4H6DA

Crystal structure of plp-soaked hmp synthase thi5 from s. cerevisiae
Total Genus 115
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
115
sequence length
335
structure length
314
Chain Sequence
DKITFLLNWQPTPYHIPIFLAQTKGYFKEQGLDMAILEPTNPSDVTELIGSGKVDMGLKAMIHTLAAKARGFPVTSVASLLDEPFTGVLYLKGSGITKSFQSLKGKKIGYVGEFGKIQIDELTKHYGMKPEDYTAVRCGMNVAKYIIEGKIDAGIGIECMQQVELEEYLAKQGRPASDAKMLCCCFCTVLYICNDEFLKKNPEKVRKFLKAIKKATDYVLADPVKAWKEYIDFKPQLNNDLSYKQYQRCYAYFSSSLYNVHRDWKKVTGYGKRLAILPPDYVSNYTNEYLSWPEPEDPLEATRLMAGTFKRLAL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The Last Piece in the Vitamin B1 Biosynthesis Puzzle: STRUCTURAL AND FUNCTIONAL INSIGHT INTO YEAST 4-AMINO-5-HYDROXYMETHYL-2-METHYLPYRIMIDINE PHOSPHATE (HMP-P) SYNTHASE.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Pyrimidine precursor biosynthesis enzyme THI5
molecule tags Transferase
source organism Saccharomyces cerevisiae
total genus 115
structure length 314
sequence length 335
chains with identical sequence B, C, D, E, F, G, H
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-09-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF09084 NMT1 NMT1/THI5 like
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4h6dA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4h6dA01
1DOTA 1OVBA 3O6IA 3U8QA 1MPDA 3KOTA 4KFQA 2Q2CA 1S7YA 1N7WA 3N94A 2VOZA 3FJGA 1JNFA 1OIBA 4JB7A 2I49A 4MF3A 4NE4A 1LBBA 4LA9A 2DVZA 4KQPA 2Q88A 3H6VA 3LSFB 4Q5TA 3MAMA 1XOCA 4EQBA 3FD3A 5I84A 3H6UA 2B3FA 4LZ7A 5KDTB 1IXHA 1LFGA 4LONB 5ICQA 4NF4A 3S9LC 2V3UA 2F6PA 1PB9A 1B9JA 5ITOA 1MY0A 1MQIA 1R6ZA 4U1OA 3FVGA 4KD5A 4KYSA 4F1UA 4M1VA 3CIJA 1T0KA 1D9YA 3K6WA 2QS4A 1B3HA 4RYAA 2QPQA 4F31B 3GBBA 3KOSA 3V83A 5HPQA 5I56A 1BP5A 4G8HA 5A5XB 2RC9A 4QFNA 5DVJA 4E0WA 4U4XA 4N6PA 4UACA 2RC8A 5I58B 4QFOA 1ANFA 2RC7A 3SEWA 1Z7NE 2KLFA 2ZYKA 2M8CA 4H8JA 1FTOA 3TODA 4ZEFA 2I48A 1A8EA 2AYSA 2NVUB 3RQTA 3D4CA 1N3XA 3KSXA 2DS9A 3ZSFA 4EQ9A 5I57B 3OD7A 3EF7A 5CI5A 1MQJA 4U4SA 2Y7WA 3ILTB 1HSJA 3C9HA 4P0GA 1B3LA 3CSBA 2ALUA 2B65A 2QL3A 4NF6B 4YZZA 3TCHA 4GFRA 4EDPA 4UA8A 1A8FA 2DWJA 1B40A 3PPQA 3QXMA 5TPAA 1B32A 4BDRA 2ABHA 3FV2A 2PT1A 3Q28A 2D3IA 3G3FA 1JW1A 1H76A 4H0WA 1AIVA 5FHOA 4R6YA 3K0VA 2Y7KA 4GXSB 5ELVA 1Z7ME 1MY1A 4LP2B 1MXUA 5DT6A 3BKIB 3K1MA 3B6QA 3E4RA 1DTZA 3KSJA 4IO6A 3OOAA 1IITA 4LQ5A 4AB6A 2ZNSA 4BLAA 3A3CA 1Y4TA 1FQDA 1WVJA 1MXXA 3LR1A 3SERA 2XXWA 3U72A 1UIVA 5IAIA 4F3GA 1IEJA 2P2AA 3OXNA 1II5A 1BTJA 1LCTA 5H8SA 3VXCA 4ZZEA 3RTFB 2DVCA 1H45A 1RKMA 2IEEA 2PT2A 5AA4A 3G3JA 1B0LA 3HPIA 3ILUB 5H8NB 5H8QB 5H8HB 1JVXA 4N13A 3KEIA 1O63A 4RY1A 3PU5A 4GL0A 5TU0A 1QUIA 1ATGA 2H25A 1B7UA 5JEIA 4GD5A 3UN6A 1SI0A 4G2ZA 2AL5A 3PD9A 1PB8A 2ZYOA 1FW0A 3T96B 1OMPA 1FCKA 2P1SA 4NF5B 5TP9B 2PYYA 4JWXA 4RA1A 1YPNA 3LSXA 1OLCA 1MM6A 4C0RA 3RT8A 4TOZA 3M3LA 3T22A 5H8FB 1O64A 1B58A 1A7LA 4QHQA 3TFLA 4BDMA 4PETA 4GRKA 3VLUA 2THIA 3HO7A 2V93A 1IXCA 5I2KB 3UORA 2Z8FA 3T66A 3IOWA 3ONMA 4NTLA 1USYE 4YMAA 2I4BA 5DEXA 4YICA 4JWYA 1UTHB 3MZ9A 1IIWA 1VE4A 1LCFA 4FORA 4F2OA 2PVUA 2R71A 1JETA 1N0TA 2QS1A 4F3PA 4K3FA 4NEDA 3IK6B 3TTLA 3CFZA 4H6DA 4ONYA 4RNSA 1SYIA 3T9UA 1F9BA 3PPRA 1A55A 2YJPA 4YAHX 5I59A 2E1SA 1B46A 5KCJB 1J1NA 2XX9A 4F22A 3MC2A 4U2RA 5AA1A 1DPEA 4EXKA 1B3FA 4KHZE 3QYTA 4ZECA 4IO2A 2O51A 2DWAA 2HQ0A 3SEUA 2AL4A 4L17A 1B4ZA 4KI0E 4DXBA 1EU8A 3PPNA 1LFIA 3TTMA 4FAJA 5L9OA 4I1DA 1DMBA 1HSEA 2ONKE 4XKQA 4NF8A 4GXAA 2R9JA 4OETA 1PB7A 4PP0A 3T9HB 2GRVA 3E3KA 4HCWA 4FE8A 4FJPA 3OO7A 3JZJA 3CG1A 1URSA 5BWJA 3K01A 4GLIA 4XKRA 1VFDA 3N6TA 3I6VA 3TQWA 5F7VA 1IQ7A 1VSOA 1UQWA 3DP6A 3N5LA 3MZBA 1OQGA 4LATA 1N7XA 3IORA 4KCDA 4TLMB 4ELQA 1NKXA 4X1DA 4G68C 3K6VA 4R2BA 4FEBA 3IO6A 1URDA 3C33A 1OVTA 4IO4A 4ZEKA 4C1TA 5ISUA 1Q1KA 4JXIA 1H3DA 1SQYA 1XT8A 3H6WA 5KDTA 4OVJA 5CMCA 3Q29A 1B1XA 1Y1ZA 1B0HA 2BJJX 3OSQA 3TKDA 4OZ9A 1SDXA 3PGFA 4DCYA 4Z7EA 4ZE9A 4FECA 1Y20A 2E0SA 1MY4A 4OHNA 2DE2A 3GBAA 4GVOA 4ZS9A 3OO9A 4RPNA 2Z23A 1QUKA 2O7UA 1D9VA 1MXYA 3TTNA 4ELOA 3FXUA 5EYFA 1SW2A 3KN8A 2ZYNA 5A5XA 4QF9A 3H4ZA 2Y7PA 4EUOA 3QK6A 1YAEA 5I58A 3FJ7A 1R9LA 2UVGA 4LVQA 4OMBA 4AB5A 5AA2B 3G3GA 4BDQA 4XKNA 4FIMA 4KYEA 4NMYA 2QJEA 4GWOA 3KGCA 4ELPA 3G3HA 2UYEA 4JBZA 4RXLA 1I6BA 4Q30B 3E13X 4R72A 2V25A 2O6AA 4IGRA 4N07A 4F2QA 1B5JA 1N76A 2XX8A 1KWHA 5I57A 3I3VA 4KYDA 4YKKA 3VVFA 1UIUA 2Y7RA 4WEDA 1CB6A 4X1BA 2P0SA 3DM0A 4YMBA 1SVXB 5CMKA 3SKPA 4I62A 1N3WA 1LAFE 4YKJA 3EHTA 2F36A 1ZU0A 2ESNA 4NF6A 3BFUA 4QFLA 4FEDA 1DTGA 4BDNA 4KPTA 3K1PA 4R6KA 4IO3A 2VGQA 3TEPA 3BBRA 4ISUA 1P1WA 3K2DA 2CZLA 4WEPA 3CG3A 2YLNA 4DE8A 3KN7A 1ZKBA 3S4UA 3V8XB 3GLBA 4IY5A 3IOUA 3H6TA 4U22A 4LZ8A 1P1UA 2H5YA 1DPPA 3N26A 5BUUA 5JK4A 1BKAA 2O84X 4G8MA 4OEUA 4NF4B 4ELRA 3HN0A 1RYOA 2XXQA 3N6UA 3RGYA 4JSOA 3KZGA 1HSLA 3Q25A 2D5WA 3EHSA 4ESWA 4F3SA 4PFYA 4H1XA 1GTKA 3CFXA 5H8NA 4YKPA 5H8QA 2ONRA 5H8HA 2ANJA 4Q8RA 3QIMA 2F7BA 2XXRA 1GVCA 2XD3A 4QSDA 3KJTA 1B05A 1LB9A 1MXVA 1FQEA 3ZS6A 2F7CA 3ZKKA 1M5EA 1JW5A 1MXZA 1TXFA 1QULA 4OENA 3HV1A 1O7TA 2F6GA 4F19A 1Q35A 5L9SA 3QAXA 4NF5A 2OJTA 5TP9A 2I58A 4PQJA 2V3TA 3CRBA 5B70A 3O66A 1Y3NA 2GHAA 5CM6A 2XX7A 3TTKA 1LSTA 1JVYA 3M3FA 4DCXA 5JTYB 5AA2D 4DXCA 5H8FA 4U1ZA 1B6HA 1PC3A 3TDJA 2F5XA 3ECRA 3RY3A 1D3KA 1FTJA 2A5TB 4NWDA 3MPLA 2HFBA 4R73A 1TWYA 1I69A 2HZLA 3O97A 3JV9A 1A99A 3Q26A 2I4CA 3V5AA 4OEVA 3EN3A 4ZDMA 1SBPA 2LAOA 3ODBA 3QSLA 2VP1A 2H98A 1MQHA 4X48A 1EZ9A 3ZKLA 1JQFA 4OYVA 2ONSA 1H44A 1UTHA 2F34A 3GXAA 3DP8A 1ELJA 3IB1A 3KN3A 3DP4A 2HXWA 3FJMA 1FTMA 1ZBMA 4ZE8A 1POTA 3O28A 3VVDA 1MH3A 3SETA 3EQ1A 4R75A 2HAUA 3RNNA 3IJXB 2DP8A 1FQCA 2H99A 3MQ9A 3LSWA 1A40A 4ND9A 3QUJA 3TTRA 1B7HA 1TT1A 2AIXA 2GH9A 3K1NA 3USDA 2QS2A 1AL3A 2FYIA 3OSRA 1YCJA 3PMXA 2X7PA 2F78A 4IB2A 2G29A 4GOTA 4U21A 1XVYA 4MBPA 4GL8A 2GHBA 2Y7IA 4JWOA 2RCAA 3U1OA 5FTIA 4H5FA 3G7WA 3P7IA 4R6HA 3PUWE 3H7MA 5B7DA 1FTLA 4OFOA 4F29A 1MS7A 4WKMA 3M3KA 1P99A 2REJA 1JW4A 3H03A 3FXRA 1QW0A 3C34A 3R7XA 3TMGA 4HCYA 4R2FA 1NNKA 1NNFA 1OLAA 3K6UA 3K4UA 4YU0A 1SI1A 4H8IA 4BDOA 5IKBA 2I3WA 3VVEA 2HAVA 1Y9UA 5KZTA 3UGWA 2ZYMA 1GGGA 2O1LA 3S9NC 2DOJA 3W9VA 4IO7A 4U23A 1MXWA 2WKYA 5I2NB 4GF8A 2FNCA 2UYFA 2G93A 2R6GE 3G3KA 4WXJA 3G3IA 2W7YA 3TELA 3VE1B 1BIYA 5FHMA 3HHFA 1SYHA 4G8NA 2ZNUA 1PBQA 1M5CA 3C35A 1OQHA 4IY6A 1IUDA 4TQUQ 4F3BA 2XHDA 3TUSA 4DIGA 4QSEA 3QUFA 2ZNTA 3S9MC 4OXVA 1QUJA 1S9TA 2H4IA 4DDDA 1B3GA 3VLVA 1GR2A 2DYXA 2PBWA 2XXHA 1MY3A 3IO4A 4O3AA 3LBSA 1ZJLA 2NWJA 1LFHA 1NNTA 1B7ZA 1QKAA 2I0BA 3IOVA 4DXUA 4I8CA 3FIRA 3DLNA 2OBGA 3C31A 3PV0E 4MLQA 3MZ1A 1MDP1 3MVZA 1I6AA 2QMWA 1UTBB 1PDAA 2NXOA 2OWSA 2XXPA 2YPNA 4ZEIA 4AQ4A 1B52A 2OK2A 2REGA 3CI8A 4OESA 1FQFA 4DZ1A 4FATA 4G77A 2QRYA 5M2VA 1MG1A 4OFJA 1AOVA 3OENA 4IO5A 4MH5A 5CC2A 2HEUA 2I6EA 4RPOA 4G68B 3IB2A 1R1NA 3V89B 5DVFA 3IR1A 1PBPA 3OEKA 2UXAA 5FHNA 2Z22A 1MRPA 3E9XA 1LAXA 3RLFE 3FVOA 1MQDA 2Q8JA 5DTBA 4KCCA 3A09A 5AE4A 1B5HA 1USYH 1IXIA 5LOMA 3S2VA 4I9DA 3KBRA 4YKIA 5CMMA 2QS3A 3K6XA 3DELB 2NOOA 3R6UA 3TCFA 1LLSA 1N04A 3H06B 2F97A 2HCAA 3T93B 1Y3PA 4E0XA 4HTGA 4KR5A 1S50A 4EF2A 4XTCQ 3EHUA 2DWIA 3MPKA 3TYHA 1BLFA 3LSLA 3PPPA 1XC1A 3KG2A 3MP1A 5DVIA 1NH8A 4XKPA 2F35A 3FXQA 1URGA 3SESA 2OZZA 1EH3A 4NWCA 3FV1A 3C36A 1B51A 1A54A 1B2HA 3PUXE 3RPWA 2NUVA 3A3UA 1SD3A 2DSFA 1SW4A 5FTHA 3B7DA 3OEMA 4TLLB 3RT6B 2Y84A 1N84A 4H5GA 2DXRA 4RK9A 4YB7A 1ZTYA 2XD2A 3Q27A 3RUMA 3U94A 1VR5A 3F11A 1NFTA 2UVHA 3PMVA 2GFEA 4DLDA 4HS7A 4PFWA 5JTYA 3OO8A 3T9VA 3CVGA 1ZMGA 3U93A 2RF1A 4OTEA 3VXBA 2A5TA 4JSDA 3I5OA 1EZPA 4MLVA 4YB5A 1B1HA 3MVWA 3IL1B 1POY1 2UVJA 3PUYE 1MQGA 1SW5A 3FUZA 2O1MA 3M8UA 1QVSA 2O7IA 5AA3A 4RK2A 5I56B 2I0CA 3AXFA 3GZGA 3C32A 3T9XB 1IXGA 2Q2AA 2OCUA 4POXA 3TCGA 2PMSA 5J1DA 3IX1A 1LB8A 4R74A 3VV5A 4ESXA 5HM4B 1MM7A 1MH4A 5EHMA 1MY2A 2OWTA 3KFMA 1FQAA 1JEVA 2XXIA 5L9MA 2V84A 3B6WA 2DE3A 3MVXA 1M5BA 4H67A 4PFUA 1H43A 3B6TA 3PD8A 4OFLA 1NNPA 1NMUA 2DXYA 3IOTA 1JEUA 3OELA 2CMOA 5I2KA 3D4GA 2XXXA 4X9TA 1XHYA 4F39A 2XXYA 2XXUA 4ZEBA 2DE4A 1AH5A 4JDFA 4BDLA 3WAEA 3SEVA 2RCBA 5ITPA 5EHSA 5TPAB 4PE5B 4YB6A 1WDNA 4XXUA 3RN8A 3TQLA 5CBRA 1DSNA 2B3BA 1B3EA 4Z0IA 3SEXA 1QJMA 2A5SA 3THIA 2QMXA 2F8DA 3MJNA 3K02A 3UK4A 2Q9TA 4ZZAA 4H65A 3MWBA 1M5DA 4OERA 2XXTA 1P1QA 3H3GA 1ZLQA 3CSGA 4OQOA 2I3VA 5KCJA 3K00A 3O6GA 1LAHE 2RINA 4EF1A 1TFAA 3MBPA 1SW1A 5L8DA 3U92A 3IB0A 2VD2A 5I2NA 1LAGE 4O3BA 5CMBA 2RKMA 2V3QA 1Y4CA 1MDQA 1YTVA 3SEYA 5AA4B 2DQVA 2IA4A 1B5IA 4F1VA 4G4PA 3VFJA 1LBCA 1NH7A 5ICTA 3UA8A 4O3CA 3FASA 4LQ2A 1FTKA 4QFPA 1XS5A 2X26A 3L6HA 3FGSA 3IJOB 3TPAA 2D21A 4R9FA 3FVNA 1I6QA 1NL5A 3OO6A 2ZXTA 5HBCA 3R26A 3L6GA 4XIGQ 3VDFA 1PEBA 3EPEA 3O6HA 4QSCA 3MP6A 4RJZA 1US5A 2Q89A 4LUBA 2DWHA 1GV8A 4PFTA 3MUQA 2VD3A 3PUVE 3UP9A 3KJ7A 1P1OA 1QKBA 3O29A 4MFIA 1MPCA 1TFDA 2VHAA 1UTBA 1WODA 2FA7A 4Q0CA 1VFEA 4EQ7A 3LUYA 4F18A 5DEXB 1Y3QA 2H9BA 3TZAA 2F7AA 5F1QA 2Z8DA 1RYXA 4P11A 1US4A 5K2YA 1D4NA 1L5TA 1B4HA 3LC8A 1AMFA 3FATA 4POWA 3HHGA 3SDFA 4GIZA 4IGTA 4G68A 4ZEDA 3TAJA 1EZOA 4QFKA 3BFTA 3CFLA 3S9EA 3HSTA 1CE2A 2OLBA 1XVXA 3UIFA 3O9PA 2PX1A 3FZVA 5I59B 3VLWA 5K2XA 5DYHA 2Z8EA 3PPOA 3MW0A 5AA2A 4THIA 2ZMBA 3O2AA 2O69A 4P0IA 2HZKA 2O68A 3W15C 3CR9A 3FVKA 1R9QA 4EXLA 3MVYA 4QRZA 1LGBC 5CRYA 3W9WA 3HCQA 1FQBA 3RTWB 4HW8A 3WAFA 4LZ5A 2UVIA 5CBSA 4OWDA 1IZ1A 2QSXA 3PMWA 1P1NA 2X7QA 3JYRA 4NF8B 4GQOA 4C1UA 3OMBA 4R9GA 2XXVA 3PUZE 1Y1MA 1M5FA 4M4GA 3C4MA 4ECFA 3MP8A 4F1YA 3IAZA 1ZIUA 1MPBA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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