4GOTA

Crystal structure of a putative methionine-binding lipoprotein (bsu32730) from bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 at 1.95 a resolution
Total Genus 75
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
75
sequence length
247
structure length
247
Chain Sequence
SGKKEIVVAATKTPHAEILKEAEPLLKEKGYTLKVKVLSDYKMYNKALADKEVDANYFQHIPYLEQEMKENTDYKLVNAGAVHLEPFGIYSKTYKSLKDLPDGATIILTNNVAEQGRMLAMLENAGLITLDSKVETVDATLKDIKKNPKNLEFKKVAPELTAKAYENKEGDAVFINVNYAIQNKLNPKKDAIEVESTKNNPYANIIAVRKGEEDSAKIKALMEVLHSKKIKDFIEKKYDGAVLPVSEM
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of a putative methionine-binding lipoprotein (BSU32730) from Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 at 1.95 A resolution
rcsb
molecule keywords Methionine-binding lipoprotein metQ
molecule tags Lipid binding protein
source organism Bacillus subtilis subsp. subtilis
total genus 75
structure length 247
sequence length 247
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-08-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03180 Lipoprotein_9 NLPA lipoprotein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4gotA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4gotA02
1B3FA 2QRYA 1USYH 1SI0A 1I6BA 5I59A 1UTHB 3UK4A 4GFRA 3CG1A 3EPEA 4JSDA 3U94A 4TOZA 1B7ZA 4I8CA 2DXRA 4OESA 4BDNA 4P0IA 4ESXA 3UA8A 4JWXA 4WEDA 1Y4CA 2Z22A 4OENA 1IXHA 2O69A 1N7WA 3FJ7A 4IB2A 4XKNA 4X1DA 4KCDA 5AA1A 4DCXA 2XX8A 1AH5A 2M8CA 2Q9TA 3TUSA 2QL3A 3UGWA 5JTYB 4KYDA 1S9TA 5I56A 4IGTA 3UP9A 1FTOA 4OEVA 3TODA 5I58A 3MAMA 1B52A 3T9UA 4E0XA 3CSBA 3LR1A 4F18A 3QK6A 3SESA 1BIYA 2OCUA 2PYYA 3DP4A 2ONSA 3KBRA 4FATA 3PUXE 1SQYA 3VLUA 3QUJA 1YAEA 5CBRA 1Y1MA 3O6GA 1FTJA 2HFBA 1VR5A 1Y20A 3F11A 4QSEA 3SEXA 2DVZA 4YAHX 2YJPA 1NH8A 3U1OA 2GFEA 3U8QA 2Y7KA 2V84A 5AA4B 1P1NA 4OEUA 3IOUA 3MZ1A 5JTYA 1GVCA 4U23A 1Y3QA 4H8IA 2P2AA 2UYFA 2UXAA 3BFUA 3KSXA 4OFOA 1XVXA 3JZJA 1H3DA 3ONMA 4M1VA 3PUZE 3IB1A 1SW4A 1OLAA 1JVXA 1ELJA 3IK6B 3EHTA 2OZZA 1BP5A 1B3EA 2I4BA 1BKAA 3BKIB 2F5XA 4BLAA 4R73A 3ZKLA 1R9LA 4QF9A 1LB8A 5TPAB 2UVHA 5F1QA 1FTKA 4ZS9A 4U4SA 4ZZEA 4ISUA 3C31A 1R1NA 5H8QB 3KJTA 2OK2A 3IB0A 1JQFA 2I48A 4U21A 3MJNA 1FTLA 1FW0A 4MH5A 4MF3A 2B65A 1B32A 2F35A 3MVXA 4AQ4A 1JW5A 1MXWA 4GVOA 1B7UA 4GOTA 2ZYMA 1JEUA 1OMPA 4NF6B 4N07A 3VXBA 1JEVA 4ZZAA 1B5HA 3IO6A 1LAGE 5LOMA 5H8QA 3G3GA 4HCYA 1LCTA 1MXUA 4QHQA 3OO6A 2I58A 3KG2A 1LAXA 4Z7EA 2V93A 4DXCA 4EQ7A 1N3WA 3O6HA 3AXFA 1I6QA 2HEUA 4U22A 4QFKA 1MQGA 3IO4A 2X26A 1A40A 2F7AA 3IAZA 4DXBA 3MVYA 4LATA 4PQJA 5IAIA 4OZ9A 1UQWA 3MC2A 3LUYA 2PMSA 4ZECA 5DVJA 2IA4A 3CR9A 1ZU0A 5K2XA 5ITPA 4U4XA 1B40A 4BDMA 3W15C 4IO7A 2HAVA 5IKBA 2ZYOA 2DVCA 4NF6A 5CMKA 3FZVA 1Y3PA 3RPWA 1B3LA 4F31B 2QS2A 2AL4A 4F39A 2Q2AA 1NH7A 1LFHA 1IQ7A 3T9VA 1DTGA 1MH3A 2I3VA 5BUUA 1ZMGA 3N6TA 4M4GA 3SERA 3B6WA 4RK2A 3VE1B 2YLNA 1RYOA 4DXUA 1QJMA 3G3FA 5EHMA 5ITOA 3KOSA 2ZYNA 4IO5A 4KQPA 4ELOA 5KDTB 4NF4B 3R6UA 5AA3A 3C9HA 3RY3A 2HCAA 3T96B 4RXLA 3TZAA 1MY1A 2PVUA 1ZTYA 1PBPA 3T66A 2R9JA 2REJA 2ZNTA 4OQOA 3FASA 4LUBA 4YU0A 4DZ1A 1HSJA 4F19A 3PPQA 1FQFA 4IO3A 1MDQA 1P1UA 3TAJA 3GZGA 1XVYA 4NMYA 5I2NB 1IEJA 2R71A 1PC3A 4G68B 1LSTA 2DE3A 5B7DA 1NMUA 1MDP1 4G2ZA 4C1TA 2XX9A 4DIGA 2RC9A 1ZIUA 2FYIA 3SEWA 3MPKA 4RK9A 4ZEKA 2QSXA 4LP2B 4C1UA 3KN3A 3TTMA 3ZKKA 3FVGA 3MZBA 5KDTA 4NF4A 3I6VA 3OSQA 5CBSA 2Y84A 4FEDA 3S2VA 1URGA 2RINA 4WEPA 3IL1B 1M5FA 1L5TA 3G3HA 2Q2CA 2RC7A 5AA2B 3FXRA 1N3XA 3PMVA 2THIA 5I2NA 1YCJA 3JYRA 5FHOA 1TFDA 1D3KA 3QYTA 2VD2A 4TQUQ 1XOCA 2XD3A 4ZEFA 4RNSA 4XKRA 3S9LC 1LB9A 2XD2A 3K1NA 4H8JA 4O3BA 1N76A 4GLIA 3DP6A 4OETA 3RTWB 2XXRA 2G29A 1B0LA 1ZKBA 4JWOA 1MPCA 3PUWE 3H7MA 1SD3A 3K6WA 4FJPA 1Z7NE 1WDNA 4ZEBA 5AA2A 3SKPA 1IUDA 4U1ZA 2P1SA 1Y4TA 3VVEA 3FXQA 3FJMA 2F6PA 2B3FA 3CFZA 2I0BA 3W9VA 1T0KA 5I84A 1UTBA 2O68A 3MPLA 4F1YA 3D4GA 4NF8A 4PETA 2XXIA 4GWOA 2X7QA 3HPIA 3IORA 1SI1A 4O3AA 2UVJA 4YB5A 2DE2A 1GGGA 3FXUA 3PPRA 1FQDA 4F3GA 4QFOA 3ILUB 4H65A 1M5DA 3G3JA 3H6VA 1QW0A 3PGFA 1M5EA 1SW1A 3B6TA 3PMXA 4JSOA 1NFTA 3LSFB 3DM0A 1B1HA 4GXAA 4R2BA 4HS7A 3PD9A 5I57B 5CI5A 3KJ7A 2HZLA 3Q29A 5TP9B 3FIRA 3N94A 3IOTA 5DYHA 4AB5A 2H4IA 4ZEIA 3TCHA 2P0SA 1ANFA 3IOVA 4FE8A 5CMCA 3K6VA 1EU8A 1FCKA 1MG1A 4G8MA 4F22A 3TFLA 4ZE9A 1NNKA 3I5OA 3USDA 1NL5A 2Y7RA 1PB9A 3WAFA 5HPQA 4OFJA 4YKIA 1JW1A 3KEIA 4I1DA 5DEXB 1UTHA 1LCFA 1MH4A 3KN7A 2F8DA 4RA1A 1TFAA 4RY1A 2QS3A 4R2FA 1A99A 2KLFA 4KPTA 5I57A 1VE4A 1O63A 1JETA 3TCGA 5TP9A 3DLNA 2F97A 3PV0E 3O66A 3C33A 2D21A 4YMAA 2XXUA 2DP8A 2ESNA 1RKMA 1FQEA 1XS5A 3U93A 2A5SA 4XKQA 1LAFE 3OO7A 2DSFA 1O64A 4NEDA 4ELRA 3K01A 2OJTA 4JB7A 1FQBA 5CC2A 3E4RA 3H03A 4ZE8A 3OELA 3DELB 3OO8A 5DEXA 3TQLA 4NE4A 2ZNUA 3EF7A 3O28A 4Q0CA 2PX1A 1XC1A 4KYSA 2ABHA 4DLDA 3QAXA 1MRPA 3O9PA 3MP8A 1SW5A 2XXPA 4MLQA 4R6KA 2Z8DA 4PFUA 2XHDA 1N84A 3L6HA 2DWHA 1URSA 3FV2A 1H43A 3THIA 1PEBA 4R6YA 5ELVA 4L17A 4LVQA 4KR5A 5AA4A 2Q88A 1I6AA 4GL8A 1N04A 4OMBA 1A54A 3KN8A 1NKXA 4PFYA 4EF2A 2RCBA 4IY5A 4RJZA 3H3GA 3CFLA 5HBCA 1DSNA 2XXHA 1B3HA 1Y1ZA 3TDJA 2PT2A 4G68C 3Q28A 3T9HB 1IZ1A 2VHAA 2GRVA 3TTLA 4OYVA 1ZJLA 2QJEA 3LSXA 3IOWA 1B46A 2Y7IA 3T9XB 5AA2D 4R6HA 3QIMA 5TPAA 3IX1A 2I6EA 3K1PA 1DOTA 4P0GA 4O3CA 1B9JA 3L6GA 5BWJA 4MLVA 4WKMA 3CFXA 4X9TA 4AB6A 1QKBA 4F29A 4F3PA 2NUVA 5J1DA 1XHYA 1ATGA 1OIBA 5FTIA 4R9GA 3WAEA 4F1VA 4HCWA 3PUVE 1B5JA 4RYAA 3H6UA 3H4ZA 1S50A 2XXYA 2W7YA 1JNFA 2I4CA 3P7IA 3S4UA 3KGCA 4UA8A 2IEEA 1MQIA 3S9EA 4NF5B 4NWDA 5B70A 2O1LA 3V8XB 3MZ9A 3C32A 3HHGA 3K02A 4EUOA 1EH3A 1UIUA 3IJXB 4OFLA 2RKMA 1J1NA 1IXIA 3PD8A 3B7DA 1LGBC 1LBCA 1QUIA 4BDQA 3GLBA 5ICTA 1URDA 2DYXA 4LQ5A 2DXYA 1M5CA 2OLBA 2E0SA 5H8FB 3MQ9A 1BTJA 1USYE 4JWYA 3TTKA 4BDLA 2F7BA 2Y7PA 4NF5A 4H5FA 4EQ9A 3FVKA 3TELA 1NNPA 1NNTA 1N7XA 5H8HB 3N6UA 3FJGA 2DWAA 4LZ5A 4BDRA 3MUQA 3HSTA 3OENA 1R9QA 5A5XB 1CE2A 1LLSA 4GRKA 1JVYA 3KOTA 5CRYA 2HQ0A 2A5TB 4H6DA 1SYIA 1MXZA 3Q26A 1QUKA 4KI0E 3T22A 4R75A 3B6QA 2QS1A 3C36A 4G8NA 1XT8A 3G7WA 2DE4A 2ANJA 4F2QA 2YPNA 5HM4B 5H8FA 3R7XA 3OMBA 4ELQA 3RTFB 2XXQA 3VVDA 3U72A 1O7TA 1MXXA 5H8HA 4G68A 4NWCA 1YPNA 3H6TA 4R74A 2V3QA 3TCFA 4Q5TA 5A5XA 4TLLB 3OO9A 4POXA 1CB6A 2GHAA 2XXTA 3UN6A 1LBBA 3H6WA 2A5TA 2DOJA 2NOOA 4PFTA 3MVZA 4Q8RA 1MM7A 3RQTA 4PE5B 3RN8A 3I3VA 1IIWA 3LSLA 3CSGA 4G77A 2GH9A 1N0TA 2HAUA 2LAOA 1EZ9A 3MW0A 2H25A 2OWTA 1VFEA 3CG3A 4KD5A 4E0WA 1MS7A 1OQGA 4ONYA 2ONKE 2Z8EA 4GXSB 3ZS6A 1GV8A 4K3FA 2QMXA 2PT1A 3LC8A 4LZ7A 3VDFA 1SYHA 4OTEA 3ILTB 5DT6A 1DPEA 4EDPA 1MY4A 1B5IA 2D5WA 2O1MA 4FAJA 3ECRA 3TQWA 3SEUA 3FATA 4H0WA 3QUFA 3K00A 4TLMB 1ZBMA 3FVNA 2CZLA 3N26A 3HHFA 3HCQA 1R6ZA 1JW4A 2NXOA 4RPNA 3GBBA 2VOZA 3LSWA 4QSDA 5EYFA 4GD5A 1SBPA 1OVTA 5CM6A 3MVWA 2V25A 2Q8JA 4OWDA 4OVJA 3K6XA 1EZPA 1MXYA 1B4ZA 2X7PA 4DCYA 4ECFA 1LFIA 3C34A 3EQ1A 3M3LA 4WXJA 1OVBA 4DDDA 2F6GA 3QSLA 3OEKA 3PU5A 3VVFA 3CRBA 4EXKA 1US4A 1POY1 1YTVA 1QVSA 4G8HA 5H8SA 5JEIA 4KCCA 4FORA 5L9OA 3S9NC 1RYXA 2H98A 3RLFE 1QKAA 4R72A 4PP0A 3EHSA 3O6IA 5FHMA 1SDXA 3OSRA 2V3UA 4LA9A 1BLFA 1OQHA 4THIA 1OLCA 1H44A 4ND9A 1S7YA 4H5GA 3VFJA 2H99A 1P1WA 2FNCA 3HO7A 3OD7A 2D3IA 5TU0A 1F9BA 2H9BA 3FVOA 1FQAA 1LFGA 1IXGA 1B1XA 3V89B 3FD3A 3EHUA 1MQHA 3M3FA 4GF8A 2Z23A 3N5LA 3TEPA 3Q25A 2RF1A 3RT8A 1POTA 3S9MC 3RT6B 4F3BA 4Q30B 4N13A 2H5YA 2B3BA 5F7VA 4PFWA 3CIJA 2XXWA 4G4PA 3C35A 3VXCA 3ZSFA 1B51A 4POWA 4Z0IA 1MQJA 4H67A 1WVJA 3V83A 1SW2A 5AE4A 1TWYA 3UORA 4H1XA 5KCJB 4I62A 3PPNA 2ZYKA 3K4UA 3MP1A 4MBPA 3M8UA 1SVXB 1TT1A 2HZKA 4QRZA 2F36A 1MY3A 4JDFA 2PBWA 3PPPA 4KYEA 3PPOA 3A3CA 1B0HA 3FUZA 1NNFA 1A7LA 4IO4A 4ZDMA 3CVGA 1II5A 3DP8A 1LAHE 2ZMBA 2NVUB 3M3KA 4KHZE 1VSOA 4GIZA 3K1MA 3VLVA 1H76A 3TYHA 3GXAA 3VV5A 5CMMA 2NWJA 3V5AA 2O51A 1B4HA 5DVFA 2QS4A 5H8NB 1B7HA 5M2VA 2O84X 2I3WA 5KCJA 1B3GA 4XTCQ 4YB6A 1HSEA 2ZXTA 1FTMA 2Z8FA 1HSLA 5DTBA 1H45A 3A09A 2VD3A 3ODBA 3BFTA 2UVIA 4X48A 3SEVA 5ICQA 2DQVA 2FA7A 1D4NA 5ISUA 5L9MA 3QXMA 2XXXA 2DWIA 2G93A 4YB7A 5KZTA 4JBZA 2O7UA 2O7IA 3E3KA 5H8NA 4XIGQ 2DS9A 1D9YA 3UIFA 1KWHA 1DMBA 1B05A 3PMWA 4YKPA 4F2OA 4R9FA 3PUYE 3Q27A 3IR1A 2AL5A 4LONB 1TXFA 1GR2A 2QPQA 2RC8A 3MWBA 3KSJA 3T93B 1GTKA 4IO2A 1MQDA 1PBQA 1A55A 5K2YA 4EXLA 3FGSA 1PB7A 4YZZA 1WODA 2I49A 5L9SA 4YKKA 3IJOB 1FQCA 2XXVA 3HV1A 2I0CA 3SEYA 2ALUA 1QULA 2UYEA 2OBGA 1A8EA 3U92A 4N6PA 3O29A 3JV9A 3FV1A 1P99A 3C4MA 4LQ2A 1IXCA 1AL3A 3EN3A 4QSCA 1EZOA 4YKJA 4QFNA 1MXVA 1MPBA 4XXUA 3SDFA 4DE8A 1IITA 4QFLA 4ESWA 4BDOA 2VGQA 2BJJX 1PDAA 1QUJA 4U1OA 3KFMA 2CMOA 2ONRA 3OEMA 2F34A 2GHBA 2O6AA 5DVIA 3G3KA 2OWSA 4ZEDA 1B6HA 2E1SA 5CMBA 5FHNA 5L8DA 3H06B 1I69A 1M5BA 2Y7WA 4I9DA 1P1QA 5JK4A 1Q1KA 1MM6A 3W9WA 4NTLA 4MFIA 3MP6A 3RGYA 4C0RA 2F78A 2R6GE 5EHSA 3MBPA 4IO6A 1DTZA 4OXVA 2XX7A 4P11A 4OHNA 1D9VA 2WKYA 5I2KB 4X1BA 4KFQA 2F7CA 4OERA 2REGA 4FEBA 4FECA 4QFPA 3BBRA 1B58A 4HW8A 1AIVA 1AOVA 4YMBA 4ELPA 3RNNA 3LBSA 4GQOA 1ZLQA 1A8FA 2DWJA 4FIMA 1AMFA 1VFDA 4LZ8A 1US5A 5FTHA 4JXIA 4EQBA 1UTBB 4RPOA 4NF8B 1PB8A 4U2RA 3A3UA 2V3TA 1P1OA 1UIVA 3E9XA 2HXWA 1Y3NA 3RUMA 1MPDA 2VP1A 5I2KA 1MY2A 1Q35A 2QMWA 4GL0A 4UACA 2UVGA 1B2HA 2ZNSA 5I59B 3VLWA 3K6UA 3TKDA 4EF1A 4IGRA 4IY6A 4F3SA 3TTNA 3SETA 3KZGA 2AYSA 2Q89A 3R26A 3O97A 2RCAA 1DPPA 4XKPA 3GBAA 3K2DA 3OXNA 3TPAA 4YICA 2AIXA 1Z7ME 3CI8A 5I56B 3OOAA 1MY0A 3TMGA 4F1UA 3D4CA 5I58B 3HN0A 1Y9UA 3E13X 3O2AA 3IB2A 3TTRA 3G3IA 3K0VA 4HTGA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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