4EDPA

1.85 angstrom resolution crystal structure of an abc transporter from clostridium perfringens atcc 13124
Total Genus 116
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
116
sequence length
316
structure length
316
Chain Sequence
KLVVSTWGLNEDVLKETVFEPFAKEHGVEIVLDIGNNSERLTKMKNNPNSQIDITYLAESFAEQGVEAGIFDKLDYSKIPNASEMNEKAKSTVEAGYGPAYTLNSIGIVVDPSAGIEINSWEDLWKPELKNKIAIPDITTTNGPAMVEIAAEKAGVDVKTDNGEAAFKELEALKPNVVKTYSKSSDLANMFSNGEIVAAVASDFAFGTISKAKPEVINVIPESGTYLNFNTININKNSKNKDLAYEFINYALSKEVQEKTAKALNESPVNKEVKLSEEETKNLTYGPVVDNAKVIDFKFVNSVMDQWVNNWNRIMN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title 1.85 Angstrom resolution crystal structure of an ABC transporter from Clostridium perfringens ATCC 13124
rcsb
molecule keywords ABC transporter, substrate-binding protein
molecule tags Transport protein
source organism Clostridium perfringens
total genus 116
structure length 316
sequence length 316
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-03-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13416 SBP_bac_8 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4edpA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4edpA01
4ZEDA 2Q2AA 3ECRA 3PUYE 3OSQA 4IO3A 3UN6A 5CI5A 1A8EA 3LC8A 3QYTA 2Z8FA 3TQLA 3PPQA 5FHMA 3I3VA 4YB7A 2NOOA 3B6QA 4Q5TA 2HQ0A 2QMXA 4X1BA 1EH3A 1R9LA 1URDA 2HZLA 4YMBA 3TQWA 3R7XA 3WAFA 2O51A 4OMBA 4IY5A 5BUUA 3C33A 1H43A 4BDRA 3TCHA 5ITOA 4ZS9A 2V93A 2Q2CA 4YZZA 2PVUA 4GL0A 1WVJA 4F3PA 2GH9A 4OYVA 3Q28A 2Q89A 3KSJA 4IO7A 5FTHA 2OK2A 4KYSA 4IO2A 1DMBA 1VFDA 2BJJX 3SERA 4IO5A 1RYXA 3MUQA 3MC2A 4DLDA 4F2OA 1B32A 4WXJA 4JWYA 2Q8JA 3THIA 1US4A 4GVOA 2PYYA 2REJA 1MH3A 2PT2A 4IGTA 1MY1A 2DOJA 3PMVA 2Z23A 3OEKA 4YB6A 4LP2B 2HXWA 4G68B 2A5SA 1NH8A 1PBPA 3TTKA 3FJ7A 2GHAA 2ONRA 5FHOA 2ESNA 1JNFA 3UGWA 3O6HA 2W7YA 2RKMA 4G68C 1US5A 1URSA 2QS3A 3N5LA 1B58A 4OETA 3V89B 2R6GE 2ZMBA 4DXUA 2YPNA 1XT8A 4NF5B 5I59B 2HFBA 3U72A 3IOWA 3MBPA 1SYHA 1B0LA 5CRYA 1Y3PA 2Y7IA 2V84A 2O84X 3H6TA 3OO7A 1FTOA 4EDPA 2XXHA 1XC1A 4OVJA 2X7QA 4C1TA 2I48A 3MVWA 1USYH 2ALUA 4PP0A 1SI1A 3EQ1A 1YAEA 4H67A 2DWAA 2F7AA 3S9MC 1H3DA 4ZEKA 2HCAA 4M1VA 2Y7PA 5AA4B 2OZZA 1Y3QA 5I58B 3L6GA 2ZYNA 3VDFA 5I57B 4EUOA 1MY3A 2X7PA 4ESWA 2E0SA 2G93A 3IAZA 4EF2A 4ESXA 4DDDA 4FECA 1H44A 4NF8A 2FNCA 5FHNA 4KFQA 4R9FA 4ELOA 3LSWA 4FJPA 4H8IA 3E4RA 2XXUA 3PD9A 1WODA 4XXUA 1N3WA 1IXIA 2DVCA 2P1SA 4GXAA 4PETA 3D4GA 1B46A 2D5WA 2PMSA 3E9XA 1SD3A 4ELQA 2XXVA 3DM0A 4MH5A 3TTLA 3IJOB 1ZBMA 3TAJA 3DP6A 1J1NA 5KDTA 4R6YA 2E1SA 2DXRA 5JTYB 1KWHA 4JB7A 5TPAA 3SEYA 1TFAA 1R9QA 3T66A 5ISUA 4R6KA 2NXOA 4JSDA 3TODA 2I3VA 4ZDMA 1IITA 1B05A 4GXSB 3M3KA 1FTKA 4EF1A 3B6WA 2XD2A 4ND9A 3USDA 1IQ7A 2O7IA 1VFEA 3B7DA 4KQPA 2D21A 3TUSA 3G3IA 2XX9A 3FV2A 2F35A 1YPNA 1SQYA 2DSFA 5LOMA 5JEIA 4NF6B 5F7VA 3BFTA 2NUVA 1B6HA 3TCFA 1OLAA 4GF8A 3RNNA 3IOUA 2DWIA 4RJZA 1B3FA 4LZ8A 1GVCA 3TPAA 4FATA 1BLFA 3M3FA 4QSCA 3LUYA 2DE2A 1Y4CA 3BFUA 4F3BA 3CG3A 4FORA 3N6TA 2F5XA 4QRZA 4FAJA 2O68A 4FIMA 1B7HA 3PMWA 3SEVA 3MVZA 3VVDA 3O6GA 5TP9A 2XXQA 3HO7A 1ZIUA 1ZU0A 3A3CA 3PUVE 4KCDA 1SW4A 2ZNUA 2Z8DA 3AXFA 4GQOA 2B65A 1JW4A 1UTBA 3VLVA 2YJPA 1D9VA 1GV8A 5B7DA 4LQ5A 1N84A 1AIVA 3CFLA 5CBRA 5ITPA 5H8FB 1NL5A 2F8DA 1DTGA 4G4PA 2H99A 4NMYA 1N0TA 3OELA 4TLLB 1GGGA 4MLQA 5AA2A 4N13A 5CMBA 1IEJA 4QSDA 3OO8A 2XXIA 1TFDA 1T0KA 5TP9B 4FEBA 3Q26A 1ATGA 4KD5A 1HSEA 4PQJA 3E3KA 4GL8A 3CSGA 4ONYA 4G8MA 4EQBA 2XXPA 1FTMA 3G3GA 1MQIA 4JWXA 4MFIA 2M8CA 2NWJA 4WKMA 2H4IA 1UTBB 1NKXA 4OHNA 4N6PA 4PFYA 2HZKA 3FASA 1FW0A 4I9DA 1UIVA 4BDQA 3H6VA 4YAHX 1O63A 4UA8A 1I6BA 3TELA 4YKJA 1B3LA 3MVYA 5L9SA 4KPTA 4U21A 2XXXA 1LB8A 2F6PA 3KSXA 3LSLA 1NFTA 3OEMA 3S9EA 1LBBA 3T9UA 1FQBA 2R9JA 3K6XA 1N04A 1A99A 4GIZA 4RA1A 3U93A 2RC9A 1S7YA 3LR1A 1H45A 3OSRA 4NTLA 1I6AA 4JSOA 1HSJA 3QSLA 4FE8A 4I8CA 1B0HA 3UP9A 5TU0A 5EYFA 3G3FA 3N94A 3Q29A 2VD2A 3R26A 1R1NA 4U2RA 1LFGA 4G68A 4NWDA 1USYE 3H6UA 3G7WA 3FZVA 3MP1A 4YMAA 3K1MA 3PMXA 2O1MA 4G8NA 4THIA 4KCCA 3GLBA 2QL3A 1R6ZA 4DIGA 1GR2A 4H5FA 1VR5A 4GOTA 3G3JA 3K2DA 3MP8A 2UVHA 2RCBA 3KOSA 1MPBA 4NF5A 1OLCA 4ECFA 5I59A 4F1UA 5JK4A 1BP5A 3PUWE 1M5BA 2DVZA 3C34A 4LVQA 4YKIA 1B2HA 1L5TA 1VSOA 1MPDA 5L9OA 3MPLA 1IIWA 3N26A 3RQTA 3K4UA 3FD3A 3KG2A 4TLMB 4P0IA 3OOAA 4QFOA 2OWSA 2PX1A 2HAVA 1NNPA 3MAMA 1UTHA 3FXRA 5H8NB 5EHSA 3CVGA 1B40A 3ONMA 4U1OA 1S9TA 5H8HB 3UK4A 3RT6B 4QHQA 4AB5A 1SW1A 3MJNA 5AA4A 1NNTA 4GWOA 5I58A 1B5HA 3Q27A 3KZGA 5I57A 4DCXA 3SETA 3TEPA 4R72A 2ABHA 5M2VA 4F31B 3KBRA 3QXMA 4U23A 1SDXA 3TFLA 3HPIA 4BDLA 1NMUA 3VFJA 1BTJA 3P7IA 4IO6A 2P2AA 4Q0CA 2Q88A 1OIBA 3CIJA 3MVXA 5I2KB 1UIUA 4F3GA 3KN3A 2ZNTA 1Y9UA 1YCJA 2QPQA 3W15C 1POY1 1UTHB 2XX8A 1Z7ME 3S2VA 3K6VA 3FJMA 3RPWA 3QAXA 5EHMA 1ZJLA 1HSLA 3K0VA 3D4CA 1MPCA 1NNFA 2XD3A 5DVIA 5JTYA 3W9VA 3PPOA 1LB9A 2DP8A 3BBRA 4DXBA 2F7BA 1ZTYA 4RPOA 3C32A 1MXUA 4H65A 2VP1A 3TDJA 1MXXA 4OTEA 5I56A 1MY4A 3T96B 4DCYA 3IO6A 1Y1MA 3PD8A 3M8UA 4YICA 1B7UA 2YLNA 1IXCA 2NVUB 4FEDA 1FTJA 3T93B 3C35A 3N6UA 2VOZA 5K2YA 5H8QB 3O97A 3IB0A 5IKBA 4EQ7A 2HEUA 1IZ1A 3FV1A 1MY2A 4NF6A 5K2XA 2XXRA 2D3IA 1XS5A 1MQDA 1P1NA 2A5TB 3MP6A 4RXLA 2LAOA 3PUZE 1DTZA 2Z8EA 1LCTA 4PFUA 2F97A 2DS9A 3ZS6A 4KHZE 2V3UA 2XXYA 4IO4A 1QVSA 2PT1A 1B3EA 2UYFA 5KCJB 1IXGA 3L6HA 4GD5A 2Y7KA 1I69A 5I56B 4NE4A 3U8QA 3FIRA 3KN7A 2I58A 4OZ9A 2DYXA 2G29A 3HSTA 3H06B 5CMKA 2F7CA 3RUMA 4JWOA 3SDFA 1NH7A 5CC2A 2X26A 2Z22A 4QFNA 1LAGE 3VXBA 1MG1A 1MXVA 1MXWA 2GHBA 3ZKLA 1A54A 1P1WA 4ZECA 3TTRA 1UQWA 1A40A 4LUBA 2F6GA 4WEDA 1OVTA 1SW2A 2I3WA 4O3CA 1PB7A 5AA1A 4F1VA 3O9PA 1A7LA 3G3KA 4KYDA 3IB2A 3IL1B 1P1QA 3F11A 5H8FA 3IORA 5CM6A 5IAIA 3C36A 2FA7A 3FXUA 5CMCA 5DEXB 4ZEBA 3EF7A 3CFXA 4XKNA 4U4SA 3CG1A 2O69A 5HM4B 4EXKA 3IR1A 3O66A 1N7XA 3PPNA 4AQ4A 2KLFA 1B4HA 4LATA 3EHSA 3FVOA 1URGA 2DWHA 2OJTA 1MXZA 4MF3A 1LSTA 3JYRA 1TXFA 3DELB 4MLVA 5F1QA 3MZBA 5DT6A 3HHFA 1FQAA 5L9MA 2UVIA 1B52A 2H25A 1TWYA 4Z7EA 4X48A 1P1UA 1LCFA 4OFLA 1ZLQA 4U4XA 3C4MA 3KGCA 3I6VA 1B5IA 3ZSFA 5J1DA 5BWJA 3IOVA 1MDP1 3TTNA 1M5DA 3H4ZA 2QS1A 4HCWA 1TT1A 4QF9A 1LFHA 1XVYA 3TKDA 3RT8A 4G77A 3MW0A 1JVXA 1MM7A 2V25A 2IEEA 1ANFA 4OFOA 2UVJA 4OQOA 1JQFA 1MM6A 3FJGA 4U22A 1ZMGA 4F3SA 2DQVA 2AYSA 1LGBC 5B70A 4MBPA 4C0RA 4QSEA 1GTKA 3T9XB 1XHYA 3O6IA 4XTCQ 2I6EA 3VV5A 5DVJA 4ZE9A 4G2ZA 4OESA 1PB8A 1A55A 1RYOA 4DXCA 1EZPA 3JZJA 1JW5A 5ICQA 3EHTA 4R2FA 1FQDA 3VXCA 4H5GA 2Y7RA 3KN8A 2RCAA 1PB9A 2ONKE 3EPEA 4BLAA 4YB5A 1B7ZA 2Q9TA 1DOTA 2Y84A 3CSBA 3VLWA 5DVFA 1Y20A 2QMWA 1Y4TA 4TOZA 2P0SA 4LONB 4NF4B 4PE5B 3LBSA 3M3LA 4JXIA 4ZZEA 3GXAA 5CBSA 3OENA 1QW0A 4YU0A 3CI8A 1EZOA 2ZYKA 3UIFA 4R74A 4XKQA 1MDQA 2CMOA 5I2NB 4BDNA 3Q25A 1SI0A 1M5EA 1IUDA 5H8NA 1DPEA 5A5XB 3K6UA 3W9WA 4DE8A 5H8HA 3EN3A 4RK9A 1OMPA 3OMBA 3K02A 2Y7WA 1N7WA 2WKYA 1QUJA 1OQHA 2F78A 3K1PA 4E0WA 4LA9A 1POTA 3ODBA 1OVBA 4IGRA 1S50A 4U1ZA 3CFZA 1FCKA 4F22A 4R2BA 1MXYA 2CZLA 4LZ5A 1MH4A 3RGYA 1N76A 1Z7NE 2OWTA 1LFIA 2QSXA 5I2KA 4XKRA 4RNSA 4X1DA 3RY3A 3S9NC 5L8DA 1XVXA 4F19A 5H8SA 3ILUB 1P1OA 1SBPA 2QS4A 5AA2D 2VGQA 3TCGA 3HCQA 3SESA 1Q35A 3DP4A 2QRYA 3U92A 1QUIA 4YKKA 1QULA 2GFEA 4N07A 2XX7A 2ONSA 2PBWA 3KJ7A 1SW5A 4XIGQ 3G3HA 3TZAA 2I4BA 4ZE8A 3UA8A 3H6WA 4QFLA 1FTLA 5HPQA 1B3GA 1MQJA 3EHUA 2AIXA 1BIYA 4O3BA 1H76A 3UORA 1SVXB 2DE3A 3R6UA 5I84A 1MQGA 4F1YA 4HTGA 3FATA 3U94A 3K1NA 3PV0E 4QFPA 4NEDA 4F18A 5H8QA 4ZEIA 2OCUA 2I0CA 4IY6A 1B1HA 3S9LC 2I4CA 4O3AA 1JW1A 1AMFA 2ANJA 2A5TA 5ELVA 1B4ZA 5DYHA 2OBGA 4IB2A 1M5CA 4WEPA 1QKAA 4HCYA 4L17A 4M4GA 3RTWB 3PUXE 4PFWA 5KCJA 1FQFA 2B3FA 1B3HA 4GLIA 2ZYMA 4EXLA 4P11A 1B1XA 3HHGA 4ELPA 4Q8RA 1EZ9A 4R6HA 4UACA 3OXNA 3K6WA 3FVNA 4KI0E 5DTBA 4K3FA 3FVKA 4C1UA 3RN8A 1LAFE 2DE4A 3KEIA 1LAXA 2DWJA 3TMGA 4POXA 4ZEFA 4EQ9A 1N3XA 4POWA 3TYHA 3MPKA 1PDAA 3FGSA 2O1LA 2VHAA 2XXWA 1DSNA 4H0WA 4NWCA 2ZXTA 4RPNA 1D9YA 3K01A 1A8FA 1LAHE 2QJEA 4AB6A 4JDFA 3SEWA 1VE4A 1RKMA 3SKPA 4R75A 4X9TA 2I0BA 3QIMA 1AOVA 3IOTA 1NNKA 2UVGA 1MS7A 3U1OA 3PPPA 5FTIA 2FYIA 1JEUA 3FVGA 5DEXA 2IA4A 1CB6A 2UXAA 1FQEA 4P0GA 1O64A 2H98A 5AE4A 1PC3A 3O29A 4DZ1A 4NF8B 3HN0A 2XXTA 1O7TA 3GBBA 1ELJA 4R9GA 2XHDA 3JV9A 3KJTA 3PPRA 3SEXA 2QS2A 1CE2A 3KOTA 4F29A 3PGFA 3IB1A 3DP8A 3VLUA 4H1XA 2HAUA 1B5JA 5HBCA 4YKPA 2ZNSA 3O2AA 4OWDA 4RY1A 3VVEA 5ICTA 1YTVA 3LSXA 2F34A 5KDTB 4ZZAA 3B6TA 3CR9A 4KR5A 3LSFB 5TPAB 1EU8A 3H3GA 4JBZA 5KZTA 2REGA 1D3KA 4I1DA 3PU5A 3O28A 2ZYOA 4GRKA 3K00A 2RINA 3IO4A 3KFMA 3IK6B 3C31A 4H8JA 2AL4A 3A09A 4LZ7A 4ELRA 1FQCA 4OFJA 4OENA 3C9HA 1XOCA 3E13X 2O6AA 3MQ9A 1I6QA 2I49A 1BKAA 1IXHA 3IX1A 4LQ2A 3H7MA 3QK6A 1B51A 3IJXB 3FXQA 4F39A 1ZKBA 3H03A 4F2QA 2RC8A 1PBQA 4HS7A 3RLFE 3MWBA 3FUZA 3RTFB 2VD3A 2B3BA 3ILTB 3I5OA 3TTMA 2H5YA 4BDMA 3T9VA 1QJMA 4RYAA 4Q30B 2UYEA 1SYIA 3T9HB 3ZKKA 4HW8A 1II5A 4Z0IA 1Y3NA 3GZGA 4OEVA 4XKPA 4RK2A 4TQUQ 3WAEA 1Y1ZA 1LBCA 1QUKA 1DPPA 5AA3A 1MY0A 3T22A 2DXYA 4NF4A 3HV1A 2O7UA 1MQHA 4OEUA 4ISUA 3VVFA 4OERA 2V3QA 3OO9A 3OO6A 1MRPA 3QUJA 4GFRA 4OXVA 3VE1B 3A3UA 5I2NA 2GRVA 1P99A 2RC7A 1F9BA 3S4UA 2F36A 3V83A 4E0XA 5CMMA 5A5XA 1JETA 1D4NA 1JEVA 1OQGA 4QFKA 3BKIB 3DLNA 4BDOA 3OD7A 4G8HA 1AH5A 1Q1KA 1PEBA 2H9BA 4KYEA 3V5AA 4H6DA 2AL5A 1B9JA 4PFTA 2OLBA 3QUFA 4R73A 1M5FA 3MZ1A 3SEUA 2THIA 5AA2B 1QKBA 2V3TA 3V8XB 1AL3A 3GBAA 3MZ9A 1WDNA 1LLSA 4I62A 2R71A 2RF1A 3CRBA 1JVYA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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