4JDFA

Crystal structure of a potf mutant complexed with spermidine
Total Genus 122
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
122
sequence length
341
structure length
341
Chain Sequence
QKTLHIYNWTEYIAPDTVANFEKETGIKVVYDVFDSNEVLEGKLMAGSTGFDLVVPSAYFLERQLTAGVFQPLDKSKLPEWKNLDPELLKLVAKHDPDNKFAMPYMWATTGIGYNVDKVKAVLGENAPVDSWDLILKPENLEKLKSCGVSFLDDPEEVFATVLNYLGKDPNSTKADDYTGPATDLLLKLRPNIRYFHSSQYINDLANGDICVAIGWAGSVWQASNRAKEAKNGVNVSFSIPKEGAMAWFDVFAMPADAKNKDEAYQFLNYLLRPDVVAHISDHVFYANANKAATPLVSAEVRENPGIYPPADVRAKLFTQKVQDPKIDRVRTRAWTKVKSG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Change in protein-ligand specificity through binding pocket grafting.
pubmed doi rcsb
molecule tags Protein binding
source organism Escherichia coli
molecule keywords Putrescine-binding periplasmic protein
total genus 122
structure length 341
sequence length 341
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-02-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13416 SBP_bac_8 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4jdfA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4jdfA02
3S9LC 5TP9B 4R74A 4XKRA 2QMXA 3O2AA 4YKJA 3TCFA 1NH8A 4RA1A 4F2OA 4O3CA 4G68C 5AA4A 1B05A 3KN8A 4X1DA 3VDFA 1OVTA 3WAEA 2F6GA 1FTLA 1UTHB 3Q29A 4OVJA 2I4CA 2VGQA 3UK4A 3G3HA 2XD3A 3M3LA 2CZLA 1N3WA 3RTFB 2H4IA 1US4A 3U8QA 4OMBA 4ZE8A 3VLUA 2O7UA 1MQGA 3O29A 3L6HA 4DE8A 2GRVA 2QPQA 1NNKA 4KPTA 3EN3A 2V3UA 1DPPA 1I69A 4OYVA 3OO7A 2NOOA 3FVOA 3H06B 1S50A 1D4NA 3DP6A 2ZXTA 1II5A 3RT6B 3ILTB 5AA1A 3GLBA 2DVCA 1P1OA 4NF5A 1JW5A 4TLMB 4G2ZA 3KN3A 4KYDA 2OWSA 1MXXA 3SEUA 2THIA 4Z0IA 1YPNA 3GBBA 3IR1A 3PV0E 2DVZA 3PUXE 1R9LA 2GHBA 2DE3A 3V8XB 3R7XA 1DTZA 4F1VA 5A5XB 4IO5A 5F1QA 1JW1A 5I84A 2YJPA 3TZAA 3L6GA 2XXXA 1BIYA 3VVDA 2UVJA 2DSFA 3CG3A 2XXQA 1XVXA 3MC2A 1A7LA 2F97A 5I2NA 1AH5A 1B3EA 1IIWA 1LAGE 4IGRA 3MBPA 5ISUA 5L9SA 5H8NA 3DELB 5ICTA 4GIZA 3MAMA 2D3IA 2H99A 1NKXA 2V25A 4U4XA 1A99A 4HCYA 3OEKA 4I9DA 4BDOA 3KOTA 4BDLA 3RQTA 3T9VA 4F29A 1LCTA 4GXAA 2R9JA 2Y7PA 3TDJA 2IEEA 1NL5A 2Z23A 3O6HA 3H6VA 3IOWA 1B3GA 3S2VA 1XHYA 3OELA 1MM7A 5I58B 3B7DA 2DE2A 1FQFA 4U2RA 1MDQA 2OZZA 4IO6A 2H9BA 2PT2A 3IO6A 2RC9A 4DCYA 3K2DA 4AB6A 1H43A 3UP9A 4LZ8A 1B1XA 4GXSB 3IB2A 3PGFA 1Q1KA 1QJMA 4OWDA 4HTGA 3IO4A 4EF2A 3KN7A 4X1BA 3RY3A 1PC3A 3FV1A 3Q27A 1MQHA 2P2AA 4QFOA 4ELQA 4OZ9A 1T0KA 5H8HB 1XVYA 3O66A 2F7AA 4AB5A 2D21A 1MRPA 1SBPA 3S9MC 1B51A 4FIMA 5I2KB 1LFGA 3SEVA 1SQYA 1IQ7A 3O28A 4NF4B 2D5WA 1MY2A 1B2HA 3K6WA 3T9XB 1HSJA 3SKPA 1XC1A 2Q8JA 1LBBA 1B9JA 3IB1A 5AA2D 4JB7A 1TXFA 4UACA 3IORA 3N5LA 1LLSA 1P99A 5KDTB 1O64A 3T9HB 1MH3A 4JWXA 2LAOA 3O9PA 3VFJA 4M4GA 3FVKA 3O97A 1H76A 3TQWA 1JW4A 3QIMA 2DXRA 4H5FA 4WEPA 1AL3A 5BWJA 3MPKA 2NXOA 4MFIA 4RK9A 3LUYA 4OTEA 4F1YA 2HZLA 4YZZA 2HZKA 3E13X 2Q2AA 2O69A 1ANFA 2Z22A 4U23A 3KJTA 5L8DA 4LZ7A 3VLWA 2X7PA 2XXVA 1Y1MA 5A5XA 5TU0A 2DS9A 5JTYA 3LSWA 3CG1A 4KCDA 4OETA 4EQ7A 4XTCQ 4IO3A 1MPCA 2OWTA 1MXUA 2OK2A 4N13A 1BLFA 2IA4A 1I6AA 4XKPA 1FQEA 2F35A 3D4CA 3VXBA 3LSLA 3CVGA 1JNFA 2I49A 3OO8A 4X9TA 4PFYA 4C1UA 3C33A 5CRYA 3EQ1A 1D3KA 4H67A 3K6VA 1IUDA 4OEUA 4GD5A 3RUMA 2I0CA 4R2FA 3U94A 3C34A 4I1DA 4R72A 2HAUA 2I4BA 3OMBA 1XOCA 1Z7NE 2O7IA 3H4ZA 3UA8A 3T66A 3W15C 3HHGA 4U1OA 1AOVA 1Y9UA 2QS4A 2FA7A 1NMUA 2AYSA 4GLIA 1A8EA 4KI0E 5AA2A 3ZS6A 1R6ZA 1WVJA 4EF1A 1NNFA 3MZBA 3IK6B 3Q28A 1PB9A 1SW1A 4KYSA 4F3GA 4RPOA 4PFTA 2H98A 2Z8DA 5ITPA 4QHQA 3UORA 4NEDA 1QKBA 4KHZE 1I6BA 4GF8A 3MW0A 4R2BA 3CFZA 3FZVA 1B52A 4JBZA 3K6XA 3N6TA 4RK2A 3OO9A 3ZKKA 2XXHA 3FASA 4BDNA 4EXKA 3FVNA 4M1VA 1OIBA 3EPEA 3CIJA 3DM0A 3FUZA 5FTHA 1EU8A 1MPDA 3CR9A 2XX7A 3QK6A 1MY0A 4YB6A 2W7YA 1IXCA 4DZ1A 3AXFA 3PPQA 5KDTA 2I6EA 3KFMA 4ND9A 5CMKA 4AQ4A 1OMPA 5FHOA 4ZE9A 1O63A 2FNCA 3TUSA 1N7XA 2RCBA 3E4RA 1LCFA 1S9TA 3KGCA 2A5TB 4UA8A 3M3KA 2DWHA 2PMSA 1HSLA 5I57B 5ELVA 4QRZA 1AMFA 4R75A 1MXVA 1SW5A 4OFLA 4K3FA 1NH7A 2O1LA 4I62A 4PP0A 1NNTA 2Q88A 4IB2A 4ELOA 3V5AA 2XXRA 3QSLA 5JK4A 3TEPA 3KBRA 1TT1A 3IOUA 4FATA 4YKIA 2M8CA 4Z7EA 3TCHA 3UIFA 4ZS9A 3S9EA 4ZZAA 4U1ZA 3TQLA 2VOZA 3C31A 4X48A 3GBAA 4LZ5A 1IXGA 1TFAA 2O68A 2CMOA 1Y4TA 1B0HA 2NUVA 1B7HA 2OLBA 3PUZE 1DMBA 1MG1A 2ALUA 4LQ5A 4OHNA 4ZEKA 3C4MA 1PEBA 1MPBA 3A09A 3PD9A 4YMBA 1B5JA 4NE4A 3RPWA 4OEVA 2DE4A 3W9VA 4QFKA 4P0GA 2DYXA 4LA9A 3I3VA 1VE4A 4Q30B 3IJXB 5CC2A 2HCAA 1QUJA 3OOAA 3B6TA 4ELPA 4JWOA 3TAJA 1R1NA 1B3HA 2F6PA 4KR5A 4GVOA 3K1PA 1VSOA 1A40A 3EF7A 5HPQA 4P11A 1M5BA 1CE2A 1MY1A 4PFWA 5I59A 4FAJA 2ZYMA 2O6AA 2Y7WA 2F36A 3THIA 1UIUA 1LFIA 3H6UA 1Z7ME 2PVUA 4BDRA 4H5GA 1B1HA 1AIVA 4EUOA 4LP2B 2V3TA 3HV1A 4KQPA 3BFUA 3WAFA 1B7ZA 3A3UA 3MP6A 3T93B 3RN8A 3FXUA 1DOTA 3HPIA 3KSXA 1TWYA 3MUQA 4YKPA 1ZKBA 3C32A 3LC8A 2GH9A 2XXYA 1FTMA 4G4PA 3SESA 2X26A 1USYE 4QSEA 1ZTYA 2NVUB 3CFXA 4DLDA 4FEBA 1P1UA 5K2YA 4LQ2A 3MZ9A 2XX8A 5I56B 1MS7A 1EZ9A 3MVZA 1WODA 1GR2A 1IXIA 1LAXA 4RPNA 1MXWA 2VD3A 2ESNA 3FJGA 4F31B 5KCJB 5H8QB 4EXLA 1H3DA 4NF6B 5TP9A 2ZMBA 1F9BA 2HXWA 3DP8A 4ZEFA 3CSGA 2A5TA 3FJMA 3MWBA 3V89B 3K6UA 1LAFE 1DTGA 2DWIA 3KZGA 1VFEA 2O1MA 2VHAA 2DXYA 2RF1A 5TPAB 3PU5A 2PBWA 3O6IA 3R6UA 1UTHA 3PMWA 1SW4A 5HBCA 5DEXB 3RNNA 4DDDA 3IJOB 3IL1B 2G29A 2AL5A 2OCUA 3RGYA 2AL4A 2DOJA 2I0BA 1OLAA 4QF9A 4U22A 2I58A 4GRKA 3CI8A 3FVGA 2Q9TA 1J1NA 2HEUA 1URGA 5EHMA 1SI1A 4ZEBA 4GFRA 4E0XA 4HS7A 4DCXA 1SD3A 3D4GA 5KZTA 3TYHA 4JSDA 3E3KA 4Q0CA 2I48A 2XHDA 2QL3A 4ZECA 3T9UA 5H8FB 3FJ7A 1R9QA 1N84A 1B58A 3LSXA 4I8CA 4ZZEA 3G3FA 1US5A 5FHNA 1IITA 4PE5B 5L9OA 4U4SA 4H6DA 2P1SA 3VXCA 3H6TA 3N6UA 4ESXA 4WEDA 5K2XA 2XX9A 2NWJA 2RCAA 4F18A 4BDQA 3KOSA 3KG2A 1B7UA 3FD3A 5CI5A 2Y7IA 4KCCA 3M3FA 3OD7A 4THIA 1B4HA 3LSFB 3MJNA 3VLVA 1QVSA 4WXJA 4MBPA 4XKQA 1MH4A 1FQBA 3CSBA 3OXNA 2E0SA 2I3WA 3MPLA 4H0WA 1N0TA 3PMXA 4IO4A 4FEDA 4R6YA 4ZEIA 3S9NC 1B0LA 2F8DA 5DTBA 3MVWA 3H6WA 4NF5B 3TELA 2Z8FA 3LBSA 2P0SA 4PETA 1D9YA 4N6PA 2WKYA 4XIGQ 4NTLA 3HCQA 3V83A 4KFQA 3EHUA 1FW0A 3FIRA 1PB7A 4F39A 3RTWB 1A54A 3H03A 4JSOA 3PUWE 1VFDA 3VV5A 4F3BA 4F1UA 5I58A 2QMWA 3R26A 1IXHA 5BUUA 1ZBMA 2UVHA 3DP4A 1H45A 4GL8A 1QW0A 1JETA 1P1WA 3I5OA 3PPPA 5AA3A 3Q26A 5I2NB 4YB7A 2ONRA 4R9GA 4L17A 2YPNA 1MY3A 3VVFA 3N26A 5I56A 3TKDA 4FJPA 4G8MA 5H8NB 4RNSA 4GWOA 3DLNA 1Q35A 3FGSA 3MP1A 4OENA 2G93A 1UTBB 4NF6A 1XS5A 4TLLB 3G3KA 5H8HA 2HFBA 3SDFA 3CFLA 2Y7KA 3IOVA 5ICQA 2Z8EA 1LGBC 3ZKLA 5I2KA 3SETA 2ONKE 4R73A 4NF4A 3K01A 4O3BA 5TPAA 1L5TA 3MZ1A 1DPEA 3HN0A 4G68B 1POTA 5CBRA 3OSRA 3U1OA 3GZGA 3MP8A 3N94A 3KEIA 1A8FA 4QFLA 4G8HA 5IKBA 1QKAA 1ZU0A 1SYIA 3TTRA 1Y1ZA 2UYFA 3TODA 2RKMA 1B40A 2UVIA 3BKIB 1SVXB 4R9FA 3KSJA 4F22A 1SI0A 1ZMGA 2I3VA 1YAEA 4GL0A 2VD2A 1N7WA 5B7DA 2KLFA 3M8UA 3GXAA 3QUFA 4H1XA 5H8FA 2XXUA 1URSA 1PDAA 1MQDA 2DQVA 1MQJA 1GVCA 2ZNSA 1FQCA 4ONYA 2UVGA 1Y20A 2F5XA 5DVJA 4MH5A 4E0WA 1B4ZA 2F78A 2DWJA 4H65A 4IO7A 4ECFA 3HO7A 4G8NA 2GFEA 2ZYNA 3TMGA 3B6QA 1BTJA 4H8JA 2REJA 3ZSFA 3HSTA 3ODBA 5ITOA 2X7QA 2VP1A 1LAHE 1P1QA 2QS1A 2Q2CA 1A55A 2V84A 4JWYA 1SW2A 1QUKA 1RYOA 4QFPA 2B65A 3B6WA 1Y3PA 3U92A 4BLAA 2H5YA 5DVIA 4OQOA 1S7YA 4OESA 1EZOA 4OFJA 4WKMA 1URDA 4POXA 1OLCA 4DXUA 5F7VA 2UXAA 3H3GA 1JEUA 1M5FA 1MXZA 3MQ9A 2ZNTA 4RYAA 2O51A 4YB5A 2ABHA 4MLVA 4LUBA 2QRYA 3K00A 2QS3A 4XXUA 5JTYB 4FE8A 4HW8A 4GQOA 3TTMA 2Y84A 3TPAA 4YKKA 2XXPA 1PBPA 1OQHA 1DSNA 3H7MA 4MLQA 3RLFE 3FATA 1KWHA 3OO6A 3PPOA 4G77A 1H44A 2F34A 4Q5TA 3VE1B 4EQBA 1M5EA 3QXMA 2Q89A 1VR5A 1XT8A 3U72A 2REGA 1QUIA 4TQUQ 3S4UA 4ESWA 1LFHA 4OFOA 2R6GE 5DYHA 1Y3NA 2QSXA 1POY1 1B3FA 2XXIA 1UIVA 1UTBA 1GTKA 1LB8A 3TFLA 3G3IA 4PFUA 1YCJA 3FV2A 3U93A 4EQ9A 1MY4A 3UN6A 4RXLA 3SERA 4IY5A 4QSCA 4NF8B 5CBSA 1JEVA 1JVYA 1MDP1 1FQDA 1SYHA 2E1SA 3IAZA 4QSDA 1LBCA 1IEJA 3E9XA 3QYTA 4G68A 3A3CA 4JDFA 3TCGA 2V3QA 1BP5A 5H8SA 4ZEDA 2ZNUA 4BDMA 3KJ7A 4RJZA 1MQIA 5AA2B 3K1NA 2DP8A 2ANJA 3HHFA 3F11A 4NMYA 2HAVA 1BKAA 4FORA 2R71A 3G3JA 1LSTA 3TTKA 4RY1A 3PD8A 1UQWA 3PPRA 2H25A 1Y3QA 1ATGA 3K0VA 4F3PA 5IAIA 5I57A 2XXTA 1TFDA 1CB6A 2XD2A 4DXCA 1GV8A 4YMAA 4N07A 3ILUB 3RT8A 1B5HA 4YU0A 5AE4A 1M5DA 2OJTA 2A5SA 4ZDMA 1FTJA 4P0IA 4GOTA 5L9MA 4PQJA 4DIGA 3BBRA 3C9HA 1RKMA 4IO2A 3MVYA 3CRBA 3PUYE 4F19A 1N3XA 3K4UA 3FXQA 2FYIA 1P1NA 1N04A 3Q25A 1LB9A 1JVXA 4F2QA 5AA4B 4YAHX 2F7BA 4H8IA 1ELJA 4OERA 2GHAA 1FTKA 1OQGA 5CMBA 5DVFA 4U21A 2RINA 1B5IA 5J1DA 3K1MA 3JV9A 4POWA 1ZLQA 1EZPA 4MF3A 1OVBA 4YICA 1QULA 4KD5A 1SDXA 4R6KA 3P7IA 5FHMA 2QJEA 4LVQA 4TOZA 1M5CA 2AIXA 2V93A 3W9WA 5CM6A 4DXBA 4LONB 1B3LA 1N76A 2ZYOA 1PB8A 4LATA 3ONMA 5B70A 3PPNA 4NWCA 2DWAA 3IB0A 4QFNA 4KYEA 4IGTA 3FXRA 1I6QA 3JZJA 4OXVA 3C36A 5HM4B 3G3GA 4XKNA 1FTOA 5JEIA 4ELRA 5CMMA 3I6VA 1YTVA 2PX1A 4NF8A 2OBGA 3SEYA 1ZJLA 3EHSA 3EHTA 2PYYA 4C1TA 5EYFA 2HQ0A 3MVXA 1MM6A 1IZ1A 5LOMA 1B46A 3VVEA 2O84X 5I59B 2B3FA 1FCKA 1JQFA 5DT6A 3PUVE 2RC8A 4ISUA 5KCJA 5H8QA 1PBQA 4O3AA 2B3BA 3SEWA 1RYXA 2Y7RA 3ECRA 5M2VA 1MXYA 1Y4CA 3T22A 4F3SA 3PMVA 1ZIUA 1NNPA 3QUJA 3TTLA 2XXWA 2QS2A 4JXIA 3O6GA 4IY6A 3JYRA 3T96B 3BFTA 3IX1A 5FTIA 1B6HA 3UGWA 1HSEA 2BJJX 1WDNA 4FECA 3OEMA 1NFTA 4C0RA 3K02A 5DEXA 1GGGA 1EH3A 3OENA 2F7CA 3LR1A 3IOTA 2YLNA 1FQAA 5EHSA 2ONSA 2PT1A 1B32A 3OSQA 3USDA 4HCWA 3TTNA 1D9VA 4EDPA 3G7WA 1O7TA 2RC7A 3QAXA 4NWDA 1USYH 5CMCA 2UYEA 3C35A 2ZYKA 4Q8RA 4R6HA 3SEXA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3S9LC 5TP9B 4R74A 4XKRA 2QMXA 3O2AA 4YKJA 3TCFA 1NH8A 4RA1A 4F2OA 1Q9DA 4O3CA 4G68C 4PDHA 5AA4A 1B05A 3KN8A 4X1DA 3VDFA 1OVTA 1SPIA 3WAEA 2F6GA 1FTLA 1UTHB 3Q29A 4OVJA 2I4CA 2VGQA 3UK4A 3G3HA 4NAPA 2XD3A 3M3LA 2CZLA 1N3WA 3B50A 3RTFB 2H4IA 1US4A 3U8QA 4OMBA 4ZE8A 3VLUA 2O7UA 4O7MA 1MQGA 3O29A 3L6HA 4DE8A 2GRVA 2QPQA 1NNKA 2WX9A 4KPTA 3EN3A 3FBPA 2V3UA 1DPPA 1I69A 4OYVA 2OX3A 3OO7A 2NOOA 3FVOA 3H06B 1S50A 1D4NA 3DP6A 2ZXTA 1II5A 3RT6B 3ILTB 5AA1A 3GLBA 2DVCA 1P1OA 4NF5A 1JW5A 4TLMB 4G2ZA 3KN3A 1NUXA 4KYDA 2OWSA 1MXXA 3PTYA 2FIEA 1FBPA 3SEUA 2THIA 4Z0IA 1YPNA 3GBBA 3IR1A 3PV0E 2DVZA 3PUXE 1R9LA 2GHBA 2DE3A 4MAGA 3V8XB 3R7XA 1RDZA 1DTZA 1NUWA 4F1VA 5A5XB 4IO5A 5F1QA 1JW1A 4NN3A 5I84A 2YJPA 3TZAA 3L6GA 2XXXA 1BIYA 3SZPA 1IMEA 3VVDA 2UVJA 1IMDA 2DSFA 3CG3A 2XXQA 1XVXA 3MC2A 1A7LA 1FPEA 2F97A 5I2NA 1AH5A 1B3EA 1IIWA 1LAGE 4GWSA 4IGRA 3MBPA 5ISUA 5L9SA 5H8NA 3DELB 3MYUA 5ICTA 4GIZA 3MAMA 4PF8A 2D3IA 2H99A 1NKXA 2V25A 4U4XA 1A99A 4HCYA 3OEKA 4I9DA 4BDOA 4O7IA 3KOTA 4BDLA 3RQTA 3T9VA 4F29A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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