4M1VA

Crystal structure of the ancestral soluble variant of the human phosphate binding protein (hpbp)
Total Genus 118
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
118
sequence length
378
structure length
378
Chain Sequence
ADINGGGATLPQKLYQTPDVLTAGFAPYIGVGSGKGKAAFLENKYNQFGTDTTKNVHWAGSDSKLTATELSTYASDKEPTWGKLIQVPSVATSVAIPFRKAGTNAVDLSVKELCGVFSGRITDWSGITGSGRSGPIQVVYRSESSGTTELFTRFLNAKCTTETGTFAVTTTFANSYSGGLTPTAGAVAATGSQGVMTALNDTTVAEGRITYMSPDFAAPTLAGLDDATKVARVGKGVANGVAVEGKSPAAANVSAAISVVPVPAAADRTNPDVWVPVFGATTGAGVVAYPDSGYPILGFTNLIFSQCYANATQTTQVRDFFTKHYGTSNNNDAAIEANAFVPLPSNWKAAIRASFLTASNALSIGNTNVCNGKGRPQL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Protein binding
source organism Unidentified prokaryotic organism
publication title Ancestral mutations as a tool for solubilizing proteins: The case of a hydrophobic phosphate-binding protein.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Phosphate-binding protein
total genus 118
structure length 378
sequence length 378
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-08-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF12849 PBP_like_2 PBP superfamily domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4m1vA02
3.40.190.260 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 4m1vA01
5DTBA 1IXIA 2CZLA 2O7UA 4BDNA 3KGCA 3B6TA 5KZTA 4NF8B 3IK6B 1JNFA 3DLNA 4Z7EA 2YJPA 3U93A 1FTOA 5FTHA 1B9JA 1ANFA 4IO6A 4KD5A 1XOCA 1NH7A 5J1DA 1B4ZA 2Z8FA 4LA9A 2FNCA 3PV0E 2NXOA 3SEUA 4EUOA 5B70A 4G68B 3N94A 3KJ7A 4OENA 1UTHA 3K6UA 2ZYOA 1M5DA 5AA2D 1MXYA 3HN0A 4F1YA 1B7UA 1CE2A 5JK4A 2OWTA 3UN6A 3LR1A 1MY4A 4H5FA 1BLFA 4JDFA 1MDQA 2UVHA 1P1WA 4QFPA 2F97A 1I6QA 4ZEBA 1AOVA 4Z0IA 3RPWA 2I58A 3OSRA 3TTNA 4G8HA 3CFXA 5I2KB 1LB8A 2ALUA 2QMWA 2D5WA 1UTBA 2Y7RA 4EQ7A 2XXHA 4ELRA 4F3SA 5CMBA 3FVNA 3ILUB 4EDPA 3FZVA 1R9QA 2A5TB 3PUVE 3MVZA 5HM4B 5ITPA 4ECFA 5I57A 3TAJA 4ZECA 4U23A 4EXKA 2UXAA 1I6AA 2I0CA 1B40A 2HFBA 1A40A 1NNKA 1MG1A 3HHGA 1BIYA 2I49A 1A8EA 3VXCA 2XXUA 1SD3A 3K2DA 1B3LA 3QYTA 4MH5A 4FECA 3O2AA 1LBBA 5CM6A 3ZSFA 2O1LA 1WVJA 3TFLA 3RQTA 4ZEDA 4YMBA 3IB0A 3FJMA 1L5TA 1H44A 3OEKA 3E9XA 4QFOA 2I4CA 1B3EA 1P99A 1JVXA 4I9DA 4DE8A 1JQFA 1Y1ZA 4MFIA 3VLUA 3N26A 1P1NA 4XTCQ 4YB7A 2R9JA 1DTZA 3KEIA 3E4RA 4DZ1A 4F2OA 3TQWA 4JBZA 2H5YA 3THIA 4NF8A 4KYSA 3ILTB 3GBAA 3FJGA 3HV1A 3FD3A 1OLCA 1TFDA 1JW5A 2ZYMA 2DE2A 2P2AA 5HPQA 3M3FA 3UK4A 2HXWA 3EQ1A 2Q2CA 4G68A 5ELVA 1Y3QA 2QS1A 4GOTA 4R2BA 1AH5A 4RYAA 4G4PA 1NMUA 3KJTA 3A09A 4LATA 3V89B 4QRZA 4WEDA 2V84A 4KCDA 3EHTA 4F1UA 3H03A 4PFUA 1GV8A 1JVYA 2V3UA 4RJZA 1D4NA 4MLVA 3VV5A 4DCXA 4POXA 4PFTA 5L9OA 1GR2A 1Y20A 2F34A 1SYHA 3MWBA 2DWAA 5H8HB 2ZXTA 5I2KA 1FTKA 1LLSA 4H1XA 2RKMA 3MC2A 1LAHE 2KLFA 3KZGA 3TUSA 4YKIA 1RYOA 2PVUA 3CSGA 1SI0A 4ZE9A 3M3KA 1OLAA 2RCAA 3CSBA 2A5TA 4OFLA 1VE4A 4R75A 2XHDA 4ELPA 4GL8A 2I3VA 3O6HA 1SW5A 5JTYB 3WAFA 1P1QA 4BDOA 3T96B 1IZ1A 4H6DA 4XKQA 2DWIA 1IXGA 4G77A 3GLBA 4LP2B 2O84X 3R7XA 4EQ9A 5ICTA 3L6HA 5TP9B 3TKDA 4KR5A 4WXJA 3PMWA 4OFOA 2REJA 2F35A 4PP0A 3LC8A 1QUIA 1ZLQA 1LBCA 1Q35A 1NL5A 1FQFA 4R6HA 1FTLA 3SEVA 1NNTA 3CRBA 2ONKE 4IY6A 3FATA 1XT8A 3BFUA 4IY5A 1B6HA 4E0XA 2FYIA 3FIRA 4R74A 3FJ7A 4FE8A 4OMBA 3VFJA 1DSNA 4N6PA 1DMBA 1QKAA 4ND9A 2QJEA 4DLDA 3FVKA 2Z23A 4HS7A 1B32A 4THIA 4PE5B 3PGFA 3PPQA 5I59A 2Y7IA 2F78A 1MQIA 3KN8A 3P7IA 4RA1A 1MY0A 1PC3A 3TEPA 1FQBA 2R71A 3K1MA 4DXBA 1URGA 1H3DA 2QSXA 3CG1A 4POWA 4JSDA 1GVCA 3MVXA 1I69A 3MAMA 4GLIA 5TPAB 5TU0A 1CB6A 3U1OA 4H67A 5L8DA 2W7YA 1M5FA 5ITOA 3V8XB 5ISUA 1QULA 1D9YA 3B6WA 5H8HA 3H7MA 3PUYE 3T9XB 3TYHA 2XD2A 4KCCA 4YICA 4KYDA 2RCBA 4O3BA 5B7DA 3KG2A 4RY1A 3SEXA 2H98A 4H65A 1B0HA 1QUJA 3S9MC 4YKPA 3ONMA 4DIGA 4ZZEA 1B3HA 3LUYA 4OYVA 1R1NA 4GQOA 4NF4A 1N76A 2O7IA 4NF5A 3KN3A 2XXVA 4DCYA 1FTJA 4EXLA 3KSXA 3RT6B 1II5A 3HO7A 1RYXA 5KCJA 1N7WA 5TP9A 4LQ2A 4Q5TA 5ICQA 1FQDA 3Q27A 3FGSA 3MZ1A 5L9MA 3O6IA 3RTFB 4YKJA 5M2VA 4GFRA 1WODA 1XVYA 3Q28A 1SW1A 4OVJA 1PBPA 1JW4A 1AMFA 3EPEA 3RY3A 3E3KA 2D21A 3FVGA 3QK6A 4OHNA 3U92A 2UYEA 4YB5A 1Y3PA 3M3LA 4QF9A 4I62A 5BUUA 2ESNA 1N84A 3FUZA 4U2RA 3OOAA 3OO9A 3S4UA 3VE1B 3VVEA 4JWYA 4YU0A 4KFQA 3HHFA 3RLFE 1IXHA 1ELJA 1VR5A 2ZYKA 4PETA 3G3IA 3N6TA 3SKPA 3UGWA 3OMBA 1MXWA 2NWJA 1S9TA 2THIA 2IA4A 4ELQA 2X26A 4RPNA 4AB5A 3TDJA 4LUBA 3IB2A 4H5GA 3LSFB 3D4CA 1SBPA 2VP1A 1MM7A 5IAIA 2XD3A 2UVJA 3T66A 4KPTA 4ESXA 2PBWA 2QRYA 3W9WA 3CI8A 2GHBA 3KSJA 4TOZA 3TODA 1EZPA 2Q2AA 3QXMA 4X1BA 3IOTA 2F36A 5TPAA 4NTLA 4F39A 1VFEA 3O28A 2B3BA 5DEXB 2OBGA 2QS2A 1NH8A 4N07A 1T0KA 4YKKA 3PD8A 1URSA 3UIFA 4F19A 3MVWA 2B65A 1ZJLA 3DM0A 2LAOA 5CMKA 4O3AA 1FQCA 1MXXA 1N7XA 4OWDA 1MRPA 1MPDA 4ISUA 2ABHA 5K2XA 1ZTYA 3N6UA 2ONRA 3OENA 3U72A 1US4A 1JW1A 3VVDA 3MQ9A 2V25A 3U94A 1USYH 1HSJA 1NKXA 4OESA 4FEBA 2XXTA 3CVGA 2DQVA 2VGQA 3EN3A 4U1ZA 2HZLA 1FQEA 4G2ZA 3S9LC 2B3FA 1PB8A 3H4ZA 4U1OA 1BKAA 3MVYA 5JEIA 5HBCA 1S7YA 2VHAA 2P1SA 5CBSA 1A55A 3JV9A 3FV2A 3GXAA 1FW0A 2UVGA 3B7DA 4OQOA 4UACA 3C32A 4PFYA 4G8NA 2AIXA 3PD9A 3DP6A 3K6XA 4RK2A 1MM6A 3S9EA 4EQBA 3H6VA 4TLLB 3G3GA 3MJNA 1IEJA 3TTLA 3KOSA 5FHNA 5I59B 2Q88A 1QVSA 2DP8A 3OXNA 2Y7KA 1N3WA 1GGGA 4WEPA 2GH9A 2CMOA 3G3KA 2R6GE 5DVFA 4H8JA 2OWSA 2XXPA 4GVOA 2GRVA 2Z22A 3C31A 1D3KA 1EZOA 2P0SA 1JEVA 1DTGA 4FORA 4IO2A 4ELOA 4XXUA 4N13A 3CR9A 1N04A 2OK2A 3PPOA 2HCAA 4LVQA 1PB7A 3VVFA 1ZU0A 2XX7A 3PUWE 4BDQA 1SI1A 3T93B 2XXWA 1YAEA 5H8FB 3K4UA 4OEUA 3LSLA 3T9UA 1IITA 2DWJA 4FIMA 3PMVA 4GF8A 1NNPA 1H43A 3R26A 2F8DA 4WKMA 5BWJA 1M5EA 4RNSA 1N0TA 4EF1A 1MS7A 1B5HA 4NF4B 5I58B 3HCQA 3TCGA 3USDA 4NF5B 1O7TA 3G3FA 5CBRA 3ZKKA 3I6VA 1B51A 4NF6B 4JSOA 4F3PA 2H4IA 2OZZA 5DEXA 5CMMA 1EH3A 1MXZA 2DYXA 1YTVA 1GTKA 1O64A 3HSTA 1Y4TA 4F31B 2X7QA 5KCJB 2QL3A 2ZYNA 4F3GA 1IIWA 4ZDMA 1MQDA 5K2YA 2D3IA 4U4XA 1IQ7A 3LBSA 1VSOA 1Y1MA 4XKPA 1LCFA 4JB7A 4IGTA 1R9LA 2DS9A 3GBBA 3IOWA 1SDXA 1B5JA 4BLAA 3K01A 2ONSA 2DOJA 3IJOB 5H8NB 1Y3NA 1BP5A 1RKMA 3DELB 2A5SA 4XKNA 3OEMA 3ZKLA 3IO6A 1B52A 3DP4A 3VXBA 3O66A 2I0BA 4NWDA 1R6ZA 1LB9A 1SYIA 1MH4A 3SERA 1SVXB 1OVBA 4ZEIA 3T22A 2RC9A 4R6KA 4BDLA 1B05A 1B46A 3MPKA 1OMPA 3VLWA 3BBRA 3K1PA 1OQHA 4FAJA 4NE4A 3EHSA 1B7HA 3K0VA 2RF1A 2BJJX 4H0WA 4OERA 5I2NA 1MQHA 2O51A 4MLQA 4YB6A 4GIZA 1ZBMA 4C1UA 2ZNSA 4P0GA 3OD7A 5I56B 2YPNA 2F6GA 3T9VA 4ZZAA 3U8QA 3G7WA 2DWHA 1N3XA 1J1NA 2H99A 1HSEA 1OIBA 2DE4A 1ATGA 2WKYA 1AL3A 1XVXA 3S2VA 4P11A 2HQ0A 4R72A 3C36A 2VOZA 3S9NC 1Y4CA 4KHZE 3IL1B 4ZS9A 4DDDA 4IO7A 1BTJA 5H8FA 5LOMA 4LONB 1A7LA 4RXLA 1LAGE 3MBPA 5KDTB 4IO3A 2OJTA 2I3WA 1MPBA 1MY3A 1JEUA 5FHMA 1B3FA 2PT2A 3OO6A 2H9BA 5H8QB 4F22A 5DT6A 2G29A 2H25A 3PPNA 4NEDA 5I58A 2Q89A 2XXXA 3I5OA 1TWYA 3C4MA 3O29A 4NF6A 2Y84A 3IX1A 3TTRA 3IOVA 1FCKA 3LSXA 4C1TA 1DPPA 2M8CA 2VD2A 3TTMA 1POTA 4U21A 2AYSA 4GL0A 3TQLA 2ANJA 4TQUQ 1UQWA 2NOOA 4HTGA 4DXCA 3FXUA 1PBQA 5H8NA 4QFKA 4F18A 3V83A 4DXUA 2Y7WA 4YMAA 3SETA 2XXRA 2I6EA 3A3UA 4OXVA 2V93A 2Z8EA 4GD5A 5L9SA 4GXAA 2XXYA 3KFMA 2UYFA 2Q8JA 2E0SA 1HSLA 4GRKA 4G8MA 4KI0E 4U4SA 1D9VA 2F5XA 4HCYA 1NNFA 3R6UA 1PB9A 3O97A 1AIVA 2DE3A 4FEDA 3IR1A 4Q0CA 4MBPA 4BDMA 2Y7PA 3HPIA 1UIVA 5EYFA 3I3VA 3B6QA 1JETA 2DVZA 4FJPA 3WAEA 2UVIA 3H6TA 5IKBA 1KWHA 3TCFA 3H06B 4OETA 4QFLA 2RC7A 3F11A 3H6WA 5I56A 4QFNA 5A5XA 4Q8RA 1PDAA 3TZAA 1MPCA 1WDNA 5DVIA 3VLVA 4HCWA 3UORA 2QPQA 3QSLA 4K3FA 4P0IA 1QUKA 1TT1A 4KQPA 2HAVA 3IJXB 3DP8A 4I1DA 1OVTA 4MF3A 3MZBA 4LZ7A 3IO4A 1EZ9A 1LCTA 3FXRA 1MXVA 4R9GA 3RN8A 1B4HA 1F9BA 4M4GA 5KDTA 1LGBC 5CI5A 4LQ5A 3Q29A 3C35A 1YCJA 4F1VA 3IB1A 5H8QA 4EF2A 5AA4B 2RC8A 4X9TA 2DXRA 5AA1A 3Q25A 3PPPA 1B5IA 2F7BA 2PX1A 3A3CA 2Z8DA 3K00A 4LZ5A 1USYE 3OELA 4JWXA 3K02A 3SDFA 3ODBA 4RPOA 3LSWA 3QAXA 2F7CA 3MPLA 3SEYA 5CMCA 5DYHA 3L6GA 1VFDA 3CFLA 1MH3A 1LFIA 3M8UA 2ZNUA 5DVJA 5FHOA 2YLNA 1P1UA 2I48A 2G93A 3IOUA 2HAUA 3CG3A 1ZMGA 3GZGA 1POY1 1B58A 3AXFA 4IB2A 1I6BA 4HW8A 5I2NB 2O6AA 3JYRA 3W9VA 1FQAA 3FVOA 4R9FA 4G68C 1B1XA 2E1SA 2DSFA 4TLMB 3QUJA 4GXSB 2F6PA 3V5AA 4R73A 1H76A 3OO7A 3BFTA 2ZMBA 3EHUA 4FATA 4IO4A 3PUXE 2AL5A 3K1NA 2V3TA 4LZ8A 4JXIA 1MDP1 4ZEKA 4NMYA 4M1VA 3SESA 3KN7A 4ZEFA 4O3CA 3BKIB 1A99A 3MP1A 3QUFA 3O6GA 3SEWA 1EU8A 2VD3A 1PEBA 5EHMA 1B2HA 5AA2B 1UIUA 1SQYA 5AA3A 1OQGA 4AQ4A 2I4BA 3FASA 1IXCA 1LSTA 3N5LA 2RINA 4PQJA 3MW0A 3UA8A 3JZJA 2REGA 4X1DA 2AL4A 3G3HA 3MZ9A 2PMSA 1MXUA 1SW4A 1A8FA 2IEEA 3W15C 4OTEA 1Z7ME 4NWCA 2XX9A 3MP6A 4QSCA 1A54A 4F3BA 4UA8A 2PYYA 1Q1KA 2O1MA 2OLBA 4OEVA 4OFJA 3C33A 3E13X 1TXFA 3ECRA 3T9HB 3TELA 3K6WA 3OO8A 4ONYA 4XIGQ 2QS4A 2HEUA 3C34A 5AA4A 3MP8A 5I84A 4X48A 4R6YA 1YPNA 4YAHX 4YZZA 2XXIA 3D4GA 3RT8A 3TTKA 4AB6A 1XS5A 4IGRA 3RGYA 2X7PA 1Z7NE 1LFGA 1NFTA 3RUMA 4QHQA 3TMGA 1UTHB 4GWOA 4H8IA 1FTMA 3QIMA 3OSQA 4BDRA 2GFEA 4C0RA 3PMXA 1MQJA 4PFWA 2O69A 1LAXA 1XC1A 2V3QA 1QW0A 5FTIA 2GHAA 4R2FA 5EHSA 1M5BA 1O63A 1B1HA 4IO5A 2F7AA 2Q9TA 3TPAA 2PT1A 4U22A 5A5XB 4RK9A 1URDA 1Y9UA 5AE4A 1UTBB 1MQGA 1TFAA 1DPEA 3RNNA 2O68A 1B0LA 3FV1A 4QSEA 2NVUB 4F2QA 5F1QA 2FA7A 3PUZE 1LFHA 1DOTA 4ESWA 3MUQA 3VDFA 3KOTA 1US5A 5I57B 1XHYA 3IAZA 3UP9A 2QMXA 3PU5A 1SW2A 2HZKA 1IUDA 1B7ZA 2DVCA 2XX8A 5AA2A 5F7VA 2OCUA 3PPRA 2XXQA 5H8SA 1LAFE 3FXQA 4XKRA 2DXYA 1ZKBA 4E0WA 4ZE8A 3CFZA 3TCHA 1QJMA 3RTWB 4F29A 1S50A 3KBRA 4OZ9A 1M5CA 1ZIUA 2ZNTA 3K6VA 5CC2A 1MY2A 1H45A 3IORA 5CRYA 3EF7A 3O9PA 3H6UA 2NUVA 4KYEA 5JTYA 4QSDA 3ZS6A 4JWOA 3CIJA 4L17A 2QS3A 1B3GA 1MY1A 4Q30B 1QKBA 3H3GA 3G3JA 3C9HA 1P1OA 4I8CA 3Q26A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5DTBA 1IXIA 2CZLA 4KXPA 1FTAA 4PDHA 2O7UA 4BDNA 1IMAA 3KGCA 3B6TA 4OA4A 2XWIA 5KZTA 4NF8B 4PBQA 3B50A 1EYJA 3IK6B 1JNFA 3DLNA 4Z7EA 2YJPA 3U93A 1FTOA 5FTHA 1B9JA 1ANFA 4IO6A 4KD5A 1XOCA 1NH7A 5J1DA 1B4ZA 2Z8FA 4LA9A 2FNCA 3PV0E 2NXOA 3SEUA 4EUOA 5B70A 4G68B 1NV5A 3N94A 3KJ7A 4OENA 1UTHA 3K6UA 2ZYOA 1M5DA 5AA2D 1MXYA 3HN0A 4F1YA 1B7UA 1CE2A 4MEVA 4XEQA 5JK4A 4MNPA 3KC0A 2OWTA 3BIHA 3UN6A 3LR1A 1MY4A 4H5FA 1BLFA 4JDFA 1MDQA 2UVHA 1P1WA 4QFPA 2F97A 1I6QA 4ZEBA 1AOVA 4Z0IA 4H46A 3BIGA 3RPWA 4N6KA 2HHMA 2I58A 3OSRA 3TTNA 4G8HA 3CFXA 5I2KB 1LB8A 2ALUA 4NHBA 4MNIA 2QMWA 2D5WA 1UTBA 1DBZA 2Y7RA 4EQ7A 2XXHA 4ELRA 4F3SA 5CMBA 3FVNA 3ILUB 4EDPA 1NV0A 3FZVA 1KA0A 1R9QA 2XWKA 2A5TB 4GX4A 3PUVE 3MVZA 1YYZA 5HM4B 5ITPA 3MSTA 4ECFA 5I57A 3TAJA 4ZECA 4U23A 1INPA 2WX9A 4EXKA 2UXAA 3FBPA 1I6AA 2I0CA 1B40A 2HFBA 1A40A 1NNKA 1MG1A 3HHGA 1BIYA 2I49A 1A8EA 3VXCA 2XXUA 1SD3A 3T1BA 3K2DA 1B3LA 3QYTA 4MH5A 4FECA 4O8MA 3O2AA 1LBBA 5CM6A 3ZSFA 2O1LA 1FRPA 1WVJA 3TFLA 2Q74A 4PGPA 3RQTA 4ZEDA 4YMBA 3IB0A 3FJMA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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