4GOTA

Crystal structure of a putative methionine-binding lipoprotein (bsu32730) from bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 at 1.95 a resolution
Total Genus 75
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
75
sequence length
247
structure length
247
Chain Sequence
SGKKEIVVAATKTPHAEILKEAEPLLKEKGYTLKVKVLSDYKMYNKALADKEVDANYFQHIPYLEQEMKENTDYKLVNAGAVHLEPFGIYSKTYKSLKDLPDGATIILTNNVAEQGRMLAMLENAGLITLDSKVETVDATLKDIKKNPKNLEFKKVAPELTAKAYENKEGDAVFINVNYAIQNKLNPKKDAIEVESTKNNPYANIIAVRKGEEDSAKIKALMEVLHSKKIKDFIEKKYDGAVLPVSEM
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structure of a putative methionine-binding lipoprotein (BSU32730) from Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 at 1.95 A resolution
rcsb
molecule keywords Methionine-binding lipoprotein metQ
molecule tags Lipid binding protein
source organism Bacillus subtilis subsp. subtilis
total genus 75
structure length 247
sequence length 247
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-08-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03180 Lipoprotein_9 NLPA lipoprotein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4gotA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4gotA02
4Z7EA 5H8NB 2DXYA 4H6DA 2PT2A 3MZ9A 4GFRA 4BDLA 1LGBC 4YB6A 2X7QA 4QFLA 4F22A 3OELA 1A55A 1LLSA 2Q2AA 3CVGA 4RA1A 3H3GA 1WDNA 4PFYA 4XIGQ 2DSFA 2QS4A 3K1NA 3T9UA 2F8DA 3LC8A 3KJ7A 2NUVA 4G2ZA 2O69A 4OENA 3U92A 4FAJA 2REGA 2ZNSA 3H03A 4R9GA 3OOAA 1EZ9A 4LZ8A 4IGTA 3RUMA 4LQ2A 4OWDA 3MW0A 1B46A 3LR1A 1MRPA 1FCKA 4JB7A 2DE4A 1Z7ME 1JETA 4IO5A 5CM6A 3LSFB 1ANFA 2DVCA 3C33A 5KDTA 5HBCA 4XKNA 4U4XA 4AB6A 2B3FA 5JTYB 2Z23A 4F2QA 4C0RA 1MDQA 4R6KA 4M1VA 3S9LC 2GHBA 1ATGA 4MFIA 5CMBA 4WXJA 1S9TA 4G4PA 3FATA 3TTRA 4NEDA 2I0BA 4IO3A 3VV5A 3A3CA 1B5JA 4M4GA 1OMPA 1R1NA 2DQVA 2VGQA 4Z0IA 4RXLA 1LSTA 4GLIA 2HXWA 5JTYA 3K6WA 4F1VA 2XXHA 3SESA 3RPWA 4JWYA 1II5A 1URDA 1GV8A 3G3KA 1ZJLA 1CB6A 2DVZA 3TTKA 1D9YA 3R7XA 1M5EA 4HCYA 3I3VA 5BUUA 2F97A 3IB0A 4OERA 5AA3A 1FQAA 1B5IA 3T22A 3THIA 3UIFA 5AA1A 1MM7A 3HV1A 3G3IA 1H76A 4O3AA 1A7LA 3H6TA 5FHNA 5BWJA 1JW1A 3ODBA 4TOZA 1Y3PA 3G3FA 4PFTA 2WKYA 3VXBA 3IOUA 4LP2B 1L5TA 4H8JA 4RNSA 5CMCA 3GLBA 3H6UA 1N7XA 2AL4A 4N07A 1NNPA 3LSLA 4LQ5A 4BLAA 3C4MA 2ONRA 1AH5A 3SEWA 5CBSA 2OBGA 3DELB 3CG1A 3IO6A 4E0XA 4KFQA 3HCQA 1H43A 1S7YA 5CMKA 5ELVA 4WEPA 1ZIUA 3MP8A 3TTLA 1VFDA 3RTWB 4N13A 1LCTA 2UXAA 1SI0A 4O3CA 1SQYA 4OTEA 4KCCA 3EHSA 1Y9UA 3CFZA 3UORA 3USDA 3A3UA 4QF9A 2DWJA 4OVJA 3ECRA 4F3SA 4P0GA 5H8HB 4F39A 2V25A 3IB1A 3EHTA 4JXIA 3FV2A 1MXZA 1B51A 1B32A 4YB5A 2O1LA 1URSA 2RINA 4R74A 4KCDA 2HAUA 1MQIA 4KD5A 1BP5A 5AA2B 2DWAA 1YAEA 3PV0E 3G3GA 4AQ4A 2DS9A 1B9JA 2OWTA 2H4IA 1XHYA 1PEBA 2D5WA 2XXWA 1MG1A 4QFOA 1IUDA 3B6WA 3FXQA 5H8HA 3K6UA 4ZZAA 1XVYA 3K00A 3RNNA 4NTLA 2GFEA 1Y4CA 4PFWA 4EXLA 1MDP1 5AA4B 2H99A 1KWHA 3MPKA 5DTBA 1M5FA 1B3GA 1FQEA 2Q89A 1UIVA 1SW1A 4DXBA 3CG3A 2XHDA 1AMFA 1VFEA 4NF4B 4MH5A 3TTNA 1FQCA 3PPNA 2B3BA 1N7WA 4EUOA 3L6HA 1UTBB 1IZ1A 5AA4A 5CC2A 1SYIA 4KR5A 1MH3A 3D4CA 4NF8B 1QJMA 2Q2CA 4GIZA 4Q8RA 4ELOA 3QYTA 2QS3A 5FHOA 3G3HA 3OO8A 5L9MA 4OQOA 3S9MC 2F34A 5CRYA 1OLCA 4GL0A 1B0LA 4NF4A 3ZKKA 3K02A 1QUIA 1SW5A 3VE1B 1MS7A 1EZOA 2ESNA 3K2DA 3TEPA 3MZ1A 3IR1A 3RQTA 4F2OA 3Q29A 1EZPA 4U1ZA 2Z22A 3EHUA 4PFUA 3OO6A 3FV1A 4NF8A 5H8QB 1MXUA 1MY2A 2ONKE 1AL3A 1MY0A 2PYYA 3U93A 1OQHA 2F7CA 5I59B 4OFJA 1Q35A 4JWOA 1SVXB 4Q0CA 3KOSA 5K2XA 1XS5A 2ABHA 3IOTA 1US4A 2A5TA 3S2VA 1SYHA 3FVGA 2I48A 4EQ7A 5DVFA 2ZXTA 3MQ9A 1NKXA 2YLNA 1LFHA 1FQBA 1I69A 1MPCA 5DVJA 5H8QA 4ZS9A 2F7BA 1B7UA 5I2NB 2DYXA 4BDQA 3MP1A 3VLVA 1EH3A 1LBCA 1IIWA 2UVJA 4GVOA 3U94A 5ITPA 2F36A 5KCJB 5CMMA 1OIBA 3MBPA 2RC7A 1SBPA 4PQJA 1MY1A 4X1BA 1O7TA 3O29A 2D21A 4UA8A 4OFLA 2PT1A 4BDRA 2E1SA 3WAFA 4L17A 4NE4A 4DXCA 5I2NA 4RK2A 2H25A 1B3FA 3FGSA 1SDXA 2XXYA 4C1UA 3QIMA 1N04A 3W9VA 2I3VA 3K0VA 4EF1A 1P1QA 5F7VA 1ZBMA 2XXRA 5IKBA 3W9WA 4OHNA 2UYEA 4ZZEA 3KN7A 3M3FA 1IXCA 4THIA 1MXVA 1QKAA 4KHZE 1PB8A 1P1WA 4ZEFA 5L9OA 3O6GA 2DWHA 4RYAA 4R73A 3Q27A 3T66A 4N6PA 5ICQA 1O63A 5EYFA 5LOMA 2HCAA 1R9QA 1MXYA 1MXWA 1PDAA 4IO2A 2RF1A 4JBZA 4HTGA 1FTOA 1OVTA 2FA7A 3PPRA 4PP0A 1WVJA 3W15C 2QMXA 2F6GA 2V93A 5H8NA 4XXUA 4TLMB 3V83A 2G29A 3MUQA 3KBRA 4FE8A 2RC9A 1TXFA 2XX9A 3OEMA 4NWCA 4I9DA 1LAGE 3K6XA 4H65A 2DE3A 2ALUA 2O7IA 1US5A 4F18A 2FNCA 3RLFE 2Z8DA 4DZ1A 4FIMA 1FTJA 1B6HA 2OWSA 3TDJA 4FATA 2HEUA 3CI8A 2ANJA 3TELA 3MZBA 4DCXA 4LONB 3G3JA 3G7WA 3OD7A 1MH4A 3PU5A 5JEIA 4OXVA 3FVOA 4H67A 4P11A 3UGWA 1WODA 3PD8A 3RY3A 3VVEA 4POXA 1YPNA 3MC2A 4TQUQ 5L8DA 3CRBA 1JVYA 3I6VA 5ISUA 3KN8A 3B6TA 2YPNA 4F31B 2Z8FA 3FUZA 1LBBA 4ZEDA 4YU0A 3C36A 1RKMA 4EQ9A 3OMBA 3TAJA 3ILUB 3V8XB 3HHFA 2VP1A 1ZKBA 4NWDA 3SDFA 3UA8A 4H5FA 3MVXA 4JSDA 4G8HA 3JV9A 2I3WA 3TMGA 4F3BA 1QULA 4JWXA 3OO7A 1IXGA 2I0CA 3KJTA 2ZNTA 1ZLQA 3K1PA 3C34A 3FJMA 1NMUA 5K2YA 4KYEA 2ZYOA 1POTA 4FECA 2OZZA 1IXIA 4YKIA 4R6HA 1ELJA 4IY5A 4YKKA 4XKRA 4QFNA 4ZECA 3TZAA 1Y1MA 3PUWE 2F6PA 4OYVA 2B65A 4R2FA 4OESA 1D9VA 2Y7WA 4HW8A 4PETA 5A5XB 4DCYA 4MLQA 3PMXA 1MY4A 1N76A 4ND9A 1OLAA 3QK6A 3IJXB 1B7ZA 3R6UA 1F9BA 4P0IA 3K6VA 3FJGA 4RJZA 4H1XA 3Q25A 1RYXA 1NH7A 2F5XA 2KLFA 3TYHA 2O1MA 4XTCQ 5B70A 1Q1KA 5TP9B 2X7PA 1B40A 1DTZA 1LFGA 1USYH 2Y7PA 2Y7IA 1LCFA 2XXVA 1MQJA 1LB9A 5A5XA 3JZJA 4X48A 4ELQA 1DPEA 2I4CA 4OFOA 1URGA 2UVHA 5I58B 2QS1A 3O97A 2CMOA 4OEVA 4F1YA 1IITA 3H6VA 3OO9A 3Q26A 1A8FA 3SERA 3IL1B 2QRYA 4X9TA 1B5HA 5AE4A 5TP9A 1JEUA 4LATA 2AYSA 4KYDA 2HZLA 5FHMA 1A99A 1CE2A 2DE2A 4OZ9A 3FXRA 2V3TA 3EQ1A 3PMWA 1IEJA 4WEDA 2ZMBA 3DP4A 5I84A 2X26A 3DP8A 3B7DA 5AA2A 2HFBA 1GGGA 1Y3NA 4F29A 1B05A 2H5YA 3HSTA 1SI1A 4GXAA 3T9XB 4IB2A 4I1DA 3OSRA 1MQDA 2HQ0A 4R72A 3RGYA 2O6AA 3N6TA 1A8EA 4K3FA 1USYE 4OMBA 4ESWA 5DEXB 5TPAB 3K01A 3MAMA 3RN8A 5F1QA 4NMYA 3PUXE 2V84A 2R6GE 4YICA 5HM4B 1LFIA 2P0SA 3S9NC 1VE4A 1J1NA 3BKIB 5I57B 3F11A 2VHAA 4QFPA 1PB7A 1M5CA 3T93B 5DEXA 2XD2A 3TKDA 3MVYA 2Q8JA 4G68B 1R9LA 3C31A 1ZMGA 3DP6A 4I8CA 2ZYNA 1UTBA 1MY3A 5EHSA 3H6WA 2AL5A 3ZSFA 3IK6B 2AIXA 2F35A 2PVUA 1NL5A 3IJOB 1SW2A 3MPLA 2ONSA 1LAXA 3SEXA 2NOOA 3FIRA 3TQWA 4GXSB 3PPOA 5I57A 1GR2A 4U22A 2V3QA 3VFJA 3GXAA 4G68A 4BDNA 3RTFB 4H8IA 1DPPA 1M5DA 2Y7RA 3TUSA 4MLVA 1MQGA 3FXUA 1BTJA 3O9PA 3HHGA 1N0TA 1JEVA 5I2KB 3MWBA 3ZKLA 5I59A 3FZVA 2NXOA 3OENA 3C35A 5IAIA 2IA4A 1POY1 2LAOA 4PE5B 2R71A 2Q9TA 4RK9A 1HSEA 2ZYMA 3RT6B 5AA2D 3GBAA 3FVNA 2P2AA 1N84A 1JVXA 1RYOA 1H44A 3M8UA 4GRKA 3KN3A 3KSXA 1VR5A 3O6IA 4EF2A 3PUVE 1TWYA 5KCJA 2XX7A 3MJNA 1H45A 3CFLA 1FQDA 2Y7KA 1PC3A 2HZKA 3OEKA 1A40A 3N5LA 4IGRA 3SKPA 4ECFA 2OJTA 1PB9A 4BDMA 2XXUA 1YCJA 2UVIA 1SW4A 5EHMA 3VLUA 1A54A 2THIA 1EU8A 3LBSA 3FASA 2RCAA 4AB5A 3CFXA 1B1XA 3H06B 1DTGA 3GZGA 3K4UA 3VDFA 2H9BA 2VD2A 3BFTA 1FTLA 3TCFA 3C32A 4JSOA 2V3UA 4ISUA 4POWA 2M8CA 3TODA 1MXXA 3O2AA 2P1SA 2F78A 4WKMA 5I56B 3KG2A 1B52A 3MVZA 3IO4A 5L9SA 1S50A 3UN6A 2Q88A 4OETA 4MF3A 3K1MA 4ZE9A 5KDTB 3KEIA 1Z7NE 4EQBA 3QUJA 3O28A 2XXPA 3KOTA 1D4NA 3Q28A 3DLNA 4GF8A 4Q5TA 4RPNA 1JW5A 4G8MA 1PBPA 1Y20A 2RCBA 4RY1A 3M3LA 5I56A 3UP9A 1TT1A 1N3XA 3TPAA 3FJ7A 4U23A 4ZEBA 3TTMA 1I6QA 2RKMA 1LAHE 4YKPA 2O51A 5TU0A 1OQGA 4FORA 1UQWA 2OK2A 1Y1ZA 4YZZA 1BIYA 1R6ZA 3VXCA 3KZGA 2GHAA 2QJEA 2I6EA 4GD5A 2DWIA 4QRZA 4H0WA 4QSCA 3LSXA 4FJPA 4Q30B 1OVBA 3QAXA 4ZEKA 1QKBA 3QSLA 1O64A 4I62A 1Y3QA 3FVKA 2QL3A 4ELPA 1I6AA 3PUYE 1B3EA 3T96B 4FEBA 3O6HA 3SEYA 4IO6A 4ZDMA 4LUBA 5ITOA 3T9HB 3P7IA 5ICTA 4ELRA 3ZS6A 2XD3A 4LZ7A 4DIGA 1XT8A 3HN0A 4ONYA 3GBBA 1YTVA 2XXXA 4E0WA 2ZNUA 4F1UA 4IO7A 3FD3A 4NF5B 3KSJA 1B3HA 5FTHA 4TLLB 1I6BA 3N94A 5H8FB 4QSDA 2PBWA 3PPQA 2PX1A 3N26A 4QSEA 3CR9A 1GVCA 3CIJA 4GWOA 2O84X 1LAFE 3MVWA 4IO4A 2BJJX 4H5GA 1JNFA 4G8NA 2HAVA 3OXNA 5CI5A 1B4HA 2CZLA 3D4GA 4NF5A 3A09A 4LA9A 1BLFA 5H8FA 1FQFA 4R6YA 4ZEIA 3HO7A 3IX1A 1B7HA 2REJA 5JK4A 4U1OA 1M5BA 1HSJA 3KFMA 3CSGA 3LUYA 3E3KA 3EPEA 2IEEA 4U2RA 3TFLA 5J1DA 1XVXA 3BFUA 4UACA 2VOZA 3SEUA 1B0HA 2Y84A 2O7UA 3PD9A 1H3DA 3LSWA 1IQ7A 4LVQA 2O68A 4U21A 3H7MA 1NH8A 1DSNA 1B4ZA 2XXTA 4RPOA 3IORA 3E4RA 1FTMA 1HSLA 4DE8A 3BBRA 3ONMA 3S4UA 1TFDA 1T0KA 4O3BA 1QUKA 4U4SA 2NWJA 2XXQA 3R26A 3PGFA 5I58A 4ZE8A 3UK4A 4R75A 5DYHA 2RC8A 3TCGA 4JDFA 2XXIA 3C9HA 2UVGA 3B6QA 4F3GA 1AOVA 4R2BA 1XC1A 3N6UA 1B1HA 4YAHX 3PPPA 1ZU0A 4BDOA 1ZTYA 4YMAA 1MPBA 3QXMA 5M2VA 4QHQA 2W7YA 3EN3A 2DP8A 1QVSA 1XOCA 3ILTB 2Z8EA 3S9EA 1VSOA 5DT6A 5H8SA 4YB7A 2OCUA 3IOVA 1MPDA 4XKPA 1NNFA 3I5OA 2D3IA 3MP6A 4QFKA 2E0SA 3V5AA 3SEVA 3U8QA 1SD3A 3CSBA 1LB8A 3H4ZA 4X1DA 4EXKA 3HPIA 5B7DA 5TPAA 1QUJA 2YJPA 3E9XA 2I58A 4DDDA 3JYRA 5DVIA 2ZYKA 2UYFA 2R9JA 1P99A 3T9VA 5CBRA 2F7AA 2PMSA 1Y4TA 4KI0E 3DM0A 1FTKA 3TQLA 2GH9A 2A5TB 4FEDA 3VLWA 2H98A 2DXRA 3VVFA 4KQPA 5FTIA 3KGCA 3TCHA 1P1NA 2DOJA 3PUZE 2XX8A 3M3KA 3VVDA 2I49A 3PMVA 4F3PA 1GTKA 2QSXA 4G77A 3U1OA 4YKJA 3OSQA 3U72A 4R9FA 2A5SA 1UIUA 1NFTA 1P1UA 1NNKA 2I4BA 3L6GA 4GQOA 3IOWA 4KYSA 1B58A 4DXUA 4HCWA 1MM6A 4IY6A 3WAEA 1N3WA 4HS7A 1JQFA 4C1TA 1DMBA 1B3LA 4KPTA 3SETA 2QS2A 2QMWA 3E13X 4F19A 1B2HA 1IXHA 4G68C 1BKAA 2G93A 1P1OA 2NVUB 1QW0A 4YMBA 1AIVA 5KZTA 2FYIA 5I2KA 4XKQA 1UTHB 3AXFA 4GOTA 1NNTA 4NF6B 1MQHA 1D3KA 4ESXA 3V89B 3IAZA 3O66A 3IB2A 1JW4A 4LZ5A 3RT8A 2GRVA 4MBPA 3EF7A 4GL8A 3QUFA 4DLDA 2VD3A 4OEUA 1PBQA 1UTHA 4EDPA 1DOTA 1TFAA 2QPQA 1FW0A 4NF6A 2OLBA 5HPQA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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