4IO2A

Crystal structure of the avglur1 ligand binding domain complex with glutamate at 1.37 angstrom resolution
Total Genus 78

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
78
sequence length
248
structure length
242
Chain Sequence
GSARLKGITLRIGVIESVPFTIVANVNTTKLTGYVLDLIEYLRDKMGFVADVQLAPPNTSYTGLVLALANGDYDIAIGDITVTSARREIVAFSNSISDNSMRILMRKGTLIDGMDDLKNGKIPYNRIGIRIGTAGEDYYLREISGGSRNFYPLKSRQEMYDSLLAGIIDVSFMDIGTAEYVTNNIYCNLTLVGEDFDKSTFGIVTPKEWLYAKDLDVNILSLRETGILDNLKKKWFQTKACP

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
TII1 (5-8)TII4 (212-215)S1 (9-14)TVIII2 (77-80)S4 (55-60)TIV1 (18-21)TVIa1 (17-20)TIV2 (25-34)S3 (35-38)EMPTY3H1 (130-132)TI1 (62-65)AH2 (67-76)S11 (195-211)S5 (81-82)AH3 (90-94)S6 (87-88)O3 (193-247)S7 (97-112)AH8 (217-231)AH4 (120-125)O1 (115-117)TII3 (136-139)TVIII4 (172-175)TI'1 (150-153)S8 (133-136)AH5 (140-149)S9 (157-159)AH7 (181-189)S10 (176-180)AH9 (233-243)AH1 (40-52)TII2 (112-115)TVIII3 (126-129)AH6 (162-171)S2 (22-25)TIV5 (190-193)O2 (153-155)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Membrane protein
source organism Adineta vaga
publication title Anions Mediate Ligand Binding in Adineta vaga Glutamate Receptor Ion Channels.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Glutamate receptor 1
total genus 78
structure length 242
sequence length 248
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-01-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00497 SBP_bac_3 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4io2A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4io2A02
4LA9A 2VP1A 1SYIA 4F3PA 1MDP1 4IO3A 4NF8A 4YMBA 4RK2A 3GBAA 4POXA 3OEMA 4F1UA 2HZLA 4YKPA 4I8CA 4PFUA 4ZEKA 3VVDA 2KLFA 1I6BA 1MDQA 3USDA 3O2AA 2XXYA 3OO8A 4R72A 2ZNSA 3TMGA 3ZKLA 3KFMA 4UA8A 1IEJA 3PUZE 4HTGA 1N04A 5CMMA 3KN3A 5EYFA 4R6YA 4AB5A 3T96B 2ZYMA 1MXWA 3H4ZA 3SERA 3THIA 4G77A 4ESXA 3K1PA 3FASA 2DWAA 2PT2A 3Q28A 1OMPA 3PD8A 3KEIA 3LUYA 1QVSA 1PBQA 3OO7A 1B52A 2ESNA 1YPNA 3O28A 5L9SA 3QAXA 5CI5A 2OJTA 1BKAA 3HN0A 1N3XA 3PGFA 2FNCA 5H8NB 2Y7RA 3M3FA 3FJ7A 2I49A 5HM4B 1MY2A 4OWDA 1RYXA 4DDDA 1D3KA 4P0GA 4F31B 2GH9A 3PU5A 4THIA 3LSXA 3K02A 1UQWA 2XX8A 2F78A 1XC1A 2O84X 5L8DA 1B58A 3SETA 1LBBA 3OD7A 2R71A 2I3VA 4HCWA 3TDJA 3ZS6A 1LSTA 3M3KA 4ELRA 4I1DA 1LB9A 2NWJA 3MJNA 3FV1A 4DIGA 4OHNA 4OMBA 1A8EA 3KJ7A 4ZEFA 2VD2A 2XXTA 4ZZEA 2B65A 4G68B 2CZLA 1DOTA 1USYE 3IK6B 3TODA 5DYHA 3S9NC 2ANJA 4LQ5A 2A5TA 1US4A 1SD3A 3S4UA 4F1YA 3PMVA 5DVIA 2ZYOA 3QXMA 1YCJA 3G3FA 1B7HA 3QUJA 1UTBB 4Q30B 1S50A 1MQDA 3RT8A 4OESA 1H43A 1FTKA 2Y7IA 1POTA 3FIRA 4C1UA 3OSRA 1LFHA 3KOTA 1BP5A 4XXUA 3MZ1A 3TTRA 4U1OA 2PT1A 3RQTA 4ECFA 1AMFA 1MS7A 2X26A 2OBGA 2DQVA 3T22A 1SW5A 4R2FA 4DCYA 3LSWA 1A7LA 3DP6A 3ZSFA 2H25A 1N3WA 1ZJLA 1QUKA 4G8MA 4KYEA 3CSBA 3KN8A 1WODA 1FW0A 3TCHA 1F9BA 1BIYA 5I56A 3D4GA 5AA4B 3O6HA 2THIA 3JV9A 1M5FA 4LQ2A 2UVHA 1OQGA 1MPBA 3EHUA 1MXVA 1FQFA 2E1SA 3RNNA 4NTLA 5ITPA 1N7XA 3FVNA 3C31A 3PMWA 1POY1 1Y20A 4NE4A 4YU0A 2O7UA 4YZZA 3UA8A 2HFBA 2OZZA 3G7WA 4WEDA 3OMBA 1MM7A 5HPQA 3O6IA 4WEPA 2DOJA 3N6UA 1Y3NA 1B40A 4FE8A 3TAJA 1Y1ZA 4PP0A 4R2BA 3BBRA 3V83A 4BDQA 3GBBA 3GLBA 3OO9A 4POWA 3O29A 1B3EA 4OTEA 1OLCA 4DXCA 2H99A 4WXJA 1TWYA 4QFOA 1B5JA 2HAVA 4DE8A 2VD3A 5B70A 3VDFA 4PE5B 4QSDA 3F11A 3MW0A 4X1DA 4OENA 1B3LA 1BTJA 1A54A 2O51A 4QSCA 2D5WA 2XX7A 5JEIA 5ICTA 1CB6A 4QF9A 1QUIA 4GL8A 3MP8A 3Q27A 5DT6A 4XIGQ 4XKPA 3FJGA 4FJPA 3E9XA 4KPTA 2Z8EA 3BFTA 1WVJA 1B7ZA 3TEPA 1MRPA 2OCUA 4E0WA 2I0BA 3EPEA 3H3GA 3KSJA 1B5IA 4F2OA 1IXCA 3VXCA 2A5SA 1MPCA 1B51A 3FVKA 4KR5A 1P1WA 2M8CA 3FZVA 3KSXA 4ISUA 1A99A 3PPRA 5K2XA 3O6GA 5I2NA 3MPKA 3PUXE 1URGA 1EZPA 4IO4A 3MVWA 3WAEA 2Q9TA 2RCAA 4OFOA 5ITOA 3PPNA 3UGWA 4IO7A 2Y84A 4MLVA 1TXFA 3N26A 3MBPA 2D3IA 2ZYNA 3ZKKA 1EU8A 3U93A 4Z7EA 3LSLA 2Z8DA 4PQJA 3G3JA 2O68A 3HHFA 2OLBA 3G3HA 3ONMA 4U22A 4EDPA 4JBZA 2DS9A 5AA2B 4LP2B 1MY1A 5EHMA 4UACA 1US5A 1M5DA 5CM6A 2REJA 4N13A 1AIVA 2ABHA 1ZIUA 1O64A 2QPQA 1B0LA 3DELB 3K1MA 4ESWA 2O7IA 5I56B 3MC2A 3ECRA 4GXAA 1I69A 1O63A 3Q25A 1SW1A 2I4BA 3CRBA 2Z22A 3VXBA 5EHSA 3MAMA 4RY1A 4OETA 4F3SA 4LUBA 4LZ8A 4NF4A 1OVBA 4GRKA 5H8HB 3IB1A 4FAJA 4O3AA 4F3BA 5B7DA 1UIVA 4KYDA 1I6AA 4ZEIA 2BJJX 5AA2D 1IIWA 4KI0E 1JEUA 4JB7A 5AA4A 1QKAA 4O3CA 2V25A 2PVUA 4E0XA 2P0SA 4F39A 3KBRA 4R9GA 4F2QA 3K6UA 1DTGA 4IGRA 1LFIA 1Y4CA 1II5A 2DWHA 4PFTA 1MY0A 3C33A 3IJOB 3L6HA 4F18A 1JNFA 2LAOA 4YICA 4KFQA 1MQJA 2UYEA 3JZJA 1VSOA 3TTKA 3PPOA 1A55A 5CMBA 3QIMA 3OENA 1NFTA 1XHYA 2V84A 2VHAA 1B4HA 3S9EA 4YKIA 4AQ4A 1R1NA 4H5GA 2PMSA 1UTHB 1RYOA 2XHDA 3T9VA 3A09A 2F97A 1HSJA 3CFXA 1GTKA 1IXIA 3QSLA 3IX1A 1ZKBA 4OERA 3M8UA 1H45A 4JWXA 2HQ0A 4YAHX 3E4RA 4IB2A 5I58A 4NWCA 4DXUA 1DMBA 4R9FA 1DPPA 3K0VA 4X9TA 1B3GA 1H3DA 4EQ9A 4GD5A 3V89B 4LVQA 1LCTA 4OQOA 1XVYA 2X7QA 3W9WA 3B6WA 3O66A 1M5BA 3ODBA 5I2NB 3HSTA 1MXUA 2DVCA 5I2KB 4JDFA 4OEVA 4G68C 1MQGA 3ILUB 4Q5TA 4H0WA 1B32A 3N5LA 1LBCA 3HCQA 4OFLA 4NEDA 1D9YA 3KG2A 5JTYB 2GHAA 2XXUA 1NH8A 1B5HA 1M5CA 4ND9A 3SEVA 2IEEA 2HAUA 1ATGA 1QJMA 3U94A 2XXIA 2UVJA 3IL1B 1B05A 1EZ9A 2UVGA 4LZ7A 1D9VA 3H6VA 4AB6A 5IKBA 3CG3A 5K2YA 3VLVA 2DP8A 3VLUA 3KZGA 3CFLA 3C34A 2XXVA 2Q2AA 1B2HA 1I6QA 1VE4A 1B4ZA 3TCGA 1CE2A 1B1HA 1R9LA 1FQCA 3K6WA 5DTBA 3S9LC 1PB8A 2I6EA 2XXWA 3H03A 5H8SA 3TELA 3K4UA 3FD3A 5KZTA 1Q1KA 5F1QA 1TFAA 2DYXA 4QRZA 4Q0CA 1FQEA 3I5OA 2HZKA 3MVZA 3C9HA 4NF4B 5AA2A 4R74A 1ZU0A 3BFUA 3N94A 1B6HA 2F6GA 1XS5A 4NMYA 4EF1A 1B3HA 3MQ9A 3VE1B 1NH7A 1SI1A 2V93A 1N0TA 5FTHA 3UP9A 1H44A 3TTNA 1Y1MA 4M4GA 3I3VA 3HHGA 2XXHA 1P1NA 3DP4A 4KQPA 3RPWA 4BLAA 4GFRA 1MM6A 3H06B 3RTWB 2B3BA 3H6TA 4U2RA 4EQ7A 4ZE8A 3IOUA 4C1TA 5H8HA 1L5TA 2REGA 4KCCA 3TQLA 1UIUA 1EH3A 5CMCA 3UORA 4H5FA 4GF8A 5AA3A 3VFJA 4MBPA 1LAFE 2DE4A 1P1UA 1MQIA 3A3UA 2F7AA 1BLFA 4QFKA 4ZZAA 1PB9A 2IA4A 2H9BA 1FCKA 2GFEA 4IY6A 3JYRA 5AE4A 1ZMGA 1PDAA 2PBWA 2ALUA 1JEVA 4YB5A 3U92A 1T0KA 1OVTA 4FEDA 1FTMA 4X48A 5I58B 4ELPA 3EF7A 1MH4A 3LBSA 4ELQA 3CIJA 4RJZA 5I57A 2VOZA 1NMUA 1RKMA 1ANFA 4FECA 2E0SA 3RT6B 4H67A 2AL5A 3PUYE 2DXYA 3SEXA 1UTHA 4YKKA 1ZLQA 4U21A 1D4NA 1LB8A 4O3BA 3LSFB 4RXLA 3PD9A 3K6XA 3CFZA 4P0IA 5J1DA 4OVJA 5ELVA 3TQWA 4GOTA 5IAIA 4KYSA 3T9XB 3VVEA 4TQUQ 3E13X 1OIBA 5DVJA 4GXSB 1LAHE 4QSEA 2F7BA 4ZS9A 1IUDA 3PPPA 3SEUA 1SVXB 4G4PA 2H98A 1SDXA 3TZAA 2NXOA 1H76A 3TKDA 5CC2A 2DE2A 3B6TA 3WAFA 1VR5A 2GRVA 4JWOA 5CRYA 4TOZA 4L17A 3RGYA 2F34A 5I2KA 1P1QA 2Q89A 4GLIA 1LFGA 2RC7A 5TPAA 1TFDA 5H8QA 2QJEA 5A5XB 5JTYA 2V3QA 1SW4A 1JQFA 4M1VA 2WKYA 3FVOA 2QSXA 1LGBC 2V3TA 3TUSA 3P7IA 4I62A 1IQ7A 3FUZA 4ZDMA 2ZXTA 4XKRA 4IO5A 4MH5A 3EQ1A 4WKMA 4Q8RA 1NKXA 4RNSA 1IZ1A 3IR1A 1MG1A 5AA1A 1Y3QA 2XD2A 1YTVA 1NNKA 4EF2A 3RUMA 1Z7ME 1AL3A 5DVFA 2AL4A 2QS2A 2QRYA 3LC8A 1FTLA 3H7MA 5M2VA 4YMAA 3I6VA 2X7PA 3PPQA 3M3LA 3HO7A 2F7CA 2PX1A 3EHTA 3BKIB 4MFIA 4JWYA 5JK4A 1N7WA 4BDRA 1HSLA 3FXQA 1AH5A 5FHNA 3IAZA 1GVCA 2Y7PA 3H6WA 2FYIA 1N84A 2Z23A 1SYHA 3G3IA 5FTIA 1MH3A 4LATA 1AOVA 2OK2A 4YB7A 4F29A 3T9UA 3IJXB 3UIFA 3TCFA 1GGGA 3C32A 2GHBA 1SI0A 4HS7A 3SEYA 3FATA 1NNPA 1Z7NE 3O9PA 3VLWA 3K01A 3GXAA 4N07A 1QUJA 3PMXA 2XD3A 4KD5A 2QS3A 5TP9A 4RA1A 2ZYKA 4GVOA 5I57B 3HPIA 4GQOA 1PB7A 3MVYA 4MF3A 4GL0A 4IGTA 2F35A 4FEBA 4PFWA 3U72A 2O1LA 3C35A 1PC3A 4DZ1A 3IOWA 3CI8A 1XVXA 3OXNA 1URSA 1B0HA 1DSNA 4TLMB 3K1NA 3KGCA 2HXWA 5CMKA 1FTJA 1O7TA 2R6GE 1ELJA 4G2ZA 2V3UA 3FV2A 3SEWA 3GZGA 1QULA 3MUQA 1LAGE 2DWIA 1ZTYA 3DP8A 4DLDA 2DXRA 3CG1A 2F36A 4ONYA 1ZBMA 3PUWE 4IO2A 4YKJA 5DEXA 2I4CA 2AYSA 1JW4A 1MY4A 4QFPA 2ONKE 2UYFA 2AIXA 3V5AA 2O6AA 3UN6A 2NUVA 1B1XA 4QFNA 4XKNA 2Q88A 5TPAB 2I0CA 5H8QB 4OZ9A 4H65A 2RKMA 1NNFA 3TTMA 2F6PA 4RK9A 5H8FA 2XXXA 4R73A 2OWTA 3RN8A 3HV1A 4EXKA 1MPDA 4NWDA 2QS4A 3IO6A 3IOTA 1TT1A 5I59A 1FQDA 3PV0E 2W7YA 1M5EA 3DM0A 3O97A 2XXQA 3QUFA 3MP1A 4IY5A 3E3KA 3FJMA 2QMXA 2P1SA 1XT8A 1YAEA 4ZEDA 4H8JA 5A5XA 3H6UA 4OFJA 2P2AA 2CMOA 1IXGA 5ISUA 4QFLA 3B6QA 4R6HA 1B9JA 3IB0A 2QL3A 4BDMA 4K3FA 2I48A 4YB6A 2YLNA 3TPAA 3RTFB 4R75A 4G8NA 3OO6A 5BUUA 5HBCA 2YJPA 3ILTB 1HSEA 4NF5A 3T93B 4Z0IA 5KCJA 2ONRA 5KDTB 3EN3A 2H4IA 3OEKA 1VFEA 5FHOA 4RPOA 1P99A 4F1VA 1Y3PA 2F8DA 5L9MA 4JXIA 1URDA 4N6PA 3T9HB 3MZBA 2QS1A 3OOAA 4X1BA 4F19A 4DCXA 4RPNA 3L6GA 3IOVA 1MQHA 4H6DA 3FXRA 4NF6A 4R6KA 4C0RA 1KWHA 2DE3A 5BWJA 1P1OA 5L9OA 1MY3A 1R6ZA 1DTZA 3OSQA 4BDNA 4U4SA 5TP9B 4F22A 2UXAA 3OELA 2D21A 4NF8B 4LZ5A 3PUVE 3QK6A 3IO4A 3KN7A 2G29A 3Q26A 2HEUA 3FVGA 3EHSA 2OWSA 1USYH 3UK4A 2DWJA 4EQBA 3G3KA 2RCBA 4XKQA 3W15C 3KJTA 4RYAA 4F3GA 3FGSA 4ELOA 5I84A 4EUOA 4U1ZA 4FORA 2B3FA 3S2VA 5LOMA 3DLNA 5DEXB 4H8IA 4U23A 1SBPA 4GWOA 3R7XA 4P11A 1IXHA 2Y7WA 3AXFA 3MP6A 3R26A 3U1OA 2DVZA 4KCDA 2DSFA 2RF1A 3RY3A 3CSGA 3LR1A 4ZECA 1Q35A 1S9TA 3RLFE 1PBPA 4OYVA 4GIZA 5H8FB 3C4MA 3T66A 3Q29A 3TFLA 2VGQA 1Y4TA 4FIMA 2Q2CA 5I59B 2RINA 2Z8FA 1GR2A 1MXYA 2O1MA 3QYTA 1MXZA 3VVFA 3MZ9A 2O69A 1JW5A 4U4XA 3MPLA 3R6UA 1OLAA 2R9JA 3SDFA 1DPEA 2UVIA 1MXXA 1SW2A 2F5XA 5H8NA 2XXRA 4QHQA 1R9QA 2A5TB 2ONSA 4JSOA 4BDOA 1EZOA 3SESA 1Y9UA 1JETA 2I58A 4OEUA 1B46A 2ZNTA 3D4CA 2Y7KA 1S7YA 1QKBA 4PFYA 3V8XB 4JSDA 4XTCQ 1WDNA 3K2DA 4LONB 1QW0A 5F7VA 1FTOA 1JVYA 4G68A 3G3GA 2XXPA 4DXBA 3CVGA 3IORA 1J1NA 3TYHA 2I3WA 4HW8A 4TLLB 1B3FA 1NNTA 3A3CA 4OXVA 2HCAA 4MLQA 3U8QA 1JVXA 4NF5B 1GV8A 3S9MC 3K00A 2ZNUA 5CBRA 3SKPA 3C36A 3TTLA 5KCJB 2Q8JA 4EXLA 1VFDA 1UTBA 5CBSA 4PETA 3K6VA 3MVXA 4FATA 1NL5A 2YPNA 3W9VA 2FA7A 1B7UA 1FQAA 5FHMA 1LLSA 3B7DA 3KOSA 4NF6B 4HCYA 1IITA 1JW1A 5TU0A 2NOOA 4G8HA 4ZE9A 3VV5A 2G93A 3FXUA 1A40A 1A8FA 5ICQA 4KHZE 3IB2A 5KDTA 4BDLA 1FQBA 2ZMBA 3N6TA 2QMWA 4H1XA 2PYYA 1PEBA 2RC8A 3MWBA 1SQYA 4IO6A 1OQHA 3CR9A 2XX9A 1XOCA 1LAXA 4ZEBA 2RC9A 1LCFA 1N76A 4I9DA 2H5YA 2NVUB
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4LA9A 2VP1A 1SYIA 4F3PA 1MDP1 4IO3A 4NF8A 4YMBA 4PGNA 5F24A 4RK2A 3GBAA 3D1RA 4POXA 4GWXA 5DW8A 1NI9A 3OEMA 4F1UA 2HZLA 4YKPA 4I8CA 4NG7A 4PFUA 4ZEKA 3VVDA 2KLFA 1I6BA 1MDQA 4NHBA 3USDA 3O2AA 2FIXA 2XXYA 3OO8A 4NN3A 2ZNSA 1IMEA 4R72A 3TMGA 2XWIA 3ZKLA 3KFMA 4PFIA 2JJKA 4UA8A 1IEJA 3PUZE 4HTGA 1N04A 5CMMA 3KN3A 5EYFA 3EKIA 4R6YA 4AB5A 3T96B 2ZYMA 1MXWA 3H4ZA 3SERA 3THIA 4G77A 4MNIA 4ESXA 3K1PA 3FASA 2DWAA 2PT2A 3Q28A 1OMPA 3PD8A 3KEIA 3LUYA 1QVSA 1PBQA 3OO7A 1B52A 2ESNA 1YPNA 3O28A 5L9SA 3QAXA 5CI5A 1IMAA 2OJTA 1BKAA 3HN0A 1N3XA 3PGFA 2FNCA 5H8NB 2Y7RA 3M3FA 3FJ7A 2I49A 5HM4B 4NQ8A 1MY2A 4OWDA 3BIGA 1RYXA 4DDDA 1D3KA 4P56A 1YXIA 4P0GA 4F31B 2GH9A 3PU5A 4THIA 3LSXA 3K02A 1UQWA 4PF8A 2XX8A 2F78A 1EYIA 1IMFA 1XC1A 2O84X 4OVQA 5L8DA 1B58A 3SETA 1LBBA 3OD7A 2R71A 2I3VA 4HCWA 3TDJA 3ZS6A 1LSTA 3M3KA 4ELRA 4I1DA 1CNQA 1LB9A 2NWJA 2KR0A 3MJNA 3FV1A 4DIGA 4OHNA 4OMBA 1A8EA 2PFYA 3KJ7A 2HHMA 4ZEFA 2VD2A 2XXTA 4ZZEA 2B65A 4G68B 2CZLA 1DOTA 1USYE 3IK6B 3TODA 5DYHA 3S9NC 2ANJA 4GBVA 4LQ5A 4MAGA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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