5F1QA 3JZJA 3PPNA 1JQFA 3HPIA 5KCJA 1US4A 3THIA 1QULA 1IIWA 1FQAA 4OFLA 3ECRA 4NEDA 2DP8A 4OHNA 3RQTA 4OEUA 4KCDA 3CG1A 4JDFA 3M8UA 1VE4A 1L5TA 3LUYA 4H6DA 3HO7A 4H65A 2F34A 2DVZA 2QS3A 4OMBA 3O9PA 2P1SA 1PBPA 3LSLA 3S9NC 1D3KA 4YMBA 3CFXA 4ND9A 4L17A 3IO4A 1SYIA 3LBSA 1N0TA 3V89B 2H9BA 1PDAA 2ESNA 4Z7EA 4TOZA 2E0SA 1N7XA 3C32A 1SYHA 5HBCA 3KG2A 3KBRA 3TZAA 4UACA 5L9MA 4RPNA 3N26A 1MY3A 3R7XA 4JWYA 4QSCA 1Y9UA 1VFEA 3PD8A 2R9JA 4F19A 4X48A 4POXA 3RN8A 3PMXA 3V8XB 4P0GA 1N84A 1ZIUA 3QAXA 4Q0CA 1SVXB 1A99A 1ZU0A 4LQ2A 2YPNA 1XVXA 3IB1A 4G4PA 3MW0A 3T96B 5IKBA 4POWA 1AIVA 3MAMA 3QK6A 4QFPA 4DXUA 1FQFA 3OSRA 1LAHE 1D9VA 1OIBA 1MQJA 3FVOA 1NKXA 4IO2A 4QFLA 1FQDA 3CG3A 4I62A 2XXWA 5H8FB 3S9LC 2Z8DA 4IO5A 5I56B 3Q25A 1ELJA 3TKDA 1PB9A 4H5GA 4TQUQ 2QS4A 1B3GA 3K6WA 3U8QA 4DLDA 4YB6A 1XVYA 2DSFA 3IB2A 4ELPA 4ZZAA 1MH3A 2R6GE 4U23A 5H8QA 3KOSA 2AIXA 4OQOA 5ISUA 4NF6B 5FTHA 4PE5B 3OEKA 2CMOA 4JSOA 1BLFA 1B6HA 3MWBA 1OMPA 3TYHA 1R6ZA 3FATA 1EZPA 2VD2A 1B32A 1II5A 2FYIA 1OQHA 2DWJA 4MBPA 5CBRA 4NF5B 3SEWA 1I69A 4KCCA 3OSQA 3TMGA 5B70A 2XXQA 3EPEA 3R26A 3KSXA 3ZSFA 5CMKA 3N6TA 1EH3A 3HSTA 4RK2A 1XOCA 2W7YA 2XX8A 3GLBA 2O1MA 1M5EA 4XKQA 1URDA 1RYXA 3CFLA 4QFKA 4R9GA 3EHTA 3FUZA 4N13A 3MP1A 2PYYA 4RK9A 2IA4A 3IORA 4FEBA 2HZKA 3DM0A 1PB8A 3L6GA 2ZNTA 3KEIA 5KDTB 3VDFA 1BKAA 2F78A 1OLCA 4LATA 3RTFB 2UVIA 4Z0IA 2X7QA 4LA9A 4H1XA 2F6PA 3K02A 2RF1A 1SD3A 1SW5A 4UA8A 5I57B 4GQOA 3RT6B 3LSXA 4DIGA 1SQYA 1MG1A 3CVGA 4NF8A 3CRBA 1QUIA 3TEPA 3GBBA 3N6UA 4QHQA 4XKRA 3IOWA 4HTGA 2QJEA 3RTWB 2UVJA 3T9UA 4ECFA 1IEJA 4EF1A 5L9OA 4R2BA 1HSEA 4GXAA 3PPOA 1B9JA 3QXMA 3TTLA 3OXNA 4C1TA 1ANFA 3MVWA 3UA8A 1MXWA 3SEYA 2HQ0A 2G29A 2HCAA 2PT2A 3HV1A 3OEMA 5AA1A 1ATGA 5BWJA 2XXXA 1UTBB 1XS5A 1B2HA 2PVUA 3VXBA 2OJTA 3DP8A 2QS1A 3BFUA 3JV9A 3OO7A 3DP4A 4PP0A 5AA4B 2DXRA 5I58A 1B5JA 4LVQA 4F39A 4IO6A 3H6WA 3C33A 1M5FA 5FHNA 3IOUA 1MXZA 3PUZE 4U4SA 1P1UA 1NNPA 3FV2A 1ZMGA 4AB5A 2VOZA 1QKBA 3T66A 1DTZA 5BUUA 3RT8A 2I6EA 1NNTA 4U22A 2HAUA 3WAEA 4I1DA 2G93A 1FQBA 3BBRA 5DTBA 4YKKA 2XXYA 3OO9A 5LOMA 4G68C 3O28A 3O6IA 1A40A 1J1NA 2O84X 1QW0A 3VXCA 4ESWA 1N3XA 3GXAA 3IL1B 3ODBA 4BDOA 2DQVA 4YB5A 1MQDA 1JW5A 2OZZA 5ELVA 3PPQA 3U1OA 1SW1A 5DEXB 1B51A 4N6PA 4EQBA 1LBBA 2F35A 5ICTA 3SEXA 4XTCQ 1P1NA 1MY2A 2F5XA 4H8JA 1XC1A 2IEEA 4IB2A 5FHOA 1N7WA 3M3FA 2VP1A 3T9XB 3Q29A 4M1VA 2DWAA 1IXIA 2Y7PA 5JK4A 2PMSA 5CC2A 2P2AA 5FTIA 4HW8A 3W15C 3KJTA 1SI1A 3A3CA 4ZEDA 4QFOA 2UYFA 3EQ1A 1B40A 4IO3A 4F22A 3UIFA 3S9EA 4ZE8A 2O68A 4P11A 4Q5TA 4LQ5A 2RCBA 3MVXA 4ONYA 2Y7RA 1JEVA 2X26A 5I59A 1N3WA 2ZYKA 2Q89A 1R9LA 3HCQA 3C36A 1T0KA 1FQEA 3IOVA 3EN3A 4DZ1A 1S50A 1BTJA 3G3JA 3MP8A 1SBPA 4U21A 3HHGA 4F31B 1NNFA 1UQWA 4EQ9A 1Y1ZA 4DE8A 3FASA 1LB8A 3L6HA 4OFJA 4IGRA 2PT1A 3ZKLA 5FHMA 4ZEFA 4G8HA 1Y3NA 4OENA 1SW2A 3VLWA 4G68A 1CB6A 1DOTA 3K1NA 3U72A 4X1DA 2DOJA 3TQLA 1B5IA 2ZYMA 2ANJA 4RY1A 3OD7A 5H8QB 4GRKA 5TP9A 1FTOA 2XXRA 4R73A 2F7CA 2REJA 4ZEKA 4QSEA 5J1DA 3VVEA 5DVFA 1GV8A 2ZYNA 1OVTA 4BDRA 1YCJA 4FE8A 5ITPA 4GL8A 3K6UA 1URSA 1LAXA 1FTKA 4RA1A 4NF4A 3W9WA 1XT8A 1H43A 2V3QA 2YJPA 4LZ7A 4EQ7A 2WKYA 1FTMA 2O6AA 2OWTA 1IXGA 1WDNA 4NWDA 2O1LA 3VVDA 4PQJA 2I0BA 1LLSA 1MPCA 4KPTA 2VGQA 1B46A 2QSXA 3IOTA 3FXRA 3SDFA 2Q88A 1JNFA 2I4CA 2Y84A 1H76A 3IO6A 3PMVA 1MQIA 4QSDA 1P1QA 1TT1A 1SDXA 4WXJA 3U92A 3TTKA 4OERA 2XXPA 3DP6A 4H67A 4U1ZA 3EF7A 3SESA 3B6QA 3PUVE 1B0LA 1B3HA 3EHSA 3CSGA 2HFBA 1MH4A 3FJ7A 2A5TA 4LUBA 4F2QA 2P0SA 3F11A 5K2XA 1DSNA 3UGWA 1B1HA 3OOAA 3FVKA 4O3BA 3EHUA 1URGA 1Z7ME 3IB0A 4PFUA 4EDPA 2KLFA 4NF8B 1NMUA 3K00A 1EU8A 4GL0A 4GIZA 1A55A 4Q8RA 4YAHX 1WVJA 2Q2CA 5L9SA 1MY0A 3KGCA 1NH7A 1I6QA 2V3TA 3FV1A 4R9FA 3WAFA 4YZZA 1SW4A 3MPLA 2AL5A 3K01A 3OMBA 3I5OA 1H3DA 4FAJA 1LAFE 4OFOA 3USDA 3MZ9A 3LC8A 2M8CA 3KFMA 1JW4A 3S2VA 3T93B 2ZYOA 2F7BA 3PUWE 1YTVA 4R74A 1FTLA 1NL5A 5H8HB 5EYFA 1GGGA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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