4EF1A

Crystal structure of a pheromone cob1 precursor/lipoprotein, yaec family (ef2496) from enterococcus faecalis v583 at 1.90 a resolution
Total Genus 74
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
74
sequence length
245
structure length
245
Chain Sequence
DDSVLKVGASPVPHAEILEHVKPLLEKEGVKLEVTTYTDYVLPNKALESGDIDANYFQHVPFFNEAVKENDYDFVNAGAIHLEPVGLYSKKYKSLQEIPDGSTIYVSSSVSDWPRVLTILEDAGLITLKEGVDRTTATFDDIDKNTKKLKFNHESDPAIMTTLYDNEEGAAVLINSNFAVDQGLNPKKDAIALEKESSPYANIIAVRKEDENNENVKKLVKVLRSKEVQDWITKKWNGAIVPVNEM
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of a pheromone cOB1 precursor/lipoprotein, YaeC family (EF2496) from Enterococcus faecalis V583 at 1.90 A resolution
rcsb
molecule keywords Pheromone cOB1/lipoprotein, YaeC family
molecule tags Methionine-binding protein
source organism Enterococcus faecalis
total genus 74
structure length 245
sequence length 245
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-03-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03180 Lipoprotein_9 NLPA lipoprotein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4ef1A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4ef1A02
1DTZA 3UIFA 2VGQA 4ELQA 1LLSA 4YB5A 4F3BA 3D4CA 5KCJA 1IXIA 3IL1B 4FE8A 3TCFA 4F1UA 4IY6A 1MDQA 4JWOA 5CC2A 2A5TB 1IXGA 3ECRA 3UK4A 1Y3PA 1OLAA 3VE1B 3FZVA 4F2QA 3FGSA 5FHNA 4NE4A 1QUIA 3FVOA 1B58A 5DVJA 1XVXA 4R2BA 3GBBA 3I6VA 4QFKA 4BLAA 4O3AA 3USDA 2HAVA 1LAFE 5DVFA 3C31A 4F18A 4DCYA 3EPEA 3Q28A 1B51A 3V83A 1A8EA 2NWJA 3ZS6A 4GFRA 3N94A 2V84A 1H44A 5AA2A 4POWA 1B32A 3S9LC 2THIA 1B3GA 1R1NA 5H8FA 4U23A 4ESWA 1EZPA 2Y7KA 3K0VA 3TZAA 4KCDA 3PD8A 3FJMA 1LBCA 4X1BA 1A99A 4R6YA 1OVBA 3WAEA 5H8HB 5H8NA 3W9VA 3K6XA 1XC1A 4WEPA 4OERA 5I59B 1A54A 1A7LA 4C1UA 1LCTA 2I3WA 3KZGA 1R6ZA 2IEEA 3IOWA 1FTKA 1LFGA 5A5XA 3KGCA 1URDA 2ZNUA 3FIRA 4FAJA 2ZNSA 4THIA 1AH5A 4M4GA 2F7AA 2UYEA 3T9XB 4G4PA 4YU0A 1FCKA 1US4A 3M8UA 4ZZEA 4NF5B 3FV1A 1FTMA 3R6UA 3IR1A 4MBPA 3ILTB 4G77A 3SKPA 1RKMA 3PMWA 1B3HA 1M5EA 1KWHA 2XD2A 2OZZA 1HSLA 1ANFA 3N5LA 2F7CA 4GVOA 1Y4TA 2XXXA 1UTHA 3MVWA 1MXXA 3KBRA 3IOTA 1UTBA 4R9GA 5DVIA 3CG3A 2DWIA 5F7VA 5I2NA 3C34A 1TFDA 4ZDMA 3IORA 2O1MA 3U1OA 4KR5A 2XXPA 2GHBA 3G7WA 3D4GA 1GGGA 3EHSA 2V3UA 3N26A 1M5CA 5EHSA 2V3QA 4NF4B 3C4MA 5CBSA 1AL3A 4YKPA 1SW5A 5DTBA 1ZKBA 4AQ4A 3IO4A 1Y3QA 2XX8A 4F1VA 4ZEDA 5LOMA 2ONRA 3Q27A 1N04A 1EZ9A 4E0XA 3O2AA 4OENA 5I2KA 1SBPA 3RT8A 2QSXA 1ATGA 1N7XA 3O6GA 1HSJA 3M3FA 3O66A 4GLIA 4KFQA 3H6TA 5DYHA 5F1QA 4R6HA 1N76A 4RK2A 4GXAA 3E13X 5FTHA 4H6DA 5CI5A 5ELVA 4YMAA 4Q5TA 3PUZE 2F7BA 4IO7A 1ZMGA 3OD7A 2DQVA 2WKYA 3I3VA 1VR5A 3FATA 1FQEA 3H06B 4XKRA 4LP2B 3E9XA 3CFLA 1I6AA 4I1DA 3E4RA 3MPLA 2Z8EA 2F6GA 1PBQA 1PB9A 4O3BA 2XXVA 3O97A 4LATA 3C33A 3TTKA 4BDRA 1B3EA 4PFUA 4LQ5A 4RPOA 3K01A 3T93B 2A5TA 1AOVA 1LFHA 2UVIA 2F78A 2DWHA 4BDLA 2GHAA 1ELJA 2W7YA 3EN3A 4WKMA 3K02A 2ZMBA 3Q26A 5L9MA 3CRBA 5H8QB 1FTJA 1S50A 1T0KA 3TCHA 4GWOA 4HCWA 1SI0A 2O6AA 1OMPA 2REGA 3U72A 1DMBA 4PFTA 3VVEA 2FYIA 5TP9B 4GL8A 1MG1A 5CMKA 4U21A 3TMGA 1Y9UA 2XXTA 2ZYKA 4XKQA 4XTCQ 3MZ1A 3PPNA 1B6HA 1D9YA 4IB2A 1SI1A 1ZTYA 5H8HA 1RYXA 3TODA 1B7ZA 1MPDA 2Q2CA 2I0BA 3R7XA 3O28A 4R2FA 3UGWA 5I59A 4XIGQ 2RF1A 4N13A 4I8CA 1DTGA 3DLNA 4X48A 4JWYA 4U2RA 2XXIA 2O69A 3ZSFA 4GXSB 5TPAB 1II5A 3DM0A 4MLQA 2UYFA 2PX1A 4FEDA 2OLBA 4H5GA 4H0WA 1LB8A 1HSEA 4TLLB 1Q35A 3H7MA 2PT1A 3V89B 2YPNA 4FORA 4KCCA 3LSLA 1M5DA 1FTLA 1OIBA 2CMOA 5KDTB 4NF5A 1ZU0A 4Z7EA 2F5XA 4NEDA 3CG1A 4F1YA 3N6TA 3FUZA 3K6VA 5AA1A 4LUBA 3MVYA 4AB5A 3PUXE 3K4UA 1JEVA 4KYSA 3KN3A 5CMMA 4P0GA 4UACA 2DWAA 4BDQA 3MPKA 5B70A 4M1VA 2QMWA 1Y3NA 1FQBA 2UXAA 4G8HA 2QS2A 3U8QA 2I4BA 4U22A 4IO5A 3OOAA 4YKJA 2H9BA 2X26A 2XXRA 3TCGA 3OSRA 4NWDA 3HO7A 3SETA 2I3VA 3PD9A 2RC7A 5JTYA 4NF4A 2O84X 1NH7A 1XT8A 4OZ9A 3S9NC 3UA8A 2Z8DA 3W15C 4O3CA 4X1DA 4R75A 5CBRA 3K2DA 3FASA 2QPQA 1MY0A 3SESA 4U4XA 4EF1A 2O68A 3U94A 2Z22A 3PUVE 3VVDA 2FNCA 2UVJA 3KJ7A 2ZXTA 2NOOA 4LZ8A 1H43A 3PU5A 5BWJA 1IIWA 1DPPA 2G29A 3RTFB 1B5JA 2NUVA 1B9JA 3HHFA 4AB6A 4BDMA 4Q8RA 4OTEA 2GH9A 2ZYMA 4NMYA 1N3XA 3QUJA 1D4NA 3CFZA 3KSJA 4U4SA 1SW1A 1A8FA 3CI8A 2XXYA 2H4IA 4LA9A 5JEIA 1UIVA 1QVSA 3OELA 1NNPA 3VLUA 1CB6A 1ZLQA 2PBWA 3F11A 1BLFA 1P1WA 2YJPA 3TEPA 3H3GA 2ALUA 1JW4A 4RPNA 1MXWA 5ITOA 1DSNA 4LZ7A 3PV0E 3RQTA 3OEKA 1LB9A 1B5IA 1B4ZA 3TELA 1LGBC 3PPRA 3MP8A 1J1NA 2HZLA 1S9TA 4F19A 3MZ9A 3KEIA 1B3FA 1H76A 4OWDA 1JQFA 2DP8A 5I58B 3RGYA 3IB1A 3K1NA 3CR9A 1FQFA 1D9VA 5H8QA 3SDFA 2XXUA 5B7DA 1B05A 3FXUA 3TTNA 2Y84A 4JSDA 3QXMA 1VE4A 1XS5A 1JW1A 1USYH 1N3WA 5ICTA 5TP9A 4H8IA 3RTWB 3CVGA 3GXAA 4WXJA 1MY2A 3G3KA 4P0IA 3A09A 4R9FA 2DXRA 4F3PA 4L17A 3IOVA 2OCUA 4HCYA 2Y7PA 3HPIA 3B6TA 3T22A 4IO2A 4ND9A 4R73A 1MDP1 2UVHA 2QJEA 1FQAA 1TFAA 4MH5A 2R71A 3LSXA 1MQJA 1LCFA 4QHQA 4JWXA 5TPAA 3V8XB 1IXCA 1FTOA 4OQOA 2XXWA 2V25A 4TOZA 2XX7A 3HV1A 2AL4A 3QAXA 4RY1A 2X7QA 1MM7A 3DP4A 3THIA 2AL5A 1QKBA 5JTYB 3IB0A 1JNFA 3LUYA 3H4ZA 4G8MA 5KDTA 5DEXB 2R6GE 1B7HA 4EXLA 3FVNA 3QIMA 3C9HA 1WDNA 3QSLA 2E0SA 3T66A 1YTVA 2QMXA 2A5SA 1FW0A 1Y4CA 4IO3A 1I6QA 1JETA 3KOSA 1MS7A 3MUQA 3U92A 4DIGA 3EQ1A 3O6HA 4XKNA 3MP1A 1UQWA 4EF2A 2E1SA 3HCQA 3AXFA 1ZIUA 4NTLA 1B40A 1MXVA 5I57B 4NF6B 3OO8A 3OEMA 2HEUA 3FVGA 3PUWE 3SEUA 2DWJA 3TTMA 5IKBA 3ZKKA 1UIUA 3PPPA 3SEVA 1JVYA 4YB7A 3O9PA 3GZGA 2ONSA 3LC8A 1Z7ME 1VFEA 2LAOA 5AA4B 2I49A 3ONMA 1MY4A 1WODA 4OMBA 5EYFA 3QUFA 4QSEA 4R72A 5H8SA 4G68C 4ZEBA 2NXOA 3PUYE 1MRPA 1BKAA 2PYYA 3JZJA 4F39A 1Y1MA 1BTJA 2RINA 4GL0A 1H3DA 3Q29A 2OWTA 5ICQA 2XHDA 2O51A 2F34A 3FVKA 1F9BA 4F2OA 3RY3A 3MBPA 3S9MC 3OO9A 2F6PA 2RCAA 4EQBA 3MVZA 2ABHA 1VSOA 3JYRA 1GTKA 4DDDA 2GRVA 5ISUA 3S4UA 2G93A 3QK6A 4OETA 2P2AA 3A3UA 3IOUA 2XD3A 2V93A 4EQ7A 3S2VA 1N0TA 2NVUB 3IAZA 3HN0A 5I58A 3PPOA 3MVXA 3KOTA 3TTRA 4PE5B 4C0RA 2F35A 2P1SA 3TYHA 2I58A 1M5FA 4G8NA 3H6VA 4KD5A 4ESXA 3ILUB 3ZKLA 1MQHA 1R9QA 3FJ7A 2ZYNA 4FECA 2I6EA 5HBCA 4GQOA 2D21A 3BBRA 4XXUA 4YZZA 1USYE 3TTLA 3T9HB 2HQ0A 2HFBA 3U93A 2HXWA 2O7IA 4RK9A 3FXRA 1DOTA 2RC8A 5FHMA 1YCJA 3OSQA 2GFEA 3FD3A 1POY1 1TXFA 3DP8A 3OMBA 3P7IA 5FTIA 3TUSA 1LAHE 1SYIA 2Q9TA 4DE8A 4POXA 2I4CA 4GF8A 2D3IA 4NF8B 1NH8A 2DVZA 2DXYA 1PB7A 1MQDA 1XVYA 4DXBA 2PMSA 4HS7A 1MY3A 3M3LA 4H67A 1OQGA 3HSTA 5L9SA 3WAFA 4YAHX 2ANJA 1PBPA 1QKAA 4ECFA 2QS4A 2VHAA 1EU8A 3M3KA 1YPNA 3FXQA 2Q89A 4PQJA 4P11A 4PP0A 3T9UA 4G68B 1SW2A 3PPQA 4I9DA 5DEXA 3KSXA 2HAUA 1B2HA 4ZZAA 4RA1A 4KHZE 4ZECA 1NNTA 1PDAA 5K2XA 1H45A 3MJNA 2DSFA 2QS1A 1I69A 2VP1A 1PC3A 4H8JA 2H25A 1NNKA 2ZYOA 4ZEIA 4N6PA 4C1TA 3W9WA 1CE2A 3IB2A 3RPWA 1MXYA 3KN7A 4LONB 4PETA 5I57A 4NF6A 3L6GA 4ZE8A 1VFDA 4IGTA 3T96B 1AMFA 4K3FA 4KPTA 1SD3A 4X9TA 1XHYA 3BFTA 1IEJA 3TQWA 2B65A 1ZJLA 5HPQA 2H5YA 1URGA 4DXUA 3PMVA 1RYOA 4OFJA 5L9OA 3O6IA 3RLFE 5EHMA 2Q8JA 2RKMA 5AA4A 1JEUA 3H6WA 3TKDA 2HCAA 1EH3A 4ISUA 1P1UA 2D5WA 3JV9A 4QFPA 3K1PA 4ELOA 3LSFB 4QF9A 4Q30B 4KQPA 1Q1KA 5J1DA 1WVJA 2REJA 4JBZA 3G3HA 3KG2A 1SVXB 3B6QA 2DYXA 3MQ9A 4H1XA 2B3BA 2F8DA 1NKXA 1O63A 1QJMA 4YMBA 3MP6A 1QUKA 3PMXA 4KYDA 4BDOA 1NNFA 3FJGA 5CMBA 4XKPA 3K6WA 4H65A 3SEXA 1B7UA 2RCBA 1IXHA 3ODBA 4F3SA 5CM6A 4EUOA 1P99A 1Z7NE 1B52A 4HW8A 2DE2A 2QS3A 3SEWA 4F29A 4DXCA 3IO6A 1QUJA 4QFNA 3VDFA 2ONKE 2DE4A 3TPAA 5L8DA 4GIZA 3G3GA 1S7YA 3IX1A 2DE3A 4EDPA 1IUDA 3EHUA 3IJXB 3RNNA 2F97A 1M5BA 2YLNA 2QRYA 1PEBA 5KZTA 4GD5A 4HTGA 4ZEKA 4IGRA 4ELRA 3MC2A 3DP6A 4QSCA 2X7PA 4GRKA 2XX9A 1B0LA 2RC9A 3CFXA 3K00A 1R9LA 3G3IA 4KYEA 4YKKA 4JB7A 1OVTA 1LSTA 4GOTA 3C32A 4FEBA 2Z8FA 3C36A 1LFIA 1NMUA 4Z0IA 2I48A 4DLDA 5I56B 5K2YA 3UN6A 1MPCA 3KFMA 3VLWA 4LZ5A 1SDXA 1NL5A 1L5TA 2AYSA 3Q25A 5CMCA 5AA3A 3VVFA 2B3FA 1MQGA 1JW5A 3G3FA 4JDFA 4NF8A 1QULA 3CSBA 1NFTA 4R74A 3LBSA 2IA4A 2BJJX 4RYAA 4EXKA 3MZBA 5CRYA 4LQ2A 4QSDA 4ZE9A 1P1OA 3RN8A 1POTA 3TFLA 3OXNA 5AA2D 1I6BA 2UVGA 5KCJB 2OK2A 4IO6A 4OEVA 2V3TA 3E3KA 2OJTA 1B3LA 1Y1ZA 4G68A 4OEUA 3LSWA 3BKIB 1EZOA 2QL3A 1SYHA 3TDJA 3LR1A 4MFIA 2Z23A 3EHTA 1A40A 4MLVA 3IK6B 4FJPA 4KI0E 4IO4A 3RT6B 3UP9A 4FIMA 3GLBA 1O64A 3BFUA 3HHGA 2Y7IA 3CSGA 4NWCA 4YICA 3QYTA 4TLMB 5AA2B 1URSA 2OBGA 2VOZA 3I5OA 4RNSA 3A3CA 5H8FB 4E0WA 2M8CA 2Q88A 1P1QA 2AIXA 4QRZA 3FV2A 4RXLA 5BUUA 1IITA 1GVCA 4PFWA 5H8NB 3GBAA 4QFLA 1MM6A 2ESNA 1SW4A 1A55A 3N6UA 3DELB 2O7UA 3K6UA 2OWSA 3SERA 4OESA 4F31B 3S9EA 3PGFA 1MPBA 5JK4A 1LBBA 3VXBA 4N07A 1B0HA 5AE4A 1MH4A 1N7WA 5ITPA 5A5XB 1MXZA 2ZNTA 2R9JA 4YKIA 3TQLA 4YB6A 4OFOA 2HZKA 2PVUA 1FQCA 2DOJA 3OO7A 1PB8A 3IJOB 1Y20A 1P1NA 3VLVA 2H98A 1BIYA 1QW0A 2VD3A 4TQUQ 1OQHA 3OO6A 4JSOA 3VXCA 4F3GA 4F22A 4RJZA 5M2VA 1XOCA 1SQYA 5I84A 2I0CA 1D3KA 3EF7A 3MW0A 1YAEA 4FATA 1BP5A 3OENA 1LAXA 4BDNA 1B5HA 1LAGE 3V5AA 2XXHA 1UTHB 4LVQA 1GV8A 4U1ZA 4Q0CA 1UTBB 2F36A 4MF3A 5I2NB 3KJTA 4OXVA 3VV5A 4JXIA 1JVXA 3UORA 3MAMA 4DCXA 5HM4B 2Y7WA 2KLFA 3H03A 5FHOA 4OYVA 3CIJA 2H99A 2CZLA 1MQIA 5TU0A 1IQ7A 1B46A 1IZ1A 4ZS9A 1ZBMA 4U1OA 1MXUA 4OVJA 3L6HA 1O7TA 4DZ1A 3MWBA 3B7DA 4IY5A 1B1XA 3RUMA 1N84A 1TT1A 5IAIA 4ZEFA 1TWYA 5I2KB 3C35A 1B4HA 3KN8A 3T9VA 2DVCA 1US5A 4R6KA 3R26A 4WEDA 4OFLA 4EQ9A 4OHNA 4PFYA 2VD2A 2Y7RA 3SEYA 1DPEA 1AIVA 1MY1A 4H5FA 2P0SA 2XXQA 4QFOA 2Q2AA 1FQDA 3TAJA 5I56A 2FA7A 3O29A 5DT6A 1B1HA 3H6UA 1OLCA 3B6WA 3K1MA 4I62A 3VFJA 1GR2A 4G2ZA 3G3JA 2O1LA 4UA8A 4ELPA 4ONYA 1MH3A 2DS9A 2PT2A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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