4JDFA

Crystal structure of a potf mutant complexed with spermidine
Total Genus 122
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
122
sequence length
341
structure length
341
Chain Sequence
QKTLHIYNWTEYIAPDTVANFEKETGIKVVYDVFDSNEVLEGKLMAGSTGFDLVVPSAYFLERQLTAGVFQPLDKSKLPEWKNLDPELLKLVAKHDPDNKFAMPYMWATTGIGYNVDKVKAVLGENAPVDSWDLILKPENLEKLKSCGVSFLDDPEEVFATVLNYLGKDPNSTKADDYTGPATDLLLKLRPNIRYFHSSQYINDLANGDICVAIGWAGSVWQASNRAKEAKNGVNVSFSIPKEGAMAWFDVFAMPADAKNKDEAYQFLNYLLRPDVVAHISDHVFYANANKAATPLVSAEVRENPGIYPPADVRAKLFTQKVQDPKIDRVRTRAWTKVKSG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Change in protein-ligand specificity through binding pocket grafting.
pubmed doi rcsb
molecule tags Protein binding
source organism Escherichia coli
molecule keywords Putrescine-binding periplasmic protein
total genus 122
structure length 341
sequence length 341
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-02-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13416 SBP_bac_8 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4jdfA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4jdfA02
1IXCA 3ZS6A 1Q35A 2RF1A 4Q5TA 3TODA 2VGQA 1GR2A 5AA4A 3EF7A 5I2NB 3PPQA 4BDQA 2Y7PA 1QKAA 2X7QA 5LOMA 1P99A 2UYFA 4C1TA 3W15C 4YB6A 3B7DA 5FHMA 3PUVE 3MUQA 1B3LA 1EZPA 2UVGA 3OMBA 2HAUA 3HN0A 1KWHA 3O6IA 2QS1A 4NF5B 3PD8A 3PGFA 3EN3A 5IKBA 2O1MA 1IIWA 3IJXB 1MY2A 4U23A 3V83A 1ZTYA 5I56B 4JB7A 1LBCA 5HM4B 1UTHA 4P11A 3FV1A 4R75A 1NH7A 1IUDA 4DDDA 4LATA 1ZMGA 2Q8JA 3VXBA 4KYEA 4H5FA 4JWOA 4QSCA 1R6ZA 3HSTA 5TP9A 1XVXA 2D21A 4ZEIA 2UYEA 3FJ7A 5I59B 4KHZE 1M5EA 3FXRA 1VFDA 5CC2A 1DTZA 3QUFA 4LZ7A 4R72A 3HCQA 2KLFA 3PMWA 4R73A 3FJGA 1D9VA 4JWYA 2NXOA 5H8FB 4X9TA 2H25A 4KYDA 3VLVA 5M2VA 4POXA 5ITPA 4G8HA 2DWJA 3VV5A 1N04A 3LSLA 4WEDA 2OZZA 3SDFA 2Z8EA 3KOTA 1Q1KA 3PPOA 2PBWA 2A5TB 3C34A 1N3XA 2QRYA 1URGA 1US4A 5AA1A 1Y4CA 3O2AA 3K6UA 4G4PA 5KZTA 4YKJA 5I2KA 2ANJA 3UP9A 1B46A 3DELB 2VP1A 4RJZA 3TDJA 1PEBA 3A09A 3ILTB 5BUUA 4JSOA 1N7WA 3FASA 3PPNA 4KCDA 1I69A 3FXUA 4G8NA 1XHYA 3N26A 1PB8A 1FCKA 2PYYA 1GV8A 1D9YA 1R1NA 3ODBA 2F5XA 1D3KA 1B1XA 4GVOA 1BKAA 4F3SA 4ISUA 1HSLA 4JXIA 1Y3QA 5CMCA 4Q0CA 3H03A 1QUKA 4IO7A 3EHTA 2XXRA 1D4NA 3K6WA 4BDLA 3OEMA 4NMYA 1SI1A 2ALUA 1B51A 4YU0A 1B2HA 4ZZAA 4OYVA 1B7ZA 3SESA 4EXKA 3H3GA 1EU8A 3G3GA 1LAGE 3O66A 1QJMA 1SD3A 4KFQA 4PFTA 4AB6A 5H8NA 4PETA 3V8XB 4QFNA 4N07A 3BFTA 2RKMA 2I0BA 4EDPA 3R26A 3TQWA 5AA2A 3GXAA 1Y1MA 4GFRA 3KJ7A 1GGGA 5H8QB 2Z23A 3FVOA 3G3JA 4YICA 1FTKA 3W9VA 1I6AA 4F29A 2YPNA 1MY3A 2UVIA 4NF8B 2ZMBA 1GVCA 4KR5A 4OMBA 2F36A 2X26A 5ELVA 4F3GA 1B5IA 2Q9TA 1ATGA 1IITA 4R9FA 1XS5A 4QSDA 3E4RA 1MPDA 4QHQA 2XXVA 4FAJA 1MH3A 1MY4A 5KCJB 1PBPA 1R9QA 5I57A 1MXUA 2D5WA 3KN8A 3H4ZA 2XD2A 3OSQA 1GTKA 3QYTA 1PB7A 4TOZA 3U8QA 2UVHA 4RK2A 3OENA 3TTMA 3VE1B 1XOCA 2IA4A 1M5DA 1BP5A 2FA7A 3Q28A 1DPEA 1MXWA 3OO8A 3KN7A 4GXSB 1WODA 3BBRA 1N7XA 3MBPA 2HZLA 4R6YA 3VFJA 4KPTA 4OEVA 4MBPA 5ISUA 3T66A 3IOVA 4X1DA 4LQ5A 3K02A 1CB6A 4G2ZA 1S7YA 1LGBC 1UTBA 1MXVA 3B6QA 2I4CA 1POY1 1QW0A 5A5XB 1B0HA 1MRPA 3PUYE 3GZGA 4PP0A 5I58A 1LAHE 3K2DA 4O3BA 4GF8A 5JTYB 1P1QA 4R74A 5CBRA 2QJEA 2NUVA 2DE4A 3MC2A 1H44A 4RA1A 1OMPA 4ZEKA 1ZIUA 3SERA 2XXPA 1QUIA 2DVCA 3ECRA 2QL3A 4H6DA 2HXWA 5DVFA 1B1HA 1L5TA 2OBGA 1Y3PA 1FTLA 4HCYA 1PBQA 4IGRA 5F1QA 2Q2AA 3SEYA 1TXFA 1M5BA 1JVYA 4DE8A 4PFUA 3IORA 3N6TA 3S4UA 1P1OA 2XX9A 5AA2D 2YLNA 3MQ9A 4THIA 3JZJA 1SW1A 4C1UA 3UN6A 4EXLA 2B65A 1LAFE 2VHAA 1LB8A 2GHAA 2R9JA 3OD7A 3RN8A 2DWAA 3H6UA 3MWBA 5B7DA 1FQAA 3O97A 4NF6A 1A54A 3TCHA 1B5JA 4KQPA 3HO7A 2Y7WA 1ZKBA 4LVQA 1FQDA 1N3WA 1URSA 5DYHA 1B32A 1OLCA 2QMWA 3VXCA 3KSJA 3KG2A 3L6GA 1J1NA 2XXIA 1MM7A 5AE4A 4YKPA 4H65A 1FTOA 2QMXA 3ZKLA 2AL4A 3IB1A 4F31B 4NF5A 1MQDA 3K0VA 2Q2CA 4N13A 2R6GE 4OEUA 4F3BA 2V3TA 4XKPA 3RT8A 2Q89A 4FATA 3CVGA 2QPQA 3CG3A 1QVSA 4YMAA 5K2YA 2V93A 3FGSA 3C33A 3CI8A 3AXFA 1IXHA 4WXJA 1N84A 2ZNUA 2XD3A 1MS7A 2G93A 3TMGA 5DEXB 1Y1ZA 5L8DA 3A3UA 3IOTA 3RY3A 1M5CA 3PUXE 2F34A 3H7MA 1Z7NE 1NNKA 2Z22A 3KJTA 4F39A 3B6WA 2ONKE 4FIMA 5CBSA 3QAXA 2UVJA 4U1ZA 4MFIA 3LBSA 4QSEA 2V3UA 3EHSA 2RC9A 5AA3A 3RUMA 5FHNA 2A5SA 3SKPA 2QSXA 5H8FA 3M3FA 3TEPA 2B3BA 2DYXA 2F35A 3UIFA 1MM6A 4XKNA 2IEEA 4JSDA 3WAEA 1A55A 5L9MA 3OELA 2YJPA 2PT1A 2AL5A 3CRBA 3LSXA 4G8MA 1LFGA 3OO9A 2LAOA 2O7UA 1SYIA 4MH5A 1POTA 1A7LA 1YPNA 1UIVA 1LSTA 4ELPA 3E13X 2GRVA 1P1UA 2ONRA 3LUYA 5H8HA 1FW0A 3Q27A 1JNFA 1BLFA 5TP9B 4XTCQ 1JW4A 1MH4A 2WKYA 3T96B 3DM0A 4ZZEA 3O6HA 2OK2A 3M3LA 3DP4A 3IOWA 3SEWA 1LB9A 1NL5A 3G3FA 1B3FA 3IX1A 2ABHA 3THIA 4DZ1A 3N94A 4LQ2A 2XX7A 4DLDA 2O68A 4U4XA 1B6HA 4NF4A 1YTVA 2H98A 3ZKKA 2P1SA 3T9VA 4UACA 4DCXA 1VE4A 3C32A 1OVBA 3IOUA 3K6VA 3QK6A 1NMUA 4G68B 3PPRA 4G68C 2DXRA 2AYSA 3EQ1A 2I58A 1FQCA 2RC8A 4IO2A 5H8QA 1XVYA 1MDQA 5I2KB 1O64A 2DSFA 1T0KA 1QULA 4NF8A 5I84A 3DP6A 1MQJA 3PUZE 1MPBA 3V5AA 3FXQA 3U94A 3TYHA 4KCCA 4NE4A 2F7BA 2XXTA 3TAJA 1UIUA 5EHMA 2XX8A 1P1WA 2XXWA 4N6PA 3TTNA 3TTLA 3KGCA 4OETA 1USYE 5KCJA 4JWXA 3MVYA 2XXUA 1B3GA 5K2XA 4F19A 3MAMA 1PDAA 4F22A 5L9SA 4RY1A 3KN3A 3O28A 5DVIA 3IB2A 3LR1A 5HPQA 3CFZA 1II5A 3G7WA 2G29A 3MJNA 1FTMA 2E0SA 4LA9A 3IAZA 4YB7A 3P7IA 4DIGA 3UORA 4DXCA 1AOVA 4YMBA 3RPWA 2V25A 4OESA 1H45A 4H8IA 3MVWA 3SEXA 4ZEDA 2VD2A 2HQ0A 1LFHA 3TQLA 3CSGA 2XXQA 3R7XA 1MQGA 4BDOA 1B9JA 3Q26A 2XHDA 4GLIA 1OQHA 1SYHA 3IK6B 4QFPA 2ESNA 5DT6A 4ELOA 5CI5A 3C31A 2I3VA 3D4GA 2DVZA 4I1DA 5IAIA 4IGTA 4TLLB 3IJOB 2XXYA 3G3IA 3JV9A 3DLNA 4QFOA 2CMOA 3IB0A 1DOTA 4ZECA 3MZ9A 4TQUQ 5A5XA 2W7YA 2NWJA 1NH8A 1YCJA 3CFLA 3G3HA 5EYFA 1URDA 3B6TA 1VR5A 2DQVA 5I57B 3T93B 1MXYA 4HTGA 3RLFE 1Y9UA 4U2RA 4L17A 3R6UA 1BIYA 4DCYA 1H76A 2OWSA 3U1OA 2I4BA 3O29A 3MPKA 1VFEA 5ICQA 4GIZA 3U92A 3S9EA 3HHFA 1NFTA 2F8DA 2PT2A 1NNTA 4E0WA 5FHOA 3TTKA 4FE8A 4X1BA 1SBPA 5DTBA 1SI0A 4IY5A 3FATA 2X7PA 5KDTA 4YKIA 5TPAA 1SW2A 2DWIA 3KEIA 2OLBA 2O51A 4QFKA 4GQOA 4KD5A 2H99A 1SW5A 4JBZA 3PD9A 4H67A 1B7HA 3S9LC 1HSJA 1JETA 2XXXA 3I5OA 4MLVA 1QUJA 1A8EA 2ZXTA 2H5YA 2ZYMA 3GBAA 1A40A 3BFUA 2AIXA 3H6VA 3TELA 5CMBA 1OQGA 3FUZA 2I3WA 3K6XA 3LSFB 2DE3A 1FQFA 3I6VA 4IO3A 4PFYA 4NEDA 2DOJA 2PX1A 3MVZA 1MQHA 4ND9A 4R6KA 3TZAA 4OXVA 1IZ1A 1AMFA 4EQBA 2I49A 2GH9A 3MVXA 1N76A 3W9WA 1PB9A 4RNSA 5CMMA 3E3KA 4EF1A 4UA8A 5I2NA 3CR9A 1PC3A 3FD3A 3PMVA 3K1MA 4DXBA 1JVXA 4RPNA 4RYAA 2FYIA 3C4MA 3TTRA 4H8JA 1AL3A 4XKRA 4EQ9A 5DEXA 1SW4A 2F6PA 2ZNSA 3C35A 3H06B 3DP8A 4H1XA 5CMKA 4FEBA 4U1OA 1N0TA 3H6TA 4NF6B 5F7VA 3CFXA 2R71A 3IL1B 5I56A 1A99A 4I9DA 5FTIA 2P0SA 2DP8A 1UQWA 1FQBA 1AH5A 3QIMA 3PMXA 3KOSA 1MXXA 3PV0E 4LP2B 4ZDMA 3SEUA 4YAHX 3MP8A 4XKQA 4YB5A 2REJA 4HS7A 5I59A 2ZYOA 5DVJA 2HEUA 4AB5A 4ZE9A 1BTJA 3TCGA 2NVUB 5AA4B 1F9BA 1LBBA 1SVXB 1RYOA 3FVKA 3QXMA 2Z8FA 3UK4A 3S9NC 4PE5B 1H3DA 4LZ5A 4TLMB 3V89B 1WDNA 3MP6A 3T9XB 1IXIA 3CSBA 1SQYA 3ONMA 2F7CA 4GXAA 2XXHA 3G3KA 4Q8RA 1FTJA 1B4HA 1S9TA 2Y7IA 4GOTA 5JEIA 2A5TA 4EQ7A 4RXLA 4OVJA 3KZGA 3HPIA 4YZZA 3C36A 3RQTA 1MPCA 4F3PA 1UTHB 1MY0A 4H0WA 4XIGQ 3TCFA 2V3QA 4PFWA 2OWTA 1TT1A 2DWHA 3N6UA 4F18A 2D3IA 1B0LA 1H43A 4P0GA 4BDNA 3RTWB 3Q25A 3VDFA 4FORA 2B3FA 2HZKA 4M1VA 2RINA 1AIVA 4ELQA 3UA8A 3OO7A 2VD3A 1OLAA 2O7IA 1QKBA 4H5GA 4ZE8A 4I62A 4QF9A 3RT6B 4OFOA 4OFJA 2P2AA 5L9OA 3T9HB 4HW8A 4G68A 2F78A 1LFIA 1MG1A 1ELJA 3C9HA 1LCFA 3VVDA 1EH3A 3PU5A 3T22A 2CZLA 3ZSFA 1MDP1 4OERA 1B3HA 1CE2A 3OSRA 1JQFA 3EPEA 3TKDA 5TU0A 1NKXA 4WEPA 1DMBA 4MF3A 3M8UA 4O3CA 3K4UA 5H8HB 1O7TA 1Y20A 1JEVA 2VOZA 1LCTA 2E1SA 4BDMA 2HCAA 3S9MC 1IXGA 4F2QA 4C0RA 2O84X 1A8FA 4OZ9A 4F1VA 3FVNA 1TWYA 1XT8A 4GL8A 2I48A 2OJTA 3UGWA 1MXZA 3PPPA 3RTFB 1ZBMA 4NF4B 4ONYA 5EHSA 2I6EA 1S50A 4G77A 1Z7ME 2QS2A 4PQJA 1ANFA 4R2FA 1US5A 3L6HA 2HFBA 4WKMA 3MZBA 4GL0A 3S2VA 4HCWA 2DXYA 2FNCA 2REGA 3O6GA 4X48A 2V84A 4EF2A 3CIJA 3MPLA 1DPPA 3T9UA 3OXNA 1JEUA 3OOAA 3TPAA 1B4ZA 1LLSA 3EHUA 5H8NB 1B40A 4Z7EA 1USYH 4JDFA 4FEDA 2HAVA 3TFLA 1M5FA 1IQ7A 1Y3NA 2RCAA 1MY1A 5AA2B 3VLUA 4OHNA 2Y7RA 1NNFA 3QSLA 3OEKA 2I0CA 3RNNA 3WAFA 4U22A 3FJMA 1R9LA 3H6WA 3MP1A 2M8CA 2Q88A 3D4CA 3N5LA 4NWDA 1WVJA 4KI0E 4NWCA 5FTHA 4EUOA 4POWA 5J1DA 3HHGA 4R2BA 3I3VA 2Z8DA 4OFLA 1YAEA 3FIRA 4XXUA 4O3AA 2OCUA 3JYRA 5JK4A 1B5HA 4E0XA 4GWOA 3IO4A 2ONSA 3KSXA 1VSOA 5H8SA 1EZ9A 4ZS9A 5JTYA 3Q29A 2NOOA 2Y84A 4IY6A 3O9PA 2DE2A 3SETA 4ZEBA 5HBCA 4QFLA 3BKIB 3IR1A 4R9GA 3USDA 3FZVA 3M3KA 4ESXA 4QRZA 1JW1A 1B3EA 5BWJA 3A3CA 2ZYKA 2O69A 2ZYNA 1XC1A 4GD5A 4K3FA 3K1NA 2BJJX 2QS3A 3ILUB 3MW0A 4RK9A 4RPOA 3U93A 2GHBA 1IEJA 1Y4TA 3KBRA 1JW5A 4Z0IA 3LC8A 3SEVA 2RC7A 1RYXA 2QS4A 1UTBB 4F2OA 1SDXA 4F1UA 4LUBA 4FJPA 3HV1A 4IO6A 2Y7KA 1ZLQA 1HSEA 5ICTA 1TFAA 3E9XA 2O6AA 4OQOA 5I58B 2O1LA 3RGYA 4KYSA 3MZ1A 4M4GA 4BLAA 4AQ4A 3VVFA 4Q30B 1DTGA 4I8CA 5CM6A 1RKMA 1B05A 5B70A 2PVUA 4GRKA 2H9BA 2ZNTA 5KDTB 3FV2A 5TPAB 3IO6A 4NTLA 1LAXA 4P0IA 1NNPA 4IB2A 3PUWE 1MQIA 1OIBA 2PMSA 4OENA 2THIA 4F1YA 2F6GA 4ELRA 1OVTA 3TUSA 1O63A 3VVEA 3OO6A 1FQEA 5ITOA 4IO4A 2GFEA 2H4IA 3GBBA 5CRYA 1I6BA 4IO5A 4YKKA 3K00A 4LONB 3LSWA 4U21A 1B58A 2DS9A 3F11A 1TFDA 3K01A 3CG1A 2F7AA 3U72A 3KFMA 3VLWA 3FVGA 3GLBA 4OWDA 1B7UA 4FECA 4ESWA 1I6QA 3QUJA 1P1NA 1DSNA 4R6HA 1EZOA 1B52A 4BDRA 4ECFA 1ZJLA 4DXUA 4MLQA 4U4SA 4OTEA 4ZEFA 2UXAA 3K1PA 2F97A 4LZ8A 1ZU0A 2RCBA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1IXCA 3ZS6A 1Q35A 2RF1A 4Q5TA 3TODA 2VGQA 1GR2A 5AA4A 3EF7A 5I2NB 3PPQA 4BDQA 2Y7PA 1QKAA 1JP4A 2X7QA 5LOMA 1P99A 2UYFA 4C1TA 3W15C 4YB6A 3B7DA 5FHMA 3PUVE 3MUQA 1B3LA 1EZPA 2UVGA 3OMBA 2HAUA 3HN0A 2FIEA 1KWHA 1SPIA 3O6IA 2QS1A 4NF5B 1DK4A 4I40A 2QVUA 3PD8A 3PGFA 1YYZA 3EN3A 5IKBA 2O1MA 1IIWA 3IJXB 1MY2A 4U23A 3V83A 1ZTYA 5F24A 5I56B 4JB7A 2BJIA 1LBCA 5HM4B 1UTHA 4P11A 2XWVA 3FV1A 4R75A 1NH7A 5IGAA 1IUDA 4DDDA 4LATA 1ZMGA 2Q8JA 3VXBA 4KYEA 4H5FA 4JWOA 4QSCA 1R6ZA 1NV5A 3HSTA 5TP9A 1XVXA 2D21A 4ZEIA 2UYEA 3FJ7A 5I59B 4KHZE 1M5EA 3FXRA 3GYYA 1VFDA 5CC2A 4OVQA 1DTZA 3QUFA 4LZ7A 4GX6A 4R72A 3HCQA 2KLFA 3PMWA 4R73A 3FJGA 1D9VA 3MSTA 3A29A 4JWYA 2NXOA 5H8FB 1YZ0A 4X9TA 2H25A 4KYDA 3VLVA 5M2VA 4POXA 5ITPA 4G8HA 2DWJA 3VV5A 1N04A 3LSLA 4WEDA 2OZZA 3SDFA 2Z8EA 3KOTA 1Q1KA 3PPOA 2PBWA 5EQ7A 2A5TB 3C34A 1N3XA 2QRYA 1URGA 1US4A 5AA1A 1Y4CA 3O2AA 3K6UA 4G4PA 5KZTA 4YKJA 5I2KA 2ANJA 3UP9A 1B46A 3DELB 2VP1A 4O7MA 4RJZA 3TDJA 1PEBA 4N6DA 3A09A 3ILTB 4GWXA 4JSOA 5BUUA 1N7WA 4N91A 3FASA 3PPNA 4KCDA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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