4IO2A

Crystal structure of the avglur1 ligand binding domain complex with glutamate at 1.37 angstrom resolution
Total Genus 78
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
78
sequence length
248
structure length
242
Chain Sequence
GSARLKGITLRIGVIESVPFTIVANVNTTKLTGYVLDLIEYLRDKMGFVADVQLAPPNTSYTGLVLALANGDYDIAIGDITVTSARREIVAFSNSISDNSMRILMRKGTLIDGMDDLKNGKIPYNRIGIRIGTAGEDYYLREISGGSRNFYPLKSRQEMYDSLLAGIIDVSFMDIGTAEYVTNNIYCNLTLVGEDFDKSTFGIVTPKEWLYAKDLDVNILSLRETGILDNLKKKWFQTKACP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Anions Mediate Ligand Binding in Adineta vaga Glutamate Receptor Ion Channels.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Glutamate receptor 1
molecule tags Membrane protein
source organism Adineta vaga
total genus 78
structure length 242
sequence length 248
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-01-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00497 SBP_bac_3 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4io2A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4io2A02
1SI0A 4IO4A 5AA4B 4GLIA 3DP4A 1UIUA 2FA7A 4G77A 1QULA 2RINA 1EZOA 1SQYA 2HFBA 5AE4A 4OHNA 3OMBA 4LA9A 5DYHA 3QXMA 3EPEA 5CBRA 2HAVA 5F1QA 5H8NA 4N13A 1WVJA 4GXSB 1LBCA 4KPTA 5H8QB 1LB8A 1B7UA 4ZE9A 3K4UA 3RLFE 1J1NA 4POXA 3BBRA 1MY3A 4MLQA 4C1UA 3KGCA 3SEXA 3HCQA 3TQLA 1LAGE 3IOTA 3RGYA 2H98A 1SD3A 4NF4A 3R26A 4IB2A 1MPCA 3FXQA 2A5TA 2QMWA 3K1NA 3LSLA 4N07A 5DVIA 5CC2A 3CFXA 1MY2A 5M2VA 1MQHA 3QUFA 3T66A 2ALUA 3MVZA 3T9XB 3UP9A 4AB6A 3M3FA 1Z7NE 3TPAA 1FTJA 1POTA 4R2FA 2F7CA 1JEUA 2DS9A 2ABHA 5AA2A 4MBPA 3IJOB 4XKQA 3RN8A 1A99A 3IAZA 4YB7A 4UA8A 3CR9A 4F31B 2NVUB 1B5JA 4R75A 3R7XA 1KWHA 3CFLA 5FHNA 3ONMA 2DXYA 1IXHA 5TP9A 1N04A 5AA2D 4MH5A 2DVCA 5HBCA 4ND9A 3MPLA 3THIA 1MQDA 3LSWA 4F1UA 1PEBA 3FJ7A 4HTGA 2XXQA 1MY4A 4G68A 4BDQA 1P1OA 4DLDA 3O29A 3S9MC 3RT8A 3IOVA 4EQ9A 1QJMA 5HM4B 2UVHA 2QS2A 1IZ1A 5CM6A 4WXJA 3R6UA 4M4GA 1PBPA 3FV2A 1IQ7A 3K6UA 3L6GA 1LCTA 4H8IA 3U8QA 3OO7A 4RY1A 4NTLA 2HZKA 1TWYA 1M5DA 3MAMA 3KOTA 4IY5A 1MQGA 2HAUA 5KDTB 2Q8JA 4KYEA 1QW0A 1HSLA 1LLSA 1MXYA 4EQBA 3S2VA 3G3GA 3TTRA 3C9HA 5CMCA 1SYHA 2XXRA 2KLFA 4GXAA 3KN7A 2I0BA 4H6DA 4IO2A 5FTIA 4KQPA 2I58A 3LSXA 3E13X 1Y3QA 1ZMGA 1P1UA 3RQTA 2UVJA 3G3FA 4XIGQ 2O7UA 2DOJA 3AXFA 1Y9UA 4NE4A 1RYOA 2QRYA 3IOUA 4E0XA 4BDOA 1FTLA 5I56B 3MBPA 1BTJA 3V5AA 2PT1A 2Z8EA 1URSA 3Q25A 2F7AA 3CG3A 4QFNA 1L5TA 4RK9A 1B1XA 1SW1A 4BDNA 2ANJA 2DWJA 4YKPA 4DXBA 4L17A 2R6GE 3FVOA 1S7YA 3PPPA 3IR1A 1SW2A 4KD5A 4LUBA 3VE1B 1R9QA 1S50A 1M5EA 1FTMA 3A3CA 3QIMA 4EXLA 4FIMA 2OBGA 3ILTB 3CRBA 2ZNTA 3WAFA 1A54A 4G68C 1FCKA 1MDP1 5LOMA 2ONRA 1VFDA 4I8CA 2FNCA 1NFTA 1B46A 2XXUA 3HHGA 1XC1A 4RK2A 4C1TA 1LAFE 4NEDA 4GWOA 4JWXA 5AA3A 4GOTA 3G3KA 3E4RA 4M1VA 5KCJB 2QS1A 4RNSA 5I2NA 1UTHA 5IKBA 3VLVA 1B7HA 1MPDA 5DEXB 4DDDA 4QFOA 4F18A 1FQCA 1VFEA 1AL3A 2THIA 3LC8A 4H8JA 1B05A 3EHSA 4ZZAA 4R2BA 2OK2A 3RTFB 5EHMA 4OFJA 1JETA 4R73A 3FXRA 4RXLA 3T96B 3KSJA 4DZ1A 4ELQA 1Y4CA 3D4GA 3KSXA 5ITOA 3IORA 4GF8A 4H5FA 1H3DA 1I6QA 3GLBA 4FEBA 2P2AA 4JWYA 4FAJA 2DE2A 1Z7ME 3RT6B 3ZKLA 5JTYA 2RCBA 4LZ8A 2B3BA 4R6HA 1P1WA 2X7QA 1T0KA 3W15C 5CMMA 2ESNA 3VVDA 3O2AA 3C31A 4N6PA 1SW4A 4H0WA 4O3BA 1EZ9A 4ZEIA 3H4ZA 1OIBA 3PD8A 1N3WA 3LBSA 4U22A 1HSJA 3H6UA 3FVGA 4K3FA 1AOVA 4RA1A 2XXIA 3B6WA 3PMVA 4HW8A 1UTBA 4UACA 4YAHX 3P7IA 2R71A 4KI0E 1D9YA 5CMKA 3KFMA 4JDFA 5J1DA 2X26A 1QKAA 3K2DA 3G3IA 4POWA 4NMYA 1ZKBA 4NF6B 2Y7PA 4YKJA 4OQOA 3B6QA 2DSFA 3VV5A 4BDMA 1LFGA 3MZ9A 4FORA 2G29A 4QSCA 1TFDA 4GD5A 1B5HA 1IXCA 1VR5A 1B52A 1F9BA 2NXOA 4P11A 2CMOA 3KJTA 2DQVA 3T93B 4HCYA 2M8CA 3M3KA 4GIZA 3H03A 3H6TA 4ELRA 3OENA 2REGA 3TCFA 1B51A 2Y7WA 2RC8A 4ELOA 1XOCA 3DELB 3T9UA 1ELJA 4DE8A 4QFLA 4ELPA 3PPOA 2OWTA 3ECRA 3U94A 2YLNA 4WKMA 5FTHA 3IO6A 5I59B 2GRVA 1GVCA 3K6XA 1QVSA 2WKYA 1GR2A 2AYSA 4Q8RA 3CSBA 2RC9A 3I3VA 1Y1MA 3KN3A 4FE8A 2OWSA 2Y7KA 1EU8A 1DMBA 4ZECA 4NF5A 4IGTA 2F5XA 1IIWA 4AQ4A 3OXNA 3O6GA 4ZS9A 3N5LA 2XXTA 3VLUA 1ZIUA 1ANFA 2O7IA 1S9TA 1DOTA 1JQFA 1MQIA 1FTKA 1OLCA 5B7DA 4F1VA 2GH9A 1NH7A 5EYFA 3BFTA 1R6ZA 2P1SA 4OWDA 4GVOA 3OOAA 3JV9A 3PPNA 3O97A 2NWJA 4KCDA 5DTBA 4QFKA 3C36A 2H99A 2F7BA 3EF7A 1NNTA 4R6YA 1BP5A 4ZEFA 1DPPA 3OELA 4OETA 4X1BA 3MW0A 2PMSA 4LATA 4EUOA 2Q2AA 2XXYA 4O3AA 3H06B 4GRKA 4F19A 5IAIA 1HSEA 4G8MA 1P1NA 1LBBA 1MY1A 1IITA 1B40A 2XXHA 4F29A 5I57A 4LQ5A 3CIJA 2PT2A 1LFIA 3TTLA 4OTEA 3FUZA 4QRZA 2AL4A 2ZMBA 4IY6A 4NF4B 4DCXA 2DE4A 1N7WA 2A5TB 5ICQA 5H8HA 1M5CA 3CG1A 4H5GA 4LONB 3FASA 4ZEBA 4KCCA 1D4NA 1NKXA 3DM0A 4F1YA 3PUYE 1B3EA 4GL0A 1N3XA 3GXAA 3OEKA 3SEVA 1WDNA 2V3QA 5AA2B 3HSTA 1ZBMA 2UXAA 3VFJA 2PYYA 3PV0E 4PFYA 2I49A 3EHUA 1YCJA 4G8NA 3TCHA 2QS3A 1BKAA 3M3LA 4BDRA 4F2QA 1B3FA 5TP9B 3V8XB 1EH3A 3O6HA 2Z23A 1H76A 1B5IA 1MH3A 3UK4A 2I3WA 3ODBA 2O51A 4ZDMA 5CMBA 3K02A 4R6KA 4KYDA 2ZNSA 4ZZEA 2DP8A 4G68B 2Z22A 2E1SA 4YB5A 4Q0CA 2W7YA 1JW4A 3QUJA 3TKDA 3MC2A 1R9LA 4XTCQ 2PX1A 3H6WA 1GTKA 3TZAA 2REJA 3KEIA 3I6VA 4ONYA 2DE3A 1SW5A 3O66A 1PDAA 1I6BA 1GGGA 1FTOA 1N7XA 1FQBA 4YB6A 1LAHE 4QHQA 4Z7EA 2V93A 1OQHA 2B3FA 5CBSA 3MP1A 5DVJA 1JEVA 4H65A 5H8FA 4F3GA 5I84A 1A8EA 1AMFA 3FJGA 4IO3A 4THIA 3UIFA 1USYH 3ZKKA 3MJNA 2O69A 3SDFA 1SVXB 3VXBA 3JZJA 3LR1A 1MS7A 1XT8A 2Q88A 1EZPA 3IJXB 4BDLA 1N76A 5DEXA 3GZGA 3QK6A 3PGFA 2ONKE 3SEYA 2V3TA 1B6HA 4PP0A 3TQWA 4EF2A 3OO9A 3LSFB 3PMXA 2NOOA 3PU5A 3MP6A 3SEWA 2IEEA 2FYIA 5FHOA 4OEVA 4NF8A 1MXUA 1POY1 5JK4A 3GBBA 1Y4TA 3B6TA 1M5BA 3TCGA 1TFAA 1IEJA 3PUVE 3Q27A 5I58A 5I2KA 1YPNA 3MWBA 4JSOA 3MVYA 1MM6A 2DYXA 3DP8A 4OYVA 3FVKA 4MF3A 2RF1A 4OZ9A 5B70A 2HZLA 2I48A 2XD3A 3TYHA 4JSDA 1XVYA 4E0WA 1MDQA 4XKRA 1IXIA 1R1NA 4Q30B 1Q35A 1JW1A 1RYXA 5TPAA 1OVTA 4KHZE 2XX7A 2AIXA 3EN3A 5DT6A 2XXPA 4PETA 3OEMA 3VDFA 4G2ZA 2XXVA 2I4CA 1MXWA 3VLWA 3ILUB 3CSGA 2I3VA 2UVIA 4P0GA 2X7PA 3EHTA 4F3BA 4R72A 4XXUA 3FATA 1ZTYA 3MZ1A 3WAEA 4PQJA 2RCAA 4NF6A 3OO6A 1LSTA 2RKMA 2ZYOA 3G7WA 5JEIA 1O7TA 2NUVA 1Q1KA 1A8FA 2VGQA 2VD3A 1FQAA 1UTHB 1A7LA 3G3JA 4F3SA 1CB6A 3T9VA 1P1QA 3HHFA 3IB0A 3VVFA 1YTVA 2Z8FA 4GQOA 3HV1A 3W9VA 4X1DA 4U2RA 3K6WA 2AL5A 5KZTA 5L9SA 3PUZE 3SEUA 3H6VA 1IXGA 3V83A 1RKMA 5AA4A 4U4XA 2QL3A 4C0RA 2RC7A 1B4ZA 3H7MA 1SYIA 4GL8A 1I69A 1AIVA 3E9XA 3TUSA 4LZ7A 4EXKA 3TELA 3FIRA 1WODA 4IO7A 4NWDA 2UYFA 3KJ7A 2DWAA 4JWOA 2O84X 1QUKA 1H44A 2R9JA 5JTYB 4ZEDA 4DXUA 4TOZA 3FV1A 2D5WA 2V3UA 3QSLA 1GV8A 1MQJA 4OESA 5H8QA 2Q9TA 4IO5A 3GBAA 1II5A 1NNPA 3TTMA 4IGRA 3RUMA 4TLMB 2VP1A 3V89B 3TODA 1B7ZA 3A3UA 4F3PA 1CE2A 3U92A 2F78A 4OENA 1O63A 4PE5B 3C35A 2E0SA 3FVNA 1UTBB 1QUIA 3SERA 1B3LA 5ELVA 2I0CA 5DVFA 1B32A 2ONSA 4RJZA 1FQDA 3B7DA 2ZYKA 1US5A 2A5SA 3MVWA 1FW0A 4G4PA 2F34A 1B58A 5A5XB 4KR5A 3FZVA 4OERA 3IOWA 4OXVA 3KOSA 1QKBA 1B9JA 5AA1A 2XHDA 2F8DA 3PPRA 3RPWA 3TEPA 4LZ5A 1Y3NA 3S9LC 1MH4A 2XX8A 3IB2A 3HPIA 5ICTA 1Y20A 4FEDA 1P99A 4QSEA 3O6IA 4R74A 4HS7A 4LVQA 4FATA 3TAJA 3IB1A 3UN6A 2GHAA 2H4IA 1LAXA 1FQFA 5ITPA 3MQ9A 5TU0A 1NNKA 4RPNA 3UA8A 2OCUA 4YKKA 2LAOA 4WEDA 4WEPA 3D4CA 4I9DA 3MPKA 2YPNA 1MXXA 2OLBA 4U4SA 3FXUA 3PMWA 2I4BA 3SESA 4U1OA 1LB9A 1DPEA 5L9MA 5H8SA 1DSNA 1LGBC 5K2YA 4ZEKA 5H8NB 3U1OA 1A40A 4KYSA 3K0VA 4Z0IA 2ZXTA 3IX1A 4DIGA 3T9HB 2Z8DA 1XVXA 1MXZA 4H67A 4IO6A 1FQEA 3BKIB 3IO4A 4EQ7A 4NF5B 1Y1ZA 1N0TA 5KDTA 2V25A 4I1DA 3UGWA 4F22A 1NNFA 1B3GA 2H25A 3C32A 4QFPA 2F6PA 3PPQA 1OLAA 3OSQA 2DWIA 1PB7A 2VOZA 4U21A 3PUXE 3TFLA 1NMUA 1QUJA 3N94A 1US4A 1NL5A 1URGA 3HN0A 4R9FA 1D9VA 3S9EA 1AH5A 4MLVA 2PVUA 1MY0A 1XS5A 4PFTA 2GFEA 2XXXA 5I56A 2Q2CA 3Q28A 1B4HA 2G93A 1LFHA 2VD2A 2OZZA 1IUDA 2DWHA 4R9GA 4OFOA 3UORA 3KBRA 1ATGA 3CFZA 5I57B 3I5OA 2F36A 3KG2A 3K1PA 1OVBA 1SDXA 5ISUA 5CRYA 4KFQA 2BJJX 2VHAA 4G8HA 5H8HB 4DXCA 2HCAA 4ZE8A 1LCFA 2ZYMA 1MPBA 4YKIA 2Y7IA 3JYRA 3W9WA 3O28A 3S9NC 3Q26A 2OJTA 1BLFA 4QSDA 1B2HA 4ESWA 4GFRA 1PB9A 5CI5A 3N26A 1VSOA 1PC3A 1XHYA 2H9BA 5HPQA 5K2XA 4NWCA 1DTGA 3O9PA 4PFUA 2O1MA 4DCYA 4P0IA 1PBQA 5KCJA 2P0SA 2O1LA 2IA4A 1TT1A 1JNFA 1Y3PA 2F35A 2XD2A 3KN8A 2F6GA 3IL1B 3K01A 3LUYA 4ISUA 3E3KA 3OO8A 5FHMA 4OMBA 4I62A 1MM7A 2H5YA 1H45A 3USDA 4OEUA 2QJEA 1ZJLA 4EDPA 3K00A 2DXRA 1MG1A 4RPOA 3T22A 4AB5A 2XX9A 5BWJA 1I6AA 1JVYA 4XKNA 4RYAA 3H3GA 3K1MA 2PBWA 2XXWA 2V84A 3TTNA 2F97A 5H8FB 4FECA 4YU0A 2CZLA 4JBZA 1TXFA 3BFUA 3RY3A 2QPQA 3G3HA 3C4MA 4Q5TA 1PB8A 5L8DA 1NH8A 2Q89A 2DVZA 4X9TA 2HEUA 1USYE 3MUQA 4F39A 3VVEA 3CVGA 3Q29A 4TQUQ 3MP8A 4ESXA 2QSXA 3M8UA 4YMAA 2D21A 3PUWE 1JVXA 1UQWA 3U72A 4PFWA 4TLLB 2ZNUA 1B3HA 3OD7A 3SETA 4NF8B 3MVXA 5F7VA 2HQ0A 4U23A 4LP2B 5EHSA 5BUUA 3EQ1A 3S4UA 2O6AA 1SBPA 5I2NB 2I6EA 3RTWB 5I58B 2O68A 5I2KB 1A55A 3FJMA 3SKPA 4BLAA 4U1ZA 3RNNA 4OFLA 3HO7A 1DTZA 4OVJA 4XKPA 2Y7RA 3A09A 1MRPA 2GHBA 1B1HA 2QMXA 1SI1A 4O3CA 1VE4A 1JW5A 1YAEA 1UIVA 3VXCA 4FJPA 2UYEA 3TTKA 5TPAB 1BIYA 4MFIA 1O64A 3FD3A 2D3IA 3ZSFA 3DLNA 3L6HA 1H43A 3IK6B 1B0LA 4JB7A 4F2OA 2ZYNA 2B65A 4H1XA 1ZU0A 3U93A 3TDJA 4JXIA 2YJPA 3FGSA 3TMGA 3DP6A 1URDA 3ZS6A 2HXWA 2Y84A 3QAXA 1OMPA 3N6TA 3K6VA 3KZGA 5I59A 3PD9A 4QF9A 1OQGA 5A5XA 4X48A 1B0HA 3C33A 4EF1A 1M5FA 4YMBA 3C34A 4YZZA 1MXVA 4YICA 3OSRA 4HCWA 1D3KA 3CI8A 3QYTA 4ECFA 5L9OA 1ZLQA 3N6UA 3MZBA 4LQ2A 3F11A 2UVGA 1N84A 2QS4A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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