4F39A

Kainate bound to the ligand binding domain of glua3
Total Genus 78
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
78
sequence length
258
structure length
258
Chain Sequence
RTIVVTTILESPYVMYKKNHEQLEGNERYEGYCVDLAYEIAKHVRIKYKLSIVGDGKYGARDPETKIWNGMVGELVYGRADIAVAPLTITLVREEVIDFSKPFMSLGISIMIKKGTPIESAEDLAKQTEIAYGTLDSGSTKEFFRRSKIAVYEKMWSYMKSAEPSVFTKTTADGVARVRKSKGKFAFLLESTMNEYIEQRKPCDTMKVGGNLDSKGYGVATPKGSALGTPVNLAVLKLSEQGILDKLKNKWWYDKGEC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title The loss of an electrostatic contact unique to AMPA receptor ligand binding domain 2 slows channel activation.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Glutamate receptor 3
molecule tags Transport protein/agonist
source organism Rattus norvegicus
total genus 78
structure length 258
sequence length 258
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-05-09
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4f39A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4f39A02
4R6KA 3CG3A 3SEYA 1A7LA 3I5OA 2QJEA 5CMMA 4LP2B 1MH3A 1AMFA 4R2BA 3C33A 4OMBA 1TT1A 3ECRA 1ZIUA 4P0GA 1FCKA 3K02A 4NWDA 5H8NB 2NUVA 4THIA 4E0WA 1QUIA 2YJPA 1FTLA 1LB9A 2H98A 4TLLB 2CMOA 3I6VA 1B9JA 1YPNA 1EH3A 4YKKA 4R74A 1LSTA 1MXVA 2IEEA 4R72A 4LUBA 4ISUA 5HBCA 4WXJA 3OEMA 3FUZA 4POXA 1XVYA 3QAXA 2V3QA 2HFBA 3GLBA 4M1VA 2DWJA 3KBRA 3T9HB 4KQPA 1B3HA 4F3PA 4ND9A 3TCGA 5AA1A 3RLFE 5CMCA 2VHAA 3CR9A 1M5BA 1Z7ME 4GF8A 3IB1A 3MUQA 4OESA 3LSFB 2F97A 5I2KB 4PETA 3G7WA 1QW0A 1N0TA 4GD5A 3G3GA 2P1SA 4JSOA 5KZTA 4GOTA 2DP8A 4MF3A 1Y1MA 3UIFA 3FJGA 3CFXA 3KN3A 3C36A 3EHTA 5JEIA 1JVYA 1MQJA 5TU0A 1B7HA 5ITOA 4ZE8A 1AL3A 1MXUA 1N3XA 3MP1A 3PMXA 3FJ7A 1QJMA 5TP9A 4HTGA 3TCHA 3T66A 5ITPA 5I59A 1QKAA 1B3EA 2ZXTA 2Q89A 2PBWA 1FQFA 2F5XA 1SVXB 4E0XA 3ILTB 4RK2A 4XKPA 4ZECA 3OELA 3R26A 2PMSA 3EQ1A 3VV5A 3PUXE 5TP9B 1MDP1 3HHGA 4I1DA 1NMUA 4XKQA 3RQTA 2I3WA 3MP8A 5CBSA 3C4MA 3VVDA 1ZLQA 3K00A 1DPPA 4F18A 2HXWA 1B40A 2XXTA 2GRVA 3E9XA 1IXIA 4IO5A 3WAFA 5AA2A 3U93A 1IQ7A 1ZJLA 4G8MA 2XXHA 1FQBA 4L17A 4MLQA 3PPOA 2FA7A 5L9SA 4MLVA 4KHZE 2HZKA 2QS4A 5CMBA 1A8EA 2DXYA 1B7UA 1IITA 3RPWA 4F29A 2I48A 1BTJA 5KDTB 2WKYA 4ELRA 5F7VA 4FIMA 4FEBA 2QPQA 3H7MA 3BKIB 1O64A 1CE2A 3Q28A 4NF5B 3LBSA 3M3LA 1PBQA 2XHDA 1IXGA 5F1QA 4ZEFA 4UA8A 1ANFA 1Z7NE 4UACA 1MPCA 2G29A 4HS7A 4R9GA 3SETA 3PPNA 1SDXA 3G3KA 3LUYA 4KD5A 3WAEA 1M5CA 1A40A 2XXQA 1FQEA 3H6UA 4X1DA 2OK2A 2XXUA 4FE8A 3THIA 1SQYA 1AH5A 1T0KA 4NF6B 1B6HA 1QVSA 4GRKA 4FECA 4OENA 4IO3A 2UXAA 5EHMA 1POTA 4G4PA 1B2HA 2Y7PA 1TWYA 1B51A 1NNTA 3HPIA 3LR1A 4OETA 4OQOA 2F7CA 1NL5A 1MPBA 3EHUA 4QSCA 3PMWA 2RF1A 4Q0CA 3N26A 1IUDA 3T96B 2R9JA 3DELB 2A5SA 4H1XA 1ZMGA 2XXXA 1N76A 4ZEDA 2HCAA 1FTJA 3TTMA 1LFIA 2PVUA 1SW5A 1Y4TA 4RPNA 4X48A 3SESA 1Q1KA 2GFEA 2Q9TA 3HSTA 3TPAA 3M3FA 3MPLA 3K6XA 2AL4A 3H3GA 4F2QA 4R9FA 5CMKA 3QYTA 4JBZA 1M5EA 3DM0A 4ELOA 3OXNA 1B52A 4KR5A 2QL3A 2DXRA 5A5XA 2QS2A 2I6EA 2REGA 3ZSFA 2QMWA 3FZVA 1OMPA 5AA4A 2DE4A 2O69A 4F3BA 1LFGA 2ESNA 2I49A 1NNPA 2PT1A 4NF4B 5L8DA 1UTBB 2GH9A 3FGSA 3TMGA 4KYSA 4IO2A 2E1SA 4DCXA 2F35A 3OO7A 1RYXA 1CB6A 3KJTA 5AA4B 2DVZA 1H45A 1B3LA 4U1OA 4QSDA 3MVXA 3RTWB 4HCWA 4KCDA 2FNCA 3QXMA 2V93A 1DPEA 3TODA 1MXWA 5ICQA 4DE8A 1R6ZA 3O6HA 4EXLA 5AA2D 2H4IA 1PB7A 2HAVA 1NFTA 3TAJA 2HZLA 1TXFA 1Y3PA 4JWYA 3ODBA 4YKIA 1LAHE 5FTHA 4DXBA 4Q30B 3T9XB 2V3UA 5I57A 4H0WA 3TFLA 1USYE 5J1DA 5H8QA 1D4NA 1WDNA 1I69A 4QHQA 2OCUA 4R75A 1EZ9A 4U21A 4DXUA 4JSDA 3C34A 3Q25A 4C1TA 5I2NA 3LSLA 3RNNA 2V3TA 3FD3A 1MY1A 3UORA 1US4A 2D5WA 3CI8A 1MH4A 1LAFE 1OLAA 2REJA 1B3FA 5I57B 1B5JA 3ONMA 3LSXA 2ZYNA 4WEPA 2B3BA 1NNFA 5H8NA 5AE4A 1B05A 4KYDA 3TEPA 4NE4A 5I2NB 1MY3A 3PD9A 2DWHA 4ESWA 3FV1A 1USYH 1UTHB 5L9OA 4AB6A 1P99A 1EZOA 1WVJA 4U1ZA 1WODA 4GL0A 1N7WA 1XHYA 3OOAA 3PV0E 1N04A 2OZZA 2O7UA 4LONB 2D3IA 4Q5TA 1GV8A 3K6WA 5B7DA 3B6WA 2M8CA 3EF7A 2PX1A 4F22A 4ECFA 2H5YA 5I2KA 1H76A 1BP5A 4LVQA 2RC8A 1B0HA 4BDNA 3U72A 3ILUB 1JEVA 1M5DA 4KCCA 3QUJA 3KOTA 3S2VA 1Y4CA 3MC2A 5ELVA 3B6TA 3IJOB 3RTFB 4OVJA 2RKMA 4F2OA 2ZYKA 1A54A 1SI0A 2XXIA 4N07A 4BDQA 2VOZA 4OEVA 3VXCA 4JWOA 4P11A 2IA4A 1A8FA 1MRPA 2VP1A 1SYHA 2UVGA 1I6AA 3S4UA 3KSJA 3MJNA 3IOWA 2Y84A 2AIXA 4DZ1A 4ZDMA 3K1MA 1FTKA 4R73A 4M4GA 2UVIA 3UGWA 3PPPA 3KJ7A 2OLBA 1FQAA 3VFJA 1LCFA 3QUFA 1LAXA 2Z22A 1VSOA 4BDMA 2I0BA 4F39A 1B32A 1N3WA 4DIGA 3H6TA 1NNKA 1R9QA 4AQ4A 1XT8A 3RT8A 2THIA 4YKJA 2H9BA 1EU8A 4OERA 3TDJA 5I84A 3O9PA 4C1UA 4IB2A 2XX7A 4F31B 3GZGA 3DP4A 2VD2A 3KGCA 1B46A 3FVOA 4MFIA 4EQBA 1Y9UA 1J1NA 4ESXA 5DVIA 1PB9A 2F7AA 4Z0IA 1MS7A 5AA3A 1OIBA 2ZYOA 2Q2AA 1OQHA 4RPOA 3U1OA 2DE3A 5KDTA 2OJTA 2XXRA 1MXZA 4EDPA 1LFHA 4QRZA 2UYEA 3KEIA 1URGA 2I3VA 1RKMA 4NF5A 5DVJA 1HSJA 3LC8A 3TKDA 3TELA 1DTGA 1MQDA 1Y3NA 4EQ7A 2QS1A 1PBPA 3SERA 4F1VA 3UA8A 1B4ZA 2ANJA 2F34A 1PC3A 5BUUA 1H3DA 2F78A 1B4HA 3FVNA 1EZPA 3PD8A 3T93B 4GIZA 3T9VA 1URDA 4P0IA 3QK6A 3CSGA 1MM7A 4FEDA 2F36A 2ONRA 2Z23A 3DLNA 1VFEA 1MQHA 4NF6A 3GBAA 5B70A 5DTBA 4R6HA 4GFRA 3IL1B 2W7YA 4RJZA 1B1XA 4GVOA 3R7XA 1IIWA 3MP6A 4YZZA 1ZTYA 4IO4A 3SKPA 3AXFA 3HHFA 2F6PA 1QKBA 5DYHA 1S50A 2F7BA 4GLIA 3VVEA 3CVGA 1PEBA 3VVFA 4HCYA 4QSEA 1UQWA 1JW1A 3MW0A 4QFOA 3TQWA 3KN8A 3T9UA 3B7DA 4DLDA 3K0VA 1DMBA 4IGRA 4IY5A 1B0LA 4ZZAA 2AL5A 3HV1A 4IGTA 5ICTA 5HM4B 3KN7A 2FYIA 2XX9A 1B3GA 1BLFA 2OWTA 2QS3A 3IAZA 5JTYA 4N6PA 3EPEA 4GQOA 2X7PA 3USDA 4YMAA 3EHSA 2DWIA 4I9DA 4GXSB 2ZMBA 4U2RA 1M5FA 3BFTA 2DVCA 3MPKA 5I56A 2PT2A 2E0SA 2Q2CA 3IOUA 3W9VA 2CZLA 4OZ9A 1XVXA 3E13X 3CIJA 3PUWE 4OEUA 4N13A 5JTYB 2Y7RA 3UK4A 1VFDA 1PDAA 2O68A 2ZYMA 4I62A 2H25A 3IR1A 4H8JA 3ZKLA 4NF4A 1UTBA 2V84A 4NWCA 2DSFA 2DS9A 1O7TA 3TUSA 5I56B 3MVWA 3JZJA 4G2ZA 5CBRA 4EXKA 3K6VA 3FVGA 3RT6B 3IJXB 3V83A 4BLAA 1B58A 2QSXA 1BKAA 3KG2A 1YCJA 3SEXA 4H65A 3FXUA 3O6GA 3A09A 4ELPA 3HO7A 4RA1A 1Y20A 1ZBMA 3OD7A 3MZBA 3O97A 3PUYE 2NWJA 2XD2A 3OSQA 1LBBA 2YLNA 1R9LA 2I4BA 1I6BA 4YB7A 1SW1A 1AOVA 3H03A 4QFLA 2I0CA 2VD3A 1R1NA 4KI0E 4U23A 5ISUA 3OO8A 4X1BA 4ZZEA 3E4RA 3KFMA 5IKBA 3K6UA 5I58A 3MZ9A 1FTMA 4KPTA 3O66A 4PP0A 3FVKA 1ATGA 1P1WA 3BFUA 2HQ0A 1QULA 3CSBA 3O6IA 1OVTA 1SD3A 4ONYA 3C35A 3Q26A 5I58B 1P1OA 2ABHA 4XKRA 3MVYA 3OO6A 3H6WA 4Z7EA 4RYAA 5IAIA 2O6AA 3OSRA 1TFDA 3MZ1A 4LZ8A 1POY1 4F1YA 5EYFA 3IO6A 3O28A 3VLVA 3UN6A 1XC1A 4LQ5A 3RGYA 3K1NA 1Q35A 2DE2A 2Y7KA 1MDQA 4IO6A 2R6GE 1VR5A 1A55A 1OQGA 2D21A 5FTIA 3QIMA 3FIRA 1ELJA 3V89B 1DOTA 2LAOA 5DEXA 3UP9A 1UTHA 1S7YA 2GHBA 3IO4A 3F11A 1I6QA 4XXUA 2DQVA 2XXWA 3K4UA 3U92A 2QRYA 3G3JA 3IK6B 1MPDA 3FJMA 5DEXB 3TTKA 1YAEA 3TZAA 1P1NA 3N5LA 3U8QA 3IB2A 4R6YA 2UVJA 4QF9A 4AB5A 4G68C 2XXYA 4H67A 1IZ1A 1NH8A 3MWBA 4FATA 1D3KA 2QMXA 3VLWA 3CG1A 1LBCA 1H43A 1NKXA 1FQDA 3B6QA 2BJJX 1B5HA 1N7XA 3E3KA 1SYIA 2A5TA 4G68A 4ZEIA 3M8UA 4H5FA 2RC7A 4KYEA 4PFWA 4OFJA 4H5GA 4ELQA 4PQJA 2ONKE 4XKNA 1XS5A 3EN3A 5KCJA 4BDOA 4GWOA 2HEUA 1OLCA 1HSEA 3D4CA 1GVCA 2A5TB 3VXBA 4G68B 4LZ5A 4QFKA 3CRBA 2YPNA 1LGBC 4XIGQ 4K3FA 2DYXA 3D4GA 4TQUQ 2R71A 1QUKA 2Z8FA 4QFPA 4F1UA 5KCJB 4LA9A 4U4XA 3HCQA 1JETA 1Y1ZA 2DOJA 3K2DA 1UIVA 1SW4A 4MBPA 5FHNA 2X26A 5CC2A 5FHMA 3PUZE 4TOZA 4O3BA 4ZE9A 5BWJA 4ZEBA 1N84A 4YU0A 2H99A 1GGGA 1JW4A 1MY4A 3PGFA 4BDRA 4YMBA 4G8NA 5CRYA 3TCFA 5FHOA 3RN8A 5DT6A 3K1PA 1B7ZA 1SBPA 3FXRA 4LZ7A 2Y7WA 1DSNA 3IORA 3PPQA 1B5IA 2I4CA 4FAJA 3TTNA 4OFLA 2UVHA 4PFUA 2OBGA 5I59B 2UYFA 1DTZA 4PFYA 4DDDA 1ZU0A 3PU5A 1II5A 3OO9A 5H8HA 2NOOA 4ZEKA 2ZNUA 4TLMB 4RXLA 3PMVA 1QUJA 2O7IA 4WKMA 1BIYA 3FASA 2RINA 3SEVA 3K01A 5H8HB 4U22A 3OMBA 3A3UA 2Z8DA 3W15C 3CFLA 4FJPA 1Y3QA 3H6VA 5AA2B 1PB8A 1FQCA 4YB5A 1HSLA 4BDLA 2NVUB 1P1QA 1MXXA 1JQFA 1MQGA 4NF8A 4DCYA 3L6HA 4YKPA 5CI5A 1L5TA 3R6UA 5JK4A 4G8HA 3JV9A 1LB8A 3IX1A 2X7QA 3KSXA 1O63A 3G3IA 2O84X 4YICA 3W9WA 3TTRA 3SDFA 4RNSA 4H8IA 4OTEA 2NXOA 4GXAA 3GBBA 4NF8B 4EF1A 3TQLA 3LSWA 4X9TA 4YAHX 3L6GA 3PPRA 3Q27A 1SW2A 4R2FA 2XX8A 4F19A 3KOSA 2P0SA 3JYRA 1XOCA 3U94A 2O1MA 3FXQA 3PUVE 4KFQA 1NH7A 2O1LA 3N94A 3A3CA 1FTOA 4F3SA 1H44A 3H4ZA 2O51A 4RY1A 1ZKBA 5TPAA 4MH5A 1TFAA 1MY2A 2V25A 4OHNA 5M2VA 3OEKA 1URSA 4FORA 5L9MA 4F3GA 2F6GA 3ZS6A 4OWDA 4EQ9A 1LCTA 4PFTA 3C31A 1AIVA 3Q29A 3V8XB 2XXVA 1RYOA 4LATA 5HPQA 3S9NC 3ZKKA 2B65A 3TYHA 3QSLA 5TPAB 4I8CA 4LQ2A 3MVZA 1IEJA 3HN0A 1US5A 1JW5A 3V5AA 3O2AA 4EF2A 3N6UA 1KWHA 3C9HA 1P1UA 5K2YA 2AYSA 1FW0A 1MQIA 1SI1A 3SEUA 2RC9A 2PYYA 1JNFA 3KZGA 2XD3A 3P7IA 5EHSA 4NEDA 4NTLA 2ZNSA 4HW8A 1MM6A 1VE4A 1GTKA 3DP6A 3T22A 4G77A 2B3FA 4H6DA 2F8DA 3C32A 3MQ9A 2I58A 3TTLA 4JB7A 4NMYA 4C0RA 1JEUA 2OWSA 4RK9A 3FV2A 5A5XB 1MG1A 2ALUA 1LLSA 4POWA 2VGQA 1MY0A 4OYVA 3DP8A 5CM6A 2RCAA 3RY3A 4DXCA 2XXPA 3M3KA 4U4SA 4IO7A 2Z8EA 2P2AA 4YB6A 5LOMA 4QFNA 3G3FA 1IXCA 1IXHA 1D9VA 2G93A 3G3HA 1GR2A 4EUOA 5H8FA 1YTVA 5H8SA 1LAGE 4JXIA 3S9EA 3MBPA 2KLFA 3S9LC 3IOTA 4JWXA 4GL8A 1D9YA 2RCBA 3S9MC 4OXVA 1B1HA 5K2XA 3RUMA 3SEWA 3BBRA 4O3AA 1JVXA 5H8FB 4PE5B 1A99A 3GXAA 2HAUA 2DWAA 4WEDA 2ONSA 1F9BA 3MAMA 1UIUA 3VDFA 2Y7IA 4XTCQ 2Q8JA 1S9TA 4Q8RA 3FATA 4IY6A 1OVBA 4JDFA 4O3CA 2ZNTA 4ZS9A 2GHAA 3O29A 3VE1B 1MXYA 5DVFA 3I3VA 3CFZA 3H06B 5H8QB 3N6TA 3IOVA 3IB0A 3OENA 2Q88A 4OFOA 3VLUA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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