4H5FA

Crystal structure of an amino acid abc transporter substrate-binding protein from streptococcus pneumoniae canada mdr_19a bound to l-arginine, form 1
Total Genus 79
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
79
sequence length
240
structure length
240
Chain Sequence
QSAVEAIKQKGKLVVATSPDYAPFEFQSLVDGKNQVVGADIDMAQAIADELGVKLEILSMSFDNVLTSLQTGKADLAVAGISATDERKEVFDFSIPYYENKISFLVHKADVEKYKDLTSLESANIAAQKGTVPESMVKEQLPKAQLTSLTNMGEAVNELQAGKIDAVHMDEPVALSYAAKNAGLAVATVSLKMKDGDANAVALRKNSDDLKEVVDKVIQKLKDEGTYQSYLEKAASLTEV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structure of an amino acid ABC transporter substrate-binding protein from Streptococcus pneumoniae Canada MDR_19A bound to L-arginine, form 1
rcsb
molecule keywords Amino acid ABC superfamily ATP binding cassette transporter,
molecule tags Transport protein
source organism Streptococcus pneumoniae
total genus 79
structure length 240
sequence length 240
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-09-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00497 SBP_bac_3 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4h5fA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4h5fA02
1QW0A 1N7XA 4H6DA 3FVOA 2CZLA 2Q9TA 4DXBA 3LSWA 4HS7A 5H8HB 4FECA 3LBSA 3W9VA 3ZKKA 4RA1A 4QFOA 3K0VA 5BWJA 4HCWA 4RK2A 1DSNA 1ZTYA 4R6KA 1B5JA 2NUVA 4KYSA 1Y4CA 3TDJA 3IOUA 4LONB 3TTKA 5M2VA 5TPAB 4R9FA 4RJZA 2Q2CA 3MVWA 3TYHA 4ND9A 4ECFA 2Z23A 1I6QA 3C35A 3LSFB 3G3IA 2RF1A 4GLIA 3S9LC 2NOOA 3FVKA 1UIVA 3TZAA 5L9SA 3OD7A 1XC1A 1Y1ZA 2QS1A 4U1ZA 5EYFA 4OENA 1MM7A 2XXPA 5I2NA 2Y7RA 4FORA 3TUSA 4EXKA 3CFLA 1QULA 3CVGA 4F3GA 5I58B 3SEXA 1MPBA 4ZZEA 4DDDA 4Z7EA 2XXWA 2O7UA 5I58A 3SEVA 3MVYA 2A5TB 3VLUA 5AA2B 3TTMA 3C36A 1US4A 2HFBA 4RY1A 1ZJLA 4WXJA 3IO6A 5AA2A 2F34A 3RUMA 2HAUA 4LA9A 4BDMA 1B7UA 1OLAA 3SKPA 2I4BA 2F36A 1IXGA 1SI0A 1ZIUA 5TP9B 1UQWA 4RYAA 1B3HA 1MQIA 3CI8A 5F1QA 1YTVA 3UGWA 5TP9A 2O1MA 1UTBA 3IOWA 1JQFA 1L5TA 2RKMA 4QFPA 1LFGA 1MRPA 4LQ5A 2XXVA 1JEUA 3GLBA 4OFLA 3Q25A 4OHNA 2UYFA 2UVGA 1MPCA 1MY4A 3D4CA 2I3WA 3MZBA 4I9DA 3G3KA 3D4GA 5BUUA 3TFLA 2PYYA 3SEUA 4G68A 3E9XA 2DVCA 3PPNA 3TTNA 1PC3A 5H8SA 1BP5A 4QSEA 1MS7A 4R6HA 1JW4A 3OSRA 4G8NA 3IB0A 4R2FA 3SESA 1OVTA 4LZ8A 5I2KA 3PV0E 2A5SA 3R26A 1MH4A 1LBBA 1LAFE 3QSLA 2QS4A 5CMCA 1LGBC 1DMBA 3G3FA 4ZE8A 4F3BA 3RT6B 4JBZA 3PUZE 3BBRA 5CBRA 2DVZA 2BJJX 2HZLA 1D3KA 4H5FA 1NMUA 4YKJA 4NF6A 5EHMA 2Y7KA 1LCTA 4OXVA 3G3GA 3OENA 1EZOA 1FCKA 3IO4A 5HBCA 1LSTA 1FW0A 1XVYA 4E0XA 1IQ7A 3ILUB 1PDAA 4PETA 3OO9A 5H8FB 4FEBA 2GHAA 2NWJA 4YB7A 5H8FA 4TOZA 4EF1A 5ISUA 2H9BA 3TODA 4OYVA 1URDA 3M3FA 5HM4B 4LP2B 4MLQA 3UORA 1PB9A 5CBSA 3C32A 4F3PA 1UTHB 3FASA 3N26A 3ZSFA 1JETA 1Z7ME 4L17A 4TQUQ 4XKRA 1TXFA 1UTHA 3G7WA 4NF4B 2UVIA 4IO6A 3B6WA 1M5EA 1LB9A 3CIJA 4POWA 1ATGA 5DVJA 5CMMA 3B7DA 2F7CA 3H6WA 2O68A 4O3AA 2QPQA 3KZGA 1SW5A 4Q8RA 4OQOA 4N07A 5ITOA 2NXOA 4KHZE 1I6AA 1UIUA 1MDQA 3T9VA 1MY1A 4KQPA 2P0SA 2DWJA 1QUIA 2OJTA 2GH9A 3LSLA 4LVQA 3PPOA 4QRZA 3K6UA 3HN0A 1A7LA 3ILTB 4AB6A 3MVXA 5DT6A 3TKDA 2B65A 4G8HA 1VSOA 3TQLA 4LZ5A 5IAIA 3MPLA 2ONRA 3EN3A 1JVXA 5AA3A 1LCFA 3FXQA 3S2VA 1SW2A 4QFKA 1I69A 3OSQA 4ZS9A 4P0GA 4LATA 3RT8A 5FTHA 3USDA 3FV1A 4H8IA 4NF5B 2ZYOA 4JWXA 1B5HA 5I56A 1GGGA 4ZEDA 2B3BA 2Z8FA 4U23A 4PQJA 4MH5A 1M5BA 3KFMA 3QUFA 1JW1A 4GOTA 3FUZA 1ANFA 1WVJA 4XKQA 2HQ0A 1A54A 3M3LA 3Q27A 3GZGA 2PT1A 2THIA 1MQJA 4JWOA 2KLFA 3ONMA 1BTJA 2O51A 1LB8A 4LQ2A 3O9PA 1BIYA 2OWSA 3SDFA 3TPAA 4PP0A 4U4XA 1PEBA 2OBGA 1N04A 3M3KA 3K00A 3QYTA 3UIFA 1US5A 1AOVA 4IY6A 1RKMA 3M8UA 3IOTA 2R71A 2ALUA 1M5DA 2H25A 1Y3PA 1AMFA 3EF7A 2ZYMA 4BLAA 3SEYA 3PUWE 4IO7A 1OQGA 4KFQA 2E1SA 1O7TA 4YB5A 3MVZA 2O1LA 4EQ9A 5KDTA 1SVXB 3I6VA 4Z0IA 1OIBA 1OVBA 1GVCA 1AIVA 3SERA 1B5IA 3O28A 5CM6A 2VD2A 2X26A 1EU8A 2RC8A 4C1UA 3H3GA 3LSXA 2AL5A 1SBPA 4KI0E 4NTLA 3CFXA 3G3HA 5LOMA 4G4PA 4ISUA 2XXUA 3TTLA 3R6UA 2UVJA 3ZKLA 4HW8A 1B32A 3N6TA 1FTMA 2DSFA 5FTIA 2VGQA 4EF2A 1MQGA 3VVDA 2OZZA 5B70A 2B3FA 3OOAA 5CC2A 1IXIA 4JSDA 1RYXA 4OVJA 3B6TA 4DCYA 1NL5A 5CRYA 4QFLA 3E13X 1MH3A 1PBQA 1O64A 3IORA 3W15C 4QFNA 2YJPA 1DTGA 4ONYA 3RTWB 3ECRA 2PVUA 2DE2A 4Q30B 1DPEA 1SI1A 3QXMA 3EQ1A 2I49A 1A8EA 4ZDMA 1MQDA 2ABHA 1OLCA 2LAOA 3IR1A 4NMYA 5I2NB 4UACA 1LLSA 1DOTA 4NEDA 1A40A 1VFDA 3QK6A 3VLVA 1B0LA 2DS9A 1EZPA 5ITPA 2ZYNA 1QJMA 1D9YA 4H8JA 1NNKA 3Q29A 2GHBA 4NE4A 4GFRA 5JTYA 3FGSA 3LUYA 3IX1A 1LAXA 4ZE9A 2Y7IA 1AL3A 5DEXA 3A3CA 3VXBA 4KCCA 4H67A 4GWOA 5B7DA 2PBWA 5L9OA 4KYEA 3VDFA 1MPDA 1B9JA 3G3JA 4R6YA 3Q26A 3DP6A 2D3IA 2CMOA 1UTBB 2P2AA 3CFZA 2Q89A 1XT8A 4POXA 4YAHX 3HPIA 2I4CA 4GD5A 1N7WA 3KN7A 4F18A 2OLBA 4GVOA 3IB1A 5AA1A 4E0WA 1QUKA 3BFTA 3DELB 4G68B 2RC7A 1A99A 2R9JA 4MLVA 1I6BA 3EPEA 5I2KB 2ZYKA 4GXSB 3DM0A 4KD5A 4WEDA 2AYSA 3T96B 1VFEA 5ICTA 2NVUB 2OCUA 4EQBA 2I0BA 3HHFA 3TEPA 1ZBMA 4NF6B 4P11A 3OEKA 1FQDA 5H8QA 4FJPA 2F6GA 1B3FA 3U1OA 2F35A 3VVEA 1M5CA 1B3GA 1MXXA 3OMBA 2DOJA 2R6GE 4OESA 1Y9UA 2VHAA 3HV1A 3N94A 3FD3A 4YMBA 5F7VA 1XVXA 2HAVA 4QSDA 3T9XB 2REJA 3VLWA 2XX8A 3H6UA 4DXCA 3K4UA 3IAZA 4FAJA 2FYIA 2Q2AA 1N3XA 5DTBA 2HXWA 4IO4A 4ESXA 2ONSA 3U8QA 4R74A 5DVIA 1B3EA 2IA4A 3KSJA 3TCHA 3OXNA 1F9BA 1EZ9A 1XOCA 1TT1A 4C1TA 1B4ZA 3IB2A 4XIGQ 3PU5A 1KWHA 2DWHA 2Y84A 1H43A 1LFIA 1MXYA 3KN3A 3T66A 1FTLA 3THIA 3RGYA 3MZ9A 2VP1A 4F3SA 2G29A 3KBRA 3TMGA 2VOZA 3PGFA 2XX9A 1FQFA 5ELVA 3PMWA 3I5OA 1MXUA 4G2ZA 3V83A 1IUDA 3FXUA 1PBPA 5ICQA 1TWYA 1YCJA 1QVSA 4KR5A 4GXAA 4ELRA 4ZEIA 1DPPA 2UVHA 5TU0A 3KJ7A 4IGRA 2I58A 2D21A 3OO7A 1P1NA 3FATA 2I48A 4F22A 5KCJA 4I62A 4RXLA 1BLFA 1FQAA 3CRBA 2O7IA 1GR2A 4R73A 3U92A 3KOSA 4IO2A 4M1VA 1R1NA 3E4RA 4YKKA 4IB2A 1YPNA 4OWDA 3PMXA 3VFJA 2G93A 4ESWA 2XXYA 1USYE 3QUJA 2Q8JA 4IGTA 4G68C 4U1OA 3C4MA 3O97A 4H5GA 1NNPA 4O3BA 4DXUA 1WDNA 2V3UA 3HHGA 1B05A 3N5LA 1MY0A 3O6IA 5I56B 3FJGA 3UK4A 1VE4A 4IY5A 1SQYA 2F97A 4I1DA 3EHTA 1LAGE 3OO8A 1Y4TA 1S50A 3L6HA 5K2YA 4X48A 4ELOA 2XXTA 4Q5TA 3OEMA 3K2DA 1IEJA 2F8DA 3HO7A 4F1UA 2XD3A 3P7IA 1MXZA 4DLDA 5JEIA 2I6EA 1HSEA 3TELA 1URSA 3FJMA 3K02A 1SW4A 2X7QA 1ZMGA 3PD9A 3F11A 3MP8A 2RC9A 1NH8A 3B6QA 1IIWA 1ZU0A 2RINA 2E0SA 2PMSA 4F1YA 3TTRA 3O6HA 1N0TA 3PUVE 4DIGA 2O69A 1Z7NE 4ELPA 4KCDA 1EH3A 2V84A 4EUOA 2ZXTA 2I0CA 4XXUA 4PFUA 1T0KA 1MQHA 5KDTB 3PPQA 3RQTA 3MC2A 4N13A 5H8NA 1AH5A 1B6HA 2WKYA 4BDRA 2H5YA 5L8DA 5KZTA 3H6VA 1YAEA 1JNFA 3WAEA 3U72A 1HSLA 3IJXB 2DE3A 4F1VA 4JXIA 1POTA 2DXRA 3VE1B 4KPTA 1P1WA 2F78A 1P1QA 3V8XB 3CSBA 4THIA 4YKIA 4QSCA 3U93A 3S9MC 5CMBA 3PUYE 4U22A 4YICA 3L6GA 4JSOA 1P1UA 3RN8A 4I8CA 1FQCA 2FNCA 4FEDA 3C9HA 1PB8A 3T22A 5FHNA 5IKBA 4GL8A 2H4IA 3TCFA 3ODBA 5H8HA 1B1XA 1MY3A 1FTJA 1ZKBA 3K6WA 1D4NA 2Z22A 1P99A 3DP8A 3Q28A 1Y3NA 4R9GA 1MXVA 3PUXE 3IL1B 1B52A 3H03A 3O66A 5TPAA 5A5XB 3FIRA 4YU0A 3K01A 2P1SA 5A5XA 3T9UA 2RCAA 2YPNA 2F7AA 4ZZAA 4F19A 3FJ7A 3TAJA 3H7MA 2IEEA 1SW1A 3W9WA 5JTYB 1A55A 3GXAA 3JV9A 1II5A 1Y3QA 3KOTA 4C0RA 4OZ9A 3MZ1A 4JDFA 3ZS6A 1OMPA 5DEXB 3EHUA 1IXCA 4MF3A 3TQWA 3S4UA 2RCBA 1LBCA 4ZEBA 4IO3A 2XX7A 3DLNA 3PPRA 3IOVA 1B1HA 3H4ZA 2QL3A 1RYOA 4YMAA 4KYDA 2DWAA 4FATA 4Q0CA 2A5TA 4OETA 3IJOB 2ZNTA 4QF9A 1MY2A 2Y7WA 2H98A 1IXHA 1J1NA 4QHQA 1SYIA 3T93B 4R2BA 2DYXA 4F2QA 4BDLA 2PX1A 3SETA 4ELQA 1NKXA 3EHSA 2QMWA 1B40A 4U4SA 1Q1KA 5AA4B 1URGA 3HCQA 2GRVA 5DVFA 2XXXA 4WEPA 5AA4A 3HSTA 1MM6A 1QKBA 3LR1A 1FTKA 1DTZA 2DE4A 4NF8B 4GL0A 3O2AA 2H99A 2PT2A 3O29A 1IZ1A 1XS5A 4NF8A 4OEUA 3S9NC 3C31A 4DZ1A 3JYRA 3MP1A 4RPOA 5CI5A 1B2HA 1A8FA 1S7YA 2XXRA 3K6XA 3MBPA 3C33A 2REGA 1H76A 1B0HA 4X1DA 3UP9A 4R72A 2ZNSA 5H8QB 4X1BA 3MPKA 1B46A 3FV2A 1B7HA 4BDNA 1PB7A 3MWBA 3GBAA 4OTEA 3BFUA 3FZVA 4EXLA 1B3LA 3T9HB 1VR5A 1JVYA 4G77A 3O6GA 5AA2D 2ONKE 2XXIA 4N6PA 1Q35A 4AQ4A 3RY3A 2X7PA 2F6PA 3RPWA 3TCGA 1N76A 3CG1A 2QMXA 1FTOA 1SD3A 3LC8A 1S9TA 1D9VA 3QIMA 4TLMB 2W7YA 1SDXA 4RNSA 5JK4A 1P1OA 2DXYA 4F31B 3MJNA 4FE8A 2OWTA 3KG2A 4ZEKA 3KEIA 3CG3A 4NWDA 4R75A 1TFDA 1HSJA 4BDOA 2O84X 4AB5A 1LFHA 2ANJA 4PE5B 2Q88A 1NFTA 4EQ7A 1FQEA 2Y7PA 4YKPA 1B58A 5HPQA 4U21A 5K2XA 3VVFA 1FQBA 1NNTA 3KSXA 3VXCA 3E3KA 4OEVA 1H45A 4H65A 5I59B 3RNNA 3V89B 1B7ZA 3OELA 2V3QA 5I59A 4ZEFA 1H44A 3K1NA 1ELJA 3FVNA 1JEVA 2D5WA 4RK9A 3PD8A 1TFAA 1ZLQA 4NWCA 4F29A 2M8CA 4OERA 3PMVA 3UA8A 1SYHA 3MAMA 2QJEA 3IK6B 3A09A 4DE8A 5FHOA 4O3CA 4NF4A 3H06B 5KCJB 4TLLB 4H1XA 4RPNA 4JWYA 1H3DA 3GBBA 2XXHA 4F2OA 2OK2A 4GIZA 3VV5A 5CMKA 1OQHA 1R6ZA 1USYH 4GQOA 1IITA 1GTKA 4UA8A 3AXFA 3QAXA 2DWIA 1Y20A 1BKAA 1R9QA 2QSXA 1N3WA 2FA7A 3C34A 3S9EA 4WKMA 2DP8A 4M4GA 2YLNA 3BKIB 4X9TA 1NH7A 3MP6A 4XTCQ 3KN8A 4DCXA 1N84A 4F39A 5DYHA 2I3VA 4PFTA 5AE4A 2V3TA 5EHSA 4PFYA 2UXAA 3K1MA 2O6AA 1MG1A 1B4HA 3RTFB 5J1DA 4H0WA 4OFJA 3WAFA 4BDQA 2VD3A 1CE2A 4GF8A 1NNFA 4EDPA 1Y1MA 2Z8EA 2QS2A 4ZECA 2AL4A 1MXWA 4NF5A 4K3FA 4YB6A 2HEUA 4U2RA 3U94A 2F5XA 4LZ7A 5I57B 3DP4A 1R9LA 4JB7A 5I84A 2Z8DA 3MQ9A 3K1PA 3I3VA 2XD2A 3OO6A 5I57A 4G8MA 4YZZA 1POY1 2GFEA 4OFOA 1M5FA 3MUQA 2ZNUA 3FXRA 1QUJA 3V5AA 3N6UA 2DQVA 2V25A 4OMBA 5H8NB 2XHDA 5L9MA 4FIMA 3PPPA 2UYEA 3K6VA 4IO5A 3KJTA 2ESNA 1MDP1 2QS3A 3MW0A 3CSGA 3RLFE 1GV8A 4MBPA 4HCYA 2F7BA 4P0IA 2ZMBA 3H6TA 1CB6A 3KGCA 1LAHE 5FHMA 1QKAA 3CR9A 3R7XA 2V93A 4PFWA 3UN6A 4XKNA 1O63A 3JZJA 3A3UA 3FVGA 4GRKA 1XHYA 2QRYA 4LUBA 1B51A 2HZKA 4HTGA 4MFIA 3SEWA 2HCAA 4XKPA 1WODA 2XXQA 2AIXA 1JW5A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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