4LQ5A

Crystal structure of ligand binding domain of cysb, a lysr member from salmonella typhimurium lt2 in complex with effector ligand, o-acetylserine at 2.8a
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
239
structure length
239
Chain Sequence
EHTWPDKGSLYIATTHTQARYALPGVIKGFIERYPRVSLHMHQGSPTQIAEAVSKGNADFAIATEALHLYDDLVMLPCYHWNRSIVVTPDHPLAATSSVTIEALAQYPLVTYTFGFTGRSELDTAFNRAGLTPRIVFTATDADVIKTYVRLGLGVGVIASMAVDPLADPDLVRIDAHDIFSHSTTKIGFRRSTFLRSYMYDFIQRFAPHLTRDVVDTAVALRSNEEIEAMFQDIKLPEK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title rystal structure of ligand binding domain of CysB, a LysR member from Salmonella typhimurium LT2 in complex with effector ligand, O-acetylserine at 2.8A
rcsb
molecule keywords HTH-type transcriptional regulator CysB
molecule tags Gene regulation
source organism Salmonella enterica subsp. enterica serovar typhimurium
total genus 51
structure length 239
sequence length 239
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-07-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03466 LysR_substrate LysR substrate binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4lq5A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4lq5A02
2X7PA 1UIUA 2H9BA 3C32A 1N84A 3IJOB 1OQGA 3K6XA 1UTHB 4LQ5A 4GL0A 3EF7A 5TPAA 3RT6B 2ZXTA 2PYYA 4YMBA 1NNFA 4LP2B 1MRPA 1MXZA 2ESNA 1Y4TA 2R71A 1B32A 3C35A 1LAGE 4DCXA 3PPRA 3KN8A 2OCUA 4KI0E 1CE2A 1GGGA 4F3PA 4EQ9A 5LOMA 3VDFA 1QVSA 4DXCA 1GVCA 2NXOA 3OO6A 5CMBA 1FTMA 2O84X 5KCJB 1MQJA 2THIA 3OSRA 2AIXA 3ZKKA 3VXBA 1T0KA 1M5CA 1MPDA 2ZYNA 5BWJA 2O7IA 1IXHA 3KZGA 5DVJA 5K2YA 4YB6A 3ZS6A 2DYXA 2F8DA 4DCYA 3O66A 4EF2A 1Y1ZA 3U94A 4UA8A 4GFRA 2ZYMA 5AA2D 1XOCA 3T9HB 2XX9A 1UTBA 2XXPA 4PQJA 4NE4A 4BDLA 4OTEA 3U1OA 4ZE9A 3FATA 3BBRA 5H8NA 4DXBA 1LCFA 1JETA 1FCKA 3CSBA 4H5FA 4YB5A 2D21A 3IO4A 1LAFE 1XC1A 4QFLA 4IO7A 1AOVA 1ZIUA 3SEWA 5H8HB 2RC7A 3I5OA 2GH9A 3EN3A 1FQFA 3PMXA 1MPCA 1SI0A 2B65A 3MWBA 4F2QA 1B7HA 1SD3A 3MJNA 3N94A 5AA1A 2OWTA 4QSEA 4O3BA 2Z23A 1Y4CA 4JSDA 2XD3A 1A7LA 3D4GA 1A54A 2F7CA 4ZEIA 3HHGA 3F11A 3SEVA 2H4IA 1PDAA 3QXMA 5A5XB 4MLQA 5DVFA 4G77A 3OOAA 3SEUA 3HSTA 1EZ9A 2H98A 4KHZE 3T66A 2F78A 4G8HA 4I9DA 1KWHA 4F39A 1FTKA 3G3KA 4PFTA 1TWYA 2DSFA 4HCYA 4JSOA 1URDA 4RPOA 4GOTA 1TT1A 4AB6A 4RNSA 3BFTA 2F7BA 4BDMA 1MQDA 2PT2A 3LR1A 2UYEA 4FORA 3E4RA 2HZLA 3PUVE 3S2VA 4EQBA 4OESA 2D5WA 2P1SA 3FVGA 3FJGA 1VE4A 1MY1A 4LATA 3JYRA 4MFIA 3GLBA 5ICQA 2OLBA 2F97A 3TEPA 3TYHA 4R6HA 4QSCA 4F1VA 3M8UA 4E0XA 2Y7IA 4F22A 2UYFA 1B9JA 1LGBC 3OSQA 4MH5A 3DELB 1JEUA 1XVXA 1SVXB 3C31A 3ILTB 5H8QA 3FVOA 4OZ9A 1P1OA 1LBCA 1B3GA 3K1NA 1Y20A 1B5IA 3ECRA 3K6VA 1POY1 2NUVA 1MH4A 4IGTA 3N6TA 4ZDMA 5JTYB 5H8NB 4BDOA 2DWJA 3DP6A 5B7DA 3I3VA 4G2ZA 4IY5A 1NKXA 5TP9A 5HPQA 2DP8A 2I58A 4OEVA 4PFWA 2XXIA 4NF4A 1B58A 4OWDA 2RF1A 2QSXA 4F1YA 4WKMA 3T22A 3MW0A 3UP9A 2O7UA 1OQHA 1HSJA 3O6IA 1TXFA 4QFPA 2RCBA 3O2AA 4GXSB 4NF6A 3USDA 4ESXA 4JWYA 4RJZA 3VXCA 4R2BA 3PUWE 2HQ0A 2O1MA 4JDFA 2Q88A 1JNFA 1UTHA 3E13X 4IO4A 1S7YA 1B1HA 4F3SA 4DDDA 3MZ9A 3FD3A 1NH8A 2Y7WA 2VP1A 1NNTA 3FUZA 1B2HA 1JW5A 3H4ZA 4F3GA 3KJ7A 3IORA 2F35A 1IEJA 3E3KA 3W9WA 3H6TA 4TQUQ 1OVBA 1LFIA 1O64A 1AMFA 3PPPA 4JBZA 3GBAA 3RQTA 4JB7A 5ELVA 1LLSA 1RKMA 3OO7A 4R9FA 5KCJA 4DIGA 1M5DA 1JVXA 3EHUA 5L9OA 2OZZA 3IOVA 1D4NA 5AE4A 2G93A 3K02A 1B1XA 2VHAA 2XXRA 1R9QA 5I58B 5ITPA 1USYH 5JK4A 2V84A 2REGA 3PMVA 2AYSA 3FVNA 1B46A 3EHTA 2VD2A 2VD3A 4H8IA 3IAZA 5DEXA 4TLMB 4IO2A 4THIA 3QUFA 1GR2A 2ONSA 3HCQA 4ELQA 3Q27A 3O6GA 1MQIA 1B0HA 5H8QB 4ZECA 3FJMA 3GXAA 2V3TA 1JVYA 4R9GA 2O6AA 3TUSA 2XXVA 2YJPA 4U2RA 4HW8A 4ZEDA 3MVZA 4Q30B 3CR9A 1Y3QA 5H8HA 4ZEKA 3ODBA 3PGFA 3FASA 4LZ8A 1FQCA 1XHYA 1OVTA 2ZYOA 2RC8A 1B0LA 2ABHA 4GQOA 3MAMA 2UVIA 5EHMA 1SW2A 5CRYA 2GFEA 3PUZE 3OXNA 2QPQA 2B3BA 4H8JA 3O28A 2I3VA 4X1DA 2GHBA 1GV8A 3ZSFA 3G3GA 4XKQA 4F3BA 3CFZA 3WAFA 4OEUA 1LAHE 5A5XA 5H8SA 2OBGA 2H25A 3TTNA 1B6HA 1R9LA 3OD7A 4I1DA 3CFLA 4H67A 1N76A 1P1NA 4F1UA 4N13A 1MH3A 3CVGA 4YB7A 3MC2A 1URGA 1LSTA 1B4ZA 3Q29A 2UVJA 3KOSA 3Q26A 1SW5A 1SQYA 3CSGA 1XVYA 2CMOA 2HAVA 4YAHX 3UGWA 4OQOA 2P0SA 3KJTA 3SETA 1N7XA 3IJXB 5B70A 3SERA 3K2DA 1N3XA 4P0IA 2X7QA 3BKIB 1DPEA 5KDTB 3AXFA 4QFOA 1B7ZA 1BLFA 3KG2A 2V3QA 5BUUA 4U4XA 3MBPA 5DEXB 4YMAA 4KCDA 1DTZA 1Z7ME 3U92A 3IB0A 4OVJA 1H44A 4JXIA 4H5GA 1ZLQA 3C9HA 5L9SA 1BIYA 2R9JA 3H7MA 4QSDA 2A5TA 3C4MA 3IB2A 2I4BA 2PT1A 1US4A 5JTYA 2Q9TA 1O7TA 1XT8A 2PVUA 4OENA 3H3GA 3JV9A 1FTOA 1N3WA 2IA4A 1OMPA 1B52A 3PD9A 3FXRA 3UN6A 4MBPA 1SBPA 4ECFA 3FV1A 4PETA 4EXKA 3OO8A 3TKDA 5ICTA 4LONB 2DXRA 3SEYA 4G68C 2XXHA 5TU0A 1URSA 3OEKA 4MLVA 5FHOA 4JWXA 4F29A 4ONYA 4G8MA 3HO7A 4MF3A 5I2NA 1P1QA 3IOTA 1IIWA 2CZLA 3EQ1A 3HHFA 3IX1A 4YKPA 4YKJA 4PP0A 3TCGA 5CMCA 5KZTA 4BDNA 2DE4A 1VFEA 1MXVA 4GLIA 3O97A 4WEDA 2ONKE 1LCTA 1NFTA 4QFNA 5I59A 2V25A 3KGCA 3OENA 2IEEA 2LAOA 5EYFA 1ZBMA 4KYSA 1UIVA 4U23A 3B7DA 1OIBA 4ND9A 3GBBA 2Z8DA 1WVJA 4NWDA 5I56A 3FZVA 2OK2A 4ZZAA 4FAJA 5I58A 3P7IA 3L6GA 2F6GA 4OERA 1PB9A 2YLNA 3TDJA 3A09A 3MQ9A 4IO5A 3C36A 4PFYA 2GRVA 3M3KA 3VVFA 5I57B 1D9YA 3T9VA 3WAEA 1S50A 3N5LA 4WXJA 3SDFA 1IXCA 1AL3A 1DPPA 4XXUA 3T9XB 3IB1A 4TLLB 4GIZA 5FHMA 3Q28A 4KYDA 3TAJA 1R1NA 4FEBA 3EPEA 1O63A 1FQEA 2QS3A 4N6PA 2A5SA 2M8CA 1S9TA 4EQ7A 4LZ7A 4Q8RA 3T93B 2A5TB 1RYOA 2Q2AA 1MM7A 4TOZA 1I6BA 1Z7NE 5CMKA 3VVEA 4AQ4A 4Z7EA 4FJPA 4P11A 4NF8B 2Y7PA 5ITOA 3ONMA 4BDQA 3A3UA 2PX1A 3RTFB 3TTLA 4BLAA 1QUKA 1SYIA 2XXTA 1B4HA 3CG3A 4QRZA 4QFKA 4ZEFA 5L9MA 4DXUA 1OLCA 3S4UA 2VGQA 4GD5A 4C0RA 5CBSA 3TTMA 1B05A 3H6UA 3RY3A 4YICA 5I2NB 2FA7A 1VR5A 4RA1A 4C1UA 3H6VA 2NOOA 5FTIA 3MZ1A 3K1MA 1SDXA 4OYVA 1B5JA 5K2XA 1EH3A 3K01A 4YU0A 3TODA 3MP8A 3B6QA 4RK9A 3L6HA 1IITA 2I0CA 3PV0E 5I59B 3TZAA 3CI8A 4FIMA 3LUYA 4I8CA 3KBRA 1DTGA 1QKAA 1J1NA 2PMSA 3N26A 3MP6A 1NL5A 4E0WA 1EU8A 4OFOA 4HTGA 3PU5A 5I56B 4FATA 4M1VA 1MM6A 1QJMA 2W7YA 1FQDA 2KLFA 3TMGA 1SYHA 3IL1B 3G3JA 4FE8A 3H6WA 4KFQA 3LSWA 5KDTA 5CMMA 2XXWA 3K4UA 1LFHA 1MPBA 1P99A 3VE1B 2Z22A 4R6KA 3QUJA 4UACA 4ELRA 2XXUA 3W9VA 3QSLA 3VLWA 1POTA 3LC8A 1YTVA 4OHNA 1HSLA 1B3FA 4U21A 2ONRA 1NNKA 1EZOA 2DQVA 4OFJA 3CFXA 1FTLA 2XD2A 1YAEA 4L17A 4NF5B 1WDNA 1TFDA 4U1ZA 5J1DA 1CB6A 3RPWA 3HN0A 2H5YA 2QMWA 5ISUA 3DP8A 1AIVA 3CG1A 3KFMA 3G3FA 2F36A 4R74A 2QL3A 3FIRA 2ZMBA 4R6YA 4I62A 3LSFB 3V83A 1IZ1A 4R73A 1OLAA 4O3CA 3RGYA 3LBSA 4RPNA 4Q5TA 1MXUA 3DM0A 5H8FB 4ZZEA 2R6GE 3FV2A 4POWA 3S9LC 3QIMA 1ANFA 4K3FA 2X26A 3G3IA 1P1WA 1Y1MA 4GL8A 4KPTA 4FEDA 2DE2A 2QRYA 1Q1KA 1ATGA 2DXYA 2I0BA 2F34A 5L8DA 3TQLA 3EHSA 3OELA 2I49A 3PMWA 4IO6A 2RKMA 3GZGA 1II5A 3H03A 5DVIA 5AA4B 1LB9A 4X9TA 1HSEA 1H45A 1N0TA 4XKNA 1M5BA 3OEMA 3Q25A 1Q35A 4LVQA 2HEUA 2F7AA 5HBCA 2Y7KA 3TTRA 3VLVA 4HCWA 3ZKLA 2FNCA 3R26A 4XKRA 5FHNA 1PEBA 2ZNTA 2Q89A 1B3HA 3ILUB 1FQBA 4LUBA 4RK2A 4EDPA 3MUQA 1B5HA 3IO6A 4ZS9A 1DOTA 4NEDA 4NWCA 1FW0A 3RUMA 1IXGA 2I4CA 2XX7A 2OWSA 4R2FA 5I57A 3DLNA 3R7XA 2RC9A 2XX8A 1H76A 5HM4B 5F7VA 4G8NA 2QMXA 3U8QA 3MVXA 3N6UA 4RY1A 5M2VA 4EF1A 5CBRA 1MY0A 4G4PA 5DT6A 1A55A 3RT8A 4Q0CA 4ISUA 3C34A 1BP5A 1IUDA 1JQFA 1B40A 2ZNSA 4KR5A 1B3LA 3K0VA 3PPNA 1A99A 4BDRA 4XTCQ 2DVCA 2DWIA 3RNNA 1MY4A 1PC3A 3TELA 3V8XB 3SKPA 4NF8A 1AH5A 2Q8JA 2HCAA 4P0GA 2XHDA 2QS4A 3FGSA 2ANJA 3TCHA 1WODA 3RTWB 2DWAA 4F2OA 4F18A 4H1XA 4IY6A 4OXVA 3TPAA 5FTHA 1TFAA 3R6UA 4F19A 4F31B 3CRBA 5AA2B 1YCJA 2I3WA 1MQHA 3S9EA 1I6QA 2XXQA 1BTJA 4NMYA 3MP1A 3MPLA 2O51A 4NTLA 2H99A 3T96B 3B6WA 4RYAA 2NVUB 3K6WA 4G68B 4X48A 2Z8FA 1I69A 1IQ7A 2I6EA 2OJTA 1JW4A 3DP4A 4GF8A 1A8FA 1ELJA 3PPOA 5F1QA 3TQWA 3IK6B 2HZKA 1ZMGA 1R6ZA 4YKKA 5TPAB 2Y84A 4GWOA 3FXQA 4M4GA 3KEIA 3PUXE 5DTBA 1JW1A 1EZPA 4N07A 4IB2A 1FQAA 2G29A 5CM6A 2DVZA 4ZEBA 1Y3NA 3SESA 3A3CA 4PFUA 1I6AA 2F5XA 4HS7A 5I84A 1PB7A 4FECA 3BFUA 2QJEA 1NNPA 1ZTYA 3IOUA 4KD5A 3W15C 1N7WA 1B3EA 3SEXA 1SW4A 2ALUA 3PPQA 2ZNUA 4KQPA 5CI5A 1VSOA 3RLFE 1LAXA 2E0SA 2XXXA 2V3UA 3T9UA 3QAXA 2DE3A 4R72A 1UQWA 4LA9A 3B6TA 2DWHA 5CC2A 1NMUA 4NF5A 3OMBA 3K1PA 5DYHA 3G7WA 2O1LA 4JWOA 1NH7A 4H65A 2V93A 4YZZA 1US5A 1USYE 1PBQA 2XXYA 4ELOA 1QUIA 1UTBB 1XS5A 1MDQA 3VV5A 2HFBA 2UVGA 3IR1A 3LSXA 1MXXA 3KN7A 4GXAA 4OETA 1BKAA 2O69A 3LSLA 2AL5A 3FJ7A 4QHQA 1MXYA 1MY3A 1MS7A 4GRKA 1MG1A 3UORA 4WEPA 3KN3A 4C1TA 3I6VA 5H8FA 1SI1A 3QK6A 2NWJA 1JEVA 4OMBA 3H06B 4EXLA 3HV1A 1H3DA 1H43A 3VLUA 2UVHA 1RYXA 2F6PA 2Y7RA 5I2KA 2Z8EA 3KSJA 4DE8A 3K00A 1MXWA 2VOZA 2P2AA 1IXIA 2PBWA 1Y3PA 3M3LA 1QW0A 2B3FA 1SW1A 1ZJLA 4ELPA 4U22A 3E9XA 2UXAA 3UK4A 4XIGQ 1D9VA 4H6DA 3KOTA 4R75A 5JEIA 4KYEA 5AA4A 1M5FA 3O9PA 3QYTA 4IO3A 3O29A 1GTKA 3RN8A 2Q2CA 5EHSA 3S9NC 1B7UA 4DLDA 2FYIA 1YPNA 4ZE8A 4IGRA 3D4CA 1N04A 1A8EA 3UA8A 4QF9A 5IKBA 4RXLA 2HXWA 3KSXA 3V89B 2RCAA 3MVYA 1PB8A 3U93A 4OFLA 3HPIA 1D3KA 1QUJA 4LZ5A 1QULA 3JZJA 1L5TA 1P1UA 1FTJA 1DMBA 2ZYKA 3TTKA 2GHAA 1F9BA 1M5EA 3TCFA 2QS1A 4PE5B 1B51A 4GVOA 4POXA 3OO9A 3FXUA 4DZ1A 3K6UA 1MY2A 2YPNA 2E1SA 1PBPA 3PUYE 1LB8A 1Y9UA 2BJJX 3C33A 4YKIA 2AL4A 2HAUA 3S9MC 4AB5A 4Z0IA 1LFGA 2O68A 2REJA 3MPKA 4O3AA 3FVKA 3U72A 1LBBA 3VFJA 5AA3A 4ESWA 3UIFA 3IOWA 1VFDA 4LQ2A 1QKBA 3MVWA 4KCCA 2WKYA 3MZBA 2DS9A 3M3FA 4H0WA 1ZKBA 3VVDA 1A40A 5TP9B 2DOJA 2RINA 1MDP1 4EUOA 5AA2A 5IAIA 3V5AA 3THIA 4NF4B 1ZU0A 3G3HA 3O6HA 3TFLA 1DSNA 1MQGA 3CIJA 3PD8A 4XKPA 4X1BA 2QS2A 4U1OA 2I48A 4G68A 2D3IA 4NF6B 4U4SA 5I2KB
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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