4FE8A

Crystal structure of htt36q3h-ex1-x1-c1(alpha)
Total Genus 120
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
120
sequence length
402
structure length
402
Chain Sequence
KIEEGKLVIWINGDKGYNGLAEVGKKFEKDTGIKVTVEHPDKLEEKFPQVAATGDGPDIIFWAHDRFGGYAQSGLLAEITPDKAFQDKLYPFTWDAVRYNGKLIAYPIAVEALSLIYNKDLLPNPPKTWEEIPALDKELKAKGKSALMFNLQEPYFTWPLIAADGGYAFKYENGKYDIKDVGVDNAGAKAGLTFLVDLIKNKHMNADTDYSIAEAAFNKGETAMTINGPWAWSNIDTSKVNYGVTVLPTFKGQPSKPFVGVLSAGINAASPNKELAKEFLENYLLTDEGLEAVNKDKPLGAVALKSYEEELAKDPRIAATMENAQKGEIMPNIPQMSAFWYAVRTAVINAASGRQTVDAALAAAQTNAAAMATLEKLMKAFESLKSFQQQQQQQHQHQHQQQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Beta conformation of polyglutamine track revealed by a crystal structure of Huntingtin N-terminal region with insertion of three histidine residues.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Maltose-binding periplasmic protein,Huntingtin
molecule tags Signaling protein
source organism Escherichia coli (strain k12)
total genus 120
structure length 402
sequence length 402
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-05-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4fe8A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4fe8A02
4NMYA 4H8JA 2HFBA 1XVYA 1XHYA 1FTKA 2DE4A 2O1LA 4GRKA 4ZEKA 1IXHA 2YPNA 4ZEFA 4ZEDA 1MY4A 3OOAA 4QSDA 5EHMA 1WDNA 1S7YA 1B2HA 3Q28A 2I3VA 1B40A 1MY2A 1MH3A 3PMXA 3IOTA 5JEIA 3PUWE 5TP9B 1YTVA 3O28A 3M3LA 2I0CA 2GRVA 4U21A 2H4IA 2REGA 4KHZE 3TTLA 1LBBA 2Z8FA 3ZKLA 4R74A 1B1XA 5H8NA 4ESXA 3PD9A 3EHTA 3TTRA 1YPNA 1Z7NE 4R9FA 3USDA 4HCYA 2GH9A 1MQDA 4F1UA 1DMBA 3O2AA 1I6QA 3FASA 4KQPA 4F1YA 4C1TA 4F31B 3MP6A 3G7WA 2ABHA 1N76A 1B9JA 1XVXA 3FATA 2XXTA 3Q25A 3HHFA 2DE3A 3DM0A 1OVBA 4QFLA 1Y1MA 1DPEA 1T0KA 3GZGA 3PPOA 2HZKA 5IKBA 3DLNA 1IEJA 1YCJA 3I6VA 3S9LC 4N13A 1M5BA 4OWDA 3H06B 4DXBA 1FTOA 2I4BA 4LP2B 5DYHA 1OMPA 4EXLA 1GGGA 3V8XB 1URDA 2V3QA 1B7HA 1ZJLA 3IAZA 3B6TA 3C35A 1O63A 4EUOA 4KI0E 1EU8A 3ECRA 2ZYNA 4KR5A 4G2ZA 2UYFA 1FQAA 2ZXTA 1NH8A 1UIUA 1SW5A 1LB8A 5TP9A 3TTNA 3IB1A 1Z7ME 3WAFA 3K01A 3E9XA 3B7DA 4H5FA 4OMBA 3M3KA 4XXUA 5I59B 3SEYA 2V3UA 3MP1A 3PUZE 4EXKA 1QUKA 4OFJA 2I6EA 2ZMBA 1PB9A 5H8SA 4NF8B 1MM7A 1MY1A 3UGWA 1AMFA 3TUSA 1FQFA 1IXGA 3U93A 1XT8A 3FJMA 4U1OA 1SYHA 4RPNA 2I0BA 2UYEA 3PPRA 4NWCA 2B3FA 4ONYA 4IO2A 3LSWA 4KYDA 4ZDMA 3SEVA 4OXVA 1MXYA 3KN7A 3VVDA 1NNFA 4K3FA 1MXXA 2YJPA 3Q27A 2IA4A 4HS7A 3EPEA 3OO8A 1ZMGA 1JQFA 4QFPA 4POWA 5ISUA 1JW1A 3G3JA 3JV9A 3KSXA 3SERA 1MG1A 3FV2A 1B3HA 3IJOB 2XXRA 2QRYA 3K02A 4P11A 3A09A 5TU0A 3C9HA 2PMSA 4JDFA 2W7YA 2F7AA 3I5OA 3VLVA 5JTYB 4ZZEA 1HSLA 1OIBA 3CR9A 3LSLA 1N7WA 1DPPA 4H5GA 3V89B 5DVFA 4EDPA 1D9YA 2Z8EA 4OESA 5AE4A 3BFUA 2HQ0A 3W9WA 2XX7A 3RTFB 3KOSA 3PGFA 4MH5A 4PFWA 3GXAA 1JVYA 3IL1B 3H03A 3K1PA 3T22A 5ICTA 2XXIA 1JNFA 5I59A 1LAXA 4F2OA 5AA2B 3IOWA 1R9LA 1N3WA 4KYEA 1NFTA 3UP9A 4YU0A 1A8FA 2Q89A 1PC3A 1OLAA 4NF8A 4GOTA 3LSFB 1XOCA 4ELRA 4PE5B 3FVKA 1TWYA 4IGTA 3KBRA 2QMXA 3EHSA 2PT2A 3T96B 4OTEA 3TTKA 3G3GA 1N0TA 1FQDA 4LZ7A 3IK6B 3D4GA 5TPAB 1SW2A 1I6BA 2DQVA 1OVTA 1N84A 2RC7A 1H45A 1FQEA 3C31A 2XHDA 3FD3A 4OHNA 3LR1A 5CRYA 4QFKA 1B6HA 4THIA 3N94A 4DDDA 3TZAA 5L9MA 4IO7A 3G3HA 3TODA 1EH3A 3EQ1A 4Q8RA 4YICA 1RYXA 1MQJA 5FHNA 3OD7A 4U22A 4OZ9A 3C4MA 5HBCA 3TMGA 1MY3A 1B0HA 2Q2AA 5JTYA 5HM4B 2RF1A 1WVJA 4E0XA 3T93B 4M1VA 2REJA 3IR1A 3GBAA 1HSEA 4RJZA 1RKMA 4X1BA 2HAUA 5DEXB 2O69A 4GWOA 3HHGA 5CMKA 5K2XA 3PPQA 4LONB 1Y4TA 3FVGA 1ZTYA 3KG2A 4DLDA 3DELB 3VLUA 3C34A 2F78A 2H25A 1MXZA 3H6VA 4FAJA 4BDLA 3KSJA 3MBPA 1XS5A 5AA2A 4ND9A 4Z0IA 2Z23A 2O51A 3RLFE 2OWTA 2H98A 2I48A 4LATA 2I3WA 4LZ5A 5IAIA 1MQHA 1IUDA 5I2NB 2HCAA 3IO6A 1B1HA 4F2QA 1LBCA 4JWXA 2KLFA 3R26A 3UK4A 1QJMA 3KJTA 2XXYA 1B32A 4YMBA 1ELJA 4ELOA 5TPAA 2NVUB 4F18A 1B46A 3ILTB 1Q1KA 2F97A 3CIJA 4R6YA 2RC8A 2QSXA 5ITOA 1QVSA 1SW4A 4F22A 1B3EA 4U1ZA 3K1MA 4ELPA 5AA2D 2G93A 4NF4B 3G3IA 2F34A 1Y20A 2XX8A 5CC2A 4RA1A 4R75A 5DEXA 2DVCA 4PP0A 4GVOA 4GIZA 5CMMA 2DWIA 3QIMA 3S4UA 4GQOA 4JWYA 3QYTA 1MPBA 1LAFE 3QUJA 4BDNA 1A54A 1I69A 1GR2A 5CI5A 3H6UA 4F29A 1IQ7A 1BIYA 4BDQA 1BLFA 1LSTA 4F3PA 5I2NA 3CFXA 2UVGA 1DOTA 3T9VA 3RGYA 1QKAA 2CZLA 3VFJA 4KCCA 4IO6A 4G77A 3KOTA 3BBRA 2RCBA 4PFUA 4IY6A 1NL5A 1MXUA 1TFDA 1F9BA 2GHBA 3JZJA 1MS7A 3UA8A 2LAOA 2I49A 3UIFA 2F5XA 3FJGA 3U92A 3VDFA 3S9NC 2M8CA 2D3IA 5K2YA 4RXLA 4FECA 2ZNUA 3FVOA 2Q9TA 2DXYA 3EN3A 3UN6A 2Y7RA 2VP1A 3L6HA 2WKYA 4F19A 2UXAA 5BUUA 1MDQA 1I6AA 2DWHA 3MVXA 1ZIUA 4YMAA 1SI0A 2F8DA 3VXCA 3RT8A 1A8EA 1LCTA 2Q8JA 3MPKA 3H6WA 1GVCA 2F6GA 4O3CA 4NF4A 3U8QA 3FV1A 1AL3A 3IOUA 1P1OA 1H43A 3B6QA 3TELA 2ZNSA 4DIGA 3LSXA 3S2VA 3FIRA 2O6AA 2RINA 4AB5A 4EF1A 2OLBA 3EHUA 3BKIB 3N26A 3OEMA 2O84X 2E1SA 4GL8A 3G3FA 3N6TA 3VLWA 1LLSA 4ZE8A 4HCWA 4DCYA 4BDOA 4RYAA 2UVIA 4UACA 5H8HB 4FATA 3TCFA 2QL3A 4OFOA 4YAHX 1TXFA 2V3TA 4GLIA 3CG1A 2QS1A 1R6ZA 1IITA 3LUYA 4NWDA 3L6GA 1B3GA 1A7LA 4M4GA 4QRZA 1LFHA 5BWJA 1H44A 1SDXA 5F1QA 4ESWA 4O3AA 1MXWA 4P0GA 4G68C 2QPQA 1LCFA 1OQGA 4Z7EA 3H3GA 1ZKBA 5KDTB 2ONSA 3K1NA 4OERA 3HO7A 2OWSA 1B3LA 1D9VA 1EZOA 1CB6A 4MFIA 3HN0A 4TOZA 1M5EA 1Y3QA 1USYE 4BLAA 4LVQA 5L8DA 5DTBA 3TEPA 2O7UA 4WEPA 1FTJA 2Q2CA 4RK2A 1MH4A 1FTLA 4WKMA 1FQCA 3KN8A 4JB7A 1MPDA 1ZLQA 4QSEA 1IXIA 4ZEBA 1LFIA 4DCXA 5EHSA 4EF2A 3K2DA 4BDRA 4MF3A 4IO4A 3OO9A 4GFRA 3U72A 1PBPA 3MPLA 2GHAA 3H7MA 4G8NA 1B52A 1B5JA 2H5YA 5ICQA 3ZSFA 1NMUA 4OETA 1B4ZA 1UQWA 2A5SA 2HXWA 5H8HA 2DP8A 3GBBA 1NNPA 1VE4A 3QXMA 5M2VA 1Y3PA 2F6PA 2Y7KA 4F1VA 1N04A 4MLQA 1US4A 2ZYMA 1B3FA 2HEUA 2DYXA 4RK9A 4TLLB 4UA8A 3OSRA 1JEVA 1OQHA 5H8FB 1LB9A 2ZNTA 1P1NA 5DVIA 4DXUA 4P0IA 4EQ9A 1B7UA 2F7BA 4JWOA 4JSOA 4DZ1A 1P1QA 1HSJA 2XXPA 3SKPA 2QJEA 1SD3A 4BDMA 4RNSA 5CBRA 4OYVA 2P1SA 1SVXB 3K0VA 1Y1ZA 4YB6A 5KDTA 3QSLA 4R2FA 4IO3A 1P1WA 1PEBA 2XXWA 1QKBA 4U4XA 2THIA 4X48A 3VXBA 2XD2A 1ATGA 3UORA 1SBPA 2Y7PA 2DVZA 1AIVA 3KJ7A 1M5DA 3T9XB 3MWBA 4POXA 3C33A 2HZLA 2DWAA 2PBWA 1B4HA 4O3BA 3MVWA 5L9OA 1UTHB 1GTKA 1NKXA 1O64A 3C36A 3KFMA 2VHAA 4R73A 3CVGA 1Q35A 2G29A 4G68B 3ZS6A 1DSNA 2ALUA 3B6WA 4GD5A 2H9BA 3O9PA 3K6XA 4IO5A 5KZTA 1URGA 3HV1A 3O6HA 1PDAA 4NF6B 4YB7A 3VE1B 3QK6A 5A5XB 3MAMA 5LOMA 2ONRA 3PUXE 1FCKA 3PUVE 1URSA 3CI8A 3SEUA 3MP8A 2RCAA 3A3CA 1CE2A 3TCGA 1N3XA 5H8FA 3FXRA 2R71A 1Y3NA 3MZ9A 2O7IA 2AIXA 5AA4B 2IEEA 2V25A 3K6UA 4FIMA 1KWHA 2NUVA 3MUQA 1S9TA 3MVZA 4IB2A 3IORA 3CG3A 3SDFA 3Q29A 1DTZA 4LA9A 4G8MA 1WODA 4RPOA 1SQYA 1UIVA 4C0RA 2FA7A 3DP8A 3TCHA 1US5A 5HPQA 3FJ7A 3ILUB 3O66A 4PETA 2QS3A 4H6DA 3GLBA 3W9VA 1NNKA 1FW0A 4PQJA 3CSGA 1B58A 3PPNA 2RC9A 3MVYA 4X1DA 2PVUA 1UTHA 4GXAA 2VGQA 1B5IA 5I58B 3PUYE 5JK4A 1TFAA 3FVNA 2DE2A 4R9GA 4G68A 1RYOA 1QUJA 1TT1A 2XXQA 3E13X 4G4PA 3W15C 3V83A 2D5WA 4QF9A 4I9DA 3N5LA 1JEUA 3E4RA 4R6KA 4RY1A 4AB6A 1LFGA 2PX1A 1S50A 4XKPA 1NNTA 3CSBA 4NF6A 2H99A 2ONKE 3PMWA 3O6GA 5ELVA 3AXFA 5A5XA 4F3BA 2OZZA 2QS2A 2NOOA 4X9TA 5DT6A 1MQIA 2NXOA 5EYFA 3OENA 3S9EA 3OO7A 3OXNA 3TKDA 3H6TA 3CRBA 3HSTA 1R1NA 1UTBB 3D4CA 3VVFA 3N6UA 2QMWA 4FJPA 1B05A 1POTA 2Z8DA 1MDP1 4H65A 5AA4A 1IXCA 3G3KA 3MC2A 4C1UA 4H8IA 3QAXA 3TDJA 3TAJA 4DXCA 2P2AA 1J1NA 2P0SA 4U4SA 2VD2A 1A99A 4I62A 4XKQA 4I1DA 4N07A 3TPAA 2XXHA 4LQ2A 3DP4A 4ZZAA 4R2BA 1IIWA 3V5AA 4F3GA 4HTGA 4N6PA 4OEUA 1VR5A 3A3UA 3IOVA 5AA1A 3TYHA 4ZE9A 1JVXA 1B0LA 1H76A 3TTMA 3MW0A 3M3FA 4ELQA 4ECFA 5I58A 3QUFA 4KPTA 5J1DA 3IO4A 1MQGA 5H8QB 4GF8A 2R9JA 4YKKA 2DWJA 3FGSA 2I4CA 1B7ZA 3Q26A 1YAEA 3TFLA 1EZ9A 1QULA 4AQ4A 1AOVA 2ZYKA 4TLMB 3TQWA 3OMBA 4MBPA 4YB5A 1MXVA 1GV8A 1SI1A 1LAGE 2OCUA 3PU5A 2DXRA 1VSOA 2B65A 2VD3A 4QFOA 4LZ8A 3IB2A 3T9HB 4JXIA 1PB8A 3WAEA 4NF5B 4I8CA 1UTBA 5DVJA 2UVJA 5FHMA 1Y9UA 1BP5A 4R6HA 1N7XA 1B51A 3P7IA 3SETA 1JETA 1M5FA 5I2KB 3R6UA 1POY1 4XKRA 4PFYA 4Q5TA 2AL5A 3S9MC 1M5CA 4U2RA 2UVHA 3KGCA 4R72A 3PMVA 3C32A 3T9UA 4ISUA 5FHOA 4QSCA 4E0WA 3O6IA 2X26A 4IGRA 5B70A 1O7TA 3RN8A 4WXJA 4H67A 2YLNA 4KFQA 1LGBC 5I84A 1DTGA 2ANJA 5F7VA 3OSQA 1JW4A 5H8QA 3FXUA 5ITPA 3PPPA 1NH7A 2FYIA 1ANFA 1AH5A 2E0SA 2Q88A 2PYYA 3CFLA 1D4NA 2D21A 4NEDA 1QW0A 5CMBA 4ZS9A 2Y7IA 3VVEA 5I56B 5B7DA 2A5TB 1MRPA 3FUZA 5CBSA 2V93A 2F35A 3K4UA 4XKNA 4ZECA 3VV5A 1FTMA 3ONMA 3RY3A 4OFLA 1MM6A 1Y4CA 3LC8A 2GFEA 5FTHA 1VFDA 2BJJX 4NF5A 4XIGQ 3PV0E 4FE8A 2FNCA 2X7PA 3F11A 3LBSA 3SESA 5AA3A 1BKAA 2I58A 3M8UA 1A55A 4EQ7A 2XXUA 5CM6A 2AYSA 5FTIA 1FQBA 4H0WA 5I2KA 4HW8A 5I57B 1B5HA 3TQLA 4QHQA 4F39A 3SEWA 3BFTA 3I3VA 1IZ1A 1A40A 2AL4A 2VOZA 4H1XA 2XXVA 2Y84A 2ESNA 3EF7A 2R6GE 3MZBA 5CMCA 3MQ9A 4Q30B 4YKPA 2F7CA 2XX9A 5KCJB 2B3BA 3CFZA 4KYSA 2Y7WA 2O1MA 3MZ1A 5L9SA 4OEVA 2CMOA 1JW5A 3ZKKA 3THIA 1PB7A 1L5TA 3H4ZA 4DE8A 3IX1A 4G8HA 1XC1A 3MJNA 4MLVA 1USYH 1VFEA 3RT6B 3U94A 4Q0CA 2RKMA 1ZBMA 1SW1A 1LAHE 3OELA 2HAVA 1SYIA 4FEDA 3RTWB 3T66A 3RUMA 4QFNA 2XD3A 5I56A 1OLCA 1QUIA 3RQTA 4FEBA 2A5TA 3SEXA 4FORA 3DP6A 4OENA 4OQOA 1II5A 4JBZA 2Z22A 3K00A 4YKJA 4L17A 2OJTA 4YZZA 5H8NB 1MPCA 4ZEIA 4YKIA 2DS9A 3HPIA 3U1OA 4KD5A 3ODBA 4IY5A 3OEKA 4GL0A 2DSFA 1EZPA 4LQ5A 1BTJA 1MY0A 3KZGA 4LUBA 2O68A 1H3DA 2V84A 3O29A 1PBQA 3O97A 2X7QA 3OO6A 4TQUQ 4WEDA 5I57A 4PFTA 3RNNA 2DOJA 4KCDA 3FZVA 1P99A 4U23A 4EQBA 4NE4A 4GXSB 3IJXB 3K6WA 3PD8A 3K6VA 4OVJA 1P1UA 3KN3A 3JYRA 4F3SA 3FXQA 4NTLA 1D3KA 4XTCQ 2OBGA 5KCJA 3KEIA 1R9QA 2PT1A 2OK2A 3E3KA 3RPWA 2ZYOA 2XXXA 2QS4A 3IB0A 3R7XA 2NWJA 3HCQA 2F36A 4JSDA 1ZU0A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4NMYA 4H8JA 2HFBA 1XVYA 1XHYA 1FTKA 1IMBA 2DE4A 2O1LA 4GRKA 4ZEKA 2CZHA 1IXHA 1INPA 2YPNA 4ZEFA 4ZEDA 1MY4A 3OOAA 4QSDA 5EHMA 1WDNA 1S7YA 4PDDA 1B2HA 4PAIA 3Q28A 2I3VA 1B40A 1MY2A 1MH3A 3PMXA 3IOTA 5JEIA 3PUWE 5TP9B 1YTVA 3O28A 3M3LA 2I0CA 2GRVA 4U21A 2H4IA 2QVUA 4P47A 2REGA 4KHZE 3TTLA 1LBBA 2QVRA 2Z8FA 3ZKLA 4R74A 1B1XA 5H8NA 4ESXA 3ISPA 3PD9A 3EHTA 5EYGA 3TTRA 1FPIA 1YPNA 1Z7NE 4R9FA 3USDA 4HCYA 2GH9A 2FIXA 1MQDA 4F1UA 1DMBA 3O2AA 4O7MA 1I6QA 3FASA 4KQPA 4F1YA 5J16A 4C1TA 4F31B 3MP6A 3G7WA 2ABHA 1N76A 1LBZA 1B9JA 1XVXA 2PFZA 3FATA 2XXTA 3Q25A 2QFLA 3HHFA 2DE3A 3DM0A 1OVBA 5IZ3A 4QFLA 1Y1MA 1DPEA 1T0KA 3GZGA 3PPOA 2HZKA 5IKBA 3DLNA 1IEJA 1YCJA 3I6VA 3S9LC 4N13A 1M5BA 4OWDA 4GWSA 4GX6A 3H06B 4DXBA 1FTOA 2I4BA 4LP2B 5DYHA 1OMPA 4EXLA 1GGGA 1FPKA 2BJIA 3V8XB 1URDA 5EQ9A 1IMEA 2V3QA 1B7HA 1ZJLA 3RYDA 3IAZA 3B6TA 1IMDA 3C35A 1O63A 4EUOA 4KI0E 1EU8A 3ECRA 1FRPA 2ZYNA 4KR5A 4MAGA 4G2ZA 2UYFA 1FQAA 2ZXTA 1NH8A 1UIUA 1SW5A 1LB8A 2ZZXA 5TP9A 4OVQA 3TTNA 4PTKA 4HE2A 3IB1A 1Z7ME 3WAFA 4GX3A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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