4H5FA

Crystal structure of an amino acid abc transporter substrate-binding protein from streptococcus pneumoniae canada mdr_19a bound to l-arginine, form 1
Total Genus 79
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
79
sequence length
240
structure length
240
Chain Sequence
QSAVEAIKQKGKLVVATSPDYAPFEFQSLVDGKNQVVGADIDMAQAIADELGVKLEILSMSFDNVLTSLQTGKADLAVAGISATDERKEVFDFSIPYYENKISFLVHKADVEKYKDLTSLESANIAAQKGTVPESMVKEQLPKAQLTSLTNMGEAVNELQAGKIDAVHMDEPVALSYAAKNAGLAVATVSLKMKDGDANAVALRKNSDDLKEVVDKVIQKLKDEGTYQSYLEKAASLTEV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of an amino acid ABC transporter substrate-binding protein from Streptococcus pneumoniae Canada MDR_19A bound to L-arginine, form 1
rcsb
molecule tags Transport protein
source organism Streptococcus pneumoniae
molecule keywords Amino acid ABC superfamily ATP binding cassette transporter,
total genus 79
structure length 240
sequence length 240
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-09-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00497 SBP_bac_3 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4h5fA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4h5fA02
5I58A 3RTWB 4PFTA 5CMMA 2REJA 5L9OA 4ZZAA 1FTOA 5L9SA 3R6UA 3KEIA 2O68A 4R6YA 1SYIA 1B7ZA 1J1NA 1OVTA 4O3BA 1LB8A 4ZZEA 1M5DA 3VE1B 1MY3A 1P1QA 4OENA 3T9VA 4R9FA 4FIMA 1I6AA 3B6QA 1MQIA 3MWBA 2G93A 1XOCA 4U22A 4U4SA 5KCJA 3SKPA 2F7CA 3RT6B 2V3TA 3PPPA 4FEDA 3FVKA 3FJMA 5TPAA 1B0HA 1LGBC 3IORA 1B3LA 3DM0A 5B70A 1N04A 4XIGQ 3L6HA 1SBPA 3K6VA 1B4HA 4RNSA 3FXUA 3WAFA 4NF4A 3DELB 3E3KA 5KDTA 1Y4TA 3H6TA 2G29A 5BWJA 2QPQA 4LZ8A 1LAGE 5H8FB 3T66A 4OHNA 4C0RA 1B05A 1NH7A 4OQOA 3USDA 1Y4CA 1FQAA 1OQGA 3OO6A 1B2HA 4QSDA 3U92A 1MQDA 1UIUA 4P0IA 3C4MA 4DE8A 4TLLB 2PX1A 5CMCA 2UVGA 5L8DA 2Y84A 3B7DA 1JEUA 1Y3QA 2RC7A 3RQTA 2XXXA 3RGYA 4P11A 1NKXA 3BFUA 2XXYA 4F3PA 4WEDA 3UN6A 4NF5A 3FJ7A 2Z22A 3Q27A 1N7WA 3M3FA 4IO6A 1FTMA 3VV5A 3PUZE 3IO6A 2YLNA 3TTKA 2Y7PA 4F2QA 2R71A 3MZ1A 4FECA 1R1NA 4KFQA 4OFOA 5FHOA 3UP9A 4KD5A 2XXQA 1B3FA 1TFAA 3ECRA 2F34A 4F2OA 1VE4A 3FIRA 1FTLA 2FA7A 2W7YA 4ELOA 1B58A 2IA4A 3B6TA 3O66A 2VOZA 4I62A 4ELRA 2XXVA 4ECFA 3VXCA 4F3SA 4R6KA 4EF1A 1POY1 4KYDA 3OO8A 5H8HA 1B51A 3EHTA 4TLMB 2DS9A 3OO9A 4R74A 1MS7A 3VXBA 5I59A 5HPQA 3K1PA 4PQJA 3TZAA 1XS5A 4JB7A 1B9JA 2DP8A 2O7UA 3CR9A 4XKRA 3PGFA 1GVCA 3HO7A 1A40A 4H1XA 3MP8A 1NNTA 1Y20A 3IL1B 4NF6B 3KN8A 1N76A 4YU0A 4KQPA 4RK2A 3G3KA 1FQBA 5H8NB 5I58B 2CMOA 1NFTA 3IOUA 4IB2A 1MM6A 4OFJA 2OBGA 4G4PA 2ZMBA 4MF3A 2V84A 1LLSA 1A99A 4F3GA 1Y3NA 2XXIA 3FVGA 2LAOA 2CZLA 3KGCA 4BDLA 3MPKA 4YB5A 3TUSA 3EF7A 3CG1A 2A5TB 2AYSA 4XKQA 2V25A 2ZYKA 3DP8A 1Q35A 2ZNSA 3E13X 1GGGA 3MP1A 2H5YA 4AB5A 1JETA 1BKAA 1BP5A 1IITA 5TPAB 3E4RA 4RPNA 4ISUA 1PDAA 2D21A 2XXUA 3CFLA 1AH5A 3N26A 5ICQA 4U2RA 4HCWA 1MPDA 2F6PA 5EHSA 4LONB 1MXUA 2UVHA 2XXPA 1R9QA 1H3DA 2UVJA 2NOOA 3C32A 1Z7NE 3K01A 3TMGA 3CI8A 4IO4A 2DE4A 4JDFA 4XKPA 4LZ7A 2HXWA 4UACA 4GWOA 1SW2A 5AA4A 2Y7RA 4N07A 5CMKA 2Q9TA 2D5WA 4QHQA 1EZPA 3PV0E 1Y1MA 4NEDA 5HM4B 1JVXA 2VP1A 1ELJA 2QS2A 2ZNTA 3QK6A 1SDXA 5H8FA 1MXXA 4BDOA 1US4A 1WVJA 3TCHA 1FTJA 3EHSA 3V83A 2DSFA 4RK9A 2XD2A 4QSEA 2QMWA 4XTCQ 1LCTA 3IJOB 1URGA 1SD3A 3OOAA 1LFGA 5HBCA 2ESNA 4NF5B 1SQYA 1JNFA 4YAHX 3UIFA 1PEBA 3PUXE 3UA8A 3ZS6A 4HS7A 2F7BA 4KPTA 1FQEA 1MXZA 3BFTA 4WXJA 3VFJA 4DXBA 1MPCA 1ZBMA 4F1UA 4C1TA 1ZU0A 2P0SA 3TFLA 2ONKE 3L6GA 3HHFA 4G68A 4ND9A 4H8IA 4JBZA 4LATA 1B7HA 1JVYA 4MLVA 3HSTA 3E9XA 3PPQA 1SI1A 4MH5A 4BDMA 2R9JA 1DPPA 4QFPA 1A8EA 2F8DA 4U23A 3TTRA 4FE8A 2FNCA 4LQ2A 5FTIA 1YAEA 5H8HB 5IKBA 1LFIA 3G3HA 3Q26A 3H4ZA 3SDFA 3TTMA 5I59B 1LCFA 1NNPA 1TWYA 1M5FA 1PB9A 1M5CA 1M5EA 2H4IA 2YPNA 4RY1A 1MQJA 3AXFA 5FTHA 1VR5A 1I6BA 5DYHA 3A3UA 1UTBB 3F11A 3A09A 1AL3A 4RXLA 3KOTA 5DVFA 1B1HA 4LP2B 1I69A 3C36A 2QS3A 5DT6A 1P1WA 3TAJA 3RT8A 4R72A 5AA2A 3FXRA 1FQFA 4X1BA 4OESA 1SI0A 3PUVE 3OSQA 4IO3A 4E0XA 1MXVA 1B3EA 3EPEA 3MAMA 3SEYA 5KZTA 3HCQA 3CFZA 3FVNA 4PFUA 4QFKA 3G3FA 1B7UA 1MDQA 5I2KA 4EXKA 4OYVA 1DTZA 4LVQA 2HFBA 2VGQA 3S4UA 2QRYA 5CBRA 1P1NA 3DP4A 1NH8A 2OK2A 2OLBA 3MP6A 2UXAA 1R6ZA 4PFYA 5CMBA 2AIXA 4G77A 5L9MA 2Y7IA 4YKIA 2NWJA 2A5TA 3MJNA 1HSJA 2VD2A 1O63A 1P1OA 3HV1A 2XXTA 1FCKA 3N6UA 4GF8A 3P7IA 5AA1A 4MLQA 1DPEA 4U1OA 3LSXA 2I4BA 4L17A 2Z8EA 5AA4B 1ZIUA 2RKMA 3K2DA 4R75A 1VFDA 3T9HB 1PC3A 1OVBA 2PMSA 1LAFE 3O9PA 2V93A 1GTKA 3K4UA 4POWA 4OEUA 4IO5A 2PT2A 4OTEA 2I0CA 2BJJX 1TT1A 4OFLA 4DZ1A 2QMXA 2RC8A 4I1DA 2ZXTA 3FGSA 2O6AA 2XX7A 2ZYMA 3OMBA 4R9GA 4EQ9A 3MVYA 3KSJA 4KHZE 1DSNA 1BTJA 2H25A 3FV2A 4IY6A 4DCYA 2V3UA 1Y3PA 4R73A 3Q29A 4H8JA 3FASA 3ILUB 1MY2A 3IOWA 3LC8A 2P1SA 2XX8A 3G3JA 5EHMA 5K2XA 1B40A 1N3XA 2NVUB 1H43A 2F36A 2I0BA 2HAUA 2Q2AA 1RKMA 1PBPA 2X7QA 3PPNA 1B6HA 4QF9A 4NE4A 4GD5A 3GLBA 3N6TA 4G68B 4DIGA 1AMFA 5CRYA 3H6VA 5JK4A 4AB6A 4YMAA 4ZS9A 3RPWA 2F7AA 3TKDA 2DVZA 4FEBA 4G8HA 2DOJA 1URDA 4ONYA 5ITPA 4R6HA 2R6GE 3S9LC 1JW1A 1H44A 4EXLA 1QW0A 4FAJA 4ELQA 1TFDA 1A54A 3G7WA 5DVJA 4H0WA 1RYOA 4QFOA 1CB6A 2GRVA 3KN3A 4POXA 4KCCA 2O51A 5JEIA 1P1UA 2DWJA 4H65A 2F6GA 5AA2B 2DXYA 3VVDA 2PBWA 4ZEDA 1PBQA 3S9MC 1O7TA 1NNKA 4NF8A 1UTBA 3LSWA 3EN3A 5FHNA 3OO7A 2Q89A 4RYAA 4PE5B 3K00A 4O3AA 2Z8FA 1T0KA 5I2KB 1H76A 2DVCA 2AL5A 4F39A 1LAHE 5I2NA 2OJTA 3O6HA 1Q1KA 3KN7A 3QIMA 2DYXA 2Y7KA 1DOTA 2O84X 3H6WA 3MQ9A 4EUOA 3G3IA 4AQ4A 1MH3A 2RCBA 1SVXB 1MY1A 1QUJA 2ZYNA 4KR5A 1LB9A 2HEUA 2DXRA 5ISUA 2DE3A 3SEWA 3FUZA 1GR2A 2PT1A 3C33A 4OZ9A 1SYHA 3LR1A 4H67A 1D9VA 3OELA 1MH4A 3ZKKA 4MBPA 4THIA 4ZDMA 4BLAA 5CBSA 2REGA 3U93A 1LBCA 3HHGA 3DP6A 3DLNA 2VD3A 3FATA 2DWIA 4M1VA 4ZECA 3M3LA 3Q25A 1XC1A 3BKIB 4OXVA 1LAXA 4X9TA 2UVIA 1QVSA 4GXAA 4LA9A 1XVXA 1FW0A 4F29A 4QRZA 3IX1A 3FZVA 4Q30B 3PD8A 3QAXA 3VVFA 1AOVA 1ZKBA 2X7PA 1PB7A 1D4NA 3PU5A 1I6QA 3T22A 4R2FA 3K02A 3M8UA 1MRPA 2NXOA 3D4GA 4IGTA 5CI5A 4JWOA 3LSLA 2O1MA 2I58A 2VHAA 4YKJA 5M2VA 2DWAA 4XXUA 3MUQA 4YKKA 3I6VA 4ZEBA 1MG1A 3CSGA 4ZEIA 1RYXA 4OERA 3PD9A 3WAEA 3TCGA 3QXMA 4MFIA 2H98A 3Q28A 3SEUA 4GIZA 4LUBA 1MM7A 4ZE8A 3OXNA 2ZNUA 4YICA 2HZKA 1MXYA 1QUIA 4F19A 1O64A 3KSXA 3O2AA 4WEPA 1XVYA 2Y7WA 4EQ7A 1FTKA 5I57B 5DVIA 1EZ9A 3ONMA 2OWTA 5AA2D 4P0GA 3PPRA 3OEMA 4RPOA 1HSLA 2I48A 3SEVA 3MPLA 1P99A 3T9UA 2Q88A 4BDRA 3JZJA 2ABHA 4OEVA 1VFEA 3PUWE 3K6WA 1B32A 3MVWA 3C34A 1WDNA 3V89B 2H9BA 5DTBA 3U94A 1F9BA 3OSRA 3PMVA 3MVZA 1JEVA 1OQHA 3PUYE 3PPOA 4O3CA 2XX9A 4NF8B 5AA3A 4GL8A 4YB6A 3O97A 2Z8DA 1AIVA 1D9YA 1MQGA 4G8MA 5JTYA 5I2NB 3O29A 3KJTA 3OENA 4OMBA 4N13A 2GHAA 4Q0CA 3RN8A 3QUFA 3VLVA 2F97A 2KLFA 4HTGA 4DDDA 3C9HA 3UGWA 1GV8A 5J1DA 1B52A 1Y1ZA 3RUMA 1QJMA 4E0WA 4NWDA 1FQCA 1MDP1 1IQ7A 2OWSA 3JV9A 2E0SA 1FQDA 5K2YA 1IEJA 1QKBA 3K6XA 1BLFA 2I4CA 5IAIA 5TP9A 2F78A 4QSCA 2D3IA 2WKYA 2HAVA 3RNNA 4BDQA 5A5XB 2GHBA 3ODBA 2P2AA 1B5JA 4YB7A 1LFHA 3FV1A 1S50A 2YJPA 5EYFA 2XXHA 4IO7A 2DQVA 3CVGA 5CM6A 4U1ZA 3W9VA 3SETA 4DLDA 3I3VA 2GFEA 3D4CA 2I3WA 3N5LA 2O69A 4H5FA 1S9TA 1S7YA 4JSOA 1YPNA 2M8CA 1SW4A 1IXHA 4ELPA 3TDJA 1IUDA 1US5A 3SERA 3KBRA 3T9XB 3U72A 4K3FA 4U21A 3PMWA 1QULA 1JW4A 1N84A 3M3KA 3KFMA 1KWHA 4UA8A 4QFLA 3K1MA 3MBPA 5ICTA 2B65A 3JYRA 4ZEKA 1UTHB 2ANJA 4NMYA 2XD3A 3TTLA 3IOTA 3TPAA 4FJPA 4FORA 2RCAA 3HN0A 2I49A 1D3KA 3KZGA 4Z7EA 5I56B 3V5AA 3VDFA 3LSFB 2V3QA 1IIWA 1MY0A 1B5IA 3ZSFA 1B0LA 3KOSA 1OMPA 4IO2A 4I9DA 2Q2CA 4H6DA 4GVOA 3MZBA 3H3GA 1URSA 3EQ1A 3LUYA 2ONSA 4EF2A 1JQFA 4GL0A 3S9EA 2QS1A 4EQBA 1IXGA 2X26A 5I57A 1POTA 1XHYA 3ILTB 1BIYA 1Z7ME 4G68C 2Q8JA 3H03A 1EU8A 2I6EA 3U1OA 1CE2A 3QSLA 4GOTA 3GBAA 3C35A 3TYHA 3RTFB 4YKPA 2THIA 4ZEFA 1B3HA 3R7XA 2F5XA 2QJEA 4Z0IA 4X1DA 2QSXA 1IXIA 5DEXA 4Q5TA 1USYH 3MC2A 5JTYB 1NNFA 2XHDA 4GFRA 1NL5A 2DE2A 2B3FA 1NMUA 3IB0A 1ANFA 1N3WA 4XKNA 3T93B 1YCJA 3K0VA 4RJZA 1QKAA 1N7XA 3IB1A 4R2BA 2XXRA 3BBRA 3MVXA 4M4GA 4IY5A 3VVEA 1SW1A 3PMXA 4GXSB 3FJGA 4JXIA 4QFNA 5TP9B 5F7VA 1HSEA 1SW5A 4DCXA 1MQHA 4JWYA 3TODA 2HQ0A 1B4ZA 2Z23A 5H8QA 3ZKLA 4H5GA 4LZ5A 3W9WA 3C31A 2RINA 1OIBA 2NUVA 3S9NC 3IK6B 1A7LA 1JW5A 1VSOA 3B6WA 5A5XA 5KCJB 4X48A 4GRKA 2PVUA 4PFWA 4PP0A 3CSBA 4KYEA 2H99A 3RY3A 3THIA 1OLAA 4ESWA 3TEPA 5H8SA 1M5BA 3H7MA 4I8CA 2QS4A 3O6GA 5AE4A 4NF4B 3KJ7A 3GXAA 4F18A 2OCUA 3H06B 2HCAA 5KDTB 3RLFE 2HZLA 4HCYA 1ZLQA 3G3GA 3OD7A 4KYSA 4OWDA 2XXWA 1OLCA 4KCDA 3IB2A 3IO4A 1MXWA 1USYE 3CIJA 3K1NA 4EDPA 5BUUA 3MW0A 3SEXA 1A55A 1UIVA 2O1LA 1EH3A 4F22A 5F1QA 3IR1A 4NWCA 1UTHA 2RF1A 4Q8RA 5B7DA 2F35A 3EHUA 1II5A 3T96B 4G8NA 3O28A 3S2VA 2ZYOA 5LOMA 4F31B 1DTGA 3TQWA 2UYFA 3CRBA 1ATGA 1B46A 4ZE9A 4C1UA 3I5OA 5I84A 1ZTYA 4BDNA 5I56A 3H6UA 3CFXA 1LSTA 4GLIA 3R26A 4F1VA 1IZ1A 3TTNA 3UK4A 4U4XA 4IGRA 2QL3A 4DXCA 3FVOA 2I3VA 2IEEA 2PYYA 4F3BA 1A8FA 2ONRA 4GQOA 1MY4A 2ALUA 1H45A 5ITOA 4JSDA 4ESXA 3FD3A 1DMBA 3U8QA 5ELVA 4G2ZA 3OEKA 4DXUA 4HW8A 3GBBA 1B3GA 1IXCA 1L5TA 3VLWA 4OVJA 4JWXA 4TOZA 1WODA 3A3CA 1B1XA 4N6PA 3SESA 5DEXB 3IAZA 3IOVA 5TU0A 4FATA 3QYTA 3W15C 3GZGA 1B5HA 1XT8A 5CC2A 1ZMGA 2UYEA 4F1YA 3KG2A 4TQUQ 4NTLA 4WKMA 3QUJA 2FYIA 1Y9UA 3FXQA 1EZOA 3N94A 1LBBA 4PETA 3TELA 1YTVA 3V8XB 2GH9A 1UQWA 1PB8A 3CG3A 1N0TA 3O6IA 2O7IA 2E1SA 3TCFA 4YZZA 4YMBA 1QUKA 2AL4A 2DWHA 4RA1A 3LBSA 3VLUA 1R9LA 4LQ5A 1ZJLA 1MPBA 3TQLA 1TXFA 2A5SA 5FHMA 3MZ9A 3IJXB 4NF6A 4OETA 2RC9A 3HPIA 3K6UA 4KI0E 3UORA 2OZZA 2B3BA 5H8QB 5H8NA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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