4EF1A

Crystal structure of a pheromone cob1 precursor/lipoprotein, yaec family (ef2496) from enterococcus faecalis v583 at 1.90 a resolution
Total Genus 74
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
74
sequence length
245
structure length
245
Chain Sequence
DDSVLKVGASPVPHAEILEHVKPLLEKEGVKLEVTTYTDYVLPNKALESGDIDANYFQHVPFFNEAVKENDYDFVNAGAIHLEPVGLYSKKYKSLQEIPDGSTIYVSSSVSDWPRVLTILEDAGLITLKEGVDRTTATFDDIDKNTKKLKFNHESDPAIMTTLYDNEEGAAVLINSNFAVDQGLNPKKDAIALEKESSPYANIIAVRKEDENNENVKKLVKVLRSKEVQDWITKKWNGAIVPVNEM
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of a pheromone cOB1 precursor/lipoprotein, YaeC family (EF2496) from Enterococcus faecalis V583 at 1.90 A resolution
rcsb
molecule tags Methionine-binding protein
source organism Enterococcus faecalis
molecule keywords Pheromone cOB1/lipoprotein, YaeC family
total genus 74
structure length 245
sequence length 245
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-03-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03180 Lipoprotein_9 NLPA lipoprotein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4ef1A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4ef1A02
1MH4A 3SEYA 2PX1A 1M5CA 4NF6B 3K6VA 2Z22A 3IL1B 1BTJA 2F34A 2OLBA 5I2NA 3O2AA 4ZS9A 3MBPA 4RYAA 2UVJA 4H8JA 1MXZA 5IKBA 5CC2A 3CIJA 3A09A 1ZU0A 1Z7ME 4G68C 1B1XA 5TU0A 1M5DA 3EN3A 1TWYA 4JWOA 2HZKA 3N5LA 1JVYA 1B58A 2Z8DA 1EH3A 3LUYA 4OEUA 4IO4A 4QSCA 4FIMA 5DVJA 3B7DA 4R72A 2VP1A 4X1DA 1B7UA 4JSOA 3OENA 2I58A 1US5A 1NH8A 3U1OA 4JWYA 3S9NC 2DE3A 3SEWA 5FHOA 3FVKA 2DSFA 2XXWA 2I0CA 4GL8A 1ZBMA 2O1LA 3L6GA 3VVDA 4IO7A 3TTLA 1R1NA 2XXYA 4RXLA 3OEMA 4NF5A 1LB9A 4RK2A 2AIXA 1BKAA 1F9BA 3MVXA 3HO7A 4EXKA 4FORA 1B4HA 1N84A 1ZTYA 3G3GA 1Y4CA 3QIMA 5TP9B 4F3GA 3LR1A 1AIVA 1IIWA 2HAUA 2UXAA 2O69A 1UIVA 1ZLQA 5ICQA 3IORA 4F31B 4NTLA 1FTOA 3FASA 1MY4A 4F1UA 4OETA 4F3BA 4IGTA 1POY1 4XIGQ 3HHFA 5DYHA 1B6HA 1OQGA 4EQ7A 5H8HB 4GF8A 3D4GA 3PD8A 2DVCA 1B46A 2V3UA 1R9LA 3ILTB 2F7AA 4AB6A 1NH7A 1NNPA 1J1NA 3HV1A 3I6VA 3T22A 2QS4A 1VE4A 2V25A 4QFLA 2DWIA 3EHTA 1JNFA 3FV2A 2GHAA 4G8HA 4THIA 1RKMA 2ZYNA 5KZTA 1NKXA 4XKPA 4H1XA 4LA9A 2NXOA 1RYOA 1P1OA 1KWHA 4R2FA 1B5IA 3RUMA 4MF3A 4NF4A 4FJPA 3KOSA 2FA7A 3PUWE 1A54A 1XOCA 1O64A 4E0XA 2ZYMA 1MM7A 2HCAA 4HCWA 3M8UA 1UIUA 4PP0A 3OO9A 2F6GA 1MXUA 5CMKA 3H3GA 2ONRA 1NL5A 4HS7A 2DS9A 2VHAA 2XHDA 1IXGA 4UACA 5CMCA 4OWDA 3MZ1A 2ZYOA 2H4IA 4N6PA 1AMFA 4OEVA 2XXUA 1B0LA 3TKDA 4YKJA 5B70A 3LSWA 4XTCQ 2Y7KA 3EQ1A 2ZNSA 3DP8A 4C1TA 1XT8A 3Q26A 4R73A 4N07A 2RKMA 1NNKA 4O3AA 2HAVA 1DSNA 2A5TA 4GVOA 3FXUA 3TEPA 5DVIA 2DE2A 3TQLA 3TAJA 4QF9A 3RTFB 1XS5A 3FJ7A 3MPLA 4ECFA 4OZ9A 4YICA 1MPBA 2R6GE 3OSQA 5H8FA 3PPRA 3IB1A 4IY6A 3KFMA 4OYVA 3S9EA 4GQOA 3E13X 3K6XA 2P1SA 1SVXB 3O66A 1OVBA 1B52A 5H8QA 3B6QA 3FIRA 1IZ1A 4QHQA 2G93A 2A5TB 3OO8A 4ZEIA 3VV5A 1A7LA 3TZAA 1FQFA 3MZ9A 3KJ7A 5IAIA 3ZKLA 2DE4A 4GFRA 2DOJA 1FCKA 3TCGA 3K4UA 5FHNA 3LC8A 2F7CA 5H8FB 1SW5A 1ZIUA 1HSJA 4LUBA 4JBZA 5LOMA 3ZS6A 1N7XA 1B9JA 1URSA 3PMVA 3W9WA 5I59B 4OQOA 5H8QB 4U1ZA 3T9UA 1JW1A 3C9HA 1PDAA 4EUOA 5B7DA 1B3EA 5KDTA 4EF1A 4F29A 3TPAA 1USYE 5FHMA 5CM6A 2PVUA 1GVCA 5HBCA 2B65A 3OSRA 2F7BA 3KN3A 1B3HA 4PFTA 1OMPA 3U72A 1VFDA 3PUYE 4U4XA 1XVYA 3IO4A 2Y7PA 1H43A 1NMUA 4Z0IA 2HFBA 4POXA 1JEVA 4NE4A 3SETA 3UN6A 1GV8A 2DP8A 4F18A 5AE4A 3V8XB 3M3LA 4YKPA 5KCJA 4G2ZA 4LP2B 3LSFB 2QL3A 4YU0A 3CRBA 4ZE9A 1URDA 2THIA 3JV9A 1OLCA 4BDNA 4ISUA 4OFLA 4X9TA 3KN7A 1WDNA 1LAGE 2WKYA 3UIFA 4EXLA 1II5A 1VR5A 3N26A 4GIZA 1H44A 2ABHA 1IXIA 1NNTA 1EU8A 1LFGA 1PEBA 2R71A 4G4PA 3H6TA 3QUFA 3EPEA 4ZZAA 1SD3A 1MXVA 1DOTA 3F11A 3PPOA 4BDRA 4OENA 3PD9A 3K1PA 2RC8A 4R75A 3FXQA 4NF6A 3DM0A 1S7YA 1I6BA 1Y3NA 3C35A 1UTHB 4M1VA 2Q88A 4GXSB 2ANJA 4GLIA 3PPPA 4NEDA 4LONB 1B3LA 2GRVA 1SW1A 3VXBA 2OCUA 5L8DA 3FZVA 3UA8A 4R6HA 2Z8EA 4YKKA 4YMBA 3QSLA 1I6QA 3IO6A 2QS2A 2PBWA 3FJGA 2QMXA 5HPQA 4BDQA 2E1SA 1VFEA 4R6KA 2ESNA 5ICTA 3TMGA 4ELPA 4YB7A 2Y7RA 2Q9TA 3K01A 4WKMA 2QMWA 4BDOA 3V5AA 4TOZA 5EHSA 1P1UA 3IB2A 1R9QA 5A5XA 5AA3A 3MP6A 3FATA 3HHGA 3O29A 3O97A 1LAHE 4XKNA 2P2AA 4FATA 3CVGA 3CG1A 2ZNUA 2ALUA 3O6IA 2RCAA 2Q2AA 3ILUB 2IEEA 3M3FA 2O68A 4FEDA 4H5GA 2XXTA 1EZPA 4LZ7A 3O6HA 2DWAA 4ONYA 1JQFA 3KSXA 1B7HA 2D5WA 3GBBA 1JVXA 1N3XA 4N13A 3GLBA 5TP9A 1YTVA 1B51A 4LVQA 2OWTA 2O7IA 1MQHA 1Y9UA 4YB6A 5A5XB 1XVXA 3TTKA 3RN8A 2V93A 1ATGA 1YPNA 5CBSA 1YCJA 2RC7A 2PT2A 3MVZA 4GL0A 5AA4B 5L9SA 1N7WA 1LCFA 3R26A 1LBBA 2CMOA 5H8HA 4ZEKA 3QK6A 4KYEA 4GOTA 3TTMA 2HZLA 2RCBA 2PT1A 2V3QA 3RPWA 1LAFE 4F22A 3K0VA 3D4CA 1JW5A 2F6PA 1TFAA 4Z7EA 2XX9A 4TLLB 5K2YA 1D9VA 2I0BA 2B3BA 3FD3A 5AA2D 4I9DA 1N0TA 1MQDA 3N94A 1RYXA 3KOTA 3IOTA 1FTKA 4G8NA 1AH5A 3CFXA 1B7ZA 2X7QA 3VE1B 4HW8A 3TYHA 4ZDMA 3MVWA 1MY2A 3G7WA 4EQBA 2UVGA 3MQ9A 1B5HA 4R74A 5DT6A 1LLSA 4MBPA 4OESA 4DDDA 1Q1KA 2H9BA 5CBRA 3MVYA 4ELRA 1XHYA 3K00A 1Y20A 4OFOA 1PB7A 2QRYA 5I84A 1HSLA 4KI0E 5FTHA 5JTYB 4PETA 5ELVA 4P0IA 1LB8A 4JWXA 2GH9A 1MY3A 2Z8FA 4DLDA 3U94A 3OD7A 5AA1A 2A5SA 4H5FA 3R7XA 4G8MA 3W9VA 3C34A 3QXMA 2H5YA 1A40A 2ZXTA 3PUZE 2P0SA 1QJMA 4XKRA 4RNSA 2XXVA 1Q35A 2O51A 2OJTA 3L6HA 4F39A 1MRPA 2G29A 3PPQA 4IB2A 5ITOA 1M5EA 3H6UA 3TDJA 3BFTA 2V84A 1AOVA 4I62A 3HSTA 4X48A 2OBGA 4L17A 5EYFA 4MH5A 5DEXB 1SQYA 3TUSA 2RC9A 1B5JA 1MDQA 2IA4A 4QRZA 3K1NA 4KR5A 4R6YA 3FVOA 4NF8A 4FECA 4QSDA 3GXAA 4OXVA 2VD3A 1N04A 4HTGA 1QKBA 2H25A 3N6TA 2PMSA 1Y1MA 3CR9A 1JW4A 1SI1A 2HXWA 4F1VA 1TFDA 2XD3A 1MG1A 2X7PA 1URGA 3RQTA 1R6ZA 4F1YA 3U8QA 3AXFA 3TQWA 3HN0A 2DWHA 1N3WA 4U21A 2Q2CA 3OOAA 5I59A 2QSXA 3HPIA 4OHNA 3MUQA 3EHUA 4KCCA 3C4MA 2REGA 4EF2A 1SW2A 1JETA 1MQJA 4O3BA 5CMMA 3FVNA 2VD2A 4QFPA 4NF8B 4WEPA 3SEVA 3VDFA 2F78A 3C33A 1B0HA 4KD5A 5L9OA 2HEUA 4I1DA 1B1HA 1OVTA 4ZEDA 2OZZA 2ONSA 3KZGA 5L9MA 1HSEA 3DELB 3H03A 1DPPA 4JXIA 2DWJA 3UP9A 4G68B 4IY5A 2XXRA 4Q30B 2NWJA 1OQHA 3UORA 4ZEFA 3MP8A 4RY1A 5M2VA 4XXUA 3RY3A 2V3TA 2D21A 2HQ0A 3OEKA 1D3KA 4LQ5A 1B3FA 4QSEA 4EQ9A 4MLQA 2GHBA 2E0SA 2I48A 4QFOA 5K2XA 2GFEA 4R9FA 4OTEA 1QUJA 1LGBC 4GRKA 1H3DA 2DXYA 1CB6A 1SYIA 2XXHA 3PUVE 3PV0E 4LZ8A 4POWA 3RGYA 2F35A 1UTHA 5TPAB 2XX7A 2I3VA 3K02A 5HM4B 5F7VA 1MDP1 1WODA 3CFLA 3LSLA 4NWDA 3BFUA 3FJMA 2XXPA 3IJXB 3ODBA 4BDLA 1A8FA 3T96B 4U2RA 2XD2A 1A8EA 1N76A 4OMBA 1LCTA 3IAZA 1Y4TA 3MC2A 2QS1A 4H67A 1BIYA 1S50A 3N6UA 3PU5A 3RT6B 4NMYA 1B40A 2FNCA 2M8CA 1B2HA 3W15C 3T66A 4X1BA 4H65A 1QUKA 3VVFA 3G3IA 1P1NA 1MQGA 3B6TA 1MPCA 4H6DA 3TODA 2VOZA 4RK9A 2Q89A 2DYXA 4FAJA 4QFNA 3RTWB 3CG3A 5CMBA 2X26A 2H98A 3O9PA 3THIA 5I58B 3G3JA 2O1MA 1BLFA 4I8CA 4DXCA 3UK4A 3KBRA 4DXUA 3TTRA 4YKIA 4KYSA 3S4UA 3WAEA 1Y1ZA 3T93B 1FQDA 5I56A 3KG2A 1M5FA 1NNFA 2F97A 4K3FA 4AQ4A 1O63A 3V83A 1XC1A 1P1QA 3BKIB 2XXQA 5CRYA 2O7UA 2UVIA 2Z23A 4UA8A 1PBQA 5DVFA 4LZ5A 5AA4A 1UTBB 4R2BA 4ELQA 1QW0A 4DE8A 3Q27A 1MPDA 5AA2B 2O84X 4E0WA 1PB9A 4XKQA 4F19A 3P7IA 3RNNA 4ZEBA 4U4SA 2I6EA 2NUVA 3FXRA 3GBAA 1QVSA 5I56B 3VXCA 1TXFA 3EHSA 3VVEA 1PC3A 4PFWA 1B4ZA 4RA1A 5H8SA 4ZECA 3UGWA 3IX1A 3T9HB 1Y3QA 1Y3PA 1POTA 5I2NB 3VLUA 4M4GA 1MXWA 3IOWA 4RJZA 2F5XA 3OO6A 4Q5TA 4YAHX 4QFKA 3QUJA 1B3GA 5DTBA 1S9TA 1CE2A 3K6UA 1DTGA 1P1WA 1M5BA 1FW0A 1VSOA 4U1OA 1IQ7A 4GD5A 2QPQA 4RPOA 1UQWA 1LFHA 1D9YA 3FV1A 4ESWA 3IJOB 4WEDA 3MAMA 1TT1A 3GZGA 2Y7IA 4DZ1A 2FYIA 3PGFA 4IO3A 5CI5A 1H76A 3FVGA 2H99A 2YJPA 2REJA 4R9GA 1IEJA 3OXNA 2QS3A 1MH3A 5JTYA 3KGCA 3O28A 4KCDA 1OIBA 4KPTA 5I2KA 3K1MA 1US4A 1FTMA 3WAFA 1GR2A 4YB5A 3IR1A 1MY1A 3Q28A 4TLMB 4NF5B 3USDA 4RPNA 3TFLA 1EZOA 4C0RA 4LQ2A 3TTNA 3JZJA 2YPNA 4O3CA 2W7YA 2ZMBA 2ZNTA 1BP5A 3VLWA 4PFYA 1JEUA 1B32A 4OFJA 3H4ZA 2Q8JA 2DVZA 3MJNA 4F3SA 1FTJA 5I2KB 2Y7WA 1O7TA 1FQBA 4PE5B 4C1UA 3S9MC 4JSDA 1PB8A 1NFTA 5DEXA 3O6GA 3TCFA 5H8NA 1T0KA 4MLVA 4P11A 1SYHA 3HCQA 4KHZE 3TCHA 3KEIA 3PPNA 3IK6B 3Q29A 2VGQA 1D4NA 3RT8A 3KSJA 5BWJA 4PQJA 1L5TA 4P0GA 3SEUA 1SW4A 3SESA 2Y84A 1DTZA 5FTIA 2XXIA 2KLFA 5ISUA 1SDXA 3PUXE 4NWCA 1FQAA 1PBPA 2D3IA 5H8NB 4BLAA 2ZYKA 2UVHA 4NF4B 2ONKE 4YZZA 3V89B 3Q25A 1IXCA 4Q8RA 3DLNA 2YLNA 3S2VA 2AYSA 1MY0A 3DP4A 1GTKA 5BUUA 2I49A 1EZ9A 3KN8A 1ZKBA 1IUDA 4H0WA 4H8IA 1OLAA 4F2OA 1LBCA 4ND9A 5I57A 2B3FA 4IO5A 4ZZEA 3IOUA 3OMBA 1QUIA 4MFIA 3H6WA 4G68A 3H7MA 3ONMA 3H6VA 4LATA 3MWBA 1ELJA 3TELA 3M3KA 1AL3A 3ZKKA 1QULA 3IOVA 4OVJA 5JK4A 2DXRA 3JYRA 4PFUA 4F2QA 3I3VA 3E3KA 4YMAA 2RINA 3LSXA 4ESXA 3G3HA 4Q0CA 4F3PA 2DQVA 3QYTA 5I57B 1FTLA 2AL5A 3I5OA 1MS7A 1FQEA 4JDFA 2NVUB 2I4CA 3A3UA 3S9LC 4TQUQ 4OERA 1P99A 3RLFE 3MPKA 4ELOA 4BDMA 5TPAA 4IO6A 3ZSFA 5J1DA 2CZLA 5JEIA 3H06B 2OK2A 4ZE8A 2NOOA 4FE8A 3LBSA 1A55A 1SI0A 3T9VA 3FUZA 2BJJX 2XX8A 4AB5A 1YAEA 1LFIA 1FQCA 2F8DA 2XXXA 1DMBA 4DCXA 3CFZA 1B05A 1LAXA 3C31A 3SDFA 3B6WA 4FEBA 1WVJA 2QJEA 4HCYA 3SERA 1MQIA 3CI8A 2OWSA 3G3KA 3E9XA 2PYYA 1ANFA 4DIGA 1QKAA 2UYFA 3K2DA 1IITA 4IGRA 4JB7A 3U93A 3VLVA 5KDTB 2LAOA 3ECRA 1MXXA 4EDPA 1A99A 1DPEA 4U23A 2I4BA 3A3CA 5I58A 3K6WA 2O6AA 3FGSA 3PMXA 1USYH 5ITPA 3VFJA 3U92A 4GXAA 1LSTA 4IO2A 4DXBA 4G77A 3OELA 3E4RA 3C36A 3PMWA 3SKPA 1H45A 1I69A 3MW0A 4KQPA 4U22A 3EF7A 5KCJB 2I3WA 4KFQA 3C32A 3QAXA 4WXJA 3R6UA 3MZBA 3SEXA 4GWOA 5EHMA 2AL4A 1Z7NE 3OO7A 1UTBA 3CSBA 3IB0A 2F36A 1IXHA 3BBRA 1SBPA 1GGGA 4KYDA 5AA2A 4DCYA 3T9XB 1ZJLA 1MM6A 3G3FA 3DP6A 3MP1A 2RF1A 5F1QA 1MXYA 2R9JA 2UYEA 3CSGA 1I6AA 3KJTA 1ZMGA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1MH4A 3SEYA 2PX1A 1M5CA 4NF6B 1FPGA 3K6VA 1FPLA 2Z22A 3IL1B 1BTJA 2F34A 2OLBA 4PE3A 5I2NA 3O2AA 4ZS9A 3MBPA 4RYAA 2UVJA 4H8JA 3RPLB 1MXZA 5IKBA 5CC2A 3CIJA 3A09A 4UABA 1ZU0A 1Z7ME 4G68C 1B1XA 5TU0A 1M5DA 3EN3A 1TWYA 1DBZA 4JWOA 2HZKA 3N5LA 4I40A 1JVYA 2HHMA 4OVSA 1B58A 2Z8DA 1EH3A 3LUYA 4O94A 4OEUA 4IO4A 4QSCA 4FIMA 5DVJA 3B7DA 4R72A 2VP1A 4X1DA 1B7UA 2XWIA 4JSOA 3OENA 2Q74A 2I58A 1US5A 1NH8A 3U1OA 4JWYA 3S9NC 4MNPA 2DE3A 3SEWA 5FHOA 3FVKA 2DSFA 2XXWA 4P9KA 2I0CA 4GL8A 1ZBMA 2O1LA 2KR0A 2VT5A 3L6GA 3VVDA 4IO7A 3TTLA 4NQ8A 1R1NA 2XXYA 4RXLA 3OEMA 4NF5A 1LB9A 4RK2A 4MX6A 2AIXA 1BKAA 1F9BA 3MVXA 3HO7A 4EXKA 4FORA 1B4HA 4HE0A 1N84A 5I5PA 1ZTYA 1FBFA 3G3GA 3HFUA 1FBHA 4XF5A 1Y4CA 3QIMA 5TP9B 4F3GA 3LR1A 1AIVA 4XEQA 1IIWA 2HAUA 4NAPA 2UXAA 2O69A 1UIVA 4O7MA 5IZZA 1ZLQA 5ICQA 3IORA 4F31B 4NTLA 4PC9A 1IMDA 1FTOA 3FASA 1DCUA 1MY4A 4F1UA 4OETA 4F3BA 4IGTA 1POY1 4XIGQ 3HHFA 5DYHA 1B6HA 1OQGA 4EQ7A 5H8HB 4GF8A 3D4GA 3PD8A 2DVCA 2ZZXA 1B46A 2V3UA 1R9LA 3ILTB 2F7AA 4AB6A 1NH7A 1NNPA 5ET8A 1J1NA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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