4DIGA

Crystal structure of c-lobe of bovine lactoferrin complexed with n-acetylmuramyl l-alanyl d-isoglutamine at 1.8 a resolution
Total Genus 115
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
115
sequence length
335
structure length
335
Chain Sequence
YTRVVWCAVGPEEQKKCQQWSQQSGQNVTCATASTTDDCIVLVLKGEADALNLDGGYIYTAGKCGLVPVLAENRKSSKHSSLDCVLRPTEGYLAVAVVKKANEGLTWNSLKDKKSCHTAVDRTAGWNIPMGLIVNQTGSCAFDEFFSQSCAPGADPKSRLCALCAGDDQGLDKCVPNSKEKYYGYTGAFRCLAEDVGDVAFVKNDTVWENTNGESTADWAKNLKREDFRLLCLDGTRKPVTEAQSCHLAVAPNHAVVSRSDRAAHVEQVLLHQQALFGKNGKNCPDKFCLFKSETKNLLFNDNTECLAKLGGRPTYEEYLGTEYVTAIANLKKCS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Crystal Structure of C-lobe of Bovine lactoferrin Complexed with N-acetylmuramyl l-alanyl d-isoglutamine at 1.8 A Resolution
rcsb
molecule keywords Lactotransferrin
molecule tags Hydrolase
total genus 115
structure length 335
sequence length 335
ec nomenclature ec 3.4.21.-:
pdb deposition date 2012-01-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4digA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4digA02
3PPPA 4RJZA 3OELA 4NF5B 1YCJA 1WDNA 1IITA 4ZEIA 2H25A 1O64A 1AMFA 3VE1B 4QSCA 2HZKA 4QHQA 4Q5TA 3B6TA 2VD2A 5DYHA 5I84A 1EH3A 5H8NA 3EHTA 5M2VA 3MP1A 1M5CA 1PB9A 3ECRA 4PFTA 3T9UA 1XHYA 5DEXB 2DE3A 4TLLB 1UIVA 3KSJA 2Q88A 2Y84A 4FIMA 2UVJA 4GL0A 3C32A 1NKXA 1EU8A 3K01A 5KZTA 4POXA 4EDPA 2QS1A 4GLIA 3AXFA 1J1NA 2F78A 4ELQA 4FECA 2YPNA 1Q1KA 1HSLA 3K00A 5DEXA 4NF8B 3OD7A 4R2BA 3P7IA 3O6IA 3UA8A 3D4GA 2X7QA 2XHDA 4IO3A 4M4GA 1UTHB 1H43A 2D5WA 3IL1B 5ELVA 3UGWA 4FJPA 2XX8A 3S9EA 4IO7A 2I4CA 1EZOA 1IEJA 4ZEBA 4KR5A 4GQOA 4NF8A 3VFJA 2AYSA 4H8JA 1RYOA 4ESWA 4KHZE 1B05A 3FIRA 1FQFA 2I0CA 1EZ9A 1FQDA 1MQGA 3U72A 2ESNA 4L17A 3MPLA 3GLBA 4OETA 3M8UA 1MQDA 3A09A 2XXWA 5DVFA 2Y7IA 1TWYA 3KEIA 2ZYOA 4FEDA 2AL4A 3LSFB 1Y1MA 1JQFA 4PFYA 4OYVA 4GXAA 5LOMA 2UVGA 3FJMA 2PYYA 3FVKA 4WKMA 4WXJA 2OLBA 3IJOB 2XXPA 4LP2B 3LSLA 3ILTB 1LCTA 1DTZA 2DWIA 4QRZA 1A99A 3TTKA 3IJXB 3R26A 5H8QA 2ZNSA 1FQEA 4IO6A 4OFJA 5FHOA 5DT6A 4QFPA 2F7AA 2FA7A 3DLNA 1A54A 2QSXA 3TPAA 4NMYA 1KWHA 2I6EA 5AE4A 5DVIA 1OQGA 3S9NC 3RUMA 3FV1A 4NF6A 4JWXA 2IEEA 1JVYA 4I8CA 3R6UA 4AB5A 5CBRA 4ZECA 2Y7PA 2B65A 5L8DA 5ITOA 3ZS6A 4AB6A 3TTLA 3T93B 1B5IA 1URDA 3KSXA 1B3FA 3A3UA 2Z8FA 3MAMA 2NWJA 4F3PA 3USDA 4ONYA 3KJ7A 1B9JA 1MDP1 4EXLA 5I2KB 3BKIB 4OWDA 4P11A 1R9QA 3EQ1A 4GWOA 2HAUA 4R74A 3JZJA 4LA9A 1NL5A 4R9GA 2WKYA 3K6VA 3B7DA 4JWOA 3QYTA 1A7LA 3ZKLA 3EF7A 3KFMA 3OMBA 3H06B 5I2KA 4M1VA 1ZJLA 3KN8A 2Y7RA 4PQJA 4KD5A 1B4ZA 3CRBA 1FQBA 3B6WA 3OENA 2THIA 1US5A 2QMXA 3RPWA 3KN3A 3PUZE 1LBCA 3SEXA 4JWYA 2B3BA 4LZ8A 4MF3A 3BBRA 5I59B 3VVEA 4YKKA 3SETA 4OEUA 5AA2A 3MVWA 4MH5A 4YICA 1N7WA 1HSEA 1DTGA 1FCKA 3PMVA 1B3GA 4O3BA 3H7MA 3UIFA 3IX1A 2I3WA 3FJGA 2NOOA 4FE8A 1QUKA 4OFOA 2A5TA 1XS5A 2REGA 5KCJB 3MC2A 1ZU0A 4F31B 3K1PA 5TP9A 3HHFA 1MS7A 2ZNTA 3HN0A 3OO6A 3G3GA 3IK6B 3TQWA 1DMBA 2DE2A 5AA4A 4NE4A 3OO9A 2R6GE 1B7UA 1SDXA 3GBBA 1MY2A 2XXRA 2ABHA 2XD3A 4GF8A 2ALUA 3IOVA 3U1OA 1AL3A 2DWJA 4IY5A 4EQ7A 1QVSA 4ZZAA 2OK2A 2DWAA 3LSWA 3Q26A 4LATA 4HCWA 4IB2A 1P1OA 4OEVA 4Q8RA 3VDFA 2XXUA 4KPTA 3PUVE 3N5LA 1ZIUA 5CC2A 5H8SA 2PBWA 4UA8A 3KOSA 4N13A 1SQYA 3E9XA 2XXYA 4X1BA 2F7CA 4KYEA 3ZSFA 4U2RA 4XKPA 3H6WA 4ESXA 3PPOA 5TU0A 2OWTA 3K6XA 1IXGA 4Q30B 2I58A 4U1ZA 3TCHA 5CMKA 2OWSA 1Z7ME 4H5FA 4ZE8A 2BJJX 3TKDA 3H6UA 3QIMA 4IGRA 4KCCA 3FV2A 2XX9A 4ZS9A 1GGGA 1MXYA 1POTA 3MPKA 4ND9A 4KYSA 2D21A 2RCAA 2ONKE 2UVIA 1Y3QA 4PFWA 3KJTA 3K1MA 4YKJA 3MWBA 5CMCA 1EZPA 2G29A 3OEMA 4RPNA 4YMAA 3MZ9A 4X48A 3K1NA 1GTKA 4G8HA 1MY1A 3UN6A 4NWDA 1SW4A 5H8NB 4C1TA 4JBZA 1IXCA 3O6HA 1USYH 4N07A 4DXCA 5F7VA 3TFLA 5I56B 2O84X 1UIUA 2R9JA 1ZKBA 2F6GA 1R1NA 2DQVA 2ONSA 4OZ9A 1USYE 1SD3A 1B1HA 2YLNA 4OESA 1P1UA 2QS3A 4PFUA 4G4PA 5CI5A 3I5OA 2XXTA 4X9TA 3TTMA 2QS2A 3S9MC 1B46A 3M3FA 5JK4A 4RYAA 4E0WA 3O6GA 4R9FA 2PT1A 1Y20A 3N6UA 5I56A 5J1DA 1FTLA 4DXUA 3Q27A 5DTBA 4RPOA 2Z22A 1SYHA 2VOZA 1MQHA 3MJNA 5ICTA 1S9TA 4GOTA 1JETA 5FHMA 1B32A 4XTCQ 2DP8A 2ANJA 4NTLA 2UXAA 1OMPA 4K3FA 2GFEA 4FEBA 3U94A 4RA1A 3KG2A 1MXWA 3VV5A 2GHBA 1CB6A 4DE8A 1D3KA 1B5HA 3H6TA 1B6HA 1M5DA 4E0XA 2VD3A 2D3IA 5ICQA 3H3GA 1POY1 4EF2A 3QUFA 4H6DA 1B0LA 4ISUA 2HEUA 2UYEA 2X26A 3OOAA 1LFHA 1WODA 5I57B 5KDTA 2ZMBA 2ZXTA 3HO7A 4JDFA 1JEUA 4H5GA 3S2VA 4HCYA 2Q2CA 3ODBA 2HXWA 4LQ2A 3BFTA 1QUJA 1SYIA 2Q9TA 2Q2AA 3L6GA 5I57A 2V3TA 1N76A 1LSTA 5H8QB 3CR9A 1FTMA 3TQLA 1SVXB 3EHSA 1UTBA 4C1UA 4X1DA 4ELOA 2I48A 3K0VA 1XOCA 1FQAA 3FZVA 3PUWE 4YU0A 4H1XA 4O3AA 2DVCA 4R6YA 4F29A 1MPDA 3DP4A 1JEVA 5TPAB 2ONRA 3FGSA 1XC1A 1M5EA 1GV8A 4XKNA 3M3KA 1MY0A 2A5SA 4GL8A 3PMXA 4NF6B 4IO2A 3SEYA 4HTGA 3T22A 1OVBA 1MY4A 2VHAA 4QSEA 1BP5A 3SEVA 4DZ1A 1MXXA 3KBRA 5TPAA 4F2QA 3VVDA 2DSFA 2W7YA 2QMWA 1NNFA 1XT8A 5K2YA 2I49A 3RTFB 3SESA 3EN3A 1B7HA 2ZYKA 4BDOA 2DVZA 4UACA 3FVOA 3SKPA 3D4CA 4JSOA 1VR5A 1NNKA 3S4UA 1LLSA 1XVYA 1N84A 3K6UA 1JW1A 1JW4A 4OENA 3C35A 4GXSB 3KOTA 4EXKA 4IGTA 2H4IA 3C4MA 2F34A 2F5XA 1QULA 2G93A 4PE5B 5BUUA 5ISUA 4POWA 3MW0A 3FVGA 4NF4A 4F2OA 3TMGA 3PPRA 2GRVA 4GRKA 1B2HA 3TDJA 2CMOA 1PEBA 1P1NA 3R7XA 3IOUA 4DCYA 3RNNA 4BDMA 4ZE9A 3T66A 3IB1A 3T96B 1BLFA 3G3IA 4EQBA 4OHNA 5JTYA 3L6HA 3V83A 1Y4CA 4G8MA 3CSGA 5AA2B 3V5AA 3K4UA 1YAEA 3JYRA 3N94A 4R75A 4YB6A 1P99A 5BWJA 1H45A 3OEKA 4H8IA 3MBPA 3T9XB 5ITPA 2QS4A 1VSOA 1Q35A 2A5TB 4KYDA 3KGCA 1LGBC 4ELPA 4ZDMA 4BLAA 3HPIA 4MFIA 1PC3A 4GVOA 5TP9B 4F18A 1MH4A 4XXUA 3PV0E 5CM6A 4I9DA 4G68A 5AA4B 3IO4A 4IY6A 1WVJA 4QFLA 4JSDA 3G3KA 3E13X 3LR1A 2OBGA 4R73A 3DP8A 3RLFE 2O1MA 1D4NA 3WAEA 2DS9A 5L9MA 3EPEA 3O2AA 4F1VA 4DCXA 4F3GA 2RINA 1LCFA 3FUZA 1D9YA 4KI0E 3SDFA 3V8XB 3OSRA 2B3FA 5EYFA 4MLQA 1BIYA 1ATGA 1YTVA 3UORA 2H98A 3FVNA 2ZYNA 1I6AA 1PB8A 1A55A 3IOWA 3PU5A 1ZTYA 3UK4A 1Z7NE 3CG1A 3N26A 4R72A 3TCFA 5A5XB 2FYIA 1SW1A 4IO4A 4LUBA 3TTRA 1H76A 1R9LA 4DXBA 3T9HB 2REJA 5H8HA 2PMSA 3BFUA 4G8NA 1TXFA 5HBCA 1B4HA 1IIWA 1XVXA 3CSBA 1NH7A 2RKMA 5L9OA 3FD3A 4U1OA 4WEDA 5HPQA 1IUDA 1SI0A 2O7UA 2H5YA 4EQ9A 5A5XA 4PETA 3IR1A 2UVHA 4U21A 2HAVA 5IAIA 4KQPA 3RT8A 1Y9UA 2HZLA 1PBPA 5B70A 1Y1ZA 4RY1A 1QKBA 4LZ7A 1MY3A 4QFNA 4MBPA 2H99A 3LUYA 3CIJA 3VXBA 4BDLA 4OVJA 3F11A 1LBBA 4RK9A 4LQ5A 4NWCA 5IKBA 3GBAA 3TAJA 4F3BA 1NNPA 1M5BA 1MG1A 1B40A 4HS7A 4OXVA 4ECFA 4HW8A 1B52A 1RYXA 4BDRA 1FTOA 3OO7A 1AH5A 1T0KA 2XXXA 3MVYA 3IB0A 1TT1A 2OZZA 3KZGA 4YKIA 3C33A 1GVCA 3VVFA 2Q89A 4H65A 3RY3A 3TCGA 4QFOA 1OQHA 2XXVA 4G77A 3FJ7A 5FTIA 2AL5A 3VLUA 4ZEDA 1IZ1A 4TOZA 2DXRA 1OIBA 4RXLA 4F22A 5H8FB 1I6BA 1N3WA 4DDDA 4WEPA 2O68A 3O28A 1DPEA 1QJMA 4GFRA 3LSXA 3HV1A 1VFDA 2RC9A 1N04A 2V3QA 2Q8JA 2F6PA 2ZNUA 3TYHA 3U92A 1N0TA 4OTEA 1H3DA 4DLDA 2E1SA 4NF5A 4EF1A 3UP9A 1ELJA 1YPNA 4YZZA 4OQOA 2OCUA 1P1QA 5KDTB 5H8FA 3C34A 1B3LA 2F35A 2FNCA 2P1SA 4LONB 3G7WA 1CE2A 3WAFA 3Q25A 3A3CA 4IO5A 4OFLA 1MDQA 3CVGA 1DOTA 2O51A 4AQ4A 1DPPA 1B5JA 1US4A 3ZKKA 4H67A 2DWHA 1QUIA 5AA1A 1SI1A 2QL3A 1QKAA 2Z23A 5F1QA 1B1XA 1B3EA 3PUXE 3QXMA 3MVXA 4LVQA 1M5FA 1UTBB 1S50A 1L5TA 4YMBA 1B3HA 2V84A 2F97A 1F9BA 5HM4B 5JEIA 2LAOA 3QK6A 1MM6A 4G68C 1LB9A 1UTHA 4YAHX 1VFEA 3LBSA 3OXNA 2P0SA 2V3UA 1MXVA 3Q28A 4NEDA 1R6ZA 3MZ1A 3DP6A 2QJEA 1B58A 2GH9A 3MQ9A 3IAZA 4RK2A 4ZEFA 3GZGA 4QSDA 1DSNA 3THIA 4XKQA 3V89B 3H4ZA 5I2NB 4F3SA 4Z0IA 1URGA 2AIXA 2KLFA 1MPBA 2HQ0A 2NVUB 3G3JA 3H6VA 2DYXA 4F1UA 3QAXA 3DELB 3C31A 4F19A 1B0HA 3HCQA 2YJPA 2RCBA 3O97A 1H44A 4U22A 2O6AA 2Z8EA 4QFKA 2O69A 3CFXA 1JW5A 5I2NA 3CI8A 4FORA 1SW5A 1IQ7A 4Z7EA 2DOJA 3C36A 4YB5A 1JNFA 2I0BA 4TQUQ 1I6QA 2VGQA 3RGYA 1I69A 2DXYA 1AOVA 2XX7A 4G2ZA 2XXHA 4BDQA 3ILUB 1O63A 2X7PA 3CFZA 1MQJA 4NF4B 1VE4A 5FHNA 1LAFE 3TUSA 3JV9A 2V93A 4R6HA 3IO6A 4KCDA 3FXQA 1II5A 4QF9A 3W9WA 1TFAA 1FW0A 3VLVA 3FXUA 3PPQA 3U93A 1LB8A 3PD9A 3HSTA 5JTYB 3MP6A 2F7BA 4LZ5A 5AA3A 3ONMA 2HCAA 4OMBA 2Z8DA 4P0GA 1GR2A 3Q29A 3O66A 4XKRA 1O7TA 5EHMA 3SERA 1ZBMA 1BTJA 5I58B 3MVZA 3SEUA 4DIGA 1FTJA 3H03A 5B7DA 1ZLQA 5FTHA 3TEPA 4U23A 2OJTA 1NFTA 3VXCA 1BKAA 1IXHA 1RKMA 1N3XA 3MUQA 3TTNA 4MLVA 1TFDA 1IXIA 4G68B 2F36A 4H0WA 1MXZA 3E3KA 2HFBA 5I58A 5L9SA 3GXAA 4R6KA 3FXRA 1PB7A 4O3CA 2CZLA 2O1LA 1SBPA 1MRPA 4YB7A 1JVXA 4Q0CA 2XXIA 1QW0A 5EHSA 1URSA 3CG3A 1B7ZA 4GD5A 4R2FA 3G3HA 3OO8A 1MH3A 1Y3NA 1ZMGA 3TODA 3B6QA 4KFQA 5K2XA 1FQCA 1MQIA 2Y7WA 2GHAA 3S9LC 2PVUA 4ZZEA 4OERA 4JB7A 1LFGA 2Y7KA 3C9HA 1B51A 1OVTA 2QRYA 4GIZA 1Y4TA 1OLAA 3QSLA 4F39A 3VLWA 4F1YA 5I59A 3PGFA 2UYFA 2NUVA 1LAGE 1LAXA 3TELA 4THIA 1OLCA 1LAHE 1SW2A 2DE4A 5H8HB 2ZYMA 2E0SA 3W9VA 1PDAA 4FATA 3K6WA 1FTKA 1PBQA 3E4RA 1MM7A 1NMUA 2VP1A 5CBSA 3IB2A 4ZEKA 2P2AA 4U4SA 3K2DA 3MP8A 1S7YA 3G3FA 3RQTA 3PD8A 5DVJA 1LFIA 4PP0A 4BDNA 5KCJA 2RC7A 4JXIA 4EUOA 4P0IA 3MZBA 3DM0A 4FAJA 1HSJA 3RN8A 2RF1A 3PMWA 3KN7A 1P1WA 2I4BA 1NH8A 2PT2A 1ANFA 3U8QA 3I6VA 5CMMA 4ELRA 3IORA 4YKPA 1N7XA 4RNSA 3PUYE 2XD2A 1NNTA 3FATA 4TLMB 3CFLA 3SEWA 5AA2D 3LC8A 4C0RA 2F8DA 4N6PA 5CRYA 2XXQA 5CMBA 3HHGA 3W15C 2V25A 3T9VA 2I3VA 2QPQA 3I3VA 3IOTA 2RC8A 4U4XA 2NXOA 3EHUA 1A40A 1UQWA 3RT6B 1A8FA 3OSQA 3K02A 3TZAA 2H9BA 4I1DA 3O29A 2M8CA 3QUJA 1MPCA 3O9PA 4I62A 2O7IA 3M3LA 3N6TA 3PPNA 2IA4A 3FASA 2PX1A 1A8EA 2R71A 1MXUA 3RTWB 1Y3PA 4XIGQ 1AIVA 1D9VA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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