4KPTA

Crystal structure of substrate binding domain 1 (sbd1) of abc transporter glnpq from lactococcus lactis
Total Genus 74
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
74
sequence length
223
structure length
223
Chain Sequence
TVKIASDSSYAPFEFQNGQKKWVGIDVDIMQEVAKINDWKLEMSYPGFDAALQNLKAGQVDGIIAGMTITDERKETFDFSNPYYTSALTIATTKDSKLSDYSDLKGKAVGAKNGTAAQTWLQENQKKYGYTIKTYSDGVHMFAALSSGNIAGAMDEVPVISYAMKQGQDLAMNFPSISLPGGYGFAVMKGKNSTLVDGFNKALAEMKSNGDYDKILKKYGITA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transport protein
source organism Lactococcus lactis subsp. lactis
publication title Functional Diversity of Tandem Substrate-Binding Domains in ABC Transporters from Pathogenic Bacteria.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Glutamine ABC transporter permease and substrate binding pro
total genus 74
structure length 223
sequence length 223
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-05-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00497 SBP_bac_3 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4kptA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4kptA02
4GL0A 3C34A 3CSGA 3OOAA 3RN8A 1GV8A 4FIMA 5JEIA 4NWDA 2OLBA 3WAFA 1SVXB 1ZU0A 3KZGA 4YMBA 2F6PA 1UTHA 4YB6A 3VVFA 4G8HA 1RYXA 1Y1ZA 1TWYA 3KBRA 1BKAA 1SQYA 5TP9B 2ZNSA 4G2ZA 5I58B 4DDDA 1B05A 2O51A 3D4GA 1XHYA 2LAOA 3P7IA 2D21A 1FTLA 3KN8A 3MVZA 4QF9A 3SEVA 3K6VA 3UORA 2DYXA 3PPPA 3CFXA 4P11A 2DWJA 4Z0IA 4ZEIA 3UIFA 4F22A 2DP8A 3N94A 4JB7A 3FJGA 1EZOA 2HCAA 2O69A 2PYYA 4YAHX 4R6KA 4XKNA 2I48A 3S2VA 3CIJA 5L9MA 2F8DA 3PUYE 4HTGA 3MBPA 3Q28A 1UTHB 4NF5A 5I84A 3O9PA 1M5DA 1B5HA 3TTLA 3M8UA 3BKIB 5K2YA 4F1VA 2XXRA 5DVFA 3ZKLA 3CG3A 1A40A 4E0WA 3ILTB 3O6HA 1GVCA 3H6WA 3OEKA 3ILUB 3B6WA 4OESA 2X7QA 2Y7KA 1VSOA 1US5A 2Y7IA 2D3IA 3N5LA 1GTKA 1FCKA 4X1DA 2PX1A 1P1WA 5H8SA 2DE4A 3U72A 3TMGA 1Y4TA 4ISUA 1BP5A 4OXVA 3O6IA 1Q1KA 4OMBA 3FVNA 3EN3A 2WKYA 2X26A 4C1TA 4I62A 2V25A 2G29A 4IO6A 1JNFA 1URGA 2QS4A 3MZBA 4NF5B 1URDA 3T66A 3K6WA 1ANFA 5BUUA 3IJXB 3H6UA 3B6QA 1P1UA 2BJJX 2VP1A 2Q2AA 1YCJA 5B7DA 5AA3A 4P0IA 3FXUA 3UN6A 4EQBA 5ITPA 4NF4B 1KWHA 3KN3A 3QUJA 3TYHA 4PFWA 4EQ9A 2RINA 1A7LA 1A8EA 5L9SA 1D4NA 1OVTA 4NF8B 4R6YA 4QSDA 3CG1A 4U21A 4O3CA 1LFGA 3V83A 2UVJA 2THIA 4GL8A 1PB7A 3O97A 1ZBMA 4GRKA 1Y9UA 1EH3A 4N07A 3S9EA 4YKJA 5ELVA 3T93B 3CFZA 1JEUA 2F34A 3RTFB 1XOCA 4GQOA 2F35A 5DTBA 2UVIA 4U4SA 3M3FA 1IXCA 1QKBA 4R6HA 3U93A 4ELRA 1II5A 4QFNA 2QRYA 2RC9A 5CC2A 2UYEA 5EYFA 1FW0A 4OFOA 1SI1A 4GOTA 1ZJLA 3MWBA 4OFJA 4DXUA 3FVGA 5TU0A 3OELA 4KR5A 4R9GA 3FV1A 1GGGA 4N6PA 3H4ZA 5I56A 4G8MA 2V3QA 1AH5A 1MXWA 1NH7A 3B7DA 4Q8RA 4OEVA 1OMPA 3O2AA 2Q89A 5AA4A 3TELA 1N7XA 3C4MA 4N13A 3MPKA 1MG1A 3D4CA 4IB2A 1IXHA 2HFBA 1IEJA 5CMBA 3TCHA 2D5WA 5DT6A 2VOZA 3N6TA 3OXNA 1MXYA 3MVWA 4GD5A 4NMYA 1URSA 1MPDA 2UVGA 3GLBA 4XIGQ 3IOUA 2O68A 3LSXA 4F39A 2Q2CA 2HEUA 3O29A 2Y7PA 2H9BA 3THIA 3VLVA 5HBCA 2ZMBA 1LFHA 4DIGA 2DVZA 2RCBA 4LZ8A 1HSLA 2QS2A 4R73A 3I3VA 5JTYA 5CI5A 3VE1B 5I56B 3RGYA 4K3FA 4G68B 4U1ZA 1POTA 1PBPA 4F3GA 1DTZA 1DTGA 1M5FA 3DP4A 3IOWA 1OQGA 4XKPA 3FJ7A 2Y7RA 2DVCA 2OCUA 3IORA 1A55A 3TFLA 5JK4A 5H8FA 4ZE9A 4YZZA 4KCDA 3EHTA 3PGFA 1POY1 3OENA 2I0CA 1NKXA 3SETA 1MXUA 4EF1A 1NFTA 3LSWA 4ONYA 2Q88A 3SEYA 1N04A 1A8FA 1OLCA 3H6VA 3KSXA 3BBRA 1MM7A 3KOTA 2FYIA 3TZAA 2QS3A 5JTYB 3RPWA 5CBSA 5DVIA 1SBPA 3SKPA 4R74A 2KLFA 1XVYA 3ECRA 3RNNA 3PPOA 2Z8EA 3T96B 3E13X 3C33A 1QW0A 1B3FA 4YKPA 3G3GA 1QUJA 2RC7A 4Q0CA 3FV2A 4AB5A 3MP8A 5IKBA 1LAHE 1PB8A 4IO2A 1IQ7A 4H8IA 4ZECA 3CRBA 4QHQA 4AQ4A 4F2OA 4POWA 4PFYA 1MXXA 4Q30B 1IITA 4NTLA 1MDQA 2P0SA 4LP2B 1GR2A 3BFUA 2HAVA 3UP9A 4IGRA 3IOVA 3U8QA 1B3LA 3MQ9A 1MM6A 1B51A 1B5IA 2P1SA 3G3IA 1MQJA 2HZLA 4LQ2A 4QFKA 1Z7NE 4BDLA 5H8HA 1J1NA 3M3LA 4ELQA 1HSEA 1MQIA 4LZ7A 5CMMA 1JQFA 1P1OA 4JWYA 4M1VA 3PPNA 3U92A 4NE4A 4OTEA 3SEUA 2NWJA 1FQCA 3PPRA 2AIXA 3TUSA 1XS5A 4EF2A 1IUDA 1B7HA 5I57B 3MC2A 2O7IA 1MPCA 2R6GE 4HCYA 2ALUA 1MPBA 1NL5A 1B3HA 4OERA 4BDNA 4RXLA 1VFEA 5FTHA 3TODA 1B1XA 1JEVA 5I59A 4L17A 2DXRA 3K1MA 4O3AA 4OWDA 1NNTA 4DXBA 2ZNTA 2VD3A 2Q8JA 2XXQA 3UGWA 3H7MA 4ZEFA 2QPQA 4DE8A 3U1OA 4RY1A 4KFQA 2F7BA 2REJA 1B32A 2V3TA 2I0BA 4YMAA 3IO4A 4R2BA 1IXIA 5H8HB 5H8NA 3K02A 2B3FA 3SDFA 2PT2A 3R26A 3BFTA 2Z22A 2HXWA 4LATA 2UVHA 3QSLA 3IAZA 2O6AA 2I3VA 1MY0A 4PQJA 5BWJA 3S9NC 3KOSA 3KN7A 2F36A 3DP8A 1B3GA 2E1SA 1S50A 1AOVA 3FZVA 1IZ1A 2XX9A 1Y3PA 2M8CA 5I59B 1UIUA 4Z7EA 2H99A 4MLVA 1SD3A 5AA2A 1NNPA 1B4ZA 3VFJA 3GBAA 3OSQA 3E3KA 2AYSA 2V3UA 3IB0A 4F1UA 5A5XA 5H8NB 1P99A 2NVUB 2IEEA 3T9UA 2XHDA 4LONB 3USDA 2R9JA 1H3DA 2XXVA 5FHOA 2XXUA 4U4XA 3K0VA 4GVOA 3C36A 5CBRA 2H4IA 4XTCQ 3V89B 2OWTA 3WAEA 3T9VA 4EUOA 3RY3A 3G7WA 3HSTA 4KHZE 4KYDA 5I2NA 1H45A 1VFDA 3LR1A 5FHNA 2PT1A 3EHSA 3C31A 1XVXA 4ZEDA 2Z8DA 3PU5A 3MW0A 4X9TA 5AA2B 3ONMA 4RPNA 2PMSA 4KD5A 1LLSA 4EQ7A 4ZE8A 4H0WA 4BDRA 4XKRA 5A5XB 1EZPA 1B1HA 3ZKKA 3OO6A 4DCYA 1Q35A 3HHFA 2I3WA 1PDAA 5LOMA 4HS7A 3PMVA 2DQVA 4GWOA 2G93A 4FORA 3G3JA 3EF7A 3SEXA 4OENA 2ONKE 3CSBA 4Q5TA 3W9WA 1B0HA 1SW4A 3TKDA 4KPTA 1SDXA 1H43A 4BLAA 1OVBA 2ZYMA 5I2NB 4WEPA 3ZS6A 3RT8A 4JDFA 1S7YA 4GXSB 1F9BA 3R7XA 1IIWA 1FTJA 3A3UA 2H25A 2REGA 3JV9A 3MZ1A 1LAGE 3TTRA 1VE4A 4I9DA 3MJNA 1M5BA 1YTVA 3M3KA 2O1MA 4LA9A 3K00A 1R9LA 1Y20A 1B58A 2PVUA 1B9JA 1SW2A 2YPNA 4YICA 3CR9A 3LSFB 4PETA 4G8NA 1ELJA 3RUMA 5KZTA 4RK9A 5H8QA 4F19A 1SYIA 1MS7A 3S9MC 4FECA 3PUZE 2XXYA 1I6BA 3VDFA 3LC8A 4ELPA 4FATA 2O84X 3HV1A 1H44A 4YKKA 3HCQA 3CVGA 2I49A 2ZYNA 1Y1MA 2W7YA 1AL3A 3MP6A 4X48A 4ZEKA 1YPNA 2VGQA 4JWOA 1LB9A 1TXFA 5L9OA 2DSFA 4QFOA 5AA2D 1LFIA 4RYAA 3E4RA 4XKQA 4IO4A 4ZDMA 5H8QB 4YB5A 1N3WA 1MDP1 4H1XA 1UQWA 2DXYA 3QK6A 5F7VA 3PPQA 4C0RA 1FQEA 3TTKA 3CFLA 1JETA 1JW5A 4OETA 4DLDA 5AA4B 1OIBA 1B4HA 4OHNA 3V8XB 3ZSFA 4EXKA 4ZZEA 3GXAA 5DVJA 4F29A 1JW1A 4RK2A 1O7TA 4H67A 4I8CA 1AMFA 5TPAA 4GIZA 1US4A 1I69A 4PP0A 3PUVE 3N26A 1B2HA 1FQAA 1Y3NA 1R6ZA 3RLFE 3DP6A 4IO5A 3MUQA 4F3PA 3K01A 3K4UA 2DE2A 1LBCA 2HAUA 2CMOA 2XXTA 1ZLQA 2VHAA 3V5AA 2XXHA 2IA4A 2OJTA 4NWCA 2QS1A 3FVKA 4LVQA 2CZLA 3G3HA 5H8FB 3FD3A 1PBQA 4JXIA 1TFAA 1LAXA 3FXRA 2ONSA 1OQHA 1ZTYA 3CI8A 1O64A 1H76A 5DYHA 2R71A 3VVEA 4RPOA 5DEXA 3VLUA 3W15C 3K6XA 3KGCA 4F2QA 3K6UA 1T0KA 3C35A 4LZ5A 4FAJA 1MY3A 4TLMB 1FTKA 4FJPA 4DZ1A 4UACA 4DCXA 2UYFA 3IL1B 1FQBA 4YB7A 3KJTA 3Q25A 1NH8A 5F1QA 4IY6A 4ZS9A 4ECFA 2YJPA 4POXA 1FTMA 3Q26A 1DMBA 2B3BA 4OFLA 4WXJA 3UK4A 3PUXE 5HM4B 2XX8A 1WODA 3FJMA 3QUFA 3EPEA 2QSXA 3OEMA 2ESNA 4KYEA 5DEXB 3RQTA 3IO6A 3VLWA 1MQHA 5KCJA 2DWIA 1PEBA 3MP1A 3FGSA 4F3SA 5KDTA 2I4CA 3IX1A 1FQFA 3DELB 3TQLA 1D9VA 3KG2A 1JW4A 3GZGA 2RKMA 4IGTA 2XXPA 2Y7WA 3TTMA 1UIVA 1CB6A 1USYE 4OVJA 2XX7A 1R9QA 1B46A 2ABHA 2A5SA 1N0TA 3VVDA 3S9LC 4PFUA 4MF3A 4HW8A 4EXLA 1B3EA 4U22A 1IXGA 2I4BA 3QYTA 3FATA 3Q29A 1PB9A 3VXCA 3W9VA 4RNSA 1FQDA 2ONRA 3FVOA 1DSNA 1PC3A 1WDNA 4NEDA 3OO9A 4OYVA 4EDPA 4FEBA 5KCJB 2QMWA 1QUKA 5KDTB 1B7UA 4JWXA 3FASA 4KQPA 3LBSA 3SESA 2F6GA 3OMBA 5EHMA 4JSOA 4UA8A 1LCFA 3IB1A 1QJMA 4BDOA 2Z23A 4IY5A 4H6DA 4MLQA 5CMCA 5IAIA 1LCTA 4ELOA 5CM6A 2FA7A 1B7ZA 3TPAA 4BDMA 5L8DA 2AL4A 1WVJA 3QIMA 3TCFA 4NF4A 1QUIA 4H5GA 2XD3A 1SW1A 1I6AA 3TEPA 2GRVA 2I58A 4NF8A 4RJZA 3FXQA 1ZMGA 5AA1A 1D9YA 1LSTA 4P0GA 5CMKA 5HPQA 3PD9A 1MXVA 1I6QA 2UXAA 3EQ1A 2GHAA 3PMXA 5FHMA 4U2RA 4C1UA 3Q27A 1TFDA 4ESXA 3G3KA 1SI0A 2DWHA 4R72A 1AIVA 2V93A 3TDJA 4XXUA 1MQGA 2O1LA 2YLNA 4TQUQ 3HHGA 3KEIA 3OSRA 3OO8A 4GFRA 4HCWA 4E0XA 4ND9A 3A3CA 2ZXTA 3H06B 3PUWE 1LB8A 3IK6B 4X1BA 3K1NA 3FIRA 2VD2A 3L6HA 4OEUA 2OWSA 3B6TA 2XD2A 2ZYKA 2A5TA 1Z7ME 1MY4A 4TOZA 1ZKBA 1N7WA 3L6GA 4OQOA 2Q9TA 2XXWA 3IB2A 2F78A 2HQ0A 3MVYA 2QMXA 1MH4A 4RA1A 2B65A 1USYH 1MRPA 4R75A 2NXOA 3O66A 3R6UA 2NUVA 2GH9A 3K2DA 1RKMA 2OBGA 3FUZA 5I2KA 1VR5A 3RTWB 3QAXA 1SYHA 4H8JA 1BTJA 4F3BA 3OO7A 1HSJA 4H5FA 2O7UA 2ANJA 1JVYA 1P1NA 4MH5A 5ISUA 3LSLA 1D3KA 3TAJA 1MXZA 4QSEA 2A5TB 3TCGA 4WKMA 4ESWA 2F97A 4U23A 4H65A 3PD8A 4I1DA 2RC8A 1A99A 2F5XA 4G68A 4F31B 2DE3A 1N3XA 3DM0A 3H3GA 1MQDA 1ZIUA 3PMWA 4FE8A 2Z8FA 5ITOA 4QRZA 1O63A 5CRYA 3KSJA 4NF6A 3E9XA 3T9HB 3AXFA 3I5OA 2V84A 2QL3A 4F1YA 4MFIA 3ODBA 1SW5A 3SERA 1P1QA 5I2KB 3UA8A 4AB6A 1UTBA 4U1OA 2H5YA 5B70A 4JBZA 1JVXA 3MAMA 3MVXA 5ICQA 3TQWA 3VV5A 3IR1A 1B52A 1XC1A 2PBWA 5FTIA 2P2AA 2XXIA 3EHUA 4WEDA 4IO7A 1Y4CA 3QXMA 2DWAA 1RYOA 3O6GA 4R2FA 1XT8A 1QULA 5ICTA 2X7PA 1B6HA 3PV0E 4G77A 3MZ9A 4QFLA 4G4PA 5AE4A 1ATGA 3T9XB 3VXBA 5J1DA 2HZKA 2GFEA 2H98A 3T22A 4YU0A 2F7CA 1DPPA 5K2XA 3S4UA 3HPIA 1LBBA 4NF6B 3KFMA 2DS9A 3HN0A 1NNFA 2RF1A 3N6UA 3LUYA 2RCAA 4PFTA 1LGBC 4JSDA 2GHBA 3A09A 1DPEA 3TTNA 1MH3A 1UTBB 3U94A 2Y84A 2AL5A 4THIA 2FNCA 3H6TA 4OZ9A 4MBPA 4QSCA 2NOOA 4ZZAA 3H03A 4TLLB 4O3BA 1B5JA 4BDQA 1NNKA 5EHSA 1M5CA 1YAEA 2DOJA 3C9HA 3JZJA 3G3FA 1OLAA 4GF8A 3SEWA 1N76A 4R9FA 5TPAB 4GLIA 4KI0E 2F7AA 1TT1A 1QVSA 5I57A 4LUBA 4GXAA 3F11A 5M2VA 1L5TA 1MY2A 4QFPA 4YKIA 1FTOA 1NMUA 1BLFA 4LQ5A 3IOTA 1Y3QA 3IJOB 3O28A 3DLNA 3K1PA 3JYRA 4F18A 2OK2A 1DOTA 1M5EA 3OD7A 3C32A 1MY1A 1CE2A 4IO3A 2E0SA 4FEDA 1LAFE 1QKAA 5TP9A 1A54A 4M4GA 1B40A 1EU8A 4KYSA 3RT6B 5I58A 1R1NA 4G68C 1BIYA 4PE5B 3GBBA 4ZEBA 2XXXA 2I6EA 1EZ9A 1N84A 2OZZA 3I6VA 4KCCA 3KJ7A 3MPLA 1S9TA 4DXCA 2ZYOA 2ZNUA 1B0LA 3HO7A 2QJEA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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