4EUOA

Structure of atu4243-gaba sensor
Total Genus 114
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
114
sequence length
313
structure length
313
Chain Sequence
DLVFSSWGGTTQDAQKAAWAEKFMVETGINVLQDGPTDYGKLKAMVEANGVTWDVVDVEGDYAAQAGPKGLLEKLDFSVIDKTKLDPRFVTDYSVGSFYYSFVIGCNVDSVSACPKSWADLFDTAKFPGKRTFYKWSAPGVIEAALLADGVTADKLYPLDLDRAFKKLDTIKSDIIWWSGGAQSQQLIASAEAPFGSVWNGRMTALEQSGVKVETSWAQNITAADSLVVPKGTKNKDAAMKFIALATSAQAQADMATATGYAPVNIESAKLMDPKIAKSLPDQQTESQVNADMNYWAQHRDEIGERWYAWQAK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transport protein
source organism Agrobacterium tumefaciens
publication title Structural basis for selective GABA binding in bacterial pathogens.
pubmed doi rcsb
molecule keywords ABC transporter, substrate binding protein (Polyamine)
total genus 114
structure length 313
sequence length 313
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-04-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13416 SBP_bac_8 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4euoA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4euoA01
1MXUA 4RY1A 4YKPA 5AA2D 1USYE 1LAGE 2G29A 1P99A 4OEUA 2XD2A 3H6VA 3SETA 3CG1A 5ISUA 4FJPA 4IO4A 1MY4A 4OFOA 4E0WA 1QW0A 2PT2A 3TDJA 1MM6A 4DE8A 4OFLA 3FASA 4OHNA 1VR5A 1Y3PA 3OENA 1EZPA 2BJJX 2RC9A 1P1OA 2Y7KA 4H67A 3VE1B 1DPPA 4F31B 1LAHE 3UK4A 2I4BA 1S7YA 4EQ7A 4UA8A 1VFDA 1N3XA 4LQ2A 5HPQA 2Q9TA 4MH5A 5I2KA 3SEUA 2Z23A 1TFAA 3ZS6A 4TQUQ 4F18A 4KD5A 4X1BA 4LZ5A 3K6VA 2XHDA 4U21A 3CSBA 4IO7A 4JWYA 4GLIA 3B7DA 3CG3A 4FIMA 2DP8A 4R74A 3L6HA 5H8HB 1HSJA 4N6PA 5DVIA 1OQHA 3KJTA 4ZEBA 3E13X 3S9MC 3IB2A 1IZ1A 5M2VA 3V8XB 4N13A 4WXJA 1MPBA 4NMYA 4EDPA 3K1NA 3Q26A 4PE5B 2QS4A 2OBGA 5CC2A 4JWOA 1Y1ZA 2QL3A 2RKMA 3OEMA 1T0KA 1IXHA 4UACA 4YMBA 1B4ZA 3E4RA 5EYFA 2DE4A 3K01A 4OXVA 1LBCA 3FVNA 1D9YA 5AA2A 3KBRA 1CB6A 1Y4TA 3HSTA 3TTRA 3JZJA 2GHAA 1JW1A 2DXRA 1DTGA 4IO2A 1VE4A 5TPAA 4WEPA 2O1LA 3DP6A 1GTKA 4RNSA 2DYXA 3CSGA 4DZ1A 2HXWA 4GL0A 1UTBA 4H0WA 3IOVA 4EUOA 2I58A 4R9FA 4I9DA 3MWBA 2HFBA 2P2AA 1I6BA 2KLFA 4FECA 3Q29A 3KOTA 3A09A 3I6VA 4KPTA 2NWJA 1NNPA 1MXWA 1WDNA 3N6TA 5CI5A 5DYHA 2ESNA 4PFUA 3TCGA 3FVKA 1BIYA 1B2HA 1AL3A 5DEXA 4YZZA 1F9BA 1SDXA 2ZMBA 5CMMA 3S4UA 5H8FA 1ZIUA 4GIZA 4GWOA 3KOSA 2VGQA 1B6HA 4FAJA 3N5LA 2H9BA 3OXNA 1UQWA 4NF5A 3KGCA 3RT6B 5KCJA 1Y3NA 3U8QA 1H43A 2B65A 3ILUB 4QRZA 4Q5TA 4U23A 3KZGA 4PQJA 2Y7PA 4QSEA 3TPAA 4QSCA 2ZYMA 4ZEIA 2RC7A 3C33A 1FTKA 3WAEA 2GH9A 3H6WA 4ESXA 2REGA 1URGA 3GBBA 1IQ7A 4C0RA 4N07A 3DP8A 4F1YA 3VLWA 2O1MA 4LATA 4QFLA 3U94A 1MQIA 3T22A 4BDQA 2Z22A 1FQDA 1XVXA 3S2VA 1JVXA 3LSWA 4PETA 3MVZA 4ECFA 1B5JA 3EF7A 4GOTA 1M5EA 3N94A 4X48A 5AA3A 3K1MA 3B6WA 4QFOA 4AB6A 2VOZA 4G8MA 3PMVA 2UVIA 5AA2B 4L17A 1B52A 3MPLA 5I59A 3U93A 3O66A 3W9VA 5TPAB 1O7TA 1S50A 1H3DA 1A8FA 1MXZA 3SKPA 1R1NA 1UTBB 1XT8A 3S9NC 3VVFA 3CFLA 4FE8A 3TODA 1HSLA 2O6AA 2Y7IA 4OWDA 5CBSA 3CFXA 3IORA 2THIA 2UVGA 4PFWA 4MFIA 3RY3A 3L6GA 1SW5A 5I58A 2O69A 2OK2A 3TELA 4XXUA 1D4NA 1FCKA 4Z7EA 1B3GA 4G2ZA 4ZE9A 1EZ9A 5L8DA 4JBZA 3M3FA 5F7VA 4RJZA 3O2AA 4U2RA 2ONKE 5L9SA 3RUMA 5A5XB 4RYAA 3KN3A 4I8CA 3C36A 4P0IA 2F34A 1B5IA 2Y7WA 4E0XA 1OIBA 3H06B 5ICQA 3FZVA 5DEXB 2XXHA 2AIXA 2R71A 3I5OA 5H8FB 2DOJA 5BUUA 4I62A 1FW0A 4EXKA 4KYSA 3PGFA 5EHSA 2FYIA 1SYHA 1MXVA 1UIVA 5KCJB 3KSXA 1B5HA 4GXAA 1QULA 1B1XA 1JW4A 2D5WA 5L9MA 1FTLA 4F1VA 1UIUA 3SEXA 3BFUA 1LAFE 5CMKA 4BDNA 2XXQA 4RPOA 1N04A 3D4GA 1A40A 3M3KA 1H44A 5CMCA 1MPDA 3VXCA 3D4CA 3BFTA 3LUYA 4YKKA 3C32A 3ODBA 3SERA 3T9HB 3TKDA 3OO9A 4IY6A 4K3FA 3PMXA 3UORA 3C35A 5KDTA 2O84X 4P11A 1OLAA 3DLNA 4H5GA 1B3LA 4EXLA 2PVUA 4ELQA 1XS5A 4BDLA 1OMPA 5ELVA 3PPQA 2XXXA 4G77A 1A54A 1SW2A 4RA1A 3ZKLA 2F7CA 3FVGA 1B3EA 5AA4A 4M4GA 3FD3A 5I58B 1D9VA 4POWA 3THIA 3K1PA 3Q27A 1PB8A 1XC1A 1GVCA 2V93A 2XX9A 2X26A 3QUJA 2H25A 4ZS9A 2AYSA 5H8NA 1JETA 1EU8A 1Z7ME 3IB0A 1P1UA 4RXLA 1MS7A 1QKAA 3I3VA 4YB7A 1H76A 5AA1A 1URDA 4KI0E 2V3UA 3FUZA 2F6GA 2YJPA 1M5BA 3TYHA 4GL8A 2Z8EA 4KR5A 3FV2A 4F2OA 3O6IA 1POY1 1NL5A 1QUJA 3DM0A 4R75A 1OVBA 4Q0CA 3VV5A 1SD3A 1SQYA 2PBWA 4ELOA 2PT1A 2ZYKA 2UVJA 2R6GE 1FQBA 1IIWA 3G7WA 2DS9A 1AOVA 5H8SA 4X1DA 2VHAA 3KN7A 3N6UA 4OERA 4IO3A 1B0LA 2I6EA 4U1ZA 2A5TA 4TOZA 2PYYA 3IO6A 4LA9A 5L9OA 4IO6A 1IUDA 3OEKA 1WVJA 3PUVE 2LAOA 4F3PA 1LB9A 4KQPA 4G68A 2AL4A 4G4PA 3IJXB 4BLAA 1RYXA 5KDTB 2XXIA 2DVCA 5TP9A 3MVYA 4F3SA 3VVEA 3IL1B 4HCYA 5DVFA 1B32A 4GRKA 1SVXB 1PDAA 4IO5A 4MBPA 2QJEA 2P1SA 2O51A 2I3VA 3TUSA 1MY3A 2Q2AA 3O28A 3K00A 4OVJA 3VLUA 2CMOA 5AA4B 2XXPA 2OWTA 3TFLA 2RF1A 3EHTA 3HV1A 4NF8A 5KZTA 5I2NA 3R26A 5CBRA 4OYVA 5F1QA 2UXAA 3FJ7A 4QF9A 3WAFA 4YMAA 3TMGA 3AXFA 2W7YA 5H8NB 2VD3A 1P1QA 4X9TA 3K4UA 3USDA 2OCUA 4DCYA 1OQGA 4ZZAA 3TTNA 4OENA 4ZEKA 4QFPA 1AMFA 4NTLA 4F19A 3PUWE 1PC3A 4IGTA 4MF3A 2RINA 1MH3A 2QS3A 1Y9UA 1II5A 1I6AA 3MZBA 1HSEA 1YTVA 5I2KB 4HCWA 3UA8A 3GXAA 1MM7A 3TZAA 4O3AA 1NKXA 3R6UA 3K6UA 2NVUB 2I49A 3UN6A 3C31A 4THIA 3LBSA 1J1NA 2D3IA 2O7IA 1DTZA 3FIRA 1IXGA 3OSRA 4YU0A 4PFYA 3PUZE 3C9HA 4EF1A 2ZYNA 1P1NA 2E0SA 4R73A 3MQ9A 4U4XA 4HS7A 2WKYA 1NMUA 1YCJA 2DWAA 4DLDA 5I57A 1N3WA 1NNKA 1B51A 3T9UA 2A5TB 2I48A 2H4IA 3H03A 3SEYA 3F11A 3RT8A 3VFJA 1IXCA 1SI1A 3SEVA 1BP5A 1LGBC 1B46A 4F39A 3T66A 5JTYA 1ZMGA 3R7XA 4F1UA 3BKIB 4R9GA 4XKRA 4M1VA 5TP9B 2H99A 1GR2A 3HCQA 3H6UA 4H65A 3A3CA 1A55A 2OJTA 2Z8DA 4H5FA 2V25A 1DPEA 3LSLA 2F6PA 3GZGA 1BLFA 4DCXA 2ZNTA 3G3FA 1I6QA 4H1XA 4KYEA 1ZBMA 3JYRA 4HW8A 3HHFA 3TAJA 3MP8A 4DXUA 3MUQA 4LQ5A 2AL5A 2F5XA 3G3GA 2D21A 1QUIA 4BDMA 1EH3A 3O6HA 3OD7A 4ZECA 3PPRA 4NF8B 5JEIA 1URSA 5I2NB 3V89B 3O6GA 3VVDA 2F97A 3N26A 3CFZA 2Q89A 5DT6A 3H7MA 4Z0IA 4LONB 4F29A 2FA7A 5ITPA 4OETA 1ELJA 3TQWA 1B3HA 4NF6A 3IB1A 4KCDA 3U1OA 1B58A 1JEVA 3ONMA 5EHMA 1MPCA 3G3IA 2ONSA 4U22A 1M5FA 3FV1A 3UGWA 1US4A 1OLCA 4AB5A 2F8DA 1LFIA 1B0HA 1ZTYA 3LC8A 4IGRA 4OMBA 3KFMA 1AIVA 1MQJA 4H8JA 2ZNSA 3HN0A 1YPNA 1Y1MA 4NF5B 3Q28A 1IXIA 1H45A 3T9VA 1NH7A 2OLBA 4G68C 4YKJA 3RN8A 3V83A 1S9TA 4H6DA 1TXFA 2O68A 4ZE8A 3T93B 2RCAA 4EQ9A 2Q2CA 1DOTA 2ONRA 4OESA 3KSJA 5I57B 2F35A 3IOWA 1CE2A 4P0GA 1PBQA 1FQAA 1M5DA 3G3HA 1PEBA 2OZZA 1M5CA 2I0CA 3VDFA 3LSFB 3FATA 5JTYB 4XTCQ 3FJMA 4NWCA 3TTMA 4PP0A 3OSQA 3PU5A 3B6QA 4YKIA 5HBCA 4ZEDA 1AH5A 1DSNA 2H98A 4H8IA 3K2DA 3OO6A 2CZLA 5DTBA 3H6TA 5I59B 2GHBA 4IY5A 3FVOA 3QK6A 3SDFA 1UTHA 4LZ8A 1USYH 1TT1A 3MAMA 4YB5A 1A8EA 2X7PA 3K02A 4GF8A 4ONYA 1FTOA 3M8UA 5FTIA 1O63A 1VFEA 3IO4A 2REJA 4KHZE 1LFHA 2E1SA 2XXUA 3RGYA 5I84A 3KJ7A 3B6TA 4R6KA 3TCHA 4DIGA 3PPNA 3MVXA 3C4MA 4AQ4A 3FXRA 2DVZA 2V3QA 3T9XB 3FXUA 2NXOA 1SI0A 4NF6B 4R2FA 3LR1A 4LVQA 3JV9A 1MG1A 4FEDA 2X7QA 4RK2A 4JSDA 5AE4A 1GV8A 1B05A 1Y3QA 1ANFA 4ELRA 1B3FA 1EZOA 1NNFA 3E3KA 4WEDA 2RCBA 4YB6A 5FHOA 2DE3A 4GVOA 1OVTA 2IEEA 4DXCA 3K6WA 4XKNA 2XXYA 4F3BA 1B4HA 3FXQA 2B3BA 1WODA 3ECRA 1R9LA 2YPNA 3RTFB 3EHSA 5IAIA 3QIMA 2QS1A 2DE2A 5B70A 2O7UA 4LUBA 4BDOA 4R6YA 5TU0A 5J1DA 3TEPA 1JW5A 2XX8A 3LSXA 4Q30B 3EN3A 3U92A 2UYEA 3MJNA 3MBPA 1FTMA 4ISUA 4JB7A 1N7XA 3SESA 1XHYA 5FHNA 1SBPA 3HPIA 1FQFA 1VSOA 4FORA 2IA4A 1MQDA 1FTJA 4R2BA 4LP2B 3IAZA 4OQOA 3KEIA 2QPQA 3IOTA 4GXSB 1B1HA 4Q8RA 1MQHA 1TWYA 2M8CA 4PFTA 1IITA 5ICTA 4DXBA 3ZSFA 4EQBA 1N0TA 4KCCA 1R9QA 4OZ9A 2VD2A 3CI8A 3CVGA 2HAUA 4QSDA 3PD9A 3RPWA 2XXVA 1UTHB 1QKBA 2XXWA 4ZDMA 1ZLQA 1LAXA 3RTWB 5HM4B 3A3UA 3KN8A 3S9EA 4C1TA 3OO8A 1SW1A 2ZYOA 1Y20A 5I56A 3QAXA 4ND9A 3TTKA 5H8QA 2I4CA 1LB8A 2ZNUA 3GBAA 3CR9A 1Y4CA 3IX1A 2Q88A 3EQ1A 1I69A 1B40A 4RK9A 3E9XA 1D3KA 4HTGA 1YAEA 4F2QA 4JXIA 1MDP1 3GLBA 4WKMA 4ZZEA 3VXBA 4JDFA 2QMXA 3OMBA 2F78A 3FGSA 4KYDA 3M3LA 5CRYA 3EPEA 1NNTA 5A5XA 4ELPA 1R6ZA 4U4SA 2XXRA 5ITOA 3TQLA 1IEJA 2NOOA 5IKBA 3UIFA 1MH4A 2R9JA 1GGGA 2F7BA 3PUXE 1A7LA 3S9LC 4NEDA 4QFKA 5B7DA 1LSTA 4IB2A 3QXMA 4ESWA 3OO7A 3MC2A 4MLQA 3MPKA 3IJOB 3G3KA 1RKMA 1JNFA 1FQCA 2DQVA 5CMBA 3DP4A 3DELB 1PB7A 1Q35A 1MXXA 1B7ZA 1SYIA 3EHUA 1MY1A 3UP9A 4JWXA 3TTLA 5DVJA 2NUVA 4MLVA 3SEWA 1Z7NE 1ZKBA 3RQTA 4XKPA 3P7IA 2PX1A 3HHGA 3PUYE 4R72A 2DWHA 1MRPA 2V3TA 3MW0A 1BTJA 4DDDA 2XD3A 4G68B 3QUFA 2Q8JA 1RYOA 3K6XA 2HZLA 3V5AA 3MVWA 3PPOA 4I1DA 3O97A 1P1WA 2OWSA 3Q25A 1LBBA 3RNNA 1JEUA 3VLVA 2I0BA 3PV0E 1MDQA 4NE4A 2A5SA 1PBPA 1LLSA 2ABHA 1L5TA 4OEVA 3W15C 2HQ0A 4POXA 1QUKA 1MXYA 2ZXTA 2UVHA 2QSXA 3MP6A 3IOUA 3G3JA 1NH8A 2H5YA 3QYTA 5I56B 4KFQA 5H8QB 1US5A 4U1OA 2GFEA 1XVYA 2I3WA 2QRYA 1N76A 3ZKKA 2GRVA 1JQFA 4LZ7A 4JSOA 4NF4A 4QHQA 3TCFA 3HO7A 4R6HA 3MP1A 4YAHX 2PMSA 3FJGA 2G93A 5CM6A 2YLNA 4TLMB 4OFJA 2ALUA 3IR1A 1B7UA 1B7HA 4GFRA 3T96B 5K2XA 1B9JA 1MY2A 3H4ZA 1SW4A 1TFDA 2VP1A 5BWJA 4XIGQ 2B3FA 1N84A 4XKQA 5FHMA 4C1UA 4EF2A 3PPPA 4QFNA 3BBRA 3K0VA 1BKAA 4GQOA 4BDRA 2UYFA 2RC8A 3O9PA 3O29A 4G8HA 1N7WA 4O3BA 4GD5A 2FNCA 1XOCA 2Z8FA 3PMWA 2DSFA 2XXTA 3RLFE 5FTHA 3QSLA 1LFGA 3ILTB 1QJMA 2HAVA 1PB9A 2QMWA 1Q1KA 3KG2A 1LCFA 2DWJA 1DMBA 2HCAA 1ZU0A 4G8NA 4RPNA 4OTEA 2P0SA 4O3CA 1MQGA 2F36A 1FQEA 5JK4A 1QVSA 3CIJA 5H8HA 2V84A 2XX7A 5K2YA 3H3GA 2ANJA 2DXYA 4FEBA 4F22A 1O64A 4NWDA 4FATA 3MZ1A 3MZ9A 1POTA 1ZJLA 3PD8A 3U72A 1LCTA 4F3GA 3OOAA 1A99A 1JVYA 2HZKA 2QS2A 4TLLB 3W9WA 5LOMA 2HEUA 3IK6B 4YICA 2Y84A 2Y7RA 1ATGA 3OELA 1MY0A 4ZEFA 1NFTA 2F7AA 3CRBA 1KWHA 3C34A 2DWIA 4NF4B
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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