4M1VA

Crystal structure of the ancestral soluble variant of the human phosphate binding protein (hpbp)
Total Genus 118
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
118
sequence length
378
structure length
378
Chain Sequence
ADINGGGATLPQKLYQTPDVLTAGFAPYIGVGSGKGKAAFLENKYNQFGTDTTKNVHWAGSDSKLTATELSTYASDKEPTWGKLIQVPSVATSVAIPFRKAGTNAVDLSVKELCGVFSGRITDWSGITGSGRSGPIQVVYRSESSGTTELFTRFLNAKCTTETGTFAVTTTFANSYSGGLTPTAGAVAATGSQGVMTALNDTTVAEGRITYMSPDFAAPTLAGLDDATKVARVGKGVANGVAVEGKSPAAANVSAAISVVPVPAAADRTNPDVWVPVFGATTGAGVVAYPDSGYPILGFTNLIFSQCYANATQTTQVRDFFTKHYGTSNNNDAAIEANAFVPLPSNWKAAIRASFLTASNALSIGNTNVCNGKGRPQL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Ancestral mutations as a tool for solubilizing proteins: The case of a hydrophobic phosphate-binding protein.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Phosphate-binding protein
molecule tags Protein binding
source organism Unidentified prokaryotic organism
total genus 118
structure length 378
sequence length 378
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-08-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF12849 PBP_like_2 PBP superfamily domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4m1vA02
3.40.190.260 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 4m1vA01
3DELB 3HPIA 4OZ9A 3LSXA 4KQPA 4GOTA 3N6TA 5FHOA 5AA3A 1A8EA 2NVUB 4F3SA 4MLVA 3U72A 4OENA 4R74A 1XC1A 4RK2A 4PQJA 1B1XA 3O6HA 4GIZA 1ZTYA 3FVOA 4BLAA 1A54A 4H8JA 3FJ7A 3LSLA 4POXA 1PB8A 3Q25A 2OK2A 4IY6A 2X7QA 2XXIA 4QFPA 1MQJA 4YKJA 1MM7A 1AOVA 4QHQA 1O64A 5JK4A 3K02A 4G8NA 3MQ9A 4KD5A 3D4CA 5I2NA 5DVIA 3TELA 5FTIA 1B4ZA 3TCFA 4AQ4A 3C36A 1FTJA 5TU0A 2VHAA 1SDXA 4EQBA 1FW0A 3RQTA 3M3KA 1UIUA 4QFLA 3U94A 1B46A 4G8HA 4UA8A 3R6UA 2AL4A 3MW0A 3G3FA 4IO3A 1MXXA 1MXVA 5H8FA 4XKPA 2DP8A 4DXUA 3G3JA 4XIGQ 3QAXA 4YKKA 2F36A 2OZZA 1AH5A 1IUDA 4ZS9A 1OMPA 2D21A 3S9MC 4KHZE 1Z7ME 1H44A 2Z8FA 2RCAA 1LFIA 1Y4TA 2NXOA 4PFWA 2I6EA 4PFYA 1S7YA 1B3EA 5F7VA 5I57A 3CG3A 1MXUA 4NF5A 3O2AA 1T0KA 4HTGA 4QF9A 2F8DA 4ONYA 2V84A 2UVHA 4QSDA 1I69A 5AA1A 3TFLA 4C0RA 4GD5A 2ZNSA 1TFAA 3CIJA 2GHBA 1XVYA 3IORA 3MZ1A 4LZ8A 5L8DA 1GV8A 3OO7A 1LAHE 3H7MA 4OVJA 2I4CA 1DTZA 1N04A 1BIYA 5JTYA 5FHNA 4RPOA 1MXWA 4DCYA 3EHTA 1FTMA 2I58A 4QSEA 3KSXA 3IOVA 4WEPA 2I49A 2XXYA 4OFLA 2V93A 1B7ZA 1B5JA 1POTA 2DXRA 3KN3A 3TKDA 3ODBA 1HSEA 5CBSA 4F3PA 2AL5A 3ILTB 3MVXA 4H67A 1JQFA 2O1MA 1ZU0A 3U1OA 1SI0A 2ONRA 1VFEA 2P0SA 3KBRA 1H45A 2QS2A 1GGGA 1ZBMA 5I2KB 3W9VA 1SW4A 2I0BA 1IXIA 2E1SA 3RN8A 2DWHA 2B3FA 1MM6A 4BDQA 2Q88A 1B05A 2OBGA 3SEWA 3H6TA 3O6IA 1M5BA 1MH4A 4I1DA 4FAJA 5KDTB 4EXLA 4U1ZA 2G93A 1Y4CA 2QSXA 3T66A 5ICQA 1NH7A 1AIVA 4EXKA 5ISUA 4OERA 3PPRA 2HFBA 3PPOA 2O84X 3UORA 1WDNA 2Y84A 4OFOA 3MUQA 3GXAA 1B3LA 4IO4A 1AL3A 3G3HA 1MDQA 4DZ1A 4LQ5A 1N3XA 3FIRA 1ZLQA 3MBPA 4YZZA 4FECA 2ZNTA 2HXWA 4ZEDA 4EUOA 4JBZA 4ELRA 1N3WA 4OHNA 4R9GA 3PV0E 3SETA 4X1BA 4NF4B 4R9FA 3V89B 3H6UA 4NE4A 1Y3PA 2Y7WA 2OWTA 3ILUB 5I2NB 1MQHA 2QJEA 1URSA 3FZVA 2AYSA 1LAFE 3IB0A 2V3UA 4FATA 3IX1A 3ZKKA 4FEBA 3SEYA 2F6PA 2DYXA 1IXGA 3KOSA 2Y7KA 3TPAA 4KCDA 1IZ1A 1EH3A 3ZS6A 4YMAA 2UVJA 2UYFA 4FE8A 4LP2B 3UN6A 2ALUA 1S9TA 5H8FB 4KCCA 3JZJA 1P1QA 4M1VA 2QS4A 3SESA 3CVGA 2XD2A 2PT1A 4ELPA 1B9JA 1SQYA 4NTLA 4NF6A 1NFTA 3QUFA 2IA4A 1FQEA 4ZZEA 4RK9A 1D9YA 2XD3A 2ZXTA 3MPLA 1UTHA 1IQ7A 2Z23A 4F1YA 4G77A 3LR1A 1GTKA 1NNPA 5BUUA 5CMKA 2QL3A 2A5TA 3MVWA 1US4A 2O51A 2O68A 1B52A 2XX9A 1LFHA 3L6GA 2DSFA 3TMGA 1LSTA 1FCKA 1OVBA 2DWAA 2KLFA 5JTYB 3V8XB 3EN3A 3FVNA 5HM4B 3MWBA 3TCGA 3FASA 5ELVA 1QUKA 3G7WA 3UA8A 4ELOA 1QJMA 2DVZA 4H1XA 1IXHA 3RGYA 3T9VA 4BDOA 4X48A 2ESNA 1JW1A 3PUXE 1LBBA 4G68C 4KPTA 1R1NA 4ESXA 4RXLA 1EU8A 2QMXA 4IO2A 3MC2A 3A09A 3H03A 3KEIA 3ZSFA 3TTMA 4GXSB 4N13A 4ND9A 3MZBA 1N84A 1N0TA 3I5OA 1P1WA 2RC8A 3FGSA 4H5GA 5H8SA 2YJPA 1Z7NE 1B0LA 5KDTA 4U22A 5FHMA 5IAIA 2HCAA 2X26A 4F22A 4PFTA 1P1OA 1DPEA 5I59A 2UYEA 3K6UA 3QSLA 4EDPA 1SW1A 2LAOA 3RPWA 4AB6A 3DP4A 1SBPA 2OCUA 4NMYA 4RA1A 1B3GA 1JW4A 1BKAA 3VDFA 3B6QA 3VVDA 5JEIA 4YMBA 5AE4A 3EF7A 4HW8A 3N94A 3QYTA 4IGRA 4IY5A 3E13X 1BTJA 1RYXA 5TP9B 2D3IA 3CR9A 3OO8A 4KYDA 3K1PA 2F7AA 1MY4A 2XX7A 4F31B 1PB7A 1M5FA 2X7PA 4C1TA 1POY1 3S9NC 2UVIA 5H8NB 4DXBA 3BFTA 4BDNA 2Y7PA 4MF3A 1XHYA 3N26A 1NNTA 1HSJA 4NF4A 1LBCA 3HV1A 1ATGA 3UK4A 2ONKE 2O7IA 4QFNA 3OXNA 1PEBA 2F35A 3T93B 4U2RA 4FIMA 2XXUA 1B3HA 4YB6A 3PMXA 3DP6A 2H98A 4Q5TA 4IO6A 4GWOA 2Q2AA 5L9SA 5BWJA 4ECFA 4LVQA 5CMMA 1DPPA 1B40A 1B6HA 1B5HA 3USDA 4MFIA 1IITA 2ANJA 1KWHA 1MS7A 3OO9A 5EYFA 2V25A 2Y7IA 1B32A 4JXIA 4LUBA 1ZIUA 3ZKLA 4F3GA 5I56A 4H0WA 1B7UA 1I6BA 1DMBA 3G3GA 3MP1A 4OTEA 1OVTA 3C32A 1N7WA 2BJJX 1LLSA 1WODA 3U93A 3PUVE 4FORA 4DLDA 1WVJA 4ZDMA 2WKYA 3KN8A 3OOAA 3RLFE 4WEDA 3KSJA 4NF6B 2ZYNA 5IKBA 3Q29A 1P99A 1MXYA 1NL5A 4R2FA 3U8QA 1A7LA 4I62A 3MVZA 4WKMA 4HS7A 4FEDA 4OQOA 1ZKBA 4PP0A 3TQLA 3H06B 3FJMA 4XKRA 2XXWA 1UTHB 5CBRA 1FQAA 4XKNA 2A5TB 2H9BA 2Q89A 4C1UA 3ONMA 3B6WA 5ITPA 1NNFA 1SVXB 3C33A 4Q8RA 1QW0A 3BBRA 2P2AA 4ZEFA 1H76A 1VR5A 3KJTA 1FQCA 4GF8A 3HHFA 1D9VA 2NUVA 4BDRA 1B58A 3KGCA 3QK6A 3KJ7A 1I6AA 3G3IA 3N5LA 1SYHA 4R72A 4BDLA 4ZE9A 2NOOA 2GHAA 2XXPA 3V83A 4PE5B 1TFDA 5ITOA 3EPEA 1II5A 4EQ9A 2G29A 3MJNA 1MY1A 5EHSA 3QIMA 4U21A 3K0VA 5A5XA 3H6VA 5DVJA 1CB6A 1F9BA 5H8QA 3VXCA 2DE4A 3KG2A 4DCXA 3PPNA 2Q9TA 1MPCA 2O1LA 3TQWA 2R6GE 4LONB 4MBPA 2P1SA 5CMCA 1LB9A 5I59B 4JWXA 2HZLA 4F1UA 2F7BA 1SD3A 4E0WA 1XT8A 1NKXA 2HQ0A 2O6AA 1MG1A 4JWOA 1XOCA 5TP9A 2F97A 4U23A 4JB7A 3OELA 2B65A 5DTBA 3TEPA 5H8NA 4OYVA 4P0GA 4GRKA 3FD3A 4OMBA 4LA9A 3OENA 3AXFA 3CSGA 4L17A 5AA2D 1OLAA 3HSTA 3TUSA 5CMBA 4R73A 4YB7A 4YKIA 4F2QA 3B7DA 3FXUA 2DVCA 4YAHX 2Z22A 3U92A 4NF8A 3CI8A 2CZLA 3O97A 1HSLA 4U4XA 4R2BA 1Y1ZA 2H99A 2R9JA 3IAZA 2GH9A 3ECRA 1YAEA 1USYH 2H5YA 3WAFA 2GRVA 4Z7EA 2PX1A 4H5FA 3TAJA 3GBBA 2IEEA 2XHDA 3GZGA 3H3GA 5AA2A 3RT8A 1D3KA 4R75A 1UTBA 1IEJA 5K2XA 3O9PA 2QRYA 4KYEA 4TLLB 3T9XB 3EHSA 3M3LA 4YU0A 5I56B 1B3FA 1Y9UA 1XS5A 3K2DA 3PUYE 4Q0CA 3CRBA 3E3KA 3E9XA 5KCJB 2VGQA 3A3CA 4AB5A 3MP6A 2H25A 1MY2A 4GFRA 3PU5A 1MPBA 3FVGA 3OEKA 3IOUA 4R6KA 3VV5A 2DQVA 3UIFA 4ZECA 1JNFA 3TODA 4ELQA 1R6ZA 4U1OA 4HCWA 4O3AA 1PDAA 2DE2A 3UP9A 1MY3A 1AMFA 3HN0A 2PT2A 3Q26A 2I48A 4BDMA 1DOTA 2O7UA 3FATA 3I3VA 5HBCA 2RINA 1LAGE 1B4HA 1UQWA 4JDFA 5DEXA 1FTOA 1MRPA 4LQ2A 3IK6B 1BP5A 1CE2A 3K6XA 3VFJA 4RJZA 1Y1MA 5KZTA 3OD7A 4IGTA 2B3BA 3S9LC 3C4MA 2DXYA 3TTKA 3IO6A 1B7HA 4ESWA 2I0CA 3K1MA 3O29A 1J1NA 2ZMBA 4OETA 2F78A 3N6UA 1JEUA 2QPQA 1URDA 3RTFB 4PFUA 4LZ5A 4ZEKA 4E0XA 1DSNA 1Y3QA 3T9UA 3LUYA 3PPPA 4F1VA 3JV9A 3HHGA 1O63A 1RYOA 1I6QA 3RY3A 3FXRA 4NWDA 5A5XB 3RNNA 3T96B 1B5IA 3P7IA 2VD2A 4UACA 5H8QB 2XX8A 3PUZE 3FV2A 1VSOA 4O3BA 3TDJA 2OWSA 4GQOA 3GLBA 4HCYA 4JWYA 1FQFA 2FYIA 4YKPA 4NEDA 3QUJA 3VVFA 2W7YA 3QXMA 4POWA 1PBPA 3S2VA 3FXQA 1LCTA 1D4NA 3PMVA 2RF1A 2ZYKA 3C9HA 4XTCQ 3IB1A 3C34A 2Q8JA 5H8HA 2XXTA 1B0HA 1B51A 5DT6A 4IO5A 3O6GA 1SW2A 4G68B 1A40A 5F1QA 4NF8B 1A8FA 1MQGA 2V3QA 3IB2A 4N6PA 1NNKA 4YICA 2F34A 2GFEA 3TZAA 4QFOA 5B70A 4P0IA 1DTGA 3UGWA 1MDP1 3SDFA 2E0SA 4RPNA 4X1DA 1QKBA 1P1NA 5AA2B 3JYRA 4G8MA 4IO7A 2QS1A 1IIWA 3EHUA 1UTBB 1MY0A 2RCBA 4GLIA 1Q35A 1ELJA 2PVUA 5KCJA 1URGA 1EZOA 3HO7A 4H65A 4I9DA 4OXVA 1N7XA 3K6VA 2F5XA 3R7XA 3FUZA 4LZ7A 4THIA 3GBAA 1NMUA 4ZEBA 2THIA 2DWJA 1PBQA 3W9WA 4Z0IA 4Q30B 2Z8DA 3W15C 3IJXB 5CI5A 3OEMA 3LC8A 3K00A 2QS3A 4RY1A 3VE1B 3O66A 3S4UA 4H8IA 3RUMA 3TTNA 2VP1A 3MZ9A 3SKPA 4G2ZA 1Y20A 1IXCA 3PD9A 5ICTA 1MH3A 2PYYA 2PBWA 2R71A 4N07A 1M5DA 1MPDA 4JSOA 1QUJA 5I84A 2REJA 4R6YA 1RKMA 1JETA 1ZMGA 2Q2CA 5DEXB 3PPQA 3K4UA 2Y7RA 4M4GA 3H4ZA 2HEUA 2DS9A 5AA4A 3FJGA 3L6HA 3BFUA 4KFQA 4TQUQ 3SERA 1NH8A 1H43A 3I6VA 1QVSA 2FA7A 4JSDA 2FNCA 5J1DA 2PMSA 1QKAA 2ZNUA 3G3KA 1B1HA 3KN7A 4ISUA 4P11A 5I58A 2I3WA 5LOMA 1ANFA 4KYSA 3M8UA 4U4SA 4XXUA 3TCHA 3PD8A 4OWDA 4DIGA 2NWJA 4DDDA 2YPNA 4RYAA 1LAXA 3IL1B 3MP8A 4DXCA 5TPAB 4G4PA 2I4BA 3IOTA 5CRYA 2I3VA 3Q27A 3BKIB 2HAVA 3Q28A 1A55A 4QRZA 4F29A 3FVKA 3OSQA 1P1UA 1N76A 1USYE 3FV1A 4ZEIA 3M3FA 4LATA 2A5SA 1O7TA 3CFXA 1SYIA 2H4IA 1TXFA 1R9LA 1LFGA 3VLUA 1Y3NA 1M5CA 4OFJA 4NWCA 1XVXA 2QMWA 5CC2A 1JW5A 1UIVA 1OIBA 3DM0A 3LSWA 2D5WA 2UXAA 1GR2A 3MAMA 4MH5A 1QULA 4G68A 3KFMA 1FTLA 4F18A 3K6WA 3TYHA 3DLNA 5H8HB 4KI0E 5L9OA 3PUWE 2F7CA 4RNSA 5DYHA 3VLWA 3OMBA 4I8CA 2OLBA 4OESA 3HCQA 4GVOA 1PB9A 3RT6B 1R9QA 1OLCA 4EF2A 4F39A 3OSRA 3IOWA 3C31A 1BLFA 2Z8EA 3CG1A 4QSCA 3K1NA 3MPKA 4TLMB 2XXVA 1ZJLA 4K3FA 3B6TA 2YLNA 1MXZA 1JEVA 1EZ9A 3EQ1A 1SW5A 3PGFA 2ABHA 5CM6A 5M2VA 3R26A 2ZYMA 2F6GA 2V3TA 1OQHA 2RC9A 2HZKA 2RKMA 4H6DA 4OEVA 1YTVA 5FTHA 3SEVA 1M5EA 4TOZA 2OJTA 4F19A 3VVEA 5HPQA 1JVYA 3A3UA 4F3BA 3SEUA 2O69A 1TWYA 5B7DA 4QFKA 2XXQA 2XXRA 3CSBA 4MLQA 3S9EA 3KOTA 1JVXA 1YCJA 4GXAA 3TTRA 1A99A 3IJOB 3SEXA 4ZZAA 3C35A 1MQIA 1LCFA 2XXHA 4O3CA 3TTLA 1EZPA 3F11A 3LBSA 3KZGA 5I57B 4NF5B 2HAUA 4PETA 1FQDA 1Q1KA 3DP8A 2VD3A 3LSFB 4F2OA 4R6HA 3IR1A 4FJPA 4XKQA 1OQGA 2VOZA 2UVGA 3RTWB 1S50A 3O28A 1FQBA 1US5A 2CMOA 5L9MA 3VLVA 1VE4A 4EQ7A 3E4RA 1TT1A 3VXBA 3T22A 4GL8A 1LGBC 5EHMA 5AA4B 2ONSA 3THIA 1QUIA 2M8CA 1B2HA 1YPNA 2DOJA 2ZYOA 3H6WA 4KR5A 3OO6A 4YB5A 4ZE8A 3T9HB 5K2YA 4OEUA 3MVYA 1MQDA 3IO4A 1PC3A 2DE3A 5I58B 4EF1A 3D4GA 3CFLA 3WAEA 3K01A 2AIXA 1VFDA 4DE8A 3PMWA 5I2KA 5DVFA 4IB2A 1SI1A 3V5AA 2DWIA 5TPAA 1FTKA 1GVCA 4WXJA 1H3DA 1L5TA 1LB8A 3CFZA 2REGA 2XXXA 2RC7A 4GL0A 4X9TA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3DELB 3HPIA 4OZ9A 3LSXA 4KQPA 4GOTA 3N6TA 5FHOA 3QMFA 5AA3A 5LTCA 1A8EA 2NVUB 4F3SA 4MLVA 3U72A 2WYPA 4OENA 4H45A 4R74A 1XC1A 5IZ3A 4XEQA 4RK2A 4PQJA 3KBZA 1B1XA 3O6HA 4GIZA 1ZTYA 3PTYA 3FVOA 4BLAA 4PAFA 1A54A 4H8JA 3FJ7A 3LSLA 4POXA 1PB8A 1FPKA 3Q25A 4PBHA 2OK2A 4IY6A 3RPLB 2X7QA 2XXIA 4QFPA 1MQJA 4YKJA 1MM7A 1AOVA 4QHQA 2OWZA 1O64A 5JK4A 3K02A 4G8NA 3MQ9A 4KD5A 4PDDA 3D4CA 4OVSA 5I2NA 1FBCA 5DVIA 1NV2A 3TELA 5FTIA 1B4ZA 3TCFA 4AQ4A 3C36A 1FTJA 3BIHA 5F24A 5TU0A 2VHAA 1SDXA 4EQBA 1FW0A 3RQTA 3M3KA 1UIUA 4QFLA 3U94A 1B46A 4G8HA 4UA8A 3R6UA 2AL4A 4GWSA 1KA0A 3MW0A 3G3FA 4IO3A 1MXXA 5ET7A 1MXVA 4HE2A 5H8FA 4XKPA 2DP8A 5EYHA 4DXUA 3G3JA 4XIGQ 3QAXA 4YKKA 3LUZA 2F36A 2OZZA 1AH5A 1IUDA 4ZS9A 1OMPA 2D21A 4PGPA 3S9MC 2P3NA 4KHZE 1Z7ME 1G0HA 1H44A 2Z8FA 2RCAA 1LFIA 4GWUA 1Y4TA 2XWOA 2NXOA 4PFWA 2I6EA 4PFYA 1S7YA 1B3EA 5F7VA 5I57A 3CG3A 1MXUA 4NF5A 3O2AA 1T0KA 4HTGA 4QF9A 2F8DA 4ONYA 2V84A 2UVHA 4QSDA 5IGAA 1I69A 5AA1A 4OVRA 3TFLA 4C0RA 4GD5A 2ZNSA 1TFAA 3CIJA 2GHBA 1XVYA 3IORA 3ISPA 3MZ1A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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