4F22A

Kainate bound to the k660a mutant of the ligand binding domain of glua3
Total Genus 81
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
81
sequence length
258
structure length
258
Chain Sequence
RTIVVTTILESPYVMYKKNHEQLEGNERYEGYCVDLAYEIAKHVRIKYKLSIVGDGKYGARDPETKIWNGMVGELVYGRADIAVAPLTITLVREEVIDFSKPFMSLGISIMIKKGTPIESAEDLAKQTEIAYGTLDSGSTAEFFRRSKIAVYEKMWSYMKSAEPSVFTKTTADGVARVRKSKGKFAFLLESTMNEYIEQRKPCDTMKVGGNLDSKGYGVATPKGSALGTPVNLAVLKLSEQGILDKLKNKWWYDKGEC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title The loss of an electrostatic contact unique to AMPA receptor ligand binding domain 2 slows channel activation.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Glutamate receptor 3
molecule tags Transport protein/agonist
source organism Rattus norvegicus
total genus 81
structure length 258
sequence length 258
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-05-07
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4f22A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4f22A02
3IL1B 3PMVA 4QHQA 3TODA 3IX1A 4JXIA 3FXQA 2GH9A 3I3VA 1TT1A 2OCUA 1UTHA 1SW2A 1FTKA 1MRPA 3DP8A 1FTLA 3OO7A 4YZZA 1LBCA 1SW1A 3D4GA 4G68C 1FTOA 1P1OA 2UYEA 3K6XA 1B7UA 3TZAA 1H76A 4KR5A 4TLMB 4H1XA 2HZLA 1N0TA 3HO7A 5JK4A 3E4RA 4C1TA 4H6DA 3TQWA 4OXVA 2ONRA 3O6IA 3FGSA 3PUZE 3OEMA 3RY3A 3RT6B 3FJGA 1QUKA 1POY1 2VD3A 4Q8RA 2RKMA 3R26A 4JWYA 1QKBA 3PUVE 1A55A 1XHYA 2H99A 1H45A 3N26A 4KYEA 3TTLA 4Q30B 2QRYA 2ZYOA 3G7WA 5FTIA 3SETA 4DCYA 5ITPA 1IXGA 4GL8A 3KG2A 4AQ4A 2F5XA 3OMBA 4U23A 4F31B 1UIUA 4XKRA 2QSXA 2E1SA 3PUYE 5TP9A 1H3DA 1JNFA 1SI0A 4X1DA 4FIMA 2XXPA 1B6HA 4U21A 3KSJA 1Z7ME 5H8FA 1OIBA 1POTA 3E3KA 1UTHB 4F3SA 3C36A 1AH5A 5AA1A 3LSFB 3KJ7A 4KPTA 5H8HB 2YJPA 3C35A 2P2AA 3K1PA 1H44A 4OFJA 3QIMA 3TYHA 2NVUB 2GFEA 3LBSA 1VFDA 1Y9UA 2XD3A 2PBWA 1M5CA 3K2DA 1Y3PA 4ECFA 3D4CA 1B3FA 4KYSA 2AYSA 3C32A 4ZZEA 3UA8A 2DSFA 3H6UA 3MVZA 3T93B 2Y7IA 4OENA 4KCCA 1A7LA 1O63A 3OSRA 2D3IA 3T22A 2O1LA 4DXUA 3TTRA 1HSLA 1B51A 3PGFA 3K6UA 4NWDA 3S2VA 4H5GA 4IY6A 1B40A 4X48A 2PMSA 4QSDA 1FW0A 1MH4A 3UIFA 5CM6A 4OFOA 3O2AA 3K4UA 4YKKA 5CI5A 3G3IA 1MXVA 4G2ZA 5H8NA 2DXYA 1MDQA 3LSWA 2O51A 3OO9A 1DPEA 5AA4A 2QS3A 2X7PA 3K6WA 5TU0A 3G3KA 5L9SA 4IGRA 3V89B 1URGA 3B7DA 3IOWA 4WXJA 3IOUA 3VFJA 1XC1A 1H43A 1B5HA 3O6HA 3FV2A 2Z23A 4F18A 2I3WA 3TUSA 1A54A 3LUYA 4NEDA 3CFLA 1QJMA 1RYOA 1D3KA 5IAIA 4MH5A 3MJNA 5HM4B 3H03A 1N7XA 2I58A 3FVGA 4IO3A 2UVJA 2PT2A 3R7XA 4JSOA 2IEEA 3MVXA 3K02A 4C1UA 2HCAA 5AA3A 1IIWA 4U4XA 4LP2B 1US4A 3SDFA 1ZMGA 4WEPA 1LSTA 1B7HA 2Q8JA 1Q1KA 1B1XA 4I62A 3HHFA 1ZJLA 1PC3A 1PDAA 1MPBA 2YLNA 1IQ7A 1QVSA 3FXUA 4FECA 5JTYA 2ESNA 2DQVA 1DSNA 4PQJA 5K2XA 2RCBA 4MBPA 5HBCA 4N13A 3EHTA 4GWOA 3T9XB 5HPQA 5KZTA 2RINA 2Q2CA 1MY3A 3KN8A 2A5TA 3ONMA 1VR5A 3Q28A 4LATA 3SEXA 3KN7A 2I48A 5DEXA 3OOAA 3EHSA 5IKBA 3QYTA 3JV9A 3IAZA 3P7IA 3MZ1A 3WAEA 3SEVA 2RCAA 2UVHA 4Q5TA 4FEBA 1B3GA 4YB6A 3S9EA 4OEUA 3ODBA 1NNTA 1JVXA 2OK2A 3MP1A 3BBRA 2VOZA 1USYE 1FQCA 2ALUA 1B1HA 5H8SA 4DDDA 3C34A 1R6ZA 2P1SA 2Z8DA 3VDFA 3IB1A 1MXWA 3A3CA 5K2YA 4OESA 1FQAA 2HAVA 2F36A 1PBQA 4GF8A 2ZXTA 4ND9A 2REGA 4QFOA 3PV0E 3LSLA 3BFTA 3FATA 4BDMA 2ZNTA 3CR9A 3FJ7A 1RKMA 3V8XB 4G68B 1GR2A 4PFTA 4OEVA 2OBGA 1A8FA 2R6GE 1S50A 5I84A 1MXUA 2Q89A 3GXAA 5FHOA 1VE4A 3FUZA 4JWOA 1FTMA 5CMBA 3PPPA 2UXAA 4U22A 4F3GA 1SI1A 1KWHA 4XXUA 1MQGA 3MWBA 3W9WA 1R1NA 1LB8A 2H25A 3W9VA 2RC9A 1B52A 3SESA 4QRZA 1JW5A 3S9NC 5KCJA 3OEKA 4C0RA 1QULA 4I1DA 1EZ9A 4O3AA 3IJXB 1B46A 4QFKA 3CG1A 2RC8A 4FATA 4R73A 1OMPA 1ELJA 1BIYA 5BUUA 4NF8A 3T9VA 1UTBA 1Y1MA 3QUJA 5I2KA 4OTEA 4IGTA 5EHMA 2HZKA 3ILTB 2F35A 3FJMA 1NKXA 2UVGA 3VVFA 3TCFA 3TTMA 1TFDA 2VD2A 3E9XA 1I69A 2XXYA 3RT8A 1SQYA 1AMFA 3OSQA 4F2QA 1B9JA 2VHAA 4Z0IA 1NL5A 1F9BA 3K0VA 1EU8A 1NNPA 2HXWA 1P1WA 5FHMA 5AA2D 1JETA 2F7BA 2DVZA 4LZ8A 3BKIB 4EXLA 5L8DA 2Z8FA 4KD5A 1LFGA 3ILUB 3O97A 4EQ7A 3UK4A 5I58B 1M5BA 1I6BA 4F29A 1BKAA 4Q0CA 2VP1A 5EYFA 1RYXA 3M3FA 4U4SA 3E13X 4LVQA 2DOJA 4GIZA 3MQ9A 1JQFA 4R6HA 1SBPA 1Y4CA 1VFEA 4NF8B 3CRBA 1Y3NA 1A8EA 3Q29A 4FE8A 2I0CA 2V3QA 2XX8A 4YMBA 1WODA 2OLBA 5A5XB 1R9LA 4YAHX 1OQGA 4XTCQ 4EF2A 5CBRA 1Q35A 5I2NB 4QFPA 4JSDA 1O7TA 4GQOA 3MZBA 3C9HA 1NMUA 4Z7EA 1LB9A 4F39A 4EUOA 2F7AA 2ZYMA 4RK9A 4NF6A 2A5SA 5DT6A 2I0BA 4BLAA 1P1UA 1I6AA 3C4MA 3SEUA 4IO4A 2FYIA 4O3CA 4ELPA 4YB5A 4DIGA 4GL0A 1B4HA 3T9UA 1O64A 3RPWA 5DYHA 1OLAA 3ECRA 1TWYA 2I6EA 1A40A 4HS7A 2XXIA 3WAFA 3L6GA 1ZTYA 2V84A 3FV1A 4PETA 4FAJA 1US5A 1GV8A 3S9LC 2OWSA 4ZZAA 3VLVA 4R9FA 2PYYA 3VLUA 4E0WA 4EXKA 3UP9A 4ELOA 4KYDA 3L6HA 4LQ2A 2PT1A 2Z22A 4MF3A 4R74A 3G3JA 2O6AA 3OD7A 4LZ7A 3PD8A 3N94A 4NF4A 1XOCA 5TP9B 2XXUA 3GLBA 3FZVA 5I57A 4GFRA 3V5AA 4LQ5A 3H7MA 2AL4A 2DWIA 3VV5A 4BDLA 4NMYA 1R9QA 2DWHA 4M1VA 3RLFE 4G77A 2NXOA 1PEBA 5H8FB 3KN3A 3PD9A 3SKPA 4H0WA 4TLLB 1IXHA 3DP6A 3K00A 4X1BA 4DCXA 3SERA 2HEUA 5CBSA 3T96B 3H6TA 3G3FA 3TTKA 4N6PA 1Y4TA 1MY1A 4XKNA 4R6KA 1YPNA 3TAJA 2D5WA 3IB0A 3VVEA 1B05A 2V3UA 3RQTA 2GHBA 1SW5A 4IO7A 4YU0A 5B70A 4POXA 2ZYKA 1MY0A 3KGCA 1NNKA 2DWJA 2Y7RA 4UACA 1DPPA 2I4CA 2F34A 4I9DA 5ITOA 4BDQA 1LCFA 4OERA 2D21A 4RPNA 1N76A 3TTNA 2R9JA 5TPAA 4N07A 4YMAA 4DXCA 5DVIA 1DTZA 2F78A 3O29A 3IO6A 4NE4A 5FHNA 1QUJA 2RF1A 2ZMBA 3HCQA 4AB6A 1LGBC 2XXQA 4THIA 4NF4B 3C33A 4R9GA 2IA4A 1URSA 2XX9A 4IY5A 1M5EA 5I59A 1T0KA 5BWJA 5H8NB 3U8QA 5AA4B 2HQ0A 1MPDA 3EHUA 4ZEFA 2OWTA 3KEIA 4HTGA 4BDRA 2DE4A 4DXBA 4ELQA 2QS4A 5KDTA 3CFXA 2PX1A 4LUBA 2Y84A 3QXMA 2O84X 1YAEA 1NFTA 4RPOA 4KQPA 3RTWB 4K3FA 2NWJA 3ZKKA 4E0XA 5ICQA 4OFLA 2CMOA 3IORA 4EF1A 3Q27A 4DLDA 1LCTA 1USYH 3SEYA 2HAUA 4G8HA 3UGWA 2O69A 5F1QA 4QFNA 2O7UA 4YKPA 3TEPA 1Y20A 4L17A 3EQ1A 3RTFB 1AL3A 5TPAB 1N3XA 2VGQA 3FD3A 4IO2A 3H6WA 2ZNUA 3GBBA 4ZECA 2X7QA 3KBRA 2E0SA 4F1VA 2QJEA 3MPKA 1ATGA 3F11A 4P0IA 4PFYA 5L9MA 1BLFA 3PPNA 1Y3QA 4OMBA 1J1NA 1MQHA 4TQUQ 3HN0A 1II5A 3JZJA 3A3UA 1UIVA 1SD3A 4OVJA 5AA2A 5I59B 1XS5A 5JTYB 1YTVA 2YPNA 5I56A 5CRYA 3IK6B 3QSLA 4LZ5A 5H8QA 3JYRA 1MXYA 4U2RA 3CVGA 4R2BA 1EZOA 1MH3A 2A5TB 4XKPA 4OHNA 1FTJA 4AB5A 3PMXA 2F6GA 1LAHE 1P99A 1EH3A 2ABHA 3OXNA 5CMKA 3CSBA 4YKJA 5DEXB 1FQDA 1LBBA 3UORA 1FQFA 2Z8EA 4RJZA 5ISUA 4ZE8A 1IITA 3CI8A 4LA9A 3AXFA 1NNFA 2LAOA 3QAXA 4RXLA 3BFUA 3U92A 1SYHA 3M3LA 1XVYA 3HSTA 2OJTA 3N5LA 2KLFA 2XD2A 4P11A 2G93A 3HHGA 1SDXA 2I49A 2W7YA 4GLIA 4NF5A 3TFLA 1MXZA 3UN6A 2DYXA 5DTBA 1MQIA 3FVOA 4HCWA 5B7DA 1HSEA 4XKQA 4NTLA 3T66A 3LC8A 1N04A 4R6YA 1PB7A 1PBPA 4IO5A 1YCJA 4EQBA 4ZEDA 3DLNA 2H5YA 5JEIA 1M5FA 3K6VA 2O68A 4P0GA 5AA2B 1WDNA 2AL5A 3PMWA 1GGGA 2XXXA 3ZSFA 3U93A 2ANJA 2XXWA 2PVUA 3ZKLA 2XXHA 3H3GA 2XHDA 1DTGA 1NH7A 3FASA 4KHZE 3RGYA 3H06B 5DVJA 4GD5A 3QK6A 3R6UA 3S4UA 2O7IA 3DELB 1ANFA 3LSXA 4ZS9A 3T9HB 1MQDA 4ZDMA 4G8NA 1AOVA 5L9OA 3QUFA 1SW4A 1SYIA 3MVYA 3TCGA 5KCJB 1PB9A 2RC7A 1IUDA 3VLWA 1OLCA 3RNNA 4BDNA 1MXXA 5H8HA 5DVFA 3HV1A 3PUXE 1IEJA 1MM6A 4RNSA 3U1OA 2B65A 4QF9A 3KSXA 3TMGA 4BDOA 1B0LA 1MM7A 1UTBB 2H4IA 1B0HA 4H67A 4NF5B 5I2KB 1OVBA 3MW0A 4FJPA 1MS7A 4R75A 3W15C 2V3TA 3MBPA 4PP0A 2DP8A 1HSJA 3EN3A 2ZNSA 2UYFA 4ESXA 3Q26A 2OZZA 2P0SA 2CZLA 2M8CA 4H5FA 4POWA 3MUQA 4GXSB 1S7YA 3FVNA 1B4ZA 3THIA 2HFBA 1FQBA 2QS1A 4KCDA 1QUIA 1B5IA 4ZEBA 1IZ1A 4NWCA 4WKMA 3EF7A 1MQJA 1Y1ZA 3KOTA 4U1ZA 2QPQA 2THIA 2FNCA 4JWXA 1PB8A 3CIJA 2V25A 5EHSA 1SVXB 4ESWA 1JVYA 1MY2A 3CFZA 3PPRA 5LOMA 2QMXA 3VXCA 1OVTA 4H65A 4KI0E 1MY4A 4TOZA 3FIRA 1S9TA 1JEVA 1DMBA 3B6QA 4F22A 1TXFA 1DOTA 3MAMA 2F6PA 4RA1A 1D4NA 4FORA 4FEDA 3G3HA 5CC2A 3C31A 3MZ9A 2I3VA 2G29A 4HCYA 1LFIA 4ZEKA 5AE4A 4OWDA 3VE1B 4X9TA 4PFUA 2B3FA 3IR1A 3EPEA 4U1OA 1ZBMA 4NF6B 1LFHA 2Y7PA 1CB6A 2I4BA 4G8MA 1ZU0A 4XIGQ 1GVCA 3OELA 1B5JA 3G3GA 3OENA 1JEUA 1B3HA 4GOTA 4ZE9A 1D9VA 4JDFA 3IB2A 1XT8A 4R72A 1GTKA 4ZEIA 1N3WA 4OQOA 1B7ZA 1A99A 4ISUA 5FTHA 4JB7A 1WVJA 4KFQA 1CE2A 1N84A 3O66A 3M8UA 3RN8A 4RY1A 4F1UA 3PUWE 3TPAA 3O9PA 1IXIA 1JW4A 2DE3A 4PFWA 2F97A 3IO4A 1URDA 5ELVA 2XX7A 2GRVA 4UA8A 2H98A 3H6VA 1B2HA 1LAFE 1ZLQA 3K1NA 5I57B 4QFLA 2B3BA 3IJOB 4DE8A 1XVXA 4YKIA 3CG3A 4F19A 3MP8A 2Y7KA 4HW8A 3KJTA 1BTJA 4EQ9A 4F2OA 2DXRA 1QW0A 4G68A 4RK2A 4H8IA 3A09A 1ZIUA 3TCHA 1B58A 3KFMA 3I6VA 3KZGA 4ONYA 4PE5B 1I6QA 2DS9A 2DVCA 2XXRA 3TELA 3IOTA 3TDJA 3N6TA 5CMCA 1QKAA 4G4PA 2QMWA 2QS2A 4OYVA 4R2FA 2XXVA 4F1YA 4OETA 3S9MC 4DZ1A 3OO8A 1VSOA 4JBZA 4GXAA 3GBAA 3GZGA 3PU5A 3DM0A 3K1MA 3VVDA 4IB2A 3HPIA 1FCKA 2FA7A 4H8JA 3U72A 2QL3A 4GVOA 3M3KA 4MFIA 1NH8A 1AIVA 1P1NA 3V83A 4QSEA 4YICA 1IXCA 3MVWA 3MC2A 3RUMA 4F3PA 3LR1A 1D9YA 1LLSA 2AIXA 1MPCA 2BJJX 2XXTA 2H9BA 1B3EA 3N6UA 4IO6A 1UQWA 5KDTB 3MPLA 4RYAA 1MG1A 1P1QA 5CMMA 1ZKBA 1EZPA 2NOOA 2Y7WA 2GHAA 2Q88A 3KOSA 5J1DA 2Q2AA 1LAGE 4MLVA 4M4GA 3DP4A 2DE2A 5ICTA 4I8CA 3OO6A 3O28A 1JW1A 2WKYA 2R71A 4QSCA 2F8DA 1TFAA 3IOVA 4YB7A 3Q25A 4EDPA 1L5TA 5I58A 2DWAA 3K01A 2REJA 2V93A 5F7VA 3CSGA 3O6GA 4MLQA 1MDP1 3B6TA 3H4ZA 2ZYNA 1BP5A 2Q9TA 1OQHA 4OZ9A 1Z7NE 3U94A 1B3LA 4LONB 1FQEA 2X26A 1LAXA 2ONSA 1N7WA 3TKDA 1B32A 3FXRA 3SEWA 5M2VA 3MP6A 3USDA 1M5DA 4ELRA 3PPOA 4WEDA 5A5XA 3FVKA 4O3BA 3VXBA 2ONKE 5I56B 2UVIA 2NUVA 3ZS6A 3I5OA 3B6WA 5I2NA 3TQLA 5H8QB 2F7CA 2O1MA 4GRKA 4F3BA 3PPQA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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