4K3FA

Crystal structure of a putative tonb-dependent receptor (pa5505) from pseudomonas aeruginosa pao1 at 1.60 a resolution
Total Genus 72
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
72
sequence length
240
structure length
240
Chain Sequence
GAESLTVAATPVPHAEILNVVKPLLAKEGVDLKIKEFTDYVQPNVQVSEKRLDANFFQHQPYLDEFNKAKGTDLVAVTGVHIEPLGAYSSKYKKLDELPSGATVVIPNDATNGGRALLLLDKAGVIKLKDNKSITATPKDIVDNPKNIKIRELEAATLPRVLTQVDMALINTNYALEAKLNPTKDALAIEGSDSPYVNILVARPDNKDSDAMQKLAKALHSAEIKQFIQEKYKGAVVPAFM
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structure of a putative TonB-dependent receptor (PA5505) from Pseudomonas aeruginosa PAO1 at 1.60 A resolution
rcsb
molecule keywords Probable TonB-dependent receptor
molecule tags Transport protein
source organism Pseudomonas aeruginosa
total genus 72
structure length 240
sequence length 240
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-04-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03180 Lipoprotein_9 NLPA lipoprotein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4k3fA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4k3fA02
3SESA 5CMMA 5I56B 2DXRA 1F9BA 2VGQA 3HO7A 2ZXTA 3Q28A 1P1UA 2DP8A 1WDNA 2V3QA 1MDQA 4NF6B 1P1OA 4YKJA 3O6GA 1MS7A 3TFLA 4Q5TA 5DT6A 2QS1A 3O66A 1FQCA 3MP8A 3U94A 1UTBA 1IEJA 2O51A 4ZEBA 4BDQA 1YTVA 3MW0A 4FE8A 4NF8A 4FECA 4U1ZA 1T0KA 3LSWA 2HZKA 3S2VA 4KFQA 5K2YA 4G68B 2AIXA 2DQVA 1SI1A 4ZEIA 2CZLA 4GXSB 4P11A 3GZGA 3KG2A 3R26A 4ONYA 2Z23A 1EZPA 3EF7A 3SERA 1Y4TA 3PUXE 4Q8RA 1JW5A 5H8FA 2ONRA 4R9FA 4IO7A 3B6QA 1MQHA 5I58A 3EQ1A 4QSDA 3U72A 3OSRA 4G68C 2QSXA 2RCBA 2HAUA 4ZZAA 3QUJA 2Q89A 1JQFA 3ZSFA 1SW5A 3C36A 1OLAA 1NNFA 5CC2A 1TWYA 1GTKA 4OYVA 4NMYA 4JBZA 3VVEA 1RYOA 4G2ZA 3QYTA 5KCJB 1XT8A 1HSEA 4O3BA 3DP8A 5AA2B 3H6UA 5I56A 1MPBA 5H8HB 3ODBA 2VHAA 4ZDMA 1SW2A 3MUQA 1IQ7A 4OENA 3HSTA 1MM6A 1LBBA 3C35A 4RYAA 5DTBA 5DVJA 3BFUA 4MFIA 2XXTA 4YKKA 4NWCA 4IO6A 4JSOA 2DSFA 3RPWA 3VDFA 1B1XA 5ITPA 4HCYA 1CB6A 1NFTA 5FTIA 4LVQA 3S9MC 4MH5A 1A54A 4G8MA 4DXBA 2G29A 2Y7RA 3MVYA 1M5DA 1B3FA 3QIMA 1XHYA 4KPTA 1EZOA 1I6BA 3KBRA 3CVGA 1MQJA 3RT6B 1YCJA 4YB7A 4G68A 3L6HA 5F7VA 3HHGA 1B3LA 2O1MA 1I6AA 4R6KA 3V8XB 1IXIA 3RTFB 3PPQA 1B51A 3S4UA 5BUUA 1JW4A 4FJPA 1B5IA 1FTJA 2Q8JA 1R6ZA 1XVXA 4H6DA 4KD5A 5DVFA 1LAFE 1OQGA 3KZGA 2I48A 2GRVA 5L9SA 1UIVA 1N3WA 4LZ7A 2H4IA 4FEBA 4R6YA 5TP9A 2IEEA 2RC8A 2XXVA 1JVYA 2XD3A 2REGA 3OELA 4EQ9A 3QUFA 3EHTA 2HXWA 1RYXA 3UP9A 1MY2A 2HZLA 4NF4A 5KCJA 2E1SA 2I3VA 2H25A 3MVWA 4LUBA 2F6PA 2KLFA 1IITA 2NWJA 5CMKA 4AB6A 1SW4A 2D3IA 3GLBA 1Q1KA 4F29A 3A3UA 2HEUA 3G7WA 3QXMA 3FZVA 1N04A 3K00A 1EU8A 1PB9A 3O9PA 4GL8A 4X9TA 1N7XA 2CMOA 2UVJA 2DWHA 3TELA 4OFOA 1J1NA 3KEIA 4RXLA 4YKPA 2I3WA 3FJMA 5L8DA 1B6HA 4F2OA 3IO4A 3KFMA 2ZNUA 3HCQA 4Q0CA 4HTGA 4WEDA 2R6GE 4P0IA 4IO3A 2F78A 1PC3A 4QFKA 1ZJLA 2ZNTA 4QSCA 3T9UA 3CRBA 4JSDA 3QK6A 3FXUA 1N3XA 1B2HA 4KYEA 5LOMA 2QS4A 3MBPA 1H3DA 3GBBA 4MLVA 1MG1A 5H8SA 3KSXA 4ELOA 2E0SA 2G93A 4I1DA 2I49A 3IB2A 1ZBMA 3MC2A 5AE4A 1QVSA 1B05A 1O63A 1R9LA 2Z8EA 1VR5A 2REJA 3GBAA 2PT1A 3FD3A 3PU5A 1QUKA 1FQEA 4KYDA 2I4BA 2XXQA 3KSJA 4QRZA 1NNPA 4OFLA 1AMFA 1UTBB 1SW1A 1DTZA 2ZYMA 4G8HA 4KR5A 5I84A 3UIFA 3TCFA 3TKDA 4NF8B 3K1NA 4RPOA 1B46A 3LSXA 5DEXA 2YLNA 4PFWA 3KOTA 2UXAA 3KN8A 4XKPA 1R9QA 2RINA 3EHSA 4R73A 5DVIA 1ANFA 3VE1B 5KDTA 1QKAA 3RY3A 5M2VA 3TZAA 1SD3A 1B52A 1S7YA 2Z8FA 3KGCA 1TXFA 3RN8A 5H8FB 2PX1A 3OO7A 4F1UA 4F18A 4H65A 4M1VA 1B0LA 2AL4A 2Q2CA 3B6WA 4XIGQ 3D4GA 4EQBA 1VFEA 5I58B 3G3FA 3Q26A 4DZ1A 1AL3A 4I62A 3PUWE 4F3BA 4YZZA 3K6WA 2ONKE 2VOZA 5K2XA 4GRKA 4ZECA 3L6GA 1B4ZA 4JWOA 1ZU0A 3ZKKA 3SEYA 4ELQA 5CBSA 2V93A 1GR2A 4KCDA 3OD7A 1AIVA 1SBPA 3RT8A 1QW0A 3PUZE 4YB6A 3G3JA 2AYSA 1GV8A 2DXYA 1JETA 3VV5A 4R72A 3KN3A 2VP1A 1US5A 4PQJA 4LZ5A 2XXHA 3PPPA 1POY1 2V3UA 1ZKBA 5FHMA 5IKBA 1URDA 3DM0A 1BIYA 2RC7A 3OEMA 3VLVA 3KOSA 2FA7A 4E0WA 1JVXA 2I6EA 5I57B 1D3KA 4L17A 2Y84A 3S9NC 2RC9A 2ESNA 4OZ9A 1S50A 1FTMA 5TPAB 4OWDA 4QF9A 2RKMA 4IY5A 3TMGA 1BLFA 3IOUA 4Z7EA 5CRYA 3T93B 3TUSA 1PB7A 2VD2A 4KI0E 3N6TA 2V3TA 1OVBA 3PMWA 5I2NB 3JZJA 2XXXA 5H8NA 4F3PA 3E9XA 3O97A 1M5CA 1JEUA 3TYHA 4M4GA 4F39A 1RKMA 3P7IA 1TT1A 4RPNA 3K6VA 5CMBA 4R74A 3FGSA 4FIMA 1KWHA 3VXCA 4H5FA 3RLFE 4ZEFA 5FHNA 3IB0A 2ANJA 4QFPA 3FXQA 4EQ7A 3FJ7A 4RA1A 2VD3A 4EF1A 3V5AA 3ONMA 3BFTA 2ZYNA 5L9MA 3I3VA 5TP9B 1O64A 3WAEA 2Y7KA 1N0TA 3H6VA 4GOTA 1VFDA 3UN6A 4H8JA 2OJTA 3PD9A 4GL0A 2QPQA 4ZZEA 4UACA 4OETA 2HAVA 1DOTA 1ATGA 3IOWA 1Z7NE 1PBPA 1LAHE 1DPPA 4NF4B 1YAEA 3K6XA 4P0GA 1MH4A 4HCWA 3TQWA 3W15C 1B7HA 4G77A 1USYE 1QUJA 4XTCQ 4TQUQ 1ZMGA 3F11A 3RGYA 3TCGA 4ELRA 4Z0IA 5HBCA 1LCFA 3K6UA 3CG3A 3KJ7A 2NXOA 3O28A 2GHBA 5I57A 1LCTA 2F7CA 5TPAA 2ZNSA 2A5SA 4G8NA 2QMWA 4DE8A 4FATA 2NVUB 2A5TA 2H9BA 1S9TA 4C1UA 4DCXA 3MZ1A 1MXUA 4THIA 4BDRA 5I2NA 3MWBA 2F7BA 2PYYA 2H98A 4HW8A 3CSGA 4ELPA 2I4CA 2FNCA 4GLIA 3SEWA 3TDJA 5EYFA 1A8EA 4RJZA 2OWTA 3CG1A 1H44A 1A8FA 3BBRA 1Y3PA 3VFJA 4F22A 4IO4A 3AXFA 2HQ0A 2XXRA 3MZ9A 3DELB 2DE4A 3IOTA 1B3HA 3H6WA 3LBSA 2RF1A 4PFYA 2ABHA 3PUYE 4GXAA 1B3EA 3U8QA 3FV1A 3IORA 1LGBC 5A5XA 3CI8A 4AQ4A 2UVIA 4R2BA 2DVZA 1HSLA 3CSBA 2XXPA 4R9GA 3IB1A 5DYHA 1FW0A 1OQHA 2ZMBA 5H8QB 4IO5A 5TU0A 3FJGA 3E13X 1R1NA 3H03A 3U92A 4AB5A 2DYXA 3LSLA 4ZE9A 1DSNA 2X26A 3G3HA 1JEVA 1SYHA 1LAGE 5DEXB 4ND9A 3CR9A 5AA3A 1Q35A 1NH8A 5KDTB 2THIA 2Z22A 2F35A 4LQ2A 1MQGA 1IIWA 1II5A 3PGFA 4POWA 5EHMA 1QUIA 1BKAA 3VVFA 5ICQA 4H0WA 4O3CA 1MPDA 4BDOA 4DXUA 1SYIA 4OXVA 4ZE8A 3U93A 4ZEKA 1B3GA 2H5YA 3G3GA 3O29A 4U21A 2UYFA 4F1YA 3C9HA 3S9EA 1AOVA 3JYRA 3O2AA 4TOZA 3IX1A 3G3KA 4TLMB 4FEDA 2F8DA 2PT2A 4GWOA 4KYSA 3LR1A 2DE3A 1LFHA 1N76A 3EN3A 3SEXA 3N26A 3D4CA 1MY1A 3FVOA 4OQOA 4F2QA 5AA4A 2OWSA 4NF5A 2IA4A 1BTJA 2QL3A 3ECRA 3TTRA 3K02A 3N5LA 4BDNA 3MAMA 4BDLA 4K3FA 1DPEA 3TAJA 2FYIA 2R71A 4GIZA 4JXIA 5F1QA 1IXCA 5IAIA 2XXIA 5CI5A 2OLBA 4IY6A 4F3SA 5H8QA 1B58A 1LBCA 5ISUA 4C1TA 2OBGA 4U23A 2X7QA 4U1OA 4OMBA 1SDXA 4DIGA 1Y4CA 2DWIA 4IO2A 3G3IA 5H8NB 4GF8A 3B7DA 3TTLA 2HCAA 2R9JA 3C32A 3DP6A 1MXZA 1OVTA 4WXJA 3OOAA 3R7XA 2ZYOA 4GVOA 2UVHA 1LFGA 1MQIA 3DLNA 2W7YA 1B5HA 2OK2A 2QS3A 4OESA 5BWJA 1PB8A 2Y7IA 4QFLA 1FQAA 1WVJA 4EF2A 3OEKA 4QFNA 3H4ZA 3C4MA 2YPNA 1FQFA 3T9VA 2F7AA 4IGTA 1AH5A 4LQ5A 1MXWA 2H99A 1LB9A 4YB5A 5I2KA 3IJOB 4WEPA 3FVGA 1M5EA 4RY1A 3QSLA 3K0VA 1B40A 2XXWA 5FTHA 1NKXA 4POXA 4GFRA 3E4RA 5L9OA 2P0SA 2F5XA 3RTWB 4H8IA 4F1VA 2D21A 2I58A 3HN0A 1A40A 3I5OA 2XD2A 2XXUA 1OMPA 4XXUA 4X1DA 3OO6A 1CE2A 1FQDA 1MPCA 2ALUA 2I0CA 3HV1A 3FASA 1A55A 4HS7A 2A5TB 1MXVA 5KZTA 1JW1A 4JDFA 1MDP1 4KHZE 3OENA 1YPNA 4NE4A 2DOJA 2O68A 4R75A 2PMSA 2GH9A 5I59B 4H67A 4YAHX 4UA8A 1O7TA 3SETA 1MRPA 4KQPA 1B7UA 4O3AA 4ZS9A 2RCAA 4ESXA 3RNNA 1POTA 1I6QA 1LAXA 2XX9A 3W9VA 1FTKA 1MXYA 4Q30B 5EHSA 4R2FA 4DLDA 2B3FA 4ISUA 4OEVA 2O7UA 1IXHA 3K1MA 5JTYA 2DS9A 4OFJA 3M8UA 1NNTA 2Z8DA 4WKMA 4DXCA 3ZS6A 3M3KA 3Q27A 1L5TA 4JB7A 1P99A 3IL1B 5A5XB 3IAZA 1SQYA 3RUMA 1D9YA 3VXBA 1XVYA 1A7LA 4U22A 2OZZA 3ILUB 3MPKA 4PE5B 1MY3A 4NTLA 3EPEA 4X48A 3MP1A 3IJXB 3TTKA 5CMCA 4JWYA 4LZ8A 3JV9A 4YKIA 1P1WA 4JWXA 3MVXA 1ZIUA 2P2AA 4XKRA 2Q2AA 4I8CA 3O6HA 4EXLA 3FVNA 1LSTA 1PDAA 3WAFA 1US4A 3K01A 1SI0A 3LSFB 4IGRA 1H43A 4PFUA 5CM6A 2X7PA 3MPLA 1GVCA 2ZYKA 3SDFA 4RNSA 3OO9A 2QS2A 4BDMA 4QSEA 4NF6A 4C0RA 2XX8A 3N6UA 1DMBA 3I6VA 3USDA 4E0XA 3PPOA 1IXGA 3V83A 3TEPA 2OCUA 1FCKA 1M5FA 3O6IA 1Y9UA 3Q29A 4H1XA 3T66A 1MY0A 1NNKA 2F36A 5I59A 3TQLA 5ICTA 3TODA 3OO8A 2D5WA 2V25A 2I0BA 2Q88A 2Y7WA 3PPRA 5FHOA 3FXRA 4MLQA 2PBWA 3T96B 3MVZA 4TLLB 4YMBA 2F97A 3FVKA 1IUDA 1FTOA 3T9HB 1XOCA 3PV0E 4U4XA 1ELJA 5AA4B 4NF5B 3IOVA 2O84X 3BKIB 1D4NA 1Y20A 4OTEA 3THIA 1QULA 3TPAA 4BLAA 3UA8A 3OMBA 1P1QA 2NOOA 3QAXA 1EH3A 5JEIA 1LLSA 5J1DA 1MH3A 3PD8A 3C31A 3SKPA 1A99A 1SVXB 2NUVA 3C34A 1UQWA 2Q9TA 5ELVA 3S9LC 3PPNA 4PFTA 3C33A 1D9VA 1PEBA 2B3BA 2M8CA 3CFZA 1B32A 3TTMA 1MQDA 2DVCA 2O7IA 5HPQA 3UK4A 1Y3QA 4YU0A 1EZ9A 4MBPA 3H6TA 3FIRA 5ITOA 3U1OA 4LA9A 4GQOA 2O69A 5JK4A 1PBQA 3TTNA 3SEUA 1TFDA 3LC8A 3K1PA 4QHQA 1MY4A 1B7ZA 1HSJA 2XX7A 5AA2A 3PUVE 2F34A 5H8HA 4ESWA 4PETA 2UVGA 1VE4A 1URSA 3H7MA 2O1LA 3HHFA 4RK2A 3K2DA 4ZEDA 3UORA 4N13A 4KCCA 3IO6A 3FUZA 3UGWA 1OLCA 3CFLA 4YMAA 5AA1A 4U2RA 1TFAA 1B1HA 1XS5A 2DE2A 3HPIA 3KJTA 4OVJA 1B4HA 3MQ9A 4DCYA 3VLUA 2LAOA 4F3GA 1B0HA 3IK6B 3W9WA 3T9XB 3K4UA 4G4PA 1QJMA 5I2KB 4LP2B 4EXKA 2Y7PA 3A09A 3MJNA 2DWAA 2B65A 4RK9A 4FORA 1MXXA 4MF3A 3A3CA 1B5JA 3GXAA 3ILTB 2GFEA 1LFIA 2UYEA 1H76A 4EDPA 2PVUA 3IR1A 3Q25A 1P1NA 2O6AA 4R6HA 2WKYA 1UTHB 4XKNA 3ZKLA 4OERA 1USYH 1BP5A 3E3KA 3H06B 3OXNA 3FV2A 3VVDA 3LUYA 3KN7A 2HFBA 3SEVA 1NH7A 4EUOA 3EHUA 4IB2A 3T22A 3RQTA 1H45A 1IZ1A 4OHNA 2AL5A 1NL5A 3DP4A 1GGGA 3V89B 1Y1MA 2QJEA 4F19A 4N6PA 2ONSA 2QMXA 3M3FA 1N84A 3R6UA 4X1BA 1N7WA 1LB8A 3B6TA 3M3LA 1MM7A 3PMXA 4U4SA 1QKBA 1B9JA 1DTGA 4LATA 1OIBA 1M5BA 2QRYA 5JTYB 2F6GA 2GHAA 4LONB 2P1SA 1URGA 5HM4B 3FATA 1FQBA 3N94A 5CBRA 3VLWA 3MZBA 1UIUA 2XXYA 1NMUA 4ECFA 2XHDA 2V84A 4F31B 4PP0A 2DWJA 3H3GA 4QFOA 1I69A 5B7DA 4DDDA 3TCHA 1Y3NA 4GD5A 4YICA 1WODA 1JNFA 1ZTYA 4H5GA 2YJPA 4NWDA 2BJJX 4I9DA 3CFXA 5B70A 3PMVA 1ZLQA 1VSOA 1FTLA 4FAJA 4OEUA 1XC1A 4N07A 3MP6A 3CIJA 3OSQA 1Y1ZA 1UTHA 4XKQA 5AA2D 1Z7ME 4NEDA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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