4I62A

1.05 angstrom crystal structure of an amino acid abc transporter substrate-binding protein abpa from streptococcus pneumoniae canada mdr_19a bound to l-arginine
Total Genus 85
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
85
sequence length
238
structure length
236
Chain Sequence
IEAIKSKGKLVVALNPDFAPFEYQKVVDGKNQIVGSDIELAKAIATELGVELELSPMSFDNVLASVQSGKADLAISGVSKTDERSKVFDFSTPYYTAKNKLIVKKSDLATYQSVNDLAKKVGAQKGSIQETMAKDLLQNSSLVSLPKNGNLITDLKSGQVDAVIFEEPVAKGFVENNPDLAIADLNFEKQDDSYAVAMKKDSKELKEAVDKTIQKLKESGELDKLIEDAFKASIEK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title 1.05 Angstrom crystal structure of an amino acid ABC transporter substrate-binding protein from Streptococcus pneumoniae Canada MDR_19A bound to L-arginine
rcsb
molecule keywords Amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding p
molecule tags Transport protein
source organism Streptococcus pneumoniae
total genus 85
structure length 236
sequence length 238
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-11-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00497 SBP_bac_3 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4i62A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4i62A02
4PE5B 3MP1A 3C36A 4R6KA 2DYXA 1MY0A 1JETA 1TWYA 2DVCA 5JTYA 4RK9A 2B3BA 4WKMA 1B5HA 2F6GA 4G2ZA 3TODA 1D3KA 1JW5A 2O68A 1QKBA 5KDTA 4F31B 4OFLA 2UVHA 1QUIA 5TPAA 3RPWA 3SEYA 3JZJA 5I58B 3U92A 1USYH 2HQ0A 3QAXA 1YPNA 1US5A 2Z8FA 1QUJA 1DTGA 1Y3QA 2ONSA 4QFLA 3D4GA 2Q9TA 4ZE8A 4NE4A 4F2OA 3TQLA 5EYFA 1B2HA 1P1QA 3EPEA 2V3UA 1P1OA 2CMOA 2XD3A 1QKAA 4U22A 3TCHA 3THIA 3SEXA 2ZXTA 3H6WA 1LFGA 1SDXA 2DWHA 1SQYA 1NL5A 4HS7A 2ANJA 4U21A 1QUKA 1JVYA 1AOVA 5AA4A 4MBPA 1YTVA 5I84A 3RY3A 5K2YA 1POY1 4JWOA 4MH5A 3QIMA 2I58A 1IZ1A 2YJPA 4NF6A 4LZ7A 4KCDA 3BFTA 5I2NB 1Y3PA 2UYFA 4JSDA 3TMGA 3EQ1A 1EZOA 4U4SA 4XKRA 4Z7EA 3SERA 1L5TA 1A55A 4FIMA 2IA4A 4TLMB 4IO4A 3MVYA 4OTEA 3FJGA 4YKPA 3M3LA 3PPOA 3A3UA 4H0WA 4XTCQ 3C9HA 3E13X 1H44A 4OETA 2XHDA 1AH5A 3VVFA 4QHQA 1BKAA 3I5OA 3IO4A 2DOJA 2H5YA 1MH4A 2QS2A 5A5XB 5CRYA 5CI5A 5DVFA 4DCYA 3QSLA 3O9PA 3DP6A 5I56B 5FHMA 3MJNA 1FTMA 1LAFE 1UTBA 1OLCA 3TTMA 1PBQA 1FTOA 5ICQA 1N76A 3S4UA 3DLNA 5L8DA 4FE8A 2ZNSA 3R26A 1USYE 3MVZA 1LCFA 3GXAA 3V89B 4ESXA 2AIXA 3PPPA 2ONKE 1US4A 2DE4A 2UXAA 1VFEA 4N07A 2DP8A 4QF9A 2LAOA 1Y1ZA 2XXHA 4O3BA 4EXKA 5BWJA 2R9JA 1I6BA 4EF1A 3OOAA 3MUQA 1FQEA 2REGA 2F34A 3FASA 3O2AA 3DM0A 4RK2A 4R6HA 4OHNA 3MPLA 1VSOA 3S9NC 2QPQA 4C0RA 3V8XB 2DXYA 1RYOA 2F8DA 4ELOA 4GF8A 4OFOA 1IXHA 3Q27A 3T22A 3HCQA 1N7XA 2F36A 2XXQA 3T9XB 2XXXA 4NF5B 1T0KA 3HPIA 4NF4B 4G68A 4PP0A 2KLFA 4PFTA 5DVJA 5H8FB 3HO7A 1LFIA 2P1SA 4JB7A 2Q89A 3LR1A 3JV9A 1NKXA 3EHTA 1FQFA 4AB6A 4R73A 1PEBA 2RC8A 4JWXA 3N6UA 2H98A 3K00A 1MXXA 4AQ4A 3VE1B 1AL3A 1S50A 4LUBA 2G29A 4WXJA 4ISUA 3Q28A 2O1MA 4N6PA 4U1ZA 2ONRA 3RT8A 4H8JA 2X26A 1URDA 3OO9A 2QRYA 2UVIA 4YICA 1TFDA 5JTYB 3MQ9A 5K2XA 3C34A 4FATA 4IY5A 2PBWA 1MXYA 5JEIA 4P11A 3L6GA 2QJEA 3IB1A 2XXUA 3O97A 1MM7A 3T66A 2IEEA 3ILUB 3K1NA 4LP2B 4GLIA 5TPAB 3CFZA 4JBZA 3KBRA 1LGBC 3HSTA 1FTLA 1ZIUA 2ZNUA 2ZYMA 2VHAA 3K6UA 4I62A 2R71A 5DYHA 3O28A 4F2QA 3KFMA 2V3TA 3ZKKA 3QUJA 5AA2A 3FVOA 1LSTA 1SI0A 3KJ7A 3N5LA 1LCTA 2ZYOA 4U2RA 3RTFB 1MM6A 2AYSA 4F22A 3OELA 1FQCA 2FA7A 1B5IA 1XHYA 3OEKA 1M5DA 5TU0A 5ISUA 2RF1A 3ZSFA 2XXPA 4BDRA 3ECRA 1O7TA 1S7YA 3H4ZA 1OVTA 4KPTA 5AA4B 2RCBA 3T9VA 1PB8A 3KOTA 4EQBA 3N6TA 1AMFA 1JQFA 2HZKA 1IXCA 5JK4A 4ZZAA 3WAEA 3UK4A 3KN8A 5ITOA 5H8NB 3H6UA 2CZLA 4EQ9A 2XXWA 3CFXA 1KWHA 4NF8B 2DS9A 2I48A 2I49A 3LSFB 1A99A 2Y7RA 3MP8A 4R75A 3G3IA 3MVXA 5KCJA 1N0TA 4H1XA 2DE3A 2Y7PA 4G8MA 4RA1A 2I6EA 2I3VA 3SEWA 3HN0A 2V93A 2OCUA 4GL8A 3SKPA 3B6WA 3KN3A 4GVOA 3K6VA 1MQGA 1UTBB 1JNFA 2F6PA 1P1WA 2XD2A 3KEIA 1TFAA 1N3WA 2G93A 4PFYA 1ZU0A 2ZMBA 1QVSA 1PBPA 4IGTA 5FTIA 3L6HA 1B46A 4UACA 4QFPA 1ZJLA 4F3GA 2QS4A 4KR5A 3LSLA 1B0LA 4POWA 2Z8EA 5ELVA 2F5XA 1H76A 3Q26A 1ZBMA 3MVWA 3CG1A 4M1VA 3OO7A 3TQWA 3OEMA 3C31A 2XXVA 4KHZE 3LSWA 3TPAA 4OEVA 4ESWA 3FIRA 3UA8A 4LQ2A 4YU0A 2REJA 1GTKA 1XT8A 3O6IA 3W15C 1EZ9A 3USDA 4GD5A 1S9TA 4FORA 5DEXA 2X7PA 1N7WA 3H3GA 3G3JA 4ZDMA 2M8CA 5DT6A 1JW1A 3E4RA 4EQ7A 2Y7WA 2OK2A 3FV2A 4ZEBA 4G8NA 1MXUA 5TP9A 4R9FA 1OIBA 1R9QA 4Q30B 3FVKA 2O1LA 2VD2A 4XIGQ 3F11A 3IX1A 1B7HA 3N26A 3FATA 4DXCA 2GHAA 2UYEA 4F1VA 2E0SA 3V5AA 4F39A 4NWCA 3PUZE 3E9XA 5B7DA 3U8QA 4NWDA 5DVIA 1SW4A 2DQVA 3VFJA 4H5GA 2E1SA 3VVDA 5KZTA 1CE2A 4QSEA 1FQDA 4TLLB 1Y1MA 1B32A 4DE8A 4O3AA 5BUUA 3SDFA 3PUYE 3KSJA 3PPQA 1N84A 4H67A 4BLAA 5H8HA 1UTHB 4ZEFA 1FCKA 2V84A 2D3IA 1VE4A 3U94A 4FAJA 4BDOA 2H4IA 1MY3A 3FXUA 4YKKA 1VFDA 3OENA 3MAMA 2ABHA 3IK6B 1LBBA 4MLVA 3QK6A 4BDLA 4ZECA 4R2FA 2WKYA 1BTJA 4GWOA 5I2KA 3FGSA 3C4MA 2XX7A 2BJJX 5B70A 5I59A 3M3KA 2W7YA 3K6XA 4ELQA 2D21A 1FTKA 3ZKLA 3IAZA 2PT2A 1Y20A 2PMSA 1MXZA 1YAEA 4U1OA 4BDQA 4BDNA 3PPRA 3RLFE 3RGYA 1H45A 5ITPA 3PUVE 3CI8A 3BBRA 3QUFA 1XC1A 4YMAA 4XKQA 3FVNA 1B0HA 2RCAA 3MBPA 2O84X 3EF7A 4IO3A 4THIA 4IO2A 3HV1A 5I57A 4U23A 1NNPA 3KSXA 5KCJB 3UIFA 2XX9A 5CC2A 2F7BA 3S9EA 5F1QA 2I4CA 1A40A 1B1HA 5F7VA 1Y3NA 1IQ7A 2B3FA 2NXOA 3B6QA 2OWTA 1LAGE 2PVUA 3K6WA 3ZS6A 4L17A 1P1UA 1MQIA 1B6HA 5AA2D 1SI1A 1MS7A 3R6UA 3TAJA 3E3KA 1B5JA 4XKPA 3AXFA 4ZEDA 2DWJA 4G4PA 3H06B 3T9UA 4OEUA 3FD3A 1ZKBA 4GFRA 4LA9A 4E0XA 4PFUA 1PC3A 4U4XA 5I58A 4ELRA 3ONMA 5L9OA 2HEUA 1LB9A 3VV5A 1LBCA 1GVCA 1FTJA 4YB6A 3TTNA 5HM4B 5L9MA 4EDPA 3PUWE 1NNTA 4XKNA 3VXCA 1TT1A 1MXVA 1LAHE 1Y4CA 3TYHA 1GGGA 3IB0A 3U72A 1WDNA 5AE4A 3TCFA 1Q35A 5KDTB 5ICTA 1AIVA 1HSEA 4C1TA 4POXA 3W9WA 4R72A 2HZLA 2FYIA 3N94A 3UGWA 3FVGA 2YPNA 3MC2A 3UORA 1OQGA 3IR1A 5DEXB 4K3FA 3QYTA 4FJPA 4GOTA 5I2NA 1ELJA 3EN3A 3TCGA 1I69A 4FEBA 4F18A 1SYHA 5TP9B 1O64A 2OWSA 1B51A 1MDQA 1N04A 1R6ZA 4KFQA 4F1UA 3LSXA 2NOOA 4OENA 1IEJA 3IOWA 3G3FA 2PX1A 1F9BA 4X9TA 3TFLA 1B3GA 1N3XA 4GL0A 2GHBA 3S9MC 3C35A 3IORA 3OO8A 3H6VA 4ZZEA 1VR5A 2RINA 4NEDA 4NF6B 2DVZA 5HBCA 5I56A 4Q8RA 2ZNTA 4TOZA 3KG2A 4H5FA 2OZZA 1B4HA 3B7DA 1XVYA 5CMKA 2O51A 3A09A 4I1DA 1ZLQA 1DMBA 2XXRA 3R7XA 5H8HB 4P0GA 3S9LC 3OO6A 2X7QA 2GH9A 3OSRA 4WEPA 1B1XA 1MPDA 3GBBA 3PPNA 1XS5A 1DTZA 1LLSA 3K4UA 3H7MA 2RKMA 3PU5A 3SESA 3JYRA 5IAIA 1QULA 2AL4A 4DLDA 1SBPA 2F7CA 3Q29A 3RN8A 3V83A 1EH3A 4AB5A 1CB6A 3FXQA 3RUMA 4ZS9A 2Q2AA 4F3BA 3PMXA 3LBSA 4OWDA 2Z22A 2V25A 3EHUA 4LZ8A 3OD7A 3UN6A 3MZBA 3MZ1A 1ANFA 4LQ5A 1LB8A 1MY2A 4NF4A 1HSJA 4OXVA 3IB2A 3H03A 5H8FA 4JDFA 1M5EA 1I6AA 1IITA 3FZVA 2OBGA 2VOZA 3TTLA 1WVJA 3BKIB 1NFTA 3VDFA 2AL5A 5H8QA 4RJZA 1PDAA 3OSQA 4OMBA 1BP5A 2VP1A 5I57B 1I6QA 5HPQA 1SW5A 3KOSA 4KI0E 1URSA 1LAXA 3G3GA 2O7IA 1A7LA 3FV1A 3K2DA 5AA1A 1DPPA 3C32A 4PQJA 1SVXB 3IL1B 1TXFA 1SW1A 4G68B 4O3CA 1B7ZA 3B6TA 4LATA 3CR9A 3ODBA 5L9SA 1SYIA 1J1NA 2I3WA 2R6GE 4IGRA 3PD9A 1UIVA 2XXYA 4HTGA 2ZYKA 3FUZA 1JEUA 2VGQA 2Z8DA 1DPEA 3CG3A 4H6DA 1OQHA 5CBRA 4DDDA 1WODA 3G3KA 2RC9A 1B3HA 1A54A 1YCJA 4PETA 4Z0IA 3S2VA 2HAVA 1EZPA 1MRPA 4UA8A 3K1PA 1MY1A 4Q0CA 3O66A 2P0SA 5DTBA 2I0CA 3K1MA 2NWJA 4QSCA 4JSOA 4F19A 1DOTA 4QFOA 3SEVA 5FHOA 4JWYA 1NNKA 4IO6A 3EHSA 4OESA 3TUSA 3TKDA 2O69A 2PT1A 3CFLA 2FNCA 1PB9A 1A8FA 1URGA 1B40A 3VVEA 2F7AA 4HCYA 1MQJA 2HXWA 5CBSA 3KZGA 3PUXE 1D4NA 4QFKA 1MPCA 3I3VA 1XOCA 2GFEA 4YAHX 2NVUB 3H6TA 1M5CA 5AA2B 1M5FA 5H8NA 4HW8A 2Q8JA 3OXNA 4BDMA 1MQDA 4NF8A 1M5BA 3HHFA 4H8IA 2DWAA 3CSGA 1DSNA 1IUDA 4YKIA 2Y7KA 2XXTA 4R9GA 1MQHA 4DIGA 2I4BA 4YB5A 2ESNA 2H99A 3O6HA 3G7WA 2A5TA 4ECFA 3O29A 2QS1A 1OMPA 2P2AA 2QMXA 5CMCA 1OLAA 1ATGA 1RYXA 2XXIA 1MDP1 3P7IA 3D4CA 4ZE9A 3RNNA 2H25A 1IIWA 1P1NA 4RPOA 4G68C 4DXBA 5CMBA 1BIYA 1OVBA 4YMBA 1MH3A 4MLQA 4G8HA 4F1YA 4IO7A 4ZEIA 1B9JA 1POTA 3G3HA 2GRVA 4G77A 3SEUA 1B3FA 1ZMGA 4EUOA 4OYVA 2F35A 2Y7IA 1FQBA 3T96B 2Z23A 5FTHA 3QXMA 2HAUA 1FW0A 4RNSA 2F97A 4QRZA 3CRBA 4TQUQ 2YLNA 1II5A 3FJMA 5AA3A 4NMYA 3DP4A 1NH8A 1JEVA 3U93A 1NH7A 3KJTA 5LOMA 1B05A 4JXIA 1MPBA 4ND9A 3C33A 3FXRA 3DP8A 1BLFA 2NUVA 3CVGA 1Z7ME 1GV8A 3VLVA 4GIZA 2QMWA 1UIUA 3DELB 4GQOA 5CMMA 5H8QB 1IXIA 4KD5A 4LVQA 4F3PA 1SD3A 1MG1A 1D9VA 4N13A 5CM6A 3IO6A 1Z7NE 1SW2A 3MP6A 3MPKA 3SETA 1H43A 1EU8A 4OZ9A 4DXUA 3M3FA 2QSXA 2UVJA 2O7UA 2F78A 1ZTYA 3T93B 3A3CA 4RPNA 4WEDA 3IJOB 2OLBA 4PFWA 2B65A 4Q5TA 3I6VA 4LZ5A 3IOTA 4KQPA 4GXSB 1HSLA 3LC8A 3T9HB 4X48A 5IKBA 2PYYA 4FEDA 2XX8A 4F29A 2UVGA 2V3QA 2Q88A 3WAFA 3TTRA 4DCXA 1MY4A 1R1NA 1H3DA 2Y84A 4I9DA 1PB7A 3TEPA 1LFHA 1UTHA 2OJTA 4FECA 4M4GA 1RKMA 4MFIA 3IOVA 3TTKA 4NTLA 4YZZA 1UQWA 2O6AA 3GLBA 2D5WA 3TDJA 5EHMA 3ILTB 2HFBA 4E0WA 1B3EA 1Q1KA 1FQAA 3BFUA 2RC7A 1Y9UA 3K02A 4R6YA 4RY1A 4RYAA 5A5XA 3IJXB 3U1OA 3RQTA 1GR2A 1JW4A 3K01A 4ELPA 4GXAA 5H8SA 3RT6B 2THIA 3VXBA 1QW0A 3TZAA 1JVXA 4IB2A 3VLWA 4F3SA 4HCWA 3TELA 4OFJA 1QJMA 3MZ9A 3M8UA 5FHNA 4MF3A 4EF2A 3PD8A 4KYEA 3PV0E 1A8EA 4GRKA 4QSDA 3O6GA 2I0BA 4DZ1A 4KYSA 5I2KB 4KYDA 3GBAA 3KN7A 4IO5A 1B52A 3IOUA 1P99A 1D9YA 3OMBA 5I59B 4YB7A 3FJ7A 2A5TB 1IXGA 3UP9A 1B3LA 1O63A 4C1UA 1B4ZA 1NMUA 4YKJA 4LONB 3GZGA 2DXRA 4EXLA 2A5SA 4OERA 3PGFA 3HHGA 1MXWA 2QL3A 4X1BA 5M2VA 4NF5A 4P0IA 4XXUA 3VLUA 2DE2A 1Y4TA 2DSFA 2QS3A 2VD3A 4I8CA 3PMWA 4R2BA 2ALUA 5EHSA 2Q2CA 2HCAA 2H9BA 3CIJA 1XVXA 5J1DA 4ZEKA 4X1DA 1B7UA 1R9LA 4OVJA 3PMVA 4H65A 1NNFA 4ONYA 3Q25A 3LUYA 3MWBA 4OQOA 3CSBA 3KGCA 4R74A 3MW0A 3RTWB 1B58A 3W9VA 2DWIA 3K0VA 4KCCA 4QFNA 2ZYNA 4RXLA 4IY6A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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