4H65A

Crystal structure of semet derivative of hmp synthase thi5 from s. cerevisiae
Total Genus 98
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
98
sequence length
333
structure length
315
Chain Sequence
DKITFLLNWQPTPYHIPIFLAQTKGYFKEQGLDMAILEPTNPSDVTELIGSGKVDMGLKAMIHTLAAKARGFPVTSVASLLDEPFTGVLYLKGSGITEDFQSLKGKKIGYVGEFGKIKPEDYTAVRCGMNVAKYIIEGKIDAGIGIECMQQVELEEYLAKQGRPASDAKMLRIDCCFCTVLYICNDEFLKKNPEKVRKFLKAIKKATDYVLADPVKAWSGYIDFKPQLNNDLSYKQYQRCYAYFSSSLYNVHRDWKKVTGYGKRLAILPPDYVSNYTNEYLSWPEPEEVSDPLEATRLMAIHQEKCRQEGTFKRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The Last Piece in the Vitamin B1 Biosynthesis Puzzle: STRUCTURAL AND FUNCTIONAL INSIGHT INTO YEAST 4-AMINO-5-HYDROXYMETHYL-2-METHYLPYRIMIDINE PHOSPHATE (HMP-P) SYNTHASE.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Pyrimidine precursor biosynthesis enzyme THI5
molecule tags Transferase
source organism Saccharomyces cerevisiae
total genus 98
structure length 315
sequence length 333
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-09-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF09084 NMT1 NMT1/THI5 like
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4h65A02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4h65A01
3JZJA 3O9PA 3T9HB 5K2XA 5LOMA 2I3WA 4I62A 3K6VA 2F7CA 4RK2A 4QFOA 4FAJA 3FV1A 1S7YA 2X7PA 3HN0A 3VXCA 1H44A 2O1MA 3Q28A 4FIMA 4KYDA 4R72A 1B5HA 1USYH 4IY5A 5CM6A 4RJZA 1LFGA 2RCBA 4PP0A 4LATA 2QRYA 2OCUA 3RGYA 5TPAB 4H8IA 4RY1A 4FEBA 4PFWA 1MY3A 4HTGA 4H1XA 4ELOA 2HCAA 3V8XB 4LP2B 5JK4A 1OLCA 2IEEA 1Y3PA 1PC3A 1URDA 3ECRA 3IL1B 2F6PA 4JSOA 1OIBA 1B40A 1LCTA 5I2KA 2HEUA 1JVYA 3PPNA 3RTFB 4M4GA 1BKAA 3MQ9A 1MQIA 4QFPA 4OXVA 1B9JA 4YKJA 1B3HA 3ODBA 4RK9A 1P1QA 1MH4A 3M3KA 2B3BA 5FHMA 4F29A 4F18A 1I6BA 3JV9A 3VV5A 3QUFA 1WDNA 4F3BA 3K02A 3TTRA 4G8HA 1MPBA 2NOOA 5CMKA 2V25A 3IB1A 1QW0A 4YMBA 1NNTA 2OLBA 3TCHA 5TPAA 4NWCA 1FQCA 3KEIA 4O3BA 5AA4B 1MY2A 3W15C 5H8FB 3O28A 2O84X 1UTBB 3TAJA 4R73A 1B52A 5F7VA 2ZNUA 1MY0A 4X1DA 4G68B 4G8NA 4G4PA 2ZNSA 1Y9UA 2QSXA 3B7DA 3H06B 2UVIA 1ELJA 2QJEA 4LONB 4GF8A 3OSQA 5H8HB 4F19A 4MFIA 3MVXA 4QHQA 1H43A 1BP5A 5DT6A 4O3CA 3TELA 3TTNA 1QUJA 3MZ9A 1PDAA 3T66A 1MG1A 1MQHA 1SBPA 1N3XA 1SW4A 1IXCA 2Y7PA 1P1WA 3LSFB 4LUBA 3KBRA 3UORA 1LB9A 3CR9A 4GIZA 2XXQA 1MQDA 2V93A 3I6VA 3K1PA 3SERA 3FUZA 4F31B 5AA1A 1CB6A 1BTJA 3H3GA 5BWJA 2F8DA 5ITPA 4M1VA 4NTLA 5HBCA 1B46A 3C33A 4L17A 1ZBMA 1Y1MA 5TP9B 4IO2A 4ISUA 4YB7A 4ZECA 3VVFA 3BFUA 4R2BA 4KD5A 3O6IA 4YZZA 1MY4A 1OLAA 1B3LA 1B7HA 3I3VA 1URSA 3LSWA 4C1UA 3L6HA 2UVHA 4C0RA 1HSLA 1P1UA 3LR1A 1D9YA 3G3KA 2E1SA 1MDQA 5I2NA 1B6HA 1GV8A 3PV0E 4AQ4A 1O64A 1EZ9A 4ND9A 4KPTA 3FXQA 3RT8A 1N7WA 5DYHA 4E0WA 1EU8A 5ICTA 1FCKA 1D4NA 1AMFA 5A5XB 5DVJA 4OTEA 2RINA 2ZYNA 1N0TA 2AL4A 1T0KA 3W9WA 3Q27A 2ZYOA 4ELQA 1GR2A 5JEIA 4QFLA 1OQHA 4Q5TA 4XXUA 5CBRA 3C4MA 5IAIA 2Y84A 3C32A 4DZ1A 1ZJLA 2H5YA 3OENA 1TXFA 3IJOB 5CMBA 3MVYA 4PQJA 1Q35A 1EH3A 1RYXA 2UXAA 3UA8A 3U1OA 1SQYA 1TWYA 5H8NA 4DCXA 3VLUA 3VFJA 2O1LA 3OD7A 3BKIB 1MXWA 3SEXA 3T9VA 1ZMGA 4I1DA 4R75A 2B65A 1PBPA 3EHUA 2BJJX 3A3UA 1IXGA 3FXUA 3G3IA 1MRPA 4OETA 3H7MA 2VOZA 3O66A 1MXZA 2RC9A 1LBBA 3B6QA 3HO7A 4ZE8A 4R6YA 2OZZA 3LSLA 1QUIA 2REJA 4U1ZA 3V89B 1ZKBA 2Z8EA 1LAHE 3FVNA 3CVGA 5L8DA 1SD3A 2RKMA 2VHAA 1H3DA 5CC2A 3TEPA 1YPNA 1HSJA 2HZKA 2HAUA 4BDNA 1LLSA 4DDDA 2GHAA 3S9LC 3VLVA 4U22A 3ONMA 1B58A 1MXUA 3RN8A 1HSEA 3CRBA 3OMBA 5ITOA 5K2YA 3KFMA 4NEDA 3TYHA 4E0XA 2ABHA 2D21A 2ZNTA 4ZZEA 3QAXA 3TQLA 1MDP1 5J1DA 2PVUA 3TTMA 3K6UA 1B3EA 3RY3A 1F9BA 4OERA 4ZEIA 2F7BA 1JEVA 4ECFA 3EQ1A 3T96B 1A8EA 3OXNA 4IO3A 4EXLA 3MZ1A 2Z23A 1B4ZA 5DEXA 4MLVA 1LAFE 3SEYA 3TKDA 5AA2D 3OEKA 3IB2A 1I69A 1PB9A 1DSNA 1LBCA 5CBSA 3U8QA 4EXKA 2Y7KA 3FVGA 3IOUA 4F1VA 3SDFA 1LAGE 5I2KB 4BLAA 2XXVA 3F11A 2RCAA 1MPCA 1US5A 4XKQA 5L9MA 2LAOA 2ZMBA 2V3UA 3MAMA 1JVXA 4YICA 5TU0A 1VFDA 2Z8DA 1MY1A 3FVOA 4EQBA 1VR5A 3EHTA 4Z7EA 4I9DA 2R71A 4H67A 4NF6A 4ZE9A 1QUKA 3M8UA 4U4SA 3UK4A 1YAEA 3MBPA 1XS5A 3PUZE 4KHZE 3CIJA 2F7AA 2O51A 3KOSA 1NH8A 3IO6A 3UGWA 3K6XA 3G3FA 4EF1A 1B4HA 4RA1A 4PFTA 4MLQA 5KCJB 1A99A 3G3HA 1UIVA 4JXIA 4F3SA 1R6ZA 4K3FA 4ZEDA 2I49A 3PPQA 4OQOA 3CG1A 1SW2A 4JB7A 4WEDA 4ELPA 4TQUQ 4P0GA 1II5A 4FECA 1LAXA 2RC8A 1ZLQA 1FTKA 2DSFA 3GXAA 2XX9A 2DWHA 2Y7WA 2RF1A 2XXXA 3O2AA 1SVXB 3IB0A 1R9LA 1FQEA 1NMUA 5DVIA 2QS3A 3R7XA 4EUOA 4F3GA 3GZGA 3QSLA 4YB6A 1UIUA 3MPLA 4QFNA 4IGTA 1B7UA 1NFTA 4O3AA 4KCDA 1WVJA 3N6TA 2G93A 1IITA 4IY6A 1JW4A 5EHSA 1XC1A 2E0SA 4U2RA 2DVZA 4KYEA 3KN7A 2CZLA 3U93A 3SESA 2OBGA 2Q2AA 4F3PA 4R2FA 2OJTA 4EDPA 4QF9A 5KCJA 2DQVA 3VE1B 3E9XA 5IKBA 3DP8A 2QMWA 3EPEA 4HCWA 2M8CA 1N3WA 3T9UA 4OYVA 1FTJA 4HCYA 2W7YA 4F2QA 1GTKA 4NF8A 3L6GA 1TFAA 5B7DA 2IA4A 2AL5A 1QULA 2I4CA 3OEMA 4GD5A 1B1XA 5I2NB 4YAHX 1UTHB 3KN3A 1FQAA 3KOTA 4JWOA 4NF5A 4WXJA 2FNCA 3MVZA 4BDMA 4C1TA 3Q25A 1PB8A 3FASA 2ONRA 1LB8A 3G7WA 4H0WA 2DWAA 2PX1A 4R6HA 3ZS6A 1IXIA 1JW1A 2Q2CA 3VXBA 1IXHA 2Q88A 3KGCA 1MXVA 1EZPA 2DS9A 3FZVA 1DPEA 2F34A 1B7ZA 2FYIA 3IK6B 1VFEA 3LBSA 5HPQA 3SETA 4DIGA 4U4XA 4QSDA 3RPWA 2ANJA 1FW0A 2Y7RA 3IR1A 1IQ7A 3B6TA 4FATA 3CFXA 4I8CA 1LGBC 1LCFA 1LFIA 2XXUA 3MVWA 1YCJA 1POTA 1FTMA 1A55A 3FD3A 3K2DA 2VD3A 4OWDA 4F1YA 5H8NB 5I57A 2XXRA 2HXWA 1UTHA 3S9NC 4LZ7A 3S4UA 4FORA 4YKIA 1XT8A 2XD2A 3UP9A 3A09A 4GRKA 3LC8A 2O7UA 4TOZA 1FTOA 3T9XB 4X1BA 2F36A 3JYRA 1L5TA 2F35A 1M5EA 4ZEFA 4YKPA 3BBRA 4OEVA 1B0HA 4OFJA 3FVKA 3USDA 1NNFA 3SEUA 1N7XA 2WKYA 3IOVA 1P1OA 4KFQA 2OK2A 2A5TA 4JBZA 4OENA 2GFEA 1B32A 2I6EA 3PMXA 5I84A 1AL3A 1USYE 1Q1KA 4LZ5A 1XHYA 2ZYKA 3IOWA 1MM7A 2ONKE 3K4UA 3C35A 1N76A 1B0LA 1JEUA 3V5AA 2PBWA 3TFLA 1VE4A 1S50A 3CSBA 3U94A 4LVQA 3B6WA 5ISUA 3HSTA 2DXRA 2XXPA 3PUVE 4F39A 3KN8A 2H4IA 4QFKA 1IEJA 3Q29A 1O63A 1A7LA 4FE8A 4UACA 3HCQA 4QRZA 1JNFA 3QUJA 3RNNA 3LUYA 2QMXA 5DEXB 1J1NA 4Q0CA 2ALUA 3ILUB 1R1NA 1DTGA 3TPAA 2NXOA 4YB5A 2HAVA 2A5SA 3DM0A 4QSEA 1O7TA 4F22A 1Y3QA 5H8SA 3PPRA 3KSXA 4G77A 4GOTA 1M5DA 1B3FA 4UA8A 1BIYA 2H98A 2XXHA 3PGFA 3H03A 4DCYA 4OVJA 1ZTYA 4GLIA 2X26A 5H8QA 1D9VA 4GL0A 3LSXA 3MUQA 3WAEA 1NH7A 4KQPA 4BDQA 2PYYA 3U92A 4LQ5A 2ONSA 1GVCA 4THIA 3FGSA 1UQWA 4POWA 3FIRA 1IUDA 2QS1A 4QSCA 2NUVA 3H6TA 2R9JA 4U1OA 3C31A 4NF6B 4GFRA 4R74A 1DMBA 2B3FA 4Q30B 4P0IA 4AB5A 3D4CA 4BDRA 4NF4B 4XIGQ 3V83A 5JTYB 3OSRA 1GGGA 2XD3A 3VDFA 1SI1A 3O97A 1QJMA 1I6QA 1I6AA 2P0SA 1QVSA 5FTHA 1EZOA 4KR5A 2DYXA 2V84A 4EQ9A 5AA2B 4BDOA 2CMOA 1QKBA 4H65A 2UYEA 3HHFA 5F1QA 3K6WA 4ONYA 5AE4A 2ZXTA 3HV1A 5L9SA 4NWDA 3T22A 4RYAA 3DLNA 1SYIA 1MM6A 1XVXA 4FJPA 3K01A 2XXYA 1Z7ME 4PFUA 3R26A 3RTWB 2XX8A 2DWIA 5FHOA 2PT2A 5ELVA 4RPOA 5BUUA 4ZEKA 4FEDA 3S9MC 4GVOA 1A54A 2I4BA 4OFOA 3UIFA 2Z22A 4NF4A 3A3CA 1SYHA 3BFTA 5JTYA 4EQ7A 3EN3A 1S9TA 5KDTB 5L9OA 3KZGA 2PT1A 3PMWA 4X9TA 2I0CA 4KI0E 4LZ8A 4AB6A 2XX7A 4EF2A 1P99A 2AIXA 1DOTA 3THIA 1MQJA 2P1SA 3OO6A 5AA2A 4RPNA 3OO7A 4U21A 3M3LA 4IO4A 2I0BA 3QYTA 4LA9A 2DE2A 1MXYA 2H9BA 1RYOA 3I5OA 3OO9A 1B05A 4NF8B 3IX1A 4F1UA 4ELRA 1MXXA 3PU5A 1A8FA 1ANFA 1LSTA 3FATA 3IORA 3TODA 2DWJA 4P11A 2DVCA 4NF5B 1MS7A 1Z7NE 2D3IA 5KDTA 1FQDA 5I58B 1WODA 1M5CA 3G3JA 2QPQA 3N26A 4POXA 2GHBA 3S9EA 4GXAA 2UVGA 4ESWA 3HHGA 4BDLA 4MF3A 1B1HA 2DE3A 2AYSA 4XKNA 4IGRA 2OWSA 4IO6A 1A40A 3MP8A 3CFLA 1FQBA 1VSOA 1BLFA 5DVFA 3PUYE 1Y4CA 3IOTA 2R6GE 4N07A 3N6UA 2XXTA 4H5FA 3UN6A 1TT1A 1NL5A 4G68C 1URGA 3OO8A 2YJPA 3TCFA 4H8JA 1B3GA 1D3KA 2QL3A 3MJNA 1B5IA 5I57B 5AA3A 2V3TA 3RLFE 1DTZA 4R9GA 3PMVA 5FHNA 5I56B 4JDFA 1Y20A 3ZKLA 4PFYA 3MW0A 3PD9A 4WKMA 3H6VA 3H6WA 4KCCA 3T93B 1NNPA 4DXCA 5I58A 3E13X 2I3VA 4ZEBA 2D5WA 3VLWA 1B5JA 4IO7A 1TFDA 2F97A 3MPKA 3Q26A 1PB7A 1ATGA 1AIVA 3K1MA 4OMBA 4OEUA 4Z0IA 4DE8A 4GL8A 4PETA 5AA4A 2P2AA 5H8FA 2DXYA 3K0VA 3ZKKA 3FXRA 3FJGA 1POY1 2RC7A 2G29A 1UTBA 1LFHA 3U72A 4GXSB 5CMMA 2THIA 3GBAA 3PUWE 1MH3A 3O6HA 1ZU0A 2A5TB 4RNSA 4G68A 3MP1A 4MBPA 3O6GA 2UYFA 3N5LA 2REGA 2DP8A 4ZS9A 3KG2A 2I48A 4NE4A 3D4GA 1PBQA 3RT6B 2UVJA 1OVBA 3CG3A 1M5BA 3TZAA 3MC2A 4ESXA 5H8HA 4OZ9A 1SDXA 1Y4TA 4XTCQ 1M5FA 5I56A 3FV2A 2VGQA 4F2OA 3PPPA 5EYFA 1H45A 2X7QA 1ZIUA 4JWXA 2NVUB 2XXIA 3PPOA 2GRVA 3TMGA 2O6AA 3TDJA 4MH5A 4YU0A 1XVYA 2YLNA 3KJ7A 4HS7A 1H76A 3FJ7A 2Y7IA 5CI5A 5I59B 3GLBA 5KZTA 3ILTB 1SW5A 3IO4A 2KLFA 4DXUA 1XOCA 2V3QA 4JSDA 3C34A 2VP1A 4X48A 3W9VA 5DTBA 3TUSA 1B2HA 3PD8A 1OQGA 3CI8A 3H4ZA 1QKAA 2VD2A 3K1NA 2ZYMA 1JQFA 1P1NA 1RKMA 2HZLA 4YKKA 5B70A 5TP9A 2NWJA 3TTKA 1AOVA 1B51A 1IZ1A 1N04A 5H8QB 2YPNA 3TQWA 3WAFA 3P7IA 5CRYA 1R9QA 4KYSA 2H25A 3O29A 4H5GA 1JETA 4LQ2A 3EHSA 3E4RA 4WEPA 1SI0A 4JWYA 2XHDA 3VVEA 2O69A 1NKXA 3OOAA 4OHNA 1Y3NA 3SEWA 2F6GA 3DELB 1NNKA 3QK6A 4TLMB 3SKPA 3GBBA 5I59A 4R6KA 5A5XA 3C9HA 1CE2A 1PEBA 2XXWA 4ZZAA 3FJMA 5ICQA 2PMSA 5EHMA 4R9FA 2O7IA 3N94A 3AXFA 4NMYA 3E3KA 4H6DA 3PUXE 1Y1ZA 4OESA 2DE4A 3TTLA 1N84A 2Q89A 4G2ZA 4DLDA 1MPDA 4IB2A 4XKPA 3MP6A 5CMCA 1FQFA 2FA7A 2QS4A 1MQGA 4TLLB 1FTLA 3MWBA 3C36A 5FTIA 3ZSFA 3M3FA 4G8MA 4N13A 2OWTA 3DP4A 4RXLA 1AH5A 1SW1A 3IJXB 3SEVA 5HM4B 1IIWA 3S2VA 4OFLA 2Q8JA 4DXBA 3KJTA 3KSJA 2GH9A 3H6UA 2DOJA 1DPPA 2O68A 1YTVA 4U23A 4YMAA 3OELA 5M2VA 2HFBA 2F5XA 4PE5B 4IO5A 2QS2A 2F78A 4N6PA 3RUMA 3QIMA 1US4A 3HPIA 4GQOA 1OMPA 3IAZA 3CFZA 3CSGA 3QXMA 1KWHA 2Q9TA 2ESNA 4GWOA 3G3GA 3RQTA 3TCGA 2HQ0A 4HW8A 3VVDA 2I58A 2Z8FA 4XKRA 2H99A 4ZDMA 3EF7A 3MZBA 3K00A 1JW5A 3R6UA 1OVTA 3DP6A 4Q8RA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3JZJA 3O9PA 3T9HB 5K2XA 5LOMA 4GWSA 1K9ZA 2I3WA 4I62A 3ROJA 3K6VA 2F7CA 4RK2A 4QFOA 4FAJA 3FV1A 1S7YA 4XFEA 2X7PA 3HN0A 3VXCA 1H44A 2O1MA 2WBBA 3Q28A 4FIMA 4KYDA 4R72A 1B5HA 1USYH 4IY5A 5CM6A 4RJZA 1LFGA 2RCBA 3RPLB 4PP0A 4LATA 2QRYA 2OCUA 3RGYA 5TPAB 4H8IA 3KC0A 4RY1A 4FEBA 4PFWA 1MY3A 4HTGA 4H1XA 4ELOA 2HCAA 1FPGA 3KBZA 3V8XB 4LP2B 4MNIA 5JK4A 1OLCA 2IEEA 1Y3PA 1PC3A 1URDA 3ECRA 3IL1B 2F6PA 4JSOA 3FBPA 1OIBA 1B40A 1LCTA 2Q8MA 1NV5A 5I2KA 2HEUA 1JVYA 5F24A 3PPNA 3RTFB 1FJ6A 4M4GA 1BKAA 4P56A 3MQ9A 4OVRA 1MQIA 4QFPA 4JVIA 5ESYA 4OXVA 1B9JA 4YKJA 1DK4A 1B3HA 3ODBA 4RK9A 1P1QA 1MH4A 3M3KA 2B3BA 1EYJA 5FHMA 4F29A 4F18A 1I6BA 3JV9A 3VV5A 3QUFA 1WDNA 4F3BA 3K02A 2Y5KA 3TTRA 4G8HA 1MPBA 3T1BA 2NOOA 3RPLA 5CMKA 2V25A 5EQAA 3IB1A 1QW0A 4YMBA 4PC9A 1NNTA 5EYHA 2OLBA 3TCHA 5TPAA 2WYKA 4NWCA 1FQCA 3KEIA 4P3LA 4O3BA 5AA4B 1MY2A 3W15C 2PCRA 5H8FB 3O28A 2O84X 1UTBB 4MJOA 3TAJA 4NG7A 4R73A 1B52A 5F7VA 2ZNUA 1MY0A 4X1DA 4G68B 4IR8A 4G8NA 4G4PA 2ZNSA 1Y9UA 2QSXA 3B7DA 3H06B 1K9YA 2UVIA 1ELJA 2QJEA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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