4KD5A

Substrate binding domain of putative molybdenum abc transporter from clostridium difficile
Total Genus 61
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
61
sequence length
229
structure length
229
Chain Sequence
SVELNISAAASLKEAMAKIEEEYKKVDSNVKLTVNYGASGSLQQQIEQGAPCDLFISAGQKQMKVLDEEKLLVSDTMKDLVKNDLVLISSADSSVSGMKDLTTDKVKKIAVGEAESVPAGKYADEVLTNLNLKDKLKDKLVFAKDVKEVLAWVQSGNADVGFVYFSDTVNNDKIKVVEKTDEKTHSPITYPVSVIKASKNVDAAKKFEEFLLSESGQKIFEEFGYKKVE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transport protein
source organism Clostridium difficile
publication title Substrate binding domain of putative molybdenum ABC transporter from Clostridium difficile 630
rcsb
molecule keywords ABC-type transport system, molybdenum-specific extracellular
total genus 61
structure length 229
sequence length 229
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-04-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13531 SBP_bac_11 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4kd5A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4kd5A02
1IUDA 2Y7WA 4F22A 4Q0CA 4O3CA 1ELJA 4F3SA 4PFWA 4JXIA 3TTRA 1OLAA 3HPIA 4WEDA 2LAOA 1SW2A 4QHQA 4G2ZA 4OEUA 3FIRA 3R7XA 2F35A 2IA4A 4DCXA 3RGYA 4AQ4A 1MG1A 2NOOA 2F5XA 1NNFA 2ZYMA 3IO6A 4YB5A 4PFTA 3OXNA 3KBRA 3R26A 3KOSA 1B3EA 3SEYA 2FYIA 4R72A 4R9FA 2D21A 1FW0A 2NWJA 1USYH 3BBRA 3EHSA 4G68B 2DQVA 3ODBA 4EQ7A 1NNPA 3CG3A 4NF4A 2G29A 3FV1A 1Y4CA 4DZ1A 3KFMA 2ZYNA 3OEMA 5JTYA 2H5YA 1DSNA 3M3LA 3DP6A 2H25A 1QULA 4DCYA 1MM7A 3USDA 4GXAA 2DWJA 1I6QA 2DXRA 3E13X 4G8HA 3JYRA 2R6GE 4OFOA 2DOJA 2RC9A 2NXOA 1JVXA 1B7HA 1RKMA 4N07A 5I59A 1FCKA 2QS4A 4H0WA 2RC8A 3VVEA 4QFKA 2RF1A 4JB7A 2Y7KA 4Q8RA 4PFUA 2I3VA 2YLNA 2QRYA 3IX1A 4BLAA 4EDPA 3KG2A 5K2YA 2PT1A 1MXWA 5FTHA 3B7DA 1LFHA 1MH3A 4H1XA 3PU5A 4LUBA 3TMGA 1B2HA 1N04A 1JW4A 5K2XA 1HSLA 1H43A 4XXUA 3QYTA 3QSLA 4LZ5A 4N6PA 2VGQA 1RYOA 1A40A 3IL1B 2THIA 4JSDA 3FXQA 2DXYA 3T9VA 3QAXA 5I2NA 3VFJA 3PUXE 3E4RA 1EU8A 5I58A 4FECA 2OLBA 1AOVA 1JNFA 3V8XB 1MS7A 1XOCA 1JW5A 5DVFA 4LZ8A 2QS3A 3OO6A 4QSCA 1FTOA 2RKMA 3L6HA 1N7XA 3SEXA 3TAJA 1JQFA 3KGCA 4PFYA 2WKYA 3PMVA 3Q28A 3RTWB 4AB6A 4TQUQ 4HS7A 5H8NB 2XXUA 4FEDA 3IB2A 3TQWA 4C1UA 2B65A 3FXUA 2XD3A 3K1NA 3MVZA 4AB5A 3I3VA 1FQDA 3PD8A 4OEVA 1SW5A 3HCQA 3KOTA 4RPOA 4WXJA 2UVJA 2Z8FA 4KYDA 2X26A 4FEBA 3MC2A 3RY3A 1MPCA 2O7IA 1Q1KA 4IO3A 1AH5A 4YB7A 1FTLA 4THIA 3D4GA 3LSFB 4YKKA 4KHZE 4EQBA 4RYAA 5CBRA 1MQGA 2ZXTA 5AA4B 5DTBA 3GLBA 2ZNTA 4GD5A 3K6VA 3R6UA 2O6AA 4K3FA 1LBBA 3T96B 3FVOA 2HAVA 2P2AA 3PUZE 3OO7A 3UK4A 1BLFA 1MDQA 4EF1A 1M5CA 2H4IA 4EXLA 4EF2A 2OWTA 3DM0A 5M2VA 1B7ZA 3TUSA 5ISUA 3FJMA 3C32A 1SQYA 1NNTA 1VFDA 3K6WA 1YCJA 3C31A 3C36A 4U22A 2M8CA 1TFDA 5H8QB 3T9XB 1S7YA 4OMBA 2Y7IA 4RY1A 3IR1A 4HW8A 4P0GA 2VD2A 3GZGA 1T0KA 3VV5A 1VFEA 3H06B 3VLVA 3IK6B 2ALUA 3D4CA 1II5A 5BUUA 1POTA 3QXMA 3TKDA 4JWXA 1MQJA 4NWCA 3LSWA 5L8DA 1LGBC 4ECFA 3IB0A 2F7BA 2ZNUA 4XIGQ 3SEUA 1DTGA 2XHDA 1TWYA 4ZE9A 2QPQA 3MQ9A 3EQ1A 3KZGA 1AL3A 4DIGA 2REGA 3PD9A 2FNCA 4POXA 2A5TB 2DSFA 1UTHB 1QJMA 1OQHA 1MQDA 4GWOA 3SERA 2DWHA 1NFTA 2O7UA 4X1DA 4GL8A 1TFAA 3KN3A 4DE8A 1LFIA 2B3BA 3W9WA 2VD3A 4HTGA 5TP9B 4H65A 3QIMA 4JSOA 5CMMA 2KLFA 1B40A 1ZJLA 4NF6B 4U4SA 4QFNA 1N0TA 3IJOB 4YICA 3CFXA 1MQHA 5F7VA 2QJEA 4G8MA 4ZS9A 1MPDA 3S9NC 1SW4A 4OFJA 2AYSA 5CM6A 1MH4A 2P0SA 2R9JA 1FTKA 2XX7A 5EYFA 1UIUA 1LSTA 1H3DA 2DE4A 4LP2B 5CBSA 5DEXB 1WDNA 5H8FA 5H8SA 4YU0A 3HO7A 5AE4A 4ZEBA 1P99A 3VXBA 1NKXA 3OELA 1YPNA 3UN6A 4IO5A 1ZTYA 2W7YA 3B6WA 2A5SA 2F78A 1MY3A 4ZZEA 1MY1A 2ONSA 4MLVA 2HZKA 3OO9A 2V93A 3H3GA 2I4CA 3VVDA 4MF3A 1IITA 2VOZA 4KI0E 5AA4A 5I84A 4FAJA 2E1SA 1LB9A 1SBPA 4UA8A 3PPNA 4OETA 3O6HA 3TDJA 4KFQA 2XXRA 3VXCA 4HCWA 1LLSA 4GOTA 5FHMA 4BDMA 2OZZA 3LC8A 1QKAA 3M3KA 5CI5A 3N26A 2F8DA 5HPQA 3KN8A 3H7MA 2XXWA 3VVFA 5H8QA 1S9TA 3FZVA 4RPNA 5FHOA 1A8EA 3EN3A 1UQWA 1B7UA 4JBZA 1Z7NE 2HEUA 4QSDA 1N76A 4OZ9A 4KYEA 3FJGA 2ANJA 3G3FA 3MP8A 5DT6A 1GR2A 1FTJA 4GF8A 4MH5A 3O28A 4QSEA 4RK2A 5ICQA 4OERA 1B3HA 3TFLA 3PV0E 5CMCA 3HHFA 5AA3A 3ZSFA 1B0HA 4RNSA 3CI8A 1B9JA 2I6EA 4ELRA 4P11A 4NEDA 3MAMA 5I56A 1PDAA 2XD2A 5KDTB 3MJNA 1OQGA 3T9UA 3PPQA 2OBGA 1XHYA 3LSXA 3TEPA 2DYXA 4ZEDA 4I1DA 4DLDA 1MRPA 2A5TA 3UGWA 1UTHA 2I0CA 4XKNA 2RCBA 3IOUA 1LB8A 3SESA 1OVTA 2O68A 1IEJA 4KCDA 4LATA 3VLWA 5ELVA 4JWOA 5I57B 3MW0A 4R6HA 4ELPA 3H6UA 3OOAA 5I2KA 1LFGA 5TP9A 3OSRA 3O6IA 2QMWA 4PE5B 1LAHE 1D9VA 4ESXA 4YKIA 4LONB 4NF6A 4MLQA 3CFZA 4RK9A 3CFLA 2B3FA 1I6BA 2DP8A 3RT6B 1D4NA 3PUYE 1H45A 1PBPA 3OEKA 3EHUA 2IEEA 1OMPA 3C33A 3CSGA 4F2OA 1OIBA 5DEXA 3ECRA 4NTLA 4Z7EA 1IXCA 1URDA 4JWYA 3FVGA 1Q35A 3TQLA 4KR5A 5BWJA 1MY2A 5TPAA 1S50A 3JZJA 4I8CA 3GBBA 4MBPA 1ZBMA 3HSTA 2HCAA 2V84A 4DXUA 4G8NA 3N94A 3TCFA 2XXXA 3MVYA 4IO6A 3TELA 2GRVA 2QMXA 3GBAA 2I48A 3FVNA 1A99A 3N5LA 4YB6A 4OTEA 3TTLA 1JVYA 4R2FA 2DE3A 3RUMA 4H6DA 4FATA 2Y7RA 3MP1A 1XS5A 3ILUB 1GV8A 3FATA 5EHSA 1TT1A 3TYHA 3LSLA 1I6AA 1H44A 1US5A 2DWAA 3C4MA 2I0BA 3TZAA 3C34A 1B1XA 4F19A 2PT2A 2CZLA 1R9LA 3EHTA 1JEUA 2VP1A 4IO2A 3S2VA 4WKMA 1OVBA 2DVZA 1A8FA 3IJXB 4F39A 2Q2CA 1PEBA 4G68A 3U93A 1Y1MA 4YKJA 4R6KA 3RLFE 2UVIA 4YKPA 2I49A 3S9EA 1IXIA 4LZ7A 3CIJA 2Q8JA 3O66A 1Y9UA 1ZU0A 4PP0A 3S9MC 3K1PA 3HHGA 3PPPA 5KDTA 2OWSA 4ZDMA 4ELQA 4BDRA 3K00A 4POWA 1TXFA 4G77A 1M5BA 4OYVA 3ZKLA 3VE1B 3MWBA 2OJTA 3KSXA 4P0IA 5L9OA 2DS9A 5EHMA 1UTBB 3C35A 3LUYA 3MUQA 3C9HA 1XVYA 3Q25A 3MP6A 1MXZA 4EQ9A 1NNKA 2UYEA 4U21A 1N3WA 1US4A 3V89B 2X7PA 5IKBA 1ZLQA 1DPEA 3G3HA 3SKPA 1FQCA 4IB2A 4O3BA 3SEVA 1POY1 1DOTA 1JEVA 3Q26A 1SDXA 3KJTA 3PMWA 4ZE8A 1RYXA 5CRYA 3A09A 2RINA 2Q89A 3KEIA 3PUVE 2XXYA 4Q30B 3MZ9A 2XXPA 2XXTA 3CR9A 3CVGA 1B5IA 5TU0A 3ZKKA 4NF4B 1SVXB 2X7QA 1B32A 1UIVA 1LBCA 4XKQA 1B52A 5H8HB 3BFUA 1L5TA 5JTYB 2RC7A 4Z0IA 4XTCQ 1VE4A 5F1QA 1M5DA 3H6TA 3IAZA 4EUOA 4FJPA 3K01A 3WAEA 4QFLA 2F6GA 3I5OA 4IGTA 3H6VA 4C0RA 3H03A 4ZEFA 2XXIA 4ZEKA 2G93A 4H67A 4F3BA 3H4ZA 4L17A 5H8NA 2PMSA 4OVJA 4X48A 1Y1ZA 1JW1A 4BDLA 1Y3NA 2Z8EA 2F7CA 3EF7A 3TTKA 3VLUA 2ONRA 1OLCA 2NVUB 1M5FA 4YMBA 1AMFA 1URGA 4NMYA 4OXVA 1FTMA 1AIVA 5ITOA 2PYYA 5JK4A 2V25A 3PPRA 1F9BA 1B4ZA 1O64A 1B0LA 2UVHA 2H9BA 5AA1A 1MY4A 3B6QA 5L9MA 2V3TA 2QS2A 4MFIA 3K6UA 1NH7A 4BDOA 4ZZAA 2UXAA 4GIZA 4GLIA 3PUWE 3S4UA 3HN0A 3K1MA 4O3AA 3U92A 4QFOA 4FIMA 4ELOA 4BDNA 5HM4B 4R74A 1ATGA 4DXBA 3E3KA 1BKAA 1IXHA 1DTZA 3CG1A 1PC3A 1D9YA 5FTIA 3PPOA 3OSQA 3ZS6A 1SI1A 3RQTA 4U4XA 4LQ5A 2HZLA 2HQ0A 1MQIA 1GGGA 3T9HB 1R9QA 1UTBA 5LOMA 3M3FA 4DDDA 5CMKA 5JEIA 4F1VA 2OCUA 1XC1A 1GTKA 1HSJA 2HFBA 3ILTB 5DYHA 3O97A 2GH9A 2R71A 1FQFA 4BDQA 3G3IA 1B4HA 1QW0A 2Z8DA 1FQEA 2VHAA 3IOWA 4KQPA 3L6GA 1B58A 2F7AA 1DPPA 3U72A 4WEPA 2O1MA 1QKBA 3O9PA 3V83A 3O6GA 3IB1A 4F29A 3U1OA 3VDFA 2UVGA 5AA2B 2F6PA 4R9GA 4E0WA 2O84X 4ISUA 4TLMB 1NMUA 4PQJA 5B70A 4N13A 1Y4TA 4I62A 2GHAA 4X1BA 3DLNA 5H8HA 3MPLA 4UACA 2Q2AA 1BP5A 1ANFA 1SI0A 1BIYA 4NF5B 1M5EA 4Q5TA 2NUVA 1SYIA 4YZZA 3K02A 5ITPA 3DP8A 5KCJB 3K0VA 2AL4A 1DMBA 1NH8A 3K6XA 3QK6A 3CSBA 4KCCA 2DWIA 4R2BA 1Z7ME 4IGRA 5DVJA 3JV9A 3IOVA 3TTNA 2YJPA 3ONMA 4IY5A 4OWDA 4E0XA 3T66A 4HCYA 3GXAA 3QUFA 4R75A 4C1TA 2ZNSA 2H99A 4RA1A 4TLLB 2V3UA 3KJ7A 4H5FA 2CMOA 3MZBA 1B46A 2ZYOA 3UA8A 2H98A 4GL0A 1QUJA 3KN7A 2XXQA 2ABHA 1H76A 2HAUA 2XX8A 1MY0A 1QVSA 1MXUA 3SDFA 1N7WA 2PX1A 1B51A 1MPBA 1SD3A 1VR5A 3FGSA 1PB8A 4OENA 1B5HA 2QL3A 2Z23A 1CE2A 2OK2A 4RXLA 1KWHA 1XVXA 3HV1A 5FHNA 2D3IA 2ZMBA 4OQOA 3O2AA 1B3FA 1XT8A 3FXRA 1B5JA 3FASA 1IXGA 2GHBA 4PETA 3A3UA 1BTJA 1EH3A 4OFLA 1B1HA 4KD5A 1LAFE 2Q88A 2F97A 3RPWA 3A3CA 2REJA 4QRZA 1IIWA 1LAXA 5CC2A 4NF8B 3K4UA 2E0SA 1P1UA 3EPEA 4KPTA 3P7IA 3LBSA 4XKRA 4H8IA 4F18A 5A5XB 4H8JA 4LQ2A 2BJJX 4G68C 4RJZA 3KSJA 4IY6A 4R6YA 3N6UA 5H8FB 2Z22A 1A55A 4KYSA 2I3WA 2Y7PA 4OHNA 1J1NA 3OMBA 2YPNA 3UORA 2F34A 3IO4A 4GVOA 3LR1A 1P1QA 2AIXA 2GFEA 1JETA 1N84A 5AA2A 3FUZA 2PVUA 1LCFA 3M8UA 3OO8A 4G4PA 3F11A 3UP9A 4H5GA 2O1LA 1GVCA 1VSOA 2UYFA 1Y3QA 3MVWA 2XX9A 3THIA 3QUJA 3N6TA 1YTVA 4GQOA 3FD3A 4F1UA 4NF5A 1MM6A 4ESWA 1P1WA 5KCJA 1MXXA 3G3GA 4F1YA 1WVJA 4LVQA 1PB9A 5I57A 1ZMGA 1LAGE 2O69A 2FA7A 4U2RA 1FQBA 1B6HA 3TCHA 1HSEA 3WAFA 2XXVA 3FJ7A 3TCGA 5J1DA 1MDP1 1ZKBA 4IO7A 1I69A 1CB6A 3S9LC 1P1OA 4F2QA 3SEWA 5DVIA 2Y84A 1SYHA 1EZ9A 1R1NA 1LCTA 3MBPA 1B3LA 4QFPA 4TOZA 3RN8A 4GFRA 4ZECA 1IQ7A 1PB7A 1YAEA 3V5AA 3RTFB 3DP4A 4YAHX 5B7DA 4NWDA 4QF9A 2DVCA 3FV2A 1MXVA 1O7TA 5ICTA 1IZ1A 1EZPA 1B3GA 2AL5A 3G3KA 3TODA 1URSA 5I56B 2XXHA 4F31B 2HXWA 1USYE 3PGFA 5KZTA 5L9SA 3U8QA 1QUKA 2ESNA 5AA2D 3IOTA 4R73A 1Y3PA 4U1ZA 2P1SA 3UIFA 2QS1A 1QUIA 2I58A 1NL5A 4F3GA 4YMAA 4XKPA 4DXCA 3Q29A 3OENA 1R6ZA 3IORA 1D3KA 5IAIA 1A7LA 3T93B 3W9VA 5I59B 4OESA 3U94A 2O51A 2D5WA 4ONYA 1PBQA 3B6TA 4U23A 4GRKA 3MVXA 5I2KB 3PMXA 3DELB 3TTMA 4M4GA 3TPAA 4X9TA 2I4BA 3E9XA 4ND9A 2V3QA 1P1NA 2QSXA 4NF8A 2Q9TA 1B05A 1A54A 1MXYA 1EZOA 1O63A 1WODA 4LA9A 4FORA 4IO4A 2ONKE 4ZEIA 5A5XA 3SETA 1ZIUA 2F36A 3W15C 3H6WA 3BKIB 4NE4A 1Y20A 5HBCA 3I6VA 3Q27A 3RNNA 1FQAA 3FVKA 5CMBA 4JDFA 2PBWA 4M1VA 3OD7A 3BFTA 5TPAB 3O29A 3CRBA 3G7WA 3MPKA 2RCAA 3T22A 4U1OA 4GXSB 5I2NB 1N3XA 3K2DA 4EXKA 4I9DA 4FE8A 4F3PA 3G3JA 5I58B 3RT8A 1SW1A 2ZYKA 3MZ1A 2DE2A 3AXFA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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