4KR5A

Crystal structure of lactococcus lactis glnp substrate binding domain 2 (sbd2) in open conformation
Total Genus 79
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
79
sequence length
229
structure length
229
Chain Sequence
GMATPKKDVYTIASDNSFAPFEFQNDDKQFTGIDVDLLNAIAKNQGFKLKWNFIGFQAAVDSVQSGHADGMMSGMSITDARKQVFDYGSPYYSSNLTIATSSTDDSIKSWKDLKGKTLGAKNGTASFDYLNAHAKEYGYTVKTFTDATTMYSSLNNGSINALMDDEPVIKYAIKQGQKFATPIKPIPDGQYGFAVKKGSNPELIEMFNNGLANLRANGEYDKIIDKYLE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Functional Diversity of Tandem Substrate-Binding Domains in ABC Transporters from Pathogenic Bacteria.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Glutamine ABC transporter permease and substrate binding pro
molecule tags Transport protein
source organism Lactococcus lactis subsp. lactis
total genus 79
structure length 229
sequence length 229
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-05-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00497 SBP_bac_3 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4kr5A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4kr5A02
5L9SA 1US4A 1UTBB 4QFNA 1BKAA 3MPLA 4ESWA 3HN0A 2P2AA 5H8QB 3TDJA 2RKMA 1B05A 2XXWA 4GOTA 1MY3A 4GQOA 4ND9A 4YAHX 4PETA 3N94A 3R7XA 2QS4A 3EN3A 1A40A 1FTJA 3FUZA 2XX9A 2Y84A 3DELB 3OO8A 3K0VA 1O63A 3EHSA 1I69A 2H99A 4KPTA 4U4XA 2THIA 4Q8RA 2X7PA 3BBRA 5KDTB 4PE5B 4LZ5A 5DT6A 3R6UA 4KYEA 3G3KA 1VSOA 4HCWA 2ZYKA 2PT1A 2O69A 5H8HA 1B52A 3O6HA 3PD9A 3SEWA 4QF9A 3HPIA 4P11A 2REJA 4QFOA 2W7YA 3RLFE 1R9LA 1GR2A 3PPQA 3E4RA 3MUQA 4MLVA 3CIJA 4QSDA 2Z22A 3PUYE 2QMXA 1BP5A 2XXRA 5DEXA 3C33A 3LUYA 3SDFA 2DE3A 3MVWA 1A55A 3U94A 4G68A 3VVDA 2ABHA 5H8HB 3MP1A 5AA4B 1DTGA 5I2NB 4RY1A 5I2KA 1DSNA 1MM7A 1Q1KA 2HZLA 5JTYA 1JEUA 1NNPA 3UIFA 1ZLQA 4X48A 2NXOA 2F78A 3QSLA 3HHGA 4U1ZA 3TYHA 1AH5A 1CE2A 3WAEA 3H03A 4DZ1A 2FNCA 4WKMA 2DVCA 4U22A 2DS9A 3U92A 3HCQA 4PFUA 4O3BA 4F1UA 2Q9TA 5K2XA 3K6XA 2RCBA 4IO6A 5I2KB 4LZ7A 3K1NA 1Y4TA 3ZKLA 4EDPA 3TAJA 4EUOA 4FORA 1OMPA 5I56A 1WDNA 4BLAA 1B7UA 4F1VA 4JB7A 2QS2A 2F5XA 4F3SA 4MBPA 2HZKA 3VFJA 2BJJX 1ZKBA 4N13A 4F29A 3DM0A 1FQCA 3IOVA 1IXIA 3C9HA 3LC8A 4JSDA 3KJ7A 3LR1A 3I3VA 4IGTA 4ZE9A 3OENA 4QFKA 5DTBA 4ELOA 1DTZA 1H3DA 2AYSA 3C35A 5FTHA 1IQ7A 2PYYA 1QKAA 1PB8A 1JQFA 4AQ4A 4H5FA 4Q30B 3RUMA 4FE8A 3SKPA 3JZJA 4OXVA 3S9MC 1EZ9A 4EXKA 2DQVA 4RK2A 3L6GA 5AE4A 1B40A 4H5GA 4G4PA 1ZBMA 1RYXA 2XX8A 4YZZA 3S4UA 1XHYA 2E1SA 1BTJA 4RK9A 2G93A 2WKYA 1QUJA 4YU0A 2UVJA 3OO9A 2XD2A 1Y4CA 4MH5A 1DPEA 1FCKA 2NVUB 4KR5A 1MXZA 2VD2A 3RTWB 3FJGA 3RT8A 5IKBA 5I59B 3TQLA 1BIYA 3MC2A 1LAGE 1XVYA 5AA3A 3OO6A 2GFEA 4OVJA 5TP9A 5J1DA 1ZTYA 4YB5A 3UK4A 3VV5A 1PEBA 4ELRA 4XXUA 2F8DA 2UVHA 3K00A 4LATA 3KSJA 4NF6B 2ONSA 3PMXA 5LOMA 1MXVA 4ESXA 5F7VA 2ZMBA 3UP9A 4F39A 3H7MA 3RN8A 2Z8DA 4U1OA 5CBRA 1PB7A 1MY2A 1MRPA 3RGYA 4NF8A 1R1NA 3U1OA 1TT1A 5I57B 3T9VA 3W15C 2ZYMA 1H44A 4H1XA 3KGCA 5H8NA 1MQGA 1PDAA 3MJNA 3ZKKA 4RJZA 1LAXA 4NE4A 1N0TA 5FHNA 2H25A 4DDDA 2DE2A 2F7CA 4Q0CA 3Q26A 4NF5A 3TCFA 4OHNA 1IEJA 2I4BA 3IO6A 3IAZA 3KEIA 3ILUB 2DXYA 5HM4B 1FW0A 4X9TA 3SEUA 4ONYA 3B7DA 3N6UA 5DVFA 4DXBA 4R72A 4XTCQ 4G8NA 4QSEA 1P1OA 1TXFA 4NF5B 3T9UA 3QAXA 1B5JA 2QRYA 4I1DA 1XT8A 2LAOA 1II5A 4OERA 3FVKA 2I3VA 1SI0A 2V3UA 2Y7WA 1FQEA 3THIA 3OOAA 2Y7KA 3FATA 1B5IA 3A3CA 4I8CA 5I84A 3V5AA 3Q28A 3U93A 4DCXA 1XOCA 5A5XA 3MW0A 3M3KA 2DWHA 1YTVA 2I4CA 1B3LA 1N84A 3T96B 3IOUA 4PFWA 4F1YA 3SERA 3DP4A 2ANJA 1WODA 1P1NA 4POXA 2VP1A 1MPBA 3MBPA 3S9EA 4G8HA 2XHDA 3IB1A 3KOSA 3H4ZA 3EQ1A 3K6VA 5A5XB 5ELVA 5H8FB 1FQBA 1S50A 5AA2D 4DXCA 3KN7A 5ISUA 4TLMB 3O29A 4O3CA 2I48A 4K3FA 2O1LA 5CM6A 1LGBC 1F9BA 4QRZA 1JNFA 2YPNA 4BDNA 1R9QA 1MXWA 3CI8A 2OLBA 3E13X 5AA2A 2DYXA 4HW8A 3RTFB 3ONMA 4ZEBA 3KN3A 2PT2A 1EU8A 2QJEA 4LA9A 1A54A 2ZNUA 4ZE8A 4RYAA 1POY1 4RPOA 3H6WA 4OEUA 4BDLA 1Q35A 3IL1B 4MFIA 3MAMA 3Q27A 2R71A 4JWYA 1NH8A 5ICQA 2XXYA 1B0LA 4HCYA 3CSBA 5FHOA 2RCAA 4R6KA 2HAUA 3A09A 4JWOA 1M5CA 3VVFA 3K4UA 5BUUA 1N7WA 4EXLA 3M3FA 3SEYA 2XXIA 3PUWE 1SBPA 3EF7A 2ZNSA 4I9DA 1EZOA 2F6GA 3T22A 1A8FA 4GD5A 3TTNA 3JV9A 2I0BA 4F18A 2Y7RA 4EF1A 1OIBA 3IJXB 2XXXA 3N6TA 3KBRA 2A5TA 3PMVA 2O68A 2ZYOA 1IXCA 3VE1B 3TTLA 1YPNA 4JDFA 4GWOA 5EYFA 1T0KA 1MQJA 3R26A 1MPCA 1QW0A 3WAFA 4NEDA 2I6EA 3EPEA 4ISUA 3GXAA 1B4HA 1M5FA 1UTHA 4FJPA 1O7TA 1SQYA 3CVGA 3G7WA 3RQTA 4NF4A 4OEVA 3OEMA 1B2HA 1JVXA 3V89B 4TOZA 3K6WA 2ONRA 4RXLA 3EHUA 5I58A 1FQFA 1LB8A 3RT6B 1LFGA 1IUDA 2REGA 4Z7EA 1HSEA 4WEDA 3PPOA 3TQWA 2RF1A 5B7DA 1NKXA 1OQHA 1UTHB 3C36A 2Y7IA 1GV8A 1URDA 2Z23A 1LLSA 1Y3PA 3FJMA 4LQ2A 5DEXB 2XXPA 4C1UA 1GVCA 3B6WA 1LBBA 1B1HA 1JW4A 3LSWA 4G68B 4OENA 1VR5A 3TEPA 2OZZA 1NL5A 3QYTA 5I58B 1URGA 2H4IA 2O7UA 5JTYB 4YMBA 3IJOB 1H76A 2V84A 3OXNA 1NFTA 1SYIA 4NTLA 1GGGA 1MXXA 1B58A 3KZGA 3U72A 2OCUA 2DXRA 1B7ZA 1Y20A 4LVQA 3K01A 3GBBA 3N26A 4OWDA 2XD3A 3O28A 5I56B 1D4NA 3FIRA 5H8SA 3D4GA 3W9WA 1MY0A 3N5LA 4M4GA 3MWBA 4F3PA 1IZ1A 3FVNA 4ZEDA 1IITA 2VOZA 5M2VA 3MVYA 1ZMGA 3TTMA 2DOJA 1MQHA 3MZ1A 5CI5A 1MPDA 4ZS9A 3TTRA 4NWDA 3CFLA 1AOVA 1SW2A 1TWYA 3IB0A 1MS7A 3TKDA 2F36A 3IX1A 4R6YA 4MLQA 1RYOA 2HXWA 4FIMA 4R6HA 4FECA 3VVEA 1SI1A 4M1VA 5TPAA 1SW1A 1NMUA 3HSTA 2YLNA 1LBCA 3CG1A 3TTKA 3H06B 1Y3NA 3V8XB 4GLIA 2O1MA 3SESA 3KFMA 4H67A 5HPQA 1N04A 2RC8A 3CFXA 1B9JA 4XKNA 4DLDA 4KCCA 5FHMA 4OFLA 4XIGQ 4YKIA 3I5OA 3B6QA 1USYE 4R9GA 4YKPA 4IO3A 1ZIUA 3RPWA 3IB2A 2M8CA 3IR1A 3PGFA 4G68C 2DP8A 1M5DA 1LFHA 4F3GA 1MH3A 4L17A 3O2AA 3TELA 3ZS6A 5KZTA 3AXFA 3ILTB 3DP6A 2F7AA 4F22A 5TP9B 3G3HA 4TQUQ 3Q29A 4ECFA 1B6HA 3PUVE 1JEVA 2YJPA 4H6DA 4KYDA 4X1BA 4IB2A 1IXHA 2P1SA 3S9NC 4R73A 4C1TA 5B70A 4FEDA 1B51A 1AIVA 3M8UA 4KFQA 4NWCA 3UGWA 2Q88A 1YAEA 2V93A 5CMMA 4LUBA 1PC3A 1VFDA 1MXUA 4ZEKA 2F7BA 1ATGA 4LQ5A 3OSQA 4OMBA 3T9XB 3GBAA 4NF8B 1POTA 3K6UA 2QS1A 4PP0A 5EHSA 4IO4A 1URSA 3CRBA 4BDOA 1NNFA 1YCJA 3VLVA 5H8NB 1FQAA 1GTKA 1NNTA 1SVXB 2QPQA 4F19A 3OMBA 2F35A 3FGSA 2O6AA 1B3EA 5KCJA 3K1PA 2AL5A 3VLUA 1P1UA 2VD3A 4GXSB 4GRKA 3M3LA 3G3JA 4KQPA 4ELQA 4GIZA 4F2OA 2Z8EA 1L5TA 1JW5A 1HSJA 2AL4A 1FTMA 4H65A 2PBWA 4FATA 1RKMA 3EHTA 4F2QA 2KLFA 5KCJB 2F34A 5ITOA 4OZ9A 4GXAA 4ZECA 3H6VA 2HAVA 3C34A 5BWJA 3QIMA 3L6HA 3O6GA 1O64A 1Y3QA 4R2FA 1WVJA 3O66A 4IO2A 2XXTA 4R9FA 1LB9A 2DE4A 3KG2A 4KCDA 3MZBA 3HV1A 3SEVA 1FTKA 3K02A 5L9MA 4ELPA 3E9XA 1SW5A 2V3QA 4LP2B 3I6VA 4N6PA 2I58A 4EQBA 3GLBA 1B0HA 2A5SA 3UN6A 4ZZAA 4FAJA 3FJ7A 1LCTA 2VHAA 3G3GA 2B65A 4U21A 1LAFE 1UTBA 4KHZE 1B5HA 3FV1A 3IO4A 1XVXA 3OD7A 2Q89A 3FASA 3MVZA 2HEUA 3G3FA 5JK4A 2Q2AA 3H6TA 4YB7A 1OVTA 1QULA 5AA2B 1M5EA 3CFZA 4QFLA 3O6IA 2DWAA 1MQIA 2RC9A 2B3FA 2GRVA 4OTEA 2R6GE 1A8EA 2QMWA 2OK2A 3VXCA 3PUZE 2F6PA 1SD3A 1S7YA 2VGQA 4YMAA 2HQ0A 3RNNA 3FD3A 5KDTA 2ALUA 3D4CA 4YICA 3T93B 1MXYA 5DVIA 4ZEFA 2I3WA 1QKBA 4RPNA 4POWA 2I49A 2V25A 1QVSA 4PFYA 1MM6A 1UIVA 5ITPA 1MH4A 5CMBA 4HTGA 2Q8JA 2ONKE 2ESNA 3FV2A 5K2YA 1NH7A 2NUVA 3TUSA 2XXQA 2CMOA 2DWIA 4IY6A 2OWSA 3F11A 3MP6A 3G3IA 4FEBA 2Z8FA 4EQ7A 5AA4A 3U8QA 1I6AA 4GVOA 2UVGA 4U2RA 5I2NA 1XC1A 2O51A 2A5TB 1AL3A 4R2BA 3MPKA 3P7IA 4Z0IA 4GFRA 4PFTA 4WXJA 3QXMA 4KI0E 4I62A 1M5BA 3KOTA 3KN8A 1A99A 4RA1A 2UVIA 3PPPA 4Q5TA 4KYSA 2PMSA 4EF2A 3DP8A 1ZU0A 4LZ8A 3S2VA 1A7LA 4C0RA 2PX1A 2UYEA 4NF4B 1SW4A 3O9PA 4QHQA 1MQDA 2FYIA 2PVUA 2XX7A 3IK6B 5DYHA 1B4ZA 4OFOA 4BDRA 5CMCA 1R6ZA 3S9LC 3TODA 3E3KA 3JYRA 1B46A 2R9JA 1OLAA 2XXVA 4BDMA 1MG1A 4QFPA 2G29A 1J1NA 4DIGA 5CMKA 1H45A 1LSTA 1JETA 3DLNA 3PD8A 5ICTA 4EQ9A 5CRYA 1HSLA 1MDQA 2ZXTA 1Y1MA 5JEIA 4DXUA 5IAIA 3KJTA 1B1XA 4YKJA 4OESA 1ANFA 3K2DA 1OLCA 4H8IA 2D5WA 1MY1A 3CR9A 3IORA 3HO7A 4OYVA 3FZVA 4IO5A 2XXHA 4XKPA 1Y1ZA 3V83A 3FXUA 2ZYNA 3USDA 1US5A 4UACA 4X1DA 4RNSA 2E0SA 4ZEIA 4AB5A 2IEEA 3KSXA 2OJTA 4H0WA 4U23A 1BLFA 4KD5A 1P1QA 2H98A 2UYFA 3ECRA 2GHAA 5L9OA 1UIUA 1TFDA 1FTLA 3C32A 1JVYA 5L8DA 3FXRA 4G77A 4MF3A 4YB6A 4E0XA 5EHMA 3C4MA 3MZ9A 1N76A 2QL3A 4N07A 3OO7A 2FA7A 1KWHA 4QSCA 3PPRA 5I59A 2DSFA 1PBQA 4XKRA 1S9TA 1VFEA 1JW1A 3QUFA 1OVBA 3MQ9A 1PBPA 1B7HA 4NF6A 4P0IA 1NNKA 3PV0E 1LAHE 5TPAB 3SEXA 1SYHA 1N3WA 2GH9A 1IXGA 2I0CA 3CG3A 3BFTA 2GHBA 4OETA 4GF8A 3UORA 1I6BA 3B6TA 3ZSFA 3HHFA 3BKIB 2D3IA 1QUIA 2O7IA 2RINA 3MP8A 3C31A 5TU0A 1D3KA 3OEKA 5I57A 4H8JA 2P0SA 4JBZA 4DE8A 4G8MA 4OQOA 2HCAA 3T9HB 1MDP1 5F1QA 1Y9UA 1N7XA 5HBCA 3TMGA 1QUKA 2X26A 1LCFA 5DVJA 4OFJA 1P1WA 2D21A 2V3TA 3QK6A 1B3FA 1TFAA 1UQWA 1FTOA 1USYH 4E0WA 1Z7ME 2NOOA 4YKKA 3LSLA 4BDQA 4ZZEA 2Q2CA 1DOTA 4LONB 2Y7PA 3TCHA 3BFUA 1EH3A 3UA8A 2X7QA 3MVXA 2OWTA 1CB6A 3W9VA 2B3BA 4ZDMA 4O3AA 1XS5A 3FXQA 1P99A 4F31B 1Z7NE 2ZNTA 3O97A 1N3XA 1H43A 1PB9A 2IA4A 2RC7A 3IOTA 3T66A 3OSRA 1DMBA 3GZGA 3VLWA 2H9BA 2QS3A 3Q25A 2CZLA 3PU5A 1VE4A 4UA8A 4IY5A 4U4SA 4THIA 4R74A 3K1MA 1EZPA 3QUJA 2UXAA 3PMWA 4JWXA 4PQJA 1SDXA 2DWJA 2QSXA 3FVOA 3TCGA 5H8FA 4R75A 4XKQA 3H6UA 3A3UA 1IIWA 4NMYA 5CC2A 3IOWA 1D9YA 2HFBA 3TFLA 4IGRA 3OELA 3H3GA 2XXUA 3SETA 1DPPA 5CBSA 2OBGA 2F97A 4GL0A 1ELJA 3FVGA 4G2ZA 4TLLB 4AB6A 4WEPA 4HS7A 1QJMA 3PPNA 5AA1A 2NWJA 3TPAA 3VDFA 3TZAA 1B3HA 4JXIA 3CSGA 1OQGA 4IO7A 3LSXA 1B3GA 4P0GA 4DCYA 2H5YA 3ODBA 1LFIA 1ZJLA 2O84X 3PUXE 1D9VA 5H8QA 2AIXA 2DVZA 3RY3A 1FQDA 3VXBA 4JSOA 4GL8A 4F3BA 1B32A 3LBSA 1AMFA 5FTIA 3LSFB 1I6QA 1MY4A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5L9SA 1US4A 4GWWA 1UTBB 4QFNA 2QVVA 2HXRA 1BKAA 3MPLA 3EKIA 4ESWA 3HN0A 2P2AA 5H8QB 3TDJA 2RKMA 4PAKA 1FBGA 4PFRA 1B05A 1LBWA 2XXWA 4GOTA 1MY3A 1FBFA 4GQOA 4ND9A 4YAHX 4PETA 3N94A 3R7XA 2ZZVA 4I3EA 2QS4A 1KA1A 3EN3A 1A40A 1FTJA 3FUZA 2XX9A 2Y84A 3DELB 3OO8A 1CNQA 3K0VA 3SZPA 1O63A 3EHSA 1I69A 2H99A 5ET5A 4KPTA 4U4XA 2THIA 4Q8RA 2X7PA 1G0HA 3RPLA 2WBBA 3BBRA 5KDTB 4PE5B 4N6KA 4LZ5A 5DT6A 2L5VA 3R6UA 4KYEA 3G3KA 1VSOA 4HCWA 2ZYKA 2PT1A 2O69A 5H8HA 1B52A 3O6HA 3PD9A 3SEWA 4QF9A 3HPIA 4N91A 4P11A 2REJA 4QFOA 2W7YA 3RLFE 1R9LA 1GR2A 4NGUA 3PPQA 3E4RA 3MUQA 4MLVA 3CIJA 4QSDA 2Z22A 3PUYE 5I7IA 3T1BA 2QMXA 1BP5A 2XXRA 3RPLB 4AS5A 1KZ8A 4O7IA 5DEXA 3C33A 3LUYA 3SDFA 2DE3A 3MVWA 1A55A 3U94A 4G68A 4H45A 3VVDA 2ABHA 5H8HB 3MP1A 5AA4B 1DTGA 5I2NB 4RY1A 5I2KA 1DSNA 1MM7A 1Q1KA 2HZLA 1RDYA 5JTYA 1JEUA 1NNPA 3UIFA 1ZLQA 4X48A 2NXOA 2F78A 5IZ1A 3QSLA 3HHGA 4U1ZA 3TYHA 1AH5A 1CE2A 3WAEA 3H03A 4DZ1A 2FNCA 4WKMA 2DVCA 4U22A 1FPJA 2DS9A 3U92A 3HCQA 3KC1A 1NV0A 4O3BA 4PFUA 4F1UA 2Q9TA 5K2XA 3K6XA 2RCBA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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