4F3SA

Crystal structure of periplasmic d-alanine abc transporter from salmonella enterica
Total Genus 72
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
72
sequence length
231
structure length
231
Chain Sequence
SIVEGRTLNVAVSPASPPMLFKSADGKLQGIDLELFSSYCQSRHCKLNITEYAWDGMLGAVASGQADVAFSGISITDKRKKVIDFSEPYYINSFYLVSMANHKITLNNLNELNKYSIGYPRGMAYSDLIKNDLEPKGYYSLSKVKLYPTYNETMADLKNGNLDLAFIEEPVYFTFKNKKKMPIESRYVFKNVDQLGIAFKKGSPVRDDFNLWLKEQGPQKISGIVDSWMKA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structure of periplasmic D-alanine ABC transporter from Salmonella enterica
rcsb
molecule tags Transport protein
source organism Salmonella enterica subsp. enterica serovar typhimurium
molecule keywords Putative periplasmic binding protein
total genus 72
structure length 231
sequence length 231
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-05-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00497 SBP_bac_3 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4f3sA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4f3sA02
1RYOA 4RK9A 1B0HA 3THIA 3MVZA 3OO9A 4ELQA 4DXUA 2QS4A 4C1TA 4ZECA 3TYHA 2DE2A 3AXFA 2I4BA 3OD7A 4QSDA 4X48A 3T9UA 3ZS6A 2XX8A 4FORA 1MPCA 5CC2A 4WEPA 3KG2A 5K2YA 3V5AA 1P99A 2AYSA 4EF1A 2NXOA 1XVXA 4QFNA 1GTKA 1OLCA 3PD9A 1ZMGA 2HAUA 1D9YA 3SKPA 2ZYMA 4LQ2A 1FTLA 1JETA 1HSEA 1N7XA 1MQDA 4KHZE 1UQWA 1B5HA 3Q25A 4R74A 4DXBA 2O7IA 2CMOA 1USYH 2Q88A 1QKBA 4G8MA 4KFQA 2F8DA 1M5FA 1NH8A 4G8NA 2DVZA 5I84A 5H8FB 4POXA 1LBCA 2Z22A 4FIMA 1AMFA 4KCCA 2QS1A 3TAJA 3O29A 5I57B 4KD5A 4PP0A 1J1NA 1DSNA 4EQ9A 1LGBC 1B32A 4OVJA 1MY3A 3T93B 2G93A 4XIGQ 4NF4B 1R9LA 2VHAA 5I56A 1LLSA 3MP6A 3U94A 3FXQA 3S9LC 4ZDMA 5TPAB 3IL1B 4AB6A 4YB6A 2XXXA 1TWYA 1VFEA 4DCYA 4H65A 3OO7A 2ONSA 3G3FA 2ABHA 1JW1A 3M8UA 3FZVA 3MAMA 4QHQA 4RYAA 4U2RA 1MDQA 1N04A 3T96B 3CI8A 1D4NA 5IKBA 1A8FA 3FGSA 3K1MA 1XT8A 3TKDA 2D21A 4BDQA 4DIGA 2REJA 4OWDA 3FJGA 1B6HA 4FJPA 2PX1A 1DPPA 1LFIA 3RPWA 4ESXA 3IO6A 5L9MA 1M5DA 3PPRA 1B7UA 3SEVA 4R2FA 1XOCA 3T9HB 5A5XB 2Y84A 4OZ9A 3TODA 1A40A 4BLAA 4K3FA 2Y7IA 1IXIA 2HXWA 1B51A 2E1SA 1P1WA 4NWDA 1N0TA 1QKAA 3G3JA 4H8JA 4HCWA 2F7BA 2DWJA 1SQYA 2Z8EA 3FJMA 4N13A 4ECFA 1R9QA 2DWHA 1GVCA 2NUVA 5AA2B 3G3GA 1H44A 1QW0A 4DE8A 4PQJA 5HM4B 1P1QA 2D5WA 4QFLA 3KGCA 4QRZA 1Z7ME 1EZ9A 3SEUA 4OEVA 2DP8A 3SERA 2DOJA 1Y4TA 2XXPA 4F3SA 2Z8DA 1MXXA 4RJZA 1II5A 5CBRA 3U93A 3K6WA 2Q89A 1MDP1 4EF2A 4YMAA 1A7LA 5H8SA 1H45A 3VVFA 4YICA 3EHSA 4R6YA 3MZBA 1B0LA 2HZLA 5DTBA 5LOMA 5KDTB 4H6DA 1YAEA 3K6UA 1SVXB 1DTGA 1A54A 3V8XB 5JK4A 3GBBA 1SW2A 4JWYA 1UIVA 3R26A 2ZNUA 3F11A 1MY4A 3CSGA 2GHAA 1UTBA 1AL3A 4KYDA 3W9VA 1LCTA 1N84A 4U23A 1IZ1A 1XVYA 1PEBA 3DP6A 4H1XA 1SI1A 1TT1A 3EPEA 2V3TA 4KPTA 4YKPA 3R7XA 2QS3A 4JB7A 4I1DA 1BTJA 1QUIA 4BDOA 3H7MA 1MQHA 3CFLA 1POTA 5I58B 4ND9A 4RPNA 3VXBA 2XXQA 4X9TA 2P0SA 4LVQA 1Y3QA 1FQDA 1B1HA 1TXFA 2I0BA 4P11A 3IOTA 3H6WA 3TCFA 2YLNA 1B1XA 2X7PA 4QSEA 2V25A 5I58A 3OMBA 1IEJA 2REGA 4F1YA 3OOAA 2DYXA 2ANJA 3TCHA 3RUMA 4YU0A 3RTFB 1MY0A 1UTHA 3I6VA 2I6EA 3FASA 3UIFA 3LC8A 1NL5A 3LR1A 3K4UA 3SDFA 2Y7RA 2UYEA 4F39A 1RYXA 4OMBA 2O69A 1SW1A 2A5TB 4G2ZA 1USYE 2FYIA 5FHMA 4F29A 3V83A 1OVTA 2ONRA 5AA3A 5H8HB 3N94A 4XKNA 1SYHA 3L6GA 3U72A 3USDA 2F78A 5I59A 2D3IA 4WKMA 1LB8A 2W7YA 1VE4A 3G3KA 3S2VA 4G4PA 3W15C 4MBPA 5H8HA 4JWOA 3S9NC 4R2BA 2XX9A 1H43A 3S9EA 2F7CA 4R73A 4EDPA 5AA2D 1H3DA 3A3UA 3GXAA 4OETA 3EF7A 3IB1A 3PGFA 3EQ1A 1P1UA 3IK6B 1URDA 4IGTA 1MY1A 4U4SA 4ZEDA 2XXUA 4OERA 4RA1A 1B7HA 3SEWA 3QYTA 2Q2AA 2QS2A 3C32A 2H99A 3FD3A 2G29A 4HS7A 2PYYA 3JYRA 3B6WA 1ATGA 4R72A 2XXIA 2ZYOA 3PMVA 1Q35A 1AH5A 4EXKA 1US5A 5CMCA 2DS9A 3MQ9A 2ZNTA 2Q2CA 2OJTA 5M2VA 4I8CA 4HW8A 5L9SA 4M4GA 3RY3A 3EN3A 3VV5A 2PMSA 4YAHX 2VD3A 1P1OA 3H06B 3ZKLA 1LFHA 4XXUA 2ZYNA 1O64A 3N26A 3JZJA 3I3VA 3QAXA 2DE3A 3Q27A 3MUQA 3GLBA 2I3WA 3UK4A 2Y7WA 3VDFA 4NEDA 2HZKA 1S9TA 3B7DA 3O6IA 3VXCA 2B3FA 2PBWA 5I2KB 3CFXA 4MF3A 4FE8A 4L17A 3FUZA 4OENA 4F19A 2OK2A 3K6VA 4NWCA 1A8EA 4Q8RA 2H25A 3MWBA 2R71A 3N6TA 3FXUA 4NF6B 5EHMA 1LAFE 5CMMA 1AOVA 3TTLA 3MW0A 2O1MA 4FEDA 1L5TA 3RNNA 2XD2A 4RY1A 1QULA 1OIBA 3MPKA 1T0KA 5CMBA 1POY1 1KWHA 1SD3A 3C4MA 2Z8FA 3JV9A 4IB2A 4NF6A 4EUOA 2RF1A 1MXUA 3K02A 4UA8A 2H4IA 1LAHE 4H8IA 3PPOA 3O2AA 4JSDA 1B05A 4R9FA 3TQLA 2ZXTA 3KJ7A 4MLQA 4ESWA 5H8FA 2DVCA 1NNPA 1B58A 4LATA 3T22A 2HEUA 1URSA 1B3FA 2IA4A 2RC8A 3O28A 4G68C 3FVGA 2UVGA 3KOSA 3LBSA 3BFTA 5I57A 3IJOB 3O6GA 4H67A 3VFJA 2XD3A 4LZ8A 3LUYA 2VD2A 5CM6A 3ECRA 4NF4A 1OMPA 3B6TA 1S50A 3UN6A 1MXYA 4QSCA 4HCYA 5TPAA 4GXSB 5BUUA 4RK2A 1MQIA 4I62A 3O6HA 3FIRA 2GRVA 1M5EA 3FATA 4U21A 3FJ7A 3A3CA 2GHBA 1JEVA 1Q1KA 4ZEBA 1QUKA 3O66A 1H76A 4XKPA 2B3BA 3SESA 4BDMA 1WVJA 1N7WA 2IEEA 3LSWA 1CB6A 4GFRA 3CFZA 3TQWA 3PUYE 4GOTA 1XHYA 2B65A 4R9GA 3E3KA 1PB7A 2NVUB 2V93A 5A5XA 3KJTA 1QUJA 1NKXA 5F7VA 4QFOA 4QFKA 3OSRA 4MFIA 2O7UA 4FEBA 4YKJA 3BBRA 4TLMB 5CMKA 5KCJB 1MRPA 1IITA 5CI5A 2F6PA 4OEUA 5FHOA 4O3CA 2F6GA 3ONMA 5CRYA 3M3KA 2QRYA 1XS5A 2XXHA 2I48A 1YTVA 3ILUB 4NE4A 4Z0IA 5EYFA 5AA2A 2LAOA 1B7ZA 1N3XA 5KCJA 3RT6B 3UP9A 2QMWA 3H03A 4QFPA 3N5LA 3FVNA 2H5YA 4GL0A 4POWA 4IO5A 3LSFB 2RCAA 3OXNA 1SW4A 1TFDA 3PPNA 4NTLA 4XKRA 4ZZAA 2DSFA 2YJPA 1OQGA 5ICTA 5DVFA 4ELRA 4IO2A 2HFBA 3SEYA 1LBBA 1SYIA 2WKYA 5J1DA 3L6HA 5ELVA 3TFLA 4KYSA 3IORA 1P1NA 3K1NA 1MXVA 4KCDA 3I5OA 3GZGA 1D3KA 1NH7A 3WAEA 4MH5A 4G77A 2VOZA 3CIJA 1MXZA 1IIWA 2DWIA 4I9DA 1N76A 1EU8A 2ALUA 5KDTA 4EQ7A 3TELA 1Y1MA 3IB2A 5DEXB 4DZ1A 1FQFA 2ZYKA 5JTYB 1PBPA 1YPNA 5ICQA 5I2NB 1FW0A 3IOVA 2NWJA 1MXWA 2A5SA 1A55A 4YZZA 5FTIA 1BIYA 5DEXA 3DM0A 3UA8A 2X26A 1IXCA 5JTYA 4PFUA 3CR9A 1B46A 5I2NA 2QJEA 4U22A 3OELA 4U1OA 4YKIA 1BP5A 4GLIA 3FV1A 2QMXA 1IUDA 1ZIUA 3CRBA 3T9VA 4C0RA 4ZE8A 3Q28A 4DDDA 5H8QB 1HSJA 1MY2A 4GRKA 4ZEIA 2UYFA 1IXGA 1QJMA 2DXYA 1Z7NE 1WDNA 1DOTA 3KN3A 3PPPA 3KOTA 2I58A 1PBQA 4F18A 2F7AA 1LAGE 3U1OA 2OCUA 1MH3A 3MVYA 3MZ9A 1I6BA 5ITOA 4IO6A 1FQBA 3OEMA 3R6UA 2A5TA 3G3IA 5DYHA 3VVEA 2HCAA 5DVJA 1PC3A 3TDJA 3MC2A 4NMYA 1ZBMA 4GD5A 3QK6A 2R6GE 1OVBA 4NF8B 1B5JA 1O7TA 4GF8A 3B6QA 1I6AA 4JBZA 1MPDA 1SW5A 4F1VA 2XXVA 1SDXA 3H3GA 4PFYA 2RINA 1LFGA 1MPBA 3IOUA 2Z23A 1D9VA 3RTWB 3RLFE 3KFMA 3PUWE 4RPOA 2XX7A 2X7QA 2F35A 5TU0A 1FQEA 1QVSA 3MJNA 3QUFA 4QF9A 4XKQA 4F1UA 2PVUA 3TUSA 3T9XB 2O84X 4U1ZA 3Q29A 1I6QA 1IQ7A 4JWXA 3C33A 1ZTYA 1ZKBA 2RC9A 3K01A 1B4ZA 4OHNA 2UVJA 4ONYA 5CBSA 3HSTA 4PFWA 4GVOA 1MS7A 3VLVA 4DXCA 4GQOA 2F5XA 1NNTA 4TQUQ 5AE4A 2H98A 4AB5A 3HO7A 4GL8A 2AL5A 2GFEA 2O1LA 3C9HA 2QL3A 1DPEA 1UIUA 2XXRA 1MM7A 2I0CA 4YMBA 3LSLA 4BDLA 2FNCA 2FA7A 2ESNA 3C36A 1BLFA 4RXLA 1Y3NA 1B40A 3CVGA 4OXVA 2XXTA 1MH4A 3FXRA 4UACA 4BDNA 1MM6A 4Q30B 1LAXA 4LP2B 3S9MC 1A99A 3SEXA 1B9JA 5I2KA 3FV2A 3H6VA 3PUVE 3G7WA 3C34A 3PD8A 3DP4A 4GXAA 4WEDA 2O51A 4FATA 4F2OA 2E0SA 2Y7PA 3G3HA 3GBAA 1SI0A 3ZSFA 1FQCA 1FQAA 5IAIA 1BKAA 3E13X 2UVIA 1NNKA 3ZKKA 5ITPA 2F97A 1O63A 3C31A 2THIA 3PPQA 4KQPA 3OENA 1IXHA 1EH3A 1M5CA 5I56B 3S4UA 3M3FA 5L8DA 4X1DA 2ZMBA 3A09A 4LA9A 3SETA 4AQ4A 5AA1A 3KN7A 2P1SA 4PFTA 4KI0E 2AL4A 3O97A 3FVKA 5FTHA 1VSOA 5F1QA 1WODA 3MVXA 3EHUA 3RQTA 3HHFA 1B3GA 3QIMA 4Q5TA 3PMXA 3M3LA 4LUBA 2Y7KA 1PDAA 3KSJA 4Q0CA 4THIA 4GIZA 3UGWA 3KEIA 3N6UA 2OBGA 2XXWA 3HCQA 4H5GA 4U4XA 1VFDA 4PETA 1OLAA 3IOWA 4JSOA 4LQ5A 4YB5A 1LB9A 4KR5A 1F9BA 5H8NB 4YKKA 2RC7A 5EHSA 1US4A 1B3EA 3HHGA 3E4RA 4F2QA 1GR2A 2O6AA 4G8HA 4N07A 1TFAA 3TMGA 1GV8A 2NOOA 2RKMA 5H8NA 4IY6A 3WAFA 4DCXA 4ELOA 2I49A 4ZZEA 2VP1A 1PB9A 3IR1A 2I3VA 1VR5A 1B2HA 2V3QA 4FECA 1PB8A 4IY5A 4F3BA 2F34A 1B4HA 1R1NA 1MQGA 3IAZA 1Y4CA 4EXLA 3TTRA 2DWAA 2VGQA 5HBCA 3VLWA 3C35A 3OSQA 3K1PA 1EZOA 3P7IA 2O68A 1SBPA 3RT8A 4F22A 4NF5B 1OQHA 2ONKE 2V84A 3TTKA 1N3WA 1Y3PA 3V89B 4LZ7A 3W9WA 2RCBA 2DE4A 3K2DA 4ZS9A 1RKMA 1HSLA 3MVWA 5JEIA 1JVYA 4IO3A 1MG1A 4NF5A 4PE5B 4TOZA 1JNFA 3O9PA 4ZEFA 4JDFA 3BFUA 1ZU0A 5HPQA 3D4GA 4FAJA 1XC1A 3PUXE 2F36A 3TCGA 2DQVA 4ZE9A 3IX1A 1GGGA 1LCFA 1NMUA 5FHNA 5AA4B 3K0VA 3RGYA 1UTBB 3U92A 2YPNA 4IO4A 4OTEA 1JEUA 4O3AA 2UXAA 3IO4A 2DXRA 4N6PA 1EZPA 2Q8JA 4TLLB 5AA4A 3H4ZA 1Y9UA 5KZTA 2R9JA 2Q9TA 2V3UA 3K6XA 4GWOA 1JW4A 5TP9B 4O3BA 3TTNA 3QUJA 3T66A 4MLVA 4R6HA 4F3GA 3EHTA 3QSLA 3TTMA 3VVDA 5TP9A 3H6TA 4OFLA 4LZ5A 3HV1A 4WXJA 5DVIA 1M5BA 3PV0E 4F31B 3TZAA 2H9BA 1AIVA 4H0WA 2BJJX 3IB0A 3DELB 4P0IA 1UTHB 3K00A 4R6KA 4OFOA 4P0GA 1LSTA 3KBRA 4KYEA 1ANFA 3Q26A 3HN0A 4HTGA 1ELJA 3PMWA 4R75A 3D4CA 1B52A 2OLBA 2UVHA 3KSXA 1DMBA 3DP8A 3H6UA 5ISUA 5H8QA 1S7YA 2I4CA 3DLNA 3KZGA 3ODBA 3RN8A 2PT2A 3LSXA 2XHDA 1ZLQA 3TPAA 4G68B 3HPIA 3KN8A 1Y1ZA 4IGRA 3VLUA 2AIXA 5I59B 1JVXA 2HAVA 3FVOA 3BKIB 1MQJA 4ZEKA 2ZNSA 3UORA 4OYVA 1DTZA 3MBPA 4G68A 4Z7EA 1I69A 1URGA 1FTKA 5DT6A 1B3LA 1R6ZA 3OO8A 3CSBA 3QXMA 4BDRA 2HQ0A 3VE1B 2QPQA 3MZ1A 4E0WA 5K2XA 3PU5A 1NNFA 2M8CA 3OEKA 1JW5A 4ELPA 1ZJLA 3PUZE 4NF8A 4OESA 5B70A 2PT1A 4LONB 2OWTA 1FCKA 4XTCQ 4EQBA 3CG3A 3MPLA 3U8QA 3MP1A 4DLDA 4X1BA 5BWJA 1CE2A 4C1UA 2OZZA 2KLFA 4YB7A 3OO6A 2XXYA 4OQOA 2CZLA 1B5IA 4IO7A 2OWSA 2P2AA 4H5FA 3IJXB 2QSXA 1YCJA 1NFTA 1FTOA 4RNSA 5L9OA 3ILTB 4ISUA 4M1VA 4OFJA 4E0XA 2GH9A 1B3HA 4F3PA 1Y20A 1JQFA 5B7DA 3CG1A 1FTMA 3MP8A 1FTJA 3E9XA 4JXIA 3TEPA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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