4H65A

Crystal structure of semet derivative of hmp synthase thi5 from s. cerevisiae
Total Genus 98
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
98
sequence length
333
structure length
315
Chain Sequence
DKITFLLNWQPTPYHIPIFLAQTKGYFKEQGLDMAILEPTNPSDVTELIGSGKVDMGLKAMIHTLAAKARGFPVTSVASLLDEPFTGVLYLKGSGITEDFQSLKGKKIGYVGEFGKIKPEDYTAVRCGMNVAKYIIEGKIDAGIGIECMQQVELEEYLAKQGRPASDAKMLRIDCCFCTVLYICNDEFLKKNPEKVRKFLKAIKKATDYVLADPVKAWSGYIDFKPQLNNDLSYKQYQRCYAYFSSSLYNVHRDWKKVTGYGKRLAILPPDYVSNYTNEYLSWPEPEEVSDPLEATRLMAIHQEKCRQEGTFKRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The Last Piece in the Vitamin B1 Biosynthesis Puzzle: STRUCTURAL AND FUNCTIONAL INSIGHT INTO YEAST 4-AMINO-5-HYDROXYMETHYL-2-METHYLPYRIMIDINE PHOSPHATE (HMP-P) SYNTHASE.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase
source organism Saccharomyces cerevisiae
molecule keywords Pyrimidine precursor biosynthesis enzyme THI5
total genus 98
structure length 315
sequence length 333
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-09-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF09084 NMT1 NMT1/THI5 like
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4h65A02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4h65A01
4POXA 3OMBA 1N7WA 2D5WA 4Z0IA 3EPEA 1FTKA 4R73A 5I56B 2FA7A 3CIJA 5TP9A 1MY4A 1ZKBA 4G68A 5F1QA 4YKKA 5L9SA 4GXAA 1EZOA 4LP2B 2GHBA 2F36A 4WEPA 3LUYA 1R1NA 4QFPA 1Q1KA 3OEMA 3C35A 2F97A 4HCYA 1PBPA 2ALUA 2H98A 2Q2AA 3H6UA 4NF6A 4GL0A 3LR1A 4O3CA 2DE3A 2UVHA 3CR9A 3TYHA 3MVWA 4EQ7A 5DYHA 3HPIA 1FTJA 4H67A 3HO7A 3ZSFA 3G3FA 4LA9A 2KLFA 2I0BA 4N13A 3R26A 2UVIA 2PT2A 3SKPA 1YPNA 3QIMA 4U4SA 2OWTA 4YKIA 1A40A 3VV5A 1ZBMA 4DCYA 4ZE8A 3I5OA 4YICA 3UN6A 3PPPA 4RY1A 1PB8A 3FJ7A 2F78A 4TOZA 1EU8A 1OMPA 3TTLA 5EYFA 2OZZA 4NEDA 2F6PA 5DVIA 5CMKA 3BFTA 5I59A 3U72A 3H06B 4JXIA 4MH5A 1LFIA 4IGTA 2THIA 2Y84A 2IEEA 4NWCA 2XXQA 1HSEA 5KDTA 1IXGA 3G3IA 3HSTA 2ZYOA 4IO2A 3RN8A 3KJ7A 4NF8B 1I69A 3THIA 5L8DA 3VVDA 1LB8A 4OEVA 3N94A 1ZU0A 3K01A 2W7YA 4IO7A 4F1YA 2IA4A 1WDNA 3K6XA 2BJJX 1QKBA 3PU5A 2DWIA 2HQ0A 3SEYA 1B5HA 1AOVA 2V3QA 1I6QA 3Q28A 3FZVA 1YCJA 5I58A 3QAXA 2LAOA 2B3BA 3E3KA 5AE4A 3PUZE 4U4XA 2UXAA 1HSLA 4GF8A 2Q88A 2VD2A 2XXVA 2XX9A 3LBSA 2NWJA 3WAFA 3MVZA 4Z7EA 3SESA 1GR2A 5JTYA 4KYDA 1XVYA 1IEJA 1MXWA 3GBAA 1PBQA 4HW8A 5TPAB 4OEUA 1ELJA 2D3IA 3C4MA 1FQEA 4R2FA 3CVGA 3ZKKA 4R9GA 1PDAA 5AA2A 2GHAA 3N5LA 5DVFA 1XHYA 2DS9A 3MQ9A 5I2NA 1XS5A 3KG2A 2HAUA 1AH5A 1A55A 1SI0A 1A7LA 3K00A 5H8FA 4OERA 3RGYA 3E4RA 3RQTA 3MVYA 2Z8DA 3L6HA 3KOSA 1BIYA 2AL5A 4G8NA 3TTKA 3B6WA 4GLIA 3IOVA 4F2QA 4KD5A 3H6TA 3R6UA 1QUKA 1A8FA 4F3BA 4BDQA 1SW5A 5IKBA 1NNTA 3MWBA 1EH3A 1POTA 3FXUA 3IOUA 3K02A 1LAGE 1SBPA 4DIGA 4MLQA 2OLBA 4OFJA 3T22A 1SW4A 1UQWA 4HS7A 3C32A 4R6YA 4OYVA 3C36A 4ND9A 3LSXA 4H8JA 2O1LA 2O1MA 2R6GE 3HCQA 2GH9A 3SETA 1IITA 2DP8A 4EF1A 1NMUA 4I62A 1MPBA 3ILUB 3H6WA 1F9BA 1JW1A 1SYHA 1B1HA 4JDFA 4X9TA 4GRKA 3D4GA 3K1MA 4OXVA 2DE4A 1QVSA 1I6AA 1FQFA 2XHDA 3T9UA 5TU0A 1MY0A 3MJNA 5H8QA 4UACA 4JSOA 1NNKA 2F8DA 3FASA 1BKAA 1TT1A 5H8HA 3ECRA 1R9LA 3VLWA 1JEUA 1ZJLA 2P1SA 4FE8A 1MXVA 4F3SA 2ZXTA 4I1DA 4RNSA 1Y1MA 5A5XA 4GVOA 3TCGA 1Y4CA 1S7YA 3KFMA 1J1NA 2H9BA 4NF4B 3SDFA 1N7XA 2QMWA 3M8UA 4IY5A 1LCTA 5DEXB 2F6GA 1B52A 3OEKA 1SVXB 4E0WA 3FVNA 4DZ1A 2ABHA 3KOTA 5I56A 4XXUA 4X48A 1M5EA 3DP4A 1AMFA 2Q89A 3IJOB 3KJTA 4ISUA 1N04A 4UA8A 3KSXA 2YLNA 2XX8A 4LUBA 1Q35A 2PYYA 2UVJA 5AA1A 4QSDA 5CBSA 2O6AA 1IXCA 1Y1ZA 3OO7A 3DM0A 4OMBA 1JVYA 1P1UA 4JBZA 2DOJA 4YB7A 3RUMA 3BKIB 2PT1A 2X7QA 1IUDA 3Q25A 4PE5B 4ZS9A 1MRPA 1P1QA 3HHGA 4OETA 3PMXA 1B4HA 3CI8A 2PVUA 2FNCA 3MP6A 4BDNA 5J1DA 4FECA 2G29A 1OLAA 5CMBA 4FEBA 4LQ2A 3QSLA 2X7PA 1QKAA 1Y3PA 4I9DA 1ZMGA 3TQLA 2GFEA 3HN0A 1FQDA 3OSQA 3PMVA 2Z22A 3TAJA 5CMCA 4OVJA 1OQGA 3H03A 1MDP1 2QS4A 4ESXA 3O2AA 1MQHA 2F7BA 3LC8A 3MPKA 5I57A 1LFGA 4O3AA 2I6EA 3OXNA 4DXCA 1B5JA 3QXMA 3W9VA 3KN8A 1IXHA 5ITOA 5CBRA 2DWJA 4LQ5A 3B6TA 4NF8A 4F3PA 5DTBA 3LSWA 1UTBB 3DP8A 3S9MC 2HZLA 2ZMBA 1LB9A 5CM6A 4IB2A 3FIRA 2XD3A 4NWDA 1MXYA 3A09A 1IZ1A 2XXXA 1MPCA 4F31B 3ONMA 4GXSB 1NNFA 4GQOA 5DT6A 2ONSA 1B05A 3EF7A 2I4BA 4R74A 2P2AA 1R9QA 4PFWA 5CC2A 4QRZA 3PPNA 3T96B 1Y4TA 1M5BA 2HEUA 3VFJA 4LONB 2QS2A 4OFLA 1TXFA 2PMSA 1IQ7A 5KCJB 1YAEA 2Q8JA 5FTHA 4JWYA 2ZNTA 3Q29A 1MQIA 3O28A 3C9HA 3ZS6A 5TPAA 4G8MA 4QFKA 3TODA 4JB7A 4ZEBA 2Z8EA 1A99A 4U22A 3FXRA 3UP9A 5ISUA 5ICQA 2YJPA 3MW0A 3D4CA 1B5IA 3Q26A 1MXUA 3E13X 4DXUA 3TTRA 3UIFA 1QW0A 3M3LA 1I6BA 4ZDMA 4ELQA 1MXXA 3KGCA 1N0TA 3G7WA 2ZYMA 3SERA 4KQPA 5I2KB 4XKRA 1QUIA 4BDMA 4EQBA 4EXKA 3OSRA 2RCAA 4DCXA 2Y7KA 1USYH 3H4ZA 5JEIA 4H65A 3FD3A 3A3CA 2ESNA 1FCKA 2DYXA 4ELOA 3G3HA 2RINA 2CZLA 1B46A 3EN3A 3K4UA 3MAMA 5BWJA 1D9VA 5CI5A 4PETA 3MZ9A 2ZNSA 2I58A 1TWYA 2QPQA 2ZYNA 2H25A 2OJTA 3ILTB 3TELA 2F34A 2O7UA 4X1BA 2DWHA 4NMYA 3K6WA 4GOTA 3TQWA 1QJMA 1VFEA 1A8EA 3IORA 2B65A 1B32A 2R71A 5BUUA 2O51A 2CMOA 4QSEA 1GVCA 1M5DA 3EHTA 1CB6A 5K2YA 3P7IA 3U92A 4XKNA 2G93A 2Y7IA 4H6DA 1UTHB 1ZIUA 4C1TA 3G3JA 3I3VA 1B7UA 1MXZA 2ONKE 1MPDA 4OHNA 3FJMA 3FV1A 1LCFA 3K0VA 2I0CA 3MP1A 4IO4A 4ZZEA 1LFHA 4Q5TA 3UK4A 1OVBA 3JYRA 4ZEDA 3O6HA 3PUVE 5H8NB 5KZTA 1IIWA 5K2XA 3IOTA 1N76A 1CE2A 3SEUA 4U1ZA 3W15C 5IAIA 2WKYA 4ZEIA 2OK2A 3QK6A 2DWAA 3KEIA 3Q27A 4I8CA 2DSFA 4LZ5A 2RC7A 5M2VA 5B7DA 2PX1A 3QYTA 5EHSA 1UIUA 3G3KA 2QMXA 1B58A 4PQJA 3PD9A 3S9EA 4ONYA 3O29A 1NL5A 1NNPA 4NF4A 1URSA 2UYEA 1II5A 4ESWA 5DEXA 2A5TB 2Q9TA 1QULA 3JV9A 2OBGA 3BBRA 2Z23A 2ZNUA 3PPOA 4F18A 2RC9A 4LATA 3MP8A 4GFRA 4KPTA 1P99A 2V25A 5I84A 4R6HA 3PPQA 3C33A 4PFYA 4IO5A 4JSDA 4WKMA 2M8CA 3E9XA 4C1UA 3TTNA 3RLFE 4F3GA 2I4CA 4P0IA 4G2ZA 2Q2CA 4RA1A 4FORA 3K6UA 4K3FA 5AA4A 3RTWB 4EF2A 4MBPA 3DELB 1N3XA 4QF9A 5H8FB 5ICTA 1NH8A 3VVFA 4KR5A 1DOTA 5FHOA 2QRYA 3BFUA 4NF5B 1ATGA 2RKMA 2ANJA 3RPWA 3TMGA 4E0XA 4BLAA 2I3WA 4XIGQ 1ANFA 1JQFA 1POY1 4EDPA 1FQBA 1M5FA 4OESA 3MZ1A 1TFAA 2H99A 4KHZE 1US5A 4YKJA 5AA3A 2HXWA 1SD3A 1B9JA 1B0LA 2DVCA 4TLMB 1HSJA 2DVZA 1MS7A 2XXIA 3OO6A 1H3DA 2XX7A 3DP6A 1BTJA 5CRYA 4H5FA 1Y3QA 4LVQA 4RPNA 3TZAA 5EHMA 2R9JA 3TTMA 5LOMA 4Q30B 3TUSA 1VFDA 3RTFB 2RC8A 1UTBA 3KBRA 3CFZA 3T9HB 5ITPA 3VLVA 3IB2A 4OWDA 2VHAA 4PFUA 4DE8A 2HFBA 1Y20A 4FATA 2H5YA 4YMAA 3RY3A 3IO6A 2AIXA 1H44A 3G3GA 4EQ9A 3PV0E 3K6VA 4RYAA 1LGBC 2VD3A 4U21A 1B1XA 4MFIA 3T9XB 1XVXA 3OOAA 4P0GA 4GL8A 1JW5A 3MC2A 1FQAA 4KYEA 3MUQA 4OENA 3UGWA 3H6VA 3IJXB 2E0SA 1H43A 4N07A 2X26A 4RK2A 5KCJA 3FJGA 4OQOA 3EQ1A 1P1NA 4DDDA 5F7VA 5HM4B 1MQGA 4THIA 1B3EA 3C31A 4X1DA 2VOZA 3SEVA 2H4IA 4RPOA 4KI0E 3OO9A 1Y9UA 3RT6B 3V5AA 4LZ8A 1JVXA 1LAFE 2AYSA 5L9MA 1P1OA 3GLBA 3VDFA 5ELVA 1D9YA 2F7CA 1EZPA 5FTIA 2PBWA 1JNFA 5I2KA 2P0SA 3PUXE 1B51A 2ONRA 2F35A 3FV2A 4GIZA 4YMBA 3IK6B 3KSJA 2DQVA 4F22A 4GD5A 3RT8A 3M3FA 3S4UA 4WEDA 1O7TA 1SW1A 4BDOA 4M4GA 2YPNA 2QSXA 1MDQA 1SQYA 2DXRA 1ZLQA 5H8SA 1JETA 1NFTA 3F11A 1OVTA 4XKPA 2QS1A 3S9LC 4U23A 2D21A 1Y3NA 1N84A 1L5TA 3H7MA 3RNNA 4AQ4A 4TQUQ 3IO4A 1DTZA 1B2HA 2V3TA 4P11A 1O64A 1PB9A 1NH7A 4YKPA 1FQCA 4PFTA 3SEXA 2V3UA 1UTHA 4RK9A 1RYOA 2DE2A 3VXCA 3TCHA 1SI1A 4KCCA 1B7HA 3V8XB 1MM6A 2NVUB 1H45A 5B70A 3IX1A 3TEPA 5TP9B 4U1OA 2XXTA 5I57B 4G68B 4QFLA 3LSFB 1LBBA 2VGQA 4AB5A 1H76A 4H8IA 3OENA 2I3VA 2NXOA 3TKDA 1JEVA 3FATA 5H8NA 3FXQA 1ZTYA 4U2RA 4H0WA 3TCFA 4FEDA 2XXYA 4EXLA 3MVXA 1NKXA 3IAZA 3O6IA 4RXLA 1LBCA 4NF6B 1B0HA 2RF1A 3OO8A 1VR5A 4Q8RA 3C34A 3AXFA 1MQJA 1MH4A 3EHSA 1TFDA 1B6HA 1WODA 1MM7A 2DXYA 4DLDA 4F1VA 1PEBA 4OTEA 2NUVA 1PB7A 4QFNA 1MY2A 1YTVA 3T9VA 3I6VA 3UA8A 1B3GA 5L9OA 3N6TA 3K1NA 4G77A 1FW0A 4TLLB 2HCAA 3MBPA 3V83A 5FHNA 3A3UA 2A5TA 3CFXA 4IO6A 2O68A 2QS3A 2OWSA 3FVGA 4F2OA 2Y7RA 1DPEA 1S9TA 4BDLA 3MZBA 4DXBA 1MH3A 2Y7PA 3O97A 1B7ZA 3OELA 4RJZA 1T0KA 3IB1A 5I59B 1DTGA 4ECFA 1A54A 4ELPA 4R9FA 4R6KA 3FVKA 4FIMA 3ODBA 3CG1A 5HBCA 4YB6A 1R6ZA 3EHUA 4XKQA 1SYIA 4KCDA 4ZEFA 5KDTB 3O66A 4H1XA 3VLUA 3FUZA 1P1WA 1RKMA 4L17A 3QUFA 2XD2A 1AIVA 2Y7WA 1FTLA 2FYIA 3B6QA 1UIVA 4IY6A 4Q0CA 1B3LA 5CMMA 3OD7A 4MF3A 4NF5A 3S2VA 3CRBA 2XXUA 4PP0A 1S50A 4R72A 5I58B 3B7DA 2ZYKA 3GXAA 3U8QA 1OLCA 4F39A 4G68C 1VSOA 5JK4A 1MY3A 1WVJA 4QSCA 1OQHA 2AL4A 1GTKA 5JTYB 1SDXA 4IO3A 3USDA 3TDJA 3HHFA 3N6UA 4FAJA 2I49A 3O9PA 2HAVA 2HZKA 4NTLA 3PMWA 4R75A 1IXIA 1LAXA 4YZZA 1URGA 3VE1B 5AA2B 1EZ9A 4KYSA 1D4NA 2O84X 4FJPA 3SEWA 2B3FA 2OCUA 5I2NB 4AB6A 1MG1A 2F7AA 4G8HA 4EUOA 4YB5A 3S9NC 4QFOA 5DVJA 4XTCQ 3LSLA 4KFQA 1GV8A 4M1VA 4NE4A 4GWOA 4JWXA 3PUWE 4ZECA 2UYFA 3N26A 4LZ7A 3IL1B 3ZKLA 3VXBA 4O3BA 4R2BA 1DMBA 3MPLA 2GRVA 1RYXA 4C0RA 3PPRA 2REJA 4OZ9A 3PGFA 3TFLA 2I48A 3W9WA 3PUYE 2Z8FA 1N3WA 1LSTA 3WAEA 3GZGA 3T93B 3IR1A 3K2DA 1M5CA 3CSBA 1JW4A 4IGRA 4ELRA 1BP5A 4POWA 1O63A 2QL3A 3UORA 2O69A 3KZGA 1XC1A 4F19A 1PC3A 3H3GA 4N6PA 1DSNA 1FTMA 3TPAA 3U1OA 5HPQA 2E1SA 2NOOA 1URDA 3QUJA 3VVEA 1SW2A 2RCBA 1QUJA 3HV1A 4G4PA 1B40A 3U94A 2F5XA 3R7XA 3V89B 4HTGA 1VE4A 4MLVA 3T66A 1AL3A 4YU0A 2A5SA 3DLNA 3KN7A 1XT8A 4YAHX 2V84A 4ZZAA 1OIBA 1B3HA 1MY1A 3CSGA 1B3FA 1Z7NE 1LLSA 1XOCA 1US4A 2REGA 3JZJA 4WXJA 3CG3A 5AA4B 4BDRA 1DPPA 3PD8A 1FTOA 2QJEA 5H8QB 1Z7ME 1KWHA 4ZE9A 3IB0A 4JWOA 3O6GA 3K1PA 3FVOA 1BLFA 2XXWA 3CFLA 2XXRA 3FGSA 5H8HB 2O7IA 4OFOA 3KN3A 1D3KA 3L6GA 2VP1A 3IOWA 1MQDA 1LAHE 5A5XB 4F29A 2V93A 5FHMA 2XXHA 2UVGA 2XXPA 1B4ZA 4HCWA 1GGGA 3M3KA 4F1UA 4ZEKA 5AA2D 1USYE 4H5GA 3U93A 4QHQA 3GBBA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2Q74A 4POXA 3OMBA 1N7WA 2D5WA 4Z0IA 3EPEA 1FTKA 4R73A 5I56B 2FA7A 3CIJA 5TP9A 5EQ8A 1MY4A 1ZKBA 4G68A 5F1QA 4YKKA 5L9SA 4GXAA 1EZOA 2CEYA 1EYIA 4LP2B 2GHBA 2F36A 4WEPA 3LUYA 1R1NA 4MMPA 4QFPA 1Q1KA 3OEMA 3C35A 4JVDA 2F97A 3B50A 4HCYA 1IMAA 1PBPA 2ALUA 2H98A 2Q2AA 3H6UA 4NF6A 1IMCA 4GL0A 3LR1A 4O3CA 2DE3A 2UVHA 3CR9A 3TYHA 1CNQA 3MVWA 4EQ7A 5DYHA 3HPIA 1FTJA 4H67A 3HO7A 3ZSFA 3G3FA 1FBFA 4LA9A 4PFBA 4PGPA 1FBPA 3MYUA 2KLFA 2I0BA 4N13A 1NI9A 3R26A 2UVIA 1NUYA 2PT2A 3SKPA 2XWIA 1YPNA 3QIMA 4U4SA 2OWTA 4PF8A 4YKIA 1A40A 3VV5A 1ZBMA 4DCYA 4ZE8A 3I5OA 4YICA 3UN6A 3PPPA 4RY1A 1PB8A 3FJ7A 2F78A 4TOZA 1EU8A 1OMPA 2WYKA 3TTLA 5EYFA 2OZZA 4NEDA 2F6PA 1FBDA 5DVIA 5CMKA 3BFTA 5I59A 3U72A 4PAFA 3H06B 4JXIA 4MH5A 1FBEA 1LFIA 4IGTA 2THIA 2Y84A 2IEEA 4NWCA 2XXQA 5FBPA 1HSEA 5KDTA 1IXGA 3G3IA 2F3DA 3HSTA 2ZYOA 4IO2A 3RN8A 3KJ7A 4NF8B 1I69A 3THIA 5L8DA 3VVDA 1LB8A 2DDKA 4OEVA 3N94A 3IFAA 1ZU0A 3K01A 2W7YA 4IO7A 4F1YA 2IA4A 1WDNA 3K6XA 2BJJX 1QKBA 4DI3D 3PU5A 2DWIA 2HQ0A 3SEYA 1B5HA 1AOVA 2V3QA 1I6QA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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