4GWOA

Crystal structure of ligand binding domain of lysr family member,cysb in complex with sulfate from salmonella typhimurium lt2
Total Genus 72
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
72
sequence length
239
structure length
239
Chain Sequence
EHTWPDKGSLYIATTHTQARYALPGVIKGFIERYPRVSLHMHQGSPTQIAEAVSKGNADFAIATEALHLYDDLVMLPCYHWNRSIVVTPDHPLAATSSVTIEALAQYPLVTYTFGFTGRSELDTAFNRAGLTPRIVFTATDADVIKTYVRLGLGVGVIASMAVDPLADPDLVRIDAHDIFSHSTTKIGFRRSTFLRSYMYDFIQRFAPHLTRDVVDTAVALRSNEEIEAMFQDIKLPEK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structure of ligand binding domain of LysR family member,CysB in complex with sulfate from Salmonella typhimurium LT2
rcsb
molecule keywords HTH-type transcriptional regulator CysB
molecule tags Gene regulation
source organism Salmonella typhimurium
total genus 72
structure length 239
sequence length 239
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-09-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00126 HTH_1 Bacterial regulatory helix-turn-helix protein, lysR family
A PF03466 LysR_substrate LysR substrate binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4gwoA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4gwoA02
4GVOA 3PUXE 1FQEA 1DMBA 4LATA 4NE4A 2OBGA 4IO3A 2QMWA 3GLBA 2P1SA 3GBAA 2DXRA 4OFOA 5KDTB 1MQIA 3HN0A 3O2AA 1QUIA 3FV2A 5FTIA 2QS3A 4ZDMA 4WKMA 5JK4A 1OQHA 1M5EA 1XOCA 4C1TA 3U92A 3I6VA 2GHAA 2D3IA 3UGWA 2XXPA 4O3CA 4POXA 3O6IA 3QSLA 5DVJA 4QFLA 1MY2A 4PQJA 4F31B 4Q30B 4TOZA 2CMOA 4U1ZA 1MPCA 4Z0IA 4P0GA 4EQ9A 4F19A 2I3WA 3Q25A 1MM6A 2A5TA 4U23A 3L6GA 2CZLA 4PFTA 1OVTA 4N13A 2WKYA 4RYAA 2XD3A 3H6VA 5H8SA 3TMGA 2DWJA 2UXAA 1IXCA 1B5HA 2PBWA 5HBCA 5CMCA 4YKPA 1USYH 1QW0A 3G3KA 2RF1A 1POTA 2O7IA 4F3SA 4ZEKA 2ZYOA 1NFTA 3TZAA 3I3VA 1MXWA 4XKQA 3CRBA 4AB6A 3EF7A 4BDRA 3ECRA 3PD9A 1JW5A 4FEBA 1A8EA 4NWDA 4OXVA 5LOMA 4WXJA 4RNSA 3LSWA 2OWTA 5CC2A 1Y20A 4R75A 3ODBA 1OIBA 1FTOA 2XXIA 2Q8JA 4KYDA 2RINA 1FQAA 2O6AA 1ZKBA 4UA8A 2A5TB 4RK9A 1SBPA 1RYXA 5DT6A 2HAUA 3VXBA 5ELVA 2PT2A 3DP6A 4IGRA 4OERA 4EUOA 1UTBA 1Z7ME 1M5DA 4DCYA 2F78A 1MH4A 2V93A 4I8CA 1B05A 2F5XA 4GXAA 3RY3A 3MVYA 2UVGA 4QHQA 1LBCA 5AA4B 2O68A 4R74A 3KJ7A 3PMWA 4H6DA 1OVBA 1IQ7A 3D4CA 3O9PA 4F2OA 3WAFA 3TTLA 4IO2A 2X26A 1N04A 3QUFA 4AQ4A 4U2RA 4KI0E 1MQHA 2V3QA 2YPNA 3DELB 1MPBA 3V83A 4RA1A 4GWOA 4ELQA 3H06B 3MVXA 2UVHA 1NNKA 3HV1A 5FTHA 1A8FA 1Y9UA 1LAGE 5EHMA 1USYE 1DOTA 4FJPA 2P0SA 4QSDA 1FCKA 3G3FA 3RUMA 3C31A 3K1PA 5DVFA 2XX8A 3V89B 2F7AA 3TCHA 3HCQA 1N3XA 2Y7WA 1I6QA 1MY1A 1S7YA 3PMVA 1URDA 4U1OA 3CG1A 3U94A 5CM6A 3OENA 4X48A 4MLQA 3T9XB 1PBQA 4HTGA 3IAZA 2QRYA 1MY0A 4BLAA 3ILTB 1JW4A 4ND9A 3TTKA 4HW8A 1Q1KA 1NH8A 4YU0A 4OETA 4M1VA 5ITPA 1B7ZA 1H3DA 3P7IA 4OZ9A 1SW1A 1VSOA 3KN3A 4F39A 3FV1A 2I6EA 3GZGA 1SW4A 4ZEBA 3F11A 1ZJLA 4C1UA 2AL4A 2RCAA 4DE8A 4IY5A 3OEKA 1H44A 4LVQA 5CMKA 2XXHA 1QVSA 3RT8A 3MPKA 3FASA 4G68A 1A54A 3RT6B 2Z8FA 3T96B 3FVGA 1I6BA 5I59A 4NTLA 4E0XA 3T9HB 4F3PA 1ZIUA 4GL8A 5L9OA 3N26A 5A5XA 1EZPA 4L17A 5CRYA 1KWHA 2W7YA 3G7WA 1EZ9A 1B3FA 2B65A 4JXIA 4TLLB 5B7DA 3GXAA 1XT8A 3R7XA 3TQWA 1B3HA 2I58A 4GQOA 2DOJA 4PP0A 2DE2A 4DDDA 3FXQA 3K2DA 2HZLA 3RGYA 1OLCA 4HCWA 2H4IA 4TLMB 3SESA 5B70A 1NKXA 4G68C 3UN6A 1OMPA 1UIVA 2QS4A 2PVUA 5FHOA 2QPQA 1Y1MA 4QSEA 4MF3A 5I57A 2AIXA 2IEEA 2NWJA 3DP8A 1Y4CA 4KPTA 4H8IA 3K02A 1GVCA 2O51A 1WVJA 2ZNTA 2F8DA 3TQLA 3KN7A 4R2BA 5I59B 4PFYA 1JEVA 3PPPA 3CG3A 2I4CA 1P1OA 3PU5A 5A5XB 4M4GA 1MXXA 3T93B 1LAHE 4OQOA 3IOUA 3K6WA 2F6PA 3LSFB 3LBSA 2H99A 3MZ1A 2PX1A 3MUQA 3HHFA 3S9NC 4JSDA 2H98A 4YB6A 4G4PA 4G77A 3CFLA 4ECFA 1NL5A 4OEUA 3A3UA 2UVIA 4F1UA 2AL5A 1B0HA 3KSXA 4QFPA 3KZGA 3C4MA 5FHMA 4OESA 2XXQA 3KN8A 4X9TA 3S4UA 1TXFA 2Y7KA 5H8FB 4ZZAA 3FVKA 4R73A 2DWIA 2DS9A 3QIMA 1US5A 4MH5A 3VDFA 3K6VA 1MXUA 1XC1A 1B2HA 1MQJA 4KCDA 5HM4B 2LAOA 3EQ1A 3V8XB 2XXWA 2VOZA 3E13X 1PEBA 3OD7A 2A5SA 3QUJA 1D3KA 2FNCA 4NF5A 4G8NA 3PD8A 3RNNA 3V5AA 4X1DA 4GFRA 3FJMA 4U21A 3L6HA 1ANFA 3SDFA 2AYSA 4ZS9A 5IKBA 4BDMA 3RN8A 1P1UA 3N94A 4RY1A 3KBRA 3MZBA 3H3GA 3MP1A 3U93A 3U72A 3W15C 3Q27A 1F9BA 3JV9A 1VFDA 1MH3A 3VXCA 1ZLQA 5I84A 1VR5A 4JBZA 4OVJA 4U4SA 1O7TA 3O66A 3UIFA 1A99A 2H25A 3N6UA 1IUDA 1FW0A 4LZ7A 2IA4A 3LR1A 5I58A 3TEPA 3KGCA 5HPQA 1R9QA 3GBBA 2REJA 2BJJX 1LFHA 1DPPA 5ICQA 3MZ9A 3M3FA 5I56A 4XKNA 1JVYA 2VD3A 4U4XA 1H76A 4IO5A 4MFIA 4WEDA 2D5WA 1AL3A 2HEUA 5JTYA 2RC8A 4NF5B 1QKBA 3VE1B 5CI5A 4HCYA 3FGSA 2I0CA 2NUVA 4ELOA 3K4UA 2DQVA 4H67A 3CIJA 4KYSA 2DP8A 3M3KA 1OLAA 3K01A 2FA7A 1IXHA 3TODA 1JEUA 1FQCA 3O29A 5I2KA 4ESWA 2XXYA 4FIMA 3OO7A 2VP1A 2Z23A 4PFUA 2VD2A 1SW2A 2HQ0A 5AA3A 2Q88A 2OJTA 3ZSFA 1GTKA 1I6AA 1UTHA 3BKIB 4LQ2A 1QUKA 1HSLA 3OOAA 4K3FA 4QFNA 3VLVA 3IOWA 5I58B 1NH7A 4RJZA 1MY3A 4N6PA 1AMFA 4YKIA 1MQGA 1M5CA 4HS7A 1NNFA 3K1MA 1EU8A 3OXNA 2UYEA 5L9MA 1B5JA 4FEDA 1Y3QA 3U8QA 3PMXA 1MPDA 3B6WA 4JSOA 2VGQA 3EN3A 4F1YA 4BDQA 3LC8A 2F36A 1ZTYA 5CBRA 2QS2A 1IZ1A 4F22A 4OYVA 2ZMBA 4KHZE 2XD2A 1XVXA 1MY4A 5I2KB 2I3VA 3UORA 3C36A 4NEDA 4LUBA 5TPAA 3KSJA 3C32A 4OMBA 3QYTA 5K2YA 1SW5A 3DP4A 4JB7A 4DZ1A 2XXXA 1UTBB 1UTHB 4P0IA 2ZXTA 3C35A 3HPIA 4NF6A 3E9XA 1CB6A 4ZEIA 2DVZA 1LAXA 1FQFA 2O69A 2Q2CA 4LP2B 2ZYKA 1FQBA 1PDAA 3ZS6A 2ZYNA 1DSNA 3BFUA 1Y3NA 3H6TA 4KCCA 5DVIA 3MBPA 3K6XA 3PPQA 3IX1A 1N3WA 2H9BA 4ZEFA 1Q35A 4XXUA 5DYHA 1A55A 4EXKA 5DEXA 3IK6B 4RPNA 2DWAA 2VHAA 4I62A 3EHUA 2OCUA 4JDFA 4FECA 3MPLA 4IGTA 2Y7PA 3MVWA 3UP9A 3FZVA 1LCFA 2UVJA 2DYXA 1AH5A 4LZ8A 2ALUA 1WODA 2R9JA 3PPOA 2RKMA 1SYHA 2NXOA 1Z7NE 1FTJA 2P2AA 1IEJA 3O97A 5TPAB 4I1DA 5F7VA 1EH3A 1FTKA 1LLSA 2ONKE 1SDXA 5J1DA 4F18A 2O7UA 1B51A 1MQDA 1J1NA 4RXLA 2QMXA 3DLNA 1YCJA 3B6TA 1RYOA 4U22A 1IXGA 4WEPA 4KQPA 4KYEA 3B7DA 2GHBA 2H5YA 3K00A 1H45A 4E0WA 2HZKA 1I69A 4JWOA 3JYRA 3I5OA 1VE4A 3VVEA 2Q89A 4EDPA 4G8MA 3O6HA 1NMUA 3A3CA 2V3TA 2GFEA 3FXRA 3OMBA 3IO4A 4YICA 3THIA 1HSJA 5H8QA 3RQTA 4BDOA 1LSTA 1B3EA 3KOSA 5KCJA 4H65A 3OSQA 3E4RA 2B3FA 3MP6A 3TDJA 3SEVA 5H8HA 3IORA 1BKAA 4OWDA 4F29A 3PUZE 1LCTA 3EHTA 4LQ5A 3TCFA 3IJOB 3VLWA 4ZE8A 1JW1A 3PGFA 1B4ZA 3M3LA 1MM7A 4R6HA 4ONYA 4G68B 4YMBA 4N07A 4F3BA 1SYIA 2V3UA 3TPAA 4DXUA 1B9JA 1YPNA 1ELJA 3HSTA 2XXUA 4R72A 3LUYA 3LSLA 4MLVA 3IOTA 4BDNA 3UK4A 4QRZA 4O3AA 5AA2A 2X7QA 4OFJA 1VFEA 2UYFA 3MAMA 1MXVA 5KZTA 2F6GA 2I49A 3TUSA 5ICTA 1B0LA 1AOVA 3N6TA 5AA1A 4H5GA 2HAVA 4OEVA 1GV8A 3TELA 1RKMA 2YLNA 1B4HA 5H8QB 4BDLA 4QFOA 3FJ7A 5CMMA 3USDA 1B6HA 3KOTA 3EPEA 3CI8A 4X1BA 3KFMA 3O28A 3CFZA 3TCGA 4ESXA 4GLIA 5H8HB 4KR5A 1FTLA 1B3LA 1MDP1 5I57B 2I48A 1L5TA 5FHNA 3U1OA 1B58A 5EYFA 4IB2A 2I4BA 4GOTA 4R9FA 1P99A 3O6GA 2RC7A 1P1QA 3QK6A 3K6UA 4FAJA 2R6GE 3TTRA 2O1MA 3TTNA 4H1XA 2HXWA 2Z8EA 1B40A 2ZNSA 5CBSA 3SEWA 4DXCA 4QF9A 3C9HA 2X7PA 3H4ZA 2XX9A 4OTEA 5ISUA 2M8CA 1B7HA 2XXVA 5AA2B 2DE4A 1US4A 4G2ZA 4RK2A 1T0KA 2HFBA 2O84X 5I2NA 1LB8A 2V25A 2F97A 3KEIA 3KJTA 4ELPA 4THIA 4FATA 1ZMGA 5L8DA 3T22A 3FXUA 3A09A 1O64A 1HSEA 5EHSA 4GD5A 4OHNA 3SEUA 3DM0A 1ZBMA 1B7UA 4F2QA 2QSXA 2RC9A 2Q9TA 4JWXA 3G3IA 2NOOA 3OEMA 1PB9A 3MJNA 3VFJA 4Z7EA 3VLUA 5AE4A 4ZE9A 4QFKA 2ONSA 2Y7RA 4G8HA 2Y84A 3TKDA 4DIGA 3PPRA 4GRKA 4P11A 3T66A 3QXMA 1BLFA 4LA9A 3PUVE 3OO8A 3C34A 1PBPA 3QAXA 2OWSA 2YJPA 3MP8A 5TU0A 2QL3A 4ZECA 4XIGQ 1R6ZA 5AA4A 3FIRA 1BTJA 1OQGA 3FUZA 1SI1A 1AIVA 2RCBA 3AXFA 3RLFE 1MXZA 5I2NB 2QS1A 5TP9A 3CVGA 4YB5A 1JNFA 4YKJA 2THIA 4Q0CA 4H5FA 1JQFA 3ZKLA 2PYYA 1PB7A 3IB2A 1TFDA 4GL0A 3SEYA 4YAHX 2GRVA 3SEXA 4AB5A 4F3GA 3MC2A 1B52A 3M8UA 3IO6A 4MBPA 1R1NA 1A40A 5L9SA 2XX7A 1CE2A 4IO6A 1GR2A 3W9VA 2ESNA 4Q5TA 3OELA 3FJGA 3MQ9A 2FYIA 1TT1A 4YMAA 4IY6A 1GGGA 3IR1A 2QJEA 1UQWA 1XS5A 5I56B 4YZZA 1LB9A 3HO7A 2E1SA 3SETA 4NF4A 3PV0E 3Q26A 5JTYB 4C0RA 1XHYA 1D9YA 4EQ7A 1XVYA 3CFXA 1N0TA 4Q8RA 3PUYE 3N5LA 3IOVA 3VV5A 1FTMA 3TYHA 3S9EA 2I0BA 3IB1A 3S9MC 3PPNA 1LGBC 1B5IA 1QUJA 4NF8A 1IIWA 4R6YA 3PUWE 1M5BA 5IAIA 5TP9B 1FQDA 1N7WA 3S2VA 2G29A 3H6WA 4PETA 1IXIA 5JEIA 1QULA 3TAJA 1B1XA 1N84A 2F7CA 4EQBA 4O3BA 3K1NA 1TWYA 4PFWA 4OFLA 1H43A 3ILUB 4H8JA 1EZOA 4EF1A 2PT1A 5BUUA 1DTGA 3ONMA 1II5A 1PC3A 3G3JA 4EXLA 3VVDA 3KG2A 3OO6A 1A7LA 4DCXA 2DVCA 1SQYA 1D4NA 4FE8A 4FORA 1JVXA 4POWA 1DTZA 4XTCQ 1QJMA 5M2VA 1TFAA 4NF4B 3R26A 3IB0A 4NMYA 5F1QA 3E3KA 3G3HA 4H0WA 4TQUQ 3FVOA 3K0VA 3R6UA 2ONRA 1NNTA 3TTMA 1UIUA 1BP5A 4NF8B 2DSFA 1YAEA 4GF8A 3RTFB 2DWHA 1N76A 3D4GA 1SD3A 4KFQA 4DLDA 3SKPA 1DPEA 3CSGA 2ABHA 3LSXA 1MS7A 3WAEA 1P1WA 2REGA 3C33A 2XXTA 1POY1 1Y4TA 3FD3A 4PE5B 4NF6B 3MWBA 2GH9A 5H8NA 1WDNA 2F7BA 3VVFA 4QSCA 3T9VA 4GXSB 4LONB 3IL1B 2Z8DA 3T9UA 3BBRA 4LZ5A 2OLBA 2Q2AA 4EF2A 2Y7IA 3TFLA 1B46A 4YKKA 3UA8A 3IJXB 3EHSA 4XKPA 4YB7A 3G3GA 1MRPA 2HCAA 1QKAA 3MVZA 1URSA 3H7MA 5DEXB 2XXRA 3H6UA 1URGA 3HHGA 1MDQA 1LFIA 2DXYA 3MW0A 2B3BA 1ZU0A 1LAFE 5K2XA 1JETA 3W9WA 2KLFA 2ZNUA 3Q29A 5CMBA 2XHDA 3CSBA 1B32A 2OK2A 1Y3PA 4DXBA 4R2FA 1SVXB 1Y1ZA 1ATGA 1M5FA 2NVUB 3B6QA 5DTBA 3BFTA 4KD5A 5H8FA 2R71A 3JZJA 1MG1A 1O63A 2V84A 3SERA 4ZZEA 3ZKKA 3RPWA 4XKRA 5H8NB 5ITOA 4ELRA 2DE3A 4GIZA 5KDTA 3OSRA 1S9TA 3S9LC 2PMSA 5AA2D 1B3GA 4JWYA 4RPOA 1SI0A 1R9LA 4IO7A 3FATA 2ANJA 2F35A 1BIYA 4OENA 1YTVA 1LBBA 2OZZA 3OO9A 5KCJB 1NNPA 3FVNA 2D21A 1B1HA 4IO4A 1N7XA 1LFGA 4R6KA 4F1VA 1D9VA 4R9GA 1S50A 2E0SA 3CR9A 5BWJA 1MXYA 1IITA 4ISUA 3H03A 2F34A 2O1LA 2G93A 4I9DA 4NWCA 1PB8A 2Z22A 1P1NA 4ZEDA 2ZYMA 4UACA 3Q28A 3RTWB
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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