4KQPA

Crystal structure of lactococcus lactis glnp substrate binding domain 2 (sbd2) in complex with glutamine at 0.95 a resolution
Total Genus 79
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
79
sequence length
230
structure length
230
Chain Sequence
ATPKKDVYTIASDNSFAPFEFQNDDKQFTGIDVDLLNAIAKNQGFKLKWNFIGFQAAVDSVQSGHADGMMSGMSITDARKQVFDYGSPYYSSNLTIATSSTDDSIKSWKDLKGKTLGAKNGTASFDYLNAHAKEYGYTVKTFTDATTMYSSLNNGSINALMDDEPVIKYAIKQGQKFATPIKPIPDGQYGFAVKKGSNPELIEMFNNGLANLRANGEYDKIIDKYLESDA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Functional Diversity of Tandem Substrate-Binding Domains in ABC Transporters from Pathogenic Bacteria.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Glutamine ABC transporter permease and substrate binding pro
molecule tags Transport protein
source organism Lactococcus lactis subsp. lactis
total genus 79
structure length 230
sequence length 230
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-05-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00497 SBP_bac_3 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4kqpA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4kqpA02
1LB8A 3TQWA 1YTVA 1T0KA 1SW5A 2P0SA 3EHSA 2F7BA 4FAJA 2DP8A 4YAHX 4YB5A 2RC9A 4NWDA 1S7YA 2RCBA 2Z8DA 4AQ4A 3MVYA 3TTLA 4RK9A 3OD7A 5CMMA 3FASA 2QSXA 4TLLB 4XKQA 1MY0A 3H6UA 3JZJA 2NOOA 1L5TA 2Q89A 5A5XB 1P1QA 3ZKKA 3VLVA 1H3DA 3PPOA 3IB2A 4R74A 5FHOA 1P1UA 1FTJA 4POWA 4L17A 1MY3A 3OO7A 1BLFA 1ATGA 1QVSA 4KD5A 4HS7A 4U21A 1EZOA 5CMCA 3K1PA 1B4ZA 3MVXA 2QJEA 2A5TB 1XS5A 3S9LC 4QSCA 1B4HA 3ECRA 3K02A 3KFMA 1UTBA 5L9MA 3H06B 2FA7A 3Q29A 5B7DA 3U92A 2Q88A 3PPRA 4LP2B 3EHUA 3TDJA 3UN6A 3T93B 5IAIA 1SYIA 4GQOA 4MFIA 4JSOA 4ELPA 1MQGA 1FQEA 2DSFA 3O29A 3CIJA 3HHGA 2E1SA 4ZEKA 3OOAA 3MJNA 4ELQA 3N5LA 3KN8A 3C32A 3RY3A 3PMVA 1Y3PA 1JVXA 2R9JA 1CB6A 4R6HA 1MY1A 4G8HA 4G77A 1H44A 3H4ZA 2Z8FA 3FV1A 2UVJA 2W7YA 3CG1A 4QFOA 2G29A 1JETA 1JVYA 2I4BA 1TT1A 1QUIA 3UK4A 1PC3A 4RXLA 2IEEA 3DP4A 4BDMA 1PEBA 1Y1ZA 3K4UA 1MDQA 2XXWA 3SEVA 5H8HA 3EHTA 3VLWA 2XXUA 3R26A 5ITOA 2B65A 2GH9A 2F97A 1N7XA 3Q27A 2E0SA 3FVGA 2OWSA 4ZECA 1MQDA 1UTBB 2REJA 3U93A 2DWHA 4N6PA 4G8MA 3HN0A 4F3PA 2BJJX 1OQHA 3D4GA 2DE2A 2P1SA 5AA2D 5I2KA 3FATA 3UP9A 3FD3A 4OESA 4GL0A 3THIA 3IOTA 2V93A 3RLFE 1BTJA 3KN3A 3MC2A 2H98A 1M5EA 4H5GA 5J1DA 2F7AA 1N76A 2F78A 1AOVA 1H45A 4XKPA 3TZAA 2RC8A 3QUFA 2ANJA 2PX1A 3FVNA 4ZE9A 2UVIA 4YB7A 1URDA 4X1BA 4WEDA 4NTLA 5H8HB 2THIA 3QAXA 1B5HA 1FQAA 1M5FA 1LFHA 2OBGA 1P99A 4IO3A 4DZ1A 1B7UA 3KBRA 1FCKA 2PYYA 1BIYA 5H8FA 2DWJA 2HCAA 3TYHA 4G68C 4E0XA 4QRZA 1TFAA 1POTA 1B5JA 3HV1A 2O7IA 1DOTA 1P1OA 3K6XA 3MZ1A 3C31A 4UACA 3VVDA 2V3UA 1RYXA 1IXCA 2DXYA 1AIVA 3V89B 3MWBA 1B51A 1URGA 2IA4A 5TU0A 1MXZA 2ZNSA 3FXQA 3PUZE 4PFUA 4RY1A 5I2KB 3OO6A 3RUMA 1LFGA 3KOSA 4JB7A 2ZYOA 4F18A 3B6WA 3W9VA 4OZ9A 4OFOA 2PVUA 3CSGA 3VFJA 4F19A 5DVJA 4LVQA 1YPNA 1OLCA 1ZIUA 4HCWA 2XD2A 4R6KA 2UYEA 1MM6A 3Q25A 2QPQA 4KYEA 1LCTA 3OO8A 1OLAA 1Y4CA 2AIXA 4OVJA 2Q9TA 1ZTYA 1A7LA 5KDTA 2DYXA 3QIMA 5I59A 3ONMA 5H8FB 1AL3A 3MZBA 2PT1A 4K3FA 4F3GA 5I58A 2QRYA 1MY4A 4DXCA 1SDXA 1B3LA 4YZZA 1O7TA 4G68A 1LCFA 2ONRA 3LC8A 4RYAA 4Q0CA 4JWYA 4IO2A 1D9VA 4OYVA 3C36A 1FTOA 3UIFA 3V8XB 3H6WA 5F7VA 3RNNA 2I4CA 1ZJLA 1EZPA 3IB1A 1GTKA 2H99A 1JW5A 3TKDA 2HZLA 5CM6A 2I49A 4BDRA 1B40A 3R6UA 4LZ5A 1IXIA 4U1OA 2Y7WA 3K2DA 2GRVA 2F35A 3SERA 1OVTA 2Q2CA 3IO6A 3H6TA 5JTYA 3H7MA 1ZBMA 4OERA 2H5YA 1DSNA 1M5BA 2XX7A 4F1YA 5KDTB 1GVCA 1IEJA 5HPQA 3G3HA 3VDFA 3SEYA 5I59B 1N84A 3H3GA 5JEIA 3FVKA 3LR1A 1MQIA 2QS3A 1DMBA 1II5A 2PMSA 2ZMBA 3FZVA 3TTNA 1UIUA 4TQUQ 5I58B 5FTIA 3MPKA 3IOWA 3O6GA 2Q8JA 4AB5A 5TPAA 3SEXA 1DTGA 4PFWA 1NH7A 2DE4A 3PGFA 4G68B 4U22A 3ILUB 2O6AA 2D5WA 3N6TA 4NF5A 1Y9UA 3AXFA 2NUVA 5FHMA 5I84A 4O3CA 1IUDA 1O64A 4Z0IA 2FYIA 1IITA 3VE1B 3HCQA 3IK6B 3HO7A 4R9GA 1H76A 3TODA 1QUKA 3DELB 5ELVA 3G3IA 4XTCQ 1FTKA 3K00A 4YKPA 4OXVA 4NEDA 3FIRA 3KJTA 3Q26A 2V3QA 1JNFA 5JTYB 3G3JA 3RTFB 2UVHA 3IJXB 4QFPA 5ISUA 4WEPA 3ODBA 1A40A 1ZU0A 1IZ1A 5ICTA 1WVJA 4EXLA 4DDDA 4Q30B 1B3HA 3MZ9A 2O68A 2I0BA 4POXA 4DLDA 5K2YA 3PPNA 3CFLA 3VV5A 3IORA 4F29A 4OENA 5EHSA 3B7DA 2XXVA 1LGBC 1GV8A 4RPOA 5TPAB 4IB2A 2XXYA 4OMBA 3U94A 2V84A 1NNFA 3A3UA 1GR2A 4F39A 4YICA 3QYTA 1XHYA 4NF8A 1CE2A 1N0TA 2ALUA 2ZNUA 4R2BA 2X7QA 3TFLA 3UA8A 4NF5B 3M3FA 3E13X 2DQVA 4LATA 1BP5A 2XXRA 4H1XA 3B6QA 1WDNA 4C1UA 2ZYKA 2OLBA 3F11A 4IGTA 2XX8A 2OK2A 4QSDA 4R75A 1QW0A 4GL8A 5H8SA 3LUYA 1JEVA 1ELJA 3MPLA 5TP9A 2HAVA 3KSJA 4N07A 3WAFA 1FQDA 2F6GA 3TELA 3TCGA 1VFDA 4WXJA 3VVFA 2OJTA 3KG2A 1DPEA 1LBCA 5CBSA 2V3TA 2UVGA 3CG3A 1B1XA 4QF9A 1B7HA 4DIGA 4P0GA 1US4A 4NF8B 4U4XA 1N7WA 3S9EA 4KPTA 4I62A 5AE4A 1FTLA 1B0LA 4H6DA 3TTRA 4EQ9A 3T96B 2AL4A 2QS1A 3MUQA 2GHAA 4GOTA 3A09A 4BDOA 4HTGA 4PE5B 1OQGA 4OQOA 5I56A 3M3KA 5CC2A 1B5IA 4F2OA 5IKBA 1B6HA 4LUBA 1ZKBA 3M3LA 4HCYA 5FHNA 4C1TA 3BFTA 4F1UA 2DWIA 2REGA 5TP9B 3SETA 5AA2A 2DVCA 4YMAA 1B05A 4YB6A 1XOCA 5K2XA 1OMPA 4H8JA 4LONB 1KWHA 5KZTA 2XXXA 3IL1B 1MG1A 2DVZA 3K1NA 2ZYNA 1MY2A 3OXNA 3GZGA 1XC1A 4ELOA 2F5XA 3S4UA 3QK6A 1NNTA 4R6YA 3OENA 4IO4A 4X1DA 1Y3QA 4Q5TA 2GFEA 2I6EA 1YCJA 3LSFB 3QSLA 3B6TA 2D21A 1D9YA 1SW1A 2Z23A 4H8IA 1IQ7A 3K1MA 4YMBA 4OWDA 1MXYA 1B9JA 3CR9A 5EYFA 4BDQA 1USYE 3C4MA 5I56B 2DXRA 1MS7A 2PT2A 2YLNA 4C0RA 1P1WA 4H5FA 1Z7ME 3KOTA 2CZLA 4EXKA 4OFLA 5AA2B 4ZEDA 2X26A 4ZDMA 1Y20A 2XXPA 4THIA 1I6QA 2HAUA 1URSA 2WKYA 3IO4A 3TTKA 4FORA 3QXMA 3BFUA 5H8QA 3SEUA 4RK2A 1A8FA 2VD2A 4O3AA 4IY6A 4ECFA 2QMWA 4UA8A 4AB6A 5BWJA 1UQWA 3M8UA 2O1LA 4Q8RA 3VXCA 1VE4A 4TLMB 5B70A 1MPBA 4ZE8A 1HSEA 3O9PA 5ITPA 3JYRA 4H65A 3I6VA 3KSXA 5DEXA 2VHAA 3K6WA 4YKKA 3I3VA 4I8CA 4KYSA 1FQBA 2HEUA 1I6BA 4FEDA 4KQPA 1LBBA 5I57A 2HFBA 3OO9A 3K6UA 3PU5A 4KI0E 1B58A 1Q35A 1SQYA 1D3KA 1SBPA 4G8NA 2PBWA 3U1OA 1LAXA 3FVOA 4IO6A 4DCYA 3PPQA 3HPIA 2Y7IA 4X48A 4GFRA 1XVXA 3FXUA 4E0WA 2YJPA 2ONSA 4ND9A 3N94A 1SW4A 1EZ9A 5HM4B 1XVYA 1QJMA 2B3BA 5H8QB 4U4SA 4EDPA 5LOMA 3SDFA 1QKAA 4BLAA 3TCHA 4WKMA 3V5AA 5I2NA 1FQCA 5CMBA 4GIZA 1QUJA 2ZYMA 4EF2A 4JWOA 4LZ8A 1F9BA 5DEXB 3DM0A 4KYDA 1FTMA 3T66A 3I5OA 4ISUA 4LZ7A 2NVUB 4GLIA 1VFEA 4DXUA 5AA4A 3GBBA 4ZZEA 3RQTA 2F8DA 2V25A 4F31B 5CI5A 5I57B 2XXTA 5L8DA 4TOZA 3R7XA 2Y7PA 4OEVA 4PQJA 4NF6A 3KZGA 3O97A 3T9VA 3KGCA 1DPPA 2O69A 3IAZA 1XT8A 3Q28A 1FQFA 3BKIB 4Z7EA 1QULA 4MLQA 4RJZA 2LAOA 4IO7A 4MLVA 4ZZAA 1NKXA 2OZZA 3G3KA 2A5SA 1MH3A 3HHFA 3MAMA 3TTMA 1JQFA 4DCXA 3S9NC 3L6GA 4LQ5A 3T9UA 4G2ZA 2Q2AA 1B3EA 3MP8A 1LFIA 4GVOA 2Y7RA 3EN3A 1N04A 3C34A 4QHQA 4G4PA 4O3BA 3PUYE 3LSLA 4ELRA 5I2NB 5JK4A 3OSQA 4YKJA 3C33A 4NMYA 4PETA 3SESA 2G93A 3W9WA 3O2AA 1HSLA 3PD8A 3C9HA 1JW1A 4OEUA 3DLNA 3ZSFA 5AA4B 3O66A 4M4GA 3PMXA 1LAFE 4R9FA 1Y3NA 2HQ0A 4NF6B 1UIVA 4NE4A 1H43A 3E9XA 5CMKA 1ANFA 2KLFA 1IIWA 3PUXE 3IOUA 3PUWE 2RCAA 3TEPA 1RKMA 4GD5A 4LA9A 3RT6B 2F6PA 3KEIA 2P2AA 4ZEFA 1M5DA 2AYSA 3N6UA 4U2RA 3TCFA 3RN8A 4QFKA 4EQBA 1P1NA 3K01A 1VR5A 1I69A 1ZMGA 1A99A 2RF1A 4M1VA 2OCUA 5CBRA 3G3FA 3VLUA 4N13A 1MQJA 3TUSA 1SI0A 2F34A 3EPEA 4KCDA 3FJGA 1B52A 3A3CA 5H8NA 1B32A 4F3SA 1AH5A 5DTBA 4EUOA 1PB7A 3RGYA 3OELA 5M2VA 1EU8A 3TPAA 4H0WA 4FECA 3MP6A 1MH4A 4NF4A 2Z22A 2Y7KA 3MQ9A 5AA3A 2O7UA 1MDP1 4R72A 2XXIA 1FW0A 5DVIA 4P11A 2RKMA 4GF8A 1B46A 5BUUA 2RINA 4JXIA 5DT6A 1NNPA 3JV9A 3V83A 2UYFA 2H9BA 4JWXA 3W15C 3GBAA 1O63A 2QL3A 4KR5A 4U23A 2XXQA 1PBPA 4ESWA 4QSEA 4DXBA 3S9MC 2AL5A 4MBPA 4OFJA 4P0IA 3EF7A 3FJMA 4XXUA 3T22A 5H8NB 2I0CA 2I58A 3IX1A 2F7CA 3LSWA 3PUVE 2DWAA 4F22A 4GXAA 2X7PA 1SW2A 2O1MA 1SI1A 4I1DA 5DVFA 3IOVA 5L9OA 2I3WA 1SD3A 2YPNA 2XHDA 5CRYA 3CI8A 3U72A 1MPCA 1Q1KA 2HZKA 3LSXA 4GWOA 4NF4B 2I3VA 1Y1MA 2XXHA 3ILTB 3CFXA 3MP1A 3T9HB 3O6HA 3CSBA 3DP8A 2DS9A 3PMWA 3TAJA 3UGWA 2ZNTA 4X9TA 4FJPA 1MM7A 4H67A 4XKNA 1IXHA 5FTHA 1LSTA 4NWCA 1JW4A 1PB8A 1UTHA 5F1QA 1TXFA 5KCJA 1TFDA 2NXOA 2F36A 3LBSA 5AA1A 1S50A 2HXWA 3SEWA 4BDNA 1B2HA 2RC7A 1R9LA 4MH5A 1J1NA 3O6IA 3RT8A 1RYOA 1LAGE 3K6VA 1MXVA 3SKPA 4OETA 3FXRA 3WAEA 2CMOA 4GRKA 2VOZA 5DYHA 3PD9A 4I9DA 3O28A 4XIGQ 1NNKA 4ZEIA 1NL5A 4EQ7A 4JSDA 1JEUA 2NWJA 3KN7A 3VVEA 3OEKA 2VGQA 1B3GA 2XX9A 4ONYA 2H4IA 4FE8A 3MW0A 4OHNA 4JBZA 4RPNA 1PBQA 3CRBA 1R6ZA 2M8CA 1R9QA 1IXGA 3RTWB 1US5A 1B1HA 2Z8EA 3N26A 2ESNA 3USDA 1MXXA 4RA1A 1I6AA 2O51A 4RNSA 4IGRA 1UTHB 4XKRA 3PV0E 3T9XB 5KCJB 2XD3A 4BDLA 2FNCA 2QMXA 4ZS9A 2Y84A 4DE8A 4PP0A 1AMFA 1BKAA 3EQ1A 3H03A 2DE3A 1PDAA 3TQLA 2VD3A 2QS2A 4FEBA 4R2FA 1A8EA 1NH8A 2OWTA 3OSRA 3MVZA 1TWYA 1N3WA 2R6GE 2R71A 1USYH 4FIMA 4F3BA 4U1ZA 1NMUA 3FUZA 4IY5A 1N3XA 3BBRA 1WODA 3CFZA 3E3KA 4F1VA 1GGGA 4HW8A 1SYHA 3MVWA 3U8QA 1A55A 3E4RA 3QUJA 3G7WA 3D4CA 3GXAA 5EHMA 4YKIA 4KHZE 3KJ7A 2I48A 1D4NA 1MPDA 4FATA 4JDFA 3VXBA 4KFQA 4PFTA 3ZS6A 2H25A 3OMBA 1LB9A 4EF1A 2ZXTA 1B7ZA 3P7IA 1A54A 3K0VA 3H6VA 2D3IA 1OVBA 3IR1A 3DP6A 5L9SA 4YU0A 1SVXB 3L6HA 1B3FA 1R1NA 1PB9A 2O84X 3OEMA 3IJOB 2B3FA 5HBCA 3TMGA 3UORA 2ABHA 3IB0A 3FJ7A 3CVGA 4KCCA 4R73A 2ONKE 4OTEA 3GLBA 4ZEBA 2VP1A 1MXWA 1QKBA 3ZKLA 4QFLA 5A5XA 4GXSB 1Y4TA 3MBPA 2QS4A 1LAHE 5ICQA 1MRPA 1MXUA 2GHBA 1B0HA 3PPPA 4PFYA 1VSOA 1LLSA 4MF3A 1NFTA 2DOJA 1ZLQA 1OIBA 3C35A 1YAEA 4IO5A 1MQHA 4ESXA 4F2QA 1HSJA 3FGSA 2A5TA 1DTZA 3FV2A 3S2VA 4LQ2A 1POY1 2UXAA 3RPWA 1S9TA 3HSTA 1M5CA 1Z7NE 3G3GA 1EH3A 4QFNA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1LB8A 5FBPA 3TQWA 1YTVA 1T0KA 4GWZA 1SW5A 2P0SA 3EHSA 2F7BA 4FAJA 1IMDA 2DP8A 4YAHX 4YB5A 2RC9A 4NWDA 1DCUA 1S7YA 2RCBA 1DK4A 1FPLA 2Z8DA 4AQ4A 3MVYA 3NOHA 2QVVA 3TTLA 4UABA 4RK9A 1YYZA 3OD7A 5CMMA 3FASA 1YZ0A 2QSXA 4TLLB 2KQZA 4XKQA 1MY0A 3H6UA 3JZJA 2NOOA 1L5TA 2Q89A 5EYHA 4GWSA 5A5XB 1P1QA 3ZKKA 3VLVA 1H3DA 3PPOA 3IB2A 4R74A 5FHOA 2Y5KA 1P1UA 1FTJA 4POWA 4L17A 1MY3A 3OO7A 1BLFA 4P8BA 4N15A 1ATGA 1QVSA 4KD5A 4HS7A 4U21A 1EZOA 5CMCA 1FSAA 3K1PA 1B4ZA 4PC9A 3MVXA 2QJEA 2A5TB 1XS5A 4GWYA 4QSCA 3S9LC 1B4HA 2F3DA 3ECRA 3K02A 3KFMA 1LEVA 1UTBA 5L9MA 3H06B 2FA7A 3Q29A 5B7DA 3U92A 2Q88A 3PPRA 4LP2B 3EHUA 3TDJA 1FBGA 3UN6A 3T93B 5IAIA 1SYIA 4GQOA 5F24A 4MFIA 4JSOA 4ELPA 1MQGA 1FQEA 2DSFA 3O29A 3CIJA 3HHGA 2E1SA 4ZEKA 4I40A 3OOAA 3MJNA 4ELQA 3N5LA 3KN8A 3C32A 3RY3A 4PDHA 3PMVA 1Y3PA 1JVXA 2R9JA 1CB6A 4R6HA 1MY1A 4GX4A 4G8HA 4G77A 1H44A 3H4ZA 2Z8FA 4QBAA 3FV1A 2UVJA 2W7YA 3CG1A 2OX3A 4QFOA 2G29A 1JETA 1JVYA 2I4BA 1TT1A 5I5PA 1QUIA 3UK4A 1PC3A 4RXLA 2IEEA 3DP4A 4BDMA 1PEBA 1Y1ZA 2PFYA 3K4UA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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