4GLIA

Crystal structure of human smn yg-dimer
Total Genus 133
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
133
sequence length
388
structure length
388
Chain Sequence
KIEEGKLVIWINGDKGYNGLAEVGKKFEKDTGIKVTVEHPDKLEEKFPQVAATGDGPDIIFWAHDRFGGYAQSGLLAEITPDKAFQDKLYPFTWDAVRYNGKLIAYPIAVEALSLIYNKDLLPNPPKTWEEIPALDKELKAKGKSALMFNLQEPYFTWPLIAADGGYAFKYENGKYDIKDVGVDNAGAKAGLTFLVDLIKNKHMNADTDYSIAEAAFNKGETAMTINGPWAWSNIDTSKVNYGVTVLPTFKGQPSKPFVGVLSAGINAASPNKELAKEFLENYLLTDEGLEAVNKDKPLGAVALKSYEEELAKDPRIAATMENAQKGEIMPNIPQMSAFWYAVRTAVINAASGRQTVDEALKDAQTRITMLISWYMSGYHTGYYMGFR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Sugar binding protein, splicing
source organism Escherichia coli
publication title The survival motor neuron protein forms soluble glycine zipper oligomers.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Maltose-binding periplasmic protein, Survival motor neuron p
total genus 133
structure length 388
sequence length 388
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-08-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4gliA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4gliA01
5ICTA 5I58B 1B3GA 1ATGA 2NWJA 4Q8RA 1MPCA 4U23A 3T96B 1VFEA 4UA8A 1USYH 2XHDA 1I6BA 1QUKA 2F7BA 4THIA 1H44A 3TZAA 5AA4B 3QIMA 3SKPA 2IEEA 5KZTA 3ILUB 5CMMA 3LSXA 4KHZE 3SESA 4KD5A 4U21A 4JXIA 4ZEFA 1JEUA 3QSLA 3TMGA 1UTHB 4IGTA 3U1OA 1M5CA 5AA2A 3FASA 3G7WA 2Y84A 3KSJA 1Q35A 4R9FA 4RXLA 1FTLA 4RPNA 4PQJA 3V8XB 1P1QA 1QUJA 4PETA 1UTBA 5M2VA 3TUSA 1LAGE 2V3TA 5JTYB 4F3PA 1TXFA 2X7PA 5CI5A 3RT6B 1SBPA 2IA4A 4JWYA 3C9HA 3MW0A 3RTWB 2QMXA 2G93A 4QSDA 2AL4A 2I4CA 2X7QA 4P11A 3N26A 2REGA 3FV1A 4NF4A 1SI0A 4M1VA 4QRZA 3KOTA 1MY2A 3VXBA 4YMAA 4UACA 1CB6A 2DYXA 1UQWA 5HPQA 3MUQA 1AOVA 4F22A 1OVBA 2QJEA 3CR9A 3OO9A 3TTRA 1B5IA 3AXFA 3V5AA 2ZNSA 1AL3A 1MH3A 2I3WA 1OIBA 4WXJA 1B5HA 3TEPA 3W9VA 2F6GA 4EDPA 4LQ5A 3HN0A 1FTJA 1Y20A 3D4CA 3S9NC 5TPAA 3PV0E 3FJMA 1MDQA 1BKAA 2PBWA 2XX9A 3MPKA 2H9BA 5H8FA 3RUMA 3VVFA 5LOMA 2F6PA 1B32A 3FATA 1XVYA 3T9XB 1EZ9A 2AL5A 5EYFA 1POTA 3F11A 1UIVA 3KOSA 2I58A 1NFTA 3H7MA 2QL3A 4C0RA 2DVCA 4MLVA 4JSOA 1URDA 1IXGA 5DVFA 1P1OA 4E0XA 3ZS6A 3PPPA 4XTCQ 4F1YA 3K6UA 4Z7EA 4FATA 2Z8DA 4I1DA 1CE2A 5H8SA 2F34A 3H6TA 1ZLQA 3C32A 4ZEIA 3JZJA 1N3XA 4RA1A 2O84X 3Q29A 5I57A 4JBZA 4FORA 3UORA 3EPEA 4X48A 1LAHE 1DPEA 3TYHA 1HSJA 2HFBA 4YB6A 3LUYA 1N7XA 3HHFA 5H8NB 1POY1 2ABHA 1Q1KA 2V3QA 4NF6B 2RCBA 4XXUA 2P0SA 5CRYA 3FIRA 3S9EA 3A3CA 2VD2A 5K2YA 4ELQA 1H43A 4EUOA 2HXWA 3IOWA 5I58A 4MFIA 1A8EA 1NNKA 4IO2A 2PT1A 3DP8A 1WDNA 4LZ7A 4EXKA 4GOTA 1D9VA 1ZKBA 2ONSA 3HPIA 3ODBA 1A54A 3IB0A 3TQWA 4NE4A 4G68A 1B7ZA 3KZGA 3HHGA 3G3JA 1OVTA 4BDOA 4NMYA 3BBRA 3PUVE 1D9YA 1Y4TA 3OEKA 2F97A 1MH4A 3BFUA 5A5XB 1NKXA 1B1HA 1P99A 1LLSA 3PD9A 3PUXE 1QW0A 1UTHA 2H5YA 3DM0A 1D4NA 2H98A 4IO6A 5EHSA 3IOVA 3PUZE 3VVEA 3CFZA 4N13A 3N6TA 3MC2A 1UIUA 3OSRA 1AH5A 1ZTYA 4OWDA 3OEMA 4ZZAA 3EHTA 1URGA 5JTYA 3EHSA 2Q2CA 4FIMA 3W15C 3JYRA 2H25A 1N3WA 1WVJA 3IORA 2Z8EA 5KDTB 1H76A 3FVKA 1MM6A 1URSA 4U4XA 2RF1A 3KGCA 1SW4A 3LSFB 3KSXA 1SW5A 3CSBA 1B7HA 1MY4A 3SERA 2O69A 4QFLA 4C1TA 1VR5A 1J1NA 3UP9A 2DE2A 3PPRA 4XKQA 3BFTA 3V83A 3R26A 2YPNA 4O3BA 1QVSA 2DWHA 4U4SA 4G8NA 4H5GA 2XD3A 2Y7IA 3DLNA 2XXTA 4IY6A 2ZMBA 3FXRA 3Q28A 2A5TA 3N94A 4PFUA 3CFXA 1FQCA 1H45A 4DCYA 4KFQA 2B3BA 4IY5A 3R7XA 1B6HA 3THIA 4RK2A 2W7YA 1KWHA 1R9LA 1RYOA 4HCWA 1NH8A 1B7UA 1MY3A 4QSEA 4BDMA 3TTNA 1IZ1A 4FJPA 3TTMA 4ZDMA 4IO5A 3O6IA 4DLDA 4IO4A 4PFYA 3B7DA 5K2XA 3VV5A 5KCJB 2OWSA 2LAOA 3A3UA 3H4ZA 3HSTA 2XXQA 4R6YA 3O28A 1LCFA 2ONRA 1SDXA 2GFEA 4RK9A 3ZSFA 4OEUA 4YICA 5FHNA 4POWA 2DE4A 4NF5A 3K6VA 2I0CA 2ZYNA 3IR1A 3G3HA 2DWIA 1PDAA 4G8HA 2Z23A 1ZU0A 2RC9A 1WODA 1M5FA 4YKPA 3VFJA 2REJA 2XX8A 3PMXA 3QUJA 3R6UA 4NF6A 1NL5A 1IIWA 2D5WA 3GLBA 4TQUQ 4GXAA 2QPQA 4QF9A 4PE5B 1B46A 3U94A 3MZ9A 4Q5TA 4R73A 3TAJA 3JV9A 4BDRA 1XVXA 1B3LA 1MQDA 2F78A 1QJMA 4N6PA 4ECFA 3U72A 3RQTA 4JWOA 1O64A 3IB2A 1EH3A 1SYIA 3TODA 1OLAA 3UK4A 1N76A 3FZVA 1I6AA 4OTEA 2F36A 3B6TA 2XXWA 4RYAA 1XS5A 2NVUB 2PT2A 4ELRA 3O2AA 1XT8A 3VDFA 4F18A 5B70A 4F1VA 1D3KA 2ONKE 1MPDA 4ONYA 1Y3NA 3QK6A 3QXMA 4RNSA 2F8DA 4XKPA 5A5XA 2DP8A 1QKAA 4R72A 4H8IA 1MXYA 2XXYA 1LB8A 1QULA 1R6ZA 5AA3A 1TT1A 2QRYA 1DSNA 4QFOA 4OZ9A 1P1WA 5EHMA 3K6WA 3C34A 3FV2A 3VLUA 2R6GE 3LSLA 1MPBA 5H8QB 2YJPA 3E4RA 1M5DA 4YB7A 2XXUA 3K0VA 3MVYA 4ZEDA 3O6GA 5H8HB 3OD7A 4AB5A 2PYYA 5KDTA 1B1XA 4KPTA 3U8QA 1P1NA 5HM4B 1P1UA 2RC7A 4H0WA 5L9OA 3SEXA 4WEPA 4GVOA 3HV1A 3HCQA 4LP2B 3C4MA 1MQJA 1MXVA 2HZLA 1IEJA 2O1MA 4GFRA 4IO3A 3U93A 3FVGA 4Q0CA 4QHQA 3KFMA 3G3GA 3TTLA 5ICQA 3G3FA 1LBBA 1B5JA 4KR5A 3CSGA 3DP6A 4Q30B 1PB9A 2HAUA 2QSXA 3MVZA 1EZOA 2HQ0A 2XXPA 1S7YA 2M8CA 4G4PA 3KG2A 4KYSA 1VSOA 3G3IA 1IITA 4DIGA 1MY1A 1OMPA 1MS7A 1MM7A 4QFNA 1JETA 3H03A 4ZE8A 1VE4A 2E0SA 2OLBA 3M8UA 3GBAA 5AA2D 1O7TA 1US4A 3BKIB 5ISUA 4QSCA 1GV8A 2RKMA 1IXIA 3TDJA 4JWXA 4ELOA 2GH9A 3S9LC 1IXHA 5DT6A 5KCJA 1B58A 1N0TA 1DPPA 1XOCA 3TCGA 3N6UA 3O66A 1Y1ZA 3SEVA 5I2NB 4F1UA 1FQAA 4F31B 4P0GA 1Y3QA 3KBRA 3KN8A 1YPNA 4OMBA 1Y4CA 1YAEA 3OSQA 4ND9A 4H65A 1ZJLA 3OMBA 1LBCA 1MXXA 2F5XA 3PU5A 4U22A 3FJ7A 1I69A 2QMWA 5AA4A 1PB7A 1B52A 4R74A 3GBBA 5ITOA 2DXYA 4IB2A 3S2VA 2PX1A 3OOAA 4K3FA 3A09A 2RCAA 1TWYA 4KYDA 5J1DA 3WAFA 4PP0A 2ALUA 4G77A 2PVUA 3UIFA 2NUVA 2AIXA 4X1DA 3Q26A 2CMOA 4AB6A 2R9JA 3O6HA 3I6VA 5I56B 3FD3A 2Y7RA 4H5FA 2XD2A 4U1OA 2VGQA 2UVJA 1H3DA 5L9SA 3KN7A 4DDDA 4LZ5A 3K6XA 1I6QA 4I9DA 5ITPA 3C31A 1LGBC 3O97A 4N07A 3RTFB 4QFKA 3CRBA 4ZEKA 3MVWA 3LR1A 3G3KA 4HTGA 1A99A 4GL0A 2CZLA 3ONMA 5DTBA 4R2FA 2GHBA 1BP5A 2B3FA 1FQDA 5TPAB 2B65A 3MVXA 2QS3A 3E9XA 3MQ9A 4OEVA 4MLQA 5H8QA 5CMBA 3H06B 4NWDA 3EHUA 2Q8JA 3SETA 1EU8A 1B3HA 1EZPA 5L8DA 4M4GA 4IGRA 4LQ2A 4E0WA 1VFDA 3L6GA 1B51A 2WKYA 2F7AA 3H3GA 1PC3A 4XKNA 5H8HA 4YU0A 3IK6B 2I48A 2ZYMA 1B4HA 4ISUA 2O51A 1OQGA 3RT8A 1ANFA 4DXBA 3KJ7A 4U1ZA 1RKMA 1MDP1 3RLFE 4RY1A 1IUDA 3PMWA 3PMVA 5BUUA 3VE1B 1MQIA 1LSTA 3KEIA 4AQ4A 3CFLA 3KN3A 3Q27A 3WAEA 3K00A 4DCXA 4ELPA 2DS9A 1NNPA 4G68C 5CBRA 1FTOA 3MAMA 3PPNA 4GWOA 4ZS9A 3IOUA 3K1MA 1F9BA 4TLLB 3TPAA 3IJOB 4G8MA 1YTVA 4DXCA 2DSFA 1QUIA 4YB5A 4OXVA 3ECRA 3S9MC 5TP9B 4LVQA 2V93A 2DWJA 5FHMA 4F3SA 3OENA 3MZ1A 2OK2A 5AE4A 3TELA 5I57B 1SI1A 3K4UA 4EF2A 3OO8A 4JB7A 4XIGQ 4LATA 1A40A 1II5A 2ANJA 4PFWA 3OO7A 3P7IA 4WEDA 2D21A 3PPQA 5TU0A 1SW1A 4FAJA 1B9JA 3V89B 1FTKA 2F7CA 1TFAA 3IJXB 3PD8A 2THIA 3QAXA 1PBPA 2Q9TA 1FCKA 4EQ7A 5H8NA 4RPOA 2PMSA 4GLIA 4NF8B 1QKBA 3I3VA 4H1XA 4BDNA 5I2NA 1L5TA 3TCFA 3T93B 3UN6A 2VP1A 1SW2A 2VOZA 4F2QA 4GIZA 4POXA 5BWJA 3D4GA 1A7LA 3T66A 4DXUA 1Z7ME 3OXNA 4YKIA 5JK4A 1A8FA 1IQ7A 1DTZA 3SEUA 4G68B 4OHNA 2Z8FA 1Y9UA 2FA7A 1GVCA 2I0BA 2X26A 3CVGA 2I6EA 1AIVA 2RINA 4KQPA 4I8CA 3FJGA 1FQFA 3FVNA 1B3EA 4X9TA 2XXVA 2GRVA 3CIJA 2ZYOA 1NNFA 2P1SA 3EF7A 4LONB 4GRKA 2QS1A 4X1BA 2QS2A 4GQOA 1US5A 4F2OA 3MP6A 2V84A 3DELB 3GXAA 3K2DA 2YLNA 2RC8A 2E1SA 3TTKA 2AYSA 3KJTA 3B6WA 2XXIA 2Q88A 1FQEA 1LB9A 5I56A 1MXWA 3S4UA 1B3FA 4O3AA 4OERA 1M5EA 3DP4A 2Q89A 4QFPA 4YKKA 4C1UA 4FECA 4ZZEA 3K01A 4KI0E 4YAHX 2Q2AA 1JVYA 1NH7A 3IO4A 2DWAA 3VVDA 1AMFA 3SEYA 4OFLA 5DEXB 4BLAA 5I59B 2NXOA 3C33A 1A55A 4EF1A 4H6DA 1B40A 2OJTA 2F35A 4NEDA 3TCHA 1FTMA 3K1PA 3H6UA 3K02A 5IKBA 3IAZA 4ESXA 3Q25A 5IAIA 1FW0A 3MBPA 5ELVA 4ESWA 2A5TB 3IL1B 5L9MA 3MJNA 4ZECA 2O1LA 1DOTA 3RNNA 1GTKA 1JQFA 4F3BA 4F39A 2OZZA 4H67A 2DE3A 1LFHA 4F19A 2I4BA 2NOOA 5I2KB 4BDQA 4F29A 1N84A 3UGWA 5B7DA 1GGGA 4Z0IA 3GZGA 3OO6A 1MQGA 5AA1A 3T9VA 1SVXB 3M3KA 3O29A 4MBPA 3RGYA 3VXCA 4GF8A 1DMBA 5CMCA 4O3CA 2UVHA 4LZ8A 1SD3A 2UYFA 1MRPA 4H8JA 1TFDA 1PEBA 3PUWE 4R6KA 3TQLA 1LCTA 2GHAA 1ZBMA 4NF5B 4HS7A 4OYVA 1SQYA 1FQBA 1OQHA 5TP9A 5DVIA 4KCDA 4YZZA 2I49A 2UXAA 2DXRA 2UVGA 1N7WA 3I5OA 2Y7WA 1B4ZA 2G29A 2I3VA 3LC8A 3T9HB 4F3GA 3TFLA 2HCAA 4I62A 5I84A 5CBSA 4YMBA 3UA8A 4FEDA 2O6AA 1LFGA 5CMKA 1Y3PA 3O9PA 4DZ1A 5DVJA 1LFIA 2XXHA 4GD5A 4L17A 1NNTA 1ZMGA 5FTIA 1JW4A 1JVXA 3EN3A 3EQ1A 4NF8A 3CG1A 1R9QA 2XX7A 3MPLA 3RY3A 4ZE9A 1USYE 2ESNA 4OFOA 3T9UA 3T22A 5AA2B 1Y1MA 3N5LA 3PPOA 3M3LA 3VLWA 3LSWA 4EQ9A 3QUFA 2H99A 2Y7KA 1MQHA 2KLFA 1N04A 2ZXTA 1UTBB 1LAFE 1ZIUA 4OETA 1BLFA 3PUYE 4TLMB 4EXLA 2QS4A 4OVJA 2ZYKA 2ZNTA 4FEBA 3ILTB 4OFJA 3ZKKA 1BTJA 3IX1A 1S50A 1S9TA 4XKRA 3MWBA 3FVOA 2V3UA 4GL8A 4NF4B 2DQVA 3HO7A 5CM6A 4ZEBA 3USDA 3FXUA 1RYXA 3FXQA 4JSDA 4YKJA 1JW5A 2H4IA 2UYEA 3MP8A 3E13X 5FHOA 5FTHA 1MY0A 4OESA 3B6QA 2HAVA 2FYIA 1B05A 1T0KA 2Z22A 1GR2A 3QYTA 4DE8A 3C35A 4P0IA 1JEVA 2D3IA 4RJZA 3FGSA 1PB8A 4NWCA 2Y7PA 2P2AA 4KCCA 2V25A 4EQBA 4TOZA 3OELA 3K1NA 4IO7A 3PGFA 5HBCA 3ZKLA 3U92A 1ELJA 2O68A 3H6VA 4LA9A 3SDFA 5H8FB 1B2HA 3TKDA 3MP1A 4HCYA 4JDFA 2FNCA 1SYHA 3IB1A 2OWTA 2VD3A 1NMUA 4OQOA 4WKMA 4LUBA 5F7VA 2ZNUA 5DEXA 5I59A 2UVIA 4R6HA 1PBQA 2O7UA 3IOTA 3RPWA 4G2ZA 3FUZA 2DOJA 3M3FA 1O63A 4R75A 1R1NA 3W9WA 4HW8A 1JW1A 3CI8A 1XHYA 4MF3A 2A5SA 4R9GA 1B0HA 1XC1A 2R71A 1M5BA 1HSLA 5F1QA 2DVZA 2XXXA 2HZKA 2OBGA 5CC2A 4KYEA 3E3KA 3L6HA 2OCUA 2O7IA 1MG1A 1BIYA 3CG3A 5I2KA 5JEIA 4OENA 4BDLA 1B0LA 4PFTA 1HSEA 3SEWA 3C36A 3RN8A 1YCJA 1Z7NE 2BJJX 4MH5A 2HEUA 5DYHA 1IXCA 3LBSA 3MZBA 4GXSB 1MXZA 1LAXA 1DTGA 4R2BA 3H6WA 1MXUA 4U2RA 1OLCA 4FE8A 1JNFA 2XXRA 3IO6A 4NTLA 3VLVA 2VHAA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5ICTA 1LBYA 5I58B 1DCUA 1B3GA 1ATGA 2NWJA 4Q8RA 1MPCA 4U23A 3T96B 4PE3A 1VFEA 2HHMA 4UA8A 1USYH 2PCRA 2XHDA 1I6BA 1QUKA 2F7BA 4THIA 1H44A 4GWWA 3TZAA 5AA4B 3QIMA 3SKPA 2IEEA 4OVSA 5KZTA 3ILUB 4P9KA 5CMMA 3LSXA 4KHZE 3SESA 4KD5A 4U21A 5ET7A 4JXIA 4ZEFA 1FBHA 1FPFA 1JEUA 3QSLA 3TMGA 2ZZXA 4NF0A 1UTHB 4IGTA 3U1OA 4AS5A 1M5CA 5AA2A 3FASA 3G7WA 2Y84A 3KSJA 1Q35A 4R9FA 4RXLA 1FTLA 4RPNA 4PQJA 3V8XB 5IZ1A 1P1QA 1QUJA 4GWUA 4PETA 1UTBA 5M2VA 3TUSA 1LAGE 2V3TA 5JTYB 4F3PA 1TXFA 2X7PA 5CI5A 3RT6B 4GWYA 1SBPA 2IA4A 4JWYA 3C9HA 3MW0A 3RTWB 2QMXA 2G93A 4QSDA 2AL4A 2I4CA 2X7QA 4P11A 3N26A 2REGA 3FV1A 4NF4A 1SI0A 4M1VA 4QRZA 4PF6A 3KOTA 1MY2A 2XWVA 3VXBA 4YMAA 4UACA 1CB6A 2DYXA 1UQWA 4PFRA 5HPQA 3MUQA 1YXIA 3KC0A 3MSTA 1AOVA 4F22A 1OVBA 2QJEA 3CR9A 3ISPA 3OO9A 3TTRA 1B5IA 1IMFA 3AXFA 4MAGA 3V5AA 2ZNSA 1AL3A 1MH3A 2XA5A 2I3WA 1OIBA 4WXJA 1B5HA 3TEPA 3W9VA 2F6GA 1NUYA 4EDPA 4LQ5A 3HN0A 1FTJA 1Y20A 3D4CA 3S9NC 4GX4A 5TPAA 3PV0E 1EYKA 3FJMA 2HPGA 1MDQA 1BKAA 2PBWA 2XX9A 1FPDA 3MPKA 2H9BA 5H8FA 3RUMA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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