4EQ7A

Structure of atu4243-gaba receptor
Total Genus 98
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
98
sequence length
320
structure length
320
Chain Sequence
NDLVFSSWGGTTQDAQKAAWAEKFMVETGINVLQDGPTDYGKLKAMVEANGVTWDVVDVEGDYAAQAGPKGLLEKLDFSVIDKTKLDPRFVTDYSVGSFYYSFVIGCNVDSVSACPKSWADLFDTAKFPGKRTFYKWSAPGVIEAALLADGVTADKLYPLDLDRAFKKLDTIKSDIIWWSGGAQSQQLIASAEAPFGSVWNGRMTALEQSGVKVETSWAQNITAADSLVVPKGTKNKDAAMKFIALATSAQAQADMATATGYAPVNIESAKLMDPKIAKSLPDQQTESQVNADMNYWAQHRDEIGERWYAWQAKHHHHHH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transport protein
source organism Agrobacterium tumefaciens
publication title Structural basis for selective GABA binding in bacterial pathogens.
pubmed doi rcsb
molecule keywords ABC transporter, substrate binding protein (Polyamine)
total genus 98
structure length 320
sequence length 320
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-04-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13416 SBP_bac_8 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4eq7A02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4eq7A01
3O6GA 3PPOA 2XXIA 2DYXA 2F6PA 3CIJA 4NF4A 4MBPA 2Z8FA 4JSOA 4QFNA 4YICA 3DELB 3IOVA 3O2AA 5H8FA 5HM4B 2FYIA 3OO9A 1OQHA 3TYHA 1MPCA 1MRPA 3OMBA 3WAFA 1O63A 1R6ZA 2OWTA 3VVFA 5CBSA 4RNSA 2LAOA 2F78A 2B65A 4KCDA 1B32A 3KSXA 2QPQA 5AA2B 3L6HA 5B70A 1AOVA 1Y3NA 3DP6A 1UTBB 1OLCA 3PUYE 3TCFA 3OOAA 4DXCA 3T9UA 3EHSA 4OENA 4LVQA 4QSCA 3SEVA 1UTHB 2OZZA 2Y7KA 4QFOA 2E0SA 3THIA 1IITA 4NF8B 4R6KA 5I57A 1FTMA 2PT1A 4JBZA 3MZ1A 1XVYA 3K4UA 2F36A 1M5EA 1US5A 3H6UA 1B52A 5M2VA 4EQBA 3MW0A 1AL3A 4RYAA 4KI0E 2ANJA 2XXYA 2RINA 1FCKA 1P1UA 4U4SA 1IEJA 1YTVA 1WODA 4NWCA 1MDQA 4O3AA 3KJTA 2ONRA 4ONYA 4XKRA 5I58A 1B3EA 3VE1B 3IOUA 4F39A 3FVNA 5FHNA 3N26A 1B3FA 3TEPA 1USYE 4F2OA 1N76A 2I49A 3OELA 1SI1A 4YKPA 2RCAA 3OO6A 2AL5A 2V93A 1OMPA 2ONKE 4ECFA 2O84X 1QW0A 1SYHA 1MXXA 5ICQA 4GXAA 1URGA 1I69A 1N3WA 4EXLA 3Q29A 1KWHA 2I58A 3V8XB 4KFQA 3JYRA 4YKKA 2ZNSA 3TDJA 5L9MA 3G3GA 5KDTB 2F34A 1B4HA 1VE4A 2GHAA 4F3SA 1SI0A 4RXLA 1B3HA 2GRVA 3U94A 2QMXA 1MY0A 4R72A 2X7QA 2HAUA 2I6EA 2HFBA 4ZS9A 3KN8A 3H4ZA 4BDQA 4R73A 4LP2B 3FXQA 1FQAA 4O3CA 3KOSA 4L17A 4P0GA 3MAMA 1UIUA 1JVXA 3MUQA 3KFMA 5ITOA 4F31B 4TLLB 1LSTA 1VSOA 2QRYA 3L6GA 1B1HA 2D5WA 5A5XB 3DP8A 1MQHA 5FHOA 3E4RA 1D3KA 1IUDA 3Q28A 1HSEA 5I56B 1LB8A 2CZLA 3MPKA 2XD2A 3CR9A 3KN3A 4NMYA 2H25A 4ZEBA 1HSLA 1JEUA 3MVXA 5TPAA 1SW1A 3SEWA 1H76A 4F1YA 1FTJA 1MY2A 2I3VA 2Z22A 3C32A 3KJ7A 4HTGA 2REGA 1WVJA 5KCJA 4LA9A 3MPLA 1FQFA 2RC9A 5I2KA 4Z7EA 4E0WA 4KYDA 2Z8DA 1US4A 2D3IA 4RY1A 1B5HA 4KR5A 3I6VA 4X1BA 2KLFA 4IO4A 4POXA 3BBRA 4TOZA 3IB1A 2W7YA 2ZMBA 4FORA 5EYFA 3K00A 1BP5A 4KCCA 2ONSA 2B3BA 1B51A 3SKPA 1QUIA 5H8NA 4X9TA 3M3KA 1UTBA 2PBWA 3U92A 1LLSA 5H8SA 3CFZA 2R9JA 4QF9A 3O6HA 3KBRA 3C34A 3G3FA 4XXUA 1JVYA 4WEDA 3O6IA 3LUYA 2Z8EA 1NH7A 3K01A 4NF8A 2Q89A 1JETA 1MPDA 1SW5A 3B6TA 3JZJA 3MZ9A 4HCWA 4ZEDA 4YAHX 4OHNA 4F19A 2HQ0A 3S9NC 4YMAA 3PMWA 1POTA 2XXQA 3TELA 1R9QA 2P1SA 2D21A 1FTLA 3SDFA 4U4XA 1MXUA 3S9EA 5IKBA 2G93A 1Y1MA 3VLVA 4GL8A 3O28A 3KSJA 3SEYA 4OQOA 2RC8A 1Y3QA 3VFJA 3LSFB 3C4MA 4MLVA 4ZZEA 3R26A 5ITPA 1CE2A 1NKXA 4DZ1A 3K6VA 1B4ZA 2O51A 2PT2A 2OCUA 1SBPA 1RYOA 1OIBA 2O7UA 5L9SA 4OTEA 3ONMA 3PUXE 1AMFA 4ELQA 2I4CA 1R1NA 4MF3A 4KQPA 3TZAA 2UVJA 1MPBA 3MC2A 4R6YA 3K6UA 1LFHA 3TKDA 1H44A 4GD5A 2H9BA 2ZYNA 2HZLA 3ZS6A 2O7IA 1D4NA 4YB7A 4ZZAA 3TMGA 3C33A 5H8HB 3TCHA 4BLAA 4WEPA 4AB5A 3VXCA 3HPIA 3UORA 4GL0A 5DTBA 1MM6A 5ICTA 4RPOA 2V84A 1VR5A 1MM7A 1B6HA 2O1MA 4YU0A 1XVXA 3FJGA 3OO7A 1PEBA 3V83A 5CMMA 2DS9A 2M8CA 2RCBA 2F7BA 4R2BA 1QUKA 3QYTA 1QUJA 5A5XA 3N6UA 3C9HA 3SETA 4IO5A 3RLFE 2QL3A 1SDXA 4KYSA 3F11A 4OFJA 5AA3A 3M3FA 1N04A 4BDRA 4ELOA 3TAJA 3UK4A 3GBBA 3U72A 1VFEA 2DXRA 1LAHE 3UN6A 4OYVA 3S4UA 5BUUA 3S9LC 3O97A 4PFUA 3CVGA 1B9JA 3PUZE 1MXZA 2NOOA 2THIA 1QKAA 5IAIA 4F3BA 4JWYA 3K02A 2ZNUA 2QSXA 2XXTA 3TODA 4NF6A 4BDLA 2P2AA 3MP6A 5I2NB 4MLQA 1AIVA 5CI5A 3RY3A 5CC2A 1OQGA 1ZMGA 3AXFA 5J1DA 3M8UA 4U23A 4JDFA 3VV5A 3PPRA 3OEMA 1Z7NE 1XHYA 4P0IA 1JQFA 1USYH 2DSFA 3TTKA 5ELVA 1LBCA 3MWBA 3HSTA 2NVUB 3FV2A 3I3VA 3O9PA 5KZTA 3QSLA 2VD3A 2XXRA 4IGRA 3CI8A 2HXWA 2IEEA 3W15C 1D9VA 3QK6A 4EQ9A 2CMOA 4U1OA 4LZ5A 3IB2A 3RPWA 2A5TB 2O68A 2DVZA 3Q27A 3ZSFA 3CSGA 1B5JA 1D9YA 3E9XA 3RT6B 3LR1A 5DEXB 2F6GA 1DPEA 4U1ZA 5I59B 1PBQA 4FE8A 3PUVE 4FAJA 1GTKA 2I48A 3H6TA 4EUOA 1ZKBA 3RUMA 4G68B 4YZZA 3T93B 3OO8A 4PP0A 4IY6A 4YKIA 1O64A 3DLNA 3TQWA 4IO3A 4M1VA 3ILTB 3CG1A 1N0TA 1Y4CA 3KGCA 4RK2A 3S9MC 1M5CA 4G8NA 5CRYA 1FTOA 4IB2A 2DOJA 2GH9A 1B3LA 2GHBA 3SESA 4GF8A 2P0SA 3HCQA 3QUJA 3KOTA 3SEUA 5AA4A 2HAVA 4OEVA 4OXVA 1MXVA 3TTMA 1SYIA 1ZTYA 5LOMA 4EDPA 3GLBA 2IA4A 1B0LA 4JWXA 4NF5A 3EHTA 3EN3A 3FZVA 5H8QB 5JTYB 2ABHA 4OZ9A 1I6QA 1MDP1 3G3KA 4H8IA 2Q2CA 3S2VA 5TP9A 2I3WA 1P1OA 4HS7A 1MY3A 3MVZA 1EU8A 2Q2AA 3FVKA 1B2HA 1NH8A 3EF7A 3MQ9A 3FJ7A 3E3KA 1A99A 1NNTA 1SD3A 4OFOA 4I1DA 1NFTA 2DE2A 4PQJA 1A40A 4IO6A 4H65A 1DSNA 1DPPA 1Y20A 3IL1B 3ECRA 3CSBA 2Y7IA 4OMBA 2R6GE 3SEXA 2DXYA 3PV0E 4HCYA 2AIXA 3TFLA 2AYSA 5FTIA 3RTWB 1MY4A 1GV8A 4KYEA 1LB9A 3B6WA 4NEDA 5AA1A 1ZLQA 3H3GA 3O29A 3VLWA 3RTFB 3LSLA 4MH5A 5JEIA 3B7DA 2ZYKA 1MQJA 2F97A 3K6XA 2AL4A 4BDOA 3CRBA 4N07A 2V3UA 1LBBA 4NTLA 2H99A 3A3UA 2Y7RA 3KZGA 4H67A 4F29A 2OLBA 4R9GA 3VDFA 1MQGA 4DXBA 5BWJA 2PX1A 5AA2A 2PVUA 4PE5B 3RN8A 4PFTA 3PPNA 2F5XA 4NF4B 4ZE8A 2NWJA 1LCFA 4I8CA 2ESNA 3IK6B 1DTGA 4R6HA 3CG3A 1B1XA 2UXAA 4F22A 4KPTA 1UTHA 3K1NA 3D4GA 4I9DA 4GXSB 4XKQA 3LC8A 4LZ7A 1OVTA 1YAEA 2YJPA 2Y7PA 2Q88A 1PDAA 2I0CA 3H6VA 2F7AA 3PPPA 1N84A 1EZ9A 5F7VA 5DEXA 2QS4A 5CM6A 1YPNA 4XKPA 3W9WA 4K3FA 2V3QA 1RKMA 4LUBA 4FJPA 4G68A 4LATA 1MH4A 4BDNA 2OWSA 4R75A 5FHMA 4G68C 2DVCA 4FEBA 1ATGA 1TFAA 4BDMA 3TTLA 4F18A 4ESXA 4OEUA 3G3HA 4UA8A 5I57B 1Z7ME 2DP8A 3SERA 4JSDA 1BIYA 4LQ5A 3LSWA 4H5GA 1URDA 2GFEA 4N6PA 3TTRA 2DQVA 5FTHA 3FJMA 1OLAA 2F8DA 1UIVA 1NNPA 4RA1A 4TQUQ 4C0RA 1EH3A 2VHAA 4GLIA 4THIA 4Q0CA 1MXYA 4DXUA 4DCXA 4R2FA 1MQDA 3TTNA 5I58B 1EZOA 2DWJA 5KDTA 1SW2A 3Q26A 4GQOA 1LAXA 5L8DA 1IXCA 3TPAA 1XT8A 1MY1A 4WKMA 1L5TA 3FASA 2I0BA 2Z23A 4AB6A 4RPNA 4F1VA 2UVHA 3QUFA 2DE3A 4U22A 1B7ZA 1LAFE 1M5FA 2DWIA 4ND9A 3IX1A 4ZECA 1GR2A 4OWDA 1MS7A 2Y84A 4GFRA 4QSEA 5I56A 1BTJA 1OVBA 1H43A 3M3LA 3RGYA 2B3FA 3TQLA 1P1WA 3K1PA 1TWYA 4QFKA 3QAXA 4PETA 1MG1A 4LONB 4KHZE 4RK9A 3C31A 1Y4TA 3N6TA 2HEUA 3USDA 4ZEFA 2FA7A 2F35A 2R71A 4KD5A 3ZKLA 1QULA 4QFPA 3OSRA 3OD7A 3QXMA 1T0KA 1B40A 1DOTA 4LZ8A 5AA2D 4YB5A 1B05A 3RQTA 1GGGA 4PFYA 2XX9A 3C36A 3TCGA 3PMXA 4F2QA 1ZJLA 4R74A 4P11A 1XOCA 2QS3A 4IY5A 4H0WA 5KCJB 1IXHA 4NWDA 4XIGQ 4U21A 2YPNA 4OERA 2WKYA 1B58A 5I2KB 5CMBA 1M5DA 2H98A 3IOTA 1MXWA 1GVCA 3G3IA 3D4CA 2UVIA 4OESA 3N5LA 1Q1KA 1QKBA 1EZPA 3C35A 3HN0A 3FUZA 1FQCA 3EPEA 4X48A 3FGSA 1CB6A 1HSJA 1N7XA 2G29A 4IGTA 1B5IA 3LSXA 3U1OA 1S7YA 2RF1A 1DMBA 5H8NB 5CBRA 2ALUA 2DE4A 2ZNTA 5K2XA 5EHSA 5HPQA 1P1QA 3H03A 1XS5A 1II5A 4YB6A 4MFIA 2OJTA 4F3GA 3HV1A 3N94A 1TT1A 2VGQA 5L9OA 3O66A 3GBAA 3FD3A 2HCAA 3IR1A 5F1QA 4WXJA 3FV1A 3IJOB 3FVOA 3MZBA 5DT6A 1NNKA 1A7LA 4C1UA 2RC7A 2O69A 2I4BA 3IAZA 2RKMA 3MBPA 2XXVA 1A55A 2YLNA 4QFLA 3T9VA 1MH3A 3OEKA 3W9VA 1JW1A 1I6BA 1ZU0A 5ISUA 4H1XA 3MP1A 1FW0A 3H6WA 5TU0A 4EF2A 1QVSA 4JB7A 4NE4A 1R9LA 1A8EA 3K0VA 3HHGA 4GRKA 1S50A 3U93A 4GWOA 3FIRA 3LBSA 4G77A 1WDNA 3KG2A 5DVJA 1PB8A 3PUWE 2FNCA 1N3XA 5H8HA 4EF1A 1VFDA 1POY1 1SQYA 1B7HA 4PFWA 5DVFA 3T9HB 2QS1A 2V3TA 2XXUA 2XXWA 1LFGA 3OXNA 4H8JA 3CFLA 4QSDA 4F3PA 1H3DA 3VVDA 1N7WA 4GOTA 1BLFA 2XHDA 2X26A 3VLUA 1QJMA 1Y1ZA 4O3BA 1JW5A 2X7PA 1DTZA 4Q30B 4I62A 2BJJX 4H5FA 1IXIA 1IIWA 4QRZA 4YKJA 1IZ1A 2UVGA 3I5OA 4JWOA 2XX8A 1TFDA 4YMBA 4IO2A 2E1SA 3BFTA 3OENA 1P99A 4G2ZA 1TXFA 1URSA 1MQIA 2QS2A 4EQ7A 1B0HA 2XD3A 3QIMA 2OK2A 3MVWA 1LAGE 3PD9A 5CMCA 3UP9A 2XX7A 1PC3A 4POWA 4FIMA 3G7WA 3IB0A 3ZKKA 1PBPA 3Q25A 1J1NA 3T22A 3IORA 1FQEA 4AQ4A 5I2NA 2DWAA 2Q9TA 3GZGA 2ZXTA 4DE8A 3T66A 1IQ7A 1NNFA 3MP8A 1A8FA 1B3GA 4ZEIA 1PB7A 3IJXB 2HZKA 4DCYA 3V5AA 2PYYA 1LCTA 3CFXA 3BFUA 1ZBMA 3JV9A 2QJEA 4ESWA 4NF6B 3UGWA 2XXPA 4ZDMA 1Y3PA 3E13X 1B46A 1YCJA 4C1TA 3K1MA 3PGFA 4OVJA 1IXGA 2NUVA 5EHMA 5H8FB 4OETA 1LGBC 1H45A 3T96B 2UYEA 1I6AA 2A5TA 2Y7WA 3FXRA 2VD2A 2OBGA 4FEDA 3IO4A 4ZEKA 2DWHA 1RYXA 2ZYOA 4XKNA 3FATA 5HBCA 1LFIA 4IO7A 1FTKA 1JNFA 1Y9UA 3ILUB 1Q35A 3RNNA 3KN7A 1F9BA 2V25A 3P7IA 3V89B 5I59A 4G8MA 2XXXA 4E0XA 3EQ1A 3R7XA 3OSQA 3PD8A 1SW4A 4F1UA 4EXKA 3DM0A 3IO6A 4R9FA 1NL5A 3FXUA 3K6WA 5DYHA 2REJA 2NXOA 4DLDA 4ISUA 2H4IA 1P1NA 3GXAA 4FATA 1B7UA 4ELPA 4DDDA 3KEIA 3PPQA 4H6DA 3FVGA 3UIFA 1PB9A 4G8HA 4N13A 3A3CA 5H8QA 3U8QA 3BKIB 3ODBA 5JTYA 4UACA 4ZE9A 5B7DA 1BKAA 3A09A 1AH5A 1JEVA 2ZYMA 1S9TA 3DP4A 2VP1A 4TLMB 1ANFA 1UQWA 4G4PA 4QHQA 4JXIA 2O6AA 4GVOA 2UYFA 2XXHA 4OFLA 1A54A 5AA4B 3B6QA 4LQ2A 5DVIA 4U2RA 4ELRA 1ELJA 3HHFA 3MVYA 3VXBA 4NF5B 1FQDA 1XC1A 3VVEA 3TUSA 1FQBA 1NMUA 3WAEA 4Z0IA 2F7CA 3G3JA 1M5BA 2H5YA 2O1LA 5TP9B 5JK4A 4X1DA 3PU5A 3H06B 5K2YA 3UA8A 4M4GA 2VOZA 4DIGA 1JW4A 5AE4A 1O7TA 1SVXB 2QMWA 3EHUA 2A5SA 4XTCQ 5I84A 5CMKA 4Q8RA 2PMSA 3T9XB 3H7MA 4Q5TA 3R6UA 4GIZA 3K2DA 4FECA 1ZIUA 2Q8JA 3RT8A 5TPAB 4HW8A 3IOWA 3PMVA 4RJZA 3MJNA 3HO7A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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