4F39A

Kainate bound to the ligand binding domain of glua3
Total Genus 78
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
78
sequence length
258
structure length
258
Chain Sequence
RTIVVTTILESPYVMYKKNHEQLEGNERYEGYCVDLAYEIAKHVRIKYKLSIVGDGKYGARDPETKIWNGMVGELVYGRADIAVAPLTITLVREEVIDFSKPFMSLGISIMIKKGTPIESAEDLAKQTEIAYGTLDSGSTKEFFRRSKIAVYEKMWSYMKSAEPSVFTKTTADGVARVRKSKGKFAFLLESTMNEYIEQRKPCDTMKVGGNLDSKGYGVATPKGSALGTPVNLAVLKLSEQGILDKLKNKWWYDKGEC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transport protein/agonist
source organism Rattus norvegicus
publication title The loss of an electrostatic contact unique to AMPA receptor ligand binding domain 2 slows channel activation.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Glutamate receptor 3
total genus 78
structure length 258
sequence length 258
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-05-09
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4f39A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4f39A02
4ZDMA 4R9GA 1O7TA 4OZ9A 3R6UA 3FXRA 1N84A 3FASA 5AA2B 4NF6A 5I2KA 3PUYE 4DCYA 3RPWA 1FTLA 1JQFA 3B6TA 4POWA 2I58A 5DYHA 1MDQA 4NF8A 4GF8A 2Q89A 1KWHA 1DSNA 2DWJA 4UA8A 3TDJA 2ZYMA 2F7BA 2PVUA 1N3WA 4QFKA 1AL3A 4EXKA 1OQHA 1NNTA 4TQUQ 2DE4A 1ZMGA 1LAFE 4ZEKA 4QFOA 2F7AA 4LZ7A 3QUFA 4ZEFA 4KPTA 4F22A 2GRVA 1Y3QA 3KJTA 2I0CA 1RKMA 1SYIA 1POY1 4OVJA 5CRYA 3KBRA 1IXCA 4IO5A 5CMMA 4M4GA 3VVEA 1I6BA 5I58A 5JK4A 1ZBMA 4GL8A 4R2BA 4F31B 2H9BA 2I3WA 3UGWA 1MY4A 2H25A 4NWDA 2DOJA 5KZTA 3VXBA 3OENA 5CC2A 4GQOA 3QK6A 4X1BA 4O3BA 5A5XA 4FATA 4Q30B 4OEVA 4I1DA 1MH4A 5HM4B 1MXXA 3HO7A 1Z7NE 2XHDA 2ZYOA 1DPPA 1AMFA 4YB5A 2O68A 4Z0IA 3H3GA 1WODA 2XX9A 1F9BA 1P1OA 4GXAA 4DXBA 4PFWA 1JW5A 2RKMA 2XXRA 1BP5A 2H99A 4OMBA 1TFDA 4NF6B 3DM0A 2V3TA 1NH7A 3Q28A 5ICQA 2A5TA 3MPLA 4ND9A 4NF8B 4QF9A 2RCBA 3RUMA 2KLFA 2XX8A 3G7WA 3H4ZA 1JEUA 4LA9A 2D21A 3MBPA 4U21A 3LSXA 4XKPA 1IZ1A 2DVZA 4DIGA 4ZZAA 1QW0A 3PPOA 3RNNA 4R2FA 1R9QA 3M3KA 2V25A 4MBPA 1LAGE 2QS2A 1CB6A 2ONSA 1Y3PA 2DS9A 2Q9TA 2DE3A 5DT6A 1QKBA 4XTCQ 4TLMB 1L5TA 5H8SA 2ZXTA 1SYHA 4EQBA 1USYE 1OVBA 3FV1A 5DEXB 2F7CA 1XS5A 1CE2A 3H6TA 3KN3A 1JVXA 4PFUA 4F1VA 1MM6A 2VP1A 4ZE9A 1B4HA 3EQ1A 4P0IA 4Q8RA 1ZJLA 1LLSA 3KFMA 3CVGA 3TCHA 3FJMA 5H8QA 1LFIA 1B6HA 3QAXA 2NUVA 3OMBA 2QMWA 4YZZA 5A5XB 1Y9UA 1SW5A 3USDA 5L8DA 3LSFB 1PEBA 3K6WA 1R9LA 1B3GA 3CI8A 1LFGA 4BDNA 2HZLA 3E9XA 4ELPA 2PBWA 4RPNA 1XC1A 3PUZE 3E13X 4JB7A 3A3CA 5KCJB 3K6UA 4ZS9A 3ZKKA 4C1UA 3T93B 4C0RA 4G68C 4IO6A 3SEXA 2DWAA 1H43A 1Y20A 2ALUA 2ABHA 2A5TB 4U2RA 4XKNA 4DLDA 2DYXA 3B6QA 2I4BA 1BTJA 1MQGA 3MUQA 2Z22A 4WEDA 5DTBA 3K01A 4XIGQ 2XX7A 3VVDA 1M5CA 3WAFA 4FEDA 4L17A 2FNCA 1OLCA 4EF1A 1B3HA 2UVHA 4WEPA 1LB8A 1B40A 2O7IA 3CSGA 3OSQA 3G3FA 3T9VA 3FUZA 4I9DA 4KYEA 1URSA 1JVYA 1GTKA 3DP8A 2DE2A 5AA1A 3KSXA 5HPQA 3UN6A 1ZU0A 3K1PA 3RLFE 4G68A 3AXFA 1OQGA 5H8QB 3V5AA 1ATGA 3CG3A 3PMXA 1RYOA 4PFYA 5BWJA 3PPPA 5JTYA 4IGTA 1O63A 2DXRA 1POTA 4X9TA 4OXVA 3IO6A 3OOAA 3HN0A 2DVCA 3S9MC 4ZEDA 2H5YA 2E0SA 1DTZA 1TWYA 4JWOA 1B7HA 2NXOA 3I6VA 1B9JA 2ANJA 3PPNA 1VE4A 3L6HA 2O1LA 4I8CA 4YICA 3ZKLA 3W9WA 1XT8A 2NOOA 3TTRA 1S9TA 1AH5A 2RCAA 4FECA 2DWHA 5F1QA 3C36A 4H1XA 3KOSA 1FTOA 2XXQA 1LFHA 3M3FA 5L9OA 1FTJA 3JV9A 3C33A 3T66A 4OFLA 3HHFA 2CZLA 3Q25A 4OHNA 2ZYKA 1B5JA 1JETA 2Z23A 3CIJA 4U4SA 1UIUA 1SW4A 5FHNA 4ELQA 2XXWA 2AIXA 2Y7IA 2DXYA 3LSWA 3O2AA 2AL5A 1XVXA 1USYH 4EQ9A 1SI1A 2UVGA 4BDOA 2IA4A 1SW2A 2Z8EA 2VD2A 4G68B 4POXA 4LZ5A 2RC9A 2FYIA 5L9SA 4PETA 1IXIA 1H44A 2ZNUA 3K6VA 4JSDA 3BBRA 4H67A 3B7DA 3OO6A 2HCAA 3MWBA 5ISUA 2G29A 5JTYB 4R6KA 3FVGA 1H3DA 3IL1B 3Q27A 1T0KA 3CSBA 3EPEA 2P1SA 4DDDA 2W7YA 4YMBA 1US5A 3FGSA 4Q0CA 4MFIA 1P1UA 4MLQA 3K02A 1HSJA 1MY2A 3TFLA 1B1HA 4LONB 1PC3A 2OK2A 3QUJA 1IIWA 1GR2A 3G3KA 3R26A 2O84X 3MPKA 3RQTA 4F3SA 4QSCA 4ESXA 5J1DA 1B52A 3PGFA 2OZZA 1J1NA 3W9VA 3N6TA 3O6GA 1EZOA 2GHBA 1B7UA 3OO8A 4WKMA 1I69A 4GOTA 5H8HA 3SETA 2I48A 2HXWA 2UXAA 2THIA 4BDQA 2QRYA 1M5DA 3TCGA 3MVZA 4GVOA 4JSOA 3GBBA 2PX1A 1PBQA 1UTBA 4RY1A 4PP0A 3S2VA 1UQWA 4LUBA 4G4PA 3TYHA 3CG1A 1LAHE 2XD3A 1WDNA 2QPQA 5M2VA 3S9EA 3FJGA 3C31A 3C32A 3K2DA 2Q2CA 1VR5A 4JDFA 3DELB 3LUYA 4F1YA 1A99A 4KR5A 3HHGA 4HS7A 2Q2AA 3OO7A 2B3FA 2YLNA 3U92A 2V93A 3H6UA 4H0WA 3TZAA 4H8JA 3PU5A 4DCXA 4H6DA 2OBGA 4R75A 2YPNA 3IORA 4GXSB 3SEWA 4H5GA 2ZNSA 4RNSA 5I84A 3T22A 2V3UA 3RT6B 4XKRA 1XOCA 4OEUA 5JEIA 1N76A 1M5BA 4DXCA 4P11A 2V3QA 1Y4CA 2O1MA 5HBCA 1NNPA 1NL5A 1H76A 1MDP1 3T9XB 1MY0A 4G8MA 1B3FA 4YU0A 3IOUA 3THIA 1VSOA 3N6UA 3MP1A 4RPOA 5I2KB 4EQ7A 3K4UA 3V83A 3H6WA 4LZ8A 1S7YA 2UVIA 3PMVA 3W15C 2D3IA 1MXUA 3O6HA 1LAXA 1US4A 5H8HB 3PUVE 1JW1A 1EH3A 1GGGA 1RYXA 3P7IA 3I3VA 1P1QA 2XXHA 1ZKBA 3MW0A 2RINA 1B46A 1I6QA 2VHAA 2F6GA 4HCWA 2QS3A 1UTBB 4QSEA 4ZECA 1MQJA 1PB9A 3ODBA 1P1NA 1A8EA 5IAIA 1B5HA 4IY5A 1TXFA 2Q8JA 1MXWA 5I58B 2X7QA 4PQJA 1LCFA 3U94A 4ISUA 4H5FA 4BDMA 4R6HA 4ONYA 5B70A 3PV0E 3LR1A 1B7ZA 1WVJA 1QUJA 1BKAA 5DVFA 1YTVA 4OESA 3OO9A 4YB6A 2QS4A 5ITPA 1LCTA 2Y7PA 1EZPA 1R6ZA 3SDFA 3MZ1A 2F78A 3MVWA 5I56A 5AA3A 4OFOA 3LSLA 3RGYA 1QVSA 2HAVA 3O29A 1OIBA 4ECFA 2D5WA 3SEUA 1FQCA 1IEJA 4OERA 2UYEA 2XD2A 3VLVA 4RK2A 2ZYNA 4R73A 3TKDA 1B2HA 3TELA 3MC2A 1ZTYA 4ESWA 4GLIA 3PPQA 1B3LA 3K00A 5EHSA 3B6WA 5F7VA 4OWDA 4G8NA 3RY3A 3JYRA 3O9PA 3TTLA 5L9MA 4FAJA 1FQAA 4IB2A 2RC7A 1DPEA 1MPCA 3PPRA 3F11A 3S9NC 4OENA 3M8UA 3QIMA 4GRKA 1M5FA 1TT1A 4HCYA 3EHSA 3RT8A 4EXLA 1P1WA 4KCCA 5CBRA 3UIFA 3E4RA 3T96B 2PYYA 1UTHA 2HEUA 3L6GA 3MP6A 4MLVA 4R72A 2QS1A 4TLLB 4GIZA 4NWCA 3V89B 1P99A 1NKXA 3HPIA 3WAEA 4LP2B 4NF4A 3CFLA 2F97A 4XXUA 1D9YA 2Y84A 2REGA 2F34A 3TTNA 3IK6B 3QYTA 2FA7A 4NF5A 3VFJA 3ZSFA 3O28A 4O3CA 3EHUA 3EHTA 1UIVA 5TU0A 1B1XA 2F35A 1URGA 3RTFB 3K1NA 5CMBA 5H8FA 3UA8A 4F18A 1MXZA 4ZE8A 3FVNA 1MS7A 2I0BA 3CR9A 4H8IA 1MY1A 4OFJA 1MQIA 3U93A 4P0GA 5AA4A 1PBPA 4NTLA 3PUXE 4RYAA 4PFTA 2G93A 1MQDA 3HCQA 2M8CA 2DQVA 1FQDA 3FVKA 5K2YA 3EF7A 1YPNA 4BLAA 3JZJA 4YKJA 1A55A 4JWXA 4F3BA 2PT2A 1N3XA 3LBSA 3ONMA 3MP8A 4RXLA 3SESA 1MY3A 3E3KA 4G77A 4X48A 3K0VA 2HZKA 4JWYA 4IGRA 3SEVA 2O7UA 3IB2A 1UTHB 1EU8A 4IO3A 4OTEA 4Q5TA 2QL3A 3GXAA 4NMYA 2GH9A 1Y4TA 1Y3NA 4KD5A 3EN3A 1HSEA 1Y1MA 1MPBA 5TP9A 1VFDA 2OCUA 3H06B 1FQBA 3TQWA 3TTKA 1OMPA 3OEKA 2ONKE 2HAUA 4Z7EA 2F6PA 5DVJA 2WKYA 5CMKA 2H4IA 1LSTA 3KJ7A 2OWSA 4NF5B 3OD7A 1NFTA 4ELRA 1VFEA 1EZ9A 4RA1A 1Z7ME 1IUDA 4LQ5A 1A40A 3G3JA 4DXUA 3VVFA 2NWJA 4U23A 1PDAA 5H8FB 1R1NA 2F5XA 1MXYA 1NMUA 1AIVA 3MVYA 3MAMA 4E0WA 5AA4B 2F36A 3DP6A 1SDXA 3IOTA 1ELJA 3BFTA 5I2NA 3G3IA 1YAEA 5EHMA 2RC8A 2P2AA 4IO7A 1I6AA 4HTGA 5EYFA 3U1OA 1IXGA 3D4GA 3FZVA 1N0TA 1B0LA 4F39A 3T9HB 2GHAA 3PMWA 3KZGA 1DTGA 1GV8A 3M3LA 1SW1A 3K6XA 3ILTB 1JEVA 5BUUA 2REJA 2DSFA 4PE5B 1NNKA 3KGCA 5I57A 1MRPA 1DOTA 4GL0A 4NEDA 1Q35A 2E1SA 4U1ZA 5KDTA 3VDFA 2HFBA 4FE8A 3SERA 1PB7A 2R71A 2OLBA 3IJOB 1B58A 3TTMA 1FTMA 2XXTA 5DEXA 5TP9B 1N7XA 2PMSA 3CRBA 3OSRA 3PUWE 4ZEIA 2XXPA 3FATA 4RK9A 4M1VA 3IO4A 1DMBA 4KYSA 3S9LC 2XXIA 4GWOA 1OVTA 1PB8A 3KN8A 2AYSA 4MF3A 5ITOA 1SI0A 3GZGA 3FJ7A 2RF1A 4YMAA 1JNFA 2QSXA 1TFAA 1XVYA 3OELA 5CI5A 3KEIA 3MJNA 1XHYA 1URDA 4QFNA 1A54A 1A8FA 1B05A 4F2OA 2OJTA 1MH3A 3IR1A 2I3VA 5I2NB 5KCJA 4K3FA 1FCKA 3MQ9A 3FVOA 4FORA 3IOWA 5H8NA 4XKQA 4R6YA 1N04A 2H98A 1D9VA 2O51A 4ELOA 3A3UA 3TEPA 1QUKA 4QHQA 3Q29A 3TUSA 3PD9A 1IITA 5CM6A 4UACA 2ZNTA 1H45A 3TODA 5LOMA 4MH5A 1LGBC 2VOZA 1B51A 5I57B 3KSJA 3Q26A 4GFRA 4OQOA 4AB6A 1LBCA 5KDTB 3R7XA 2QMXA 3TCFA 4KYDA 3HV1A 4QRZA 3SKPA 2IEEA 3V8XB 4KHZE 1B4ZA 4YB7A 1MPDA 4BDLA 3H03A 2F8DA 1FTKA 1SBPA 1SVXB 3N94A 3IB0A 4FIMA 4AQ4A 3C4MA 2O69A 3VE1B 3MZ9A 3SEYA 4JXIA 3VXCA 3OXNA 2XXUA 1ZIUA 1O64A 2OWTA 3IAZA 4AB5A 3FD3A 5AA2D 3QXMA 3FIRA 3TQLA 2QJEA 1YCJA 3GBAA 4EDPA 2O6AA 4U4XA 5IKBA 2YJPA 3MZBA 5B7DA 4ZEBA 5H8NB 4LATA 3ILUB 3ZS6A 3GLBA 4G8HA 3T9UA 4F3GA 3TPAA 1AOVA 4EUOA 5TPAA 3RN8A 3MVXA 3BFUA 4NE4A 2AL4A 2ZMBA 2XXXA 3TAJA 4YKPA 2B3BA 2R9JA 3KG2A 3VV5A 2I49A 1IXHA 1D3KA 5I59A 3DLNA 3OEMA 3C34A 4N07A 1N7WA 1S50A 1QUIA 1FQEA 4BDRA 3KN7A 4H65A 3U72A 1HSLA 4QFPA 1FW0A 3IOVA 1JW4A 2A5SA 3A09A 2XXYA 2DWIA 4ZZEA 4IO4A 2V84A 1SD3A 5ICTA 4FJPA 3UK4A 3S4UA 5I56B 1LBBA 4I62A 4F19A 3H6VA 3FV2A 3FXQA 1IQ7A 1B32A 3N5LA 2HQ0A 1MM7A 1GVCA 3UORA 3CFZA 3IB1A 4QFLA 3VLUA 1ANFA 2UVJA 4KQPA 3O97A 4YKIA 3U8QA 2Z8DA 3TMGA 2ESNA 3RTWB 2CMOA 3G3GA 3C35A 4KI0E 2X7PA 3QSLA 1QKAA 3I5OA 1NNFA 1M5EA 5K2XA 1BIYA 2BJJX 1SQYA 3BKIB 1NH8A 3N26A 4LVQA 4R74A 3DP4A 1B0HA 4GD5A 4E0XA 3G3HA 5TPAB 5AE4A 4R9FA 4C1TA 1ZLQA 2NVUB 4IY6A 4OYVA 2R6GE 2LAOA 3HSTA 5AA2A 4LQ2A 5FHMA 1MXVA 1BLFA 2Y7WA 3D4CA 5CMCA 5I59B 2I4CA 3ECRA 4IO2A 4OETA 3O6IA 2XXVA 4N6PA 4F29A 1B5IA 2Q88A 5FTIA 1MQHA 4U1OA 3K1MA 3LC8A 4RJZA 4FEBA 4F2QA 1FQFA 3FXUA 5FHOA 2Y7RA 3H7MA 2X26A 4THIA 3IJXB 4YAHX 1A7LA 4JBZA 3KOTA 1Y1ZA 1II5A 2DP8A 2I6EA 4O3AA 5CBSA 4NF4B 4X1DA 4F3PA 4KCDA 3IX1A 4DE8A 2B65A 1OLAA 4WXJA 2Z8FA 4EF2A 2ONRA 4U22A 1LB9A 4KFQA 1D4NA 4QSDA 2UYFA 1QULA 4DZ1A 5ELVA 2VD3A 2VGQA 4TOZA 4N13A 2P0SA 3UP9A 2GFEA 2PT1A 3CFXA 4G2ZA 4YKKA 3O66A 5FTHA 3VLWA 4F1UA 3C9HA 5DVIA 4HW8A 1MG1A 2Y7KA 1B3EA 1Q1KA 3PD8A 1QJMA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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