4G68C

Biochemical and structural insights into xylan utilization by the thermophilic bacteriumcaldanaerobius polysaccharolyticus
Total Genus 142
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
142
sequence length
392
structure length
392
Chain Sequence
ITLTFWNLFTGEPAKTKVKEIIDQWNKENPNVQIVESVTENDAYKTKIKAAIAANEAPDIFQTWAGGFSQPFVEAGKVLQLDSYLNDGTKDQLLPGSFDNVTYNGKIYGIPFDQQASVLYINKELFDKYNVKVPTTFSELIDAIKTFKSKGVTPFALGEKDEWPGMWYYDMIALREGGVQLTRDALNGKASFDNQAFTDAAQKLQDMVNAGAFDSGFMGLTRDEATAEFNQGKAAMYFGGNFDAAAFVSDPSSLVKGKIEAVRFPTIEGGKGDPTEYIGGTVGALMVSANSKYKDEAVRAAKYLAKQLSDMDYLIATGLPAWKYDNIDQSKVDPLEIQIMNNIVANAKGSVPAWDIYLSGDAAQTHKDLVAQLFAKQITPEEYSKQMQQKIN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Biochemical and Structural Insights into Xylan Utilization by the Thermophilic Bacterium Caldanaerobius polysaccharolyticus.
pubmed doi rcsb
molecule keywords ABC transporter
molecule tags Transport protein
source organism Caldanaerobius
total genus 142
structure length 392
sequence length 392
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-07-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
C PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4g68C01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4g68C02
2HFBA 2XXPA 1MPCA 1MY1A 2QRYA 2VHAA 4YB6A 4I9DA 4F3GA 1M5DA 5B70A 4EDPA 4U4SA 3UGWA 2F8DA 1UTHB 3M8UA 4NF4A 2H5YA 3V8XB 2ZXTA 2XXRA 3A3CA 2DOJA 3BKIB 3KFMA 4YKKA 1P1UA 2AIXA 2DE4A 2DXYA 1PB9A 3QAXA 3S9MC 3H7MA 4GFRA 2XD3A 4QFKA 4OWDA 3N6UA 2FYIA 3H03A 3MAMA 4JDFA 5F7VA 3AXFA 1CB6A 2LAOA 3IB1A 3RNNA 4H8JA 1EU8A 2ALUA 4FE8A 4X1BA 3T9HB 4OEUA 3OENA 2O51A 3OEMA 1TFAA 3TYHA 1IXHA 4F31B 1NNFA 3KN3A 4IO2A 4KHZE 4WKMA 1OLCA 1ZU0A 3SEVA 1UTBA 4G8MA 1MQGA 3A09A 3O6GA 5J1DA 4EQ9A 3E13X 3Q25A 3CFZA 1MH3A 3MC2A 1GVCA 1XS5A 2HZKA 3FV2A 4H6DA 4RJZA 4HCYA 1FQAA 4MLQA 2AL4A 1B6HA 4I8CA 3MW0A 4XTCQ 1IXGA 3FXRA 5DVJA 4P0GA 2HZLA 1FCKA 1BKAA 3PPNA 1N3XA 3KJTA 5AA2A 4YICA 1DOTA 1OMPA 3KGCA 2X26A 3MPLA 4FECA 5TPAB 1LAXA 1SW2A 1DPPA 3I6VA 3WAEA 4OZ9A 3T93B 4EXKA 1OIBA 2O68A 2DE3A 1TT1A 3Q27A 4R73A 1P99A 3C34A 1LSTA 1B46A 4JWOA 1H3DA 1NH8A 3TFLA 3PV0E 4ELOA 5A5XB 4C1UA 3QYTA 3QK6A 1D4NA 3MVYA 1B7HA 1USYE 3PGFA 3CR9A 1NKXA 1Q35A 4P11A 5KDTA 5DVIA 2R6GE 4LZ7A 4QFLA 2F5XA 4R6HA 3PUVE 4X48A 3HHGA 3B6TA 5CBRA 5CMKA 1MDP1 1GTKA 1II5A 3B6QA 1BP5A 5I58A 4U2RA 4MFIA 3O2AA 2ANJA 3H6TA 1SVXB 1XHYA 3OXNA 5IKBA 4FJPA 4ND9A 2OBGA 1B5HA 5L9SA 1GGGA 3TTRA 3TQWA 2GFEA 3Q26A 2REJA 3LSXA 5H8HB 3QXMA 4ZE8A 4Z0IA 3T66A 1B5IA 2PMSA 2GRVA 5I57B 2HQ0A 3FUZA 3H4ZA 4F3SA 1Q1KA 5K2XA 2DS9A 1DSNA 1SW4A 2P1SA 3GXAA 1WVJA 3ZKLA 1YTVA 2ZYNA 1H45A 4F1UA 1MM6A 2I3VA 3TCFA 3KN7A 3M3LA 1FW0A 3H6WA 2E1SA 4G68A 1P1QA 4QRZA 2G93A 5AE4A 3VVEA 5KCJB 5H8NA 3KBRA 2RC8A 4PFWA 3R7XA 3LBSA 1I6BA 1B40A 3U93A 1NNPA 4F3PA 4ZZAA 1QVSA 4F22A 3KZGA 2O1MA 3RLFE 1JVXA 1N84A 2X7PA 3OEKA 4OTEA 3IOTA 4R9FA 4R9GA 2FNCA 4QFNA 3UP9A 4BDLA 1IIWA 4NF8A 1Z7ME 1XC1A 2P0SA 1QUIA 5H8QB 3M3KA 1QKBA 4FEDA 1A8EA 5I56A 3TQLA 2DE2A 3MZ9A 1N7WA 3K02A 3LSFB 4G77A 1GV8A 5IAIA 3U1OA 3FVOA 2Z22A 4LZ5A 1DPEA 2UVGA 4JSOA 2Y7WA 4LONB 5CI5A 2M8CA 2Y7IA 3VXBA 4ZEIA 4NE4A 1MY4A 1MM7A 4OYVA 3U72A 1N3WA 1B32A 4KYDA 4XKPA 4IO5A 3TPAA 1R1NA 1SYHA 1B2HA 1LFGA 2QS2A 4G8HA 2PT2A 4MBPA 3G3FA 3K2DA 3O29A 3MVZA 2F7BA 2I0CA 4H8IA 5AA4B 5DEXA 2XXQA 4QHQA 3KSXA 4YAHX 1XVXA 5EHSA 4XXUA 4OFOA 1DTZA 2Y7KA 3WAFA 1FTJA 3T9UA 3OO6A 5ITOA 3N6TA 1B5JA 2DYXA 4YKPA 4P0IA 4U23A 2V3UA 3RQTA 3N94A 1FQDA 4RNSA 3SDFA 2E0SA 3T96B 2Q9TA 3JYRA 1MDQA 1R9LA 4U1OA 3SERA 1SW1A 3O6HA 3MBPA 1MS7A 4BDQA 1WDNA 1MQIA 1I69A 4G68C 4LQ2A 3U94A 1LCFA 2PT1A 5FHOA 4IGTA 3IO4A 3C35A 3RN8A 1B52A 2GHBA 5DT6A 2Q2AA 4ZEDA 2HAUA 4FAJA 3G3GA 3VVFA 4GWOA 2DWIA 3K4UA 3PPQA 4MLVA 1F9BA 3OO9A 4OENA 1A99A 1FTLA 3I3VA 4IO7A 1SBPA 2I6EA 3MJNA 4XKRA 2Y84A 1MXVA 3PMXA 4HW8A 1YAEA 4JXIA 4K3FA 4RYAA 1B7UA 3G3KA 4O3CA 3TDJA 3FXQA 3MUQA 1PB8A 3I5OA 5LOMA 1SYIA 2F78A 4ZEFA 3RT8A 4NF4B 1A7LA 4LQ5A 1S9TA 1B4ZA 1TWYA 4H5GA 2Z8FA 3QUJA 1UTHA 1MXZA 2RF1A 4MF3A 4OERA 4DLDA 4NF6A 2A5SA 1LCTA 2X7QA 2REGA 2HEUA 3C32A 3R26A 3E9XA 3PMWA 3OSQA 2YPNA 4ZE9A 2IA4A 3JV9A 5K2YA 1LB9A 1LAGE 1EZPA 5AA3A 4IO4A 4NF5B 2XXIA 3OD7A 4O3BA 1I6AA 2HXWA 3A3UA 1IITA 4TLLB 3B7DA 1LGBC 4YKIA 3MQ9A 4YB5A 1QJMA 4RA1A 4TOZA 2D5WA 3M3FA 5KZTA 5TP9A 1HSEA 2NXOA 5HPQA 4ZECA 1VFDA 4GOTA 1JQFA 3F11A 4YB7A 1SD3A 4F39A 2VOZA 4DCYA 1JW5A 4QSDA 3LR1A 3VV5A 3ILUB 1MY0A 4PP0A 1MQDA 4GXAA 4PE5B 2HAVA 3K0VA 1I6QA 2H4IA 1Y4CA 3P7IA 2QJEA 2H25A 2ABHA 1B3FA 4IB2A 1SQYA 1FTMA 2IEEA 2NVUB 4OXVA 3DM0A 5B7DA 2XXXA 3H06B 3IORA 3S2VA 1UIUA 4OETA 4F1VA 1ZJLA 2FA7A 1JEVA 5I84A 1A8FA 3IB2A 3FXUA 3UA8A 1MY3A 2O1LA 3EN3A 5AA2B 1BIYA 2PVUA 2WKYA 5I59A 4ZEBA 4ELQA 2O7IA 3PUZE 1B05A 5I2NA 3CG1A 1R6ZA 3W9VA 2B3BA 4LATA 4ESWA 1VSOA 1MXUA 4KYEA 3RGYA 1AL3A 4OVJA 1ZTYA 4H0WA 1B51A 3HHFA 5TPAA 4ESXA 2ZNUA 1SI1A 1OVTA 1Y1MA 4GD5A 4JBZA 2OWSA 2Q88A 1EZ9A 1P1NA 4EF2A 2UVIA 4U22A 3TTNA 5A5XA 4R74A 5H8SA 1N04A 1URDA 5I58B 3PMVA 4ECFA 4JWXA 5I2KA 3IX1A 4NTLA 1NFTA 3TTLA 1P1WA 4TQUQ 1DTGA 1US4A 4KFQA 2GH9A 1JEUA 4PETA 3ECRA 1FQCA 3KJ7A 1POTA 4MH5A 5FTIA 3T22A 2ONSA 3UK4A 1IQ7A 4H5FA 5L9MA 2OLBA 4XKNA 4NWDA 2O69A 1FQBA 3DP6A 3H3GA 2UVHA 2ZYMA 3C31A 4UA8A 4FEBA 1A54A 4R6KA 3L6GA 2DP8A 3T9XB 5ISUA 2F7AA 3FD3A 3SEYA 4AQ4A 4BDOA 1DMBA 1LFIA 2OJTA 1HSLA 1SDXA 4F29A 3IOUA 5FHMA 2DWAA 4IY6A 1H43A 3RTFB 2DVCA 2UXAA 2O6AA 1VFEA 4G68B 3GZGA 3EPEA 3PD9A 2CMOA 4F1YA 2ZNTA 2ONKE 3VLWA 4GF8A 4X9TA 3TELA 5H8NB 4M1VA 2G29A 2VD3A 5FHNA 2XD2A 4F2QA 1PB7A 2DWHA 2QMXA 1XOCA 5KCJA 2QL3A 5EYFA 2QS4A 4KPTA 1Y20A 2H99A 3IJOB 4QFPA 2I4CA 3KOSA 4F2OA 3O97A 4DZ1A 3MPKA 4LA9A 4NF8B 3KOTA 1URGA 3MP6A 3SEXA 4QF9A 5H8FB 3PUYE 2A5TB 1D3KA 2ZNSA 1ZBMA 3TZAA 4OESA 4GXSB 3T9VA 4Q5TA 5AA1A 3CFXA 1KWHA 4UACA 2NOOA 1D9VA 4GL0A 1AIVA 4HCWA 3G7WA 3PUWE 4F19A 4GRKA 1RYXA 1A40A 2RC7A 1Y1ZA 2THIA 1B9JA 2O7UA 4R2FA 3E4RA 4ZZEA 4RPOA 2HCAA 2XHDA 4OFLA 4FORA 2GHAA 3MP1A 2DWJA 4L17A 1GR2A 3THIA 4YZZA 2DQVA 4LZ8A 3FVGA 4GVOA 1ATGA 1FQFA 3RY3A 3GLBA 4M4GA 1AH5A 2XXUA 2V84A 3HSTA 1M5FA 3SETA 1SW5A 3TODA 3DELB 1R9QA 5M2VA 2OZZA 1H44A 4DDDA 3TUSA 1T0KA 2RCBA 3FJGA 5DEXB 4POXA 2F34A 3FZVA 1BLFA 3CI8A 4HTGA 1NNKA 4F3BA 1MXWA 1ANFA 2XX8A 1NH7A 5CBSA 3DLNA 4FATA 4NEDA 2B65A 4QSCA 4C1TA 2O84X 1MPBA 5JTYB 1RKMA 1MG1A 2Z8DA 2Y7RA 3PU5A 3PPOA 2KLFA 1ZLQA 1Y3PA 1TXFA 4QSEA 4F18A 1LB8A 3OELA 5ELVA 4PQJA 1B3HA 3D4GA 3USDA 1B1HA 2XXTA 3KN8A 4BDRA 3IOVA 1IUDA 1ZKBA 4Q8RA 3W9WA 1LAHE 1B4HA 2ZMBA 2ZYKA 1NL5A 3G3HA 4H1XA 1SI0A 4YU0A 1ZMGA 2XXHA 3OMBA 1UIVA 3RT6B 2F6GA 3PUXE 5JEIA 1USYH 1B3GA 1VR5A 1N7XA 3HN0A 5ICQA 2F7CA 2F6PA 2I4BA 3BFUA 3H6UA 4RK9A 3TCGA 2VGQA 1JVYA 2DXRA 3MZ1A 4JB7A 2YJPA 4RK2A 4O3AA 3CSGA 3EHSA 3K6WA 3G3IA 3QSLA 2VD2A 4EXLA 2W7YA 4Q0CA 3DP4A 3O28A 1MRPA 3OSRA 1N0TA 4PFTA 3VDFA 2ONRA 3MVWA 1B3EA 3BBRA 4KR5A 1YPNA 1JW4A 1M5BA 3HPIA 4EQ7A 3RUMA 1B1XA 4THIA 3C36A 3K1MA 1MPDA 3KG2A 3L6HA 3C9HA 4Z7EA 3V89B 5CMBA 2ZYOA 2QS3A 4R75A 3CRBA 2Z8EA 3OO8A 1QKAA 4H65A 4NF6B 3S9EA 3EHTA 2R9JA 1NNTA 3JZJA 5HM4B 2RINA 3SESA 3E3KA 1O63A 2RKMA 1QW0A 4DE8A 2Y7PA 2H9BA 2UYEA 3IB0A 1BTJA 3LSWA 4KYSA 4ZDMA 3S4UA 2QMWA 1J1NA 2PYYA 1MQHA 3TTKA 1Y3NA 3W15C 2I0BA 3FJ7A 3RPWA 1UQWA 4NF5A 3K01A 1UTBB 1XVYA 2OK2A 5TP9B 4NWCA 3LC8A 3C33A 3IJXB 3VE1B 3V5AA 3MP8A 1OVBA 3TCHA 1Y9UA 4DIGA 4EUOA 5CC2A 2QPQA 4KCDA 1MQJA 1QUJA 2XXYA 2QSXA 2V93A 3VVDA 3Q29A 3K6VA 4IY5A 3U8QA 3OOAA 2RCAA 2V25A 4GQOA 3CG3A 1JW1A 3H6VA 4I62A 2V3QA 1PEBA 4GLIA 3ZSFA 3IOWA 2H98A 4YMAA 3PPPA 2D3IA 3VFJA 1OQHA 2DSFA 2NUVA 4R72A 1FTOA 4N07A 3CVGA 4DXCA 3HO7A 5I59B 4ELPA 1LFHA 5I2NB 2I48A 3TMGA 1L5TA 4U1ZA 1JETA 4OEVA 4KCCA 4YKJA 2Q89A 4JSDA 3SKPA 3VLUA 1US5A 1ZIUA 4IO3A 1ELJA 3O6IA 1M5EA 4WEPA 3MZBA 2VP1A 3RTWB 2XXWA 3U92A 2XX7A 1O64A 5DTBA 1B3LA 5KDTB 4XKQA 1B7ZA 5L9OA 3R6UA 1IXIA 4FIMA 2V3TA 5ITPA 3FJMA 2XXVA 2I58A 4JWYA 3HV1A 2DVZA 1AMFA 3BFTA 1IZ1A 5I2KB 4BLAA 5BUUA 4N13A 4IO6A 4OMBA 3CFLA 4N6PA 3B6WA 1YCJA 4R2BA 2OWTA 3K6UA 3ZS6A 1B0LA 2NWJA 2I49A 4WXJA 2AL5A 3FV1A 2Q8JA 4HS7A 5AA2D 3FVNA 4X1DA 3SEUA 1RYOA 3TEPA 1B0HA 3DP8A 5H8HA 4C0RA 2Q2CA 3UN6A 5TU0A 2RC9A 5I57A 3FIRA 3QIMA 3K6XA 4ONYA 3TAJA 4ZEKA 4DCXA 1N76A 3OO7A 4G8NA 3C4MA 3QUFA 5HBCA 1AOVA 5CRYA 1S50A 4AB5A 4BDMA 3HCQA 4POWA 1OQGA 2I3WA 4QFOA 4EF1A 4G4PA 3IAZA 1QULA 4TLMB 4BDNA 1EH3A 3GBAA 4GL8A 4OFJA 4G2ZA 1OLAA 5FTHA 3UIFA 4AB6A 4ELRA 2OCUA 4NMYA 1MY2A 2PX1A 1MXYA 3FVKA 3IK6B 1P1OA 3VXCA 2PBWA 3K1NA 1PDAA 4LVQA 4EQBA 1H76A 5CM6A 1LBCA 3ONMA 4RXLA 5I56B 3D4CA 3TTMA 1QUKA 2Z23A 5DVFA 1MH4A 1PBPA 1WODA 3VLVA 1TFDA 5H8QA 5H8FA 3EQ1A 3IR1A 5DYHA 1FTKA 2A5TA 5CMCA 2B3FA 2F97A 1A55A 4WEDA 3KEIA 1LLSA 1HSJA 4R6YA 4OQOA 1Y4TA 3LUYA 5ICTA 2UVJA 3FASA 3EHUA 2F35A 3PD8A 3MWBA 1M5CA 1NMUA 4KI0E 1XT8A 2UYFA 2AYSA 3K00A 3ILTB 3S9LC 1CE2A 4LP2B 3UORA 1MXXA 3CIJA 2D21A 3KSJA 4YMBA 4U21A 1D9YA 3TKDA 3LSLA 3EF7A 4Q30B 4I1DA 1FQEA 4PFYA 4KQPA 1VE4A 3IO6A 2ESNA 3N5LA 4RY1A 3SEWA 4KD5A 4RPNA 1IEJA 3O66A 3S9NC 5BWJA 4U4XA 5JK4A 1O7TA 3K1PA 3V83A 1Y3QA 5AA4A 3PPRA 2P2AA 1S7YA 2F36A 2R71A 1B58A 4H67A 1LBBA 3G3JA 4ZS9A 3CSBA 3IL1B 4PFUA 4OHNA 4DXUA 5JTYA 5L8DA 4XIGQ 1PC3A 3GBBA 3N26A 1LAFE 3ODBA 1URSA 4ISUA 2CZLA 4IGRA 1EZOA 2BJJX 1PBQA 4E0XA 1POY1 3Q28A 4E0WA 3MVXA 3FATA 1IXCA 4DXBA 5EHMA 2QS1A 4GIZA 5CMMA 3O9PA 2XX9A 2YLNA 1Z7NE 5F1QA 4LUBA 3ZKKA 3FGSA 1JNFA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5IZ3B 2HFBA 2XXPA 1MPCA 1MY1A 5EYHA 2QRYA 2VHAA 4YB6A 4I9DA 4N4UA 4F3GA 2WEFA 1M5DA 5B70A 4EDPA 4U4SA 3UGWA 2F8DA 1UTHB 2QVUA 3M8UA 4NF4A 2H5YA 4GWZA 3V8XB 2ZXTA 2XXRA 4X04A 3A3CA 2DOJA 3BKIB 3KFMA 4YKKA 1P1UA 4MIJA 2AIXA 2DE4A 2DXYA 1PB9A 3QAXA 3S9MC 1FPEA 3H7MA 4GFRA 2XD3A 4H46A 4QFKA 4OWDA 3N6UA 1K9YA 2FYIA 3H03A 3MAMA 4JDFA 5F7VA 3AXFA 1CB6A 2LAOA 3IB1A 3RNNA 4H8JA 1EU8A 2ALUA 4FE8A 4X1BA 3T9HB 4OEUA 3OENA 2O51A 3OEMA 1TFAA 3TYHA 4N6DA 1IXHA 4F31B 1NNFA 3KN3A 4IO2A 4KHZE 4WKMA 1OLCA 1ZU0A 3CHGA 3SEVA 1UTBA 4G8MA 1MQGA 4PAFA 3A09A 3O6GA 3KC1A 4P47A 5J1DA 4EQ9A 3E13X 3Q25A 3CFZA 3SZPA 1MH3A 4NQ8A 3MC2A 1GVCA 1IMCA 4QBAA 1XS5A 2HZKA 3FV2A 4H6DA 4RJZA 4HCYA 1YZ0A 1FQAA 4MLQA 2AL4A 4PFBA 2HPGA 4XFEA 1B6HA 4I8CA 3MW0A 1NV6A 4XTCQ 4PC9A 1IXGA 3FXRA 5DVJA 4P0GA 2HZLA 1FCKA 1BKAA 3PPNA 1NV4A 1N3XA 3KJTA 5AA2A 4YICA 1DOTA 1OMPA 3KGCA 2X26A 3MPLA 1NV0A 4FECA 5TPAB 1LAXA 4NG7A 1SW2A 4N8YA 1DPPA 3I6VA 3WAEA 4OZ9A 3T93B 4EXKA 1OIBA 4GWUA 2O68A 1QGXA 2DE3A 1TT1A 3Q27A 4R73A 1P99A 3C34A 1LSTA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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