4IY6A

Crystal structure of the glua2 ligand-binding domain (s1s2j-l483y-n754s) in complex with glutamate and me-cx516 at 1.72 a resolution
Total Genus 85
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
85
sequence length
263
structure length
263
Chain Sequence
GANKTVVVTTILESPYVMMKKNHEMLEGNERYEGYCVDLAAEIAKHCGFKYKLTIVGDGKYGARDADTKIWNGMVGELVYGKADIAIAPLTITYVREEVIDFSKPFMSLGISIMIKKGTPIESAEDLSKQTEIAYGTLDSGSTKEFFRRSKIAVFDKMWTYMRSAEPSVFVRTTAEGVARVRKSKGKYAYLLESTMNEYIEQRKPCDTMKVGGNLDSKGYGIATPKGSSLGNAVNLAVLKLSEQGLLDKLKNKWWYDKGECGS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural analysis of the positive AMPA receptor modulators CX516 and Me-CX516 in complex with the GluA2 ligand-binding domain
pubmed doi rcsb
molecule keywords Glutamate receptor 2
molecule tags Membrane protein
source organism Rattus norvegicus
total genus 85
structure length 263
sequence length 263
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-01-28
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4iy6A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4iy6A02
4YZZA 3VVDA 1A99A 3T22A 4GD5A 4IO5A 5FHOA 2O1LA 2V93A 3FVNA 3WAFA 1N0TA 3MUQA 4OHNA 3PD8A 1XVXA 2O6AA 4ISUA 4RK9A 1JEUA 1Y3PA 4L17A 3TQLA 4OMBA 4F1UA 2I49A 2OLBA 3CSGA 4IY6A 3UA8A 3RGYA 1KWHA 4KPTA 3SEUA 1SVXB 3H6TA 1FQFA 4ZE9A 1HSLA 3HPIA 3PD9A 4HTGA 1SI0A 4YKPA 4PETA 3QUFA 3A3UA 3IO6A 2OJTA 5FHMA 4DCXA 3FXUA 5DEXB 3OOAA 3OO6A 4PQJA 4LA9A 2Q2AA 4G8MA 1OIBA 4H5GA 5F7VA 3SDFA 4QSCA 4MBPA 2E0SA 1I69A 1IITA 1UIVA 4POXA 4EDPA 1RKMA 3IR1A 1LGBC 2GFEA 3CG1A 1VR5A 3QAXA 4KFQA 4QFOA 2RF1A 3HSTA 2XXUA 4G68C 3SEVA 1MQHA 2O1MA 4ZEDA 1DTGA 5DT6A 3C33A 2DP8A 4OERA 5I2KB 2HAUA 3PGFA 2VP1A 1B58A 2GHBA 3FD3A 3RT8A 3G3IA 1O7TA 3T9UA 2P1SA 1LFIA 3MWBA 4OFOA 3OSRA 3E3KA 1SQYA 1Y4TA 3FVGA 2ZYNA 4JB7A 4U23A 1OMPA 1QW0A 5KDTB 3TEPA 2HZLA 4Q0CA 5A5XB 4TLLB 3K6XA 4U21A 5TPAB 4YMBA 2HEUA 4THIA 1MQDA 3ECRA 3K2DA 3K1NA 1MPCA 2O7UA 1S9TA 3LC8A 2D5WA 1P99A 4FIMA 1MXZA 3MAMA 5CM6A 4NE4A 2ZNTA 1B46A 1N7WA 3IOVA 1LAGE 4WEDA 3V89B 4EF2A 2F7AA 4ZEFA 2RC9A 1QULA 4ELPA 1MPDA 1AOVA 4O3CA 2QS3A 4GWOA 1R6ZA 3MW0A 1IQ7A 3SEYA 1US4A 3R6UA 4M4GA 1XT8A 3ILTB 1IEJA 3O28A 4X1BA 3PMXA 4N6PA 2R6GE 1XVYA 1TXFA 3ILUB 1SYIA 4WKMA 5FTIA 2DVZA 1B32A 1BP5A 3HHGA 5AA4B 4GXAA 2I6EA 2WKYA 3FIRA 4KCCA 2R71A 4RPNA 4F1VA 3EF7A 4GIZA 5ITOA 3VVFA 1US5A 1BLFA 1O64A 4GRKA 5KZTA 5TPAA 3F11A 4DXCA 3CVGA 1B4HA 3CFZA 3KGCA 4QRZA 1Z7ME 4F2OA 4O3BA 1N04A 4IGRA 1MXXA 4HCYA 4TLMB 1VFDA 2VHAA 2CMOA 4KHZE 1SI1A 4JWXA 3E4RA 4UACA 4YKJA 2ONSA 2DVCA 4P11A 2Z8DA 2O69A 4G8NA 2H98A 2RCBA 2QMWA 2VOZA 1WODA 4YAHX 1AIVA 4KCDA 1A54A 2F8DA 4ZDMA 3Q27A 1H45A 5H8FA 3DP8A 4MH5A 4JSOA 3VDFA 4PFYA 3K6VA 1BTJA 1Y1ZA 4KYDA 2OCUA 2P0SA 3U94A 4ESXA 4PFUA 5AA4A 5EYFA 1XS5A 1LBBA 3DP4A 2XX8A 4U22A 4HW8A 4X1DA 5H8QA 1OVBA 3TPAA 1EU8A 4JSDA 2ESNA 2HZKA 5B70A 3CFLA 3O97A 1Q35A 3M8UA 4AB5A 1B3EA 1AL3A 3P7IA 3GBBA 1NNPA 1LCFA 1CB6A 2Q88A 3N94A 4R6HA 5AE4A 4GL8A 3V5AA 5L9OA 1B5JA 3FV2A 3FASA 2W7YA 3Q25A 4XKPA 4XXUA 3N6TA 4NF5B 4NEDA 3MP6A 3TCGA 3SEWA 2XXWA 3OENA 4YKKA 4LP2B 3CRBA 4MFIA 1M5CA 2NUVA 4NF8B 4G8HA 2F34A 3H6UA 1QVSA 4IO6A 3OMBA 3BBRA 2F7BA 2V84A 1M5EA 1MPBA 3Q28A 2UXAA 3IB1A 1P1WA 1B7UA 3VLUA 1MS7A 3TAJA 1A8EA 1YAEA 2QS1A 2DYXA 2OBGA 1II5A 2DE4A 4GLIA 1MM6A 3KOTA 1P1OA 3G3HA 1EZOA 3TCHA 1XC1A 4JBZA 4F3GA 1UTHB 1TFAA 5ITPA 3C36A 4FORA 1FQCA 3RNNA 3FVOA 1ELJA 2NWJA 1SDXA 3O6GA 2RINA 2XD3A 3K4UA 2OZZA 3C4MA 1JEVA 5IKBA 3SERA 3HHFA 1B05A 4F3SA 4R73A 2O51A 1LFGA 1H44A 3IK6B 1XOCA 2R9JA 3I5OA 1DMBA 3S9EA 3GZGA 3VLWA 1MQGA 3EPEA 1S50A 3RT6B 1OLCA 4ELOA 4NF8A 4LQ5A 1LB9A 4Q5TA 3W15C 1MDQA 4NTLA 4Z7EA 2XX7A 2UVHA 4BDNA 4UA8A 2D3IA 4RXLA 2H99A 3W9WA 2HAVA 2F6GA 4IY5A 3TCFA 2B3FA 4GQOA 3SETA 3MBPA 1P1NA 1M5DA 4HS7A 1A40A 2GH9A 5TP9B 3OEMA 2XXRA 2ZNSA 3T9HB 4U1ZA 3H06B 2Q8JA 3B6QA 3VLVA 4YB7A 3JV9A 3RN8A 1HSEA 4IO2A 4RPOA 1B3HA 2ZNUA 2LAOA 1FTMA 3S2VA 3TKDA 4ZE8A 1RYXA 1D4NA 1FTOA 3U93A 2UVJA 3HN0A 4I9DA 5J1DA 2Z23A 1B5HA 3WAEA 3U72A 3W9VA 4AB6A 3O6HA 3TODA 4QF9A 1B5IA 5K2YA 2KLFA 3RQTA 1TWYA 5JEIA 4H0WA 1FQDA 5DVIA 3R7XA 2VGQA 3RTWB 2Y7IA 4QFLA 4Q30B 3A3CA 3OSQA 1SW1A 5I84A 1B52A 3O66A 2QL3A 4GOTA 1QKAA 4GL0A 1A8FA 4RNSA 2V25A 1JNFA 3H6WA 2ABHA 3ZKKA 2RKMA 4EXLA 3C35A 4RA1A 2UVGA 2QSXA 4OYVA 2Y7PA 1MQIA 4DDDA 4F18A 2QMXA 3PPOA 3THIA 3PU5A 3IJOB 2F6PA 4ESWA 1T0KA 1EH3A 4X9TA 3ZSFA 4C0RA 3PUZE 4U4SA 1J1NA 5DEXA 3PPNA 5ISUA 1Y3NA 5EHSA 4R74A 3S9MC 1M5BA 4FAJA 4N13A 4DLDA 4XIGQ 4ZEIA 5JTYB 3O6IA 1NKXA 1IXHA 1MH3A 1MQJA 3K0VA 2FA7A 1FTJA 1MXYA 4EQBA 4NWCA 2HQ0A 4DCYA 2F36A 3CFXA 4RK2A 3N26A 2DE2A 3GLBA 4F31B 1MXWA 5L9MA 4ELQA 5AA2D 4BLAA 3PMWA 4FATA 2XXHA 4MLQA 2E1SA 4QSEA 3MVZA 5CMCA 1WVJA 5F1QA 1FQEA 3KJ7A 2V3UA 3SKPA 2THIA 5TU0A 4G2ZA 1LBCA 4QFNA 5AA2B 1N3XA 1BIYA 2XX9A 3MVYA 3G3FA 4R9GA 5I2KA 3S4UA 3VE1B 1LCTA 4HCWA 3IB2A 4DE8A 2O7IA 4F39A 5I56B 1RYOA 3HCQA 1UTBB 1NH7A 2XXPA 3QYTA 2H9BA 3TYHA 3H03A 4I1DA 3KBRA 1IXGA 1MM7A 2I4CA 5I2NB 1NFTA 4R75A 3O9PA 5KDTA 5A5XA 4H1XA 2XD2A 4DXBA 3GXAA 1DSNA 2X26A 2F35A 5AA3A 1DPPA 2M8CA 5CMKA 3HO7A 4OXVA 3ONMA 3UORA 1POY1 3DELB 4WEPA 3VFJA 1QJMA 1B2HA 1N84A 2F97A 3LR1A 4C1UA 1LAHE 3TTRA 3N5LA 4JDFA 4G77A 3B6TA 1N76A 1NNKA 3PUXE 3M3KA 5CC2A 1UIUA 2Z22A 2G93A 1NMUA 2Y7KA 4ECFA 3O29A 1Y1MA 1AMFA 4P0GA 3S9LC 1MY2A 1LFHA 3FVKA 5M2VA 3H6VA 1TFDA 3TQWA 4F19A 4JXIA 4LONB 3EN3A 3KN8A 2RC8A 4O3AA 1CE2A 1D9YA 2X7QA 5CMBA 5I56A 1LB8A 3M3FA 2F78A 3K6WA 1SW5A 3RPWA 1Y3QA 3BFTA 2ONRA 2HCAA 3MZBA 2OK2A 4BDOA 4R2BA 5ICTA 4G4PA 3O2AA 2ZYKA 2HXWA 3H7MA 2REJA 2PT1A 4PFTA 5CMMA 5I2NA 1DOTA 1P1QA 3MP8A 4DZ1A 3C32A 3U8QA 5H8NB 4I62A 5I58B 4IO4A 5HM4B 4DIGA 3FZVA 1IIWA 4QHQA 3G7WA 1AH5A 3FV1A 2VD2A 2Z8FA 1ATGA 5ICQA 2D21A 2UVIA 1O63A 3A09A 4JWYA 1B1XA 3KFMA 3SEXA 3RUMA 2DWAA 3KOSA 3T96B 4IB2A 5HBCA 1A55A 2H5YA 1ZMGA 2OWSA 3PUWE 3V83A 5DVJA 4FE8A 3IL1B 2VD3A 2XXVA 3IOUA 1S7YA 3FGSA 4ZEBA 1B40A 3E13X 1MXUA 2XXXA 3JZJA 1PBPA 1R9LA 2QJEA 3QUJA 4RYAA 2P2AA 3FXRA 3MPLA 4EUOA 4EQ9A 3TZAA 1URDA 1VSOA 1B0LA 3KG2A 4F2QA 1DTZA 3OO9A 4YKIA 3FJMA 1FCKA 2Q9TA 3U1OA 1JW1A 1B7HA 2Q89A 3OEKA 4GFRA 4F3PA 5BUUA 1ZJLA 2PMSA 3SESA 4MF3A 2FYIA 5DTBA 2Y84A 4OFLA 2QRYA 3C9HA 3OD7A 1Y20A 1OVTA 4R9FA 2RCAA 3DLNA 4U4XA 1OQGA 3G3KA 4BDRA 3IO4A 4H5FA 2FNCA 1IXCA 3LSLA 5KCJB 4PFWA 4OVJA 3VVEA 1R9QA 1QKBA 4NF5A 2QS2A 4ZS9A 4G68B 1ZIUA 2G29A 3Q26A 1UQWA 1USYE 4XKNA 3ODBA 1LSTA 2RC7A 1MXVA 5FTHA 3K00A 1IZ1A 1I6BA 4IO3A 3FUZA 1POTA 1SD3A 2DQVA 1B7ZA 4NF6B 3MJNA 3KSXA 2AL5A 3G3JA 1H3DA 2DE3A 2DWJA 4OFJA 1D9VA 4RJZA 4FEBA 3TDJA 4R6KA 3PV0E 1ZBMA 2XXQA 3IJXB 4I8CA 3DP6A 3TTNA 1UTHA 1EZPA 1JQFA 3MC2A 3EQ1A 2CZLA 1GV8A 3E9XA 2X7PA 3KN3A 1JVXA 1NNFA 1XHYA 1ZU0A 4YICA 3D4CA 1OLAA 3H3GA 1PC3A 5B7DA 2QS4A 3H4ZA 5KCJA 5I57B 4KD5A 3IB0A 2H25A 2HFBA 2NOOA 4R6YA 2PVUA 3PUYE 4G68A 4ZEKA 4N07A 5AA1A 3IAZA 3MP1A 3GBAA 3KSJA 1URSA 4XKQA 3S9NC 1B0HA 1H43A 3UIFA 4NF6A 1MDP1 1I6QA 4TQUQ 5L8DA 4GF8A 4LZ8A 3RY3A 3T93B 1ANFA 1P1UA 4OENA 3VXCA 5CBRA 1QUKA 4H8IA 2XXTA 1F9BA 2NXOA 1GGGA 4LQ2A 5TP9A 3HV1A 3K02A 3OXNA 3MPKA 2BJJX 2O84X 1L5TA 2I3WA 3USDA 1FQBA 3I3VA 4OESA 4DXUA 1JVYA 3EHTA 2ZMBA 4XTCQ 1GR2A 4QFKA 3MVXA 3CIJA 4M1VA 4YB6A 3K1PA 4K3FA 4QFPA 1Y4CA 5BWJA 2ZYMA 4R2FA 5EHMA 2GRVA 3BKIB 1R1NA 2F5XA 2ALUA 3I6VA 2AIXA 4BDQA 3LUYA 4OEVA 4AQ4A 4R72A 1ZKBA 5I57A 1B4ZA 3EHSA 4LATA 4FEDA 1PB9A 1MRPA 1JW5A 5IAIA 4P0IA 1MY4A 1JETA 2UYEA 2AL4A 4ELRA 1LAXA 5CI5A 3CR9A 1LLSA 5H8SA 4H65A 3IOTA 4PE5B 1IUDA 3PUVE 3C34A 1USYH 4ND9A 1MG1A 4LUBA 2XXYA 4ONYA 1OQHA 3KZGA 3IORA 2DXRA 3MVWA 2V3QA 3OO8A 3B6WA 4LZ7A 1URGA 3R26A 4IO7A 3G3GA 1NL5A 4KQPA 3RTFB 3D4GA 4GVOA 3EHUA 1TT1A 3T9VA 3CI8A 4EQ7A 3LSWA 4EXKA 1N7XA 1Q1KA 4E0WA 2DWHA 4F22A 2OWTA 3FJ7A 1MY1A 2B65A 2I58A 2A5TB 1SBPA 1GVCA 5H8FB 4NMYA 3IX1A 3TTKA 5JTYA 4NF4B 1FTKA 2ZYOA 4C1TA 1ZLQA 2ONKE 2DOJA 3N6UA 5K2XA 1Y9UA 2PYYA 5H8QB 2REGA 3Q29A 3MZ9A 2O68A 3UGWA 2H4IA 1B3LA 4LVQA 4X48A 3T9XB 2Q2CA 3PPQA 1PB7A 4OQOA 3OELA 1B1HA 3QIMA 1NH8A 5CBSA 1N3WA 4KR5A 3UP9A 3CG3A 3M3LA 5AA2A 2B3BA 4U1OA 2AYSA 4FJPA 4F29A 2PT2A 3LSXA 1HSJA 1B3GA 3KN7A 2NVUB 1UTBA 1QUIA 3TMGA 4OTEA 2DS9A 3KEIA 3TUSA 5CRYA 3IOWA 4EF1A 2PX1A 2A5TA 4POWA 4OEUA 2ZXTA 5ELVA 4NF4A 1BKAA 4BDMA 2A5SA 3VV5A 3PPPA 2UYFA 2ANJA 2Y7RA 3C31A 1FW0A 1VE4A 3B7DA 5I59B 5H8HB 1JW4A 1B3FA 1IXIA 4KYEA 1H76A 1B51A 4F3BA 2YPNA 4ZZEA 3OO7A 4Z0IA 4QSDA 2I4BA 2QPQA 4PP0A 4WXJA 1MY3A 2DWIA 1DPEA 1QUJA 3FXQA 4IGTA 3MZ1A 3UK4A 1YTVA 4OWDA 4YMAA 1PB8A 1YCJA 3JYRA 1A7LA 1PEBA 4RY1A 4E0XA 3QXMA 1YPNA 3K1MA 1NNTA 2I0CA 4OETA 4H67A 1SW4A 5HPQA 4YB5A 1B6HA 3T66A 4XKRA 3QSLA 3RLFE 4ZECA 3K6UA 3UN6A 3TTLA 3LBSA 1LAFE 3AXFA 4TOZA 4F1YA 3DM0A 2Z8EA 4U2RA 2XHDA 3MQ9A 2DXYA 3LSFB 3PMVA 2I48A 1GTKA 2XXIA 1M5FA 4H6DA 3PPRA 4KYSA 3TFLA 4LZ5A 5H8NA 2DSFA 5I58A 5LOMA 5I59A 5FHNA 5H8HA 3ZKLA 5DVFA 4KI0E 1SW2A 4YU0A 4ZZAA 1D3KA 3CSBA 1FQAA 1MH4A 3FJGA 4GXSB 2F7CA 3FATA 2I3VA 1EZ9A 2IEEA 3VXBA 3ZS6A 4OZ9A 1SYHA 1PBQA 1B9JA 3BFUA 3K01A 3QK6A 4BDLA 3KJTA 3L6GA 2I0BA 5JK4A 4FECA 3TELA 3TTMA 1FTLA 5L9SA 4MLVA 1WDNA 1Z7NE 2YLNA 4H8JA 1I6AA 2Y7WA 2PBWA 1PDAA 1MY0A 1VFEA 4NWDA 1ZTYA 4JWOA 5DYHA 2YJPA 2IA4A 2V3TA 2GHAA 3L6HA 3U92A 4Q8RA 3V8XB
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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