4GIZA

Crystal structure of full-length human papillomavirus oncoprotein e6 in complex with lxxll peptide of ubiquitin ligase e6ap at 2.55 a resolution
Total Genus 132
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
132
sequence length
382
structure length
382
Chain Sequence
KIEEGKLVIWINGDKGYNGLAEVGKKFEKDTGIKVTVEHPDKLEEKFPQVAATGDGPDIIFWAHDRFGGYAQSGLLAEITPAAAFQDKLYPFTWDAVRYNGKLIAYPIAVEALSLIYNKDLLPNPPKTWEEIPALDKELKAKGKSALMFNLQEPYFTWPLIAADGGYAFKYENGKYDIKDVGVDNAGAKAGLTFLVDLIKNKHMNADTDYSIAEAAFNKGETAMTINGPWAWSNIDTSAVNYGVTVLPTFKGQPSKPFVGVLSAGINAASPNKELAKEFLENYLLTDEGLEAVNKDKPLGAVALKSYEEELAKDPRIAATMENAQKGEIMPNIPQMSAFWYAVRTAVINAASGRQTVDAALAAAQTNAAAELTLQELLGEER
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural basis for hijacking of cellular LxxLL motifs by papillomavirus E6 oncoproteins.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Maltose-binding periplasmic protein, UBIQUITIN LIGASE EA6P:
molecule tags Viral protein
source organism Escherichia coli
total genus 132
structure length 382
sequence length 382
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.3.2.26: HECT-type E3 ubiquitin transferase.
pdb deposition date 2012-08-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4gizA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4gizA01
3U92A 3VFJA 1QUKA 3A3CA 4F3GA 2A5TA 4IO5A 5I56A 1B3EA 5F7VA 1BIYA 1TWYA 3S9EA 2OLBA 2O51A 1ZKBA 1MG1A 3KN3A 1SW5A 5EHMA 4XTCQ 2O69A 2QPQA 3TQLA 2NOOA 1B7ZA 3ILTB 1JVYA 3IL1B 3OEKA 3TTRA 1MXYA 1UTHA 4I9DA 1GVCA 4N6PA 3FV1A 2Y7PA 1LB8A 3HN0A 2Y7KA 1H45A 2HCAA 4HCYA 2XXUA 3IO4A 3EF7A 4OTEA 4H6DA 2DYXA 2E0SA 3T9HB 1P1UA 1LFHA 5I2KB 1LBBA 2ONRA 1SD3A 1R9QA 3K01A 1B3GA 3TMGA 5JTYA 3QIMA 4YZZA 2O68A 3N26A 1AL3A 5AA3A 2B65A 4OHNA 2ANJA 2I0BA 3H6TA 5BWJA 4BLAA 4EXKA 2HZLA 4G68C 3RTWB 5DVIA 1B1HA 3U8QA 2AYSA 3TODA 3SEXA 3MPKA 2RCBA 2FA7A 2XX9A 5I59B 5TP9A 3SEVA 1XC1A 1M5CA 5DYHA 3RT8A 1AH5A 4KQPA 1FQBA 4R73A 3MJNA 3U1OA 2X26A 4GL8A 3PPPA 3V8XB 5L8DA 4ZZAA 3H4ZA 1D4NA 1DTGA 3RPWA 1NNFA 5L9MA 2OK2A 5H8NA 3W9VA 3UORA 2Y7IA 2XXYA 3VLUA 3O6IA 4WEDA 2OBGA 1A7LA 2UVGA 3MW0A 4KFQA 3VVDA 4MLVA 4OETA 2PYYA 1T0KA 3IAZA 4DCYA 3RTFB 1TXFA 2DVZA 1OLAA 1BP5A 5EYFA 3FD3A 4Q8RA 3KGCA 2HAUA 5JTYB 1MQHA 3U94A 4X1DA 3FASA 3KG2A 4LUBA 3CFZA 1VFEA 3DLNA 3IOUA 3ODBA 4QHQA 1B9JA 3GBBA 4DXCA 1DMBA 4C1UA 2O84X 3MZ9A 1Y1MA 2ESNA 5TPAA 1UTBA 1O7TA 3C32A 3PPQA 1I6BA 2HFBA 1B7HA 5CMKA 5TP9B 2ZXTA 5DT6A 4JSDA 1URGA 1LAGE 3VLWA 3K00A 1Z7NE 3PV0E 3FJ7A 1Y3PA 4O3BA 3S4UA 4NWDA 1OVTA 1M5DA 3DP6A 2BJJX 2P1SA 1US4A 1POY1 1A55A 3C4MA 4E0XA 1EZOA 3PPRA 2DOJA 1ZLQA 4DLDA 3FXRA 3OD7A 4IY6A 5HPQA 2QS1A 4XKPA 2V84A 4EQBA 4KHZE 1Z7ME 1DOTA 1OQGA 4U4SA 4JXIA 3A3UA 5I58B 1AIVA 4NMYA 4L17A 2UXAA 3VVEA 2Y7WA 1I6AA 1MH4A 3UK4A 4PFYA 3TQWA 2QS4A 2XXXA 4XKNA 3OMBA 4KR5A 3MVZA 4ZE8A 3PPOA 3GZGA 3MAMA 4X1BA 1OIBA 1FTLA 3R7XA 2OJTA 3MP8A 1IXHA 1WDNA 4LZ8A 4I8CA 2HAVA 3G3GA 4R9GA 4YKIA 1BTJA 1SW1A 1MXUA 3FIRA 3LSFB 1B2HA 1JW1A 4KYSA 4ZEKA 3O28A 3KN8A 3I3VA 1VFDA 3QYTA 5F1QA 3VXBA 3EQ1A 2UVJA 1ELJA 2UYFA 4EQ9A 1P1QA 3MZ1A 4NE4A 1Y9UA 1OQHA 3CIJA 5DEXB 1QUJA 4OYVA 4U4XA 1H43A 2RF1A 4THIA 2REJA 4LQ2A 3TCHA 2Y84A 1FQFA 4ELOA 1A99A 2I3VA 4IB2A 3N6UA 4IGTA 4Z7EA 4H0WA 4RPOA 1XT8A 2F35A 1ANFA 5H8QA 5JK4A 5L9SA 2RCAA 5I57B 4YKJA 4H5FA 3ZKLA 4GXSB 3MZBA 2Z23A 3RUMA 1LLSA 3TYHA 4F18A 3Q26A 2M8CA 3QXMA 2F7CA 5KZTA 3VLVA 3MP6A 4YKKA 1PC3A 3G7WA 3SKPA 4XXUA 3PD9A 2V3QA 4ISUA 4RNSA 1PB7A 2E1SA 3G3FA 1JVXA 2R6GE 4RXLA 4G8HA 4HCWA 4GLIA 3K1NA 1MQIA 2A5SA 1TT1A 4Z0IA 2XXHA 1MQGA 3M8UA 3TDJA 2W7YA 4U21A 3L6HA 3U72A 4XKRA 3G3HA 5FHOA 1SI0A 3Q29A 2RC8A 3H7MA 4EXLA 1LFIA 4HTGA 3IO6A 4H1XA 4FATA 1S9TA 3RN8A 5IAIA 4G77A 5AA4A 3UGWA 3FATA 5HBCA 2R71A 3AXFA 1H3DA 2VGQA 4PETA 4IGRA 1MM7A 1B5IA 4IO3A 4ZE9A 2REGA 3SERA 3QUJA 3N6TA 4KCCA 2YLNA 1O63A 3PUZE 4KYDA 1H44A 1LAXA 1DPEA 1FQDA 3KOTA 1B46A 5B70A 1B3FA 4U1ZA 1R6ZA 4R72A 5AA2A 1QKAA 1B3LA 3IOWA 2ZNSA 3E4RA 3SEUA 4F3BA 4ESXA 3TFLA 2DS9A 1FTJA 3IK6B 3OENA 2OWTA 2Q8JA 2Z8EA 1B3HA 2ALUA 3PUYE 1B4ZA 4NF4A 2F7BA 1QKBA 3H3GA 1BKAA 3QSLA 2XD2A 1NH8A 3CFXA 5CMMA 3TTMA 1PB8A 1M5EA 1NNPA 4GFRA 4LZ5A 3CFLA 4YAHX 4EF1A 3S9NC 1BLFA 3TUSA 1Y3NA 2ONSA 4PE5B 2DE4A 4F22A 2I6EA 1B5HA 1IQ7A 4GVOA 1WODA 3OO8A 4R75A 3MPLA 1N3WA 4QSEA 1SW4A 5IKBA 3E3KA 3LC8A 5KCJA 1IIWA 5H8FA 4H8IA 5H8HA 3FV2A 4PP0A 3ZKKA 3H6VA 5AA4B 1NKXA 4OWDA 4PFTA 2DSFA 2R9JA 4NEDA 1N7XA 3BFUA 3PPNA 3PGFA 1HSJA 1MPDA 1B1XA 3E9XA 3K2DA 4TLMB 2HQ0A 4AB5A 3IX1A 2B3FA 4AQ4A 2O7IA 5A5XB 4BDLA 2DQVA 3CI8A 2F8DA 3CR9A 4NF6A 4BDOA 1A40A 4U22A 4O3CA 3LR1A 5FTHA 1SYHA 3C9HA 4RPNA 1A8EA 4BDRA 2A5TB 5I56B 2PX1A 3T9VA 1J1NA 3EHUA 3CRBA 3HHGA 1B05A 2OWSA 1ZU0A 4G8NA 1URSA 1UQWA 4MLQA 4QSCA 4OMBA 1JNFA 3KFMA 3FVGA 2XD3A 2ZYMA 4OVJA 4F1YA 1YTVA 2VD2A 4OEVA 5DTBA 5ISUA 4Q0CA 1FCKA 4G8MA 5CC2A 2O6AA 1UTHB 2Q2CA 4TOZA 4YB6A 5CMBA 1XVXA 3SEYA 3BBRA 4WKMA 4RA1A 3MVYA 3GLBA 3O97A 3RNNA 1NNTA 3H6UA 2GH9A 2Q9TA 4X48A 5J1DA 1DPPA 2KLFA 1FTKA 4E0WA 3O9PA 3HCQA 2I3WA 3OO6A 4FEDA 5BUUA 1LCFA 3IB1A 2CMOA 3DP8A 2YPNA 4NF8A 2V3TA 3EN3A 1B52A 4YKPA 3TCFA 3SESA 3KZGA 1A8FA 3T96B 3DELB 4ZZEA 3H03A 1JW5A 4G68A 1VSOA 2UVIA 5CRYA 1WVJA 1IXCA 1URDA 4I62A 2H25A 1IZ1A 1MY0A 3IB2A 2DXRA 1MDQA 3CSGA 1M5FA 1XHYA 4R74A 4OFJA 5ITPA 2V3UA 4G2ZA 4LP2B 4FEBA 1I69A 5AA2D 2PMSA 4JWXA 4EDPA 3KEIA 4ONYA 3QAXA 3L6GA 4F1UA 4IO7A 2DXYA 4POWA 5H8NB 4NF5A 1SYIA 5CMCA 5ELVA 2ONKE 3B6TA 2I49A 3EPEA 4OENA 4LZ7A 4QRZA 4RYAA 2G93A 3G3JA 3QUFA 4TLLB 3HO7A 3R26A 5EHSA 3EHSA 3VDFA 2HXWA 3T66A 2QSXA 3M3FA 4GIZA 4ZEBA 3IOVA 4G4PA 3G3KA 3MVWA 3K1PA 3RLFE 4H5GA 4MH5A 1NH7A 1Y4TA 3OEMA 2H9BA 1LAFE 2VD3A 3K6WA 1B40A 3GXAA 2LAOA 3C36A 3RGYA 1FTOA 1N76A 5TPAB 1UTBB 2I58A 3TEPA 4FORA 3A09A 1LSTA 3TCGA 1VE4A 3FVNA 1S50A 4H65A 1QULA 3OSQA 2F34A 1P1OA 5KDTA 2V25A 3LSWA 5I84A 3VV5A 3ECRA 4F19A 1FQEA 1Q35A 1GTKA 1R9LA 4OQOA 4XKQA 1Y4CA 2RC7A 4GXAA 4H67A 3D4CA 4UA8A 2QRYA 3T9XB 4LQ5A 2IA4A 2IEEA 2XX7A 3KJ7A 3MP1A 4ZEIA 1IXGA 3T9UA 3H06B 3LSXA 1MRPA 2G29A 3VVFA 1Q1KA 5K2YA 4EQ7A 1B0HA 4RK2A 2DP8A 2ABHA 2O1LA 1JW4A 2ZYOA 3S9MC 2Z8FA 4PFWA 4EUOA 2D3IA 3Q28A 1Y3QA 2H5YA 4LONB 1B5JA 3MC2A 1D9YA 3C34A 4NWCA 1JQFA 1MXZA 1MQJA 3N94A 1NFTA 4JB7A 2UYEA 1N3XA 2QS2A 1AOVA 2AL5A 1QVSA 5L9OA 4FIMA 5M2VA 3K0VA 1DTZA 3FVOA 5DVJA 3MUQA 3OSRA 1XOCA 1EU8A 4R9FA 3E13X 2F7AA 1EH3A 1ZIUA 1SI1A 2FYIA 4KI0E 4IO4A 3JZJA 4NTLA 1LCTA 3W9WA 2GFEA 3UP9A 3CSBA 3WAEA 1B51A 4ZEDA 4R2BA 4F29A 3N5LA 2ZMBA 1N7WA 3T22A 2B3BA 4QFOA 5H8SA 3OOAA 1N0TA 4LATA 2ZYNA 2GRVA 4HS7A 3IJXB 3K6XA 4ZDMA 1P1NA 4POXA 3PUWE 5ICQA 3S9LC 3PUVE 5H8QB 4FJPA 4M1VA 3RY3A 3TPAA 1LGBC 1ZBMA 2H98A 5ITOA 4MF3A 1SW2A 4U23A 3B7DA 4KPTA 1POTA 4IY5A 1SBPA 4LVQA 3ILUB 4P0IA 1DSNA 4H8JA 3FVKA 2Y7RA 5I59A 4U1OA 2VOZA 4M4GA 3DP4A 2XXRA 1S7YA 1F9BA 3TKDA 1FW0A 3V5AA 3T93B 3OELA 3PD8A 4YMAA 1USYE 1YCJA 2DWAA 3IJOB 3M3KA 4YICA 4BDNA 1LFGA 3JYRA 2I4CA 1L5TA 2RC9A 3O66A 1IEJA 2QL3A 1MY3A 3PMVA 4OZ9A 2UVHA 3MQ9A 1M5BA 4BDMA 3FXQA 2GHAA 1D9VA 4JDFA 1MS7A 1MXWA 3W15C 1MXVA 3JV9A 4ELPA 3I5OA 1CB6A 1LAHE 1JEUA 1MPCA 4HW8A 5FHMA 3G3IA 3VE1B 1CE2A 4P0GA 1KWHA 3MBPA 1FTMA 2WKYA 2ZNTA 2XXTA 3CG3A 3TTNA 2F78A 4GF8A 5AA2B 3K6UA 4QFPA 2F5XA 2DWHA 4YB7A 1Y20A 4GQOA 4OESA 4MFIA 1IITA 2HZKA 1B6HA 4KD5A 4KCDA 2P0SA 3UA8A 4ELRA 2QMXA 1MM6A 3O2AA 4R6HA 2ZNUA 1LBCA 3HPIA 3HHFA 4NF4B 4O3AA 5I2NA 1ZTYA 4FAJA 2AIXA 3I6VA 3FUZA 4GRKA 3K1MA 1D3KA 4C0RA 4ZECA 3CVGA 4R2FA 3ZSFA 3TAJA 3IOTA 4K3FA 3DM0A 1II5A 4YMBA 1MH3A 3FXUA 3UN6A 1OLCA 1FQAA 5KCJB 5HM4B 5H8FB 5H8HB 1GGGA 1MXXA 2FNCA 4U2RA 5JEIA 1ZJLA 3FJGA 2D5WA 4F3PA 1NNKA 5LOMA 2I4BA 4N07A 4F39A 5CI5A 4JWYA 3WAFA 3C33A 2VHAA 3OXNA 5FTIA 5AE4A 4TQUQ 3TTLA 3D4GA 1QJMA 3PUXE 1USYH 1EZ9A 3V89B 5I58A 1YAEA 4NF6B 2XX8A 4JWOA 3MWBA 2NUVA 3SEWA 1XS5A 2H4IA 4OEUA 3O6HA 3RQTA 1PBQA 5CM6A 1B7UA 3O29A 3TELA 5K2XA 2VP1A 3ZS6A 4F3SA 4QSDA 5I2NB 3B6WA 1MY1A 2AL4A 2O1MA 2RKMA 1MPBA 1MDP1 3S2VA 1O64A 3P7IA 1RYXA 2OZZA 4GOTA 3BKIB 4GL0A 4AB6A 2Z8DA 1A54A 3C35A 1MY2A 2HEUA 3M3LA 2Q89A 5DEXA 4OFOA 3OO9A 2DWJA 4WXJA 1UIUA 2QJEA 4Q5TA 3QK6A 1ZMGA 1H76A 1TFDA 3CG1A 3LUYA 1PEBA 4ECFA 2XXVA 3FGSA 1B0LA 4F31B 4RK9A 3ONMA 1ATGA 2DE3A 5ICTA 4WEPA 3IR1A 3USDA 1IXIA 4NF8B 5I57A 1P1WA 2PVUA 1JEVA 2O7UA 4G68B 2Q88A 3FJMA 4JSOA 3OO7A 3THIA 2F97A 2CZLA 3GBAA 5AA1A 1B4HA 2XXIA 1MQDA 4EF2A 4UACA 4DCXA 4ESWA 3V83A 3F11A 1OVBA 3SDFA 4XIGQ 1N04A 3PMXA 3Q25A 2PT1A 4C1TA 2YJPA 1PDAA 1B32A 4F1VA 2X7QA 3HSTA 3FZVA 4ELQA 3K6VA 1PB9A 3O6GA 1QUIA 1GR2A 2V93A 2NXOA 4OXVA 2D21A 4RJZA 3VXCA 2F6PA 3MVXA 2DE2A 1NMUA 1IUDA 2PT2A 4NF5B 4IO6A 4GD5A 4JBZA 1N84A 3KN7A 4IO2A 3KSJA 2Z22A 3IORA 5FHNA 4Q30B 4GWOA 1GV8A 4DXUA 4PFUA 4ZS9A 2PBWA 1OMPA 2NVUB 1VR5A 1XVYA 3C31A 3LSLA 5DVFA 2DVCA 2XXQA 4F2OA 3R6UA 4YU0A 1I6QA 3B6QA 1B58A 2NWJA 2QS3A 4P11A 3SETA 1SVXB 3KOSA 1HSLA 2X7PA 3RT6B 1EZPA 1US5A 3KJTA 4KYEA 3U93A 4OFLA 5CBSA 1RYOA 2Q2AA 4QFLA 1TFAA 3TZAA 2F36A 2H99A 5TU0A 1R1NA 1YPNA 5B7DA 4MBPA 3IB0A 1FQCA 1PBPA 1LB9A 4PQJA 4N13A 5KDTB 4DIGA 2ZYKA 4QFKA 4ND9A 2XXWA 4R6KA 1JETA 1SQYA 2XHDA 4ZEFA 2I48A 1QW0A 4DXBA 2I0CA 2QMWA 4DZ1A 4I1DA 4R6YA 4BDQA 1UIVA 4DE8A 3H6WA 3KSXA 2XXPA 2GHBA 4RY1A 4FECA 3PU5A 2RINA 3HV1A 4FE8A 3BFTA 1Y1ZA 4F2QA 4DDDA 2F6GA 3PMWA 5I2KA 4X9TA 4QF9A 1P99A 1MY4A 1AMFA 2THIA 4QFNA 3UIFA 1NL5A 2P2AA 3KBRA 4OERA 1RKMA 1SDXA 5A5XA 3K02A 3TTKA 4YB5A 3LBSA 2DWIA 3K4UA 5CBRA 4LA9A 2OCUA 1HSEA 3Q27A 3EHTA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3U92A 3VFJA 1QUKA 3A3CA 4F3GA 2A5TA 4IO5A 5I56A 1B3EA 5F7VA 1BIYA 1TWYA 3S9EA 2OLBA 2O51A 1MG1A 1ZKBA 4I3EA 3RYDA 3KN3A 1SW5A 5EHMA 4XTCQ 2O69A 2QPQA 4H46A 3TQLA 2NOOA 1B7ZA 3ILTB 3RPLB 1JVYA 3IL1B 3OEKA 3TTRA 1MXYA 1UTHA 4I9DA 1GVCA 4N6PA 4UABA 3FV1A 2CEYA 2Y7PA 1LB8A 3HN0A 2Y7KA 4I3YA 1H45A 2HCAA 4HCYA 2XXUA 3IO4A 3EF7A 4OTEA 4H6DA 2DYXA 2E0SA 3T9HB 1P1UA 2QFLA 1LFHA 5I2KB 1FBEA 1LBBA 2ONRA 4PCDA 1SD3A 3EKIA 5EQ9A 2ZZWA 3KC1A 1R9QA 3K01A 1B3GA 3TMGA 5JTYA 3QIMA 4YZZA 2O68A 3N26A 1AL3A 5AA3A 2B65A 4OHNA 2ANJA 2I0BA 4P56A 3H6TA 4PFRA 5BWJA 4BLAA 4EXKA 2HZLA 4G68C 3RTWB 5DVIA 1B1HA 3U8QA 2AYSA 3TODA 3SEXA 3MPKA 2RCBA 2FA7A 2XX9A 5I59B 5TP9A 4PFBA 1FPIA 3SEVA 4P1LA 1XC1A 1M5CA 4PDHA 5DYHA 3RT8A 2QVUA 1AH5A 4KQPA 1FQBA 4R73A 3MJNA 4NHBA 3U1OA 1IMAA 2X26A 3LUZA 4GL8A 3PPPA 3V8XB 5L8DA 4MJOA 4ZZAA 3H4ZA 1D4NA 1JP4A 1DTGA 4PGNA 3RPWA 1NNFA 5L9MA 2OK2A 5H8NA 2XWKA 3W9VA 3UORA 2Y7IA 2XXYA 4OVSA 3VLUA 4N91A 2CZHA 3O6IA 4WEDA 4P9KA 2OBGA 1A7LA 2UVGA 3MW0A 4KFQA 1FRPA 3VVDA 1IMFA 4MLVA 4OETA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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