4JDFA

Crystal structure of a potf mutant complexed with spermidine
Total Genus 122
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
122
sequence length
341
structure length
341
Chain Sequence
QKTLHIYNWTEYIAPDTVANFEKETGIKVVYDVFDSNEVLEGKLMAGSTGFDLVVPSAYFLERQLTAGVFQPLDKSKLPEWKNLDPELLKLVAKHDPDNKFAMPYMWATTGIGYNVDKVKAVLGENAPVDSWDLILKPENLEKLKSCGVSFLDDPEEVFATVLNYLGKDPNSTKADDYTGPATDLLLKLRPNIRYFHSSQYINDLANGDICVAIGWAGSVWQASNRAKEAKNGVNVSFSIPKEGAMAWFDVFAMPADAKNKDEAYQFLNYLLRPDVVAHISDHVFYANANKAATPLVSAEVRENPGIYPPADVRAKLFTQKVQDPKIDRVRTRAWTKVKSG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Change in protein-ligand specificity through binding pocket grafting.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Putrescine-binding periplasmic protein
molecule tags Protein binding
source organism Escherichia coli
total genus 122
structure length 341
sequence length 341
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-02-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13416 SBP_bac_8 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4jdfA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4jdfA02
4XKRA 1R9QA 3O28A 4I8CA 1NH7A 2UXAA 1MPCA 3HV1A 4IO4A 2XXQA 3O9PA 2F7CA 4DXCA 4YKJA 5JTYA 1LAGE 2QMWA 2UVJA 3Q25A 3MW0A 3TPAA 4THIA 3VFJA 2F97A 2DS9A 4I1DA 2GHAA 2OJTA 3TQLA 2F5XA 1UIVA 5EHMA 2O1LA 3C34A 2REGA 2THIA 2F34A 4ONYA 4TQUQ 4F2QA 4NE4A 1SW4A 3OD7A 4EUOA 5JK4A 4R2FA 2HAVA 1MXWA 4OWDA 2ABHA 4PETA 4NMYA 5AA4B 4YKKA 4ISUA 4JWOA 1RYOA 4XIGQ 3V5AA 4AQ4A 3P7IA 3A3UA 4LZ8A 4OYVA 1N7WA 3SETA 4G8MA 3I3VA 1XHYA 1B2HA 4BDQA 4PFUA 4F3SA 1B5IA 3DP6A 3T9VA 1VSOA 1DOTA 2I3WA 3EPEA 3C31A 1LFHA 2ANJA 2HEUA 3PD9A 1MY3A 5I58A 1HSLA 4HTGA 3N26A 1ZKBA 3MP1A 5HBCA 4WXJA 3IORA 5ICQA 4EXLA 3QAXA 2F78A 2XXHA 3TUSA 2V25A 3SESA 4OEUA 1LAFE 4YMAA 4BDRA 1IXCA 3C33A 1MXXA 1MQIA 1I6AA 2G93A 3TAJA 4NF5B 4R73A 3H06B 2XD3A 1B1XA 4YU0A 3IR1A 5IKBA 4HS7A 1LFGA 1SQYA 1MY4A 2XXWA 3FV1A 2DWHA 5KDTB 4ZE9A 2VD2A 3GBBA 4NF8B 4QHQA 3KN8A 1ZLQA 2HZKA 4U4XA 3EHTA 3G3GA 3MBPA 1B6HA 3UORA 4F1YA 3TELA 1SD3A 1SYIA 2W7YA 3KOTA 3V8XB 3K01A 3TCFA 4LQ2A 3K6UA 4Z7EA 3IOUA 1YPNA 1FTJA 2YJPA 3HHFA 4MBPA 2RC8A 1NL5A 2GFEA 2O1MA 2ZNTA 3H03A 3E4RA 2YPNA 3QUFA 4R9GA 1FQAA 1D9VA 3SEWA 2V3UA 2D3IA 3FIRA 4AB5A 3HSTA 4YB6A 1P1OA 5H8FB 1R1NA 2VOZA 1MS7A 4F19A 1WODA 4JWXA 4LONB 1AMFA 2HCAA 4POXA 5J1DA 5H8HA 4O3AA 2F6GA 4PFWA 5HPQA 1HSEA 1IXIA 4GWOA 1PDAA 2XXYA 3ONMA 1QKBA 4OHNA 4LVQA 5L9MA 3L6HA 4WEPA 2ZYOA 3KZGA 4YZZA 1N84A 3TZAA 4QFNA 3HCQA 1LAHE 2H99A 2ZMBA 1ATGA 4F2OA 2AIXA 1Y3QA 4KCCA 4IO6A 4F22A 1SW1A 1URSA 4IO5A 1JQFA 3BKIB 1PEBA 3IAZA 2F7BA 2DOJA 2R9JA 2DE2A 2I4CA 2Q88A 3FGSA 3PPRA 3H3GA 2BJJX 1ZMGA 4R6YA 4YB7A 5F7VA 2RF1A 3U72A 5CMCA 5A5XB 4R2BA 1MQGA 2RCBA 4X1DA 5AA2A 3PUYE 3BFUA 4FORA 2ZNSA 3LBSA 1NMUA 3U94A 3VLUA 1URDA 4ZDMA 3MPKA 4BDOA 1B05A 3FZVA 4FAJA 4Z0IA 3FXRA 2DYXA 3IO6A 4XKNA 4MLVA 3BBRA 2NVUB 4IB2A 3I6VA 1M5DA 2Y7KA 2KLFA 2A5SA 1OQGA 4H6DA 1POY1 1XT8A 4GFRA 4F3GA 1EZOA 1BP5A 1B46A 3WAEA 1MQHA 3K0VA 3HPIA 1LCFA 3DM0A 4O3BA 3M8UA 3E3KA 2I0BA 1USYE 1PB9A 1B40A 4RPOA 4DDDA 2UVGA 3N5LA 4IO2A 3H7MA 2F7AA 4NF6B 2O69A 3C36A 4QSDA 5ITPA 5CC2A 1Y3PA 2QS3A 3Q26A 3MC2A 4F1UA 1QVSA 3MUQA 1UTHA 3IJXB 1M5CA 5I59A 2DWAA 4NWCA 1P99A 2H25A 1B5JA 1S7YA 2NOOA 3W15C 2I48A 1PBQA 4QSEA 2R71A 4GL0A 3PUZE 4PQJA 3OEKA 3ECRA 4U23A 2QS1A 4AB6A 5ITOA 1Q1KA 5DT6A 1AL3A 3OMBA 2B3FA 1B0HA 5H8NB 1Y1ZA 3C35A 3VVEA 2Z8DA 3SEYA 1H43A 3BFTA 3KFMA 4U2RA 3MP8A 3U1OA 2DXRA 3HN0A 3C4MA 3M3FA 3VV5A 3K6VA 2H4IA 1SDXA 3FV2A 1BKAA 4OXVA 5H8SA 2ONSA 1LFIA 3OO9A 1P1QA 2XXUA 1A55A 5I56B 1P1UA 3TTRA 5I57A 2FNCA 3K4UA 3S9NC 4OENA 1IITA 4UACA 4RNSA 2OZZA 4F18A 3O29A 4RA1A 1JW1A 3OENA 2V93A 2QSXA 5KCJB 2XXXA 2XD2A 4G68A 4LP2B 3UIFA 1M5FA 3PPPA 1OLAA 1JVYA 1MPDA 2X7QA 3C32A 3TFLA 4G8NA 1URGA 3V83A 4X1BA 3K1MA 3K2DA 4EDPA 3JYRA 1JNFA 5L9OA 1B5HA 2Q89A 4YB5A 1R6ZA 1H45A 2DWIA 3TODA 5ELVA 2DE4A 4KYSA 3CFLA 2F6PA 5JEIA 2OWSA 4WEDA 1GR2A 1MM6A 1B3GA 3Q27A 4PP0A 5TP9B 1Y9UA 3DP4A 2V3QA 2QMXA 3T66A 2NWJA 4OETA 3CVGA 2QRYA 1R9LA 3K6XA 1TFAA 2FA7A 3UN6A 1DPPA 5H8QA 4YKPA 3KGCA 5KZTA 1QULA 1QW0A 2VGQA 2DXYA 1PC3A 1A99A 4N6PA 4R9FA 4RXLA 1O64A 2ZYMA 1OQHA 1I69A 3SDFA 1GVCA 1XS5A 1AH5A 1B3EA 1ZJLA 5TU0A 4HW8A 5JTYB 1FTMA 4F39A 1TT1A 2XXTA 3B7DA 3PU5A 5CMKA 1ZU0A 2I49A 2GRVA 5CI5A 3CSBA 1QUIA 4E0XA 4F31B 1L5TA 1XC1A 3FUZA 4H8JA 1NKXA 1EZPA 1MY0A 2GHBA 4N13A 3PMVA 2XXRA 1M5EA 4R74A 4GVOA 2NXOA 1A54A 3T9XB 1B3HA 1S9TA 4H5GA 2XX8A 4ECFA 4LZ7A 5FHNA 1JEVA 3KG2A 3RN8A 4G68C 1A8FA 4YAHX 1MG1A 1QJMA 2CZLA 2RCAA 1A8EA 4OFLA 4JSDA 4RK9A 3RQTA 2Z8FA 4GLIA 2F8DA 4KCDA 4MFIA 2Z8EA 4H65A 4MF3A 3RNNA 1B7HA 5CBRA 5BWJA 1SYHA 1XOCA 5I2KA 3FVOA 3CG1A 5I58B 3JV9A 2R6GE 5AA1A 1B0LA 2RC9A 1M5BA 1VR5A 4P0IA 2Y7WA 5I2NA 3FVNA 5K2YA 3TMGA 4PFTA 1LBBA 4F1VA 1Y4TA 3CRBA 1MY1A 2PT1A 2P2AA 2ZYKA 3PUVE 3USDA 1B9JA 1DTGA 3WAFA 3T93B 4ZECA 1MXUA 3SERA 1MDP1 3H4ZA 1XVXA 3MZ1A 4G2ZA 1PBPA 3S4UA 4YKIA 1Z7ME 1JVXA 5DTBA 2RKMA 3PGFA 2QS4A 3U93A 4LUBA 1OVTA 1UTBA 3S9LC 4OFJA 4F29A 4GXAA 3G3HA 3VXBA 4NWDA 2Y7RA 1IUDA 1XVYA 4RJZA 3UK4A 1DPEA 1PB7A 1JEUA 4KYEA 1F9BA 3T96B 2OLBA 4M4GA 3FVGA 2O6AA 3PPNA 3IB0A 3K1PA 4U22A 4H8IA 4KQPA 1FQCA 1JETA 2HAUA 4JBZA 4GRKA 4GF8A 1MH3A 3G3IA 3IK6B 3OSRA 4GQOA 3SEUA 3RGYA 2M8CA 1MPBA 3TKDA 3DP8A 1USYH 3RLFE 1BIYA 5CRYA 3H6UA 3JZJA 4BDMA 4EF1A 2PBWA 1SW2A 2REJA 1ZBMA 3MVWA 3GXAA 4C1TA 2PX1A 3FASA 3TTNA 3KSJA 3PD8A 5H8HB 1B58A 3EHSA 3G3FA 3LUYA 1JW4A 3R26A 2LAOA 2QPQA 2WKYA 4L17A 2XXVA 3IB2A 4RK2A 1SI1A 4OMBA 2PVUA 2D21A 1UIUA 1ELJA 5LOMA 4R6HA 1BTJA 1MXZA 1Y4CA 3V89B 4KHZE 3IOVA 1CE2A 4RYAA 4QRZA 1OMPA 3O6IA 1D3KA 3E9XA 4EQBA 1B1HA 4WKMA 1D9YA 1NNKA 3ODBA 2X7PA 5DVIA 4MH5A 4QF9A 4GD5A 2A5TA 4G4PA 5AA2B 1DSNA 1POTA 2UYEA 5CMBA 4ZEIA 4LATA 3FD3A 3CFZA 1I6QA 2VP1A 4OESA 4KD5A 1TXFA 3U92A 3H6TA 3KBRA 3VXCA 4OVJA 5K2XA 3IOTA 4DCYA 4GL8A 4LZ5A 1A7LA 5AA2D 4U1OA 1AIVA 3FXQA 2RC7A 2XHDA 3TTMA 1MQDA 1PB8A 1DTZA 1YAEA 4ZS9A 4DIGA 3MWBA 4LQ5A 5I84A 3GZGA 1Q35A 4BDLA 2OWTA 2H98A 3QK6A 3MZ9A 4G77A 2FYIA 3K6WA 5DEXA 2Q2CA 5M2VA 4BLAA 4KI0E 2D5WA 2PMSA 4YICA 1LCTA 4ZEFA 5HM4B 3IB1A 4XKQA 1P1WA 4U1ZA 4OERA 4X9TA 1IXGA 3W9VA 1LB9A 3TYHA 3VE1B 4H67A 4BDNA 1UTHB 5I59B 5DYHA 3ZS6A 4NF4A 4POWA 4FEDA 1SVXB 3B6TA 2I0CA 4MLQA 3KEIA 2CMOA 5ICTA 1NNFA 2OBGA 1Y3NA 5FHOA 2ZNUA 1O63A 2PYYA 4DXUA 1D4NA 1YTVA 4Q5TA 1TWYA 2F35A 3LC8A 3SKPA 3KN7A 4JXIA 3MJNA 2DE3A 4QFPA 3LSLA 4H5FA 3MQ9A 3KN3A 4FATA 2DWJA 2NUVA 4YMBA 4RPNA 1EH3A 3QYTA 2XX7A 2PT2A 5B7DA 5ISUA 3DELB 3PV0E 4GOTA 3IOWA 5TPAB 3TQWA 2ESNA 5I57B 4R75A 2Y7IA 3G3KA 5DVJA 3UGWA 1MXVA 3CSGA 5AA4A 3KSXA 2F36A 4G68B 4H0WA 3CIJA 3RTFB 3UP9A 3SEVA 4DZ1A 2O68A 3A3CA 3MVXA 3T9UA 1A40A 1MRPA 4G8HA 2QS2A 5L9SA 1Z7NE 1KWHA 3ILTB 3EF7A 3D4GA 3HHGA 1LLSA 1B51A 4ESWA 4IGTA 1OIBA 2DVCA 2DQVA 1WVJA 1SW5A 1NNPA 2HQ0A 5CM6A 4ZZAA 2Y84A 2Y7PA 4NF5A 3S2VA 2O7UA 3ZKKA 4EXKA 1ZIUA 4PE5B 5H8QB 3OO7A 3CG3A 2H5YA 2V84A 3HO7A 2QL3A 1GV8A 3KJTA 3VVDA 4KYDA 3UA8A 3KOSA 5KDTA 3THIA 3KJ7A 4NF8A 3MP6A 1UQWA 2O7IA 2P1SA 3IX1A 2AYSA 5BUUA 3O6GA 3Q28A 3IL1B 4U4SA 2I3VA 3OXNA 3PPQA 2HXWA 4JB7A 4ELRA 1FW0A 1N0TA 1SBPA 1N3WA 3G7WA 4TOZA 1H3DA 1CB6A 3QUJA 1B3FA 4O3CA 2GH9A 3Q29A 2I6EA 1T0KA 3FJ7A 4DXBA 4ZE8A 4E0WA 5CBSA 2DP8A 1JW5A 1VFDA 4LA9A 2YLNA 3N6UA 3TCGA 3O6HA 1EU8A 2XXPA 4OQOA 3OEMA 3RT6B 5H8FA 3EQ1A 1HSJA 3LSXA 1EZ9A 4IO3A 5F1QA 1H76A 2UYFA 1FTLA 4KFQA 1OVBA 4OTEA 2O51A 4FEBA 3PMWA 4XKPA 3VLWA 1Y20A 4Q30B 3OO8A 3IJOB 2G29A 2ONKE 4P0GA 4JWYA 4I9DA 3N94A 5EYFA 4KR5A 5I2KB 4R6KA 1NH8A 3K1NA 3MVYA 3PMXA 2ZYNA 5I2NB 5DVFA 2HFBA 1II5A 2B3BA 3CI8A 1QUJA 1QUKA 3PPOA 1LGBC 1RKMA 4DE8A 5B70A 3LR1A 3MPLA 1B4HA 1MH4A 5FTHA 2Z23A 2QJEA 4IY6A 4XTCQ 1QKAA 4C1UA 1RYXA 1GTKA 1IIWA 4EQ7A 4JSOA 4QFKA 5A5XA 4IO7A 1MY2A 4UA8A 4F3BA 2VHAA 3RTWB 3DLNA 3O2AA 1UTBB 3QIMA 2Z22A 4PFYA 3F11A 2B65A 3LSFB 5CMMA 1LB8A 4OEVA 1B52A 3M3LA 3RT8A 1MDQA 3FJMA 3AXFA 3OSQA 2Q8JA 3ZKLA 1NFTA 1N3XA 3LSWA 1LBCA 1IQ7A 2V3TA 2E0SA 3CR9A 4P11A 4NEDA 3SEXA 1FQBA 1IXHA 3U8QA 3M3KA 2AL4A 4F3PA 1SI0A 3QSLA 3B6QA 4ZEKA 2Q2AA 2UVHA 1FCKA 4ELQA 4FE8A 2X26A 2HZLA 1IEJA 3G3JA 2DSFA 4Q0CA 2XXIA 3MZBA 1B7ZA 3E13X 1NNTA 3ILUB 2IA4A 1B4ZA 4NF6A 1OLCA 3H6VA 4ZEDA 5L8DA 3W9WA 2UVIA 1TFDA 1VFEA 1US4A 4IY5A 3S9MC 1BLFA 4FIMA 3RPWA 1N76A 4IGRA 4JDFA 3T22A 2P0SA 2VD3A 1MQJA 3H6WA 1B3LA 3L6GA 3EN3A 4EQ9A 2I4BA 5AA3A 3VDFA 1P1NA 5H8NA 3GLBA 4R72A 2ZXTA 4ND9A 2RINA 4XXUA 2AL5A 1FQDA 5FTIA 2IEEA 4FECA 3OO6A 3R6UA 4TLMB 3N6TA 1N04A 3K00A 5EHSA 3GBAA 4I62A 4OFOA 3OELA 3VLVA 1FTOA 1Y1MA 1ANFA 1US5A 2ONRA 5I56A 1LAXA 4ELPA 2H9BA 3VVFA 3R7XA 4DCXA 1B7UA 2XX9A 2ALUA 1S50A 2A5TB 5KCJA 4ZZEA 4EF2A 3O66A 2I58A 1LSTA 4QSCA 3TTLA 4RY1A 3ZSFA 1YCJA 3TTKA 2O84X 3FXUA 3T9HB 4HCYA 3S9EA 4X48A 1FQEA 1FQFA 4QFLA 4GIZA 1MXYA 1IZ1A 1AOVA 3IO4A 1GGGA 1WDNA 5AE4A 1DMBA 1J1NA 4K3FA 2OCUA 3PUWE 3I5OA 5FHMA 2OK2A 3MAMA 4FJPA 3RUMA 4Q8RA 3CFXA 2E1SA 5TPAA 1VE4A 1O7TA 3A09A 4ZEBA 2DVZA 3PUXE 3D4CA 3OOAA 5DEXB 5TP9A 1I6BA 3FVKA 4N07A 5IAIA 4DLDA 3C9HA 3EHUA 4HCWA 3FJGA 2Q9TA 3QXMA 4ELOA 1ZTYA 4U21A 3B6WA 4ESXA 4GXSB 1B32A 1N7XA 3O97A 3TEPA 4M1VA 4NF4B 3TDJA 1MM7A 1H44A 4OZ9A 4NTLA 4KPTA 1FTKA 4TLLB 4H1XA 3TCHA 3RY3A 3FATA 4C0RA 3K02A 4QFOA 3MVZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2WEFA 4XKRA 1R9QA 3O28A 4I8CA 1NH7A 2UXAA 1MPCA 3HV1A 4GX3A 4IO4A 2XXQA 3O9PA 2F7CA 4I40A 4DXCA 4YKJA 5JTYA 1LAGE 2QMWA 1NV6A 2UVJA 3Q25A 3MW0A 3TPAA 4MNPA 4THIA 3VFJA 2F97A 2DS9A 4I1DA 2GHAA 2OJTA 3TQLA 5LDZA 2F5XA 1UIVA 5EHMA 2O1LA 3C34A 2REGA 2THIA 2F34A 4ONYA 4TQUQ 3B50A 4F2QA 4NE4A 1LBVA 1SW4A 3OD7A 4EUOA 5JK4A 5EQ7A 4PTKA 1IMCA 4R2FA 2HAVA 4GX4A 1MXWA 5EQ9A 4OWDA 2ABHA 4PETA 4NMYA 1K9ZA 5AA4B 4YKKA 4ISUA 4JWOA 1RYOA 4XIGQ 2QFLA 4G61A 3V5AA 4AQ4A 3P7IA 3A3UA 4LZ8A 4OYVA 4NHBA 1N7WA 2ZZVA 3SETA 4G8MA 3I3VA 2XA5A 1XHYA 1B2HA 2Y5KA 4N17A 4BDQA 4PFUA 4F3SA 5ET5A 1B5IA 3DP6A 1FPKA 3T9VA 1VSOA 4GWWA 1DOTA 4NGUA 2I3WA 1NUXA 3EPEA 3C31A 4XFEA 1LFHA 2ANJA 2HEUA 3PD9A 1FPIA 1MY3A 5I58A 1HSLA 4HTGA 3N26A 1ZKBA 4MNIA 3MP1A 5HBCA 4WXJA 3IORA 5ICQA 4EXLA 3QAXA 2F78A 2XXHA 3TUSA 2V25A 2XWVA 3SESA 4OEUA 1LAFE 4YMAA 4BDRA 1IXCA 3T1BA 3C33A 1MXXA 1MQIA 1I6AA 2G93A 3TAJA 4NF5B 4R73A 3H06B 2XD3A 1B1XA 5IZ3B 1NV5A 4YU0A 3IR1A 5IKBA 3MYUA 4HS7A 1LFGA 1SQYA 1MY4A 3A29A 2XXWA 4NF0A 3FV1A 3ROJA 2HPGA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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