4G68A

Biochemical and structural insights into xylan utilization by the thermophilic bacteriumcaldanaerobius polysaccharolyticus
Total Genus 137
50100150200250300350020406080100120140
Genus TraceResidueGenus

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
137
sequence length
392
structure length
392
Chain Sequence
ITLTFWNLFTGEPAKTKVKEIIDQWNKENPNVQIVESVTENDAYKTKIKAAIAANEAPDIFQTWAGGFSQPFVEAGKVLQLDSYLNDGTKDQLLPGSFDNVTYNGKIYGIPFDQQASVLYINKELFDKYNVKVPTTFSELIDAIKTFKSKGVTPFALGEKDEWPGMWYYDMIALREGGVQLTRDALNGKASFDNQAFTDAAQKLQDMVNAGAFDSGFMGLTRDEATAEFNQGKAAMYFGGNFDAAAFVSDPSSLVKGKIEAVRFPTIEGGKGDPTEYIGGTVGALMVSANSKYKDEAVRAAKYLAKQLSDMDYLIATGLPAWKYDNIDQSKVDPLEIQIMNNIVANAKGSVPAWDIYLSGDAAQTHKDLVAQLFAKQITPEEYSKQMQQKIN
5010015020025030035035030025020015010050
020406080100120Genus Matrix

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
Updating...
connected with : NaN
molecule tags Transport protein
source organism Caldanaerobius
publication title Biochemical and Structural Insights into Xylan Utilization by the Thermophilic Bacterium Caldanaerobius polysaccharolyticus.
pubmed doi rcsb
molecule keywords ABC transporter
total genus 137
structure length 392
sequence length 392
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-07-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4g68A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4g68A02
4N6PA 4NMYA 2DE4A 5I57B 3B6QA 3DLNA 2I6EA 1XC1A 4JWXA 4OENA 3SEYA 3S9LC 4R73A 1B9JA 3M8UA 1B58A 4LZ7A 1LGBC 5HPQA 3RNNA 3GBBA 3T9VA 2XXIA 4HCYA 1ZU0A 2G29A 5F7VA 4QSDA 5L9MA 3U92A 3MP8A 2GHAA 2W7YA 2E1SA 4FEDA 2H98A 2QS2A 4FORA 3QSLA 4R9FA 1O63A 1MH4A 4RA1A 4U4XA 2KLFA 2QS1A 1MQHA 1BP5A 4ESXA 3LSXA 1VFDA 2I4CA 3O29A 2A5SA 3IL1B 5FHOA 2THIA 1HSEA 4X9TA 1H44A 3MVXA 4P0GA 1OVBA 2V25A 3IO6A 1MXUA 4AB5A 2R6GE 3PGFA 1FCKA 2F8DA 1XVYA 2P1SA 1JVYA 4U23A 1POY1 3ILTB 3TQWA 2I58A 2H5YA 4NTLA 1D9YA 4LZ8A 3GBAA 4U2RA 2HZLA 4ZEBA 2CZLA 2HXWA 3A3UA 2B3FA 4JBZA 1VSOA 4O3CA 3HCQA 2NVUB 4ELQA 4OEVA 5M2VA 2NUVA 2OLBA 1IQ7A 2DWJA 4EUOA 4ND9A 2DYXA 4R6KA 1FQAA 5F1QA 2M8CA 4GVOA 1MDQA 3ECRA 1NH8A 4KQPA 1TFAA 1QUIA 4EXKA 4XXUA 2XXHA 3JZJA 3FATA 4P11A 3LSLA 4PFYA 4ZZEA 1ANFA 4LQ2A 3MC2A 4KD5A 4JWYA 3DP4A 1QKAA 4IGRA 4OFOA 4R6HA 3FV1A 4F1VA 3LSWA 1IXIA 1B3GA 2YPNA 4UACA 3E4RA 3QXMA 1SBPA 4MF3A 1B1HA 5H8SA 3CSBA 4EF1A 5B70A 1SD3A 4DE8A 5DEXB 3KN7A 1B4ZA 4RY1A 4QHQA 1US4A 2DVZA 4WKMA 2R71A 2YLNA 3O6IA 2RINA 1PB7A 3MVYA 2DVCA 1ZKBA 1PDAA 4RPOA 2B3BA 4XKNA 3MZ1A 4MH5A 2Z8FA 3E9XA 4BDLA 2DSFA 3FJ7A 3BFTA 3ZKKA 1LAGE 4TOZA 1LFHA 3H6UA 3L6GA 5A5XA 5I56B 1US5A 3G3IA 2GFEA 3TDJA 1GV8A 2H9BA 1TWYA 4OESA 1LCTA 1MQJA 1SW4A 3PV0E 4YMBA 2I4BA 4U21A 2I49A 5AA4B 5ISUA 3GXAA 3OELA 5L9SA 5CMKA 1IEJA 3IB2A 3KBRA 5CRYA 4NF5A 4YMAA 4I9DA 4X1BA 3OEMA 2HAUA 3TQLA 4F1YA 3C33A 5IAIA 3CG1A 2OWTA 4G68B 3UK4A 5KDTA 1EH3A 3M3KA 2XHDA 4EQ9A 5AA2B 2V93A 3K1PA 3LR1A 4R2BA 1NKXA 3FIRA 3MZ9A 4OFJA 1UTHB 1M5CA 4ELPA 2NOOA 4GIZA 1Y4TA 1AIVA 2B65A 3G3FA 3W9VA 3IORA 3U93A 2QRYA 5CMCA 4C0RA 1I6BA 1MG1A 3SERA 3QUJA 1USYH 3VXBA 2QPQA 3SEWA 3UORA 1FTLA 2OJTA 3DP6A 1EZOA 4GL0A 4O3AA 3TELA 2DE3A 4JWOA 1NNPA 4QRZA 1JW1A 2XX7A 1B7UA 3IB0A 4RNSA 3VDFA 3N26A 1PBQA 4KI0E 1IIWA 3I6VA 3CVGA 4R6YA 4R2FA 4NF4A 2ONSA 2R9JA 3FXRA 3SETA 4GFRA 3PD8A 1UTBA 2V3TA 3KZGA 1UQWA 3SESA 2XXVA 3E13X 3O2AA 3H7MA 3OO6A 2UXAA 3KSXA 3UIFA 2DXRA 4RJZA 3JYRA 4JB7A 3N5LA 2XXXA 1JQFA 4G8HA 2DXYA 1IZ1A 2GHBA 1SYIA 3Q26A 2OWSA 3PD9A 4ZZAA 5L9OA 4FATA 1PBPA 3FJGA 1LB8A 2DP8A 1Y3PA 4NF8A 1I69A 1MY0A 3TTRA 4Q5TA 4XKPA 3T9XB 2D5WA 5H8QA 3IJXB 3FZVA 1RYOA 5I59B 3KJ7A 4H0WA 4U1ZA 2E0SA 1AL3A 1F9BA 4F29A 4C1UA 5HBCA 3TMGA 4H5FA 3O28A 4XKRA 3EPEA 3U8QA 1LAFE 4RXLA 3CI8A 3TFLA 1JETA 3VXCA 3BKIB 3GZGA 1URSA 3ONMA 1O7TA 1L5TA 3IK6B 4YAHX 5K2XA 4M4GA 3OENA 5DVFA 1N3XA 1A40A 4GQOA 3QK6A 4YB7A 4NF6B 2AL4A 5I2KA 1Y1MA 3FV2A 3RLFE 5TP9A 3VE1B 4DDDA 4H5GA 3F11A 1OQGA 2XX9A 1FQFA 1A7LA 3PUYE 1MXWA 5H8NA 2UVJA 1O64A 2Y7PA 4EF2A 1DTZA 4H67A 3V89B 2ESNA 4M1VA 1HSJA 3U1OA 2QJEA 2Y84A 2P2AA 1D9VA 3RUMA 3ZKLA 1LFGA 3T9UA 4ZEDA 3N6TA 4LVQA 5ICQA 4ZECA 5JEIA 1R6ZA 3H6VA 5TPAA 1YCJA 2QSXA 2Y7IA 4QFLA 4U1OA 3S9EA 3HN0A 3VVDA 1IXCA 4F18A 2ZNUA 1M5BA 1S7YA 3N94A 3RT6B 1NNFA 3R6UA 1QW0A 3D4GA 1Y3NA 1I6AA 2XXTA 2VD2A 1MY2A 1LBCA 2VP1A 3VFJA 4FEBA 1WDNA 4POXA 3C4MA 1D3KA 4JSDA 4YKPA 1AH5A 5J1DA 1ELJA 2O69A 2ZNSA 4OFLA 4ELOA 4DXBA 3G3HA 3W9WA 1GGGA 4IO7A 2V3UA 4OHNA 1SQYA 1ZLQA 2DE2A 3C35A 4FIMA 3KSJA 2GRVA 5ITPA 3MPLA 4G8MA 3OMBA 2XXPA 2Y7WA 3MVWA 3ZSFA 2D3IA 1B51A 4KYEA 3K6XA 1Y4CA 1MXVA 2DOJA 4OQOA 2O7UA 1DPPA 3EHUA 5DVIA 4XIGQ 5CI5A 4OWDA 3CG3A 1Y3QA 3FXQA 1BTJA 2RC9A 3PU5A 5H8HB 1B5HA 3LSFB 3KOTA 2DS9A 3OEKA 4P0IA 5K2YA 1MM6A 3HPIA 3K00A 2ALUA 1N0TA 3MP6A 1OLCA 4ZE9A 3TAJA 4EQBA 4H8JA 5JTYA 5DYHA 2A5TA 1FTJA 4F2OA 1EZ9A 3QIMA 2UYFA 5AA1A 2G93A 4IO4A 1M5DA 1DPEA 5FTIA 2ZYKA 4N13A 2Z8DA 5I57A 3PPOA 2VOZA 1OIBA 4F3PA 2P0SA 4ISUA 5BWJA 3RPWA 1MPDA 3H06B 5CBSA 2Q9TA 1B3LA 1JW5A 3MW0A 3I5OA 3K6WA 3H6WA 2OBGA 3SEXA 1ZTYA 4QSEA 4ZS9A 2FA7A 2Y7RA 3THIA 3IJOB 1JEVA 4EQ7A 1QUJA 3MPKA 4OTEA 2I48A 1IXGA 5DTBA 2Z23A 4BDMA 5AE4A 3IAZA 1URDA 5I2NB 3EQ1A 5CC2A 1EU8A 3UGWA 2H4IA 2F6PA 3RQTA 1BKAA 3RT8A 2OK2A 4LATA 1Y1ZA 3LC8A 2IA4A 3OSRA 3EF7A 5AA2D 1B6HA 3SDFA 3OO8A 4F22A 1PC3A 4TLMB 3TYHA 2DWHA 1YPNA 3G3KA 3S4UA 4PE5B 1B0HA 5I84A 1LLSA 1GR2A 2XXQA 3HSTA 4WXJA 2UVIA 4KCDA 2UVGA 3FUZA 4F3BA 4DLDA 2BJJX 3S2VA 4MLQA 4IO5A 4YKJA 4MBPA 3PPRA 1NFTA 1B2HA 3V5AA 5ITOA 1UIVA 1M5FA 4NF8B 3E3KA 1KWHA 3PPPA 1NNKA 2ONRA 1NH7A 4OETA 3OSQA 3DELB 1XOCA 2X26A 2OCUA 4ZDMA 3U72A 3OO9A 5H8QB 1JNFA 2RKMA 2O1MA 1VFEA 3DM0A 4YZZA 2UYEA 4I62A 3VLWA 1FTOA 2Q8JA 4NWDA 1VR5A 4C1TA 1ZBMA 3PUWE 1ZMGA 4K3FA 5AA3A 1N04A 4PQJA 1P1OA 4PETA 2QMXA 3KGCA 1QULA 4GRKA 3MAMA 2DQVA 5ELVA 2ZYNA 4GXAA 4YB6A 3FASA 3MP1A 3VVEA 3TCFA 4YKKA 4R74A 1H3DA 4FE8A 4EDPA 4I8CA 3TTKA 3FD3A 3K02A 5DEXA 3Q27A 4F3SA 1SW2A 1II5A 1SW1A 2I3VA 3KOSA 4QFPA 1SDXA 1MY3A 5H8NB 1MPCA 3BFUA 4ZEKA 3BBRA 1B52A 1NMUA 1B40A 3RTWB 4GL8A 3UN6A 4QFOA 3P7IA 1DOTA 4NE4A 2XX8A 5H8FA 4H1XA 4RPNA 4IY6A 1XT8A 3O97A 2XD3A 2O1LA 1DSNA 1MRPA 1VE4A 4F19A 1NL5A 5TPAB 3RGYA 4YB5A 3Q25A 2YJPA 5AA4A 3VV5A 1MM7A 5KCJA 3MWBA 3K1MA 3PUZE 2RC8A 3FGSA 4LP2B 5CMBA 4GXSB 3CFXA 3TKDA 3Q28A 4HS7A 1OQHA 4E0WA 2PT2A 2O84X 1M5EA 4ECFA 1AOVA 5EHSA 3O9PA 4G68A 4BDNA 4OMBA 3CRBA 3MUQA 5I58A 4LZ5A 2NWJA 4DZ1A 1B3EA 3USDA 1Y20A 4OYVA 1UTHA 4ZEFA 4F3GA 4GF8A 1FQEA 1A8FA 4XTCQ 3FXUA 3QYTA 3PPQA 5EYFA 2H25A 1FQDA 1MY4A 1B32A 4QFNA 3CFZA 3HHFA 2QMWA 1Z7ME 4RYAA 2XXUA 4HW8A 1LAHE 3K6VA 1B7HA 1N76A 2F97A 3PMVA 1R9LA 3ODBA 1B5IA 3KFMA 4H6DA 2LAOA 4PFUA 3RY3A 4R75A 3W15C 3MJNA 3M3LA 1JW4A 4IO3A 3CR9A 2Z22A 2F6GA 4EXLA 2ZYMA 4H65A 4DXUA 1LB9A 4GWOA 3B6TA 3SEVA 5ICTA 2I3WA 5JTYB 2Q2CA 1FW0A 4ESWA 1B4HA 1MQIA 3WAEA 4O3BA 1LCFA 2REGA 3MQ9A 3IO4A 4G2ZA 2X7QA 4DXCA 3HO7A 2F5XA 1USYE 3RTFB 1OMPA 3K1NA 4N07A 4Q30B 2V84A 2FNCA 1HSLA 3VVFA 5HM4B 5FTHA 3N6UA 3TUSA 4YICA 3C9HA 4I1DA 3IB1A 1FQCA 2V3QA 2F34A 1XVXA 3I3VA 3T96B 1H45A 5EHMA 1PEBA 5I59A 4X48A 3MZBA 2Q2AA 2ANJA 1SYHA 3UA8A 4F31B 3O66A 3SKPA 1PB8A 3C31A 1Z7NE 4AQ4A 1R9QA 3FJMA 1RYXA 3VLUA 1T0KA 4BLAA 4XKQA 4G77A 4G8NA 2QS4A 2PYYA 4PP0A 3S9MC 3PMXA 2Q89A 3IOWA 1P1WA 5A5XB 4IY5A 5JK4A 3EHSA 3Q29A 4RK2A 4Z0IA 3K2DA 4NF6A 4OERA 3MBPA 2Z8EA 3T9HB 2AYSA 4WEPA 3KN3A 2F35A 1TT1A 1LSTA 1DTGA 4OVJA 2XXYA 3IR1A 1AMFA 3TEPA 1QVSA 2O68A 3G3JA 4G4PA 2HAVA 3KJTA 3PPNA 4NF5B 1POTA 2AIXA 2I0BA 4OXVA 4PFWA 2ABHA 1WVJA 4QSCA 4PFTA 2HEUA 3JV9A 3TCHA 3IOTA 2I0CA 1MPBA 5KDTB 4LQ5A 3K0VA 4MFIA 1B5JA 4NEDA 4ZE8A 1B3FA 4HCWA 4MLVA 1MXXA 1MQGA 1B05A 3PUXE 3C34A 1IXHA 3OO7A 4LUBA 2VGQA 4GLIA 1TXFA 3TZAA 1B46A 1A8EA 4U4SA 1MQDA 5FHNA 4BDRA 2O7IA 2O51A 4OZ9A 1BLFA 3KN8A 1JVXA 1P1UA 2IEEA 4IO6A 2PT1A 4F2QA 3OD7A 1UIUA 1FTMA 4IGTA 4BDQA 5DT6A 5L8DA 3TTMA 4NF4B 1GTKA 3SEUA 1MDP1 2VD3A 4NWCA 2GH9A 2RCBA 2H99A 1OVTA 3CFLA 2ZYOA 3OXNA 1ZJLA 4KR5A 2RCAA 1UTBB 3O6HA 3H4ZA 2XXRA 3T66A 1B1XA 1RKMA 3HHGA 2DWIA 2XD2A 3C36A 5H8FB 2ZXTA 3VLVA 1S9TA 1FQBA 4U22A 1LFIA 5H8HA 4KPTA 4FJPA 4R72A 2F7CA 4LONB 4QF9A 2XXWA 3EN3A 5KCJB 3K01A 3TODA 3EHTA 3FVOA 2DWAA 4L17A 3RN8A 1A54A 3R26A 4F39A 4OEUA 3DP8A 1DMBA 3AXFA 1XHYA 1NNTA 4YKIA 1B3HA 3TPAA 5B7DA 3K4UA 2OZZA 1N84A 1URGA 1H76A 4TLLB 3G3GA 1P99A 1R1NA 4ONYA 5I58B 3L6HA 2QL3A 3IX1A 1CE2A 2ZNTA 3QUFA 3TCGA 1MY1A 4Q0CA 3U94A 5TU0A 3O6GA 1QJMA 5CMMA 4ELRA 4Q8RA 5DVJA 3FVKA 1N3WA 1SI1A 5I2KB 4JDFA 1ZIUA 5TP9B 1YAEA 1YTVA 3LBSA 3ZS6A 3D4CA 3V8XB 4THIA 3UP9A 1H43A 2CMOA 2F78A 1GVCA 4DCYA 2HCAA 4BDOA 1XS5A 2PX1A 2QS3A 5I2NA 1LAXA 2D21A 4IO2A 4POWA 1N7WA 4GD5A 1B0LA 3QAXA 3WAFA 4FECA 2RC7A 3IOUA 1QKBA 2REJA 3KG2A 3H3GA 3V83A 2VHAA 1N7XA 2RF1A 2HQ0A 4E0XA 1MXZA 5I56A 1WODA 1IITA 1BIYA 1I6QA 3FVNA 5CBRA 1P1QA 1Q35A 4DIGA 3G7WA 1FTKA 4LA9A 1LBBA 1SW5A 3HV1A 3S9NC 3H03A 4F1UA 4TQUQ 3IOVA 3MVZA 2F7AA 4KYDA 1J1NA 5LOMA 3TTNA 3B6WA 4KYSA 3KEIA 1TFDA 1IUDA 1JEUA 1MH3A 2ONKE 2PVUA 4HTGA 3H6TA 2PBWA 3LUYA 4AB6A 5CM6A 4JXIA 1CB6A 2ZMBA 5AA2A 3R7XA 4Z7EA 1Y9UA 2HFBA 3T93B 3A3CA 1MS7A 2F36A 2HZKA 3CSGA 3M3FA 1P1NA 5BUUA 4QFKA 3C32A 1A99A 4IB2A 4G68C 4RK9A 3K6UA 1PB9A 3T22A 2Y7KA 2X7PA 1A55A 4GOTA 5FHMA 3FVGA 3OOAA 4KHZE 1SI0A 3TTLA 1D4NA 4WEDA 4X1DA 1MXYA 2PMSA 1B7ZA 5KZTA 4KCCA 3A09A 4H8IA 3ILUB 3PUVE 4KFQA 1ATGA 2WKYA 3PMWA 4FAJA 2FYIA 4R9GA 1Q1KA 4ZEIA 2Q88A 1SVXB 3CIJA 2UVHA 4UA8A 2A5TB 2F7BA 5IKBA 2O6AA 3B7DA 3GLBA 4DCXA 1EZPA 1S50A 1QUKA 2AL5A 1OLAA 4JSOA 4YU0A 2NXOA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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