4H65A

Crystal structure of semet derivative of hmp synthase thi5 from s. cerevisiae
Total Genus 98
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
98
sequence length
333
structure length
315
Chain Sequence
DKITFLLNWQPTPYHIPIFLAQTKGYFKEQGLDMAILEPTNPSDVTELIGSGKVDMGLKAMIHTLAAKARGFPVTSVASLLDEPFTGVLYLKGSGITEDFQSLKGKKIGYVGEFGKIKPEDYTAVRCGMNVAKYIIEGKIDAGIGIECMQQVELEEYLAKQGRPASDAKMLRIDCCFCTVLYICNDEFLKKNPEKVRKFLKAIKKATDYVLADPVKAWSGYIDFKPQLNNDLSYKQYQRCYAYFSSSLYNVHRDWKKVTGYGKRLAILPPDYVSNYTNEYLSWPEPEEVSDPLEATRLMAIHQEKCRQEGTFKRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The Last Piece in the Vitamin B1 Biosynthesis Puzzle: STRUCTURAL AND FUNCTIONAL INSIGHT INTO YEAST 4-AMINO-5-HYDROXYMETHYL-2-METHYLPYRIMIDINE PHOSPHATE (HMP-P) SYNTHASE.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase
source organism Saccharomyces cerevisiae
molecule keywords Pyrimidine precursor biosynthesis enzyme THI5
total genus 98
structure length 315
sequence length 333
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-09-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF09084 NMT1 NMT1/THI5 like
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4h65A02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4h65A01
3E4RA 1PB9A 4IO7A 2Q9TA 5H8HB 3L6GA 3QYTA 4U4XA 4GRKA 3F11A 4PFUA 2Y7WA 4KCDA 1LCTA 4F3GA 5DYHA 4E0WA 1ANFA 3ONMA 3TYHA 1OLAA 3UN6A 3W15C 3MUQA 1SW2A 4FAJA 4OWDA 4LA9A 1QVSA 2A5SA 1JW5A 3JZJA 1PBQA 4ZS9A 4RK2A 4NF8A 5JTYB 2XXQA 2VD3A 1JNFA 4DXCA 1GR2A 1BKAA 1PB7A 3VV5A 5DEXA 4ESWA 3W9WA 3C4MA 4KHZE 1P1OA 1YCJA 1LCFA 1URGA 4F19A 4JWOA 2OZZA 1XS5A 3MPLA 2X7PA 3FXRA 2DVZA 2ONKE 3CI8A 1ELJA 2DP8A 1LGBC 3PUZE 5J1DA 3O28A 1A54A 2B3FA 4I62A 4QFLA 5TPAA 3CFZA 4XIGQ 4OESA 2QS2A 3WAFA 5FHOA 2UYEA 4HTGA 2UVGA 1DOTA 2XXIA 3V8XB 2QMXA 3FJMA 1MXYA 3GXAA 4R75A 3SEUA 3KZGA 3TTRA 4KCCA 1S9TA 3PD9A 1B7HA 3A3CA 1N04A 3RUMA 3H06B 4F3PA 5HM4B 1O7TA 4JWXA 4OYVA 5I58B 2G93A 1AL3A 2ZXTA 3HPIA 1KWHA 2B65A 3JYRA 1M5BA 4QFOA 2OJTA 1N3WA 4RJZA 4DXBA 1JVXA 3IJOB 3BFTA 2AL4A 1S50A 3U93A 1RYXA 3DP4A 3HCQA 4XKRA 1OVBA 1EZOA 3PGFA 1N3XA 5TU0A 4KYEA 3PU5A 4UA8A 2I6EA 1MQGA 3CR9A 4X1DA 2RC7A 4G8NA 4K3FA 4AB5A 4NF8B 3KN3A 3T9XB 1MY4A 3KFMA 3JV9A 5DEXB 3KGCA 1TWYA 2HQ0A 3PD8A 1OVTA 3ILUB 1B1HA 2NVUB 3C35A 4PFTA 3I5OA 3CIJA 2CZLA 1POY1 4X1BA 1H3DA 3PPQA 3G3FA 2ZMBA 4ZZEA 3CG3A 5IAIA 1F9BA 5TPAB 4F29A 1IXCA 3B7DA 2YPNA 4EF2A 1MXWA 2Z8DA 2X7QA 2GHBA 2QS1A 4LQ2A 4XKPA 3MAMA 4G68A 3IX1A 3SEYA 3W9VA 4U21A 4MH5A 1N84A 3FXUA 5CMKA 4KPTA 4IGRA 4R72A 3B6WA 4RYAA 4OQOA 4LATA 3HN0A 1O63A 3TZAA 3HHFA 3FJGA 1YTVA 3OD7A 4YMBA 1MRPA 2Q2CA 5AA4A 2ZNSA 2XXRA 4YB5A 3R7XA 2AIXA 3CFLA 3M3LA 1USYE 2RCAA 1SVXB 1R9LA 1NKXA 4LP2B 2ONSA 1EU8A 3E3KA 3VLWA 5I2KA 3A3UA 3THIA 1B3LA 4PQJA 3TKDA 4YAHX 4YZZA 4KD5A 4MF3A 2HAUA 4IY6A 2ZYMA 3IB1A 3DLNA 1BLFA 4Z0IA 4IO4A 4H0WA 4H5FA 4TOZA 4ZZAA 5HBCA 3LSFB 2CMOA 3FVOA 4P11A 1B0LA 4EQ7A 3IR1A 4Q5TA 2D5WA 1LBBA 3SESA 3G7WA 4N6PA 4DZ1A 4I8CA 4GIZA 4XKNA 2H25A 4H67A 3RGYA 1PDAA 4MBPA 4I9DA 2XHDA 5FHNA 1AOVA 1OLCA 4DE8A 2QRYA 3KN8A 2DWIA 4AB6A 2I4CA 3HV1A 3UP9A 2DWAA 1ZTYA 5B7DA 5I84A 5H8NA 1J1NA 4NF6A 3EHSA 1UQWA 2XD2A 3SKPA 3TCFA 2OBGA 2Q88A 4N07A 2OK2A 4G68B 1MXUA 1B2HA 1B40A 1LAGE 4MLQA 3MZBA 4R73A 1B1XA 4R74A 2F5XA 2QL3A 3E9XA 2DOJA 4YKIA 2X26A 1TT1A 5AA4B 3SETA 1XVYA 3RTWB 3T9HB 3MP8A 5I2KB 2O1MA 1P1NA 2DE2A 1LFIA 3CFXA 5ICTA 3Q28A 4BDMA 1QJMA 2I58A 2OLBA 1FQDA 3CVGA 4XKQA 4ECFA 4KYSA 2RKMA 2FNCA 2V25A 2O68A 4R2BA 4LVQA 3UORA 2V3TA 3C33A 2PMSA 4WKMA 2XXUA 1MY2A 1L5TA 1NNPA 2O1LA 4ZEIA 4G8HA 2Y7RA 1CB6A 3EN3A 4KQPA 1JEVA 4IO2A 4OTEA 2H98A 1DPEA 1TXFA 2DE3A 2HEUA 3OEMA 1ATGA 2UXAA 1P1QA 2NUVA 2HAVA 3MVXA 4BDLA 1NNFA 1SW1A 4U23A 3PUVE 4YKKA 3ILTB 3TQLA 3SEVA 4QFNA 4EUOA 4GVOA 4OEUA 5I2NA 4M4GA 3TFLA 1H45A 1FQCA 3UIFA 1B46A 3ZS6A 3H7MA 2F7CA 4YMAA 3M8UA 2F6GA 1M5DA 4NF6B 5I57A 1MQIA 1H44A 4EF1A 2DXYA 4ESXA 4OEVA 1NMUA 3VLUA 4Z7EA 3TTKA 2GH9A 2UVHA 3UA8A 4WXJA 1QKAA 4OZ9A 1IIWA 2D3IA 4BDNA 3IO6A 2F36A 1GV8A 1NFTA 4H8IA 2QSXA 1GTKA 5IKBA 3BBRA 3VXCA 2PYYA 1MM7A 3T22A 2AL5A 4YB6A 2NOOA 4IGTA 5CC2A 3SEWA 1Y20A 4ZDMA 4FE8A 1MM6A 4ELQA 4F1UA 2OWSA 1PC3A 3GZGA 4RPNA 3K6WA 4XXUA 4KI0E 4I1DA 3TUSA 4POXA 4IO3A 1FQBA 1N7WA 1M5CA 3TAJA 3RY3A 3O66A 4ZE9A 3USDA 2REGA 4FATA 2ZNUA 1Y1MA 3HHGA 2AYSA 2I0BA 2XXWA 1SI0A 3MWBA 1XC1A 4IO5A 4QFKA 2REJA 3QUJA 1OMPA 3N6UA 3DM0A 5LOMA 4RK9A 1MPBA 1MQJA 3MPKA 3KJ7A 5KCJA 2O6AA 5TP9A 1B3GA 1FQFA 2V93A 3O2AA 4GLIA 5I2NB 3G3GA 3LC8A 2UVJA 3R26A 1JVYA 4NWCA 5FTIA 4LUBA 5BUUA 2H99A 5I59A 5I57B 2XX7A 5F1QA 3R6UA 4KR5A 1P99A 3FVGA 4GL8A 2ZYKA 3AXFA 3B6QA 1UTBA 3VXBA 3C32A 5DVIA 1TFAA 4F2QA 1I6BA 3SERA 3IJXB 1LFGA 3MP1A 1MQDA 4LZ7A 4YKJA 1M5EA 4GD5A 1B7ZA 5ITOA 3C36A 4R6HA 4O3AA 2R9JA 4GXAA 4F22A 1WVJA 3MQ9A 2O7IA 2DQVA 2O69A 3H6TA 1S7YA 3OSRA 1OQHA 1QUIA 4IY5A 1B4ZA 1B51A 2Y7KA 3TMGA 2PX1A 5FTHA 1XHYA 4NEDA 1EZPA 2Q89A 1Q1KA 4HW8A 3LUYA 2RC9A 4RPOA 3ZKLA 1I69A 4RNSA 3TEPA 3H6UA 1AMFA 3MZ9A 1R6ZA 1ZLQA 3ZSFA 3O29A 3H4ZA 3FZVA 1AIVA 1YAEA 1DSNA 2H5YA 2Z22A 5KCJB 3OENA 5TP9B 4FJPA 3MC2A 4NF5A 3EHTA 4JWYA 2R71A 3K01A 1SI1A 1M5FA 3QK6A 2I3VA 2I4BA 1MPCA 3RNNA 5I59B 4EXLA 2FYIA 2VOZA 3IORA 3U8QA 5EHSA 2V3UA 1CE2A 4ISUA 4JB7A 1A99A 5H8SA 4F31B 1UTBB 1XOCA 4QSCA 4ZEKA 1B05A 3OMBA 2XD3A 5EYFA 3MZ1A 3GLBA 4NF4A 3ODBA 3V89B 1XVXA 1HSLA 3I6VA 3FUZA 4NE4A 5I56B 1FTKA 1GVCA 3G3KA 2P1SA 1PB8A 1SW4A 3CSBA 1JW1A 1YPNA 2R6GE 1A8EA 5FHMA 2ALUA 2ANJA 2KLFA 2RC8A 3FGSA 5AA1A 1UIVA 5H8QA 2F34A 3CG1A 1B3EA 4HCWA 4C1TA 4H6DA 1B9JA 4OXVA 4JBZA 1B4HA 4RA1A 1MH3A 3WAEA 1DTGA 4YU0A 1UTHA 1B7UA 5CMMA 3PPPA 3K6XA 2XXPA 3K1MA 2Y7PA 3VDFA 4ND9A 5CBSA 4F2OA 4G68C 1R1NA 1TFDA 2QS3A 2XXXA 2LAOA 4ZECA 4C1UA 1OQGA 5CMCA 4NF5B 4BLAA 3Q27A 3TODA 3M3KA 1US4A 3K4UA 1VFEA 3ZKKA 4IO6A 1FTJA 2P2AA 1Z7NE 2GFEA 4EDPA 3KJTA 4O3BA 2THIA 1JW4A 3LR1A 4Q30B 3OOAA 3FXQA 4FIMA 1XT8A 2PT2A 2ZNTA 3RQTA 4NF4B 1MDP1 1ZMGA 4OVJA 4OMBA 3A09A 4OFOA 2A5TA 1NNTA 3IK6B 2F6PA 1Y4CA 2XXVA 2DS9A 3KOTA 2OCUA 2I0CA 3HSTA 3OO9A 3VVEA 1FCKA 3QAXA 2I48A 4U2RA 4JSDA 1B0HA 3PUXE 5AA2A 3KSXA 5DT6A 3FVKA 4BDQA 3Q25A 2OWTA 4R9FA 5H8QB 3N26A 2Z8FA 3TTLA 4WEDA 3P7IA 4LZ5A 3C31A 2GRVA 3TCGA 4GL0A 1MY3A 4F3SA 1LB9A 1VR5A 5K2YA 1UTHB 4YB7A 4DCXA 3T9VA 5CRYA 1I6QA 4QSDA 3LSXA 1R9QA 3KSJA 1JEUA 4X9TA 3O6GA 1MDQA 2F97A 2RINA 4PP0A 3IB0A 3M3FA 4BDOA 1ZBMA 2IEEA 1MY0A 2DVCA 2FA7A 4QFPA 3MBPA 1DTZA 1N76A 1A8FA 3KG2A 2GHAA 3I3VA 2H4IA 2I3WA 3B6TA 3DELB 4FORA 1LBCA 3H3GA 1LSTA 3C9HA 3U94A 2Q8JA 1VE4A 1Y3PA 3TTMA 3VFJA 5F7VA 3IO4A 3H6VA 1A7LA 1A55A 4KFQA 4E0XA 1LAXA 2YLNA 3OO7A 1OIBA 3CRBA 4WEPA 5CBRA 2F35A 4TQUQ 3OSQA 4GF8A 3VLVA 3EQ1A 3H6WA 3Q29A 4LZ8A 4QHQA 1FW0A 3KN7A 3TQWA 5ITPA 3PMWA 1SDXA 1BIYA 2RF1A 2A5TB 3MVWA 4O3CA 1MXVA 1NNKA 3K6UA 3QXMA 2QMWA 1N7XA 1Y3QA 2F7BA 3OEKA 2O51A 3T9UA 3BKIB 3TTNA 4OFJA 1SBPA 1B32A 1POTA 3G3HA 2B3BA 3PUYE 5AA2B 1RKMA 1MQHA 2Z8EA 1QW0A 3V83A 4F1VA 1IZ1A 3MP6A 3GBAA 1IQ7A 3MVZA 4IB2A 4UACA 4ZEFA 3IOTA 1FTLA 4NTLA 1P1UA 1MXZA 3O6HA 3VVFA 2HZKA 4GOTA 1T0KA 2V84A 3S9MC 3C34A 4EXKA 4MFIA 2HXWA 3RT8A 4G77A 1D9YA 2VD2A 4F1YA 1MS7A 2PBWA 2ZYOA 3RN8A 5JEIA 1SQYA 3RT6B 1JQFA 4U1OA 4OETA 4XTCQ 2H9BA 3N6TA 2YJPA 3UK4A 4ELOA 3MW0A 4P0IA 1B6HA 3KEIA 3LSLA 3QIMA 3E13X 1FQEA 5AA3A 3T66A 5KDTA 2DWJA 2M8CA 1PEBA 4G8MA 5CMBA 3N5LA 3G3IA 3S9NC 4DCYA 3K1NA 2DWHA 3FATA 3VVDA 1ZU0A 2E0SA 4QSEA 5I56A 3K02A 3FASA 4OERA 4ZEBA 1D3KA 1ZJLA 5DVJA 3K2DA 3RPWA 1URDA 2O7UA 1MPDA 2HCAA 1RYOA 3PUWE 3EHUA 3S9LC 3PV0E 1B3HA 4NWDA 4HS7A 4R6YA 5L9MA 1D4NA 1ZKBA 4HCYA 2XXTA 2RCBA 1MY1A 4AQ4A 1H43A 5KZTA 2IA4A 1DMBA 3T93B 4YICA 3IB2A 3KBRA 2Y84A 1I6AA 5CM6A 2D21A 1B58A 3TDJA 3IOVA 1NH7A 3OO6A 5ISUA 4L17A 1LFHA 1IXIA 4M1VA 5H8FA 1SYHA 1B5JA 5DTBA 3CSGA 5JK4A 3S2VA 4F3BA 4LONB 4FEBA 1Y9UA 1HSJA 4NMYA 1IITA 2XXHA 1Y3NA 3HO7A 3S9EA 3TELA 1USYH 3D4GA 4QF9A 1UIUA 1ZIUA 3MJNA 2HZLA 4F18A 2PVUA 4U22A 1O64A 4U4SA 4R9GA 3SEXA 2V3QA 1QUKA 4OENA 4OFLA 5A5XA 5CI5A 5L9SA 4GWOA 4PFYA 2W7YA 1FTMA 3TPAA 3LBSA 5ELVA 1LAHE 3FD3A 1IEJA 5L9OA 5K2XA 2UVIA 4H5GA 4KYDA 2VGQA 5KDTB 3PPOA 5HPQA 4DIGA 2QS4A 3DP6A 1LAFE 2DYXA 1Y4TA 1SW5A 4FECA 3FV1A 2ESNA 4U1ZA 3EF7A 3Q26A 5AA2D 4ELPA 3U92A 3O97A 4JDFA 3K6VA 1IXHA 4ZE8A 3N94A 2QPQA 1VFDA 3U72A 5M2VA 1Z7ME 2HFBA 3K00A 1URSA 1BP5A 3V5AA 2DE4A 3QUFA 3IAZA 2Y7IA 1P1WA 1Y1ZA 4PETA 4GXSB 3PPNA 1MH4A 2F78A 3G3JA 4LQ5A 3QSLA 5H8FB 1FQAA 3ECRA 4BDRA 3GBBA 1AH5A 1HSEA 4PFWA 3U1OA 3EPEA 4N13A 3OXNA 5DVFA 3O9PA 1D9VA 1US5A 2DSFA 2ZYNA 4POWA 1NL5A 2NXOA 4R2FA 3FVNA 4ELRA 3L6HA 1Q35A 3IOWA 1FTOA 5A5XB 2F8DA 1EZ9A 3TCHA 3VE1B 1PBPA 4PE5B 4RXLA 4P0GA 1QUJA 3IOUA 1WDNA 4FEDA 4MLVA 5EHMA 4JSOA 2I49A 3RLFE 3UGWA 2ABHA 4JXIA 3OELA 1H76A 5H8HA 3S4UA 1GGGA 3IL1B 1N0TA 1SD3A 2QJEA 3H03A 3K0VA 4X48A 1B52A 1B3FA 1QULA 4QRZA 1QKBA 2VHAA 5ICQA 4GFRA 1MG1A 2Q2AA 5AE4A 1A40A 1B5IA 1WODA 4THIA 5B70A 4GQOA 4TLLB 5JTYA 4G2ZA 4Q8RA 4H65A 4C0RA 3LSWA 3OO8A 2XX9A 1VSOA 3FJ7A 2UYFA 1BTJA 3KOSA 4DXUA 4OHNA 4F39A 4DDDA 4DLDA 2F7AA 1IUDA 3K1PA 2E1SA 2ONRA 4EQBA 3SDFA 2XX8A 3T96B 1IXGA 2BJJX 4ONYA 2P0SA 1NH8A 4RY1A 4YKPA 2VP1A 4ZEDA 1SYIA 1LB8A 4R6KA 5L8DA 3PMXA 2G29A 3O6IA 1B5HA 4EQ9A 3FIRA 4Q0CA 4TLMB 2Z23A 2NWJA 4H1XA 1EH3A 2WKYA 5H8NB 3DP8A 3MVYA 1JETA 5BWJA 1LLSA 1DPPA 1II5A 3FV2A 4G4PA 2O84X 2DXRA 3BFUA 3PPRA 4H8JA 3RTFB 1MXXA 3D4CA 3PMVA 5I58A 2PT1A 2XXYA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3E4RA 1PB9A 4IO7A 2Q9TA 3A29A 5H8HB 3L6GA 2WX9A 3QYTA 1RDZA 4U4XA 4GRKA 3F11A 4PFUA 5IM2A 4MX6A 2Y7WA 4PE3A 4KCDA 4IR8A 1LCTA 4F3GA 5DYHA 4E0WA 1ANFA 3ONMA 3TYHA 1OLAA 3UN6A 3W15C 3MUQA 1SW2A 4FAJA 4OWDA 3IFAA 4LA9A 1QVSA 5EQ8A 2A5SA 3MSTA 1JW5A 3JZJA 1PBQA 4ZS9A 4RK2A 4P1EA 4NF8A 5JTYB 2XXQA 1EYJA 2VD3A 1JNFA 4DXCA 1GR2A 1BKAA 1PB7A 3VV5A 5DEXA 4ESWA 3W9WA 3C4MA 4N6KA 4KHZE 1P1OA 3HFUA 1YCJA 1LCFA 1URGA 4F19A 4JWOA 2OZZA 1XS5A 3MPLA 2X7PA 3FXRA 2DVZA 5EYHA 4P8BA 2ONKE 3CI8A 1ELJA 2DP8A 1LGBC 3PUZE 5J1DA 3O28A 1A54A 2B3FA 4I62A 4QFLA 5TPAA 3CFZA 4XIGQ 4OESA 2QS2A 3WAFA 5FHOA 2UYEA 4HTGA 2UVGA 1DOTA 2XXIA 3V8XB 2QMXA 3FJMA 1MXYA 3GXAA 4R75A 3SEUA 3KZGA 3TTRA 4KCCA 1S9TA 3PD9A 3ISPA 1B7HA 3A3CA 1N04A 3RUMA 3H06B 4F3PA 5HM4B 1O7TA 4JWXA 4OYVA 5I58B 3FXBA 4PF6A 2G93A 1AL3A 2ZXTA 3HPIA 1KWHA 2B65A 3JYRA 1M5BA 4FBPA 4QFOA 2OJTA 1N3WA 4RJZA 4X8RA 5IZ3A 4DXBA 1JVXA 3IJOB 4AS5A 3BFTA 2AL4A 1S50A 4P56A 1IMCA 3U93A 1RYXA 3DP4A 3HCQA 4XKRA 1OVBA 1EZOA 2ZZWA 3PGFA 2XA5A 1FBFA 1N3XA 5TU0A 4GX4A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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