4LP2B

Crystal structure of monomeric ligand binding domain of s. typhimurium cysb, a lysr transcriptional regulator at 2.2a
Total Genus 64

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
64
sequence length
239
structure length
239
Chain Sequence
EHTWPDKGSLYIATTHTQARYALPGVIKGFIERYPRVSLHMHQGSPTQIAEAVSKGNADFAIATEALHLYDDLVMLPCYHWNRSIVVTPDHPLAATSSVTIEALAQYPLVTYTFGFTGRSELDTAFNRAGLTPRIVFTATDADVIKTYVRLGLGVGVIASMAVDPLADPDLVRIDAHDIFSHSTTKIGFRRSTFLRSYMYDFIQRFAPHLTRDVVDTAVALRSNEEIEAMFQDIKLPEK

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
EMPTYS6 (194-197)3H1 (177-180)S5 (168-172)S1 (93-99)AH1 (101-118)TI1 (119-122)S4 (159-166)TVIII1 (181-184)AH2 (131-140)S2 (122-128)S3 (145-149)TIV2 (150-153)TII1 (198-201)TIV5 (155-158)TIV4 (152-155)TIV6 (201-204)AH4 (204-214)AH5 (227-236)S7 (220-224)TI2 (173-176)TIV1 (149-152)AH3 (186-190)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Gene regulation
source organism Salmonella enterica subsp. enterica serovar typhimurium
publication title Crystal structure of monomeric ligand binding domain of S. typhimurium CysB, a LysR transcriptional regulator at 2.2A
rcsb
molecule keywords HTH-type transcriptional regulator CysB
total genus 64
structure length 239
sequence length 239
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-07-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF03466 LysR_substrate LysR substrate binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4lp2B01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4lp2B02
3N6TA 1SD3A 1NH7A 1DSNA 3H7MA 4R6YA 4HCWA 1FQFA 2I6EA 3MPKA 2F35A 2F97A 1LFHA 2DS9A 1QVSA 4H0WA 1MRPA 3KBRA 4PP0A 3B7DA 3ONMA 2DE2A 3TYHA 4LZ7A 4F39A 4X1DA 1US4A 2F78A 3FD3A 5FHNA 2RCBA 4HW8A 3SKPA 4DCXA 1LB8A 4MLQA 2QS2A 1FQCA 2RF1A 4OVJA 3CSGA 1IITA 4ZEBA 1ZBMA 1A8EA 1VSOA 2ZYKA 3U92A 3LC8A 4GIZA 1II5A 2HXWA 3FXRA 1GR2A 3EQ1A 3MWBA 1SW2A 4F3GA 4XKQA 4ELQA 2XXPA 4I62A 4LVQA 3E9XA 3LBSA 3U1OA 2P2AA 1TWYA 4LATA 4QFKA 4IO6A 4XKRA 3FXQA 1RKMA 1MXWA 4OEVA 4FJPA 5LOMA 3LUYA 1PB8A 4LQ2A 3R6UA 2XD3A 3A3CA 4WKMA 2H25A 4OMBA 1UIUA 4IB2A 2O51A 3MP8A 4DXCA 3LSFB 2XXVA 4U21A 3CIJA 1XT8A 3PMVA 4OEUA 3DM0A 4RK9A 2QSXA 2OCUA 3O2AA 4X9TA 1SW5A 1H76A 2F7BA 4LONB 3U72A 2F36A 2UXAA 4JSOA 3EHSA 2H98A 2ONKE 1N0TA 3D4CA 3F11A 3MZBA 4RA1A 4NF6A 3B6TA 2DYXA 3PUZE 2O6AA 1AOVA 1FQDA 3MAMA 4QSEA 5KZTA 2RC9A 1IXHA 5DEXB 4YKIA 1MXXA 2DQVA 4G68A 2O1LA 2XD2A 2AYSA 3CRBA 3KEIA 5J1DA 4KHZE 4LZ5A 3S4UA 1FTLA 5IAIA 4F31B 4F2QA 1WDNA 3MP1A 3LSLA 2I49A 5DVIA 4IGRA 4Q0CA 5AA2D 4GVOA 1EZPA 3KN3A 4JB7A 3MC2A 2NXOA 2LAOA 1AH5A 3Q28A 1OIBA 3SESA 4G8NA 5I57A 1GV8A 4O3AA 1MM6A 4HS7A 1MXZA 2OZZA 5CI5A 4ELPA 4IY6A 5DTBA 2ZNTA 3IOVA 1GTKA 1URSA 1SQYA 1HSLA 3SEYA 2F7CA 3RTFB 5L8DA 3HN0A 3VFJA 3MBPA 3R7XA 4Z7EA 3K2DA 2GHAA 3IR1A 3W9WA 2VOZA 4EXLA 1MY3A 1B40A 1VR5A 4ZDMA 1YAEA 4RXLA 3MP6A 2NWJA 4Z0IA 3N26A 1SYHA 2M8CA 1GVCA 4JBZA 4JXIA 2REGA 5ITOA 3C34A 4NWDA 3OO9A 2QL3A 4POWA 2ONSA 3I3VA 4H1XA 2P0SA 4YMAA 4EDPA 1SBPA 5CC2A 4G77A 3IAZA 3TODA 2Z23A 3QK6A 2Q9TA 3KZGA 1Q1KA 3B6WA 2O69A 4QFLA 1UTBA 4O3CA 1N76A 4BLAA 1Y20A 4F18A 5I59B 3ECRA 4U23A 3S9LC 5AA4B 5ICTA 4H67A 5JTYA 1TFDA 2AIXA 4GL8A 4G8MA 4PQJA 2V93A 3FXUA 2XXQA 3C4MA 3LSWA 3MQ9A 3M8UA 2RCAA 4N13A 4BDMA 3ZSFA 4YZZA 3TTNA 1D3KA 3FIRA 2F7AA 5K2YA 4NF4A 1ZMGA 1LCFA 1OMPA 1Q35A 1Z7NE 1USYE 2G29A 3U8QA 1LB9A 1UTHA 1B52A 1OVBA 2R6GE 4EUOA 3M3LA 4JWOA 4UA8A 2VD2A 3UORA 1MDQA 4FORA 3OMBA 4YU0A 4H5FA 4ZEIA 1B2HA 2H9BA 2E1SA 1P1UA 2ZYNA 4I8CA 1Y1MA 2Y7IA 3T9UA 3ZS6A 5H8FA 1P1WA 3U94A 4GWOA 3EHUA 4HTGA 5I2NB 3H6TA 3KJ7A 1LAGE 1NNFA 2DVZA 3TCHA 1WODA 4ELOA 1VE4A 2O68A 4ZE9A 4QF9A 1MY0A 3H6WA 5TPAB 1Z7ME 5B7DA 1QKBA 2XX7A 1MQHA 4KFQA 2QJEA 3PPNA 3BFUA 3V8XB 1H44A 4NE4A 5KCJA 4OWDA 4C1UA 2Y7RA 1Y3QA 3PV0E 3O6HA 3MJNA 4OYVA 1POY1 4P0IA 1NFTA 3TPAA 3ZKLA 2ZNSA 2DWAA 4L17A 3GLBA 3VLUA 3UN6A 5CRYA 4AB5A 3GZGA 4WEDA 1HSEA 3T9VA 2VD3A 3UP9A 4EQ9A 3H6VA 3ZKKA 1B3FA 4Q30B 3MZ9A 4G4PA 1ZJLA 5JEIA 5EYFA 3PUVE 4OERA 5H8SA 3TKDA 1DTGA 2I0BA 3OO8A 4FE8A 1XOCA 3PPPA 1SI1A 2A5TB 4BDOA 4FIMA 3IORA 2ZXTA 2PYYA 4YKKA 1BP5A 2XXWA 1B3LA 4YICA 1A7LA 3QUFA 1B7UA 4I1DA 1NH8A 4GXAA 3OELA 4DE8A 1MY4A 1SVXB 1QJMA 5L9MA 3QSLA 2XXHA 1B5IA 1DTZA 4JDFA 5IKBA 1VFDA 3K6VA 1B1HA 1LAHE 5AA2A 1MXYA 2HAUA 3MVZA 3E4RA 5H8QB 1JVXA 3IX1A 1NKXA 3LSXA 1LFIA 1MQIA 2F8DA 5TU0A 3PPQA 3O66A 4QHQA 4ECFA 2YPNA 1TXFA 4QFNA 3C35A 3KSJA 1NMUA 3JV9A 3MW0A 1B3EA 1OLCA 3FVKA 4YB6A 1DPPA 1NL5A 2F5XA 4ZECA 4G68C 1IXCA 4LUBA 3CFZA 1D9YA 1LBBA 1MXUA 4PFUA 3T9XB 2YLNA 3H3GA 3ODBA 3OO7A 3Q27A 1S9TA 2Z8DA 4OENA 2XXUA 3KFMA 2PX1A 1LGBC 1EH3A 3KOSA 1H3DA 4ZZAA 1B46A 4IO7A 3O9PA 4GD5A 1N7WA 1B3HA 3RNNA 1XC1A 1B0HA 4F2OA 3BFTA 1OQHA 4QRZA 2D5WA 3KG2A 2O84X 4R2FA 5B70A 2PT2A 4YKPA 4NF5A 3CVGA 3N6UA 1B5JA 2OBGA 5H8HB 1FTOA 1XS5A 3FVOA 2V3UA 1JVYA 1CE2A 1B9JA 1M5BA 5HM4B 4KQPA 5I84A 1JEUA 3IB2A 4ESWA 3K0VA 3IO6A 2NVUB 3V83A 3K02A 1ANFA 3C36A 2DP8A 4YMBA 3C9HA 4GXSB 3E3KA 1N3WA 1SW1A 1Y3NA 2CZLA 3HSTA 3QUJA 1L5TA 2XXRA 2UYFA 4DXUA 2ONRA 1YTVA 1A8FA 4M1VA 3RLFE 3WAFA 3RT6B 1LCTA 5I2KA 3RGYA 2Q8JA 1ZLQA 1FW0A 2ESNA 2DWJA 4G8HA 3S2VA 1MQGA 2ANJA 2GRVA 1ATGA 4ZZEA 3TDJA 3VVFA 2NUVA 4F19A 3SEUA 2V3TA 3N5LA 1JW4A 2H5YA 1QUKA 5L9SA 3MVWA 2Y84A 4FEBA 4XKPA 3DP8A 1P99A 2AL5A 2UVHA 3H06B 4ZEFA 4NEDA 4IY5A 4IO4A 1UQWA 3TCGA 3QAXA 1B4HA 1NNTA 2RKMA 5I59A 1MDP1 2B3BA 2XX9A 4H8JA 3H03A 3T96B 5H8NB 3DP6A 3G3JA 4POXA 2RC8A 3SEXA 1BKAA 5AA1A 1EZOA 3VLVA 4DCYA 1A40A 5CMMA 2GH9A 2Y7PA 3H4ZA 4DDDA 4P11A 4OFJA 4DIGA 1DOTA 4DZ1A 3FATA 3TTLA 1WVJA 4MH5A 1Y1ZA 1ZIUA 3S9MC 1PDAA 4R73A 4KR5A 3RUMA 5K2XA 1MH4A 1RYXA 5EHSA 4Q5TA 1B7HA 1GGGA 3IB0A 4XTCQ 4F22A 3KOTA 1J1NA 3KN8A 3PMWA 3CFLA 2ZYMA 2HFBA 4LP2B 4WXJA 1PBQA 2DVCA 5F7VA 5I2NA 3TTRA 3SDFA 2FNCA 4OXVA 4IO2A 2CMOA 4P0GA 1B6HA 3O28A 4HCYA 4RPOA 4GFRA 5I58B 1IQ7A 3EPEA 3K6WA 2I58A 5TP9A 1PB7A 1JETA 1OVTA 4WEPA 4H5GA 4F1UA 2G93A 4U2RA 4U4SA 3PGFA 4ESXA 4IGTA 3GXAA 3C31A 1PEBA 1USYH 4NTLA 4LZ8A 3O29A 3V89B 2I4CA 4H8IA 3CG3A 1B3GA 3FVNA 4DLDA 3PUYE 4M4GA 1IZ1A 2FA7A 5ITPA 1H45A 3MUQA 2X7QA 3OD7A 4G68B 4C0RA 3IK6B 3RT8A 3UIFA 3IOTA 3VVDA 4F29A 3G7WA 1IUDA 2A5TA 3EN3A 3H6UA 3ILUB 4OTEA 1M5DA 4R2BA 1VFEA 5CMKA 3RQTA 1JQFA 1B51A 4NF8A 5AE4A 3UK4A 2QS1A 3VV5A 1I6QA 1BLFA 2OJTA 3PPOA 3RY3A 2QS3A 1RYOA 1QUJA 5I57B 1B4ZA 3TZAA 3OEKA 3IJXB 5ELVA 2RC7A 5EHMA 2REJA 2I0CA 4ND9A 1SW4A 5I56B 4EF2A 2XXXA 2VHAA 5H8QA 4RYAA 3LR1A 1M5EA 4E0WA 4K3FA 3S9EA 3IJOB 2DE3A 5FTHA 5DT6A 5ISUA 3IO4A 1N84A 2NOOA 2H99A 3GBAA 2QS4A 3K1PA 4AQ4A 1O64A 4R9GA 1LLSA 4O3BA 2QMWA 1SDXA 4YAHX 4AB6A 2VP1A 4RK2A 3GBBA 4NWCA 1ELJA 1S7YA 1BIYA 3P7IA 2DSFA 2RINA 1QULA 4MF3A 4GF8A 3THIA 1MPBA 3K6XA 1MG1A 4LA9A 5DYHA 3CSBA 3AXFA 3D4GA 3G3HA 4TOZA 3VXBA 4UACA 4EXKA 3G3KA 2A5SA 4RPNA 1YCJA 1XVXA 3RTWB 3BKIB 4U4XA 2F34A 4KD5A 2V25A 3OSQA 2HCAA 5JTYB 5H8HA 2B65A 3SEVA 1I6BA 2X7PA 1FTJA 3DLNA 2O7UA 4GOTA 2HAVA 1LSTA 3TTMA 4RJZA 4NF4B 3FVGA 4BDLA 3TUSA 3PPRA 2DOJA 1FQBA 1LFGA 3HPIA 5CMCA 4TLMB 3UGWA 3TELA 3TQWA 4F3BA 3JZJA 3N94A 2ZYOA 3OOAA 1N3XA 3KN7A 1SI0A 4TQUQ 3G3FA 3L6HA 5A5XB 3K01A 4QFOA 3VVEA 2XXTA 3TTKA 3W15C 5BWJA 1I6AA 3MZ1A 4OFLA 2QPQA 4FEDA 4Q8RA 1UIVA 1NNPA 5DEXA 3IOWA 5DVJA 4FECA 2O1MA 1DMBA 4U22A 2DWHA 2HQ0A 4QSDA 4X48A 1POTA 1PC3A 1MY2A 3CG1A 2HZLA 3CFXA 1JNFA 5KCJB 1R9LA 3PU5A 1JW5A 2PMSA 1A54A 4BDQA 1B7ZA 1R1NA 4KCDA 5H8NA 3PUXE 1QW0A 4MBPA 4R75A 4MLVA 3DP4A 1FCKA 1O63A 3B6QA 3C32A 5DVFA 1AMFA 2PVUA 3FZVA 2DXRA 2QRYA 5F1QA 4BDNA 1S50A 3EF7A 4H65A 3FASA 4KYSA 5HBCA 3MVXA 4ISUA 2GFEA 2D21A 3T22A 4JSDA 2PBWA 1URDA 2HZKA 2GHBA 4ZEKA 1MXVA 5KDTB 2QMXA 1MPDA 1TFAA 2OK2A 2FYIA 3HCQA 5CBSA 3CR9A 3I5OA 3K00A 2DE4A 1R6ZA 1EZ9A 5I58A 3V5AA 5AA2B 3EHTA 3UA8A 4OFOA 2BJJX 2Q2CA 1IEJA 2UVGA 4DXBA 3USDA 3O6IA 1AIVA 3WAEA 4NMYA 4F1VA 3K1MA 3FV1A 3PUWE 4PFWA 3OEMA 3VLWA 1SYIA 4JWXA 3TEPA 3SERA 2H4IA 4THIA 1ZU0A 4JWYA 1D4NA 2V84A 4GQOA 3M3KA 1B58A 3FV2A 2Z22A 5AA4A 3IL1B 2W7YA 5L9OA 2ALUA 1MM7A 2V3QA 2E0SA 3C33A 1Y9UA 1FQEA 2UYEA 3G3IA 2AL4A 2F6PA 1MPCA 2Y7KA 4YKJA 4OESA 1B5HA 1P1NA 1JEVA 5ICQA 5FHMA 1QUIA 1I69A 1N04A 1YPNA 4N07A 4PETA 5FHOA 5FTIA 3KGCA 4OZ9A 3PMXA 1ZTYA 1LAXA 3TMGA 4OETA 3VDFA 4NF5B 4F3PA 2Z8EA 4IO5A 1F9BA 3FGSA 1OQGA 1Y4TA 3R26A 3HV1A 3HHGA 4KI0E 4U1ZA 5CMBA 1FQAA 1H43A 3QIMA 5I56A 3DELB 3T9HB 1FTKA 1MS7A 3L6GA 2WKYA 4U1OA 4PE5B 4TLLB 1Y3PA 3MVYA 1XHYA 4IO3A 5TPAA 4XIGQ 3T66A 1HSJA 2DWIA 4QSCA 4OHNA 4G2ZA 5I2KB 3OENA 4ZE8A 5CBRA 2UVJA 3PD9A 1ZKBA 2Q2AA 1AL3A 3Q26A 4NF6B 4GL0A 3I6VA 5AA3A 4H6DA 3QYTA 4YB7A 3K1NA 4KPTA 1CB6A 2HEUA 1O7TA 1JW1A 3IOUA 1LBCA 2DXYA 1A99A 2I3WA 2YJPA 3E13X 1P1QA 3K6UA 2XX8A 3KSXA 3A09A 3BBRA 1N7XA 1M5FA 5BUUA 4ZEDA 1MH3A 2OWTA 1DPEA 1MQJA 3FJGA 2D3IA 4ONYA 1B1XA 2OWSA 4R74A 3MPLA 1B05A 4MFIA 4KCCA 1PB9A 4PFTA 1URGA 1MY1A 4R6KA 2PT1A 3IB1A 4QFPA 1IXIA 2IEEA 2Y7WA 4EQ7A 3M3FA 5CM6A 1US5A 1QKAA 3W9VA 4XXUA 4FATA 5HPQA 4KYEA 1NNKA 2ZNUA 1M5CA 5A5XA 3O97A 1A55A 3VE1B 2Q89A 2THIA 2F6GA 1B32A 2UVIA 3RN8A 4RY1A 4PFYA 4EQBA 2I48A 1MQDA 3TQLA 3SETA 2ZMBA 2KLFA 5TP9B 3U93A 1D9VA 3VXCA 2O7IA 1LAFE 2I4BA 4R72A 2R9JA 4OQOA 3TAJA 4N6PA 1OLAA 3PD8A 1BTJA 1TT1A 4ELRA 4GRKA 3TCFA 3CI8A 3Q25A 3OXNA 4R9FA 4XKNA 1PBPA 1KWHA 2P1SA 2R71A 1UTBB 4E0XA 3JYRA 3T93B 2IA4A 2VGQA 1IIWA 4F3SA 3O6GA 4I9DA 3SEWA 3FJMA 3K4UA 2I3VA 3FJ7A 1T0KA 4X1BA 1IXGA 1XVYA 2X26A 5JK4A 2Q88A 1R9QA 3ILTB 3G3GA 2ABHA 3HHFA 3S9NC 2Z8FA 3RPWA 3OO6A 4EF1A 3HO7A 2OLBA 1UTHB 4NF8B 5KDTA 1B0LA 4BDRA 3OSRA 4FAJA 1P1OA 3TFLA 2B3FA 5M2VA 4YB5A 1Y4CA 1FTMA 2XHDA 2XXIA 4F1YA 4KYDA 3QXMA 3Q29A 4LQ5A 4C1TA 1EU8A 3KJTA 5H8FB 4R6HA 3A3UA 4RNSA 3FUZA 4GLIA 2XXYA 4ZS9A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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