4KQPA

Crystal structure of lactococcus lactis glnp substrate binding domain 2 (sbd2) in complex with glutamine at 0.95 a resolution
Total Genus 79
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
79
sequence length
230
structure length
230
Chain Sequence
ATPKKDVYTIASDNSFAPFEFQNDDKQFTGIDVDLLNAIAKNQGFKLKWNFIGFQAAVDSVQSGHADGMMSGMSITDARKQVFDYGSPYYSSNLTIATSSTDDSIKSWKDLKGKTLGAKNGTASFDYLNAHAKEYGYTVKTFTDATTMYSSLNNGSINALMDDEPVIKYAIKQGQKFATPIKPIPDGQYGFAVKKGSNPELIEMFNNGLANLRANGEYDKIIDKYLESDA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Transport protein
source organism Lactococcus lactis subsp. lactis
publication title Functional Diversity of Tandem Substrate-Binding Domains in ABC Transporters from Pathogenic Bacteria.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Glutamine ABC transporter permease and substrate binding pro
total genus 79
structure length 230
sequence length 230
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-05-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00497 SBP_bac_3 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4kqpA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4kqpA02
3KGCA 2RINA 3KEIA 1B3HA 3O6IA 1B4ZA 4H0WA 3OMBA 2O68A 3C36A 3CIJA 2REJA 4R2FA 4YMBA 3LSXA 4KQPA 3B6TA 3KZGA 1QULA 3R6UA 4H5FA 3KJTA 2ZNSA 1B3GA 1S50A 4H5GA 1DMBA 1H76A 2G93A 1B1XA 4G8NA 4Q5TA 1RKMA 4Z7EA 3CSGA 3V5AA 4XKQA 1PBPA 4DLDA 1ZTYA 4R6KA 5CC2A 4N6PA 4F3BA 1ELJA 2UVIA 3KN7A 4X9TA 2P0SA 4IO3A 2Z8EA 2ANJA 3FZVA 3KOTA 1IXGA 1UTBA 4R6HA 2ONKE 2ZYKA 3ECRA 4I8CA 5KCJA 1RYXA 5EHMA 4L17A 1IITA 3CFZA 2F8DA 4BDOA 4DCXA 5H8FB 1MQHA 3HCQA 4ND9A 3HV1A 5DVFA 3G3FA 3Q29A 3CI8A 5L9OA 4GL8A 4C0RA 1SBPA 3KJ7A 4NF4A 3OELA 3RQTA 2XX9A 3VLVA 2PYYA 3I5OA 1ATGA 5I2KB 1P1WA 4LQ2A 1N04A 3S9LC 3MQ9A 2I4CA 3K01A 2R71A 1Y4CA 1Y3PA 4FEBA 2I0BA 1UTHA 4H6DA 4BDNA 3K6XA 3N6UA 1DPPA 1B1HA 4NF6A 3IORA 5ITPA 1MH3A 2F5XA 5H8HA 4IY6A 2CMOA 2H5YA 3VXBA 4P0GA 3MZ1A 1VE4A 1N84A 1GTKA 4ZEBA 1FQBA 1JW1A 1NH8A 1R9LA 2OK2A 2X7PA 3U8QA 4DXCA 4ZDMA 3PV0E 3IOWA 4EXKA 4RNSA 1MXYA 5DYHA 2NVUB 3THIA 1BKAA 4NF5A 4N07A 3H06B 4LP2B 4U1ZA 4TQUQ 3TTNA 3T66A 3QYTA 4H8IA 1Z7NE 2ZMBA 1A8FA 3E13X 5CBRA 1MQIA 2DYXA 1KWHA 4IO6A 3W9WA 3C9HA 1IUDA 1M5FA 4I1DA 3K6WA 3SEWA 2XXWA 2V3QA 5J1DA 4BLAA 3MPLA 4R73A 5H8NB 5I2NA 2E1SA 3M8UA 2OZZA 4ELQA 2Y7IA 1FTJA 3C34A 5I59B 3H6UA 2XXHA 4PE5B 2HZLA 1O7TA 4ONYA 1MXWA 2P2AA 2VHAA 5DT6A 3ODBA 4QFNA 1AH5A 1Y4TA 1BLFA 3A3CA 3OD7A 3SEUA 4JSDA 4DIGA 1M5CA 1JETA 4FEDA 1H45A 4LZ8A 2QSXA 2ZNUA 3PUXE 2QS4A 4MBPA 4R9FA 3PUVE 4JWYA 1UTBB 4JSOA 4OXVA 3WAFA 2RC7A 5CBSA 1XC1A 4U1OA 5KCJB 4IO4A 1OMPA 2DWJA 4QSDA 1MPCA 2AL4A 2H99A 4DCYA 2PX1A 1MM6A 3DP6A 2QRYA 3SDFA 1IQ7A 1D9VA 1D3KA 4FJPA 2H4IA 3PUYE 2DS9A 3FXUA 3PD8A 3WAEA 3MVZA 2W7YA 4NF4B 2Y7KA 4F2OA 3IOTA 1A40A 2D5WA 1N3WA 2I6EA 4HCWA 4MF3A 5TPAA 3G7WA 1UTHB 2I3VA 2O69A 4NF6B 5ICQA 1Y9UA 3C31A 2WKYA 1POY1 5H8HB 3H03A 3RT6B 3FJGA 2DP8A 3QIMA 3MVYA 4MH5A 4JXIA 2YJPA 5KDTB 3HSTA 2FNCA 4G77A 2V25A 4PFWA 4RY1A 2YLNA 3IO4A 1UIUA 3O28A 4HS7A 3AXFA 5H8SA 3UA8A 5CMKA 4FECA 2OCUA 3PPQA 4GFRA 4ESWA 4F39A 3U93A 1A99A 4GWOA 3BFUA 5JEIA 1Z7ME 3OSRA 4JB7A 4NF5B 1N3XA 2Z8DA 1ANFA 4YICA 3UK4A 3EHUA 1AMFA 1TT1A 1AL3A 3ZSFA 1VR5A 3S9MC 1LFIA 1N0TA 4NMYA 4XIGQ 2PT1A 2Y7RA 1USYE 4OYVA 3V89B 3IJOB 3MVXA 1B51A 3K4UA 3K02A 1Q35A 1VFEA 2QS1A 3MUQA 5DEXA 3OOAA 3T9VA 1IIWA 4K3FA 4P0IA 1FQEA 3KFMA 3S4UA 2I49A 1TFDA 2FYIA 4QFPA 3KSXA 1UQWA 5I2NB 4DXBA 5AA3A 4RYAA 4AB6A 1B9JA 4GXAA 4OENA 5FHNA 2VD2A 2E0SA 1D4NA 2V3UA 3H7MA 3PPPA 4ECFA 3TFLA 3OO6A 1SI0A 2HAUA 4ZE8A 3VXCA 3FXQA 1B52A 1B0LA 3QK6A 2UYEA 3GBAA 3U72A 3FATA 1B0HA 1ZBMA 3E4RA 1RYOA 3IX1A 3C32A 1VSOA 5HBCA 3PUWE 4JBZA 3PGFA 1JW4A 1B4HA 3RTFB 1UIVA 1AOVA 1LFGA 5CM6A 2NWJA 3TMGA 1S7YA 3CFLA 3OSQA 4R72A 2RKMA 1JNFA 1OQGA 1LBBA 5TU0A 3KG2A 4G8MA 2UXAA 3PPNA 1DTGA 3IR1A 5TPAB 3MP8A 5IAIA 4KFQA 3B7DA 1ZKBA 4NF8B 3G3KA 3S9NC 2Y7PA 1P1UA 2P1SA 3TTLA 1YTVA 1URGA 3PU5A 1NH7A 1XVYA 3IB2A 3CG1A 2HCAA 4Q8RA 2DWIA 3FVGA 3QSLA 4QFKA 2H25A 1PB8A 2F36A 2XHDA 4F29A 2OJTA 2VD3A 2QPQA 5AA1A 4GXSB 1A54A 1LAXA 1MG1A 2VGQA 3GXAA 3N6TA 1MY2A 4THIA 5CMMA 1DPEA 4UACA 2A5TA 3UORA 1MS7A 3FXRA 3TKDA 2QMWA 1IXHA 4BDMA 1I6AA 3HHFA 4FATA 4JWOA 2HFBA 4LATA 4N13A 4IO5A 4PFTA 4GL0A 3QUJA 2XXXA 1Y1ZA 3T93B 1LGBC 5DEXB 3G3HA 3SEVA 3IB1A 4AB5A 3LSFB 3TQLA 4XKRA 1IXCA 1XVXA 3VE1B 4LONB 4C1TA 4RJZA 2HXWA 3FIRA 4H8JA 4AQ4A 3SEYA 4YU0A 5F7VA 1URSA 4F19A 2XXVA 3FVKA 4ZEKA 2GHAA 4E0XA 4EQBA 4O3BA 2THIA 1YPNA 3PD9A 1F9BA 2X26A 4KD5A 2F6PA 4OWDA 1AIVA 1PB9A 4IY5A 4P11A 2VOZA 1QJMA 1R1NA 3L6GA 4QHQA 4GF8A 3OEMA 4XXUA 3TDJA 4TLLB 4NE4A 3TAJA 2AL5A 4LQ5A 3TYHA 4F22A 4G68C 3CG3A 3KN3A 1NNTA 2XXYA 1MQGA 3VLWA 1MPDA 3TELA 1MQDA 5HPQA 2ZXTA 4KR5A 1B5IA 1SW4A 3HPIA 2DQVA 4R74A 2I4BA 4OFJA 2OLBA 3PMVA 2I58A 2DE3A 1YAEA 2X7QA 1B3FA 3GLBA 2ESNA 3KBRA 1LCTA 3K0VA 3TCGA 1MM7A 1T0KA 3O6HA 3QXMA 1Y3QA 4RPOA 4HTGA 2XXPA 3ILTB 1XS5A 1N76A 3T9UA 3A09A 1H3DA 5EHSA 2F78A 4EUOA 2Q9TA 4X48A 4RK2A 4OQOA 4DZ1A 3H4ZA 3RUMA 3K1PA 4U4XA 4OMBA 4RK9A 4F31B 1QUKA 5CMCA 3SETA 3KSJA 1NNFA 5M2VA 1US5A 1S9TA 3N94A 2A5TB 1JVXA 4OHNA 3UIFA 3I6VA 2REGA 4HW8A 1B2HA 3TQWA 1WDNA 4YKPA 5TP9A 4BDRA 3KN8A 1HSLA 3IOVA 3OENA 5I58A 3N26A 5AA4A 2PT2A 1ZU0A 5EYFA 4ELPA 2AYSA 1LB8A 3RN8A 1LAFE 2PMSA 1M5EA 4RA1A 1SD3A 4OESA 4BDLA 4RPNA 2HQ0A 3A3UA 3MAMA 4PETA 1B6HA 3HO7A 3LSLA 4NTLA 3IL1B 3VVDA 3EQ1A 5IKBA 3RY3A 2IA4A 3CSBA 3OEKA 2Q88A 4IGRA 3U94A 3W9VA 3S2VA 3SERA 2ONSA 2DVZA 5KZTA 4WKMA 3U1OA 1B46A 2NOOA 4PFYA 2A5SA 4QRZA 3PMWA 3JV9A 3IAZA 1HSJA 1B5JA 3E3KA 1OLAA 1O64A 5JK4A 1LLSA 1Y20A 1GVCA 3ZKKA 4U4SA 3R7XA 1B7HA 5B7DA 4FORA 2XXTA 1QUIA 3B6QA 4WXJA 4KYSA 1LB9A 4YKKA 2B3BA 1SW5A 2Z22A 2V93A 2D3IA 1B7UA 3PUZE 3C33A 1HSEA 5BUUA 4DDDA 2B65A 2I48A 5DVIA 3S9EA 1ZLQA 4XKNA 2H98A 3FV2A 3PPRA 3USDA 2DXYA 3HN0A 2F97A 3MJNA 3MBPA 4OETA 2Y7WA 3RNNA 3G3GA 3MZ9A 3F11A 3N5LA 4POXA 2G29A 2OBGA 4G68A 3TUSA 1QUJA 1SI1A 5AA2A 1B3LA 1FTKA 1B3EA 4BDQA 1FQDA 2DWHA 3T9HB 1B40A 4U2RA 1FW0A 5LOMA 3EN3A 4R6YA 1MQJA 2XXIA 5BWJA 5TP9B 4YKIA 5I58B 1FQAA 3MPKA 5AA4B 1DTZA 3UGWA 3CR9A 3FJ7A 2DE4A 2RF1A 4KYEA 1SYIA 1A55A 3LBSA 3LR1A 3K00A 4WEDA 1CE2A 1EZPA 4YB5A 4NEDA 3Q28A 2ZNTA 2HAVA 3LSWA 1O63A 1WVJA 1I6QA 1MRPA 4KYDA 4LZ7A 2O1LA 5JTYA 3T9XB 5B70A 1OIBA 3UP9A 4ZECA 4F3SA 1J1NA 4I62A 2XXQA 3K6VA 2RC9A 1SDXA 4OVJA 2RCAA 2GHBA 3H6TA 4R75A 2XXUA 1EZOA 4OEVA 3FV1A 1ZIUA 2V3TA 5HM4B 3T96B 1LAGE 2DVCA 3M3FA 3TPAA 3DELB 1GV8A 1TXFA 4Q0CA 3FD3A 2GH9A 2H9BA 3RTWB 3RGYA 2QS2A 3ILUB 4OFLA 3DP8A 4UA8A 1D9YA 3BFTA 4Q30B 3VFJA 1SW2A 1ZJLA 4EF1A 1XT8A 4KI0E 1QW0A 2XX7A 3IJXB 4JDFA 4ELOA 2R9JA 3CVGA 3LC8A 3TODA 3K1NA 2DOJA 3DM0A 4ELRA 3BBRA 1A7LA 4LUBA 1BTJA 1LSTA 1NL5A 1YCJA 3T22A 2QJEA 5H8NA 4POWA 1MXZA 2ZYMA 2NXOA 4GQOA 4G4PA 2UVGA 3PMXA 2R6GE 5I56A 5I59A 3RT8A 1PC3A 5ISUA 4TOZA 4QSCA 1FQCA 3MP6A 4HCYA 3V83A 1B05A 1LBCA 2HZKA 2M8CA 2ALUA 4MFIA 1OVTA 3MW0A 4GLIA 4IO2A 1OQHA 3G3IA 3Q27A 3PPOA 4X1BA 4DXUA 1PBQA 1Y3NA 4MLVA 4F2QA 4U22A 5DVJA 1POTA 3H6WA 4IO7A 1BP5A 4ZEDA 4G68B 1PEBA 3FUZA 2HEUA 1B7ZA 4F1YA 2CZLA 2AIXA 2DE2A 3FVNA 4JWXA 5AA2B 1USYH 1URDA 4F1VA 4GVOA 1P1NA 3TCHA 1MXUA 1TFAA 3H3GA 3LUYA 3IOUA 1FCKA 4LVQA 4FE8A 1MY0A 3JYRA 4F3GA 3M3LA 2F7CA 4EQ7A 1LFHA 2UVHA 2DSFA 1FTLA 4M4GA 2YPNA 2FA7A 3E9XA 2ONRA 1EU8A 3IO6A 4TLMB 2Q8JA 1CB6A 1B5HA 5FHOA 5FTHA 4FIMA 4YZZA 5A5XA 4ZZAA 1OLCA 4H67A 1SYHA 5KDTA 1MY3A 1PDAA 5ELVA 1M5BA 1PB7A 4ISUA 1FTOA 3O66A 1MXXA 3ONMA 5JTYB 4KHZE 2Z23A 3EHSA 2DXRA 2ZYNA 3EHTA 4YMAA 1JVYA 4OTEA 1FQFA 2O51A 3B6WA 3MWBA 4C1UA 1N7XA 5H8QA 3TTMA 5I57A 2ZYOA 5FHMA 1B32A 1VFDA 1QKAA 4YB7A 1IZ1A 1SQYA 3JZJA 4EF2A 4GRKA 1R6ZA 2Z8FA 3G3JA 2ABHA 4YB6A 2V84A 3SESA 3C35A 4RXLA 5ITOA 1P1QA 3ZKLA 4YKJA 5CRYA 1NFTA 3U92A 2F7AA 2PBWA 2O7UA 4FAJA 4XTCQ 3SKPA 4ZS9A 2O7IA 3TZAA 3O97A 3OO9A 2O6AA 2XX8A 1EH3A 2VP1A 2QMXA 2NUVA 4QFOA 1JQFA 5K2YA 1L5TA 2F7BA 4X1DA 3QUFA 3V8XB 1P99A 3O9PA 1II5A 4OEUA 1I6BA 5I56B 4OZ9A 1TWYA 3FJMA 1MY1A 5CI5A 3W15C 3DP4A 4MLQA 4G8HA 5F1QA 3VVEA 1US4A 2Y84A 3FGSA 1MDP1 4QSEA 2LAOA 1LCFA 1A8EA 5FTIA 4F18A 1DSNA 4U23A 2I3WA 3O29A 1SW1A 2F34A 4KCCA 3MZBA 4GD5A 4GIZA 3VVFA 1H44A 4U21A 2UVJA 2XD3A 3HHGA 1DOTA 3C4MA 3RLFE 1H43A 2DWAA 1JEUA 4O3CA 4EXLA 4ZE9A 3VLUA 4YAHX 1Y1MA 1ZMGA 3VV5A 3MC2A 1JW5A 3M3KA 4NWCA 3CFXA 3D4GA 4NF8A 1NNKA 4XKPA 5A5XB 3MP1A 5K2XA 2O84X 2BJJX 1IEJA 4H65A 2Q2AA 4R9GA 1EZ9A 1OVBA 2Q2CA 3R26A 4KPTA 4PQJA 4LA9A 1P1OA 1SVXB 2OWTA 2QL3A 4NWDA 4PFUA 3OO7A 5AA2D 3H6VA 2D21A 3FVOA 3K6UA 4EDPA 3KOSA 1XOCA 5H8QB 5I57B 2GFEA 2OWSA 4ZZEA 5L9MA 2RC8A 3SEXA 2RCBA 3O6GA 5AE4A 1NKXA 4M1VA 3BKIB 3I3VA 1B58A 3Q26A 4EQ9A 5I84A 3EF7A 4OFOA 4DE8A 3TEPA 1I69A 2B3FA 3MVWA 5CMBA 1WODA 4G2ZA 4OERA 2KLFA 5H8FA 1R9QA 1GGGA 2Q89A 4KCDA 3UN6A 4F3PA 4ZEFA 3FASA 3IB0A 2XXRA 3GZGA 5L9SA 3ZS6A 1NNPA 1JEVA 1GR2A 4PP0A 4ZEIA 5I2KA 2QS3A 5DTBA 2PVUA 4O3AA 3EPEA 2F6GA 4QFLA 3OXNA 4LZ5A 3RPWA 1XHYA 3L6HA 3TCFA 3DLNA 3QAXA 3GBBA 1IXIA 3D4CA 3Q25A 1M5DA 2IEEA 4F1UA 5ICTA 4IB2A 1N7WA 1MDQA 1Q1KA 1BIYA 4Z0IA 4H1XA 3OO8A 4WEPA 3O2AA 4IGTA 2O1MA 3VDFA 4E0WA 1MXVA 1FTMA 1MY4A 3P7IA 3TTRA 4I9DA 4R2BA 1MPBA 2F35A 2XD2A 1LAHE 3IK6B 5L8DA 4QF9A 4GOTA 2GRVA 3K2DA 1NMUA 1QKBA 3TTKA 1QVSA 2UYFA 4ESXA 1MH4A 3CRBA 2I0CA 3K1MA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3KGCA 2RINA 3KEIA 1B3HA 3E78A 3O6IA 1B4ZA 5A5LA 2HXRA 2ZZVA 4H0WA 3OMBA 2O68A 3C36A 3CIJA 2REJA 4R2FA 4YMBA 3LSXA 4KQPA 3B6TA 3KZGA 1QULA 3R6UA 4H5FA 3KJTA 2ZNSA 3RPLA 1B3GA 5F24A 1S50A 4H5GA 1DMBA 1H76A 2G93A 1B1XA 4G8NA 4Q5TA 1RKMA 4Z7EA 3CSGA 3V5AA 4XKQA 1PBPA 4DLDA 1ZTYA 2DDKA 4R6KA 3D1RA 5CC2A 4N6PA 4F3BA 1ELJA 2UVIA 1FSAA 3KN7A 4PFRA 2QVRA 1FPIA 2V4CA 2WYKA 4X9TA 2P0SA 4HE2A 4IO3A 2Z8EA 2ANJA 3FZVA 3KOTA 1IXGA 1UTBA 4R6HA 2ONKE 2ZYKA 3ECRA 1NV1A 4I8CA 5KCJA 1RYXA 5EHMA 4L17A 1IITA 3CFZA 2F8DA 4BDOA 4DCXA 5H8FB 1MQHA 3HCQA 4ND9A 4GBWA 3HV1A 4XFEA 2BJIA 5DVFA 3G3FA 3Q29A 3CI8A 5L9OA 4GL8A 4C0RA 1SBPA 3KJ7A 4NF4A 3OELA 3RQTA 2XX9A 3KC1A 1FBFA 2PYYA 3I5OA 3VLVA 1ATGA 5I2KB 1P1WA 4P47A 4LQ2A 1N04A 3S9LC 3LV0A 3MQ9A 2I4CA 1KA0A 3K01A 5ET8A 2R71A 1Y4CA 1Y3PA 4QBAA 4FEBA 4PDDA 2XA5A 2I0BA 1UTHA 4H6DA 4BDNA 3K6XA 3N6UA 1FBPA 3ISPA 1DPPA 2WBBA 1B1HA 1KZ8A 4FBPA 4NF6A 3IORA 5ITPA 1MH3A 2F5XA 4MEVA 5H8HA 4IY6A 2CMOA 2H5YA 3VXBA 4P0GA 3MZ1A 1FPFA 1VE4A 1N84A 1FBGA 1GTKA 4ZEBA 1FQBA 1JW1A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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