4KD5A

Substrate binding domain of putative molybdenum abc transporter from clostridium difficile
Total Genus 61
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
61
sequence length
229
structure length
229
Chain Sequence
SVELNISAAASLKEAMAKIEEEYKKVDSNVKLTVNYGASGSLQQQIEQGAPCDLFISAGQKQMKVLDEEKLLVSDTMKDLVKNDLVLISSADSSVSGMKDLTTDKVKKIAVGEAESVPAGKYADEVLTNLNLKDKLKDKLVFAKDVKEVLAWVQSGNADVGFVYFSDTVNNDKIKVVEKTDEKTHSPITYPVSVIKASKNVDAAKKFEEFLLSESGQKIFEEFGYKKVE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Substrate binding domain of putative molybdenum ABC transporter from Clostridium difficile 630
rcsb
molecule keywords ABC-type transport system, molybdenum-specific extracellular
molecule tags Transport protein
source organism Clostridium difficile
total genus 61
structure length 229
sequence length 229
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-04-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13531 SBP_bac_11 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4kd5A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4kd5A02
4PE5B 1ZLQA 1B7ZA 3VVEA 3EHSA 2ZYMA 2DVCA 4WXJA 4NWCA 4N07A 1MRPA 2VD3A 2UYFA 2Q9TA 3MUQA 1M5BA 3O2AA 4O3AA 1MM7A 1MXZA 3TODA 4F1VA 3PGFA 2OWSA 2ZXTA 2XXVA 3JYRA 1DTGA 4UA8A 2ZNUA 4OWDA 2O7IA 3KGCA 3OENA 4POXA 2FNCA 4PFWA 2Q88A 4C0RA 4YKIA 3BFTA 4KHZE 5DEXA 1L5TA 3ILUB 2Z8EA 2QMWA 3FZVA 4QSCA 3MQ9A 1J1NA 3TZAA 3FVNA 4OZ9A 5KZTA 3TCGA 4RXLA 2DE2A 1EZPA 3D4CA 4PFUA 3C32A 4F3BA 2HAVA 3DLNA 2VHAA 1YAEA 1MQGA 1Q35A 4WEPA 2XD2A 3RUMA 5AE4A 2DWIA 1B0LA 1OLAA 1EU8A 1ZIUA 3K4UA 4LZ8A 5H8SA 1XVYA 1NH7A 4PFYA 1B32A 1URSA 4XKQA 1UTBA 1M5FA 4YB5A 4XTCQ 3KOSA 3K1NA 3OO9A 2CMOA 3P7IA 2OWTA 1YTVA 3RN8A 2Y84A 2WKYA 4YICA 4F18A 1O64A 2HEUA 1MQJA 3A3CA 1NKXA 3M3FA 4GOTA 2OJTA 3VLWA 3CG1A 4ZS9A 3LSWA 1XC1A 1P1OA 4NF5A 2DS9A 4U21A 4KQPA 4G8HA 5K2XA 1I69A 3PMXA 4WKMA 3K1MA 2YLNA 4THIA 1A8EA 4JWOA 3K6UA 4F1UA 2Z8DA 3KZGA 2GHBA 1F9BA 5AA4B 1LAXA 3TKDA 1EZOA 3KJTA 5I2KA 4OFJA 3MP8A 5TP9B 1N04A 1CE2A 3U72A 3H3GA 4YKKA 5DYHA 5ICTA 1POTA 3OO8A 4BDRA 2F6PA 2PYYA 2RINA 1NMUA 3TAJA 3FVGA 2XD3A 1SDXA 4U22A 4MBPA 2Z22A 3G3GA 1AL3A 1LCFA 2O51A 1BIYA 2I4CA 3C36A 2O7UA 4FECA 5I2NB 1MPDA 5ISUA 5IAIA 2XX7A 4YU0A 4X1DA 1CB6A 2PBWA 2Y7WA 3IL1B 3Q27A 3KOTA 1P1NA 2D21A 3R26A 2FYIA 4G68B 3OSRA 1LB9A 1LLSA 2I3VA 5JK4A 2O1MA 1ZMGA 5AA2D 4QSDA 4JDFA 1N76A 3SDFA 2RF1A 4R72A 1MS7A 5AA2A 3E13X 5H8FA 3C9HA 3QXMA 3TCHA 4U1OA 3OEMA 3IOWA 3TCFA 2QMXA 1USYE 5JTYB 4F3PA 4EXKA 1Y20A 2Y7IA 3QAXA 4XXUA 4H5GA 4BDLA 1D3KA 3SEVA 5B7DA 4ONYA 3VXBA 5FHMA 2X26A 3U92A 2XXRA 4YB6A 1M5EA 5CM6A 4OMBA 4I1DA 3U94A 4R9GA 1M5CA 3BKIB 2DXRA 2I58A 4DLDA 2QRYA 2Q8JA 2QS3A 3O6IA 3PPPA 3FJ7A 2GRVA 2Y7PA 4F2OA 1B3HA 3PD9A 1H45A 3G3FA 4R6HA 1GTKA 1II5A 2ANJA 1LAFE 3LC8A 3MWBA 4F1YA 1GV8A 1FW0A 3ZS6A 4OEUA 4ELRA 4EDPA 1DPPA 2HXWA 4M1VA 3IB2A 4OFLA 1OMPA 4Q0CA 4ZDMA 5I84A 3CIJA 1LAHE 4M4GA 2DYXA 4ELQA 2H99A 2ESNA 4DIGA 4KD5A 1P1WA 3VLUA 1B40A 1H76A 5J1DA 3IAZA 4FATA 2XXQA 3H6TA 5I58B 1ZJLA 4F39A 3OEKA 3IORA 1NNKA 5ITPA 1B3EA 1MPBA 3MVYA 1Y3QA 3IJOB 3TTNA 1A55A 4DCXA 2XXUA 5H8HA 4U4SA 3KN3A 4F2QA 1MDQA 5I56A 1B05A 1LBBA 1YCJA 4U23A 4LP2B 3OO6A 3K1PA 1MM6A 5HM4B 1TFAA 2F97A 2AYSA 4F22A 5KDTA 3FJGA 2DSFA 2H4IA 3TUSA 1Y9UA 1MY0A 3FUZA 4HW8A 1Y1ZA 3O6HA 4NMYA 1QUIA 1P1QA 5KCJB 3SKPA 1M5DA 2KLFA 2HZKA 1B2HA 4MLQA 3RTWB 4U1ZA 4H5FA 1PB7A 1I6QA 3KBRA 4NF8B 4G4PA 5HBCA 2R9JA 4ND9A 2P2AA 1O63A 4ZEKA 3OXNA 2GH9A 4NEDA 3IB0A 2Z23A 4ZEIA 3QSLA 3ONMA 3VVFA 4H67A 3O28A 4E0XA 3MVXA 5F1QA 4GIZA 3S9EA 4LA9A 5TPAA 3H06B 4QFPA 3RGYA 4AB6A 4OFOA 1N7XA 4KCDA 3G3KA 4R2FA 5A5XA 2QL3A 3CG3A 4MLVA 1P99A 2XXPA 3TDJA 3TTLA 1FQDA 3T9UA 2QS2A 4C1TA 4JWXA 5I59A 2V3QA 3R6UA 2ONSA 4OESA 3L6HA 4EQBA 5HPQA 2RC9A 3CRBA 3T9XB 5FHOA 1PC3A 2FA7A 3PD8A 3PUZE 3V8XB 3GBBA 3W9WA 2PT1A 4NF6A 4JB7A 3UA8A 4QHQA 4R6YA 3GZGA 2B3BA 1S9TA 1MY2A 1VFEA 2ONKE 2XXYA 4AQ4A 2NXOA 2F34A 1FQEA 3UP9A 5DEXB 5EYFA 3B7DA 3THIA 1KWHA 1MY4A 4YMBA 3RNNA 3OOAA 3QIMA 3IO6A 3FATA 4RYAA 1FTOA 2YPNA 4ISUA 1UQWA 1AOVA 4FJPA 1PDAA 3G3IA 2O84X 4LATA 4BLAA 1UTHA 4KYSA 2PMSA 4NE4A 4IO5A 2V3UA 2H25A 4FIMA 1IQ7A 4OVJA 3HHGA 2AIXA 4KI0E 3MP6A 2UVGA 3K01A 3R7XA 4LVQA 1H44A 4JXIA 3HCQA 2Y7RA 2ZNSA 2V84A 2VD2A 1JNFA 1VE4A 3MZ9A 3TTRA 1HSEA 1SBPA 5CI5A 2HQ0A 4QFKA 3EHTA 2NOOA 1WODA 1UTBB 1NNTA 4P0IA 5JEIA 1O7TA 3MVZA 1PB8A 2F78A 3QYTA 3TPAA 2AL5A 4YAHX 4RJZA 1B5HA 4IO7A 1NH8A 5ELVA 2Q2AA 4DCYA 3PUYE 4ELPA 3PUWE 1DOTA 3DP6A 2GFEA 4ZECA 3MVWA 1N0TA 1NNFA 1TXFA 2I49A 1AIVA 3LBSA 3OMBA 4O3CA 3C34A 3MPKA 4NF5B 3SETA 5B70A 1SD3A 3TYHA 1MY3A 1JW1A 1JW5A 2V93A 3EQ1A 1GR2A 4LQ5A 1SYHA 3IR1A 2A5TA 2DQVA 3UGWA 5CRYA 4PQJA 3O9PA 1PBPA 4GXAA 1JVXA 4YB7A 1SW4A 5I2KB 1SI0A 2F7BA 1XHYA 3K0VA 4ESXA 2YJPA 1USYH 1LCTA 1MY1A 3C33A 3FXQA 3MBPA 4DXUA 3U93A 3FVOA 3N6UA 1GGGA 3PUXE 3RY3A 4G77A 1FTMA 1IXIA 4X48A 4X1BA 2QS4A 4JSOA 2HAUA 4ZEFA 5ITOA 3L6GA 3QUJA 3HN0A 4OENA 5H8NA 4RK9A 4YZZA 2QS1A 2D5WA 4LQ2A 4JSDA 3FV2A 1US4A 3WAEA 4NTLA 2LAOA 3ZKKA 3MP1A 1OQHA 1T0KA 3KJ7A 1B5IA 4PETA 1MPCA 2B65A 3K00A 2OBGA 2I0CA 4G68A 1OVTA 3W15C 3S9MC 1B9JA 3V5AA 1URGA 3ZSFA 3BBRA 3N6TA 3RTFB 5AA2B 2DOJA 5CMCA 5H8FB 1R9QA 1SQYA 4QFNA 4OQOA 2Q89A 3C35A 1LBCA 2I48A 4N6PA 2F35A 3V83A 4K3FA 3DP8A 4N13A 2E0SA 4OERA 2DE3A 4RA1A 1VFDA 3TTMA 2ZYKA 3H6UA 4PP0A 1RYXA 4QF9A 3PPRA 3MPLA 1BP5A 5AA1A 4ECFA 4GRKA 1ELJA 1ANFA 2RC7A 4R73A 2XX8A 3HSTA 5DVFA 1US5A 3JV9A 1DMBA 1JVYA 3N94A 2GHAA 4OXVA 3H4ZA 2OK2A 2DWJA 2R6GE 4NF4A 3Q28A 4F31B 4DXBA 3TQWA 1BKAA 2OCUA 1N84A 1MXXA 2R71A 1WVJA 3DP4A 3VDFA 4R9FA 4HTGA 1NNPA 4L17A 1LAGE 2XXWA 3TQLA 3PPNA 4PFTA 4H0WA 3KG2A 4ZZEA 3CR9A 4EUOA 3UORA 3KSJA 2NUVA 2XXIA 3A09A 5EHMA 3C4MA 3VE1B 2UVIA 4H8JA 2G29A 3F11A 2ZMBA 3EN3A 3FGSA 1OQGA 3DELB 1GVCA 1B6HA 4H65A 1DTZA 1Y3PA 5L9SA 4ESWA 2P1SA 5M2VA 3G7WA 2I0BA 4ZZAA 4IB2A 1A8FA 4G2ZA 4DE8A 2F6GA 3PUVE 3LUYA 3K2DA 3C31A 3JZJA 2QPQA 5H8HB 3RT8A 4GD5A 2O6AA 5I56B 3KN8A 1MQHA 1H3DA 1VSOA 1TT1A 3H6WA 1MXYA 2OZZA 3VV5A 2IA4A 2O69A 2XXTA 1BTJA 3T22A 5KDTB 1DPEA 2VGQA 1MDP1 1D9VA 4U4XA 5H8QA 1QKAA 2XXHA 3PU5A 4FORA 2A5SA 4Z7EA 3K6WA 4OHNA 2Y7KA 2REGA 3VXCA 1VR5A 4LZ7A 3T96B 1IZ1A 3O97A 3MZBA 4R74A 4U2RA 3OO7A 4XKNA 4TOZA 2DXYA 4XKRA 1IXHA 5KCJA 3A3UA 1H43A 4GFRA 1D9YA 5I57A 2RCBA 1FQAA 4H8IA 1A7LA 4IO6A 5TPAB 1B7HA 1QW0A 1MH3A 2F36A 3PPOA 4I9DA 2H5YA 2VOZA 3M3LA 4IGRA 5A5XB 4IY5A 2OLBA 3VVDA 3CFZA 4G68C 3SEXA 4LUBA 3PPQA 5DVIA 4X9TA 1BLFA 1ZU0A 1IXGA 4QFOA 5I59B 3ODBA 4FEBA 3S9NC 1ZBMA 2F7AA 3GBAA 3IK6B 3LSFB 1R1NA 3DM0A 5L9OA 3B6QA 1JETA 3E3KA 4ZEDA 3FASA 4NF6B 3CSGA 2HZLA 3MZ1A 3RT6B 3HO7A 1JEVA 1YPNA 3D4GA 3UK4A 1LB8A 3H6VA 3PMVA 3CFXA 3E9XA 1QJMA 5CMKA 5L8DA 4OTEA 4GL8A 3RLFE 2DWHA 4KPTA 2I4BA 3PMWA 3O29A 3TMGA 3Q26A 2NVUB 2ZYOA 1UTHB 4MH5A 3B6WA 1SW5A 4IO4A 1JW4A 3T9VA 2VP1A 1IITA 1R9LA 4I8CA 1IIWA 1SVXB 4KYEA 1LFIA 1NFTA 1Y1MA 1PEBA 4BDQA 1FTJA 4BDOA 4FAJA 4GWOA 2P0SA 5CMBA 5AA3A 1B5JA 1PBQA 4OYVA 4KYDA 1MH4A 5CBRA 3USDA 3MJNA 1EZ9A 2XHDA 5TU0A 3S9LC 4RY1A 4FE8A 1XS5A 1JQFA 3T93B 1EH3A 2X7PA 4RPOA 5L9MA 3O66A 3SEYA 3FVKA 5ICQA 1B3GA 2PVUA 1B0HA 5FTHA 5CBSA 4TQUQ 1N3XA 1XVXA 1Y3NA 2F7CA 3U1OA 4ELOA 3QK6A 5LOMA 1B46A 3MAMA 1RYOA 3FJMA 1B7UA 2M8CA 4HCWA 2A5TB 4MF3A 1B58A 5DTBA 2ALUA 2H9BA 4EQ9A 3N5LA 4GXSB 4Q5TA 1FQFA 2CZLA 4P11A 4F3GA 1Q1KA 4TLMB 1LFHA 3EF7A 5AA4A 3EPEA 4MFIA 3CFLA 4QSEA 5IKBA 5TP9A 3E4RA 4OETA 3HHFA 2V3TA 4F19A 3KSXA 3ZKLA 1TWYA 3OSQA 2NWJA 4I62A 4Q8RA 4IO3A 4EF2A 3HPIA 1QUJA 2XXXA 3LR1A 1D4NA 4WEDA 4GQOA 4DXCA 3TTKA 3GLBA 5H8NB 2UXAA 2RC8A 3I3VA 3UN6A 1A99A 1OLCA 1A40A 5I2NA 1FQCA 3FV1A 2UVJA 1IEJA 1ZKBA 1B51A 3IOVA 4G8NA 4POWA 1B3FA 3CVGA 3Q29A 3SEUA 1S7YA 4ZE8A 5EHSA 1LSTA 5BWJA 3IOTA 1MQIA 4H1XA 2HFBA 1B1XA 1MXWA 1ATGA 2ABHA 1MXVA 3VLVA 3KFMA 3T9HB 3N26A 1QVSA 3K6VA 4RPNA 2RKMA 3SEWA 1JEUA 4FEDA 5K2YA 3IO4A 2UYEA 3VFJA 1LFGA 1WDNA 2REJA 2Q2CA 2HCAA 3FD3A 3SERA 5JTYA 2THIA 1URDA 4LONB 2Z8FA 1Y4CA 5FTIA 4F29A 2I3WA 2F8DA 4R2BA 2G93A 4RK2A 1HSLA 2AL4A 4HS7A 3CSBA 5CC2A 2IEEA 4YKPA 1LGBC 2O1LA 4NF4B 4IY6A 1FCKA 3LSLA 3IOUA 2I6EA 2B3FA 4TLLB 4XIGQ 2BJJX 3G3HA 3IJXB 2O68A 4O3BA 1Y4TA 1MXUA 4P0GA 1Z7ME 1DSNA 4R6KA 3Q25A 4ZEBA 2DE4A 1UIVA 4YKJA 4YMAA 4EQ7A 4AB5A 3K6XA 1I6BA 3I6VA 2ZYNA 4OEVA 1QKBA 3MW0A 4F3SA 4DZ1A 2QSXA 4XKPA 1I6AA 4JWYA 1MG1A 3KEIA 3W9VA 1AH5A 3MC2A 1UIUA 1HSJA 1QULA 3FXRA 3BFUA 4UACA 3B6TA 3ECRA 1S50A 3KN7A 2DVZA 3K02A 2F5XA 3SESA 3WAFA 2H98A 3EHUA 3S2VA 4EF1A 4NWDA 1N7WA 1IXCA 1Z7NE 1A54A 5I58A 3O6GA 1FTKA 5F7VA 4QFLA 3G3JA 2XX9A 1POY1 4DDDA 4H6DA 4R75A 1N3WA 4IO2A 4KCCA 1R6ZA 4GF8A 3LSXA 1ZTYA 1XT8A 2X7QA 2QJEA 4IGTA 2ONRA 2ZNTA 3TFLA 3HV1A 4Z0IA 2W7YA 1RKMA 3IX1A 2DP8A 5H8QB 1FQBA 1P1UA 1PB9A 1SW2A 2RCAA 3FIRA 5BUUA 3M3KA 4JBZA 1B4HA 4HCYA 1AMFA 4BDMA 1B3LA 1MQDA 3TELA 3T66A 1NL5A 4Q30B 1IUDA 4GVOA 3V89B 2E1SA 1B1HA 1XOCA 3FXUA 1TFDA 1OIBA 4RNSA 3H7MA 4GLIA 3I5OA 1QUKA 2V25A 4C1UA 5I57B 3TEPA 3RQTA 3QUFA 3H03A 1B52A 2D3IA 5DT6A 1OVBA 4NF8A 2UVHA 3M8UA 1SYIA 3ILTB 2DWAA 4LZ5A 5CMMA 3AXFA 1B4ZA 3RPWA 3U8QA 2PX1A 4BDNA 4G8MA 5DVJA 3GXAA 4QRZA 3IB1A 3CI8A 4GL0A 4EXLA 3OD7A 3OELA 3S4UA 1FTLA 4KR5A 4KFQA 3UIFA 1SI1A 4E0WA 1SW1A 5FHNA 4ZE9A 2PT2A 3PV0E
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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