4DIGA

Crystal structure of c-lobe of bovine lactoferrin complexed with n-acetylmuramyl l-alanyl d-isoglutamine at 1.8 a resolution
Total Genus 115
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
115
sequence length
335
structure length
335
Chain Sequence
YTRVVWCAVGPEEQKKCQQWSQQSGQNVTCATASTTDDCIVLVLKGEADALNLDGGYIYTAGKCGLVPVLAENRKSSKHSSLDCVLRPTEGYLAVAVVKKANEGLTWNSLKDKKSCHTAVDRTAGWNIPMGLIVNQTGSCAFDEFFSQSCAPGADPKSRLCALCAGDDQGLDKCVPNSKEKYYGYTGAFRCLAEDVGDVAFVKNDTVWENTNGESTADWAKNLKREDFRLLCLDGTRKPVTEAQSCHLAVAPNHAVVSRSDRAAHVEQVLLHQQALFGKNGKNCPDKFCLFKSETKNLLFNDNTECLAKLGGRPTYEEYLGTEYVTAIANLKKCS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystal Structure of C-lobe of Bovine lactoferrin Complexed with N-acetylmuramyl l-alanyl d-isoglutamine at 1.8 A Resolution
rcsb
molecule keywords Lactotransferrin
molecule tags Hydrolase
total genus 115
structure length 335
sequence length 335
ec nomenclature ec 3.4.21.-:
pdb deposition date 2012-01-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4digA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4digA02
2OZZA 1QKAA 4N07A 1LAXA 4H67A 1Y1ZA 1B51A 3ILUB 3I6VA 2F97A 2D5WA 3MP1A 1SDXA 3KSXA 3IORA 5ICTA 4H8IA 4ELQA 1P1NA 5KDTB 5J1DA 3MZ1A 2VHAA 1NH8A 4EDPA 1S7YA 1IIWA 3ODBA 4Q5TA 4KHZE 2Z22A 1LAGE 4GRKA 3IL1B 4WXJA 4LONB 3PD8A 4GXAA 2YJPA 3MVXA 3H6WA 3V89B 2VP1A 5H8QA 2IA4A 3O6IA 1RKMA 4O3CA 4EF1A 1MY2A 4IB2A 1MQHA 3O97A 3FV1A 4GOTA 3CFXA 1Y3NA 4U2RA 4JB7A 2NXOA 3MQ9A 1US4A 4JBZA 1MRPA 2Y7PA 2F7AA 3IX1A 3W15C 3KN7A 2UVHA 4GD5A 3TPAA 3RY3A 3N94A 4RPOA 4EQ9A 2DYXA 3F11A 4R6KA 4H6DA 4ECFA 1XT8A 1IXIA 1XVYA 3R26A 1S50A 4MLQA 3RLFE 2P0SA 2I49A 1Z7ME 1MY1A 3TMGA 1OQHA 1ZU0A 3UGWA 2D3IA 1D9VA 2XXUA 2ZYOA 1FTOA 2Z8EA 1TXFA 3PUWE 3H03A 2B65A 3U1OA 3JV9A 4KCCA 4YB5A 4I1DA 5KDTA 1MXUA 1B7UA 4H5FA 2ZNSA 4TLMB 2ZYKA 2QS4A 1LBCA 5ICQA 3DP6A 4DXBA 2LAOA 4F1UA 2NVUB 3T9UA 1UIVA 2GFEA 4G4PA 3IOTA 1UTBB 3T96B 2B3BA 2R6GE 3U93A 4NTLA 4X1BA 3T93B 5AE4A 1B3GA 4RK2A 3KOTA 2ANJA 4GWOA 3QYTA 2GH9A 1OMPA 3O29A 4NF8B 2QMWA 2XXRA 4DIGA 4ESWA 3VDFA 3TTRA 2P1SA 4H8JA 3RNNA 3TCFA 2QS3A 1B58A 3N6TA 1LGBC 1IXHA 2VOZA 3HV1A 1NKXA 4BDLA 3E4RA 1UQWA 4FE8A 2DVCA 5CMKA 5JEIA 4OVJA 2XXHA 1OLCA 5F1QA 3Q25A 4GL8A 1MQIA 3QUJA 1N7XA 2PMSA 3S9NC 4GL0A 1JVXA 1QUKA 4NWCA 1LSTA 3ILTB 2XD2A 4RY1A 1VFEA 1B2HA 3OO6A 2O51A 4F3BA 5CI5A 5FTHA 4R9GA 3BFTA 4OEVA 1QUIA 4RJZA 2NUVA 2I6EA 1R6ZA 3IOVA 2O7UA 3FIRA 3O6GA 3CFLA 3Q27A 1M5BA 3SETA 4U22A 4FATA 3ZKLA 3C33A 3OEKA 1B7HA 1MY0A 1MY4A 1BLFA 3CFZA 1UTBA 2DQVA 1N0TA 1A40A 5DVFA 1GV8A 3FVKA 3TTKA 3BFUA 5FTIA 3SERA 2KLFA 2R71A 4TLLB 3T9VA 4QFPA 1NNTA 3FASA 1FQBA 3VLWA 2GRVA 1OLAA 1SW4A 1MXVA 1A8EA 3CIJA 3FVOA 4U4XA 3GBAA 4BLAA 1XC1A 2F35A 1FQEA 4IY5A 3FXRA 4NF8A 1SW1A 3OSQA 4AB6A 1Y1MA 1D9YA 3KSJA 5K2XA 1JEVA 2RC8A 4LZ7A 1USYH 2AL5A 2V3UA 3FD3A 2HAUA 4GXSB 2CMOA 4XKQA 4TQUQ 4U23A 4ZZEA 3N26A 3K01A 4LQ2A 1MM6A 4XKNA 4YAHX 4EF2A 1P1WA 2DS9A 2PVUA 1LCTA 2DWIA 1ZTYA 2XXTA 5DYHA 4P0GA 3PPRA 1TWYA 3TTMA 1WODA 3KOSA 3USDA 2NWJA 1B3HA 4IO5A 4NF4B 2Z8FA 1NFTA 1XOCA 1XVXA 4ZEBA 5IKBA 3BBRA 4YMAA 2I0CA 3HN0A 1DPEA 3H3GA 3HCQA 2A5SA 4KFQA 5EHMA 4DCXA 2E1SA 3IOUA 4KPTA 5L9SA 3KFMA 1FTLA 3TZAA 3T66A 3FUZA 4THIA 4H1XA 4JXIA 3B6WA 1SYIA 4QSDA 2DVZA 4QRZA 1POTA 3RUMA 3T22A 2REJA 3C35A 4ZE8A 4G68C 2F6PA 5DVIA 1VSOA 3PUYE 5H8NB 4OZ9A 4F22A 4X1DA 4JSDA 2O6AA 3QK6A 2QS1A 4LATA 2XX7A 3PUZE 3LC8A 1Y3PA 1UTHB 2DWAA 3Q28A 1OVTA 1LB9A 4YB6A 4F1VA 2QRYA 4X48A 1B9JA 1LFGA 3KEIA 5HPQA 3K1PA 1NNFA 5CMMA 5I2KB 1J1NA 1Q1KA 3RPWA 4PFYA 1MY3A 5HM4B 1LCFA 2YLNA 3RTWB 2M8CA 2A5TB 3MVYA 1NNKA 1B6HA 5JTYB 4FJPA 4NF4A 4ONYA 1UIUA 2F6GA 3K6XA 4KCDA 3CVGA 1PBPA 2Q89A 3MP8A 5I56B 1AL3A 2UYFA 1QKBA 2HFBA 4R6HA 3UA8A 2O84X 3D4CA 2HQ0A 1EZPA 4POWA 4E0XA 1H3DA 4DZ1A 1A8FA 2ONSA 2Q8JA 1MPDA 1A99A 4F3PA 3KN3A 2XX9A 3W9WA 3HSTA 1I6AA 3EQ1A 2THIA 4IO3A 3PMWA 1F9BA 3CI8A 3O28A 4KD5A 5H8NA 1O64A 4C1UA 1MH3A 5BUUA 2O7IA 1P1QA 3VXCA 3H6VA 4FECA 1P1UA 2E0SA 2FYIA 2HZLA 4F3SA 4MF3A 2I3WA 1R9QA 2I4CA 4IY6A 4N13A 4QHQA 3PPOA 1UTHA 4UACA 2V3TA 4GFRA 3OD7A 3BKIB 1H43A 5CMCA 4DXCA 3GLBA 1B32A 4I8CA 4Q0CA 3ZSFA 1P1OA 3IR1A 3FJGA 5I2KA 3C9HA 2ALUA 4XXUA 1I69A 5K2YA 5BWJA 4KYEA 1QUJA 2OCUA 1PB7A 3PPPA 4OFLA 4HS7A 5AA3A 1H76A 2RC9A 4OFOA 3K6UA 5JTYA 4G8NA 5CMBA 4RA1A 3A3CA 4LVQA 2DP8A 1MQGA 3MW0A 4YKIA 5I56A 5L9OA 3SEVA 4XKPA 2V25A 4Q30B 3RT8A 3LBSA 3JZJA 2H5YA 1MDQA 3CG1A 4NE4A 1FQCA 4L17A 4ZS9A 1B1HA 2F34A 3UP9A 3A3UA 1SQYA 3ECRA 1P99A 2AYSA 3FATA 1LAFE 1B52A 4ZZAA 4N6PA 1M5CA 3E9XA 3KJ7A 2Q9TA 4FEBA 3H06B 3U72A 3TCHA 4POXA 3KN8A 1LFIA 3OXNA 3E3KA 1POY1 3ZS6A 3CSBA 2H4IA 3H7MA 3QAXA 2ZNTA 1WDNA 3SKPA 4QSEA 3HO7A 5I59B 2D21A 4OWDA 4PFWA 3FJ7A 2DXYA 5DEXB 1MG1A 1N76A 4ELPA 4ZECA 2DE3A 3FJMA 3TAJA 1ZBMA 2WKYA 3SESA 1LLSA 1FTJA 1PBQA 4ESXA 5CC2A 1DSNA 3V83A 2DSFA 1FQAA 1M5FA 4LQ5A 3TODA 1N84A 2I0BA 4ZDMA 1TT1A 3MZBA 3Q26A 2OBGA 1N7WA 2UVGA 1B5HA 1MH4A 1B7ZA 3T9XB 5H8FB 4OENA 2VGQA 1TFAA 4OQOA 2OJTA 3H6TA 5FHMA 1FQDA 1DTGA 1O63A 1US5A 5AA2B 3LSXA 1URDA 5EHSA 1B0LA 3KZGA 3VFJA 2QMXA 3AXFA 1B40A 1B4ZA 1USYE 4BDNA 3C36A 4OEUA 2ONRA 3C32A 2Y7IA 2DE2A 3PUXE 3SDFA 1KWHA 3SEYA 3K00A 4QFOA 1GTKA 1FW0A 1B3EA 4G77A 4FIMA 3N5LA 5FHOA 3QXMA 1AMFA 3S9EA 1O7TA 2F78A 2QS2A 3WAFA 3LSWA 4F29A 2OWTA 1ELJA 4RYAA 5I59A 1PB9A 4GF8A 1ZLQA 2I58A 2RF1A 5DEXA 1B4HA 1Q35A 1DPPA 1IXCA 4R75A 3O6HA 4F2OA 4PETA 3V5AA 3PGFA 2RINA 3K4UA 1Y4TA 3A09A 3FXQA 4OXVA 5AA4B 3OELA 2HXWA 3VV5A 3PMXA 4FORA 3S4UA 4KI0E 1GR2A 2RKMA 3OMBA 1A54A 1B3LA 4YB7A 1EZ9A 2Z8DA 3IK6B 1CB6A 4O3AA 4IGRA 2GHAA 2Y7WA 3RTFB 1QJMA 5H8FA 3LSLA 3E13X 1D4NA 4Z0IA 1A55A 1OQGA 4YZZA 1I6QA 5TPAB 2REGA 4HCYA 4JWYA 5AA2A 5JK4A 1SW5A 1B5JA 5ISUA 2YPNA 4YU0A 3RQTA 3M3LA 1PC3A 4OETA 4IO7A 1SBPA 3TEPA 3PD9A 4OYVA 3TELA 4U21A 4R6YA 3L6GA 4R73A 3DELB 1BTJA 4RNSA 4C1TA 4JDFA 5I57B 1M5DA 2RC7A 1OIBA 1JETA 2BJJX 4U1ZA 3TTLA 4K3FA 3CR9A 2XXXA 1YCJA 2F8DA 2XD3A 1R9LA 4YKKA 4I9DA 3IAZA 4KYSA 1QULA 4YICA 4LZ5A 2I48A 4LA9A 2HAVA 4EQBA 2Y84A 3VVEA 1ZKBA 3MPLA 4RPNA 3U8QA 1Z7NE 1HSJA 2V93A 2XXIA 2OK2A 3K1NA 3ONMA 5AA4A 1D3KA 1IITA 4F31B 3DM0A 1ANFA 3EPEA 2PX1A 3O2AA 1CE2A 3TDJA 4IO4A 1B0HA 4O3BA 2XXPA 2H9BA 5LOMA 3QUFA 4OHNA 1EH3A 1YPNA 1FTKA 4YMBA 1B5IA 4EXKA 3DLNA 3IB0A 5H8HB 5TPAA 2ZYMA 3FVNA 1FTMA 3TQLA 1NNPA 2X7PA 1SVXB 1T0KA 1IXGA 1LB8A 3TUSA 4IGTA 4YKJA 1B46A 3DP8A 3CSGA 3OO9A 3R6UA 2P2AA 3UN6A 3LUYA 4U1OA 2VD2A 4QF9A 4WKMA 1IEJA 5I57A 2O69A 5IAIA 4MH5A 4F2QA 4KYDA 1RYXA 3EF7A 4DXUA 3TYHA 2Q2AA 1MPBA 3G3KA 2I3VA 1PEBA 1R1NA 3UORA 5CRYA 3K2DA 2G29A 1I6BA 4BDQA 2UVIA 2QPQA 3TKDA 3MBPA 1AH5A 4GVOA 2FNCA 4GIZA 3TCGA 1VFDA 4NF5B 5AA1A 2UYEA 3G3FA 4ISUA 4NF6B 4G68B 4QFNA 2PT2A 2UVJA 4WEPA 1B1XA 2I4BA 4XTCQ 1Y3QA 4KQPA 3GXAA 3S9MC 1QVSA 4F39A 1L5TA 1ZJLA 3TQWA 1DMBA 3JYRA 1H44A 4R74A 4GLIA 3RT6B 4QSCA 5CM6A 3MC2A 3M3FA 5ITPA 1JVYA 2RCBA 3P7IA 4YKPA 3Q29A 1JW1A 5H8HA 3C34A 2DWHA 1B3FA 4M4GA 1NL5A 4I62A 4F19A 3OEMA 2A5TA 4F3GA 1SYHA 4PQJA 3S9LC 3UK4A 4PE5B 2XXQA 3RGYA 2B3FA 3EHUA 2IEEA 1H45A 5B7DA 2QSXA 4IO6A 2Y7KA 1DOTA 4EQ7A 2F7BA 3S2VA 4PFTA 2O1MA 4MBPA 1Y20A 4G2ZA 2ZMBA 5ITOA 4BDRA 1PDAA 3IJOB 2ONKE 2X7QA 3C4MA 2FA7A 1N3XA 3N6UA 3U92A 1BP5A 4Q8RA 2HZKA 1MS7A 1MXYA 5I58B 4LUBA 3H6UA 4GQOA 3C31A 4G8MA 1IUDA 2PT1A 2VD3A 1DTZA 3PUVE 2DXRA 4EUOA 2O1LA 4NF5A 3IOWA 1JW5A 4NF6A 4G68A 4H0WA 2OWSA 1N3WA 4AB5A 4R9FA 3HHFA 3MAMA 3DP4A 2XX8A 3SEWA 3B6TA 3G3JA 3FV2A 2Q88A 1JW4A 1NH7A 4P11A 3PPNA 3HHGA 2V3QA 1QW0A 3G3IA 4UA8A 4JWOA 3MUQA 3OOAA 1JQFA 2HEUA 5FHNA 2Z23A 1HSLA 5B70A 1RYOA 4ZEDA 4F18A 3HPIA 4WEDA 4HW8A 3KG2A 1B05A 1YAEA 2HCAA 4AQ4A 1ATGA 3K6WA 5M2VA 4JSOA 3CG3A 5DVJA 4ELOA 1AOVA 1M5EA 3VLVA 3MZ9A 4HCWA 5KZTA 1MXWA 5AA2D 3IO4A 3MJNA 4EXLA 1N04A 3W9VA 4PP0A 4R72A 5L8DA 5I58A 4DLDA 3UIFA 4F1YA 3FZVA 5KCJB 2XXWA 2H98A 4ELRA 1JNFA 4ND9A 4JWXA 2AIXA 5EYFA 3VVFA 4OTEA 3OENA 4MFIA 1II5A 1HSEA 1S9TA 1MXZA 1GVCA 1FQFA 1JEUA 2Y7RA 4BDOA 3KBRA 4H5GA 2ZNUA 3GZGA 4RXLA 5CBRA 2RCAA 4FAJA 3KGCA 4X9TA 3M3KA 2H99A 1IZ1A 1URGA 4Z7EA 3PU5A 4R2FA 5F7VA 1Y9UA 4R2BA 3IB1A 3H4ZA 2QJEA 4P0IA 3B6QA 2CZLA 3V8XB 4M1VA 4LP2B 3OSRA 5CBSA 1SI0A 1MQDA 2X26A 1MDP1 3VVDA 1SI1A 4DE8A 3IB2A 5I84A 3I3VA 4E0WA 3WAEA 3ZKKA 5HBCA 5A5XB 3K02A 5L9MA 2DOJA 1A7LA 5I2NB 3PMVA 2F5XA 4C0RA 3O9PA 3MPKA 5TU0A 4HTGA 3G3HA 3K0VA 3I5OA 2OLBA 4ZEKA 2XHDA 3MVZA 3O66A 4FEDA 5KCJA 3PV0E 4LZ8A 3MP6A 1ZMGA 1BKAA 3G7WA 1SW2A 1XS5A 3TFLA 5TP9B 4OERA 2O68A 3G3GA 1LBBA 3D4GA 1PB8A 3M8UA 4XIGQ 4TOZA 4OFJA 2H25A 3QSLA 3K1MA 4NEDA 4IO2A 3GBBA 3KJTA 5H8SA 2PBWA 2ZXTA 1EZOA 1LAHE 5DT6A 1ZIUA 2ZYNA 3OO7A 4ZEIA 1EU8A 3VE1B 3IO6A 4XKRA 3K6VA 2ESNA 4MLVA 2F36A 5ELVA 3IJXB 4BDMA 1MXXA 3SEUA 3CRBA 3OO8A 3THIA 2R9JA 3EHSA 2V84A 2XXYA 4NMYA 3TTNA 4H65A 3FGSA 3MWBA 1VE4A 1FCKA 2NOOA 1MPCA 3FXUA 1AIVA 3FVGA 3U94A 2PYYA 3T9HB 4ZEFA 4U4SA 3MVWA 2AL4A 1OVBA 3EHTA 5A5XA 3SEXA 1GGGA 1LFHA 3L6HA 4OMBA 5I2NA 3LSFB 3VLUA 5H8QB 3EN3A 4QFKA 1BIYA 4KR5A 2UXAA 1MQJA 3RN8A 1XHYA 4PFUA 1VR5A 3QIMA 3VXBA 5DTBA 5TP9A 1IQ7A 1WVJA 2G93A 2ABHA 1Y4CA 4RK9A 3PPQA 2DWJA 1MM7A 1SD3A 3R7XA 4DCYA 1NMUA 4ZE9A 2GHBA 4DDDA 2QL3A 2DE4A 2F7CA 2W7YA 3B7DA 4NWDA 4QFLA 1YTVA 2Q2CA 3LR1A 1TFDA 1URSA 4G8HA 4OESA 2XXVA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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