4GXSB

Ligand binding domain of glua2 (ampa/glutamate receptor) bound to (-)-kaitocephalin
Total Genus 85
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
85
sequence length
258
structure length
258
Chain Sequence
KTVVVTTILESPYVMMKKNHEMLEGNERYEGYCVDLAAEIAKHCGFKYKLTIVGDGKYGARDADTKIWNGMVGELVYGKADIAIAPLTITLVREEVIDFSKPFMSLGISIMIKKGTPIESAEDLSKQTEIAYGTLDSGSTKEFFRRSKIAVFDKMWTYMRSAEPSVFVRTTAEGVARVRKSKGKYAYLLESTMNEYIEQRKPCDTMKVGGNLDSKGYGIATPKGSSLGNAVNLAVLKLNEQGLLDKLKNKWWYDKGEC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title The structure of (-)-kaitocephalin bound to the ligand binding domain of the (S)-alpha-amino-3-hydroxy-5-methyl-4-isoxazolepropionic acid (AMPA)/glutamate receptor, GluA2.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Glutamate receptor 2
molecule tags Membrane protein
source organism Rattus norvegicus
total genus 85
structure length 258
sequence length 258
chains with identical sequence D
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-09-04
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4gxsB01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4gxsB02
2Y7PA 3MP1A 3K2DA 4G68C 2OBGA 3CI8A 5H8FA 3OXNA 3CG1A 4AB6A 4G77A 4H6DA 4DXCA 1MY0A 2Q88A 4F22A 2PYYA 1TT1A 5I57A 1B9JA 2DOJA 4OTEA 5ICTA 3DELB 3IX1A 1OVTA 2I48A 3OEMA 1OLAA 3EF7A 4Q5TA 3T22A 1JETA 3FD3A 4YB5A 2PX1A 5I56A 2F97A 3MP8A 4OFLA 4R6KA 1FTMA 3T9XB 5EHMA 1FTKA 1MXZA 1SW5A 1B32A 3RLFE 3P7IA 2WKYA 2ZNUA 1POY1 1IXCA 4OMBA 2RC9A 1QUKA 4ESXA 4BDNA 4F2OA 1I69A 4DIGA 2M8CA 3O29A 3IOTA 3TTRA 4GD5A 4GL8A 3GBBA 1MQJA 3IO6A 1IXHA 1IQ7A 4GXAA 4LP2B 3DP4A 3VVEA 5I59A 3MQ9A 2UYEA 2PT1A 3RY3A 5JEIA 1Y4CA 2HQ0A 1USYH 1QW0A 3KN3A 4FEDA 2E1SA 1OIBA 5F1QA 4YMBA 3C31A 1YPNA 3PPPA 2QMXA 4HTGA 3FJMA 4EXLA 1NKXA 3FXUA 4ZZAA 3O2AA 4F3BA 5I58B 3JZJA 2P0SA 1ZJLA 1PB7A 1XOCA 1IITA 5A5XA 3EHSA 1R9QA 2Q9TA 3S9NC 2F6GA 4OWDA 3TTNA 1H45A 3C36A 4YAHX 3OO9A 4YKPA 4F19A 1VR5A 2QMWA 2XXTA 1JW5A 3FATA 2A5TB 4OQOA 2O6AA 1P1OA 5TPAA 3TYHA 3UN6A 3DM0A 5H8HA 3PU5A 3E4RA 5HM4B 1P1QA 5TPAB 5AE4A 4R72A 4GQOA 4IO4A 2O69A 3N6TA 2XD3A 4ELRA 3B6TA 4OYVA 2R6GE 3O9PA 1Z7NE 4QRZA 3CSBA 1A54A 4LUBA 4LQ2A 4QFLA 3FV1A 3K00A 4KD5A 1QKBA 2QPQA 4LVQA 4LATA 2OWTA 4HW8A 4L17A 3SKPA 2V93A 1LCFA 1YAEA 3OSQA 1S50A 3FVGA 1MQHA 2F8DA 2O7UA 2RINA 3FJ7A 3QXMA 1AIVA 2BJJX 4EQBA 2Q2CA 4IO2A 4EQ9A 4OVJA 3VDFA 4MF3A 3RGYA 1WVJA 2QRYA 3K6VA 1EU8A 3QIMA 1L5TA 4N13A 1Y20A 4XKPA 4H1XA 1PC3A 3TTKA 4NWDA 3LR1A 1R6ZA 3I6VA 5FHOA 3K0VA 3T9VA 1H43A 2H99A 2XXPA 3V8XB 3TTLA 3FASA 4DXUA 1LSTA 1N7XA 4X1BA 2Y7WA 1RYXA 3KFMA 4PFWA 1GTKA 4NF6B 1UTBB 5KCJA 4O3BA 4ZEBA 3MBPA 1SW2A 4OEUA 3BFTA 1S9TA 4EQ7A 3CVGA 3A09A 3RT8A 4NE4A 2CZLA 4LZ5A 4F29A 3F11A 1Q35A 1XS5A 4GWOA 2XXXA 3G3FA 3TCFA 5I2KA 2D3IA 2ANJA 4H65A 3IB1A 1B4HA 2XXQA 3TCHA 4ZEKA 1SYHA 2Z23A 4XTCQ 4RYAA 4F1UA 3KOTA 4ND9A 3G7WA 1D9VA 1HSEA 2Z8FA 1MQIA 2I0CA 4WKMA 1VFEA 3CSGA 3VVFA 3FGSA 5AA2D 4WXJA 2I3WA 3Q28A 2G93A 2NXOA 2DWJA 3FXRA 3S9EA 3K6UA 3R26A 1BKAA 3ODBA 3Q29A 3IJOB 3D4CA 4H0WA 4H8IA 3RT6B 4P0GA 4GVOA 1P1WA 5DVJA 3H06B 2YPNA 1QUJA 3KG2A 4UACA 3KGCA 2E0SA 3RQTA 1MQDA 4OENA 4OFJA 4ZECA 4G8NA 3O66A 4XKQA 5EYFA 2V25A 2UVGA 4PFTA 1A8EA 2W7YA 1Z7ME 4BDLA 3LSWA 4F3SA 4FEBA 2Y7IA 1OQHA 3RN8A 1FQDA 4FATA 2OK2A 4RXLA 2I3VA 3A3CA 4G8HA 4U23A 3O6IA 2FNCA 1SI0A 1B52A 2QS2A 1MDQA 5AA1A 3LUYA 2DVZA 1PBQA 4MFIA 3MVZA 1QKAA 2O68A 3FXQA 3K6WA 3K02A 4KYSA 1NFTA 1SVXB 3PPRA 1LB8A 3EHTA 4POWA 2P2AA 3SEUA 2ZMBA 2RCAA 3TQLA 4R9GA 4KYEA 2AYSA 2NWJA 2UVHA 4U2RA 3MVYA 3G3KA 1SDXA 3PPQA 2R9JA 3OO8A 1DPPA 1SBPA 3RTFB 4KI0E 4IO3A 1CB6A 2CMOA 1J1NA 4XXUA 1IXIA 1TFAA 2KLFA 5H8SA 5KDTB 2OZZA 3K1NA 1B51A 3W9WA 4GLIA 4NMYA 1JW4A 2HZLA 3Q26A 1SI1A 2HXWA 2X7PA 3IJXB 2F35A 2UYFA 1Y3PA 1QJMA 5TP9B 3U8QA 5ELVA 4E0XA 3QUJA 4THIA 4BDQA 4LONB 1TXFA 5DVFA 3RPWA 5AA2B 3U92A 3H03A 3UIFA 3IK6B 5JTYB 3IL1B 3ZS6A 1UTHB 1MDP1 3QUFA 2Q8JA 1MPBA 1NMUA 4HS7A 2RCBA 3GZGA 4F3PA 5H8FB 2ONRA 1PB8A 5CRYA 3OENA 2I58A 4DZ1A 2GHBA 3LSFB 1JEVA 4GOTA 4F2QA 1SQYA 5I57B 5K2XA 3USDA 2HEUA 1PB9A 2DXRA 2DWIA 1N84A 4BLAA 2F7BA 3DP6A 1LLSA 4YICA 4X9TA 3T96B 2ZYMA 3BFUA 1MRPA 2ONKE 2PVUA 4MLVA 4H5GA 3FUZA 4PETA 2O51A 3VLVA 4E0WA 3UGWA 3G3HA 2F7AA 1N3XA 1TFDA 4F39A 5I56B 3T9HB 4C1TA 1B05A 2OWSA 4G68A 1MXVA 4DXBA 1B40A 1B4ZA 1FQBA 1USYE 5DTBA 5H8NA 1M5DA 3IOUA 4FE8A 1I6QA 2YJPA 4ISUA 4RPNA 1VFDA 4QSEA 4YKKA 3RNNA 4JWXA 1H3DA 2XXVA 4QF9A 4QHQA 2RC7A 1ZMGA 3K4UA 3VVDA 5H8QA 2F78A 2HCAA 4U4SA 5I2NA 5I59B 3N26A 4Z7EA 2B3BA 5I2NB 2DWAA 3TDJA 3SEXA 4NF8A 4DCXA 1NL5A 4NF8B 4BDMA 3VE1B 4R9FA 1XT8A 1AOVA 3PUXE 1WDNA 3TUSA 4I62A 2HZKA 2AIXA 5CMMA 1KWHA 3GLBA 1MY3A 1B5JA 3ZKLA 3C4MA 4KFQA 3KN8A 5A5XB 3HHGA 1A40A 4JWOA 4NTLA 2PMSA 4JB7A 2XXIA 3W9VA 3SEWA 1URDA 5CI5A 1A8FA 1LB9A 5H8HB 5M2VA 4RJZA 4RY1A 3TODA 3ZSFA 4P11A 2V84A 1B2HA 3KJTA 1XVXA 3CG3A 2RC8A 1US4A 3LSXA 4ZZEA 2ESNA 3PD8A 4IO5A 1XHYA 2GFEA 3LBSA 1US5A 1ZKBA 1M5FA 3MZBA 1B3HA 3HSTA 4G2ZA 4RK2A 1Q1KA 1WODA 1UIVA 5ICQA 1B0LA 3I3VA 1ANFA 4I1DA 4PP0A 1IUDA 4ZE8A 3RTWB 1S7YA 3SETA 5BWJA 3CFLA 4ZEIA 1BP5A 1DOTA 4EDPA 1LAHE 4X1DA 3O28A 1MXYA 1B3GA 3MPKA 4ECFA 4DDDA 3KSXA 4MLQA 1LFIA 4RPOA 3MJNA 2H9BA 4F1VA 1MY2A 4IY5A 3PD9A 2ALUA 3I5OA 4F1YA 3TMGA 2O84X 5KCJB 3T93B 4U1OA 2GHAA 2UXAA 4C0RA 1MQGA 4QFNA 1DSNA 5CBRA 2F36A 4TLLB 1IZ1A 2IA4A 5I2KB 5AA4A 4QFOA 3MW0A 3V5AA 1NH8A 5DT6A 2Z22A 2PBWA 4NF5A 3OELA 4C1UA 3O6GA 3IB0A 2UVJA 1O7TA 1ZIUA 4ZEDA 2Y84A 3FZVA 4RK9A 4U4XA 2REJA 1MPDA 2ZNTA 4F18A 3TEPA 4Q30B 3C33A 1BTJA 1URSA 5FTHA 1R9LA 3CFZA 4ONYA 2ZXTA 3U94A 2QJEA 5L9SA 5CC2A 1RYOA 3ZKKA 4XIGQ 1OMPA 3ONMA 2V3UA 1LGBC 2ZYKA 1MG1A 1P99A 4U1ZA 3TQWA 3E9XA 1M5BA 1A7LA 4IGTA 3VXCA 2VD3A 1B6HA 2DE4A 1B46A 2Y7KA 1JVYA 2DE3A 2O7IA 2VD2A 3OSRA 2ABHA 1T0KA 5TU0A 5IAIA 3PMVA 3IAZA 3JYRA 5J1DA 1R1NA 1FQEA 4F3GA 4QSDA 5CMCA 3EPEA 2D5WA 3UORA 4EF1A 3L6HA 4PFYA 3DLNA 4R6YA 4Q0CA 4I8CA 5CMKA 1B3FA 2VHAA 2A5SA 4R2BA 1DPEA 2VP1A 3A3UA 3O97A 3PUYE 4JWYA 1Y3NA 1BIYA 3B6WA 5HBCA 4AQ4A 3PPNA 2H5YA 3VV5A 4GFRA 4K3FA 4OHNA 3HHFA 4ELQA 4FECA 4U21A 3CRBA 1MXUA 5ISUA 4XKNA 3K1MA 3SEVA 2FYIA 4IGRA 3G3GA 2QS4A 4HCWA 2V3TA 4TLMB 2REGA 2GH9A 2XXRA 3MZ9A 5I84A 3OD7A 1B3EA 4OERA 3PMWA 2AL4A 2OJTA 4KPTA 3QSLA 2DP8A 5LOMA 2QL3A 2XXYA 3PV0E 3M3LA 1LBCA 5DEXA 3UK4A 4MH5A 1NH7A 1MH4A 5B7DA 1MXWA 5DEXB 3N94A 3B7DA 2DWHA 3H6UA 1ZBMA 3U93A 3IO4A 4JSOA 2PT2A 3V89B 2UVIA 2R71A 1N0TA 2XX7A 3GBAA 2I6EA 4QSCA 3AXFA 4RA1A 1QULA 5BUUA 1URGA 2I4BA 1LAFE 1EH3A 4DE8A 3H6TA 1UIUA 1FTLA 4GL0A 4LZ7A 3KN7A 2QSXA 1OLCA 4YMAA 3FVKA 3PUWE 1DTGA 1EZPA 4YB7A 3K6XA 4R75A 2DXYA 4TOZA 4P0IA 3RUMA 1Y4TA 3C32A 1JNFA 3IB2A 1D4NA 2X7QA 3KZGA 1M5EA 4FORA 1DMBA 3FVOA 2HFBA 5HPQA 5JK4A 2NVUB 1LFGA 3R6UA 3THIA 1B7HA 3FJGA 3LSLA 1NNKA 3QYTA 3TTMA 4UA8A 3Q25A 1B5IA 2THIA 1JEUA 3MZ1A 4FIMA 2HAUA 4EF2A 1POTA 5FTIA 1EZ9A 2IEEA 4G68B 5AA3A 2LAOA 1HSLA 5EHSA 5H8NB 3H6VA 3SDFA 1XVYA 3DP8A 5IKBA 2HAVA 2NOOA 3M8UA 1SD3A 4JDFA 3CR9A 3CFXA 4PE5B 4GRKA 4KHZE 2OCUA 1QUIA 3OMBA 4ZEFA 4X48A 1LFHA 1AH5A 1M5CA 3HCQA 1Y1MA 5H8QB 3TFLA 3HO7A 2OLBA 3TKDA 4FAJA 1N3WA 1SW4A 1D3KA 4FJPA 3W15C 3N5LA 3S9LC 4NEDA 2B65A 4H8JA 3O6HA 4OZ9A 1GVCA 3OO6A 2XXHA 1FCKA 1VE4A 1IIWA 4LZ8A 4OESA 3U72A 2XHDA 4JSDA 4EXKA 4IO6A 4YU0A 2Q89A 3FVNA 1NNPA 1BLFA 3KBRA 5I58A 4KR5A 2Q2AA 2AL5A 4KQPA 3R7XA 4H5FA 1A99A 1B58A 4PQJA 4EUOA 5KZTA 2QS1A 1B1HA 3TPAA 2XXUA 3T9UA 5CM6A 1GGGA 3SESA 2A5TA 3MUQA 4DCYA 1PDAA 4R2FA 1LAXA 1AL3A 1YTVA 2ZYOA 4BDOA 1OQGA 1O64A 3MVXA 3VLWA 4ESWA 3IOWA 2GRVA 1ZLQA 3HN0A 3QAXA 1IXGA 4BDRA 1MPCA 1H44A 3QK6A 1MM6A 3EHUA 2XD2A 4M1VA 5CBSA 2VOZA 4LQ5A 5K2YA 4GIZA 1H76A 5L8DA 1P1UA 3PGFA 2B3FA 4N07A 1AMFA 2XX9A 3MWBA 2X26A 1B0HA 4OETA 4IY6A 3IR1A 4ELOA 1EZOA 2XXWA 1N04A 4OEVA 4ELPA 3VFJA 5ITOA 4R6HA 3T66A 2F5XA 3MP6A 3UP9A 4QFKA 2H98A 4YB6A 4HCYA 3E13X 5DVIA 4MBPA 1LAGE 1II5A 4M4GA 2NUVA 4RNSA 5FHMA 5FHNA 4ZS9A 2ZNSA 3PUZE 4O3AA 4KYDA 2QS3A 3HPIA 1HSJA 4AB5A 1F9BA 2XX8A 3G3IA 1N76A 3VLUA 2Z8DA 1B7UA 1JVXA 3D4GA 4I9DA 4NF6A 1UTBA 3TCGA 1VSOA 4N6PA 4TQUQ 1PEBA 3H4ZA 2P1SA 4H67A 3JV9A 2DS9A 2VGQA 3ILTB 1Y9UA 1MY1A 5ITPA 3CIJA 3PMXA 1B1XA 3MVWA 4POXA 3PPOA 2G29A 3N6UA 3GXAA 4JXIA 1RKMA 3KOSA 4G4PA 1XC1A 3KEIA 5AA4B 3OO7A 2F6PA 5DYHA 1A55A 1D9YA 4NF5B 3B6QA 5B70A 4YKJA 4WEDA 3OEKA 4R73A 3ILUB 3K1PA 1OVBA 1P1NA 1O63A 1IEJA 2YLNA 4G8MA 1DTZA 4IO7A 4U22A 1GV8A 3TZAA 1Y3QA 5CMBA 3EQ1A 2DSFA 1FQAA 4O3CA 1JQFA 3V83A 3MC2A 2H25A 3S4UA 4NF4A 2O1MA 3BBRA 4NF4B 4XKRA 3UA8A 2H4IA 1SW1A 1LBBA 3IOVA 4DLDA 4KCDA 1B5HA 2I0BA 3E3KA 1I6BA 1MS7A 1ZU0A 3MPLA 1QVSA 3KSJA 1FW0A 3LC8A 3BKIB 3KJ7A 1Y1ZA 3TELA 1NNFA 4OFOA 3C35A 1UQWA 1I6AA 1MH3A 3EN3A 3K01A 3G3JA 3L6GA 1ZTYA 4LA9A 4GXSB 3C9HA 3M3KA 3C34A 2ONSA 5L9OA 2DYXA 4F31B 4ZDMA 4GF8A 1YCJA 3WAFA 4Q8RA 4PFUA 1TWYA 2FA7A 1MM7A 2F7CA 3Q27A 3H3GA 3SEYA 2DE2A 1LCTA 2DQVA 2Z8EA 3IORA 4OXVA 3M3FA 1JW1A 1FQFA 1B3LA 1PBPA 2F34A 1NNTA 1MY4A 3OOAA 1B7ZA 4JBZA 4Z0IA 1SYIA 1FTJA 3ECRA 3SERA 1N7WA 4YZZA 2RF1A 3WAEA 4NWCA 2ZYNA 2Y7RA 3H6WA 3S2VA 4R74A 1FTOA 5F7VA 2DVCA 5KDTA 4IB2A 1GR2A 3PUVE 3FIRA 3MAMA 1MXXA 5L9MA 3FV2A 3S9MC 2O1LA 1FQCA 3VXBA 3TAJA 2RKMA 5TP9A 2D21A 2I49A 4ZE9A 3U1OA 2I4CA 3HV1A 1ATGA 3H7MA 4QFPA 5AA2A 4WEPA 4YKIA 2V3QA 1CE2A 4KCCA 5JTYA 1ELJA 1UTHA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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