4F31B

Kainate bound to the d655a mutant of the ligand binding domain of glua3
Total Genus 79
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
79
sequence length
258
structure length
258
Chain Sequence
RTIVVTTILESPYVMYKKNHEQLEGNERYEGYCVDLAYEIAKHVRIKYKLSIVGDGKYGARDPETKIWNGMVGELVYGRADIAVAPLTITLVREEVIDFSKPFMSLGISIMIKKGTPIESAEDLAKQTEIAYGTLASGSTKEFFRRSKIAVYEKMWSYMKSAEPSVFTKTTADGVARVRKSKGKFAFLLESTMNEYIEQRKPCDTMKVGGNLDSKGYGVATPKGSALGNAVNLAVLKLNEQGLLDKLKNKWWYDKGEC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title The loss of an electrostatic contact unique to AMPA receptor ligand binding domain 2 slows channel activation.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Glutamate receptor 3
molecule tags Transport protein/agonist
source organism Rattus norvegicus
total genus 79
structure length 258
sequence length 258
chains with identical sequence D
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-05-08
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4f31B01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4f31B02
4FAJA 1ELJA 3ODBA 2XX7A 3MUQA 4GIZA 5ICTA 4R72A 4KQPA 4IGTA 5TP9A 2HXWA 3ONMA 3C35A 3ECRA 4GD5A 3KEIA 2I4BA 2RCAA 1US4A 2O69A 1MDP1 2G29A 2PT2A 1BP5A 1LCFA 5AA4A 1JEUA 3FVGA 1IQ7A 2DWJA 4G8MA 3CG1A 2ZYOA 4M1VA 1UIVA 3D4CA 2H9BA 1B3EA 1ZMGA 1B51A 4ZEFA 5JEIA 1RKMA 3K6WA 3MW0A 2F8DA 3SDFA 1O63A 4QFNA 3DM0A 4DXCA 2XXYA 2Y7PA 4GFRA 1B3LA 4DXUA 2RF1A 2OWSA 3T9UA 1B5JA 1EZPA 4I1DA 1LAXA 1XOCA 4GF8A 3BFUA 3MVZA 2PYYA 4O3AA 5L8DA 2HFBA 3V89B 5IAIA 1Y1ZA 3KOTA 1LBCA 2B65A 2RINA 3SETA 4H1XA 1VFDA 3L6GA 1URDA 4OFOA 5K2XA 1H3DA 2V3TA 1PB9A 4N6PA 4POXA 1P99A 2F5XA 4C1TA 3O9PA 4GXSB 5HBCA 4LVQA 2DWAA 1FW0A 4QSCA 3S4UA 3QUJA 4R2FA 1JQFA 3FJMA 4GL8A 3QAXA 1B40A 3OD7A 3N94A 1JNFA 2UXAA 1PDAA 4KR5A 4AB6A 4OYVA 4EXKA 3PPOA 1B32A 4WXJA 3H7MA 4IO7A 4DXBA 5EHSA 3WAEA 1AOVA 1YPNA 3TEPA 3TZAA 1B1XA 2VOZA 3MVYA 4E0WA 4Z7EA 1B5HA 4OVJA 4AB5A 4NF4B 4YU0A 1JVYA 2Y7RA 2ZYNA 4TOZA 2F36A 2Q8JA 1IXHA 2F7BA 5L9SA 3MWBA 3DLNA 5ICQA 2ZYMA 2ZYKA 4ELPA 5CMKA 4OEVA 1XT8A 1EZOA 3S9NC 1UTHB 2PMSA 3K4UA 1B05A 4G68C 1TWYA 5H8SA 1EU8A 1JW4A 3I3VA 3MJNA 1WVJA 1N76A 4R75A 2ZXTA 4F3SA 4ISUA 1MDQA 2O7IA 3VXBA 1QUKA 2PT1A 3FJ7A 4G68A 1DPEA 3TQWA 5BUUA 2LAOA 1SW2A 2OWTA 3LSLA 3KJ7A 5JK4A 3PMWA 2XXRA 2O84X 2NUVA 5AA2D 4U4SA 4P0GA 3CSGA 1OQHA 3CIJA 1JW1A 3TTLA 4BDRA 3CFXA 3MPLA 3PPQA 1NFTA 3MVWA 3K0VA 3OXNA 3MP8A 4MLVA 2XXXA 3IOWA 1GR2A 4YAHX 3ZKLA 4FEDA 3OEKA 2IA4A 1M5CA 4G4PA 4Q0CA 2XXIA 2DP8A 2I4CA 2DE2A 1ZLQA 4JWOA 4YKKA 1QULA 3U1OA 3K1PA 4F1VA 4F1UA 4F2QA 3WAFA 3IJOB 3A3CA 4OETA 4ZZEA 1OVTA 4DZ1A 1NNKA 5H8FA 3HCQA 1MY1A 3FXQA 5DTBA 1URGA 3MAMA 4ELQA 3RT6B 5ELVA 4ECFA 4NF4A 3OO9A 4QSEA 1LLSA 3VLUA 2PBWA 2F78A 3T96B 1MS7A 2FA7A 5FTHA 5KCJB 1D4NA 1OIBA 1UTHA 2AL4A 3G3JA 1SD3A 1PBQA 3IORA 1OVBA 1R1NA 4EQBA 2DWIA 4DE8A 1LAGE 4NF8B 5HPQA 4HCWA 1FQDA 5I59B 3KN3A 4RPNA 5L9OA 1H76A 3TYHA 3SERA 1JVXA 1LGBC 1QJMA 5TPAB 4XKQA 2AIXA 4EQ7A 4K3FA 4M4GA 3EF7A 3Q28A 3DP4A 1MXYA 2P0SA 3FV2A 3U93A 4RY1A 4JSDA 2VP1A 5I2KA 3FASA 4C0RA 2CMOA 4R74A 1D9YA 3DP8A 3O6HA 1D3KA 3TMGA 2F6PA 4ZE9A 4ZDMA 3HHFA 1F9BA 4H8IA 4E0XA 1XVXA 1Y3QA 3UN6A 1ZTYA 4U1OA 5JTYB 4ZEDA 2I48A 5IKBA 2RC7A 1MH4A 4ZEKA 1KWHA 1LAHE 1VE4A 2HQ0A 4MH5A 4KHZE 2QS4A 3SEUA 4YMAA 2XX9A 4R6KA 1HSLA 2DQVA 4IO3A 5H8NA 3N6UA 5BWJA 3MC2A 3E13X 4XXUA 3TPAA 1AL3A 1H44A 1M5EA 2QRYA 3CFLA 3VLWA 4FJPA 3T22A 1IXCA 1POTA 3IJXB 3TDJA 4JB7A 1OQGA 2F6GA 4FORA 2Q89A 3L6HA 5KCJA 3IR1A 4MFIA 4R9GA 3A3UA 2WKYA 1I6QA 5DVJA 4KFQA 1XS5A 1MQDA 3KN7A 4XKPA 3CR9A 1B4ZA 4NF8A 2UYEA 5B7DA 5I59A 3PUZE 3FD3A 1M5BA 1S50A 4BDMA 3IOVA 2Z8FA 2E1SA 3DELB 5TPAA 3G3IA 1OLCA 1SW5A 1QKBA 4NE4A 4I9DA 4DCYA 3H06B 4YMBA 1S7YA 1Q35A 3KGCA 1B0HA 5ISUA 5CMMA 1QUJA 4OTEA 2ZNTA 4R2BA 4FATA 3RQTA 3IB2A 2HZLA 4YKJA 4UACA 3K6XA 3GZGA 5JTYA 3LBSA 1S9TA 4KYDA 3K6VA 2NOOA 1Y20A 4R6HA 2YLNA 4GQOA 4JWXA 4H8JA 4GLIA 3PGFA 4FECA 1FQBA 3EHUA 2Z22A 1UTBB 5FTIA 2Z23A 5L9MA 5I2NB 3R7XA 1DTGA 1UIUA 4EF2A 3C31A 4THIA 3RTWB 2I58A 4PFYA 3M3LA 3CRBA 1MXXA 2XXHA 4JDFA 4RK2A 1M5DA 3S9LC 1FTLA 3I6VA 3Q25A 2QMXA 2R9JA 1FTJA 1TXFA 2D3IA 3T9HB 4JSOA 3MPKA 3V5AA 4F31B 3ZS6A 2GHBA 4WKMA 3PD8A 4O3BA 3M8UA 4OERA 4QF9A 3C36A 4RPOA 2OBGA 4N07A 2R71A 1B9JA 1O64A 3SEYA 5TU0A 2AL5A 1FCKA 1PBPA 3H6WA 1RYOA 1FTMA 3IB0A 3SEXA 3PD9A 3IO4A 1B6HA 5CBSA 3O6GA 5EYFA 4TLMB 2THIA 3A09A 3VV5A 3ZSFA 1A7LA 1MPDA 4L17A 4YZZA 3U72A 5CI5A 1T0KA 1JETA 2I0CA 4NWCA 3TTMA 1WODA 5F1QA 3CI8A 4H67A 3SEWA 1N84A 5KZTA 1BIYA 4U2RA 3G3FA 2RC9A 3E4RA 1MY0A 1DPPA 2UVGA 1NNPA 1SQYA 1TFDA 2RC8A 4XKNA 3K2DA 3OENA 1VR5A 3VFJA 2F7AA 4MF3A 4F3PA 2VD3A 4H5FA 3SKPA 3BBRA 4YICA 4ONYA 4EUOA 4ZECA 3H03A 4RA1A 1MRPA 1UTBA 2XD2A 2GHAA 1A99A 4ZEIA 5I2NA 4POWA 3I5OA 2O1MA 3H3GA 4NMYA 3RPWA 1SVXB 4TLLB 1CB6A 4UA8A 3S9EA 5CBRA 3MQ9A 4YB5A 4KD5A 1QKAA 3FV1A 1UQWA 4X9TA 3HN0A 3TAJA 5I58B 3RNNA 2O1LA 1MXWA 4RK9A 1URSA 3CSBA 2XXQA 5HM4B 4OZ9A 3O66A 1J1NA 2Y7IA 1LFHA 2Y7KA 1LFGA 1A8EA 1IXIA 1A54A 4QFOA 3IO6A 3K01A 4IO2A 1I69A 4F19A 4HW8A 3IOUA 3FUZA 4WEPA 4RJZA 4ESXA 3K1MA 1MM7A 4BDLA 3HPIA 3VE1B 1Y3PA 4OMBA 1PB8A 4C1UA 2Y84A 3MZ9A 2F97A 2ONSA 4YB6A 4IO5A 4EXLA 1SYHA 3KSXA 2B3BA 1N04A 1P1NA 4X1DA 2ANJA 3QYTA 3UGWA 2I3WA 1FQAA 5DEXB 2V84A 1TT1A 4QRZA 3IK6B 3EQ1A 3V8XB 2G93A 2GH9A 3C32A 1SI1A 3O28A 2UVJA 3K02A 3TKDA 4GXAA 2Q2CA 4DDDA 2UYFA 2PVUA 3THIA 4U1ZA 2A5TB 4OESA 1D9VA 2P1SA 3PPRA 1MQGA 2REJA 3G7WA 3IB1A 3PMXA 1L5TA 1AIVA 5H8QB 2O7UA 3MP1A 4FE8A 2RKMA 3HSTA 2NXOA 4F39A 5DT6A 3DP6A 2D21A 3OO8A 1TFAA 5I58A 4F18A 1Q1KA 3S2VA 3FIRA 3AXFA 1Y3NA 5I57B 3RUMA 5CMBA 3U92A 1QUIA 1B52A 4R6YA 2D5WA 1VFEA 2H5YA 2QSXA 5EHMA 4PE5B 1YAEA 5ITPA 1OMPA 3T93B 4NF5B 3W9WA 3UP9A 1HSJA 1IEJA 3KZGA 4LZ5A 4Q30B 4LQ2A 4JWYA 2DXRA 2UVIA 2I0BA 1SW1A 3CG3A 1B3GA 4ZS9A 1Z7NE 2XX8A 3T9VA 4LQ5A 4F3GA 2H98A 4BDOA 4LZ8A 3QK6A 5LOMA 3HHGA 4ESWA 4P0IA 2A5SA 2YJPA 2DE3A 5FHMA 2Z8DA 4XKRA 2XXUA 1MH3A 1GTKA 2REGA 2Q2AA 3VXCA 4DIGA 2VHAA 3R26A 3OO7A 4EQ9A 5FHOA 5CC2A 1HSEA 2GRVA 4Q8RA 3LSWA 2O6AA 1SBPA 3OOAA 2A5TA 3K6UA 4BDQA 3KBRA 4IO6A 1US5A 1BKAA 4TQUQ 3TUSA 1Y9UA 4YKPA 5H8QA 1N3WA 3C33A 2X26A 3PUYE 1MY2A 3MP6A 1GGGA 5CMCA 5AA2B 4PQJA 4F3BA 3B6WA 4H6DA 4NWDA 1NNFA 2ABHA 3UK4A 2XXWA 4OHNA 1RYXA 4OENA 1ANFA 5I57A 3PPPA 4H65A 4DCXA 1IZ1A 3RTFB 4PP0A 3FVOA 3EPEA 3MZBA 3SEVA 3FJGA 1LAFE 3QSLA 1B7ZA 3HO7A 1P1UA 3LSFB 4NF5A 1NL5A 3OEMA 3D4GA 1MY3A 1B46A 5KDTB 3LUYA 1A40A 2XXPA 3G3HA 3S9MC 3V83A 3K00A 4YKIA 4PETA 5CRYA 1B1HA 2GFEA 1CE2A 1EZ9A 2OLBA 1Y4CA 2OCUA 3W15C 4IY5A 1YTVA 2QS2A 1GVCA 1I6BA 3FVKA 1PB7A 4ZEBA 1ATGA 4JBZA 2QL3A 3O29A 4G8HA 4PFWA 4RXLA 3G3GA 4PFUA 2F34A 2ZNSA 4PFTA 4QFLA 3RLFE 1QVSA 4GL0A 1SI0A 3LC8A 3F11A 3KN8A 3GLBA 4NEDA 1B2HA 4KPTA 2ALUA 3UIFA 2V93A 2F7CA 3JYRA 4G68B 1FQEA 3QIMA 2R6GE 4ND9A 5AA2A 2BJJX 3RGYA 1XVYA 1VSOA 2F35A 3B6TA 3T66A 1AH5A 3TFLA 3PUVE 3KJTA 4I8CA 4LONB 1MPCA 3IL1B 3JZJA 1R9LA 1LSTA 3PPNA 1N3XA 4KYSA 5DYHA 3OELA 4Z0IA 2NWJA 4RYAA 4XIGQ 3TQLA 5I56B 3RY3A 3IAZA 1DMBA 4GRKA 3G3KA 2ONKE 3BFTA 2NVUB 3FZVA 5KDTA 1BLFA 1NH7A 2QMWA 2HAVA 2P2AA 4QHQA 1B0LA 3N6TA 4ELRA 4G77A 2V3UA 3USDA 2XXVA 2QS1A 1MM6A 4R73A 1P1OA 2DYXA 4U4XA 4OQOA 5CM6A 1YCJA 5I84A 1MG1A 5H8FB 4ELOA 3KG2A 1N7WA 2XD3A 4P11A 4BLAA 2I49A 3GBBA 1N0TA 1P1WA 3Q29A 2DVCA 1B4HA 4XTCQ 3M3KA 1XC1A 3HV1A 1AMFA 2DS9A 3SESA 1ZJLA 4LZ7A 3O2AA 1B3FA 1LB8A 2I6EA 1DTZA 1ZU0A 4LA9A 2IEEA 2OJTA 3LSXA 4MBPA 3N5LA 2DWHA 3IX1A 2B3FA 1XHYA 3KOSA 1NKXA 1R6ZA 1QW0A 4R9FA 1OLAA 2Y7WA 3IOTA 3E3KA 3R6UA 2RCBA 3T9XB 4BDNA 4O3CA 4U23A 1B7HA 2XXTA 4X48A 2DE4A 1MPBA 4QFKA 3Q27A 2E0SA 4DLDA 2YPNA 5I2KB 1II5A 1JEVA 4KCDA 3GXAA 4NF6B 5I56A 4N13A 3B7DA 5M2VA 2HAUA 3C9HA 1GV8A 5ITOA 1M5FA 4GVOA 4IB2A 3TTNA 3VVEA 2HEUA 1POY1 1USYE 1Y1MA 4F29A 2O68A 1R9QA 5A5XB 4LP2B 3QUFA 5F7VA 4G8NA 5DVIA 3TCGA 2KLFA 3EHTA 4GOTA 4HS7A 1H43A 3H6TA 4OFLA 4EF1A 1DOTA 5H8NB 4HTGA 5H8HB 1SDXA 3U94A 3MVXA 3W9VA 1FQFA 2I3VA 4EDPA 3QXMA 3RT8A 3MBPA 1IUDA 3FXRA 5K2YA 3FXUA 3OSRA 4QSDA 3KFMA 1FTOA 2QPQA 1IXGA 2O51A 4H5GA 4KI0E 3FGSA 1USYH 5J1DA 3EN3A 4F1YA 3JV9A 2HZKA 1NH8A 3EHSA 3Q26A 1FTKA 3H6UA 2ZMBA 3PMVA 3TELA 3FATA 4LUBA 2DOJA 2XHDA 4F22A 4IO4A 4U21A 3VLVA 4LATA 1PEBA 1MXZA 1FQCA 4OWDA 3TTKA 1LFIA 4OFJA 2H99A 1P1QA 3OSQA 1SYIA 1MQJA 3TCFA 3OMBA 2X7QA 2OZZA 4IY6A 2VD2A 4OEUA 4Q5TA 2Q88A 2DVZA 1JW5A 1NMUA 3P7IA 2FYIA 1DSNA 1MXVA 1MQHA 5B70A 2HCAA 3O6IA 3H4ZA 2FNCA 3VVFA 1B58A 4NF6A 2QS3A 2V25A 1Z7ME 3VDFA 3U8QA 3MZ1A 2M8CA 2ONRA 1LB9A 3ZKKA 1B3HA 5DEXA 3FVNA 3CFZA 4YB7A 1N7XA 5AA1A 5TP9B 5A5XA 4JXIA 1ZKBA 2QJEA 4I62A 5AE4A 2ZNUA 1SW4A 1MY4A 1H45A 1A55A 1BTJA 4G2ZA 3RN8A 1ZBMA 2OK2A 4ZE8A 5AA4B 3VVDA 1PC3A 2CZLA 5H8HA 3UORA 3M3FA 3E9XA 3H6VA 3PU5A 1IIWA 3ILUB 2Q9TA 3UA8A 3O97A 1EH3A 1ZIUA 3PUXE 4ZZAA 4OXVA 2UVHA 5DVFA 3C34A 2Z8EA 1O7TA 3OO6A 2ESNA 1Y4TA 4HCYA 1B5IA 4NTLA 3TCHA 3PUWE 2W7YA 4FEBA 1LCTA 1MXUA 1NNTA 5AA3A 4U22A 1A8FA 1B7UA 1WDNA 3BKIB 1I6AA 4AQ4A 3KSJA 4KYEA 4FIMA 3CVGA 4X1BA 2DSFA 2V3QA 4KCCA 2H4IA 3TTRA 4H0WA 3GBAA 2AYSA 2H25A 5FHNA 3ILTB 3C4MA 4MLQA 4WEDA 2VGQA 1LBBA 3LR1A 3TODA 2PX1A 2X7PA 3B6QA 1IITA 4IGRA 4GWOA 3PV0E 2DXYA 4F2OA 4QFPA 1MQIA 3N26A 3K1NA 4RNSA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4FAJA 1ELJA 2Q8MA 3ODBA 2XX7A 3MUQA 4GIZA 5ICTA 4R72A 4KQPA 3PTYA 4IGTA 5TP9A 2HXWA 3ONMA 3C35A 3ECRA 2L5VA 4GD5A 3KEIA 2I4BA 2RCAA 1US4A 2O69A 1MDP1 2G29A 2PT2A 1BP5A 1LCFA 5AA4A 1JEUA 1FBGA 3FVGA 1IQ7A 2DWJA 4G8MA 2P3VA 3CG1A 2ZYOA 4XEQA 4M1VA 1UIVA 3D4CA 2H9BA 1B3EA 1ZMGA 2PFYA 1B51A 4ZEFA 5JEIA 1RKMA 5EQAA 3B8BA 3K6WA 3MW0A 2F8DA 3SDFA 1O63A 4QFNA 3DM0A 4DXCA 2XXYA 2Y7PA 4GFRA 1B3LA 4DXUA 2RF1A 2V4CA 4OVPA 2OWSA 3T9UA 1B5JA 1EZPA 2HXRA 4I1DA 1LAXA 1XOCA 4GF8A 3BFUA 3MVZA 2CZIA 5EYHA 2PYYA 4O3AA 5L8DA 4MIJA 2HFBA 3V89B 5IAIA 1Y1ZA 3KOTA 1LBCA 2B65A 2RINA 3SETA 4H1XA 1VFDA 4IR8A 3L6GA 1URDA 4OFOA 5K2XA 1H3DA 4N17A 2V3TA 1PB9A 4N6PA 4POXA 1P99A 2F5XA 4C1TA 3O9PA 4GXSB 5HBCA 4LVQA 2DWAA 1FW0A 4QSCA 3S4UA 3QUJA 4R2FA 1JQFA 1AWBA 3FJMA 4GL8A 1EYKA 3QAXA 1B40A 3OD7A 3N94A 1FPLA 4MHFA 1JNFA 4P3LA 2UXAA 1PDAA 4KR5A 4AB6A 4OYVA 4EXKA 3PPOA 1B32A 4WXJA 3H7MA 4IO7A 2B4MA 4DXBA 5EHSA 3WAEA 1AOVA 1YPNA 3TEPA 3TZAA 1B1XA 2VOZA 3MVYA 4E0WA 4GWYA 2WYKA 4Z7EA 1B5HA 4OVJA 4AB5A 4NF4B 4YU0A 1JVYA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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