4GQOA

2.1 angstrom resolution crystal structure of uncharacterized protein lmo0859 from listeria monocytogenes egd-e
Total Genus 136
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
136
sequence length
404
structure length
404
Chain Sequence
KTKVTFWAAPNPTQVKYWDEMAKAYEKENPDVTIEVSQMKESPSSEATIQSAIASKTAPTMSENINRSFAAQLADSKAIVPLNDVKGLDDVVKERNMSETMDSWKFSDGNQYVLPVYSNPILFAWRLDTLKELGYDAPPKTYSEALEVGKKLKAKYPDKVLWAKGDLSDPTAWMRWFDFFPLYDAASKGNAFVEDGKLVADDKAGTELLTFMSELQKNKLLLASKATDPFETGTSIMADNGPWTFPNWDEKFPELKYNENYAITAPLVPDSMVNEENVATYADSKGVVMYAQATDKEKEAAMDFLKFVYNDDKNDLKFLETTNLIPARDDATENETFTAFFKENPELEVYAANVPYSIPAMDDAKYNDIQQIIGEEAWNPIVRGEKKPTKAWSDMKKAEDGVLQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title 2.1 Angstrom resolution crystal structure of uncharacterized protein lmo0859 from Listeria monocytogenes EGD-e
rcsb
molecule keywords Lmo0859 protein
molecule tags Unknown function
source organism Listeria monocytogenes
total genus 136
structure length 404
sequence length 404
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-08-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13416 SBP_bac_8 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4gqoA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4gqoA02
4DCXA 1JW4A 1MY1A 3O66A 2XXWA 3TKDA 4EQ7A 5KCJA 2NVUB 4YU0A 3G3JA 1N0TA 3IJOB 2V3TA 4PQJA 1FQEA 5FHMA 3W9VA 2E1SA 4GXAA 1UTHA 2H98A 3RT6B 3OEKA 5H8QB 3K6WA 4GD5A 4GL8A 1US5A 1D3KA 1LCFA 3CRBA 1ZMGA 3RN8A 3OD7A 3PPNA 4H1XA 3IORA 2OBGA 5AE4A 5I2NA 5AA2B 4ESXA 5H8NB 3OO8A 3TCFA 3TFLA 4NE4A 3JZJA 2FA7A 5AA1A 1O63A 2DWAA 1B1XA 3H6UA 2Y7PA 2OJTA 3ZKKA 1QVSA 2AYSA 3IO4A 5CMBA 5DTBA 1DPPA 5F7VA 2HXWA 4R9GA 1Z7ME 2UVHA 3QAXA 1JQFA 3IR1A 4XKPA 3LC8A 3GXAA 1BLFA 4QRZA 2XXXA 2OCUA 2RCAA 5CBRA 2O7IA 3S9MC 2M8CA 1PDAA 3C36A 1YCJA 3VXCA 2BJJX 3C9HA 3SESA 1OQGA 4R9FA 3C4MA 1TXFA 1S9TA 3C35A 2Y7WA 1A8EA 4IO5A 5KDTB 3G3FA 3QUFA 3N6TA 1SYIA 4NF6A 3IOTA 5JTYB 2XXVA 4JXIA 4OEVA 4YICA 5CMCA 1MH4A 3DLNA 1YPNA 3DM0A 1ZJLA 2PX1A 3RLFE 1QKAA 4FEDA 4C1UA 4N6PA 3Q26A 2ZMBA 3MW0A 4UACA 2Q9TA 3HCQA 4XIGQ 3W9WA 3CVGA 1XVYA 5HBCA 3O28A 3QIMA 1B3HA 2V93A 2AL4A 2QS1A 4OERA 1FTKA 4F2OA 3JV9A 2DVCA 4DCYA 1MM7A 1DTGA 3CFXA 4DDDA 4IY5A 1MQDA 1MQIA 1DTZA 1LBBA 1OVBA 4EF1A 4N13A 5I57A 4ELQA 2GFEA 4ZEBA 4KCDA 3IAZA 1OVTA 2O1LA 4ELPA 3CFLA 2A5TA 1MXXA 1FQCA 1PBQA 3QXMA 4KYEA 4OFLA 3U8QA 3TTMA 4PFWA 4E0WA 4G8NA 1M5FA 2D3IA 3FVGA 4OETA 1VFDA 1Y9UA 1EH3A 2DSFA 3QUJA 4GXSB 4JWYA 2UYFA 1A40A 1QW0A 3BBRA 2I48A 3C33A 1OMPA 2ONKE 3M8UA 3TTNA 1MH3A 1P1QA 4GLIA 3KFMA 3MPLA 3KN8A 3EN3A 1ZTYA 2ZYMA 2OWSA 3TPAA 4YAHX 4LP2B 3FXRA 3C32A 3OEMA 1S7YA 3O97A 1VSOA 4IB2A 4OENA 3KBRA 2RC9A 1FCKA 1FTJA 5TPAB 2XX9A 4OQOA 4R6HA 4ZEDA 2THIA 3RQTA 4LQ2A 5HM4B 2DP8A 1AOVA 1NNFA 4QSEA 1KWHA 4QFOA 3IB0A 1OQHA 5CI5A 2XHDA 4U1ZA 1LAXA 4R74A 1J1NA 2R9JA 4TLMB 1EZOA 3B6WA 3S4UA 1EZPA 3T66A 2ZNSA 2ZNUA 1AL3A 1RYXA 2I4CA 1PB7A 4DZ1A 2XXRA 2Y84A 2RCBA 1A8FA 2RC8A 2VGQA 4IGTA 4ZECA 1B52A 1N84A 3VFJA 5DVFA 1IXIA 2O68A 1MQHA 3PUXE 1QUKA 4KR5A 1BTJA 4ISUA 2YLNA 4O3CA 5H8HB 1Y3NA 3N5LA 1M5CA 1SW5A 1NNKA 4ZDMA 3RNNA 1SI0A 4FJPA 3UGWA 4F1YA 1B7UA 3HV1A 1ATGA 2XX7A 3BFTA 3GBBA 1M5EA 4M4GA 2DXRA 2OLBA 3HO7A 4GF8A 2UVIA 1SDXA 1WVJA 2O7UA 3VE1B 2PT1A 4IO2A 3A09A 4MBPA 1S50A 4C1TA 3IK6B 3OELA 4POWA 3RT8A 1B4ZA 1B5JA 2XX8A 2NWJA 3FUZA 2GHBA 1Y20A 2CMOA 3TTRA 4F2QA 3ZKLA 1BIYA 3U93A 4LUBA 1NL5A 3SDFA 4F1VA 2GHAA 1PC3A 3O2AA 3OO7A 4WEDA 2OK2A 3MQ9A 3PMXA 4AB5A 1USYH 1D9VA 3LUYA 4ND9A 3ILUB 3GZGA 2DQVA 2XXTA 5KZTA 2X7PA 2NXOA 2DYXA 1MRPA 3FIRA 2A5SA 4G2ZA 1NNPA 4AB6A 2VD2A 1B0LA 1SBPA 3TDJA 2V3QA 2Y7RA 1R9LA 5M2VA 5IKBA 3PUWE 2DS9A 3LBSA 2F6PA 4H0WA 4F3GA 3M3KA 3ONMA 2XXYA 2REGA 4RK2A 1Y1ZA 1UTBA 4R2FA 4X1DA 4YKIA 3AXFA 4ZEKA 1MY0A 1OLAA 1SW1A 3TUSA 1SYHA 1A54A 5IAIA 1B0HA 1B3EA 1MQGA 4L17A 3FVKA 4JSDA 4YMBA 4R75A 1QUIA 4UA8A 1QJMA 4QFLA 2OWTA 4NF5A 1HSLA 2Z8DA 5I2KA 3KOSA 2HZKA 4YMAA 4YKPA 4RJZA 3RPWA 2UXAA 5I59B 3CFZA 1B3GA 3FJMA 1IZ1A 1SW4A 4EQ9A 2I3VA 2RF1A 3HPIA 4H5FA 2KLFA 4MF3A 1R9QA 5FTIA 3U72A 2X26A 4EUOA 5ICTA 3OOAA 3T22A 3FV2A 1PB9A 3IOWA 5FHNA 1Y3QA 3K1PA 4DXBA 2QSXA 5L8DA 1N7WA 4XKRA 1NH8A 4JBZA 2A5TB 2XXQA 4ZZAA 2F7BA 1GVCA 4H8IA 1P1NA 4NF8B 4X1BA 3PUVE 4NWDA 3RTWB 4QFNA 4ESWA 3WAEA 4FIMA 3PMWA 4OXVA 3C31A 2OZZA 2F7AA 5I56A 5CMKA 1SQYA 3VV5A 5AA4A 5ITPA 3IL1B 4IGRA 2FNCA 1IITA 5L9SA 1MPDA 2ZXTA 3R6UA 1Z7NE 3FJ7A 2D21A 4PP0A 4NWCA 4NEDA 2XD2A 3EPEA 4X48A 2Q8JA 4YB6A 3EQ1A 4DLDA 5EHMA 2ZNTA 2E0SA 1N3WA 3VVFA 2Y7KA 5CMMA 2VP1A 3G3IA 1LCTA 1B2HA 3IX1A 4WEPA 4RXLA 4FORA 4QHQA 2PT2A 1POTA 5ELVA 1MXUA 4OEUA 3OXNA 4P0GA 3Q29A 1DOTA 2F97A 3SEYA 2H4IA 1Y3PA 2Q2AA 1D4NA 5BUUA 4JB7A 2R71A 4QSCA 5ICQA 4G68B 4OMBA 2I6EA 4GL0A 5I58A 4O3AA 5A5XA 4BDOA 3Q25A 3PD8A 4LZ5A 1LFHA 3UORA 4Q30B 3D4CA 4H6DA 2ZYKA 3H3GA 3VVEA 3QSLA 4Q5TA 4YB7A 4RPOA 2XD3A 3MZ9A 3G3HA 1RYOA 3O6IA 4LQ5A 3ZS6A 1D9YA 5H8FB 3LSWA 4R6YA 3VXBA 4PFYA 2REJA 2V3UA 4QFKA 3E13X 4FATA 1NMUA 5JEIA 1B6HA 1VR5A 4DE8A 3FGSA 4NF4B 4GFRA 3UN6A 3ODBA 3FVNA 2X7QA 3K0VA 3HHGA 4KCCA 3UP9A 3MP8A 1LGBC 3IOVA 2DOJA 1WODA 3K6XA 4I8CA 1JVXA 3K01A 4OHNA 2VHAA 3MJNA 5TU0A 3Q27A 5J1DA 1H3DA 3KSXA 4F19A 4O3BA 3TAJA 4OFOA 3U1OA 1R6ZA 4QF9A 3RTFB 4BDNA 1N3XA 1MDP1 1B4HA 3O9PA 3K2DA 5H8QA 1LSTA 2B3BA 4XTCQ 1DSNA 1ZU0A 4U2RA 3PMVA 3ILTB 5DEXB 4F3BA 4IY6A 1P1OA 1JW1A 2V84A 4U4XA 5AA2A 4OWDA 2F8DA 4JDFA 5H8NA 1MXZA 3TQLA 1XHYA 3T9UA 1XS5A 3JYRA 4I62A 2XXPA 3MVYA 1B5IA 1DMBA 1B40A 3VLWA 1MS7A 4FECA 3B6QA 5BWJA 3T9VA 3CIJA 1GGGA 3PPPA 5TP9B 1O64A 1IUDA 2DXYA 1N76A 3DP8A 1M5DA 1HSEA 1B1HA 2F7CA 4IO3A 2DWJA 1IXCA 1LB9A 3KG2A 2QMXA 1MXYA 4R2BA 2F78A 3FV1A 4GWOA 1IXGA 1LB8A 3V8XB 3TELA 3R7XA 5B70A 3MP1A 1XOCA 1VE4A 3PU5A 3O29A 3GBAA 4R72A 4FEBA 1L5TA 2QJEA 3HN0A 4POXA 1GR2A 2ESNA 2IA4A 2QS4A 5EHSA 3MVZA 5KDTA 3RY3A 5KCJB 4I9DA 5JTYA 2O84X 1EU8A 5AA2D 3A3UA 3FJGA 3UK4A 3SKPA 2R6GE 3VLVA 4JWOA 2F36A 2NOOA 3MBPA 1UTHB 5L9OA 1WDNA 1MY2A 2DWHA 4WXJA 1RKMA 1AH5A 4RNSA 1Q35A 4LONB 4DXUA 2ZYNA 2H5YA 1I6AA 1IXHA 1LAHE 2P1SA 2I58A 2FYIA 3MP6A 5I2NB 1Y1MA 3M3LA 2P2AA 3TQWA 4ZE9A 3E4RA 1T0KA 4GOTA 3G3KA 4HTGA 1P1WA 1II5A 1B7HA 1O7TA 4TLLB 3S9EA 3MC2A 4ZS9A 3PD9A 4YB5A 2DWIA 4FE8A 1B5HA 1JEUA 3OENA 3FASA 1MPCA 3N26A 1M5BA 1B46A 4G77A 5HPQA 3K4UA 1URDA 5FHOA 3SEWA 3VVDA 1UQWA 1XT8A 3VDFA 3E9XA 3DP4A 1A99A 2ALUA 3MZBA 4RK9A 2HQ0A 1P1UA 3BFUA 2W7YA 2RKMA 1FW0A 4LATA 4GIZA 3DP6A 4R6KA 3H6WA 5JK4A 1P99A 4P0IA 3K1NA 1FTOA 3L6GA 3B6TA 4YKJA 1H45A 4PETA 4HS7A 4NF6B 4JWXA 4QFPA 3T9HB 2XXUA 2ZYOA 4XKQA 4XKNA 4HCWA 5ISUA 1QUJA 2Y7IA 3O6GA 3SEVA 2LAOA 4YZZA 3U94A 5FTHA 5TPAA 3CG1A 2O6AA 2AIXA 3PV0E 5K2XA 3FZVA 4HW8A 5ITOA 4RA1A 2ONSA 1F9BA 4U4SA 4G8HA 5AA3A 4BDMA 1FTLA 3OMBA 3T93B 2RC7A 1LFGA 3R26A 4ZEFA 3IB2A 2I3WA 3LSXA 4H65A 4MH5A 3HSTA 4ECFA 4Z0IA 3K6VA 2B3FA 1JETA 1SVXB 1PB8A 1XVXA 3SEUA 3RGYA 4BLAA 3PUYE 5I57B 2HAUA 4KYSA 3KEIA 4U1OA 3BKIB 3TCGA 4RY1A 3VLUA 2G93A 3H06B 1H44A 3K6UA 5H8HA 4LVQA 4F1UA 1URGA 3QYTA 5LOMA 2PBWA 2ABHA 4LZ8A 3QK6A 4BDRA 5B7DA 1Y4TA 3L6HA 1H76A 2IEEA 2YJPA 4ZE8A 3I3VA 3G7WA 2UVGA 1AIVA 3OSRA 3MUQA 3K00A 4M1VA 1A55A 4IO7A 3TYHA 1FQBA 4Q0CA 1IQ7A 4F18A 1B7ZA 1ELJA 2PVUA 2I4BA 3IJXB 3IO6A 3KSJA 3TEPA 1B3FA 3K1MA 4G4PA 3TMGA 3H7MA 1QKBA 4U22A 3C34A 3A3CA 3MVWA 4FAJA 2HZLA 3PPOA 2F34A 4TOZA 4N07A 3N94A 2H9BA 2G29A 1GV8A 3IOUA 4WKMA 4YKKA 2Z23A 3T96B 1YAEA 4QSDA 1B58A 4LA9A 1ZIUA 3UA8A 4C0RA 4KI0E 3CSGA 1R1NA 1TT1A 1POY1 1Q1KA 1FQAA 1LFIA 3MAMA 4ELRA 1TFDA 4TQUQ 4GRKA 1FTMA 3O6HA 4OYVA 2XXHA 2Z8EA 3K02A 4BDLA 4F29A 2HFBA 1USYE 4Z7EA 1FQDA 2Z8FA 2H99A 5DVIA 2GH9A 2QPQA 4KPTA 1I6BA 2Q89A 3CI8A 2VD3A 2I49A 3USDA 4F22A 1CE2A 1SW2A 1LAFE 3LSFB 1HSJA 2RINA 5I59A 2DE3A 4KFQA 1N7XA 3FXUA 3PUZE 4HCYA 5F1QA 1SI1A 2HCAA 3OO9A 1B05A 5DVJA 4F39A 3V83A 3H6VA 4H5GA 2NUVA 1A7LA 2XXIA 1OIBA 4H8JA 1MY4A 1ZLQA 3CSBA 4OTEA 4X9TA 2QS3A 1BKAA 4EQBA 3LSLA 3SETA 4NF8A 1MG1A 4F3PA 3P7IA 3PGFA 4MLVA 4KYDA 2YPNA 2GRVA 1BP5A 2QL3A 1IIWA 4ZZEA 5CC2A 5DYHA 2V25A 4OFJA 3KGCA 3SEXA 3TTKA 1MY3A 3KN7A 4BDQA 4OESA 2ANJA 1B3LA 2I0BA 1DPEA 2UYEA 3MVXA 1NKXA 3EHUA 5EYFA 4AQ4A 3MWBA 5DT6A 3N6UA 3FATA 1AMFA 1N04A 3KJTA 1UIVA 1B32A 3E3KA 4U23A 3DELB 3WAFA 1EZ9A 3FXQA 3M3FA 1UTBB 4NMYA 3EHSA 4EF2A 4IO4A 3B7DA 4DXCA 3RUMA 2DE2A 2H25A 4EXKA 3S2VA 3KN3A 3S9LC 3H4ZA 4PFTA 4EDPA 3OO6A 4KHZE 5L9MA 3V5AA 1MDQA 4G68A 4NF5B 4F3SA 3CG3A 5I2KB 3I5OA 1ZKBA 4U21A 1JVYA 4DIGA 4RYAA 2Q2CA 4LZ7A 4P11A 4KQPA 2WKYA 3CR9A 5CRYA 1MXWA 1URSA 1MQJA 3ZSFA 4THIA 1LLSA 1TWYA 1NFTA 2QS2A 4MFIA 3I6VA 1VFEA 2DVZA 3EF7A 4Q8RA 2DE4A 3FD3A 5H8FA 1ANFA 2HAVA 2VOZA 1NNTA 3KZGA 2O1MA 4XXUA 4ZEIA 4EXLA 3H6TA 2QRYA 4ONYA 3TTLA 3TCHA 1LBCA 5I84A 3IB1A 4NF4A 3LR1A 1H43A 5I56B 3GLBA 4IO6A 4JSOA 3V89B 2D5WA 1ZBMA 2B65A 5AA4B 3D4GA 4OVJA 3W15C 3SERA 2AL5A 4K3FA 3U92A 2ONRA 4PE5B 1YTVA 3PPQA 4NTLA 1CB6A 4R73A 4MLQA 1Y4CA 1TFAA 4G8MA 4PFUA 2QMWA 3HHFA 4ELOA 3TODA 2O51A 1PEBA 4GVOA 5CM6A 1SD3A 1I69A 1JW5A 3KOTA 2Q88A 3OSQA 5DEXA 2F35A 3H03A 3EHTA 2Z22A 1MXVA 2F5XA 3THIA 4E0XA 5CBSA 2PMSA 3T9XB 2CZLA 3Q28A 1MM6A 3FVOA 4RPNA 3MPKA 3TZAA 5I58B 5A5XB 4G68C 2HEUA 1MPBA 1UIUA 4OZ9A 1QULA 3PPRA 1OLCA 1I6QA 3S9NC 4H67A 1LAGE 1FQFA 5K2YA 1NH7A 5TP9A 4KD5A 1PBPA 1B51A 1B9JA 3MZ1A 2F6GA 3UIFA 2I0CA 4F31B 1US4A 3ECRA 1GTKA 2O69A 2UVJA 1IEJA 2PYYA 3G3GA 3F11A 4GQOA 1JEVA 5H8SA 1JNFA 4I1DA 1XC1A 2P0SA 3KJ7A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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