4GIZA

Crystal structure of full-length human papillomavirus oncoprotein e6 in complex with lxxll peptide of ubiquitin ligase e6ap at 2.55 a resolution
Total Genus 132
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
132
sequence length
382
structure length
382
Chain Sequence
KIEEGKLVIWINGDKGYNGLAEVGKKFEKDTGIKVTVEHPDKLEEKFPQVAATGDGPDIIFWAHDRFGGYAQSGLLAEITPAAAFQDKLYPFTWDAVRYNGKLIAYPIAVEALSLIYNKDLLPNPPKTWEEIPALDKELKAKGKSALMFNLQEPYFTWPLIAADGGYAFKYENGKYDIKDVGVDNAGAKAGLTFLVDLIKNKHMNADTDYSIAEAAFNKGETAMTINGPWAWSNIDTSAVNYGVTVLPTFKGQPSKPFVGVLSAGINAASPNKELAKEFLENYLLTDEGLEAVNKDKPLGAVALKSYEEELAKDPRIAATMENAQKGEIMPNIPQMSAFWYAVRTAVINAASGRQTVDAALAAAQTNAAAELTLQELLGEER
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural basis for hijacking of cellular LxxLL motifs by papillomavirus E6 oncoproteins.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Maltose-binding periplasmic protein, UBIQUITIN LIGASE EA6P:
molecule tags Viral protein
source organism Escherichia coli
total genus 132
structure length 382
sequence length 382
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.3.2.26: HECT-type E3 ubiquitin transferase.
pdb deposition date 2012-08-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4gizA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4gizA01
5HPQA 3QXMA 3PMWA 4IY6A 4HTGA 2QMWA 2I3VA 3M3LA 4KFQA 2ZMBA 1FTOA 2DWJA 1Y9UA 2V3QA 1AL3A 4NWCA 2F97A 4FATA 2B65A 4ELPA 3K01A 3KBRA 2O1MA 3EPEA 2Y7PA 2XHDA 3EF7A 1B7ZA 4O3CA 1MQJA 4YICA 5B70A 2P2AA 2HZKA 1EZ9A 2HAUA 1M5CA 3G3FA 3KOTA 3PD9A 1M5FA 4WEPA 5DVJA 2H9BA 4Z7EA 3O6IA 4R6YA 4ZDMA 3VV5A 1BKAA 3P7IA 1MXWA 3D4CA 1N84A 1B9JA 1URDA 3KZGA 3IB2A 1ZIUA 3KFMA 2O7UA 2HEUA 2AYSA 1NFTA 3BFUA 4YKKA 1MY4A 1UQWA 2XD3A 4OWDA 3TYHA 4R6KA 3RGYA 4YAHX 2ZNTA 4RPNA 2UVGA 3A3CA 4F3PA 4IB2A 4OXVA 2THIA 3EQ1A 3CG3A 1NMUA 2RF1A 3E13X 4OEVA 3I6VA 2QS3A 4POWA 3GXAA 3EHSA 3S9LC 1AIVA 1NNFA 3R26A 1EU8A 2O6AA 4G8MA 4NTLA 2GHBA 3CSBA 2OJTA 2ONRA 1QJMA 3SEUA 2HQ0A 1KWHA 2DWAA 3O9PA 2ZNUA 3TUSA 4MLQA 1JW4A 1JW1A 3UORA 5M2VA 1LB9A 4NE4A 5J1DA 4EDPA 1NKXA 3ECRA 5A5XA 2GH9A 3O66A 4EF1A 3K1MA 5AA3A 4RK9A 5FTIA 4KYEA 2QS4A 1DPPA 2O1LA 3IK6B 3QYTA 4IO5A 2F7CA 4NF4A 3TEPA 4GLIA 3M3FA 4Q8RA 2A5SA 1MH4A 4BDQA 3KEIA 2HAVA 2A5TB 1XOCA 1H3DA 4DE8A 3DLNA 3RT8A 4KHZE 4ELOA 1XT8A 2F35A 3IJOB 4OZ9A 3IOTA 1J1NA 3UP9A 1FTJA 3T9UA 3TCHA 3VLWA 3FVOA 4JB7A 4TLLB 5DYHA 2DXRA 2VHAA 3U93A 3O28A 3SESA 4F22A 3KN3A 1B0LA 4QHQA 4RA1A 3N94A 3DELB 2W7YA 1N7XA 1D9YA 1VE4A 4FORA 1IXCA 4EXKA 3ONMA 1XS5A 2CZLA 3KN8A 2O51A 4Q30B 1B4HA 3FXQA 1HSJA 4KQPA 4N6PA 3TELA 4TQUQ 4G8HA 2F36A 3K02A 4LVQA 3USDA 1LAFE 4KI0E 4R9GA 1FQFA 2G29A 2X7PA 1FQCA 5TP9A 2PT1A 2HZLA 3MZBA 1IXIA 3K1NA 3K2DA 1IXHA 5KZTA 5ITPA 1CE2A 3TTLA 3H03A 2PMSA 1QVSA 3CFZA 1B2HA 1PBQA 1LFGA 3OXNA 4NF5B 3UA8A 5CBRA 1US5A 1ZMGA 1UTBB 2O69A 1TFDA 5H8SA 5L9OA 3PPQA 2I3WA 3S2VA 3H06B 3W9WA 3F11A 1FTKA 3MVXA 5I56A 2XXXA 4G4PA 1LAHE 4ZEBA 4PETA 4XXUA 5K2YA 3CG1A 4YKIA 2XXUA 4GXAA 4YU0A 3MAMA 4BDRA 2XX7A 4YZZA 4QFOA 4U22A 1MS7A 1A54A 4OFOA 4NMYA 3PMVA 2VD3A 3C31A 3M3KA 3DP6A 2FNCA 5LOMA 4X9TA 3CIJA 4P11A 1FTLA 1OVBA 4XKQA 2OBGA 2Z23A 4H0WA 1B7HA 2VD2A 3HSTA 4KPTA 2IA4A 3SEVA 1Q35A 4H67A 4QSCA 3MBPA 5HM4B 1SBPA 3OO8A 3BBRA 3PPOA 1R6ZA 4DDDA 3FJGA 1LBCA 1B52A 5FHNA 2H25A 4R74A 1PC3A 4ND9A 4ZE8A 2OWSA 3RT6B 1M5DA 1MDQA 3QUFA 4H1XA 3N5LA 4JXIA 5F7VA 4KR5A 4ONYA 3LC8A 1P99A 5H8FA 4BDNA 3MPKA 3MVWA 1NNPA 4F1UA 5DT6A 4QSDA 3CRBA 3H6VA 3RN8A 3WAEA 1TFAA 4U21A 2OLBA 2UXAA 1N04A 4NF6A 1LCFA 3SEYA 3K00A 4KD5A 2DE4A 4H5GA 1NH8A 3W9VA 4H65A 4KCDA 2REGA 3PD8A 2ZYOA 4C1UA 3C33A 3LR1A 3EHUA 4G2ZA 1QUJA 2Y7KA 4JSOA 3ZKKA 2QL3A 2Q89A 2DE3A 2O7IA 1OIBA 3DP8A 4GOTA 4ELQA 1QW0A 3SERA 2PBWA 4U2RA 3Q26A 2Z8EA 4I1DA 1OQHA 2Y7WA 4EUOA 3VFJA 3OO6A 1L5TA 5L9MA 1UTBA 2I4BA 4PQJA 4JBZA 1R9LA 3RTFB 2AIXA 2RC7A 1FQBA 4NF4B 3FVGA 3VXBA 3KJ7A 2UVHA 1GR2A 2YJPA 1US4A 1LB8A 3OEMA 2YPNA 4DCYA 4EXLA 4IY5A 3OELA 2Q2AA 1URSA 2R71A 3VVFA 1PBPA 3MJNA 3IB0A 3KSXA 2H98A 4IO4A 1USYE 4WXJA 3G3GA 4Q0CA 2QS1A 5DEXA 4N13A 1M5BA 5I2NA 1B6HA 4MBPA 4U4XA 1MXVA 4ZEDA 2UVIA 5CM6A 3TCGA 3U72A 1I6BA 3TTRA 2NUVA 3T22A 2P1SA 4BDMA 4JWYA 4YB7A 1SYHA 3RUMA 5CC2A 1SW2A 4RJZA 2UYFA 4TLMB 5AA4B 3Q28A 2BJJX 1ANFA 5I58A 1II5A 3MP1A 1A40A 1POY1 1SW5A 4OTEA 3PU5A 3MPLA 1Y20A 3D4GA 1JW5A 1YCJA 1MXYA 5TP9B 3IORA 3MQ9A 1P1OA 3R6UA 1OVTA 1WDNA 3FVKA 3GLBA 3HCQA 4ESWA 4I8CA 2I58A 3BKIB 4F39A 1GV8A 2QPQA 4RK2A 4EQBA 3OENA 1XVXA 2OZZA 3PGFA 3RTWB 4HW8A 2ZNSA 5B7DA 4KYSA 1ZTYA 3GZGA 5H8HB 4F29A 5AA2D 2DXYA 3RLFE 1O63A 5I56B 4RXLA 3BFTA 4IGRA 4U1ZA 4AB6A 1MY3A 2OCUA 1H43A 2PYYA 2QSXA 4X1BA 1IZ1A 1N0TA 3CFXA 3TPAA 1Y1MA 1GGGA 2NOOA 1A99A 5ISUA 2FYIA 2DP8A 4HCYA 3B7DA 1N7WA 2RCBA 1B4ZA 1SI0A 3IB1A 4FE8A 3VXCA 4U23A 1MH3A 4F2QA 2B3FA 3MP8A 2V3UA 1YTVA 4LATA 3H6TA 3UK4A 3FXRA 1M5EA 1R9QA 2Z8FA 4C0RA 2NVUB 4GXSB 1LFHA 2V3TA 3OD7A 2YLNA 5I2KA 3PUVE 4I9DA 1BP5A 4R2FA 5L8DA 4LONB 3SKPA 3Q27A 4F1YA 5H8FB 2RCAA 3VDFA 5AA2B 3MVZA 2ESNA 2I49A 1B5HA 4IGTA 5CMMA 5K2XA 2GHAA 2D21A 1UTHA 4ZECA 4YKPA 1RKMA 4KYDA 2F7BA 4NF6B 5ITOA 1B3GA 4QFKA 1CB6A 4NEDA 1R1NA 1MPBA 3B6TA 1B32A 3EHTA 1IIWA 4DXBA 3IO6A 3M8UA 4G77A 1LAXA 4WKMA 3U94A 4LZ7A 4M1VA 3V8XB 2XXIA 1ELJA 4OVJA 5AA4A 5CBSA 4O3AA 2H99A 2I0CA 4LZ5A 3PUZE 2VOZA 4DIGA 4K3FA 1I69A 3FJ7A 4MFIA 3OSQA 1Y1ZA 2B3BA 2WKYA 3T96B 2XXTA 3HN0A 5TPAA 1MY2A 4GIZA 3H3GA 3DM0A 4NWDA 3KJTA 1XHYA 4DLDA 3LSLA 1Y3QA 1BIYA 2X26A 1MXXA 4LZ8A 3C9HA 3FATA 1B58A 1B1XA 4ZEIA 1NL5A 3O6HA 1IXGA 4F3GA 4ZEKA 3S4UA 3SEXA 1JETA 3FUZA 4F31B 3I3VA 3IO4A 5AA1A 1LAGE 5H8HA 3DP4A 1HSEA 4R2BA 3QSLA 3S9NC 3RY3A 3IR1A 2ZYMA 1ZLQA 4QRZA 2PT2A 3OO7A 3RPWA 1VSOA 1POTA 5KCJB 4ZZAA 2R6GE 4QFPA 2DVZA 3Q25A 3GBBA 3MZ1A 5IAIA 1AH5A 5DEXB 3VE1B 3TODA 3O6GA 4ZZEA 3EN3A 4M4GA 5I2NB 4OYVA 2DS9A 3OMBA 2UYEA 5DVIA 2Q8JA 1HSLA 3QUJA 3K6VA 1Z7NE 2I6EA 3VLUA 4GVOA 3SDFA 2GRVA 5I58B 1FQEA 5I59B 2Y7IA 4PP0A 5KDTA 1FCKA 4QSEA 1A55A 1EH3A 2XXYA 2P0SA 3IJXB 3OOAA 5AA2A 4XKRA 2RINA 2NWJA 1QUIA 2HFBA 2ZXTA 2E0SA 4P0IA 1JVXA 4GFRA 1AMFA 3K1PA 3PPRA 3OO9A 5CMBA 4FECA 5CI5A 2QS2A 1P1QA 1Y4CA 3O97A 3ILTB 3C35A 3MUQA 1QUKA 1S7YA 2ONSA 4F19A 1TWYA 2PVUA 2VGQA 2DVCA 4X48A 2H4IA 2RC8A 2QRYA 1LFIA 1OLCA 3CR9A 4POXA 4Q5TA 5I84A 3HPIA 1IEJA 4IO3A 3LBSA 1AOVA 1WVJA 3FASA 4G68A 4GL0A 2Q9TA 1B7UA 4FIMA 2H5YA 1SW4A 4OFJA 1UIVA 1JNFA 3K4UA 3S9EA 1BLFA 1D3KA 3N6UA 3TQLA 2AL5A 3TFLA 5FHOA 1O7TA 4R6HA 3VLVA 1VFDA 2I4CA 4GD5A 4GQOA 1TXFA 4C1TA 1DTGA 3B6WA 1DMBA 3OSRA 1YAEA 3UN6A 2XXWA 3OEKA 4XTCQ 5I2KB 3C36A 3K6WA 3T9XB 5H8NB 1MXUA 4E0WA 5IKBA 4PFWA 3TTMA 4DXCA 4PFYA 1FW0A 4JWOA 2ALUA 2DE2A 3N6TA 4H6DA 5KCJA 1MQGA 1MY0A 3JV9A 1H76A 1FQDA 1LGBC 3IOVA 4JWXA 3R7XA 4F3SA 3HHGA 1UTHB 2Y7RA 4YMAA 2OK2A 4DXUA 3MW0A 4QFNA 1MY1A 1XVYA 2UVJA 2DOJA 3G7WA 1EZPA 3CVGA 3KG2A 4ISUA 1Y3NA 5I59A 4RYAA 1FTMA 3T93B 1N3WA 1USYH 4JDFA 5TU0A 1B1HA 3FGSA 5TPAB 2F34A 4EQ7A 2I48A 3IOUA 1BTJA 1MQHA 2E1SA 2F7AA 4O3BA 4GWOA 3T66A 2D3IA 4H8IA 1QKAA 2DYXA 1MDP1 2ZYKA 1S9TA 3G3HA 1Y3PA 4RNSA 1SYIA 4OETA 2QMXA 5L9SA 3ZS6A 1JQFA 1SD3A 1PDAA 4THIA 1MPDA 4F1VA 1T0KA 1B3EA 3JYRA 4FJPA 3G3JA 4QFLA 3LUYA 4PFUA 3UIFA 4R72A 1URGA 1MPCA 1MQIA 1VFEA 5JTYA 1RYOA 4UACA 3L6GA 2V84A 2KLFA 3PUYE 1IUDA 3FZVA 3IOWA 4OESA 1OMPA 1SDXA 3PUXE 3O29A 2LAOA 5ICQA 4IO7A 3FIRA 1PB8A 4XIGQ 2ABHA 1JVYA 2XD2A 2XX9A 4FEBA 4HCWA 1F9BA 2O68A 2CMOA 3THIA 4MH5A 1PB7A 3KOSA 4ESXA 1XC1A 1B3FA 3HV1A 4OEUA 5CMCA 2F78A 4OMBA 3B6QA 3T9VA 3LSFB 4AB5A 3QAXA 5H8NA 3TAJA 5KDTB 5EHMA 1ZJLA 1DPEA 2IEEA 3SEWA 2HCAA 3MVYA 3C34A 1O64A 2GFEA 3QIMA 1SQYA 3U8QA 4N07A 1WODA 1B05A 4F3BA 4XKPA 1ATGA 2F6PA 3I5OA 2F8DA 3TQWA 1N3XA 4JSDA 1ZKBA 1MQDA 3PMXA 4YB6A 4NF8B 1NNKA 4EF2A 3V83A 4DZ1A 3E3KA 5I57B 2QJEA 4IO2A 4BLAA 1Y4TA 3KGCA 3TMGA 1DOTA 3HHFA 1DTZA 5F1QA 3PV0E 1PB9A 3QK6A 4H8JA 1UIUA 3H4ZA 2NXOA 4IO6A 3IAZA 2OWTA 4G68B 2XXVA 5H8QB 1SW1A 3LSWA 1RYXA 2HXWA 3KN7A 2VP1A 3TCFA 1B40A 5CMKA 4YMBA 1B5IA 2RKMA 3V5AA 4GL8A 1JEVA 1LBBA 1MM6A 3CSGA 3CFLA 3H7MA 4F18A 1QULA 3TZAA 1DSNA 4Z0IA 3ODBA 4BDLA 4GF8A 1I6QA 4LQ2A 3WAFA 4R73A 1LSTA 2F5XA 1NH7A 3T9HB 2G93A 2I0BA 1SVXB 2ZYNA 4R9FA 4RPOA 4P0GA 4TOZA 1H44A 4OFLA 3MP6A 5FHMA 4RY1A 4E0XA 3HO7A 2M8CA 5ELVA 4EQ9A 4ECFA 5BWJA 3PPPA 1MG1A 4LP2B 1Z7ME 4KCCA 1H45A 1SI1A 1GVCA 2PX1A 1ZU0A 5AE4A 1IITA 1D9VA 3G3IA 3K0VA 4OHNA 3JZJA 1B3HA 1D4NA 3O2AA 3RNNA 4H5FA 1MXZA 3A09A 4QF9A 1MRPA 1JEUA 4MF3A 3U92A 1B51A 3H6UA 5DTBA 3ILUB 2DWIA 3GBAA 5JK4A 1S50A 3SETA 3FVNA 1FQAA 1NNTA 2XXHA 2V93A 4OERA 3N26A 2Y84A 3FJMA 4UA8A 2Q2CA 1TT1A 2O84X 2DSFA 2XX8A 4X1DA 3VVDA 2ANJA 3C32A 4PFTA 2R9JA 2A5TA 5EYFA 4ZE9A 3UGWA 3A3UA 3FD3A 3IX1A 5CRYA 1A8EA 3CI8A 4NF8A 4ZS9A 4L17A 3KSJA 4ELRA 1PEBA 4LQ5A 2Z22A 4F2OA 4BDOA 5I57A 1VR5A 4FEDA 4PE5B 3ZKLA 1EZOA 2D5WA 3PPNA 5HBCA 3RQTA 4YKJA 2XXRA 4AQ4A 2F6GA 1B3LA 1P1WA 2X7QA 4U1OA 3TTNA 3L6HA 1LCTA 5H8QA 5JTYB 2Z8DA 4FAJA 1LLSA 1OLAA 5ICTA 3FV1A 3LSXA 1N76A 4MLVA 3G3KA 5FTHA 2DQVA 3IL1B 2Q88A 4DCXA 1GTKA 3MWBA 1B46A 3K6UA 1MM7A 2REJA 5EHSA 3FV2A 3S9MC 3W15C 1P1NA 2RC9A 2XXPA 3V89B 4OQOA 4R75A 3TTKA 5A5XB 5BUUA 1OQGA 1QKBA 3E4RA 4ZEFA 1A7LA 4NF5A 3E9XA 1YPNA 3VVEA 3TDJA 1P1UA 2XXQA 4YB5A 3U1OA 4G8NA 3FXUA 1B5JA 4I62A 3MC2A 3AXFA 2DWHA 5JEIA 4HS7A 3K6XA 3Q29A 2V25A 2FA7A 1B0HA 1I6AA 1ZBMA 4G68C 4LUBA 2ONKE 1IQ7A 3C4MA 1Q1KA 3TKDA 3ZSFA 3H6WA 4U4SA 4WEDA 4GRKA 2AL4A 1A8FA 4XKNA 4LA9A 5DVFA 3MZ9A 3PUWE 4OENA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5HPQA 3QXMA 3PMWA 4IY6A 4HTGA 2QMWA 2I3VA 3M3LA 4KFQA 2ZMBA 1FTOA 1EYIA 2DWJA 1Y9UA 2V3QA 1AL3A 4NWCA 2F97A 4FATA 2B65A 4ELPA 1FBFA 3K01A 2F3BA 5IZZA 3KBRA 1FPIA 2O1MA 3EPEA 2Y7PA 2XHDA 2WBBA 4MHFA 3EF7A 1NUZA 1B7ZA 4O3CA 1MQJA 4YICA 5B70A 2P2AA 2HZKA 1EZ9A 4MAGA 2HAUA 5LDZA 1M5CA 3G3FA 3KOTA 3PD9A 4OANA 4OVSA 1M5FA 4WEPA 5DVJA 2H9BA 4Z7EA 3O6IA 4R6YA 4ZDMA 3VV5A 1DK4A 1BKAA 1FPLA 3P7IA 1MXWA 2P3VA 3D4CA 1N84A 1B9JA 1URDA 3KZGA 3IB2A 5DW8A 1ZIUA 1LEVA 3KFMA 2O7UA 2HEUA 2AYSA 1NFTA 3BFUA 4YKKA 1MY4A 1UQWA 2XD3A 4OWDA 3TYHA 4R6KA 3RGYA 4YAHX 2ZNTA 4RPNA 2UVGA 3A3CA 4F3PA 3KC0A 4IB2A 4OXVA 2THIA 3EQ1A 3CG3A 5IZ3A 1NMUA 2RF1A 3E13X 1NV5A 4OEVA 3I6VA 2QS3A 4POWA 3GXAA 3EHSA 3S9LC 5ESYA 1AIVA 1NNFA 4X8RA 3R26A 1EU8A 4PFIA 2XXKA 2O6AA 4G8MA 4NTLA 2GHBA 3CSBA 2OJTA 2ONRA 1QJMA 3BIHA 3SEUA 4OA4A 1FPBA 2HQ0A 1KWHA 2DWAA 3O9PA 2ZNUA 3TUSA 4MLQA 1JW4A 1JW1A 3UORA 5M2VA 1LB9A 4NE4A 5J1DA 4EDPA 1NKXA 2ZZVA 3ECRA 3BIGA 5A5XA 4MX6A 2GH9A 3O66A 4EF1A 3K1MA 5AA3A 4RK9A 5FTIA 4KYEA 2QS4A 1DPPA 2O1LA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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