4F1YA

Cnqx bound to the ligand binding domain of glua3
Total Genus 78
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
78
sequence length
258
structure length
258
Chain Sequence
RTIVVTTILESPYVMYKKNHEQLEGNERYEGYCVDLAYEIAKHVRIKYKLSIVGDGKYGARDPETKIWNGMVGELVYGRADIAVAPLTITLVREEVIDFSKPFMSLGISIMIKKGTPIESAEDLAKQTEIAYGTLDSGSTKEFFRRSKIAVYEKMWSYMKSAEPSVFTKTTADGVARVRKSKGKFAFLLESTMNEYIEQRKPCDTMKVGGNLDSKGYGVATPKGSALGNAVNLAVLKLNEQGLLDKLKNKWWYDKGEC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title The loss of an electrostatic contact unique to AMPA receptor ligand binding domain 2 slows channel activation.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Glutamate receptor 3
molecule tags Transport protein/agonist
source organism Rattus norvegicus
total genus 78
structure length 258
sequence length 258
chains with identical sequence C
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-05-07
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4f1yA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4f1yA02
4NWCA 2B3FA 1EH3A 1IXGA 4POWA 5JTYA 3TEPA 1Y1MA 1B5HA 4N13A 4EUOA 1MDQA 4Z0IA 1LB8A 2YPNA 3CSGA 4OZ9A 4JDFA 2B65A 4GQOA 4YKPA 4NF6A 4ELOA 3FJ7A 1N7XA 1D9YA 2DP8A 2QMWA 3U93A 3SESA 3V89B 1DTZA 2XXTA 2CZLA 1LGBC 5I58B 3IL1B 3LUYA 4G68A 2RINA 5IKBA 4WEDA 4YB5A 5F7VA 3H03A 1MY0A 3N94A 1HSEA 4KD5A 3TAJA 3H06B 2PBWA 3CG3A 3G3HA 4OFLA 3SETA 3R7XA 3T9HB 1B1XA 1P99A 3EHTA 3FVGA 4AB5A 4LZ7A 4G77A 1JW5A 4X1BA 3HV1A 3I3VA 3K6UA 1LAHE 3TZAA 3H6WA 2HCAA 2UYFA 3VVFA 5AA2B 4GXSB 1UTBA 1AMFA 3A09A 2XX7A 4KYSA 4TQUQ 3CG1A 2ZNUA 3TCFA 3IB2A 3DP4A 1NNFA 4R9GA 3G3KA 3VLWA 3O6GA 4F1UA 2ONRA 2I3WA 1GV8A 3QSLA 3Q29A 3EF7A 5FHOA 4RY1A 1B4HA 5J1DA 4YAHX 2B3BA 1N3XA 4G8HA 4YICA 2XXYA 4OWDA 3MUQA 3BFUA 1H44A 3EHUA 2THIA 3TTLA 3PGFA 3B6QA 1N04A 1ZIUA 3L6HA 1B4ZA 5IAIA 4NTLA 4NMYA 3QK6A 5DTBA 3KOSA 3S9LC 4IY5A 4QFNA 2FNCA 1QKBA 1QUJA 3MVWA 1A7LA 5A5XA 2DYXA 2R71A 3UORA 2AYSA 4R72A 1US5A 2PYYA 1ANFA 2XD2A 3VXBA 4KCCA 5CM6A 1VR5A 3K2DA 4ESWA 2XXWA 3MVZA 1MPBA 4QSDA 1B0LA 1TWYA 3IX1A 5AA1A 1SYHA 2D3IA 2XXRA 3B6WA 2UVHA 2REGA 2QRYA 1B1HA 3RN8A 2QSXA 4FECA 1N84A 2H98A 3H6UA 4ECFA 4QSCA 1I6AA 1N7WA 4YB6A 4BDQA 3U72A 3VVDA 3C34A 5ITPA 4F3PA 4NE4A 2H25A 3OENA 4IO5A 2V3TA 3DP8A 1MY3A 1Y3PA 4P0GA 2XXVA 1T0KA 3FATA 2AL5A 4BDMA 2ZYKA 4U1OA 1USYE 1FQBA 3E4RA 4H5GA 2VD3A 3Q26A 4FEBA 4O3AA 2O69A 3CR9A 1OVTA 4R6YA 5BUUA 1BP5A 3MZ1A 4MLQA 4C1TA 5CRYA 2KLFA 4LA9A 2F36A 3IAZA 2F7CA 3R26A 1BTJA 4QRZA 5CMMA 1FTJA 3RPWA 5EHSA 3I6VA 5I2NA 4OFOA 1MXUA 1PB8A 4XTCQ 4H65A 4NF6B 4LVQA 1B46A 4OVJA 3KSXA 3O29A 4KR5A 4F3BA 3KSJA 1FW0A 4JSOA 2G93A 4IO7A 4X48A 3HCQA 1US4A 4G68B 5I57A 2F35A 2X26A 4G8MA 2I0BA 3C35A 1LLSA 4HCYA 3HSTA 4GL8A 1M5CA 2F97A 5TP9A 1AH5A 4ZE9A 1B58A 4ZEIA 4ESXA 5ISUA 3QIMA 3RY3A 4F2OA 5HPQA 3T93B 3VLUA 1QJMA 4ELRA 4JWOA 2RKMA 4KI0E 2QS1A 3HN0A 2Z23A 5DT6A 3OD7A 3GLBA 2DXYA 2PT1A 1XS5A 3TFLA 3K00A 3G3FA 1SW5A 2O84X 3LSLA 3I5OA 4QHQA 2Z8EA 5FHNA 1B5JA 2ALUA 3QYTA 2Y7PA 4XKNA 4G68C 3TTRA 3LSWA 5L9OA 2DWAA 2HZLA 3MWBA 2P1SA 1J1NA 4LP2B 4IY6A 4JSDA 4OETA 3KFMA 4E0WA 1XHYA 2Y7KA 1A8EA 1DTGA 4TLMB 5FTHA 4PETA 3RNNA 1TT1A 2DQVA 3MW0A 2HAUA 4G4PA 1SI1A 4EF2A 1HSLA 2ZMBA 2Y7IA 3WAFA 3O6HA 5DEXA 2DXRA 5AA4A 3PMVA 1B40A 5KDTA 1EZ9A 3SKPA 2PT2A 3MAMA 2I3VA 1QULA 1POTA 4NEDA 2OWSA 2DWIA 3MP6A 4FAJA 3N6TA 1Y3QA 5F1QA 3ZS6A 1NL5A 3CIJA 1B9JA 4F1YA 1I6QA 5L9MA 1SDXA 2DS9A 1Y20A 4KHZE 5B7DA 5H8NA 1IUDA 5K2YA 1FTKA 2Z8FA 1Y3NA 3RTFB 2Z22A 3V8XB 3H6TA 1B0HA 3GXAA 4RNSA 5TPAB 4C1UA 2F7BA 2VP1A 1MY2A 3JZJA 1F9BA 1TFAA 4DE8A 5ITOA 2Z8DA 3TDJA 4ELQA 4JWYA 4ZS9A 3VLVA 5EHMA 1FQCA 3T9XB 2P0SA 4DLDA 3USDA 1B7UA 3FZVA 5CMBA 1Q1KA 1YCJA 4NF4B 1Z7ME 1GGGA 2XXPA 3MP1A 3TYHA 3JYRA 3OELA 3UK4A 1EZOA 4AQ4A 3QUJA 3TCHA 3L6GA 3DM0A 2XX9A 2H99A 2QS2A 5H8HB 1GR2A 4IGTA 2XXQA 3FIRA 3PPRA 3K1MA 4GRKA 3MVXA 1MH4A 2GHAA 3TQLA 3UGWA 2O7IA 2I0CA 1MXXA 1B6HA 2F5XA 4ONYA 5ICTA 1S50A 1B3LA 1ATGA 1XVXA 3MBPA 4R9FA 2H5YA 4DXUA 5I84A 3H4ZA 1LAFE 1SVXB 4F18A 3HHFA 5I2KA 5M2VA 1LAXA 1OQHA 1D9VA 4KYDA 1SBPA 3SEYA 2DWJA 3PUXE 3MPLA 1QW0A 4KCDA 1FTMA 4OFJA 1R9QA 5H8FA 1NNPA 1I6BA 4AB6A 1DOTA 2Q2AA 4OYVA 2XHDA 5TP9B 1S9TA 2UXAA 1B2HA 1WDNA 3FXRA 3S9EA 1ZKBA 2QJEA 2RCBA 3PPOA 1FTOA 1DPEA 3C31A 1D4NA 2ESNA 2HAVA 3C33A 4DCXA 5K2XA 1IQ7A 4THIA 2OJTA 4EF1A 4BLAA 4Q5TA 3T66A 4ZEKA 4ZEBA 1IITA 2R6GE 2RC7A 3KN7A 4L17A 1JNFA 4FJPA 2UVIA 5B70A 4F1VA 4I1DA 3IJXB 1UTHB 3SEWA 3EQ1A 1Y4CA 2V84A 1VFEA 3QXMA 2G29A 1TFDA 4EDPA 3TPAA 4F3GA 3RT8A 5FTIA 2H4IA 3IB1A 2Q88A 1YAEA 3K6XA 2DSFA 2NWJA 4HW8A 4F22A 1FCKA 3IOVA 1IXHA 5DYHA 2OZZA 1MPCA 2VHAA 3FASA 3FXQA 5EYFA 1MQGA 2AL4A 4R6HA 2F6GA 3U94A 3M3LA 3O6IA 4H67A 4JB7A 2Q2CA 4FEDA 3G3IA 3DP6A 3H3GA 4F2QA 4ZZEA 2V3UA 4IO3A 2I48A 1II5A 3U8QA 5KDTB 3T9VA 3KN8A 4GXAA 1L5TA 5H8SA 2ANJA 3FVOA 4QFKA 1NH7A 4ZEFA 1P1NA 3W9WA 1SW1A 3LSFB 2E0SA 3FVKA 3Q28A 3O97A 1JETA 5KCJA 3MP8A 5H8NB 3A3CA 1Q35A 4Q30B 4O3BA 4RA1A 2RC9A 2QS3A 3AXFA 4R75A 4U2RA 2ZYOA 5CMCA 4PQJA 4GFRA 1XT8A 2E1SA 3DLNA 2P2AA 3OO9A 4OERA 3EHSA 3PD9A 3T96B 3IO4A 5I59B 4LZ8A 5TU0A 3V83A 1CE2A 5JTYB 4H6DA 4DIGA 2OK2A 1MM7A 2YLNA 3TQWA 2O1LA 1OMPA 3PV0E 4YB7A 1SI0A 3B7DA 2NXOA 4EQBA 4F3SA 2RC8A 1B3EA 2GHBA 5CI5A 3SEVA 1R9LA 1Y1ZA 3QUFA 4BDOA 2O1MA 4I9DA 1ZTYA 2O6AA 4RJZA 1P1UA 3UN6A 1NKXA 3BFTA 4U4SA 1WVJA 1PEBA 3S9NC 3S2VA 4LZ5A 3W9VA 4OMBA 5AA2A 1OIBA 1B5IA 5ELVA 1VSOA 1BLFA 5HM4B 4LQ2A 2FA7A 5I2KB 1H3DA 1S7YA 5JEIA 3VFJA 3Q25A 3IR1A 1UTBB 3PPPA 1JW4A 1JW1A 4X9TA 1B3HA 4YKJA 4XXUA 2LAOA 3ZKKA 3FV2A 1I69A 1ZU0A 4FATA 4GVOA 1LBCA 1YPNA 3CSBA 3Q27A 3THIA 1PBQA 2I6EA 1SW4A 4BDLA 4NF5A 3T9UA 4OENA 3H7MA 1JEVA 2VGQA 1H76A 3FJMA 1B3GA 4KQPA 3E9XA 5CBSA 1NMUA 3K1PA 1LAGE 4G8NA 3C32A 1RKMA 4H5FA 5DVJA 5A5XB 4QF9A 3CI8A 3LC8A 1O63A 3O66A 4RYAA 2XD3A 2RF1A 1JQFA 4WKMA 2ABHA 5AE4A 4TOZA 4QFLA 1PB9A 3IJOB 2VOZA 1SD3A 1NFTA 1ELJA 1UIVA 3KJTA 5DVFA 3RGYA 4H8JA 1M5FA 3FUZA 1MQHA 4KPTA 2DVCA 1N76A 2V25A 1LCTA 4U22A 2HEUA 1N3WA 5KZTA 4YU0A 2DOJA 3IO6A 2DE2A 4QSEA 1LFGA 1PB7A 1OLAA 3ONMA 4EQ7A 5DVIA 2M8CA 2O68A 1XOCA 1VE4A 2HFBA 3PUWE 4LUBA 1FQDA 2OLBA 4GL0A 3V5AA 4H1XA 4ISUA 3ECRA 1VFDA 4U4XA 1P1OA 1RYXA 3BKIB 1H43A 2V3QA 3E13X 4K3FA 4IGRA 4DCYA 4YKIA 3RLFE 3OMBA 4GLIA 3G7WA 4QFOA 5I56A 1OQGA 4LATA 3K02A 3K6VA 3GBBA 1LFHA 5JK4A 3U1OA 4POXA 2XXHA 3C9HA 1OLCA 1NNKA 3K01A 1FQAA 3WAEA 2WKYA 4X1DA 3RUMA 2UYEA 4N07A 2REJA 1A54A 3EPEA 3H6VA 4UA8A 3G3JA 3M8UA 1R6ZA 3TMGA 1EU8A 1JVYA 1MPDA 1DMBA 3ODBA 5I2NB 3CVGA 1XVYA 1MY4A 1YTVA 3FV1A 3FXUA 4E0XA 2F6PA 1SW2A 4F39A 1A40A 4GD5A 1LB9A 2HZKA 3R6UA 2QMXA 4F31B 1Y9UA 2DWHA 2ZNSA 5I57B 4PFUA 2PVUA 3VVEA 2A5TA 1IXIA 5FHMA 3MPKA 4RK9A 2UVJA 1UIUA 4LONB 3MZBA 2QS4A 4FORA 1B52A 1MXZA 3M3FA 1MDP1 4MBPA 4F19A 4R6KA 2X7PA 4TLLB 4BDRA 1LCFA 3PUZE 1Z7NE 4FE8A 3CFZA 4KYEA 4QFPA 4O3CA 3OEKA 5HBCA 4DXBA 2F34A 4OESA 3KBRA 3OOAA 2V93A 2I4CA 2ZYMA 1H45A 3MC2A 4XKPA 3RQTA 1FQFA 1EZPA 3MJNA 1P1WA 4RPNA 1B7HA 4ZECA 1M5BA 1QUKA 3TELA 2Q9TA 3BBRA 5AA3A 3N26A 4R73A 5AA2D 4NF5B 3GBAA 4YKKA 2Y7WA 1HSJA 3CRBA 2ONSA 3D4GA 4FIMA 4R2BA 1QVSA 1MM6A 3TCGA 4KFQA 2F8DA 1ZJLA 3O28A 3HPIA 2Q8JA 2IA4A 2QL3A 4UACA 1LBBA 4U21A 1ZMGA 4OQOA 1D3KA 4U1ZA 3KG2A 5H8QA 4DDDA 3KJ7A 2AIXA 4H8IA 1MY1A 1XC1A 4YMBA 2OBGA 4YMAA 2DE4A 2Q89A 3FVNA 1AL3A 4WEPA 2ZNTA 3CFXA 2IEEA 3KOTA 4ZZAA 3RTWB 2XXIA 4MLVA 5DEXB 5AA4B 1GTKA 3TTKA 4IO4A 1WODA 3SDFA 2RCAA 4JXIA 4ZEDA 4DXCA 4P0IA 1URDA 2XX8A 5TPAA 3LR1A 5CMKA 1MQIA 3LSXA 4NF8A 1B7ZA 1NNTA 4G2ZA 1POY1 4BDNA 3D4CA 4U23A 4LQ5A 4IO6A 3TTMA 1A55A 3SEXA 3HO7A 4XKRA 4XKQA 3OO8A 2GRVA 4I8CA 2NVUB 4GOTA 4C0RA 4DZ1A 4HS7A 4PP0A 1B3FA 4WXJA 3GZGA 1SYIA 5BWJA 3KZGA 3A3UA 3OEMA 1CB6A 5CBRA 3K6WA 4NF4A 2NOOA 1M5DA 4RK2A 2BJJX 2DVZA 2Y84A 3SEUA 2FYIA 1TXFA 3UA8A 2ONKE 3KN3A 1MRPA 5CC2A 3PD8A 4H0WA 3ILUB 1ZBMA 1B32A 3VXCA 3RT6B 1O7TA 3KGCA 4IO2A 5I58A 4OEVA 3T22A 3IOWA 1USYH 1FTLA 3LBSA 1A8FA 5H8HA 1BIYA 3UIFA 2A5SA 2ZYNA 1NH8A 4GIZA 4R2FA 2O51A 1GVCA 3N5LA 1M5EA 3IOTA 4F29A 3C4MA 1B51A 3PMXA 5I56B 2I4BA 1IXCA 3OSRA 1MS7A 4ZDMA 1PC3A 2XXXA 1BKAA 3QAXA 4EQ9A 4EXLA 1DPPA 4GF8A 4NWDA 1B05A 2X7QA 3PPNA 4MFIA 1IEJA 4M4GA 3P7IA 1MXYA 2PMSA 3TODA 3DELB 4Q8RA 3IORA 2D21A 3PUYE 3OXNA 4GWOA 3G3GA 4XIGQ 2XXUA 3TKDA 2F78A 3IK6B 1R1NA 3W15C 1MQDA 3C36A 3FGSA 2PX1A 2OWTA 1URSA 3SERA 3B6TA 3JV9A 2A5TB 2VD2A 1RYOA 2ZXTA 2GFEA 5H8FB 3S9MC 4PFYA 1JEUA 4OEUA 1ZLQA 1N0TA 2I49A 2R9JA 3EN3A 1JVXA 3OO6A 4P11A 3OSQA 4MF3A 3OO7A 1P1QA 2Y7RA 2NUVA 3FJGA 2O7UA 3K0VA 2GH9A 4HCWA 1FQEA 1UTHA 4HTGA 1O64A 3N6UA 4YZZA 1URGA 4Q0CA 4ND9A 3VDFA 2HXWA 1UQWA 4JWXA 4I62A 4N6PA 1LSTA 5L8DA 3ZSFA 1KWHA 3U92A 2HQ0A 2YJPA 1QUIA 4IB2A 1AOVA 2I58A 3K1NA 1MXVA 3UP9A 3IOUA 4Z7EA 3K4UA 3TTNA 4ZE8A 1PDAA 2W7YA 1SQYA 4EXKA 4RPOA 4OHNA 3PPQA 3O2AA 2OCUA 4PE5B 2UVGA 3VV5A 3IB0A 2D5WA 1IIWA 3ZKLA 3PU5A 4MH5A 1DSNA 1Y4TA 5H8QB 5ICQA 3TUSA 4R74A 3MVYA 3MZ9A 2QPQA 1PBPA 3HHGA 3PMWA 3KEIA 3ILTB 1A99A 3VE1B 3FD3A 4RXLA 1OVBA 4M1VA 4OTEA 4PFTA 3E3KA 4ELPA 4PFWA 2CMOA 2F7AA 4JBZA 5L9SA 1MXWA 4OXVA 3S4UA 1AIVA 3PUVE 1QKAA 4NF8B 2DE3A 3M3KA 3O9PA 1MG1A 2H9BA 1IZ1A 5KCJB 1MH3A 3MQ9A 5LOMA 1MQJA 1LFIA 3CFLA 5I59A 3F11A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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