4EQ7A

Structure of atu4243-gaba receptor
Total Genus 98
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
98
sequence length
320
structure length
320
Chain Sequence
NDLVFSSWGGTTQDAQKAAWAEKFMVETGINVLQDGPTDYGKLKAMVEANGVTWDVVDVEGDYAAQAGPKGLLEKLDFSVIDKTKLDPRFVTDYSVGSFYYSFVIGCNVDSVSACPKSWADLFDTAKFPGKRTFYKWSAPGVIEAALLADGVTADKLYPLDLDRAFKKLDTIKSDIIWWSGGAQSQQLIASAEAPFGSVWNGRMTALEQSGVKVETSWAQNITAADSLVVPKGTKNKDAAMKFIALATSAQAQADMATATGYAPVNIESAKLMDPKIAKSLPDQQTESQVNADMNYWAQHRDEIGERWYAWQAKHHHHHH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural basis for selective GABA binding in bacterial pathogens.
pubmed doi rcsb
molecule keywords ABC transporter, substrate binding protein (Polyamine)
molecule tags Transport protein
source organism Agrobacterium tumefaciens
total genus 98
structure length 320
sequence length 320
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-04-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13416 SBP_bac_8 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4eq7A02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4eq7A01
1B0HA 4O3BA 3LSXA 3CI8A 3L6GA 1OLCA 4GVOA 4HW8A 2ZXTA 4ELQA 1IXIA 3KOTA 1MY1A 3SEXA 1PDAA 2HAUA 3RT8A 2I6EA 4JWXA 2XX9A 5DVFA 2ABHA 4U23A 1B6HA 3N94A 5CRYA 4KFQA 4TLLB 2QMWA 1IXHA 1PB7A 1FTMA 3KEIA 4OFJA 1LCTA 2AL5A 2XXWA 3FVNA 1T0KA 5A5XA 4O3CA 3RLFE 1FQDA 1P99A 2IEEA 3S9NC 3P7IA 1LAHE 3OMBA 1LBBA 3AXFA 1MPBA 5H8FB 1BKAA 3FATA 3OO9A 3OO7A 1N84A 1XC1A 3OEKA 3QSLA 2H99A 1N7WA 4YKIA 3TKDA 3EHSA 3SDFA 4KYDA 1MG1A 3G3IA 1A55A 4G2ZA 2O6AA 3LC8A 4KYEA 3KGCA 5I2NB 1R9QA 2BJJX 2THIA 4H8IA 1Y1ZA 4IGTA 3OO6A 3PPPA 4POWA 1QULA 3W15C 1MPCA 2XXQA 1MQDA 3K6WA 3PPNA 3C36A 3F11A 3CSBA 4GF8A 2UYFA 2R71A 3RGYA 5ICTA 3CIJA 3LR1A 1S7YA 1YCJA 2Z8FA 3V83A 3QIMA 4XKNA 4Q30B 1B5HA 3FVKA 1ZIUA 4HCWA 1SVXB 3D4GA 3TTKA 3ILTB 1O63A 3JV9A 4GXAA 4L17A 4G77A 4HS7A 3VVDA 3HCQA 2A5SA 3K6XA 4JB7A 2DQVA 1H44A 3H6WA 2ZYOA 4XKQA 4N6PA 2Q8JA 1CB6A 3CR9A 1JNFA 2QRYA 1O7TA 4PQJA 3TEPA 5AA1A 3C34A 4U22A 3TFLA 4N13A 3T93B 4QFNA 3RN8A 1DTZA 4ZZAA 5K2YA 1USYE 1QUJA 1B3EA 2PMSA 2F34A 4GLIA 3IOUA 1MQGA 3QYTA 2A5TB 3RNNA 2AL4A 1URGA 2XXXA 3C4MA 4RPNA 1AMFA 3JYRA 3T22A 5I57B 5F1QA 4R72A 4EXLA 3CSGA 1B7ZA 3UP9A 4OERA 4R2BA 4U1ZA 1B1HA 3K00A 2QSXA 4R6HA 2CZLA 4JDFA 3H6UA 1XVYA 4BDLA 3PPRA 4OFLA 4OMBA 1TWYA 1JVXA 2NXOA 3VLWA 4FATA 3KJTA 4G8NA 5DVJA 3RT6B 1QW0A 2NUVA 1FTJA 1UTBA 4NF8A 4IO3A 3MUQA 2HEUA 3GXAA 4ZEIA 3OOAA 1BLFA 4NF5B 1RKMA 1QUKA 4ISUA 1ZU0A 1H3DA 5CMKA 3SEYA 1WDNA 1POY1 3O6HA 2B3BA 1N3XA 5I2KA 1LAGE 3MJNA 2Q2AA 4EQ7A 1QKAA 2DOJA 3M3FA 4HTGA 3SEUA 4F39A 1B51A 1I6BA 2XXRA 3RQTA 4NWDA 3MZBA 1SW2A 5KDTA 2DE4A 1QVSA 3O2AA 4GRKA 4R6KA 4XKRA 3O29A 4YMBA 2ZNTA 4RA1A 5FTHA 1ANFA 5H8HA 5EHSA 5CM6A 5L9SA 3RPWA 2Q2CA 4LZ5A 1MQHA 3SEWA 1OIBA 1Y3NA 1LB9A 3KSJA 3HO7A 4K3FA 3GLBA 5JK4A 1B05A 2ZYNA 5H8QA 1B58A 2Z23A 2I3VA 3G3HA 1JW4A 1B4ZA 1EZOA 5H8NB 3SETA 3A3UA 2UXAA 2H9BA 1I69A 3EN3A 4N07A 5BWJA 2R6GE 5KZTA 4U4SA 1B7HA 3TUSA 2PYYA 2DS9A 3G3GA 3BFTA 2F6PA 1B3LA 4DCYA 5CBRA 1WODA 2QMXA 4BDOA 2XXUA 1PC3A 4G68A 3V8XB 4NF4B 2RINA 1B40A 1LAFE 5B70A 1B5IA 1Y20A 4YU0A 1VSOA 2VD3A 4H1XA 3KFMA 2F6GA 3C32A 3CFLA 2DSFA 1OMPA 4YKJA 3TTRA 1P1WA 5CMBA 1TFDA 2UVGA 3T96B 5B7DA 4ELOA 5H8SA 3K01A 3THIA 3FASA 1MH4A 3WAFA 2F78A 2Y84A 5CMMA 2AYSA 4QRZA 3MPKA 1JW1A 1MH3A 2QL3A 3ZKLA 4GIZA 1SI0A 4F1VA 1PEBA 3G3JA 4H65A 1HSLA 1FQAA 3FVGA 2RF1A 3IB0A 1BP5A 4XKPA 3TQLA 1UTHB 1N7XA 3KJ7A 1JW5A 1QJMA 4X1DA 3U94A 1LBCA 1URSA 2O7UA 1ZJLA 4JXIA 2GH9A 2RC9A 1FQEA 2O68A 4AB5A 5L9MA 1VR5A 1LSTA 2OJTA 3KG2A 4YZZA 3S9LC 3FIRA 4PFWA 4F1YA 2XXPA 1Y1MA 1XOCA 5I59B 3TCFA 1HSJA 4OWDA 4WEDA 2DVZA 4ZEDA 4QSEA 2GHBA 2B65A 3IOTA 3PUXE 3MVWA 1NNFA 4LQ2A 3IK6B 3QAXA 4F3BA 3RTWB 2Q89A 4WEPA 4MF3A 1JQFA 1EH3A 1XS5A 3R7XA 3HSTA 3SESA 3LSWA 3FZVA 3ZS6A 3C9HA 4RK9A 1ZBMA 5HM4B 1YAEA 4X48A 5JTYB 3HN0A 2E1SA 3K0VA 3VE1B 1R9LA 3RY3A 1QUIA 1DMBA 4X9TA 1OQGA 4DXCA 1BTJA 1NFTA 4RK2A 3CVGA 3IL1B 2I48A 2ZYKA 4H6DA 4EF2A 4XIGQ 4F29A 4P0IA 4OXVA 3MP6A 5DEXA 3EPEA 4EQBA 4X1BA 1HSEA 2YJPA 1FTOA 3E9XA 2PBWA 4I1DA 2FA7A 2OCUA 4XXUA 2QS2A 2I4CA 2P0SA 3HPIA 4IY6A 3PV0E 2O84X 3VDFA 3DP8A 3EF7A 1ELJA 3IB2A 1B46A 4DDDA 2H5YA 1B52A 4RNSA 4PE5B 4LVQA 1II5A 1PB9A 4ND9A 5AA2A 1NL5A 2V3TA 3K1MA 1EZ9A 1VFEA 3SEVA 1M5EA 4ZE8A 5CI5A 1Z7ME 1SW5A 2I3WA 3DELB 4OEUA 3U92A 4FEDA 4PFYA 2ALUA 5DVIA 3IJXB 5FHOA 1TFAA 3N6TA 1A8FA 4WKMA 3FJMA 3UORA 3MZ9A 3M3LA 4Q8RA 5ITPA 1Q1KA 4EQ9A 4ESWA 1FQCA 3VVEA 4G8HA 3MZ1A 3D4CA 2HZLA 4H67A 2QJEA 2DWJA 2W7YA 1Y9UA 1KWHA 4FORA 3MVXA 3KBRA 4ZS9A 3T9UA 2A5TA 4YMAA 4HCYA 2O7IA 3TPAA 2ZNUA 4QFPA 3MVYA 1B1XA 4RYAA 5FTIA 2XXIA 3G3FA 1ZKBA 4Q0CA 4GD5A 5AE4A 4QHQA 4NEDA 2F97A 1SW4A 2D21A 5LOMA 4G68C 3OD7A 1LCFA 4Q5TA 2D3IA 1F9BA 1FQBA 4M1VA 1YTVA 2P1SA 2V25A 1B9JA 4JWOA 3U8QA 4BDNA 3U72A 2D5WA 3OELA 5AA4A 4R9GA 4KHZE 1DSNA 3FD3A 1A8EA 5TP9A 2HAVA 3DM0A 3R6UA 2UVJA 5DT6A 2I49A 2YPNA 4POXA 3G7WA 2UVHA 3GBBA 4YICA 4KI0E 1MXXA 2VP1A 3E4RA 1OVTA 1ATGA 1PB8A 3EHUA 1IQ7A 4G4PA 2H98A 3LSFB 3B6QA 3M3KA 1ZLQA 4RPOA 4ESXA 4LUBA 1LGBC 1R6ZA 4THIA 2UVIA 4I9DA 3IR1A 3V89B 4IO2A 1US5A 4TQUQ 1ZMGA 4R75A 3TTLA 2O51A 5CMCA 3VVFA 1IIWA 4GFRA 2F8DA 3TCHA 3TTNA 2OZZA 3T9VA 3VLVA 1I6QA 1H43A 4Z7EA 1B32A 2KLFA 3PPQA 1EZPA 2NVUB 3QK6A 1IZ1A 3E13X 3FVOA 3VV5A 4U1OA 1OQHA 1PBQA 2LAOA 3LSLA 2X7QA 3PMXA 1Y4CA 4PFTA 1GTKA 1M5BA 4RJZA 5KCJA 1NMUA 1MS7A 1D9VA 1AOVA 3FV2A 4KQPA 3MC2A 4U2RA 3TAJA 3U1OA 1NKXA 3MP8A 2QS1A 5CBSA 3N26A 1URDA 4RXLA 3K2DA 3MAMA 4OENA 1P1QA 3FUZA 2ANJA 5H8NA 4YB5A 2QPQA 2G93A 2NOOA 3IJOB 1UIVA 4OESA 4C1TA 4R2FA 2OWSA 2Z8EA 4NF8B 5TPAA 1US4A 5ISUA 3H4ZA 4EF1A 4IB2A 3V5AA 1OLAA 4UA8A 4KCDA 2DE2A 5I58A 5AA2D 3KOSA 4P0GA 4KPTA 2PX1A 5I2KB 1TXFA 1VE4A 5FHMA 2F5XA 1GR2A 2UYEA 4C0RA 1MDQA 4NF4A 5EHMA 4DE8A 2FYIA 3Q29A 2H4IA 1A7LA 3OENA 1SQYA 4NF6A 5CC2A 2HZKA 1GV8A 4RY1A 4LQ5A 3MWBA 3S4UA 4MLQA 3QUFA 1GGGA 5F7VA 3O28A 2Y7WA 3H03A 1MRPA 4R9FA 4DZ1A 4H0WA 3IORA 3SKPA 5H8HB 1JEUA 3O66A 4QF9A 1IXGA 1O64A 4YKPA 3IO4A 1SYHA 1MXUA 4U4XA 3VXBA 3ODBA 4R73A 3TQWA 4GQOA 1Y4TA 1ZTYA 5H8QB 2DWAA 2RCAA 4R6YA 4F19A 4ZZEA 3PGFA 1NH7A 4DLDA 3U93A 3S9MC 4I8CA 1FTKA 1IUDA 5L8DA 2O1LA 4MH5A 5I56A 1AL3A 1SD3A 1L5TA 4ZEBA 2F36A 2VGQA 2AIXA 4OTEA 5IKBA 3K1NA 4JBZA 4F2OA 3DP4A 2GFEA 2DVCA 1A54A 4MFIA 3VXCA 4G68B 1D4NA 4F3SA 2XD2A 1MY2A 4FJPA 2ZYMA 3JZJA 4BDMA 2DYXA 5HPQA 3CFXA 2PT2A 4IO6A 1NNKA 1RYOA 4BDRA 1MXYA 2OLBA 5JTYA 2RC8A 4TLMB 3K6VA 1XHYA 3B6TA 4YB6A 3GZGA 3WAEA 4PETA 4LA9A 1S9TA 1Z7NE 3DLNA 4QSCA 2XD3A 4YKKA 2I4BA 3O97A 1USYH 3N6UA 4LZ7A 2RCBA 2XHDA 5H8FA 3K02A 2V84A 2I0CA 2IA4A 1DTGA 1DPPA 1LB8A 1N0TA 3E3KA 5K2XA 4KR5A 1D9YA 3Q25A 4DCXA 1MY3A 5M2VA 4MLVA 5BUUA 5ITOA 1IXCA 5I2NA 3TODA 3DP6A 3OO8A 4OZ9A 1N76A 1NH8A 3KN3A 3K1PA 4H5FA 3R26A 5EYFA 1RYXA 3K4UA 3N5LA 4F31B 3PU5A 3T9HB 1VFDA 1OVBA 3Q26A 3QUJA 3KN7A 4EXKA 4DXBA 2PVUA 3EQ1A 3L6HA 4E0WA 3B6WA 4C1UA 4F3GA 4JSOA 2HFBA 2FNCA 1B0LA 3W9VA 4XTCQ 3ILUB 1B2HA 3PD8A 3PD9A 1H45A 3UGWA 2R9JA 2F7CA 3KSXA 2Y7KA 1MDP1 4ZE9A 4EUOA 1WVJA 4H5GA 1UQWA 1D3KA 1JVYA 3M8UA 3IOWA 3TTMA 3TMGA 4WXJA 4IO4A 5L9OA 1DPEA 1MXVA 4ECFA 4IGRA 4MBPA 5A5XB 3FGSA 3VLUA 2DXYA 1BIYA 5DEXB 2O69A 1LAXA 4FEBA 5DYHA 2DWHA 3KN8A 2REJA 3G3KA 4FIMA 4NMYA 3H7MA 4QFLA 3CG3A 3FJ7A 3MQ9A 4OFOA 2DWIA 1Y3QA 3FJGA 4KCCA 5I57A 1PBPA 3TYHA 3IX1A 4KYSA 5AA2B 1M5FA 3BBRA 5I84A 2VD2A 3W9WA 4IO5A 3H06B 1SW1A 3OEMA 3RTFB 4QSDA 2Q88A 1MQIA 2I58A 2DE3A 3T9XB 1B3FA 1SBPA 2ONSA 3C33A 2E0SA 3USDA 4DXUA 2RKMA 1MY4A 2P2AA 2VHAA 1FW0A 3O6IA 4GXSB 4YAHX 3TZAA 3OSRA 4NWCA 1B3GA 3KZGA 4FAJA 4FECA 4NF5A 1I6AA 3CRBA 3MP1A 2ZNSA 3HV1A 4AQ4A 3CG1A 3PMWA 4O3AA 4ZEFA 4KD5A 1FCKA 3TDJA 4UACA 1QKBA 1NNTA 4H8JA 3PUWE 3S9EA 4E0XA 1JETA 3S2VA 4R74A 1POTA 4P11A 3C31A 1FTLA 5TU0A 4BDQA 4Z0IA 3A3CA 3ZSFA 3C35A 2M8CA 3OSQA 3PUYE 2F35A 4ZEKA 3EHTA 2ONKE 5ICQA 3LUYA 3GBAA 3IOVA 1P1OA 5AA3A 5AA4B 3I6VA 2Z8DA 1UIUA 4M4GA 1JEVA 2OK2A 5TP9B 2X7PA 2G29A 3PPOA 1A40A 1LFGA 3FXRA 1MM7A 2OWTA 1AIVA 1R1NA 3IB1A 2ESNA 5DTBA 3QXMA 1EU8A 5J1DA 3MBPA 5JEIA 4ELRA 2B3FA 1M5DA 2Y7PA 2V93A 2F7BA 3TCGA 4PP0A 3UIFA 2Y7RA 1DOTA 1A99A 4F2QA 1MXZA 1UTBB 1XT8A 4F3PA 2I0BA 4OQOA 3FXQA 1NNPA 4GL0A 4TOZA 4U21A 1S50A 4AB6A 3OXNA 1MY0A 1AH5A 2RC7A 3UK4A 3H3GA 4GWOA 4BLAA 1IITA 4ELPA 2GHAA 4PFUA 3LBSA 2XX7A 2X26A 1Y3PA 3O6GA 1B3HA 5KCJB 3ZKKA 4IY5A 4JSDA 1SDXA 1IEJA 2DP8A 1LLSA 3K6UA 4NTLA 4OYVA 2HQ0A 2F7AA 3Q27A 3FXUA 2Y7IA 2YLNA 4JWYA 5KDTB 2XXTA 3ECRA 3SERA 4OHNA 2QS3A 1YPNA 2WKYA 2QS4A 3BKIB 3I5OA 3Q28A 4F18A 1TT1A 2GRVA 4OVJA 1SI1A 2REGA 1FQFA 2V3UA 3PMVA 2OBGA 3I3VA 2XX8A 3CFZA 4LP2B 1GVCA 1MPDA 5TPAB 4ZECA 4F22A 3UN6A 3MPLA 4LONB 1CE2A 3TELA 3HHFA 3PUZE 3MW0A 1B5JA 3HHGA 4LATA 4QFOA 5I58B 2HXWA 3O9PA 5FHNA 2ZMBA 4OEVA 3IAZA 3MVZA 2Z22A 4DIGA 3RUMA 1MXWA 4FE8A 3VFJA 1UTHA 3UA8A 2DXRA 4I62A 2VOZA 5IAIA 2ONRA 4NF6B 3IO6A 2H25A 1N3WA 4EDPA 3H6VA 5ELVA 2HCAA 3BFUA 1LFIA 3T66A 1P1UA 1N04A 5I59A 4GOTA 2CMOA 4F1UA 2XXVA 1P1NA 2XXHA 3PUVE 2PT1A 1B7UA 4OETA 4YB7A 4ONYA 3H6TA 1B4HA 1LFHA 1Q35A 2O1MA 4ZDMA 1MQJA 1SYIA 2Q9TA 1MM6A 3A09A 5HBCA 4NE4A 4GL8A 1J1NA 2NWJA 4LZ8A 1M5CA 3B7DA 4G8MA 5I56B 4QFKA 3FV1A 2XXYA 1H76A 4IO7A 2V3QA 1XVXA 3ONMA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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