4H67A

Crystal structure of hmp synthase thi5 from s. cerevisiae
Total Genus 120
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
120
sequence length
342
structure length
337
Chain Sequence
DKITFLLNWQPTPYHIPIFLAQTKGYFKEQGLDMAILEPTNPSDVTELIGSGKVDMGLKAMIHTLAAKARGFPVTSVASLLDEPFTGVLYLKGSGITEDFQSLKGKKIGYVGEFGKIQIDELTKHYGMKPEDYTAVRCGMNVAKYIIEGKIDAGIGIECMQQVELEEYLAKQGRPASDAKMLRIDKLCCFCTVLYICNDEFLKKNPEKVRKFLKAIKKATDYVLADPVKAWSGYIDFKPQLNNDLSYKQYQRCYAYFSSSLYNVHRDWKKVTGYGKRLAILPPDYVSNYTNEYLSWPEPEEVSDPLEATRLMAIHQEKCRQEGTFKRLALPAHHHHH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The Last Piece in the Vitamin B1 Biosynthesis Puzzle: STRUCTURAL AND FUNCTIONAL INSIGHT INTO YEAST 4-AMINO-5-HYDROXYMETHYL-2-METHYLPYRIMIDINE PHOSPHATE (HMP-P) SYNTHASE.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Pyrimidine precursor biosynthesis enzyme THI5
molecule tags Transferase
source organism Saccharomyces cerevisiae
total genus 120
structure length 337
sequence length 342
chains with identical sequence B, C, D, E, F, G, H
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-09-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF09084 NMT1 NMT1/THI5 like
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4h67A02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4h67A01
3U8QA 1N84A 4F22A 4NEDA 4JDFA 4ZECA 3C34A 3B7DA 3U92A 1AL3A 1GV8A 2OWTA 1A8FA 5DYHA 2R9JA 4KFQA 1QKBA 1DSNA 1FTKA 1ZIUA 1B3FA 4TQUQ 2DE3A 3FV1A 5J1DA 3RLFE 5ITPA 4ZZEA 4O3CA 1MXYA 4H8IA 2XX9A 3RY3A 3VVEA 3K4UA 1DOTA 1TWYA 2R6GE 1ELJA 3QUFA 3N6UA 5CMMA 1S7YA 3FD3A 1IQ7A 3K1MA 1Y4CA 1UQWA 1BIYA 1SYIA 3HSTA 3FVOA 4PFYA 5I84A 5B7DA 1O63A 4GRKA 3QAXA 3HCQA 4N6PA 2DE2A 2D3IA 3A09A 1Y20A 4QRZA 4OQOA 5A5XB 3C33A 4FEBA 2VP1A 4G8MA 2RC7A 4POXA 4FEDA 5AA2A 1HSJA 3I6VA 5CC2A 3LSFB 1Y1MA 3PPOA 2PYYA 4OFLA 3R26A 4GLIA 1MQIA 2NXOA 4YMAA 1MM7A 1FQCA 2AYSA 4GWOA 2VOZA 4QFOA 2DWHA 1JW1A 4H0WA 3ODBA 4AB5A 1M5BA 5TPAB 4IO2A 2DWAA 2BJJX 2V84A 4IO6A 2G29A 5HM4B 4X1DA 3TQLA 3OXNA 3VLWA 1VSOA 4X1BA 1MDQA 5AA1A 3H6VA 1PC3A 1SI1A 3KOSA 2O1MA 1EZPA 4I9DA 2Z8FA 4LZ7A 1LFGA 3CFZA 1Y1ZA 4FECA 4YKKA 2OLBA 2E1SA 4QSCA 1B6HA 3SETA 5ITOA 2VD2A 2Q2CA 1A40A 4C1TA 5CBSA 1BLFA 3K2DA 2GHAA 3DP4A 5FHNA 1LFIA 1LCFA 2F97A 2ZYMA 3RNNA 1B5HA 3C36A 4ESXA 3QSLA 4LA9A 1H45A 1SQYA 2HZLA 1OLCA 3THIA 1B40A 4O3AA 3L6GA 4H67A 3MBPA 4BDQA 3G7WA 3T9UA 3O28A 1LAXA 5JK4A 2V3QA 3S4UA 3PUXE 1VR5A 1Y3NA 4DLDA 1JEVA 1D9VA 2LAOA 3CG3A 2I4BA 2I58A 2XXRA 4TLMB 2O6AA 3I5OA 4E0WA 1QW0A 3D4GA 1KWHA 4OMBA 4IY6A 1GGGA 3RUMA 3RGYA 3CR9A 2Q89A 3LBSA 3TUSA 2A5SA 1EZ9A 4NF4A 4YMBA 5L8DA 4C1UA 3MVYA 2DP8A 4L17A 4G68C 1IITA 5L9SA 4ZEBA 1TFDA 1LCTA 1QJMA 1Y3QA 1SW1A 1M5EA 2F78A 2FNCA 4ESWA 5KCJA 3HN0A 4O3BA 3HHFA 4P0IA 2AL4A 5KZTA 2F6PA 5K2XA 4JSDA 3A3UA 1IEJA 3VLUA 2RC8A 2GRVA 2THIA 1ANFA 4F2OA 4ZZAA 5H8FB 4Z0IA 2H9BA 3JV9A 3GBAA 3SESA 1NNPA 3RTFB 2ONKE 3K6UA 2QPQA 1PBPA 3EF7A 1Z7ME 1MH4A 4F29A 4OETA 3N94A 2DQVA 3T9XB 3V83A 2OBGA 3K02A 5KCJB 5I58B 1DPEA 2QMWA 1OMPA 3FGSA 3T22A 5AA2D 3K01A 4KHZE 2I3VA 2X7QA 3BBRA 5H8HA 3M3KA 3DLNA 1D4NA 1MXUA 3G3HA 2Z8EA 3IB0A 3UGWA 5DTBA 1I6QA 2V3TA 5CMBA 1CE2A 1D9YA 5HPQA 1UTBB 1MQGA 2DXYA 3IO6A 4MBPA 1SBPA 2UVGA 2ALUA 3VDFA 2ESNA 1LB8A 4JB7A 1A7LA 3CG1A 3SERA 3A3CA 1I69A 4NWDA 3KN3A 4U1OA 1JW5A 3IJXB 2F36A 1EH3A 3R7XA 2ZNUA 3O6GA 3TTMA 2DYXA 3HPIA 3PPPA 4N13A 1TT1A 4POWA 5CMKA 3EHUA 5F7VA 4AB6A 1A54A 4BDNA 4Q8RA 1USYH 4TLLB 1FQAA 4U1ZA 4G8HA 4E0XA 3IORA 3BFUA 5I2NA 2OK2A 1R1NA 1MPDA 3KG2A 4PFWA 2B3BA 4YB6A 1URGA 2PMSA 2OCUA 1SYHA 1MS7A 4GXSB 3TDJA 1LB9A 4H5FA 1R9QA 3OSQA 4GOTA 4KCDA 4LQ5A 1XVXA 3FUZA 1N7WA 1D3KA 1YCJA 3K00A 2XXTA 3ONMA 4ZEFA 3PUWE 3S9MC 3W9VA 2FYIA 4EQBA 3IR1A 4P11A 3IOWA 4XTCQ 1B3GA 2REGA 5AE4A 3O2AA 2QS3A 4YB5A 1PEBA 4YKJA 4EQ9A 3CSGA 5I2NB 1B0HA 2GFEA 3FASA 1POY1 1JNFA 2DWIA 1NFTA 1P99A 1HSEA 3OO9A 1FTLA 2XXWA 2RINA 4I62A 2W7YA 2DXRA 2P1SA 2RCAA 4H1XA 1OIBA 3QYTA 3SEUA 3RN8A 1R9LA 3T96B 2XX8A 2X7PA 3PUVE 3KSXA 1ATGA 4G2ZA 1SW2A 5FHMA 3TKDA 1M5DA 3KN7A 5H8SA 2KLFA 3G3JA 3MWBA 1MM6A 3OEKA 3ILTB 3IJOB 3G3GA 3PD8A 2V3UA 3MP1A 3Q29A 2NOOA 5JTYA 4BDLA 1Q1KA 1B5IA 3TTKA 5ISUA 3KZGA 2AIXA 1US5A 2H25A 4U22A 1WDNA 2I0BA 3IOUA 1OVTA 5EYFA 1US4A 2HFBA 1PB8A 3R6UA 1PBQA 3FZVA 1XVYA 1H44A 3PMVA 4PQJA 2RKMA 4ELRA 5CI5A 1WVJA 4F2QA 1AIVA 3P7IA 1LAGE 1UIUA 4R2BA 3QXMA 2VGQA 4KYDA 1N76A 4YICA 3MZ9A 4DE8A 1FTMA 4XXUA 3FIRA 1IXIA 3IAZA 4H8JA 4QFNA 1B05A 5FTHA 1I6BA 5I59A 1MXWA 2P0SA 1MG1A 1GR2A 3LR1A 2ONSA 2PX1A 4IGRA 4FIMA 2DS9A 4QHQA 1LFHA 4OFOA 1B7UA 2Y7RA 2HZKA 5HBCA 2XXQA 1B58A 2O84X 3K6XA 3FVNA 4QF9A 4IO3A 2DE4A 2NUVA 1B3LA 2X26A 4BDOA 1ZKBA 3H4ZA 3K0VA 4H65A 1ZBMA 1FCKA 5AA2B 3T93B 3Q28A 3MP8A 1FW0A 3MQ9A 1P1OA 3VXCA 2ZYNA 1T0KA 1QUJA 3S2VA 3EPEA 1MRPA 2UVHA 1B7ZA 5AA4A 1UTHA 2R71A 3MUQA 1NNKA 3OO6A 4H6DA 3K6VA 4XIGQ 1FQDA 3WAFA 5FHOA 2QS1A 4I1DA 2RCBA 4OFJA 3PUZE 4OTEA 3MAMA 2ZYOA 4OHNA 1B3EA 4GL0A 3FXRA 1I6AA 1IXHA 3TQWA 3M3FA 3QK6A 1M5CA 4R74A 2GH9A 3H06B 2Q8JA 1S9TA 2Z8DA 3FXUA 1B52A 1J1NA 1JVYA 4X48A 1NH7A 4KYEA 3CFLA 1M5FA 5L9OA 4ECFA 4C0RA 1AH5A 4JWYA 5AA3A 4QSEA 3T66A 1XHYA 1MY0A 1VFEA 3FJMA 3T9VA 1P1QA 4RA1A 3RTWB 4YKIA 4KD5A 4U4XA 2ZMBA 3BFTA 3K1PA 2WKYA 2OWSA 5K2YA 3IB2A 1IUDA 4ZS9A 2PBWA 1FQBA 2YLNA 4NF8A 4F1YA 3EHSA 5I2KA 5LOMA 4DZ1A 3DM0A 4ISUA 2I4CA 1LAHE 3W15C 1DTZA 2I0CA 3G3KA 4ELQA 4WXJA 1SW5A 2IEEA 3N26A 4TOZA 5B70A 3C9HA 1OQHA 2HAUA 3E4RA 4PP0A 1MY3A 2XX7A 5I56A 1MXZA 4EQ7A 4QSDA 1BKAA 2O69A 3TMGA 2XXYA 3H03A 5EHSA 5H8QA 1URDA 1LBCA 3O97A 4IY5A 3ZKLA 4HCYA 3TFLA 1B1HA 2OZZA 3ZSFA 1QKAA 5DVFA 4NF4B 5DVJA 3C4MA 3ZKKA 1IXCA 2V25A 4OEUA 4DIGA 2Y84A 3GZGA 1B3HA 1B4HA 4R72A 2I3WA 4BDMA 2PT1A 2H5YA 4KCCA 4LP2B 3OEMA 2QJEA 4R73A 2XXIA 4RK9A 4HTGA 2D21A 3RT6B 4R9GA 2I6EA 2HCAA 1MQDA 2VD3A 4F19A 3CSBA 3CIJA 5IAIA 1XS5A 2E0SA 3U93A 5JEIA 3V5AA 1MY4A 4EF1A 1LGBC 2F34A 2Y7IA 4FE8A 3KJ7A 1AOVA 4THIA 3HHGA 2PT2A 4U21A 4MH5A 4X9TA 3MPKA 4OEVA 5H8NA 3TTNA 5ICTA 1MY1A 5EHMA 3TEPA 3FATA 5BUUA 1N3XA 1CB6A 5H8HB 4RY1A 1FQEA 3KN8A 4OYVA 3ILUB 4KPTA 4H5GA 1P1NA 5L9MA 2QS4A 4YU0A 3VVFA 3MP6A 4EXLA 1B32A 1QUKA 1NL5A 4GXAA 1FQFA 4WEDA 4LZ8A 4GL8A 3UORA 5FTIA 5TP9A 5DT6A 4YZZA 2Y7WA 3U1OA 3MJNA 3LSWA 4XKRA 1AMFA 3E9XA 2CMOA 3V89B 1XT8A 2A5TA 4OENA 4N07A 3L6HA 5DEXA 4UA8A 4PFUA 4IO7A 3OOAA 4YAHX 3PUYE 4NF5A 1IXGA 3DP8A 4RYAA 1N3WA 1L5TA 3TAJA 2P2AA 3TCHA 3EQ1A 2UVJA 5CRYA 3UN6A 1ZMGA 4GF8A 3S9EA 3U72A 5M2VA 1MPBA 4EF2A 4DXUA 1B46A 3IOVA 5TP9B 5ICQA 1ZLQA 1PB9A 4ZEDA 5DVIA 3K6WA 2RC9A 2H98A 3PMXA 3C35A 2XXVA 1TXFA 3MC2A 4Q5TA 2QMXA 2A5TB 3MVXA 3LUYA 3PGFA 4RPOA 2F35A 4KYSA 5CM6A 1YAEA 3G3FA 4NF5B 1N0TA 3IL1B 1LSTA 3MVWA 3EN3A 4EUOA 4PETA 1DTGA 1Z7NE 4MLQA 1B5JA 3VE1B 4BDRA 1NKXA 2Q88A 3H3GA 2B3FA 3W9WA 4RPNA 2B65A 3VVDA 1ZTYA 1RKMA 4G4PA 1OVBA 3E3KA 1Y9UA 2ONRA 3H6TA 5A5XA 3LSLA 4NWCA 2RF1A 1UIVA 2Y7KA 3PMWA 4F3BA 2QL3A 2QSXA 3FV2A 3TPAA 1OLAA 3N5LA 3PV0E 3RQTA 3I3VA 3HO7A 3IOTA 4OZ9A 4ZE8A 1LLSA 3VLVA 3LSXA 2DOJA 2IA4A 2ANJA 1JETA 4NTLA 3O66A 4YB7A 1B1XA 1O7TA 2Q2AA 4G8NA 5IKBA 4LZ5A 3D4CA 3OO7A 4R6HA 4OXVA 5JTYB 3USDA 4R6KA 2DVCA 5TPAA 4UACA 4MLVA 4OERA 3PPQA 2QS2A 3IO4A 3OENA 1SVXB 4NMYA 1POTA 4EXKA 3TTLA 1A55A 4JBZA 3MZ1A 2REJA 4HCWA 3SKPA 1MH3A 4F31B 1B0LA 4R6YA 3G3IA 3TCGA 1MQJA 4XKPA 1PB7A 4MF3A 4U4SA 3O6IA 5CBRA 4QFLA 1JW4A 3DP6A 3CFXA 4G68A 2OJTA 2QRYA 3KGCA 4RJZA 3C31A 5I59B 1EZOA 4YKPA 2I48A 3SEVA 1FTOA 3KEIA 1MXXA 3U94A 1R6ZA 3UA8A 3OD7A 1N7XA 4BLAA 1XOCA 2V93A 2I49A 1QUIA 2FA7A 3S9NC 3FVKA 1SI0A 4GVOA 1USYE 4F39A 1JVXA 2XD3A 3FJGA 3AXFA 3LC8A 1BP5A 2ZNSA 3OELA 2G93A 3TCFA 1F9BA 3HV1A 1QULA 4G68B 4AQ4A 4R75A 1S50A 3E13X 2XD2A 1RYXA 1BTJA 4MFIA 2H4IA 4IGTA 3K1NA 1RYOA 1ZU0A 3C32A 4DDDA 5AA4B 1UTHB 2Z23A 4F1UA 1MDP1 4GD5A 2F7BA 5KDTA 2ABHA 3ECRA 1MXVA 3FJ7A 4M4GA 2XXHA 3CVGA 4Q30B 4DXCA 3PU5A 2UVIA 1JEUA 2ZYKA 1NNFA 1NH8A 4LQ2A 2O7UA 1SD3A 2CZLA 3Q25A 3FVGA 2DWJA 2M8CA 1B2HA 2XXPA 1VFDA 3TZAA 3CI8A 4IO5A 3KBRA 3MW0A 2O7IA 1N04A 4KR5A 2HEUA 4FATA 4FJPA 4IO4A 3Q26A 2NWJA 3B6WA 4R9FA 4R2FA 1II5A 4DCXA 4EDPA 4NF6A 4HW8A 3PPRA 4HS7A 1IZ1A 5KDTB 3JZJA 1TFAA 3GXAA 3WAEA 2O68A 3O29A 3VV5A 5H8FA 1A99A 1B7HA 4OVJA 1B9JA 2O51A 3KSJA 2Q9TA 4FORA 3OSRA 4XKQA 1GTKA 3O9PA 4U23A 2Z22A 2VHAA 4LUBA 4K3FA 1H3DA 3EHTA 1DPPA 3PPNA 5I58A 3B6QA 2PVUA 2XXUA 3RT8A 4NF8B 3Q27A 3FXQA 1P1WA 5I2KB 4P0GA 4ONYA 5I57A 4F3PA 4RK2A 3TODA 2F8DA 2D5WA 4NF6B 1SW4A 3O6HA 2F6GA 2XXXA 4ELPA 4XKNA 4ZE9A 3PD9A 4JWOA 4F3GA 3UIFA 3MVZA 5I56B 3QUJA 3QIMA 3KJTA 3N6TA 1MPCA 3SEWA 4QFPA 1UTBA 3B6TA 4FAJA 4GIZA 1VE4A 5H8QB 1A8EA 1H43A 1HSLA 1JQFA 3VXBA 2O1LA 4F18A 1Y4TA 2AL5A 1O64A 4GFRA 3H7MA 3T9HB 3IX1A 4RXLA 4NE4A 2DSFA 3GLBA 3KFMA 4DCYA 5I57B 2ZXTA 4WKMA 1H76A 4JSOA 3UK4A 3TTRA 4RNSA 1NNTA 2UYFA 3OO8A 2HAVA 4LATA 4Z7EA 3IB1A 3SEXA 2YPNA 3M3LA 1LBBA 2UXAA 1MY2A 3ZS6A 3V8XB 2F7AA 4M1VA 4LONB 1YTVA 4OESA 2XHDA 3BKIB 2GHBA 4IB2A 1MQHA 3RPWA 3GBBA 3OMBA 1B51A 4ZEIA 3MZBA 1QVSA 3F11A 3H6UA 5BWJA 4ND9A 3UP9A 1PDAA 1LAFE 3M8UA 2YJPA 3S9LC 2Y7PA 3CRBA 4KQPA 2HXWA 3JYRA 1URSA 1Y3PA 1B4ZA 4PFTA 4G77A 3DELB 3KOTA 1Q35A 4ZDMA 4OWDA 3H6WA 1EU8A 5H8NB 2HQ0A 1SDXA 3IK6B 1OQGA 4LVQA 2F7CA 2UYEA 5TU0A 3TELA 1WODA 2DVZA 1XC1A 4GQOA 2ZNTA 4U2RA 4JWXA 4F1VA 1GVCA 3TYHA 4PE5B 5ELVA 3SEYA 1IIWA 3SDFA 4ZEKA 1ZJLA 4QFKA 1P1UA 3VFJA 1YPNA 4F3SA 4DXBA 4WEPA 1NMUA 1FTJA 4ELOA 5CMCA 4JXIA 2F5XA 1DMBA 4KI0E 4I8CA 4Q0CA 5F1QA 2H99A 2NVUB 3MPLA 5DEXB
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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