4LP2B

Crystal structure of monomeric ligand binding domain of s. typhimurium cysb, a lysr transcriptional regulator at 2.2a
Total Genus 64
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
64
sequence length
239
structure length
239
Chain Sequence
EHTWPDKGSLYIATTHTQARYALPGVIKGFIERYPRVSLHMHQGSPTQIAEAVSKGNADFAIATEALHLYDDLVMLPCYHWNRSIVVTPDHPLAATSSVTIEALAQYPLVTYTFGFTGRSELDTAFNRAGLTPRIVFTATDADVIKTYVRLGLGVGVIASMAVDPLADPDLVRIDAHDIFSHSTTKIGFRRSTFLRSYMYDFIQRFAPHLTRDVVDTAVALRSNEEIEAMFQDIKLPEK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structure of monomeric ligand binding domain of S. typhimurium CysB, a LysR transcriptional regulator at 2.2A
rcsb
molecule keywords HTH-type transcriptional regulator CysB
molecule tags Gene regulation
source organism Salmonella enterica subsp. enterica serovar typhimurium
total genus 64
structure length 239
sequence length 239
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-07-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF03466 LysR_substrate LysR substrate binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4lp2B01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4lp2B02
3B6TA 1N3XA 4NF8A 5I57A 5I57B 4QFNA 4WEDA 1B1HA 1I6AA 3LSFB 2XD3A 5M2VA 2XXPA 3JZJA 4R73A 3W9VA 3EHUA 3H03A 3DELB 1B3HA 3D4CA 3D4GA 1Y3QA 4IGRA 3LC8A 4OMBA 1POTA 4FE8A 5ITOA 5H8FB 1URDA 1SVXB 3U72A 4ZECA 3IJXB 2QS4A 4F1YA 2HAUA 3O28A 3C9HA 2Y7PA 4H8JA 3LSLA 5FTIA 2O51A 3QSLA 1QUKA 3OD7A 4JWXA 3TQLA 3TZAA 1M5BA 2UVJA 4RPNA 3LUYA 4OEVA 1OQGA 1QULA 5I2KA 1ZBMA 4KFQA 4U1ZA 5H8HB 3WAEA 2AL5A 1OLCA 1VFEA 2V3TA 4BDNA 1P1WA 2X7QA 4X9TA 5I2NA 3FIRA 2Q9TA 4EQ9A 4AB6A 2O7UA 3EPEA 1YAEA 4YB7A 2RCBA 2NUVA 3O2AA 2GHBA 3KZGA 3KJ7A 2DQVA 1B51A 3TTMA 5ITPA 2G93A 5LOMA 3K4UA 1OIBA 2RCAA 1IXIA 1B3FA 1S7YA 1MPBA 4F3BA 4OENA 4YAHX 3CIJA 4PE5B 1N0TA 3OO8A 4KD5A 4AB5A 1LFIA 4O3BA 1LAXA 3MP8A 3SESA 3VLWA 3G3GA 3V8XB 3OSQA 3TUSA 1OQHA 4BDMA 2GFEA 1QVSA 1FTOA 3S2VA 1UTBB 1LFHA 4G68A 4G68B 1IEJA 1ZJLA 4Q30B 4TLMB 1EU8A 1P1UA 3UN6A 2Z23A 4MLQA 3PPNA 1A7LA 3RPWA 5JK4A 5EYFA 2KLFA 3IO4A 1TWYA 2V25A 1B40A 3OEKA 4LZ5A 3T9UA 4I62A 1LAHE 2UVIA 3CSGA 1B4ZA 4X1DA 1FQBA 3O66A 3PGFA 4LVQA 3Q29A 4BDLA 5AA2D 1POY1 4MF3A 4FATA 5AA2A 1SW4A 4C0RA 2O1MA 3K1NA 5F1QA 2QJEA 1B7UA 1JVYA 2Y7WA 2F34A 2ZNTA 4U2RA 3W9WA 1A55A 1B0HA 3QAXA 1OMPA 3TMGA 1NKXA 4YU0A 1MPCA 3A09A 3TAJA 2HQ0A 3EHTA 4QRZA 1H44A 1KWHA 4L17A 3MVYA 4F1VA 3DP8A 1FQCA 3OO6A 1B52A 4OETA 2XXWA 3VVEA 1FTJA 1RYXA 2ZMBA 4GLIA 4F19A 2H9BA 1D4NA 1LB9A 1B05A 4OFLA 2VP1A 4GXAA 4IO4A 3GLBA 1SYHA 3SKPA 4Q0CA 4ZE9A 4F3GA 4H5GA 4IO6A 1VFDA 5DT6A 3B6QA 2NOOA 2QS1A 4H8IA 2D5WA 3OO9A 4ESWA 1GVCA 1QUIA 3PPOA 4GL8A 3RN8A 5JTYB 2THIA 1GV8A 3CG1A 1P1OA 4ZEDA 1BP5A 2QMWA 3K1MA 4GFRA 1GTKA 3T96B 2DYXA 1MM6A 3IO6A 2V84A 1B1XA 1B5HA 1XVXA 3OOAA 3FVOA 2B65A 4EXLA 2Q8JA 2M8CA 1B6HA 3FUZA 2I3VA 3KFMA 1N84A 3MWBA 4U4SA 1P1NA 4H6DA 4F3SA 1L5TA 1QW0A 2FYIA 2V3QA 2AYSA 4JDFA 4XKQA 2Z22A 4OQOA 4RA1A 4RK9A 5BWJA 3UIFA 1FQAA 5FHOA 3FXQA 3MAMA 4Z7EA 1PB8A 4BDRA 3K6XA 2R9JA 5DVJA 2V93A 1SW1A 4U21A 1QKAA 3KEIA 2OBGA 2PT1A 1DTGA 4OHNA 1MQGA 1JETA 3U8QA 5I56A 3PV0E 5I56B 1HSEA 1Y4CA 4OXVA 3Q26A 3PUZE 4ZZEA 1B5JA 1B2HA 4GL0A 3MZBA 1S9TA 4IGTA 2ZYMA 1IQ7A 4JXIA 4JBZA 1MXUA 1WDNA 2OCUA 2XXVA 2IEEA 2I0BA 2RINA 4U1OA 3PUYE 1BIYA 4ONYA 3G7WA 1AH5A 1SYIA 2I49A 3O9PA 1MDP1 1USYH 4NF6A 4F31B 4U23A 3TEPA 2F36A 4NF6B 2FA7A 1ELJA 1UTHB 1NNTA 1NNKA 4R75A 3SETA 2VD2A 3KSXA 3N5LA 1MXXA 4KYSA 3RT6B 1JQFA 1FCKA 1Y3NA 3O6HA 2Q89A 1ZLQA 3H06B 5AA4B 1CB6A 3RUMA 4G4PA 1YPNA 3VFJA 2XX9A 1A8EA 3QUJA 4Q8RA 2RC7A 5ELVA 4I1DA 3DP6A 3TCFA 1FQFA 2ANJA 2QPQA 2F35A 2GRVA 2RC9A 4GVOA 2Y84A 3EF7A 4Q5TA 3FVGA 1Y1MA 3IR1A 3ONMA 4RXLA 2ZNUA 3E9XA 4P0IA 2P2AA 2D21A 5KDTB 2PVUA 3Q25A 2Z8DA 3IK6B 3W15C 1UIVA 1AOVA 4NF8B 3V89B 5CC2A 5BUUA 3C4MA 4U22A 3CRBA 4EQBA 1MRPA 2B3FA 5HBCA 2VD3A 1TT1A 4KQPA 3E3KA 3K0VA 2DWAA 1MXZA 2Z8EA 3SEVA 4MFIA 1B3EA 1BKAA 3TTLA 1B3GA 4UA8A 1DSNA 4YMAA 3H6TA 1MXWA 3OO7A 4R2FA 4DZ1A 3QYTA 1NL5A 5ICTA 2VHAA 2DXRA 3RY3A 5CRYA 3WAFA 4F39A 4GF8A 4R72A 2RF1A 3KN3A 1XS5A 3G3HA 5I58A 5F7VA 2UYEA 5I58B 5HPQA 2XXUA 2FNCA 2O7IA 4X1BA 4KCCA 4ECFA 4FEDA 1IIWA 4O3CA 4QHQA 4NE4A 3CVGA 1US5A 3V83A 3O6GA 4GXSB 4WKMA 4JWYA 3F11A 3QXMA 3ECRA 2AL4A 5KCJA 5KCJB 4G2ZA 2HXWA 5I2KB 4QSDA 3PPPA 3B6WA 1A99A 3HV1A 1OLAA 1SD3A 2X7PA 3K01A 5DVIA 5AE4A 3VVDA 3KBRA 5I2NB 1MG1A 1N3WA 4DXBA 2DVCA 1UIUA 3IL1B 1FTKA 1FW0A 4ZE8A 3MZ9A 3SEUA 3PMVA 4OTEA 2I4CA 2H5YA 4THIA 4LATA 1EH3A 4K3FA 3GXAA 1D3KA 4RPOA 4PFWA 1LCFA 4X48A 3MVXA 3CG3A 1J1NA 3TTRA 3FATA 1LAGE 1ANFA 4FIMA 1FTLA 4HCYA 2ZYOA 5DYHA 1MPDA 2W7YA 3I6VA 3FV1A 4EQ7A 3B7DA 1N7WA 4FORA 2UVHA 2V3UA 4M1VA 3VVFA 2DSFA 3K2DA 4OESA 4YZZA 4ZEFA 1MXVA 2DE4A 3G3JA 3H3GA 4PFUA 5EHMA 3PD8A 1B0LA 1N04A 1XT8A 3M8UA 4F1UA 3R6UA 5H8SA 4PFYA 3RQTA 3DLNA 5CI5A 2A5SA 1JW4A 5DEXA 4AQ4A 1O64A 5DEXB 3KN8A 4EUOA 3TFLA 1MY1A 3KGCA 4P11A 1ZU0A 2PMSA 1FQDA 3MVWA 5AA2B 2O1LA 4NTLA 1XVYA 4ZEIA 1PB7A 1ZMGA 2LAOA 3TCHA 3ILTB 4G8NA 3C35A 4G77A 1PEBA 4LA9A 2DWJA 3M3KA 4BDQA 1B58A 2UYFA 3U1OA 1H43A 3JV9A 4OWDA 4ISUA 3L6GA 1B4HA 4DCXA 3IJOB 2F7BA 4XTCQ 2XXTA 3MJNA 4U4XA 3EN3A 3QIMA 5TU0A 1WODA 2YPNA 1EZ9A 3T9HB 2HZLA 5L9MA 2BJJX 1JW5A 4PETA 3RTFB 1IITA 1D9VA 1MQDA 2QS2A 3S9MC 5TPAA 3MPKA 5TPAB 1NNFA 1T0KA 3RT8A 2I4BA 3IORA 1LBCA 4EDPA 4TOZA 1LAFE 2G29A 3H6VA 4NF5A 1DPPA 5HM4B 1HSJA 2XD2A 4NF5B 5J1DA 4GWOA 3E13X 2XHDA 2I6EA 4HW8A 4GD5A 3MZ1A 2Q88A 4R6HA 4YKKA 3FZVA 1ATGA 1BLFA 3V5AA 1JEVA 3FXRA 2Q2CA 3FJGA 1AMFA 1HSLA 4DE8A 3CFLA 3HN0A 2ZYKA 4PFTA 2OZZA 3PD9A 1ZKBA 2A5TA 2A5TB 2IA4A 3OEMA 1IXHA 4F2QA 1R9LA 2QS3A 2Y7KA 1CE2A 2XXQA 3TQWA 3RGYA 5CM6A 3L6HA 4ZDMA 4ND9A 4JSOA 4N6PA 4YKIA 5L9SA 3E4RA 3RLFE 5B70A 3N26A 2ZXTA 3U94A 2H25A 5IKBA 1LSTA 4DXCA 3P7IA 2E0SA 3K6UA 4O3AA 1AL3A 2CZLA 2XXIA 1O7TA 4RYAA 1B7ZA 2Z8FA 4ZZAA 1QUJA 3TODA 2ONRA 2F78A 4YB5A 4LZ8A 1XHYA 1MH3A 2PX1A 2F6PA 5K2YA 3VXCA 4KI0E 3FGSA 3S9LC 2ONKE 2H4IA 3EQ1A 3OELA 3G3KA 2I0CA 4TQUQ 3HPIA 3OSRA 1SQYA 3THIA 2F7CA 4WEPA 2I3WA 3DM0A 3FD3A 1O63A 4XKNA 3FVNA 4M4GA 3VLVA 2DE2A 2YJPA 3I5OA 3I3VA 4QFLA 3PMXA 3VXBA 3O97A 1US4A 3IB2A 4LUBA 2HCAA 4QFPA 4E0WA 4NWCA 3K1PA 4KPTA 1H76A 4XXUA 3OXNA 4KR5A 2DVZA 4R6KA 3ILUB 5L8DA 3CFXA 1Y1ZA 3BFTA 1M5CA 1M5EA 3PUXE 3ODBA 3HSTA 5CMCA 4KCDA 4QSCA 1IUDA 2XXXA 4YKJA 5ICQA 4BLAA 4IY5A 3U93A 3QUFA 2DXYA 3M3FA 4NEDA 3Q28A 4XKRA 3SERA 3UP9A 2I58A 4YKPA 2XX7A 4OEUA 3K02A 4WXJA 1WVJA 3IOVA 3N94A 4E0XA 2RC8A 3HO7A 4KHZE 3A3UA 4N07A 3TCGA 4HTGA 1IZ1A 3OENA 3GBAA 3FJMA 1NFTA 4NF4A 4LQ5A 3IB1A 5JEIA 1Y9UA 1MY2A 1LCTA 1Q35A 3O29A 4FAJA 3T22A 3ZS6A 1JW1A 4EF1A 4POWA 2X26A 1NMUA 5H8QA 3SDFA 5H8QB 1R1NA 1S50A 1USYE 3MP6A 1MH4A 4ZS9A 2P0SA 4RJZA 1RKMA 2HEUA 1PB9A 2QRYA 3USDA 4F18A 2DP8A 3T9XB 3GBBA 3VE1B 2I48A 4DXUA 4G8HA 1URSA 4OYVA 5I84A 5H8FA 1XC1A 3HHGA 3SEXA 1SW2A 1B9JA 1H45A 5CBRA 4FEBA 4BDOA 2O84X 3ZKLA 4I8CA 1B46A 3K6WA 4HCWA 3KOSA 4IY6A 3MQ9A 3TTKA 1MQIA 3LSWA 3H4ZA 4R74A 4R9GA 2GHAA 2QMXA 4POXA 2XX8A 1ZTYA 2ESNA 1QJMA 3MC2A 1PBQA 2OK2A 1BTJA 2NXOA 1VE4A 4H67A 4UACA 2O69A 1UQWA 2DE3A 2F5XA 5H8HA 3JYRA 4DDDA 4F2OA 2DOJA 5KZTA 1NH8A 4F29A 4G8MA 4DCYA 1LBBA 3EHSA 1A8FA 2E1SA 2O68A 1B32A 1MM7A 1TFAA 1URGA 3TPAA 4YICA 1N7XA 2ALUA 1Z7ME 4GIZA 4ELQA 1VSOA 1P1QA 2HZKA 5L9OA 2F7AA 1N76A 5I59A 5I59B 2NVUB 1IXGA 3Q27A 1SI1A 3N6UA 4R9FA 3VV5A 3UGWA 1EZPA 2RKMA 3N6TA 1SI0A 4G68C 3SEWA 1MY4A 2YLNA 4FECA 3G3IA 5CMKA 3MW0A 4QSEA 4ELOA 1Q1KA 5IAIA 3UORA 1FQEA 1FTMA 1OVBA 3K6VA 3CI8A 1VR5A 3C31A 1H3DA 3CR9A 3IAZA 1UTBA 2Y7IA 2F6GA 2OLBA 1R6ZA 2B3BA 4JWOA 2O6AA 3UA8A 1TXFA 3BFUA 2H98A 3KSJA 2F8DA 4F22A 2NWJA 2H99A 3C36A 1RYOA 1IXCA 2AIXA 1NH7A 4IB2A 1AIVA 2HFBA 1B5IA 2Y7RA 3KOTA 4OVJA 3R7XA 3FVKA 4XKPA 4LQ2A 1YCJA 5AA3A 4H5FA 2F97A 2ZNSA 2REJA 3KG2A 3FXUA 4ZEBA 3T93B 2D3IA 5ISUA 3LSXA 4TLLB 5FHNA 2Q2AA 3H6UA 2ZYNA 1LB8A 3KJTA 3MVZA 3PPQA 4YB6A 4H65A 3IOWA 3TELA 4NWDA 5DTBA 3CFZA 2ONSA 3O6IA 2OWSA 4MLVA 4P0GA 3UK4A 4R6YA 3FV2A 1R9QA 3LR1A 1MQJA 3FASA 3PUWE 2VOZA 4C1TA 1D9YA 3MPLA 1QKBA 3MUQA 5EHSA 3S9EA 4MH5A 4OZ9A 3T9VA 4GRKA 1B7HA 4KYEA 4LP2B 1MY3A 2QSXA 2UXAA 3GZGA 4C1UA 4DIGA 4DLDA 4PQJA 3A3CA 1EZOA 4LZ7A 4F3PA 2PBWA 3C34A 4ELPA 3MP1A 4Z0IA 1A40A 3PUVE 1I6BA 1JVXA 1Y20A 4EXKA 1LLSA 2XXHA 5JTYA 4JSDA 2DWHA 1PC3A 2PYYA 4QFKA 1SBPA 3HHFA 2CMOA 3BKIB 4QFOA 1I69A 3OMBA 1Y3PA 3TKDA 1F9BA 1SW5A 4LONB 3IB0A 3U92A 5AA1A 1JEUA 4RY1A 4OFJA 4FJPA 3PPRA 1PBPA 4EF2A 3DP4A 4OFOA 3IOUA 1DPEA 1JNFA 1DOTA 3PU5A 3TDJA 4ELRA 4GQOA 3AXFA 4ESXA 1B3LA 1MDQA 2HAVA 4OERA 5CMBA 2UVGA 2VGQA 1PDAA 3TYHA 1ZIUA 3RNNA 1II5A 3ZKKA 2REGA 4H1XA 3K00A 3C33A 1YTVA 3TTNA 5FTHA 4KYDA 4HS7A 2R6GE 3SEYA 1NNPA 4N13A 4I9DA 3S9NC 4QF9A 2DS9A 3H6WA 3VDFA 1P99A 5K2XA 2DWIA 3RTWB 3QK6A 5B7DA 1LFGA 3PMWA 4NMYA 1TFDA 4YMBA 3HCQA 5FHMA 3R26A 4RNSA 2ABHA 4XIGQ 4ZEKA 3BBRA 1A54A 1I6QA 4IO2A 1M5DA 4RK2A 3ZSFA 5A5XA 5A5XB 1Z7NE 1UTHA 1MQHA 1GGGA 3IX1A 1XOCA 4IO5A 2WKYA 4GOTA 1SDXA 3IOTA 5AA4A 3MBPA 1MY0A 3C32A 1GR2A 5TP9A 2R71A 4IO7A 3T66A 3VLUA 5TP9B 3CSBA 2OWTA 2XXYA 5CBSA 5H8NA 5H8NB 4R2BA 5CMMA 4H0WA 1MS7A 4JB7A 4MBPA 1DTZA 2GH9A 2P1SA 2PT2A 4NF4B 3S4UA 2QL3A 2XXRA 1Y4TA 3FJ7A 3M3LA 1MXYA 3LBSA 1LGBC 1OVTA 4PP0A 5KDTA 3KN7A 1M5FA 1DMBA 4IO3A 3G3FA 5DVFA 3H7MA 2OJTA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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