4G68A

Biochemical and structural insights into xylan utilization by the thermophilic bacteriumcaldanaerobius polysaccharolyticus
Total Genus 137
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
137
sequence length
392
structure length
392
Chain Sequence
ITLTFWNLFTGEPAKTKVKEIIDQWNKENPNVQIVESVTENDAYKTKIKAAIAANEAPDIFQTWAGGFSQPFVEAGKVLQLDSYLNDGTKDQLLPGSFDNVTYNGKIYGIPFDQQASVLYINKELFDKYNVKVPTTFSELIDAIKTFKSKGVTPFALGEKDEWPGMWYYDMIALREGGVQLTRDALNGKASFDNQAFTDAAQKLQDMVNAGAFDSGFMGLTRDEATAEFNQGKAAMYFGGNFDAAAFVSDPSSLVKGKIEAVRFPTIEGGKGDPTEYIGGTVGALMVSANSKYKDEAVRAAKYLAKQLSDMDYLIATGLPAWKYDNIDQSKVDPLEIQIMNNIVANAKGSVPAWDIYLSGDAAQTHKDLVAQLFAKQITPEEYSKQMQQKIN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Biochemical and Structural Insights into Xylan Utilization by the Thermophilic Bacterium Caldanaerobius polysaccharolyticus.
pubmed doi rcsb
molecule keywords ABC transporter
molecule tags Transport protein
source organism Caldanaerobius
total genus 137
structure length 392
sequence length 392
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-07-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4g68A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4g68A02
4X48A 3QK6A 1O64A 1SI0A 4KFQA 3FGSA 3ZSFA 1JETA 4OWDA 4M1VA 1A40A 2D5WA 4DLDA 4LQ5A 3VXBA 3RNNA 3PPOA 4YB6A 3OO9A 2THIA 2XXUA 4EQ9A 1LAFE 2ZNUA 5FTIA 4G8NA 4RPOA 2QS1A 3G3FA 2RINA 3S9NC 4PP0A 2XD2A 2P2AA 3QSLA 5TP9A 4IB2A 1H3DA 1DPPA 4YMAA 4R9FA 1TFAA 1B1XA 1H45A 3EF7A 3VFJA 1RYXA 2ZYKA 3SESA 2I6EA 3BFTA 3K1NA 3Q25A 4RJZA 3MP1A 3DP6A 3RGYA 2DE3A 4XKQA 1D9YA 1AMFA 2PT2A 4ZEIA 3C32A 4YZZA 3PUZE 3HHGA 4FAJA 1TT1A 3EN3A 3TTKA 2VHAA 3V83A 4EQ7A 1ZIUA 3OEMA 5AA4A 1GV8A 2OBGA 3PUVE 5CM6A 3IJXB 1FTMA 3P7IA 3FVNA 3PMVA 4GIZA 4ELPA 3PUWE 1TFDA 1HSLA 3CVGA 4OYVA 4GQOA 2B65A 2VP1A 3C34A 3LSWA 1ZMGA 2B3FA 3WAEA 2OCUA 3KOSA 1PB9A 4NF4B 4OQOA 4NWCA 1B5HA 5LOMA 3TCGA 3ONMA 4X1DA 1PB8A 2Q9TA 3VLWA 3OD7A 2I0CA 2F5XA 1MQHA 5HBCA 2VD2A 4NF6B 1XHYA 3N94A 2Y7RA 2Y7PA 1UTBB 1MY2A 1T0KA 3T9HB 4BDRA 1F9BA 4N6PA 3KFMA 4JB7A 4O3CA 3HCQA 4U4XA 5AA2B 2FYIA 1I6AA 4YB5A 1MQIA 4QFNA 2ZYOA 3HV1A 3USDA 4ZE8A 2AL5A 5H8QB 4KCCA 5AA2D 5F1QA 2O68A 3M3FA 1B9JA 1MY1A 3M3LA 1MS7A 1M5DA 3B6QA 1KWHA 3H7MA 5KZTA 1IUDA 2I0BA 5HM4B 1EZOA 5JK4A 4H1XA 4O3BA 3EQ1A 1GVCA 3HO7A 4ELRA 2PX1A 4LQ2A 4GFRA 1UTHA 1XC1A 1B46A 5KCJA 1I6BA 2RC8A 2I58A 3G3KA 1B3GA 3IL1B 4OTEA 1UIVA 1Y1MA 4Q0CA 1FQCA 4ZZEA 2VGQA 3IO4A 3U93A 5I57A 4IO6A 2Y7IA 1YCJA 3UIFA 2ONKE 4ZEFA 4RY1A 4OEUA 1JW5A 4MLQA 4O3AA 5CBRA 2H5YA 4DCYA 3B6TA 3RT8A 1AH5A 4ZEDA 2F6GA 3C4MA 3FUZA 2H25A 1VFDA 1Q1KA 4E0XA 3OXNA 4F18A 3TCHA 1N76A 2PMSA 3TQLA 3O97A 3O6IA 3N26A 1POTA 4ESWA 4JDFA 3T9XB 1A54A 2HAVA 2RC9A 3CFLA 2ZYMA 1B2HA 4JWXA 1NFTA 3C35A 2FA7A 1DSNA 4YAHX 2A5TB 3DELB 2I3WA 4ZE9A 1DOTA 3TTRA 1UIUA 3GBAA 4QFKA 5FHNA 3O29A 2P0SA 5JEIA 1PB7A 1S50A 1TWYA 5H8NA 1JVYA 4MLVA 1SYIA 1LGBC 4IO7A 2G93A 4YMBA 5EYFA 3VDFA 1ATGA 4C1TA 2XXXA 3FD3A 3K6XA 3CG1A 3CR9A 1MPDA 2V84A 3KEIA 3JV9A 3OENA 3TKDA 5DYHA 2DWJA 4ONYA 2UYEA 1MDP1 5B70A 3T22A 3M3KA 1P1QA 1LB9A 3O2AA 4C1UA 2NWJA 1VR5A 3THIA 4JWOA 2XXQA 3TDJA 4DIGA 1MQDA 1SW4A 3T96B 1DPEA 2NOOA 3KN8A 2QS2A 4NF8A 2OLBA 3HN0A 3IB2A 5I56A 2QJEA 4X9TA 4R6YA 4R6HA 2Q88A 3TYHA 2F8DA 1B32A 1R1NA 2NXOA 4G2ZA 1TXFA 4N07A 5TPAA 1MPCA 4OMBA 2IA4A 2O69A 1B40A 2XXTA 1I69A 1IXHA 4BLAA 5H8FB 1PDAA 1QUJA 4Q5TA 5IKBA 3SERA 3PPQA 1XS5A 2YJPA 1FTKA 5L9OA 2Z8FA 4FECA 1B5JA 1N7XA 1IITA 4OEVA 4ECFA 1CB6A 3ILUB 2HZLA 2X7PA 2O1MA 1LAHE 1AOVA 1FTJA 1LB8A 3BFUA 1RKMA 4R9GA 4BDNA 2VD3A 3IOWA 3B6WA 3RN8A 1A7LA 3PMWA 1RYOA 4F3BA 3BKIB 4KPTA 1JW1A 4KCDA 3K6UA 1LFGA 3SEUA 4GL0A 1B4HA 1N3WA 4POWA 3FXQA 2E0SA 2Q2AA 2ZNTA 1ZU0A 1PC3A 3IAZA 1SBPA 2HXWA 4DZ1A 1NNKA 1MG1A 3FXUA 4OFLA 3T93B 3SDFA 2QS3A 3LUYA 5I58B 5H8SA 3FVKA 2QS4A 5BWJA 1XVXA 4R75A 4UACA 1LAGE 4N13A 4JXIA 3UP9A 3PV0E 1NH7A 4HW8A 1LAXA 2DVZA 3TELA 1D4NA 4LA9A 3HSTA 4QF9A 4OHNA 3TUSA 1B1HA 1MDQA 3VVEA 4Q30B 3N5LA 3R7XA 3MVWA 3RQTA 4P11A 5FTHA 1BP5A 1B3LA 1PBQA 4GRKA 2ONSA 3O9PA 3K1PA 4TLMB 2XXVA 1A8EA 3HHFA 3I5OA 5FHMA 1P1NA 1LLSA 1Y4CA 1Y3PA 4PFYA 3TTMA 2V25A 5I59A 5K2YA 4RA1A 5H8HA 1CE2A 1MH4A 4WEPA 1PEBA 3E9XA 4RK9A 2X26A 2F97A 3D4GA 4R2FA 3O6HA 4H5GA 2AL4A 4P0IA 1B4ZA 3CRBA 2BJJX 2M8CA 4QSCA 2AIXA 2F34A 4BDQA 2VOZA 4NE4A 3M8UA 1M5BA 4XKPA 2ZNSA 1M5FA 3OELA 2D21A 2WKYA 3ILTB 1Y3NA 1LFIA 3MWBA 4AB6A 2KLFA 3SEYA 1UQWA 3TCFA 1URGA 2REGA 2DYXA 4LVQA 3KBRA 4F1UA 3ODBA 4OENA 4MBPA 2NVUB 4G68B 1B7HA 1MQJA 3MVXA 5CRYA 4NF5B 3UN6A 1BIYA 1IXIA 3RLFE 3JYRA 4PFWA 1QVSA 2DS9A 2CZLA 1D3KA 2HFBA 4BDOA 2QRYA 4NMYA 2OWTA 1FQEA 1MXWA 2GRVA 4IY5A 4OFOA 2B3BA 1GGGA 1QUIA 4QFPA 2Q89A 1R9QA 1FCKA 2Z8EA 4FATA 3FIRA 3Q27A 5ELVA 1B7ZA 4DXUA 2Z23A 1B7UA 3IR1A 3OEKA 3KJTA 1N7WA 4OZ9A 4EF2A 4LONB 1IQ7A 2OZZA 4KYEA 1EH3A 2V3UA 5L8DA 3UGWA 1N04A 2QMXA 4KR5A 5AE4A 2Y7KA 4YU0A 3FJGA 1USYE 1ZJLA 2ANJA 2R9JA 2X7QA 3MJNA 1WVJA 4ZEKA 1JEUA 3G3IA 3U1OA 4PE5B 3Q26A 2Z8DA 4THIA 3RUMA 3VE1B 1LSTA 1OQGA 3CSBA 1Y20A 4R73A 1SW2A 3D4CA 3K00A 4JWYA 3OO7A 2F7CA 2OK2A 2ONRA 3U92A 2YPNA 1P1UA 1Z7NE 1QUKA 1I6QA 1M5EA 4ELOA 1QJMA 2PYYA 3AXFA 3Q29A 4LZ7A 3V8XB 1P1WA 2ZYNA 2O7UA 4NF4A 1LFHA 1R9LA 1EU8A 1B0LA 2F78A 3CFZA 1IIWA 1GR2A 1FQFA 3G3JA 3T66A 2ABHA 4NF6A 3C33A 1A99A 3IX1A 4IGRA 3PPPA 2RKMA 4FE8A 4F22A 3L6HA 2G29A 3PU5A 4AB5A 1MQGA 5CC2A 2A5SA 1UTBA 1GTKA 1FQBA 5ICQA 1N0TA 4F2QA 2UVIA 2I48A 4U22A 4ESXA 5AA2A 4RPNA 1JEVA 4KHZE 4R74A 3PPRA 2NUVA 3S9LC 3S9EA 3H03A 5F7VA 3K0VA 3ZS6A 5H8QA 2DWHA 1SI1A 2XX8A 3K1MA 3A09A 2HCAA 3IK6B 5JTYB 3K02A 3LSXA 3O66A 4NEDA 4H5FA 5EHMA 4OESA 4GXSB 4F19A 1MXYA 4IY6A 4XTCQ 3FATA 3S2VA 3S9MC 2DQVA 4FEBA 4KYDA 4ZS9A 5CBSA 3H3GA 4YKJA 2I4BA 1MPBA 3MVYA 5I2KB 3TFLA 4OFJA 4YKIA 1IXCA 1FTOA 3IOUA 5L9MA 4JBZA 5ISUA 5I2NB 3CFXA 2RCBA 1JNFA 4F31B 4P0GA 4RXLA 4OVJA 1QW0A 1MH3A 2DSFA 3E3KA 2QMWA 1XOCA 2DOJA 3I6VA 3O6GA 5A5XB 1USYH 2UVHA 1OVTA 4PFTA 3KOTA 4IGTA 4QRZA 1WDNA 3DLNA 4QSDA 2V3TA 4F2OA 1FQDA 4XKRA 5KDTB 2GHBA 2A5TA 2RCAA 1O7TA 2GFEA 3QAXA 1Y4TA 1ZTYA 1NH8A 1ZKBA 4GF8A 3G7WA 1ANFA 4ZECA 4WKMA 3CIJA 4HCWA 2DWAA 1NNTA 2ESNA 1XVYA 3CG3A 2W7YA 3K01A 3MUQA 4DXCA 1MY0A 3UA8A 1LBCA 3R6UA 3DP4A 1BTJA 2Y84A 4F3PA 3QUFA 3TODA 3OMBA 2D3IA 3MBPA 3TEPA 4PFUA 3RTFB 1BLFA 1L5TA 4GLIA 1FTLA 3T9UA 1OMPA 1B6HA 1S9TA 1IXGA 1SW1A 4I9DA 1FW0A 3TQWA 4QFLA 2YLNA 4G4PA 3MZ1A 4HS7A 5TP9B 3DP8A 2XD3A 4F39A 4U1OA 4U1ZA 2FNCA 4PETA 1VE4A 4G8HA 1VSOA 2CMOA 4HTGA 1MXUA 1SD3A 3PPNA 1MM6A 3JZJA 3U8QA 5L9SA 4R6KA 4OXVA 1SVXB 5DVIA 3MP6A 4ND9A 1D9VA 3MPLA 1SQYA 1Y1ZA 3K4UA 2H9BA 4ZZAA 3LBSA 3MVZA 3H6TA 4F3GA 3OO8A 2O84X 1YPNA 5H8FA 4TLLB 5AA4B 3EHUA 1AL3A 3R26A 3ZKKA 4X1BA 3W9VA 3IOVA 4LUBA 4FORA 2DP8A 1NMUA 4F29A 3VLUA 3IOTA 2O6AA 3IJOB 2Y7WA 2XXRA 2XX9A 3KJ7A 2PVUA 5DEXB 4EXLA 4L17A 3S4UA 2RC7A 4KQPA 2PT1A 1WODA 4LATA 4OETA 4HCYA 4WEDA 4XKNA 1NL5A 2F7BA 3QIMA 1YAEA 3LC8A 4F1YA 3LSLA 2QL3A 1B3HA 4GOTA 1EZ9A 4C0RA 5AA1A 1B05A 4XXUA 4ZEBA 3K2DA 5TU0A 3GXAA 2HEUA 4GVOA 1ELJA 5I58A 3TPAA 4BDLA 4WXJA 4DE8A 1ZLQA 3O28A 4DDDA 2XX7A 4EXKA 4G77A 2XHDA 2UVJA 3FV1A 4NWDA 5DT6A 1R6ZA 4ISUA 4EDPA 3EHTA 2H4IA 3CI8A 1HSEA 1B58A 4IO4A 4KYSA 5CMMA 4G68C 5FHOA 2I49A 3H06B 1Q35A 1MXZA 1UTHB 4EUOA 4IO5A 5KCJB 2QSXA 3FZVA 3VVDA 3U72A 3OSRA 4OERA 2OWSA 2O51A 4LZ5A 3W15C 3KGCA 4IO2A 5BUUA 3KG2A 3A3CA 5I57B 3IORA 1NKXA 4H8JA 3MPKA 3RTWB 1ZBMA 5CMBA 3SKPA 3W9WA 5CI5A 1BKAA 4I1DA 5DEXA 3OSQA 3C36A 3VV5A 4FIMA 4XIGQ 3C31A 4U4SA 4I62A 1SDXA 1O63A 1B3EA 1JQFA 1AIVA 4NTLA 5DTBA 3VXCA 1OIBA 1VFEA 4H67A 5CMCA 2I3VA 2E1SA 1MY3A 1LCTA 4GL8A 3EPEA 3SETA 3PD8A 2DE2A 4R72A 1MXVA 1A8FA 1NNPA 1S7YA 4YB7A 4QHQA 2DWIA 2QPQA 4G68A 4R2BA 3SEXA 3SEVA 2V3QA 4AQ4A 4NF5A 4YICA 2O7IA 1XT8A 3A3UA 4ZDMA 4M4GA 3IO6A 2IEEA 3H6VA 2XXYA 4I8CA 4LP2B 3G3HA 5H8NB 1IZ1A 1A55A 4RK2A 3GBBA 3MAMA 3OOAA 3CSGA 4EQBA 4FJPA 2Q2CA 1OVBA 3FJ7A 3PMXA 4U23A 3N6UA 2GH9A 1US4A 4DCXA 3ZKLA 3K6WA 1DMBA 3EHSA 1JVXA 1LBBA 2ZMBA 4GD5A 2Q8JA 4DXBA 2AYSA 3H6UA 4MF3A 3MW0A 1PBPA 2F6PA 2O1LA 3U94A 3KN3A 3TTLA 2F35A 4NF8B 4MH5A 3K6VA 1FQAA 5I56B 3PUYE 4RNSA 3FV2A 4POXA 1B5IA 5TPAB 2REJA 1HSJA 4TQUQ 2H99A 3FXRA 1MM7A 3MP8A 1MXXA 3IB0A 3L6GA 1Z7ME 2XXPA 3PD9A 3UK4A 4PQJA 1J1NA 4U21A 1B52A 4Z0IA 1B3FA 1QULA 3KZGA 5M2VA 1SYHA 4K3FA 3MZBA 2PBWA 3VLVA 3GZGA 4JSDA 3QYTA 4Z7EA 1M5CA 2ALUA 1DTGA 5DVFA 3FVOA 3V5AA 3TAJA 2UYFA 3HPIA 3MQ9A 3OO6A 1P1OA 3FJMA 3Q28A 5B7DA 3SEWA 2I4CA 3GLBA 3IB1A 1H76A 4TOZA 3V89B 2UVGA 3VVFA 3B7DA 2R71A 1NNFA 2Z22A 4YKKA 5AA3A 3TZAA 4KI0E 2HQ0A 2R6GE 3QUJA 1LCFA 2F36A 2HAUA 3MC2A 2HZKA 2OJTA 3KSXA 5HPQA 1JW4A 1N84A 4BDMA 2RF1A 3UORA 1II5A 4F3SA 3F11A 5JTYA 1QKAA 4KD5A 3G3GA 4YKPA 3N6TA 3WAFA 2XXIA 2DXYA 3BBRA 3H6WA 2GHAA 4LZ8A 2DVCA 5I59B 1POY1 5H8HB 1URSA 4GWOA 5ITPA 5EHSA 1DTZA 3LR1A 5I2KA 3RT6B 1YTVA 1OQHA 4QFOA 1P99A 3KN7A 4Q8RA 2XXHA 1MRPA 4EF1A 2DXRA 3KSJA 1SW5A 1EZPA 5I2NA 4IO3A 3LSFB 1N3XA 5ICTA 4U2RA 2H98A 4H6DA 3PGFA 4GXAA 3TTNA 3PUXE 4H65A 5DVJA 3E4RA 3E13X 4G8MA 5ITOA 5I84A 4UA8A 4H8IA 1IEJA 3QXMA 2ZXTA 1QKBA 3RPWA 2V93A 2XXWA 3RY3A 3H4ZA 3MZ9A 3FASA 4QSEA 4ELQA 3C9HA 5A5XA 4JSOA 3FVGA 1OLCA 1URDA 4MFIA 1US5A 5K2XA 4E0WA 4F1VA 1B0HA 1MY4A 1H44A 3ECRA 3DM0A 3I3VA 2UXAA 5KDTA 3T9VA 5CMKA 4RYAA 1Y9UA 1H43A 4H0WA 2F7AA 3TMGA 1B51A 2LAOA 5IAIA 2DE4A 1OLAA 1Y3QA 2P1SA 4FEDA 5J1DA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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