4KPTA

Crystal structure of substrate binding domain 1 (sbd1) of abc transporter glnpq from lactococcus lactis
Total Genus 74
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
74
sequence length
223
structure length
223
Chain Sequence
TVKIASDSSYAPFEFQNGQKKWVGIDVDIMQEVAKINDWKLEMSYPGFDAALQNLKAGQVDGIIAGMTITDERKETFDFSNPYYTSALTIATTKDSKLSDYSDLKGKAVGAKNGTAAQTWLQENQKKYGYTIKTYSDGVHMFAALSSGNIAGAMDEVPVISYAMKQGQDLAMNFPSISLPGGYGFAVMKGKNSTLVDGFNKALAEMKSNGDYDKILKKYGITA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Functional Diversity of Tandem Substrate-Binding Domains in ABC Transporters from Pathogenic Bacteria.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Glutamine ABC transporter permease and substrate binding pro
molecule tags Transport protein
source organism Lactococcus lactis subsp. lactis
total genus 74
structure length 223
sequence length 223
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-05-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00497 SBP_bac_3 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4kptA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4kptA02
1UTHA 4ZDMA 3HPIA 4FECA 1MY2A 1II5A 4KR5A 2Z8FA 1I6BA 3IL1B 3SESA 2OWSA 1TFDA 1H3DA 3UA8A 3UN6A 3MP8A 3K01A 3RGYA 4IGTA 4POWA 3SEXA 4U1ZA 4MF3A 3TTLA 4NF4B 2M8CA 2DQVA 3OO6A 1IXIA 3Q28A 4FE8A 4EXKA 5B7DA 2GHBA 2ZYOA 3LBSA 4AQ4A 3G3GA 2F36A 5H8SA 3GLBA 4JSDA 3MAMA 2HZKA 3TEPA 1URGA 1DPEA 4YAHX 2YJPA 3BKIB 3VLUA 3TCGA 3MPKA 2A5TA 1MXVA 3O6IA 4QF9A 1LAGE 4U4SA 2XXHA 4ZECA 2QS2A 4XKPA 5HPQA 1Q1KA 3OEMA 1A8EA 5I59A 1SW1A 1AL3A 5I56B 2AL4A 5B70A 2AYSA 4LVQA 1B7UA 3O6HA 3IOVA 4GXAA 4H67A 1MXWA 4GD5A 4KFQA 3OD7A 3C9HA 3D4GA 3E3KA 4OETA 3PUVE 3ONMA 4IY5A 4NF8A 3FZVA 4ZE8A 4AB5A 5I2KA 4ECFA 3HO7A 3G3JA 1PB8A 1B0HA 1US5A 4X1BA 2V3UA 3AXFA 4IO3A 2W7YA 2OCUA 2O51A 3CFZA 3N94A 4FORA 5KDTB 3UP9A 1GR2A 4WEDA 1MDP1 4JWOA 4OXVA 1P1UA 4QFPA 3F11A 4F3SA 1VFDA 3GZGA 3G3FA 1HSLA 2X7QA 3OEKA 3RT6B 5A5XA 1B7ZA 1A8FA 1QW0A 5CMCA 2HEUA 3K2DA 1Y4TA 4XTCQ 2H98A 1QVSA 2NUVA 3S9EA 3QAXA 3USDA 3KEIA 5CMBA 3HCQA 1AMFA 1LGBC 3K4UA 3OO7A 4RYAA 1B40A 1CB6A 1B58A 1BIYA 2ANJA 1LB9A 3TELA 3B6WA 2XXXA 5KZTA 3IOUA 4KYSA 3PMVA 4RJZA 1IUDA 4QSEA 3GBAA 1LFIA 3OMBA 2XXIA 1TWYA 3ILUB 2REGA 3FVKA 1FTLA 1MH3A 1B5HA 1A7LA 2IEEA 3V5AA 3CSGA 3FIRA 2GH9A 4DZ1A 2OJTA 1NNFA 3KN3A 1HSJA 3U72A 2XD3A 2Z22A 2ZNTA 3SDFA 3MZBA 2H9BA 1S9TA 1RYXA 4ZEIA 1US4A 2R71A 1MM7A 3I3VA 1N3WA 3H6VA 1UIUA 3KJ7A 4YB7A 2PMSA 3VLWA 4GWOA 4OHNA 1SI1A 1H44A 4RXLA 4NF6B 2V25A 1FCKA 4H65A 1ZBMA 1LFHA 3BFUA 4G68C 3IOTA 1EU8A 3JYRA 5CRYA 2Y7PA 2V84A 2P0SA 5JTYB 5AA3A 4QHQA 4C1UA 2H99A 4NMYA 3SEWA 1IZ1A 4F1UA 1MPDA 2UYFA 4LATA 1N0TA 4JDFA 1NL5A 3O29A 1CE2A 3CFLA 1B52A 1SVXB 3M3KA 2H4IA 4LA9A 1MY0A 3Q29A 5FHOA 2ESNA 2D5WA 1AOVA 3V89B 3ECRA 2B3FA 3MZ9A 3RPWA 2DWAA 4KCCA 3MWBA 4F3BA 1QUKA 5AA2A 5IKBA 2DXYA 4H0WA 3IJOB 1Z7ME 1FTMA 5H8QB 2R9JA 1Y3PA 4DXBA 5I2NB 4QFOA 1AIVA 1I69A 2NOOA 2WKYA 3G3HA 4IB2A 1B05A 3K1PA 4PFWA 1GTKA 3LSFB 3PMWA 4F22A 1OIBA 3U92A 3PUZE 4PFUA 1O64A 3RY3A 4R2BA 1A40A 4IO5A 1FQFA 4IO7A 1Y1MA 1EZ9A 4M1VA 2QRYA 4R9GA 5HM4B 5EHMA 4NF6A 3IJXB 4DXCA 5HBCA 3M3LA 1B9JA 1POTA 2ONSA 4XIGQ 3O9PA 4EUOA 3O28A 4JBZA 3D4CA 4FEBA 3TTNA 2G93A 3QSLA 4NWDA 3CI8A 5JTYA 2PT1A 1MQHA 1H76A 2QSXA 1FTOA 3OSQA 2UVGA 1USYH 1MQJA 4BDNA 4KPTA 3MC2A 2XX7A 1L5TA 3T9UA 4ZEBA 1BKAA 2CMOA 2O68A 2DVZA 3T93B 1B3HA 4BDOA 3MVZA 4GL8A 1MH4A 2OBGA 5H8NB 3CRBA 1P1NA 1GVCA 1USYE 4IY6A 1IXGA 1OVBA 3OELA 4DE8A 5DVIA 1AH5A 1A99A 2UYEA 2DP8A 3M3FA 4YB5A 1B5IA 5H8QA 4U23A 5I2NA 3R6UA 3FJ7A 1NFTA 4G8NA 2ZNSA 4QFLA 1B1HA 3T22A 2QS1A 2ZYKA 3G3KA 2XX8A 2V3TA 4ZEKA 1YCJA 4F39A 4KHZE 3VXCA 2VD3A 1NH8A 4F18A 2PYYA 5DTBA 4ZEFA 4FIMA 5I58A 2VHAA 3FXQA 1QUJA 2G29A 3PU5A 3FUZA 3SEUA 2E0SA 4F31B 4R74A 1P99A 3RLFE 4H5GA 3C32A 1R9QA 4LP2B 3DLNA 3S2VA 3I5OA 3I6VA 1FQCA 3VE1B 3UGWA 2Y7RA 3BFTA 1JQFA 3Q26A 1FQEA 3EQ1A 3B7DA 4OVJA 2FA7A 5FTHA 2ALUA 4YMBA 2A5SA 4XKNA 3DELB 1JNFA 2O7UA 5H8FB 1JEUA 1IXHA 5DYHA 3VFJA 3DP6A 4DDDA 5H8NA 2VOZA 4GXSB 1NH7A 3W15C 4EQBA 2REJA 2VP1A 1SW2A 1QJMA 4Q5TA 3MZ1A 3TKDA 4GIZA 4G68B 3MQ9A 5KCJB 4MH5A 1B3LA 3EN3A 3LR1A 1MM6A 1N76A 4OMBA 4LQ2A 3KFMA 5JK4A 5FTIA 4OERA 5AA4B 3K0VA 4TLLB 2PX1A 4F1YA 1B6HA 3GXAA 5F1QA 3TTRA 1DMBA 2Y7IA 1ZTYA 3VV5A 1Y3QA 4EXLA 3U94A 3T9HB 2D3IA 1DOTA 4QSCA 1H45A 1QKAA 4WEPA 3IO4A 4LUBA 4HW8A 1JW1A 5J1DA 4C1TA 2F7AA 1MXZA 5DVFA 3C35A 1MXUA 4FJPA 5ISUA 4F2QA 2DWJA 2DXRA 4G77A 4RPNA 4G8HA 3N5LA 4U4XA 1M5BA 3UK4A 4ZE9A 1MRPA 1O7TA 4HTGA 4LZ5A 1GGGA 2IA4A 3HHGA 3WAEA 5LOMA 4DCYA 3PV0E 3KN8A 3K6WA 2KLFA 5I57B 3E4RA 1PB7A 4N13A 1ZLQA 2BJJX 4NF4A 2VGQA 4O3CA 5H8FA 3IB2A 1B3EA 4YMAA 1FTJA 3FJMA 3H3GA 3OO9A 5DEXB 1H43A 4JWXA 2F5XA 2F97A 1B7HA 4JXIA 2I4BA 4M4GA 4LONB 3PUWE 4G68A 1B0LA 1R9LA 2PT2A 3SERA 3TCHA 5ITOA 4RK9A 4GFRA 3RTFB 5CM6A 1UTBB 4ESXA 5AA4A 1LSTA 3IO6A 4E0WA 4OENA 1Y1ZA 2QJEA 4GL0A 5L8DA 5TPAB 2Y7KA 1IQ7A 2GRVA 5I56A 4NF5B 1MG1A 5H8HB 1PC3A 1N84A 1QUIA 4YKIA 2FNCA 2THIA 3THIA 3PPPA 3CG3A 4H6DA 4KYDA 1XT8A 4HCYA 2XXUA 3K1MA 4TLMB 1SYHA 1YAEA 3JV9A 3KSXA 3CR9A 1LAHE 1LFGA 3FV1A 2XXRA 4PE5B 3EHSA 3RUMA 1FQBA 2HXWA 4WKMA 1I6AA 4X9TA 3PPRA 1ANFA 4K3FA 2RINA 3IORA 1NNPA 3OSRA 5I57A 4R2FA 3DP4A 1MQIA 2VD2A 1VR5A 4U21A 5KDTA 1LBCA 4ELQA 2B65A 1B32A 1O63A 5L9OA 1ZMGA 1BP5A 4KI0E 3O66A 2I58A 3FXUA 4R6KA 2ABHA 3TCFA 3PUYE 3DM0A 4PFYA 3KSJA 3S9MC 3KN7A 4PQJA 4G2ZA 2O1LA 3TZAA 1Y3NA 5TU0A 5CBSA 4QRZA 1LCFA 2DS9A 4F3GA 3TPAA 2P1SA 3MP6A 4IO4A 2DWHA 1T0KA 3FVNA 3RNNA 3T9XB 4Z7EA 3C31A 3W9VA 4F29A 3SKPA 3H6WA 5L9MA 2F6GA 5M2VA 1N3XA 5TPAA 1JW5A 2F7BA 4NF5A 3U8QA 3OXNA 1P1OA 5H8HA 1B46A 4LZ8A 3MPLA 1XVYA 1QULA 3M8UA 1LB8A 1IIWA 5CC2A 4O3AA 3OENA 2R6GE 3VLVA 3RQTA 4ZEDA 1A55A 4BDLA 5AA1A 3R26A 4N6PA 4FEDA 2HAVA 2XHDA 3V8XB 2OLBA 4TOZA 4P11A 1M5FA 1MQDA 4ELRA 2F78A 2Z8DA 1JW4A 2Z23A 1EZPA 1LAXA 4PFTA 2XXWA 5F7VA 1N7WA 1WODA 2Q89A 2F8DA 2O69A 4KYEA 2HQ0A 3K6UA 3G3IA 2X7PA 1F9BA 1JETA 2DE2A 3Q25A 1MS7A 3S9NC 2GFEA 3TQWA 3BBRA 5FHNA 3V83A 3EHUA 4XKQA 4YKPA 2Q9TA 4F1VA 1SYIA 2OZZA 1J1NA 3KG2A 1WDNA 3FVGA 4EQ9A 3TODA 3PPQA 3EPEA 1LAFE 4YKKA 4AB6A 3VVFA 1LBBA 2ONRA 1D4NA 4OESA 2RKMA 1SQYA 3KOSA 5DVJA 3Q27A 2P2AA 4POXA 1ZU0A 2X26A 3G7WA 1URDA 1Y9UA 4ONYA 2F35A 4I9DA 4OFOA 1YPNA 4X48A 3C33A 1RYOA 1UQWA 2I3WA 2ZYMA 3RTWB 2QS3A 1Q35A 3K1NA 4ND9A 2UVJA 3H4ZA 3KOTA 2GHAA 4JWYA 4I62A 1OLAA 5CMMA 3MBPA 3MJNA 4BDQA 1OVTA 3QYTA 4R6HA 4LZ7A 3O97A 4OEVA 3K02A 1URSA 4QFKA 2HFBA 3RT8A 1MPBA 3P7IA 1OQGA 2AL5A 2ZXTA 3N6UA 1VSOA 3PGFA 2Q2CA 1MY3A 1ATGA 4NWCA 2OK2A 2UVIA 3SETA 2DE4A 4HS7A 1B1XA 4H8IA 1DSNA 3JZJA 4NF8B 4PP0A 5I2KB 1FQDA 1SW4A 3CIJA 1DTGA 2XX9A 5BUUA 3LSXA 1XHYA 1ZJLA 2PBWA 1ELJA 1MDQA 1JVXA 5IAIA 4WXJA 2QMWA 4P0IA 2UVHA 2NXOA 1M5EA 3TUSA 5CI5A 3UIFA 4GF8A 4JB7A 3MW0A 3U93A 4XXUA 4U2RA 2V3QA 1SD3A 1XS5A 5A5XB 2XXQA 3OOAA 2QS4A 2RCBA 4F2OA 2H25A 1SW5A 2Q8JA 4R72A 4QFNA 3ILTB 3LC8A 4MFIA 4RY1A 3L6HA 1BLFA 1XOCA 3FV2A 3IX1A 4Q0CA 1R1NA 2ZNUA 5BWJA 1VFEA 1XC1A 3VVDA 2LAOA 3LUYA 3FXRA 3PD9A 5ELVA 3FVOA 4G8MA 4GVOA 2XXPA 2HAUA 4Q8RA 4OTEA 3U1OA 1FTKA 3ZKLA 3CSBA 3SEYA 3FATA 3C4MA 3H7MA 1XVXA 4PETA 3MVXA 1MXXA 1B3GA 1WVJA 1MPCA 4NTLA 4IO6A 4O3BA 3CFXA 4EQ7A 1SI0A 2YLNA 2B3BA 1MXYA 3N6TA 1A54A 1Z7NE 3E9XA 2QPQA 4GLIA 1P1QA 3VDFA 3TYHA 2I0CA 1NKXA 1D9VA 3H03A 3K6VA 2O7IA 4RK2A 1B2HA 3EF7A 4IGRA 4OFLA 4EF1A 1B4HA 3VVEA 2DE3A 4LQ5A 5KCJA 2RC9A 3HN0A 3VXBA 4YKJA 2HZLA 4YU0A 1HSEA 3TAJA 3T96B 2V93A 4QSDA 3K6XA 2O6AA 1N7XA 4BDRA 5CBRA 1MY4A 4H8JA 3RN8A 5EHSA 3E13X 2XXYA 2DSFA 4P0GA 4UACA 4GOTA 4I1DA 5FHMA 2PVUA 4F3PA 3KJTA 4GRKA 3IR1A 3TTKA 4RPOA 4KCDA 5AA2B 2CZLA 1PEBA 5K2YA 1D9YA 3KZGA 1DTZA 4YICA 4RNSA 5CMKA 1GV8A 1IEJA 4OYVA 3HSTA 2RCAA 3FGSA 3HHFA 3TFLA 4NEDA 3IAZA 3O2AA 4DXUA 3DP8A 3ZS6A 2YPNA 4H5FA 3A09A 4C0RA 2ZMBA 4DCXA 1MY1A 3QK6A 2E1SA 5AE4A 3HV1A 3FD3A 4G4PA 4R6YA 4IO2A 4RA1A 4H1XA 2NVUB 2I49A 4KQPA 2ONKE 2I4CA 1OMPA 5ICQA 3C34A 3TMGA 3LSWA 3WAFA 2DOJA 4DIGA 1ZIUA 3CG1A 4I8CA 2UXAA 1N04A 1EZOA 2I0BA 5DEXA 4R9FA 2OWTA 3IB0A 3N26A 2Y84A 2DYXA 1NMUA 4R73A 3SEVA 1D3KA 1DPPA 5ITPA 4ZS9A 2RC8A 1UTBA 2I48A 1MQGA 3FJGA 1NNKA 4BDMA 4X1DA 3PPOA 2Y7WA 1PBPA 2QMXA 3ODBA 4BLAA 4L17A 3W9WA 3H6TA 4ELPA 3LSLA 3C36A 3FASA 5AA2D 1SBPA 4U22A 1FW0A 3PPNA 4DLDA 2H5YA 1R6ZA 1B5JA 3TQLA 4OWDA 1JVYA 2F6PA 2NWJA 1POY1 5L9SA 5JEIA 4ESWA 4Q30B 2XD2A 3QXMA 1LCTA 4ZZEA 3O6GA 5EYFA 3S9LC 4ISUA 2F34A 1VE4A 5K2XA 4MBPA 3T9VA 4NE4A 4GQOA 3H6UA 2Q2AA 5I84A 1LLSA 5ICTA 5DT6A 1BTJA 2HCAA 3A3CA 2XXVA 1TXFA 2XXTA 1PB9A 3QIMA 1ZKBA 4THIA 5I58B 2DWIA 3GBBA 3PD8A 3EHTA 1QKBA 3QUJA 5TP9B 1UTHB 1UIVA 4OZ9A 3A3UA 1S50A 2O84X 1P1WA 1JEVA 1M5CA 2FYIA 4F19A 1EH3A 2Q88A 1M5DA 2DVCA 3ZSFA 3PMXA 1FQAA 4FAJA 3MVWA 3UORA 4E0XA 3MUQA 1B4ZA 3S4UA 3QUFA 4JSOA 2RF1A 4OEUA 2ZYNA 1RKMA 1OQHA 1Y4CA 3PUXE 1B51A 4OQOA 4MLQA 1TFAA 4XKRA 3TTMA 2A5TB 4HCWA 3T66A 2AIXA 4ZZAA 2I6EA 2O1MA 1YTVA 3R7XA 3IB1A 1KWHA 1TT1A 1I6QA 3K00A 4Z0IA 1OLCA 4OFJA 4N07A 1PDAA 3KBRA 5I59B 3CVGA 4R75A 3ZKKA 3H06B 3L6GA 1IITA 3B6TA 1PBQA 3MVYA 4YB6A 2Z8EA 4EDPA 4U1OA 3B6QA 1SDXA 4UA8A 1IXCA 1Y20A 3IOWA 4FATA 1NNTA 2I3VA 2F7CA 2RC7A 4MLVA 2D21A 4EF2A 1B3FA 3MP1A 4YZZA 3IK6B 1S7YA 3TDJA 2QL3A 4KD5A 3KGCA 3OO8A 4TQUQ 5TP9A 4ELOA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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